Title:
オリゴハイブリダイゼーションおよびＰＣＲベースの増幅による核酸検出方法
Document Type and Number:
Japanese Patent JP2023547394
Kind Code:
A
Abstract:
本発明は、単一細胞レベルでの核酸シークエンシング、例えば、単一細胞RNAシークエンシング(scRNA-Seq)の分野に関する。特に、本発明は、真核生物細胞またはその核などの固定または非固定核酸含有区画における核酸を検出する方法であって、複数の一本鎖(ss)DNAオリゴヌクレオチドプローブを該区画内の相補的核酸分子とハイブリダイズさせ；核酸に特異的にハイブリダイズしていないssDNAオリゴヌクレオチドプローブを区画から除去し；そして、シークエンシングまたは増幅により該区画内の核酸分子と特異的にハイブリダイズするssDNAオリゴヌクレオチドプローブを同定し、それにより該区画に存在する対応する核酸を決定する、方法を提供する。方法は、特異性または感受性増加の手段として、同じ標的核酸に対する一連のssDNAプローブハイブリダイゼーションの工程を必要とせず、好ましくはさらにRNA単離およびcDNA産生の工程を必要としない。発明の方法は、実質的に全既知および／または未知核酸種、特にRNA、例えば、タンパク質コード化mRNAならびに非コードRNAを検出する可能性を有する。方法はさらに検出された核酸の空間マッピングを可能とし、ここで、区画は断片のコレクションを得るためにプローブハイブリダイゼーション前に単一細胞懸濁液に切片化または解離され、故に核酸分子は局在化または属する細胞型に依存して互いに分離される。検出された核酸の空間マッピングを、少なくとも１個のDNA座、少なくとも１個のタンパク質の検出またはクロマチン凝縮の解析と組み合わせ得る。発明の方法は、oligo-seqと指定された。
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Inventors:
Pombo, Ana
Sparks, Thomas
Sparks, Thomas
Application Number:
JP2023524712A
Publication Date:
November 10, 2023
Filing Date:
October 22, 2021
Export Citation:
Assignee:
Max-Delbrück-Zentrum Fure Moleculare Meditzin Indare Helmholtz-Gemain Shaft
International Classes:
C12Q1/6813; C12N15/10
Attorney, Agent or Firm:
Norito Yamao
Norifumi Tomita
Fumio Inai
Manami Sasakura
Yusuke Shirae
Norifumi Tomita
Fumio Inai
Manami Sasakura
Yusuke Shirae