Title:
構造変異の特定及びバリアントコールデータを用いたフェージングのためのシステム及び方法
Document Type and Number:
Japanese Patent JP2018513445
Kind Code:
A
Abstract:
構造変異の特定及び生体試料の核酸から取得されるバリアントコールデータを用いるフェージングのためのシステム及び方法が提供される。配列リードが取得され、各配列リードは、試験用核酸のサブセットに対応する部分と、配列データに依存しないバーコードを符号化する部分とを含む。ビン情報が取得される。各ビンは、試料核酸の異なる部分を表す。各ビンは、配列リードで形成される複数の配列リードセット内の配列リードセットに対応するため、各配列リードセット内の各配列リードは、各セットに対応するビンにより表される用核酸のサブセットに対応する。２項検定により、共通の同一バーコードを有する配列リードを、偶然に見込まれるよりも多く有するビン対が特定される。確率モデルにより、これらのビン対の配列リードの構造変異尤度が決定される。【選択図】図１
Inventors:
Kiriazo Pourou-Panajo Topoura, Sofia
Marks, Patrick
Chenal-Levin, Michael
John, Shin Yin
Bellows, Milna
Saxoknob, surge
Jorda, Christina
Mudivarti, Patrice
Ordness, Heather
Terry, jessica
Heaton, William, Haines
Marks, Patrick
Chenal-Levin, Michael
John, Shin Yin
Bellows, Milna
Saxoknob, surge
Jorda, Christina
Mudivarti, Patrice
Ordness, Heather
Terry, jessica
Heaton, William, Haines
Application Number:
JP2017541686A
Publication Date:
May 24, 2018
Filing Date:
February 09, 2016
Export Citation:
Assignee:
10x Genomics, Inc.
International Classes:
G16B20/20; A61K45/00; A61P3/00; A61P43/00; C12Q1/68; G01N33/50; G16B30/10
Domestic Patent References:
| JP2003330934A | 2003-11-21 |
Foreign References:
| WO2014132497A1 | 2014-09-04 | |||
| US20140206554A1 | 2014-07-24 |
Attorney, Agent or Firm:
Yoshiyuki Inaba
Toshifumi Onuki
Akihiko Eguchi
Kazuhiko Naito
Toshifumi Onuki
Akihiko Eguchi
Kazuhiko Naito