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Patent Searching and Data


Title:
MAGNETOSPIRILLUM MAGNETICUM, PREPARATION METHOD THEREFOR, AND USE THEREOF
Document Type and Number:
WIPO Patent Application WO/2015/027595
Kind Code:
A1
Abstract:
Disclosed are a magnetospirillum magneticum, a preparation method therefor, and a use thereof. In the preset invention, a magnetospirillum magneticum Magnetospirillum sp. ME-1, CCTCC No: M2013260 which can produce superparamagnetic magnetosomes is separated fresh water. The strain is a magnetospirillum magneticum with a size of 2.62~4.83×0.44~0.62μm, and comprises a magnetosome chain consisting of 10 to 31 magnetosome particles. A component of each magnetosome is ferroferric oxide, is a cuboctahedron or an octahedron in shape, and has a size of 26±5nm which is in a superparamagnetic range. The magnetospirillum magneticum strain has a specific magnetosome gene island sequence and can produce magnetosomes with a yield of 177mg/L by directly using air fermental cultivation. The strain has excellent fermentability, and produces magnetosome particles which are superparamagnetic, and has a great industrialization popularization prospect.

Inventors:
LIU PENGMING (CN)
GAO MEIYING (CN)
CHEN YAJUN (CN)
Application Number:
PCT/CN2013/088421
Publication Date:
March 05, 2015
Filing Date:
December 03, 2013
Export Citation:
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Assignee:
WUHAN INST VIROLOGY CAS (CN)
WUHAN YUHUI TURNER BIOTECHNOLOGY CO LTD (CN)
International Classes:
C12N1/20; C12M1/00; C12N15/31
Foreign References:
CN101434922A2009-05-20
CN1884471A2006-12-27
CN103409354A2013-11-27
Other References:
ZHANG, YUHONG: "QUCIXIJUN AMB-1 PEIYANG TIAOJIAN YOUHUA JI CIXIAOTI BIANHUAGUOCHENG YANJIU", CHINESE DOCTORAL DISSERTATIONS FULL-TEXT DATABASE, BASIC SCIENCES, 15 September 2008 (2008-09-15), pages 5 - 8 , 12 , 20 , 22 TO 23 , 29 AND 40
DATABASE NCBI 30 January 2013 (2013-01-30), MATSUNAGA, T. ET AL.: "Magnetospirillum magneticumAMB-1 strain AMB-1 16S ribosomal RNA, complete sequence", accession no. R_074248.1
MATSUNAGA, T. ET AL.: "Complete Genome Sequence of the Facultative Anaerobic Magnetotactic Bacterium Magnetospirillum sp. Strain AMB-1", DNA RESEARCH, vol. 12, 2005
Attorney, Agent or Firm:
WUHAN YUCHEN PATENT AGENCY (CN)
武汉宇晨专利事务所 (CN)
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Claims:
权利要求书

1. 一种趋磁螺菌, 其特征在于: 趋磁螺菌 MagnetospiriUum sp.、 ME- 1 , CCTCC NO: M 2013260„

2. —种分离的权利要求 1所述的趋磁螺菌的磁小体基因岛, 其序列为 SEQ ID N0.1所示。

3. 一种分离的权利要求 1所述的趋磁螺菌的磁小体基因岛, 其序列为 SEQ ID N0.3所示。

4. 一种分离的权利要求 1所述的趋磁螺菌的 16Sr DNA, 其序列为 SEQ ID N0.2所示。

5. 权利要求 1所述的一种趋磁螺菌 ME-1的发酵方法, 发酵培养条件是:

10L发酵罐加装生长培养基 6L, 趋磁细菌以 10%接种量接种, 培养条件为 30°C, 通空 气 20L/h, 搅拌速度与 2%溶氧偶联, 补料与 pH值 6.86偶联; 所述的趋磁细菌为: 趋磁螺菌 Afog«etos^r〃M»j s;?. ME-1, CCTCC NO: M2013260; 所述的生长培养基配方是: 维生素混合液 lml/l, 矿物质混合液 2 ml/l, 0.1M, pH7.0的 磷酸钾缓冲液 10ml/l,琥珀酸钠 0.05% m/V, 乙酸钠 0.05% m/V,酵母提取物 0.025% m/V, 氯化铵 0.05% m/V, 硫酸镁 0.01% m/V, 柠檬酸铁 ΙΟΟμΜ, 其中维生素混合液、 矿物质混合 液需培养基灭菌后单独添加过滤除菌液; 所述的补料液配方是: 维生素混合液 10ml/l, 矿物质混合液 20 ml/l, 0.1M, pH7.0的磯 酸钾缓冲液 100ml/l, 琥珀酸钠 0. 5% m/V, 乙酸钠 0. 5% m/V, 酵母提取物 0. 25% m/V, 氯 化铵 0. 5% m/V, 柠檬酸铁 lmM, 其中维生素混合液、矿物质混合液在培养基灭菌后单独添 加过滤除菌液; 维生素混合液的配方为: 成分 含量 单位 生物素 2.000 mg; 叶酸 2.000 mg; 维生素 B6 10.000 mg; 维生素 B 1 5.000 mg; 维生素 B2 5.000 mg; 维生素 B3 5.000 mg; 泛酸钙 5.000 mg; 维生素 B12 0.100 mg; 对氨基苯甲酸 5.000 mg; 硫辛酸 5.000 mg; 水

矿物质混合液的配方为:

成分 含量 单位 氮川三醋酸 1.500 g; 七水硫酸镁 3.000 g; 二水硫酸锰 0.500 g; 氯化钠 1.000 g; 七水硫酸亚铁 0.100 g; 七水硫酸钴 0.180 g; 二水氯化钙 0.100 g; 七水硫酸锌 0.180 g; 五水硫酸铜 0.010 g; 十二水硫酸铝钾 0.020 g;

0.010 二水钼酸钠 0.010 g; 六水氯化镍 0.025 五水硒酸钠 0.300 mg; 水 1000.000 ml„

6. 权利要求 1所述的一种趋磁螺菌 ME-1的发酵方法, 发酵培养条件是:

10L发酵罐加装生长培养基 6L, 趋磁细菌以 10%接种量接种, 培养条件为 30°C, 通空 气 20L/h, 搅拌速度与 2%溶氧偶联, 补料与 pH值 6.86偶联; 所述的趋磁细菌为: 趋磁螺菌 Afog«etos^r〃M»j s;?. ME-1, CCTCC NO: M2013260; 所述的生长培养基配方是:维生素混合液 3ml/l,矿物质混合液 2 ml/1,己二酸 0.2% m/V, 硝酸铵 0.05% m/V, 酵母提取物 0.05% m/V, 蛋白胨 0.25% m/V, 柠檬酸铁 150μΜ, 其中维 生素混合液、 矿物质混合液需培养基灭菌后单独添加过滤除菌液; 所述的补料液配方是:维生素混合液 30ml/l,矿物质混合液 20 ml/1, 己二酸 2.0% m/V, 硝酸铵 0.5% m/V, 酵母提取物 0.5% m/V, 蛋白胨 2.5% m/V, 柠檬酸铁 0.05% m/V, 其中维 生素混合液、 矿物质混合液在培养基灭菌后单独添加过滤除菌液。 维生素混合液的配方为: 成分 含量 单位 生物素 2.000 mg; 叶酸 2.000 mg; 维生素 B6 10.000 mg; 维生素 B1 5.000 mg; 维生素 B2 5.000 mg; 维生素 B3 5.000 mg; 泛酸钙 5.000 mg; 维生素 B 12 0.100 mg; 对氨基苯甲酸 5.000 mg; 硫辛酸 5.000 mg; 水 矿物质混合液的配方为: 成分 含』 单位 氮川三醋酸 1.500 g; 七水硫酸镁 3.000 g:

:水硫酸锰 0.500 g; 氯化钠 1.000 g; 七水硫酸亚铁 0.100 g: 七水硫酸钴 0.180 g;

:水氯化钙 0.100 g; 七水硫酸锌 0.180 g; 五水硫酸铜 0.010 g; 十二水硫酸铝钾 0.020 g;

0.010 g; 二水钼酸钠 0.010 g; 六水氯化镍 0.025 g; 五水硒酸钠 0.300 mg; 水 1000.000 ml o

7. 一种采集趋磁细菌的装置, 其特征在于: 包括一端开口的圆柱形塑料收集盒 ( 1), 滤纸 (2) 通过金属三脚架 (3)对圆柱形塑料收集盒 (1)开口端密封连接, 永久强磁铁 (4)的 S极与圆柱形 塑料盒 ( 1)的闭口端连接, 鱼线 (5)与永久强磁铁 (4)的 N极连接; 所述的滤纸为快速定性滤纸, 滤纸孔径为 80〜120微米; 所述的永久强磁铁为纽扣型。

8. 权利要求 1所述的一种趋磁螺菌在生产超顺磁性磁小体中的应用。

Description:
一种趋磁螺菌及其制备方法和应用 技术领域 本发明涉及纳米生物技术领域, 具体地涉及一种能产生超顺磁性纳米磁小体的 趋磁螺 菌菌株 ME-1 , 同时还涉及一种采集该趋磁螺菌的装置, 还涉及该趋磁螺菌的发酵方法, 还 涉及该趋磁螺菌在制备超顺磁性磁小体中的应 用。 背景技术 趋磁细菌是一类能在胞内形成纳米磁小体的特 殊细菌, 其形成的磁小体具有外磁场可 操控性、 晶型稳定、 纳米尺寸、 生物安全性优良、 外被生物膜而不易团聚等特点, 在免疫检 测、 药物输送、 多功能分子载体、 肿瘤磁热疗、 核磁共振成像等方面显示出相较于其他材料 的巨大优势, 特别是在靶向药物治疗上具有重要的应用前景 。 但是, 一方面是现有趋磁细菌菌株发酵培养困难, 难以通过大量培养趋磁细菌获得足 够的磁小体进行商业化应用, 因此磁小体的应用目前仍然只是停留在概念验 证阶段。找到生 产性状优良的趋磁细菌菌种一直是该领域面临 的难题。 中国专利 ZL02115867.3、 ZL02115868.1和 CN1952112A分别提出的"一种淤泥趋磁细菌及其分 纯化和制备磁小体的 方法"、 "一种铁矿趋磁细菌及其分离纯化和制备磁小 的方法 "和"一种兼性厌氧趋磁细菌及 其分离、 纯培养方法和磁小体的提纯、 纯化方法", 虽然能够得到磁小体, 但仍未见深入研 究及规模化生产和应用的报道。另一方面, 目前国际上分离纯化的趋磁细菌所产生的磁小 体 均为单磁畴尺寸磁小体,在作为靶向药物载体 时由于具有剩磁和矫顽力,易于团聚进而容易 导致形成血栓。 美国专禾 lj : US4385119分离的菌株 Afoge«tosp r〃Mff2 magnetotacticum MS-1 所产磁小体大小为 50 纳米且培养条件苛刻无法实现发酵生产磁小体 。 美国专利 US20020012698A1中用 Magentospiri m gryphiswaldense MSR-1所提供磁小体大小为 43〜45 纳米左右, 日本专利 JP7241192A中用 Magentospirillum magneticum AMB-1所提供的磁小体 大小为 50纳米左右。 这三株目前世界上研究最深入的趋磁细菌菌株 所生产的磁小体均为单 磁畴颗粒。 生产颗粒直径更小、 更不易形成血栓、 分散性能更优良的磁小体, 将比传统的磁 小体具有更大的应用价值, 然而利用趋磁细菌生产超顺磁性磁小体至今未 见报道。 发明内容 本发明的目的在于提供了一种能生产超顺磁性 磁小体且易于规模化培养的趋磁螺菌 ME-1 , 该菌株产生大小为 26±5nm的超顺磁性磁小体, 是以往报道的所有趋磁细菌纯培养 菌株产生的磁小体大小的 1/2 左右, 在医学领域具有极大的应用和开发潜力。 该细菌已于 2013年 6月 14日送往中国典型培养物保藏中心保藏,分类 名:趋磁螺菌 MagnetospirU m sp. ME-1 ; 保藏编号: CCTCC NO: M2013260 ; 地址: 中国 武汉 武汉大学。 本发明的另一个目的在于提供了一种趋磁螺菌 ME-1的发酵方法, 方法简单, 易行, 该 菌株发酵性能优良, 解决了磁小体产业化生产的一大瓶颈, 具有极大的产业化推广前景。 本发明还有一个目的是在于提供了一种趋磁细 菌采集装置, 该装置设计简洁高效, 易 于手工制作。用于趋磁细菌的采集, 可以直接在自然水体中富集并采集趋磁细菌, 省去了以 往采集泥水样品带回实验室富集的步骤, 避免了实验室富集过程中趋磁细菌多样性的损 失, 进而可以采集到自然水体中更多样天然存在的 趋磁细菌,有效的提高趋磁细菌分离纯培养的 成功率。

本发明最后一个目的是在于提供了一种趋磁螺 菌在制备超顺磁性磁小体中的应用,该超 顺磁性磁小体颗粒具有外被生物膜分散性良好 、包膜可提供大量的生物活性基团用于与其他 分子共价连接、载药磁小体在体内通过降解磁 小体外膜的方式可实现药物的释放、具有良好 的生物相容性和安全性、粒径分布范围窄、晶 形稳定、晶体成分单一无杂质等一系列的优点 。 相较于以往报道的趋磁细菌纯培养菌株所产生 的单磁畴磁小体颗粒,由于大小只有以往报道 单磁畴磁小体颗粒大小的 1/2左右且具有超顺磁性, 因而在应用中不易团聚、 分散性更好、 更不易形成血栓。 为了实现上述的目的, 本发明采用以下技术措施: 一种趋磁螺菌 ME-1, 按照以下制备步骤得到:

1. 采用自制的趋磁细菌采集装置 (图 1 ), 从自然界水域中直接富集并收集趋磁细菌样品 。

2. 利用毛细管 Race-track (RT ) 法 参考 FEMS Microbiology Letters, 1987, 45: 31-35 ) 对获得的样品进一步纯化。

3. 纯化获得的趋磁细菌接种氧-硫梯度培养基( 法参考 Systematic and Applied Microbiology, 1999, 22:466-471 , 培养基配方见表 1 ), 30°C培养 7天以上。

4. 半固体培养基中出现趋磁细菌盘状生长条带, 取出趋磁细菌培养物采用极限密度梯度稀 释法 (Dilution to Extinction Methods ) 接种趋磁细菌生长培养基 (见表 4)。 5. 获得的纯种培养物经过三次极限密度梯度稀释 法分离进而纯化获得趋磁细菌纯培养菌株。 用光学相差显微镜悬滴法观察菌株磁性, 选取生长最快、 磁性最好的纯培养菌株 Magnetospirillum sp. ME-1。 本发明的趋磁螺菌菌株 MagnetospiriUum sp. ME-1已经在中国 典型培养物保藏中心保藏, 地址: 中国.武汉.武汉大学, 保藏日期: 2013年 6月 14日, 保 藏编号: CCTCC NO:M 2013260, 分类命名为: 趋磁螺菌 M/g«etos^r〃M»j sp. ME-1。 其特征在于该趋磁螺菌为微好氧细菌, 菌体形态为螺旋状, 两端生鞭毛, 菌体大小为 2.62~4.83Χ0.44~0.62μπι,每个菌体产生一条由 10〜31颗大小为 26±5nm的立方八面体或立方 体磁小体组成的磁小体链。磁小体晶体主要组 成为铁、氧, 颗粒处于超顺磁性磁畴大小范围 内, 菌株生理生化特性见表 5。 对趋磁螺菌菌株 sp. ME-1基因组中负责合成磁小体的基因岛进行了 析。 单菌落接种生长培养基, 提纯基因组 DNA (方法参考 Journal of Molecular Biology, 1961,3:208-218), 进行基因组测序获得 16SrDNA序列 (该序列如序列表 SEQ No.2所示), 进行系统发育树分析发现其属于趋磁螺菌属。 获得磁小体基因岛序列(该序列如序列表 SEQ No.3、 SEQ No. l所示), 与其他几株趋磁螺菌相比, 可以发现该菌株在磁小体基因岛序列 上具有特异性。 一种采集趋磁细菌的装置, 构造如下: 一端开口的圆柱形塑料收集盒 (1);滤纸 (2);金属三脚架 (3);永久强磁铁 (4);和鱼线 (5)。 其连接关系为: 滤纸 (2)通过金属三脚架 (3)实现对圆柱形塑料收集盒 (1)开口端的密封连接, 永久强磁铁 (4)的 S极与圆柱形塑料盒 (1)的闭口端连接,鱼线 (5)与永久强磁铁 (4)的 N极连接。

所述的滤纸为快速定性滤纸, 滤纸孔径为 80〜120微米; 所述的永久强磁铁为纽扣型; 趋磁细菌采集装置使用步骤如下:

①倒置采集装置, 圆柱形塑料收集盒 (1)内注满过滤除菌的原位水;

②用金属三脚架 (3)封上滤纸 (2), 装上磁铁 (4)及鱼线 (5) ;

③陲入自然水体环境中使装置立于泥水界面 处且采集装置的滤纸面位于泥水界面上方 l〜2cm处, 静置 12小时; ④装置静置 12小时后取出, 卸下三脚架, 小心打开滤纸, 吸取收集盒中的收集液并在 2个小时之内进行光学显微镜观察、 电镜铜网的制作及趋磁细菌的分离培养等操作 。 一种趋磁蠊菌 ME-1的发酵方法, 发 养条件是:

10L发酵罐加装生长培养基 6L, 10%接种量接种, 培养条件为 30°C, 通空气 20L/h, 搅 拌速度与 2%溶氧偶联, 补料与 pH值 6.86偶联。 趋磁螺菌 ME-1在这 种培养条件下 40小时左右长到菌体密度 OD 565 2.5, 可以获得 55mg/L的磁小体产量。 所述生长培养基配方是:维生素混合液 lml/l,矿物质混合液 2 ml/1,磷酸钾缓冲液 (0.1M, pH7.0 ) 10ml/l, 琥珀酸钠 0.05% (m/V), 乙酸钠 0.05% (m/V),酵母提取物 0.025% (m/V), 氯化铵 0.05% (m/V), 硫酸镁 0.01% (m/V), 柠檬酸铁 ΙΟΟμΜ, 其中维生素混合液、 矿物 质混合液需培养基灭菌后单独添加过滤除菌液 。 所述补料液配方是:维生素混合液 10ml/l,矿物质混合液 20 ml/1,磷酸钾缓冲液(0.1M, pH7.0 ) lOOml/1, 琥珀酸钠 0. 5% (m/V), 乙酸钠 0. 5% (m/V), 酵母提取物 0. 25% (m/V), 氯化铵 0. 5% (m/V), 柠檬酸铁 lmM, 其中维生素混合液、 矿物质混合液需培养基灭菌后 单独添加过滤除菌液。 所述维生素混合液配方及配置方法见表 2。 所述矿物质混合液配方及配置方法见表 3。 优选培养基及补料配方如下: 生长培养基配方是: 维生素混合液 3ml/l, 矿物质混合液 2 ml/l, 己二酸 0.2% m/V, 硝 酸铵 0.05% m/V, 酵母提取物 0.05% m/V, 蛋白胨 0.25% m/V, 柠檬酸铁 150μΜ, 其中维生 素混合液、 矿物质混合液需培养基灭菌后单独添加过滤除 菌液; 补料液配方是: 维生素混合液 30ml/l, 矿物质混合液 20 ml/1, 己二酸 2.0% m/V, 硝酸 铵 0.5% m/V, 酵母提取物 0.5% m/V, 蛋白胨 2.5% m/V, 柠檬酸铁 0.05% m/V, 其中维生素 混合液、 矿物质混合液在培养基灭菌后单独添加过滤除 菌液。 所述维生素混合液配方及配置方法见表 2。 所述矿物质混合液配方及配置方法见表 3。 一种趋磁蠊 *¾制备超繊性磁小体中的应用, 其步骤是: 1. 发酵培养, 按照上述发酵培养方法培养趋磁螺菌菌株 ME-1 40小时 左右长到菌体密度 OD 565 2.5停止发酵;

2. 离心收集, 离心收集发酵培养获得的菌体;

3. 洗涤, 用 lOmM PBS (pH7.4 ) 洗涤两次, 重悬于 PBS缓冲液中;

4. 破碎细胞, 压力破碎 (1500bar) 三次;

5. 收集, 破碎后的菌悬液用磁铁吸附磁小体, 弃去上清, 重新用 PBS缓冲液悬浮, 50W超 声波震荡 (工作 5秒, 间歇 5秒, 共 90次) 解离细胞碎片对磁小体的包裹, 然后再吸附、 重悬, 重复 15次以上;

6. 定量, 收集到的磁小体用滤纸吸干水份后称重。 本发明提供的趋磁螺菌 ME-1 生产的磁小体大小为 26±5nm。 磁畴分析 (方法参考 Geochemistry Geophysics Geosystems, 2009, 10: 1〜19; Journal of Geophysical Research-Solid Earth, 2006, 111: B 12S 12和 Journ d Of Geophysical Research, 1975, 80: 4049-4058 ) 发现, 当在趋磁螺菌细胞内, 因磁小体在链内相互靠近而表现为单磁畴特性 ,磁小体相互分离即表 现为超顺磁特性。 本发明与现有技术相比, 具有以下优点和效果: 本发明提供的一种趋磁螺菌可以生产超顺磁性 磁小体, 所生产的超顺磁性磁小体大小 为 26±5nm大小, 相较于人工合成的超顺磁性纳米材料, 具有外被生物膜分散性良好、 包膜 可提供大量的生物活性基团用于与其他分子共 价连接、载药磁小体在体内通过降解磁小体外 膜的方式即可实现药物的释放、 具有良好的生物相容性和安全性、粒径分布范 围窄、 晶形稳 定、晶体成分单一无杂质等一系列的优点。相 较于以往报道的趋磁细菌所产生的单磁畴颗粒 磁小体, 由于大小只有以往报道磁小体的 1/2左右大小且具有超顺磁性, 因而在应用中不易 团聚、 分散性更好、 更不易形成血栓。 在医学领域具有极大的应用和开发潜力。 本发明提供的一种趋磁螺菌可以利用普通发酵 罐进行通空气发酵生产磁小体, 发酵性 能优良, 在磁小体的产业化生产中具有极大的优势和产 业化推广前景。 本发明提供的一种趋磁细菌采集装置, 设计简洁高效, 易于手工制作。 该装置用于趋 磁细菌的采集省去了以往采集泥水样品带回实 验室富集的步骤,避免了实验室富集过程中趋 磁细菌多样性的损失,可以采集到自然水体中 更多样天然存在的趋磁细菌从而有效的提高趋 磁细菌分离纯培养的成功率。 附图说明 图 1为一种趋磁细菌采集装置示意图。 其中: 1为一端开口的圆柱形塑料收集盒, 2为滤纸, 3为金属三脚架, 4为纽扣形永久 强磁铁, 5为鱼线。 图 2中 A为螺旋菌体形态的 MagnetospiriUum sp.ME-l及其磁小体电镜形态图。 图 2中 B为磁小体组成成分能谱图,可见磁小体区域 谱比菌体空白区域能谱图多出了 Fe、 0峰, 探针直径为 2-10nm。 图 3中 A为磁小体宽度统计分析其宽度为 23±5nm ; 图 3中 B为磁小体长度统计分析其长度为 26±5nm; 统计数量为 420。 图 4中 A为一种纯化后的磁小体电镜形态图。 纯化后的磁小体, 形态大小均一, 平均大小为 26±5nm; A1为放大的磁小体, 可见其形 状为立方八面体, 箭头所示为生物膜。 图 4中 B为磁小体磁畴分布分析示意图。 磁小体磁畴特性分析,表明在磁小体在菌体内 相互作用的情况下表现为单磁畴特性,磁 小体分离后无相互作用的情况下, 表现为超顺磁特性。 具体实 ¾¾¾ 下面详述本发明菌株的获得、特性分析及其发 酵培养和磁小体制备方法,本发明实施例所用 试剂, 如未特别说明, 均可自常规生化试剂商店或药品经营企业购买 得到 实施例 1: 一种趋磁螺菌 ME-1, 通过以下步骤筛选得到: 1 ) 趋磁细菌样品的采集和毛细管分离:

( 1 ) 趋磁细菌采集: 倒置采集装置, 圆柱形塑料收集盒 1内注满过滤除菌的原位水 (原位 水收集自紧靠泥水界面处的水样, 0.22μπι滤膜过滤除菌), 用金属三脚架 3封上滤纸 2, 装 上磁铁 4及鱼线 5陲入自然水体环境中,使装置立于泥水界面 且采集装置滤纸面位于泥水 界面上方 l〜2cm处, 放置 12小时后取出, 卸下三脚架, 小心地打开滤纸, 吸取收集盒中 的收集液并在 2个小时之内进行光学显微镜观察、电镜铜网 制作及趋磁细菌的分离培养等 操作。

(2 ) 趋磁细菌的毛细管分离: 采集装置采集的样品, 用相差显微镜悬滴法观察收集情况, 对观察到较多趋磁细菌的样品利用毛细管 Race-track (RT )法 ^法参- 考 FEMS Microbiology Letters, 1987, 45: 31-35 ) 进一步纯化, 获得趋磁细菌培养种子液。 所述的趋磁细菌采集装置为:一端开口的圆柱 形塑料收集盒 1 ;滤纸 2 ;金属三脚架 3 ; 永久强磁铁 4; 和鱼线 5。 其连接关系为: 滤纸 2通过金属三脚架 3实现对圆柱形塑料收集 盒 1开口端的密封连接, 永久强磁铁 4的 S极与圆柱形塑料盒 1的闭口端连接, 鱼线 5与 永久强磁铁 4的 N极连接, 详见图 1。 所述的滤纸为快速定性滤纸, 滤纸孔径为 80〜120微米; 所述的永久强磁铁为纽扣型;

2 ) 趋磁细菌的初步培养 获得趋磁细菌种子液接种氧-硫梯度培养基, 30°C培养 7天以上直到半固体培养基中获 得趋磁细菌盘状生长条带。取出培养物,相差 显微镜悬滴法观察确认有趋磁细菌生长的培养 物作为趋磁细菌纯培养分离的种子液。 所述的氧-硫梯度培养基配方见表 1

表 1氧 -硫梯度培养基配方

上层氧层培 ¾配方

成分 含 J 单位 原位水 200 ml 维生素混合液 1 ml 矿物质混合液 (不含' 2 ml 琥珀酸钠 0.05 g 酵母提取物 0.05 g

MgS0 4 0.05 g 磷酸钾缓冲液 (pH7.0 ) 0.5 mM 刃天青 2 mg 琼脂 2 g 蒸馏水 800 ml 其中原位水为取自样品采集水域泥水界面并 0.22μπι滤膜过滤除菌, 培养 基调 ρΗ7.0, 灭菌, 补加 1ml无菌 0.01M柠檬酸铁 (ΙΟμΜ) 和中性化处 理并过滤除菌后的半胱氨酸盐酸盐 (1%母液 10ml) (0.01%)。 厌氧管盖 子拧松放置。 10ml上层培养基加在底层 (硫层) 上, 放置至少 24小时 形成梯度后接种。

下层硫层培养基配方

Na2S 4 mM 琼脂 1.5 g 蒸馏水 100 ml 调 pH7.4,灭菌后每支厌氧管分装 lml于底部,凝固后再加装上层(氧层)

所述的维生素混合液配方及配置方法见表 2

表 2维生素混合液配方

成分 会 a骨里 单位 生物素 (Biotin) 2.000 mg 叶酸 (Folic acid) 2.000 mg 维生素 B6(Pyridoxine-HCl) 10.000 mg 维生素 Bl(Thiamine-HCl x 2 H 2 0) 5.000 mg 维生素 B2(Riboflavin) 5.000 mg 维生素 B3(Nicotinic acid) 5.000 mg 泛酸钙 ( D-Ca-pantothenate ) 5.000 mg 维生素 B12 (Vitamin B 12 ) 0.100 mg 对氨基苯甲酸 (p-Aminobenzoic 5.000 mg acid)

硫辛酸 (Lipoic acid) 5.000 mg

MilliQ水 10 00.000 ml 顺序溶解, 0.22μπι过滤后 4°C保存备用。 所述的矿物质混合液配方见表 3

表 3矿物质混合液配方

成分 会 a骨里 单位 氮川三醋酸 (Nitrilotriacetic acid) 1.500 g 七水硫酸镁 (MgS0 4 '7H 2 0) 3.000 g 二水硫酸锰 (MnSCV2H 2 0) 0.500 g 氯化钠 (NaCl) 1.000 g 七水硫酸亚铁 (FeS0 4 '7H 2 0) 0.100 g 七水硫酸钴 (CoSCV7H 2 0) 0.180 g 二水氯化钙 (CaCl 2 '2H 2 0) 0.100 g 七水硫酸锌 (ZnSCV7H 2 0) 0.180 g 五水硫酸铜 (CuS0 4 '5H 2 0) 0.010 g 十二水硫酸铝钾 (KA1(S0 4 ) 2 -12

0.020 g ¾0)

硼酸 (H 3 B0 3 ) 0.010 g 二水钼酸钠 (Na 2 Mo0 4 '2H 2 0) 0.010 g 六水氯化镍 (Ν ¾·6Η 2 0) 0.025 g 五水硒酸钠 (Na 2 Se0 3 '5H 2 0) 0.300 mg

MilliQ水 10 00.000 ml 首先用 KOH调 pH6.5溶解氮川三醋酸用, 然后加各矿物质, 最终 KOH 调 ρΗ7.0, 0.22μπι过滤后 4°C保存备用。

3) Magnetospirillum sp. ME-1菌株单菌落的获得 趋磁细菌初培养物接种厌氧管中趋磁细菌生长 培养基。 30°C培养 7天以上直到半固体培 养基中获得趋磁细菌盘状生长条带。取出培养 物,相差显微镜悬滴法观察确认有趋磁细菌的 生长,培养物作为纯培养物分离的种子液采用 极限梯度稀释法分离三次 (方法参考 The lSME Journal, 2012, 6: 440-450)。 获得一种生长快, 磁性好的趋磁细菌菌株 ME-1 , 该菌株已于 2013年 6月 14日送往中国典型培养物保藏中心保藏,分类 名:趋磁螺菌 MagnetospirU m sp. ME-1 , 保藏编号: CCTCC NO: M 2013260, 地址: 中国 武汉 武汉大学。 所述的趋磁细菌生长培养基配方见表 4 表 4趋磁细菌生长培养基配方 成分 会 a骨里 单位 维生素混合液 1 ml 矿物质混合液 2 ml 磷酸钾缓冲液 (pH7.0 ) 1 mM 琥珀酸钠 0.1 g 乙酸钠 0.1 g 酵母提取物 0.05 g

NH 4 C1 0.1 g

MgS0 4 0.1 g 柠檬酸铁 20 μΜ 琼脂 2 g 蒸馏水 1000 ml

4 ) Magnetospirillum sp. ME-1菌株形态及生理生化特性分析 利用光学显微镜和电子显微镜对获得的菌株 ME-1进行形态观察, 发现其为螺旋菌, 两 端生鞭毛, 体内含有 10〜31颗磁小体组成的磁小体链, 菌体大小 2.62〜4.83Χ0.44〜0.62μπι, 两 端生鞭毛。 X-射线能谱 (XEDS )分析发现其磁小体晶体为 Fe、 0组成(图 2 )。参考 (Jnternationa! Journal of Systematic Bacteriology , 1981, 31 :452-455 ) 的方法对 ME-1进行生理生化试验, 获 得其生理生化特性见表 5。

表 5趋磁螺菌 Magnetospirillum sp. ME-1菌株的形态及生理生化特性

菌株 ME-1

菌体大小 2.62~4.83Χ0.44~0.62μπι 磁小体大小 26nm 过氧化氢酶活性 - 氧化酶活性 + 磷酸酶活性 - 硫酸酶活性 - 脲酶活性 + 酪素及淀粉水解活性 - 马尿酸及七叶灵水解活性 + 硝酸盐还原到亚硝酸盐 - 硝酸盐跨亚硝酸盐还原 + 氨产生 - 明胶液化活性 - 吲垛试验 - 硫化氢产生 -

1%甘氨酸生长 - l%NaCl生长 - 可溶性荧光素产生 - 培养后期球形体 + 聚 β羟基丁酸 (ΡΗΒ ) + 实施例 2:

Magnetospirillum sp. ME-1菌株的系统发育和基因岛分析

1 ) 基因组提取 采用玻璃棒搅拌法提取菌株 ME-1的基因组 DNA (方法参考 of Molecular Biology, 1961,3:208-218)„ Roche GS FLX shotgun建库, Roche GS FLX Titanium System 454测序仪 测序, 序列拼接后产生 79 CO ntigs。

2 )测得的菌株 16SrDNA序列(该序列如序列表 SEQ ID No.2所示)进行系统发育分析, 发 现该菌株属于 Magentospirillum属,菌株 16SrDNA序列分另 !J与 Magentospirillum magneticum AMB-1、 Magentospirillum magnetotactic mMS-l Magentospirillum gryphiswaldenseMSK- 1 的 16SrDNA序列具有 99.4%、 98.1%、 96.3%的序列相似性, 傲命名为 MagentospiriUum sp. ME-1„

3 ) 利用 Mauve 软件将测得基因组与 MagentospiriUum magneticum AMB-1 ( GenBank accession NO: AP007255 ) 基因组进行比对分析, 根据比对分析结果, 获得趋磁螺菌 Magentospirillum sp. ME-磁小体基因岛组成的 contigs。采用 BD Genomewalker™Universal Kit 试剂盒填补磁小体基因岛 congtigs之间的 gaps序列, 获得的完整 ME-1磁小体基因岛序列

(该序列如序列表 SEQ ID N0.3、 序列表 SEQ ID NO.1所示)。

4 ) 磁小体基因岛分析

BLAST比对分析发现 Magentospirillum sp. ME-1磁小体基因岛由 mamGFDC、 mms6、 mamAB、 mamXY顺反子组成。其中 mamGFDC顺反子含有 mamG、 mamF、 mamD、 mamC 等 4个磁小体相关基因; mms6顺反子含有磁小体相关基因 mms6 ; mamAB顺反子含有 mamH、 maml、 mamE、 mamJ、 mamK、 mamL、 mamM、 mamN、 mamO、 mamP、 mamA、 mamQ、 mamR、 mamB、 mamS、 mamT、 mamU、 mamV等 18个磁小体相关基因; mamGFDC mms6、 mamAB序列如序列表 SEQ ID No.3所示, mamXY (该序列如序列表 SEQ ID No. l所示)含 有 mms5、 mamY、 mamX-like、 mamZ、 mamH-like、 FtsZ-like等 6个磁小体相关基因且与其 他磁小体相关基因在基因组中相距较远。 实施例 3 :

Magnetospirillum sp. ME-1菌株的发^ ^养 将 MagnetospiriUwn sp. ME-1在 10L发酵罐中进行发酵培养试验: 具体条件为: 10L发酵罐加装生长培养基 6L, 10%接种量接种, 培养条件为 30°C, 通 空气 20L/h, 搅拌速度与 2%溶氧偶联, 补料与 pH值 6.86偶联。 趋磁螺菌 Magnetospirillmn sp. ME-1在这种培养条件下 40小时左右长到 OD 565 2.5。 所述的生长培养基配方是: 维生素混合液(配方见表 2 ) lml/1, 矿物质混合液(配方见 表 3 ) 2 ml/1, 磷酸钾缓冲液 ( 0.1M, pH7.0 ) 10ml/l , 琥珀酸钠 0.05% (m/V), 乙酸钠 0.05% (m/V), 酵母提取物 0.025% (m/V), 氯化铵 0.05% (m/V), 硫酸镁 0.01% (m/V), 柠檬 酸铁 100μΜ, 其中维生素混合液、 矿物质混合液需培养基灭菌后单独添加过滤除 菌液。 所述补料液配方是: 维生素混合液(配方见表 2 ) 10ml/l, 矿物质混合液(配方见表 3 ) 20 ml/1,磷酸钾缓冲液(0.1M, pH7.0 ) lOOml/1,琥珀酸钠 0. 5% (m/V),乙酸钠 0. 5% (m/V), 酵母提取物 0.25% (m/V), 氯化铵 0. 5% (m/V), 柠檬酸铁 lmM, 其中维生素混合液、 矿 物质混合液需培养基灭菌后单独添加过滤除菌 液。 实施例 4:

Magnetospirillum sp. ME-1菌株的发^ ¾养: 将 MagnetospiriUwn sp. ME-1在 10L发酵罐中进行发酵培养试验: 具体条件为: 10L发酵罐加装生长培养基 6L, 10%接种量接种, 培养条件为 30°C, 通 空气 20L/h, 搅拌速度与 2%溶氧偶联, 补料与 pH值 6.86偶联; 趋磁螺菌 Magnetospirillmn sp. ME-1在这种培养条件下 40小时左右长到 OD 565 5.7。 所述的趋磁细菌为: 趋磁螺菌 Afog«etos^r〃M»j s;?. ME-1, CCTCC NO: M2013260; 所述的生长培养基配方是: 维生素混合液 3ml/l (配方见表 2),矿物质混合液 2 ml/1 (配 方见表 3 ),己二酸 0.2% m/V,硝酸铵 0.05% m/V,酵母提取物 0.05% m/V,蛋白胨 0.25% m/V, 柠檬酸铁 150μΜ,其中维生素混合液、矿物质混合液需 养基灭菌后单独添加过滤除菌液; 所述的补料液配方是: 维生素混合液 30ml/l (配方见表 2), 矿物质混合液 20 ml/1 (配方见 表 3 ), 己二酸 2.0% m/V, 硝酸铵 0.5% m/V, 酵母提取物 0.5% m/V, 蛋白胨 2.5% m/V, 柠 檬酸铁 0.05% m/V,其中维生素混合液、矿物质混合液在培养 基灭菌后单独添加过滤除菌液。 实施例 5: 一种趋磁螺菌在制备超顺磁性磁小体中的应用 , 其步骤是:

1 )发酵培养,按照实施例 3所述发酵培养方法培养趋磁螺菌菌株 M¾« e to S ^W// M sp. ME-140 小时左右长到菌体密度 OD 565 2.5停止发酵;

2 ) 离心收集, 离心收集发酵培养获得的菌体;

3 ) 洗涤, 用 lOmM PBS (pH7.4 ) 洗涤两次, 重悬于 PBS缓冲液中;

4 ) 破碎细胞, 压力破碎 (1500bar) 三次;

5 )收集, 破碎后的菌悬液用磁铁吸附磁小体, 弃去上清, 重新用 PBS缓冲液悬浮, 50W超 声波震荡 (工作 5秒, 间歇 5秒, 共 90次) 解离细胞碎片对磁小体的包裹, 然后再吸附、 重悬, 重复 15次以上;

6 ) 定量, 收集到的磁小体用滤纸吸干水份后称重; Magnetospirillum sp. ME- 1发酵培养 40 小时左右的培养物, 可以获得 55mg/L的产量。 利用实施例 4中培养基及培养条件获得的发酵液, 其磁小体的产量为 177mg/L。

透射电镜观察所获得的磁小体为立方八面体 或立方体, 外被完整生物膜 (图 4), 颗粒大小 均一, 测量分析发现其宽度为 23±5nm, 其长度为 26±5nm (附图 3 )。 磁畴分析 (方法参考 Geochemistry Geophysics Geosystems, 2009, 10: 1〜19; Journal of Geophysical Research-Solid Earth, 2006, 111: B 12S 12和 Journ d Of Geophysical Research, 1975, 80: 4049-4058 ) 发现, 其磁畴分布在超顺磁特性范围内(图 4)。