Tierfuttermittel werden oftmals mit Aminosäuren, wie etwa L-Lysin, L- Threonin oder L-Tryptophan suplementiert, welche im Allgemeinen über Fermentationsprozesse von Mikroorganismen, wie etwa von Corynebacterium glutamicum hergestellt werden.

Die Begriffe L-Aminosäuren oder Aminosäuren wie hierin verwendet, umfassen insbesondere eine oder mehrere Aminosäuren einschließlich ihrer Salze, ausgewählt aus der Gruppe L-Asparagin, L-Threonin, L-Serin, L- Glutamat, L-Glycin, L-Alanin, L-Cystein, L-Valin, L-Methionin, L-Isoleucin, L-Leucin, L-Tyrosin, L-Phenylalanin, L-Histidin, L-Lysin, L-Tryptophan und L-Arginin. Besonders bevorzugt ist Lysin. Wenn L-Aminosäuren oder Aminosäuren, wie etwa L-Lysin oder Lysin erwähnt werden, sind damit nicht nur die Basen, sondern auch die Salze wie z. B. Lysin- Monohydrochlorid oder Lysin-Sulfat gemeint.

Für eine optimale Bildung des Produkts ist es wünschenswert, bei der Fermentation die Fermentationsbedingungen und den Zustand des eingesetzten Mikroorganismus überwachen und gegebenenfalls einstellen bzw. regeln zu können. Als Indikator für die Überwachung kann vorteilhafterweise der bei der Fermentation eingesetzte Mikroorganismus, beispielsweise Corynebacterium glutamicum, herangezogen werden.

Verschiedene Gene aus Corynebacterium glutamicum werden beispielsweise in EP 1108790, WO 01/02583, WO 01/00842, WO 01/00843, WO 01/00844, WO 01/00845, WO 01/00847, WO 01/00802, WO 01/00804 und WO 01/00805 beschrieben.

Eine Aufgabe der Erfindung war es, ein Verfahren bereitzustellen, mit welchem eine Analyse von Mikroorganismen und insbesondere eine Analyse von mit dem Mikroorganismus durchgeführten Fermentationsvorgängen möglich ist.

Diese Aufgabe wird erfindungsgemäß gelöst durch ein Verfahren zur Überwachung oder/und Optimierung einer Fermentation, bei der ein Mikroorganismus zur Bildung eines Produkts eingesetzt wird, mittels eines oder mehrerer Gene des eingesetzten Mikroorganismus.

Erfindungsgemäß ist es möglich, eine Fermentation, einen Fermentationsverlauf und insbesondere die Produktivität der Fermentation, d. h. die Menge an gebildetem Produkt zu bestimmen, indem man den bei der Fermentation eingesetzten Mikroorganismus beobachtet. Diese Beobachtung erfolgt anhand von Informationen über die Gene des eingesetzten Mikroorganismus. Diese Information kann für jeden Mikroorganismus durch Erstellen von Genexpressionsprofilen erhalten werden, wie es hierin für Corynebakterium glutamicum beschrieben ist.

Falls vorhanden, können auch veröffentliche Informationen über das Genom des eingesetzten Mikroorganismus herangezogen werden.

Die Information über die Gene des eingesetzten Mikroorganismus kann dann vorteilhaft zur Überwachung bzw. Optimierung der Fermentation eingesetzt werden. Durch Bestimmung der mRNA des eingesetzten Mikroorganismus und insbesondere durch Bestimmung von Genexpressionsprofilen, welche für bestimmte Zustände des Mikroorganismus, beispielsweise für die Wachstumsphase, die

Produktionsphase oder eine Übergangsphase charakteristisch sind, kann der jeweilige Zustand des Mikroorganismus im Verlauf der Fermentation beobachtet werden. Dies ermöglicht die Einstellung der Umgebungsbedingungen in optimaler Weise sowie beispielsweise einen gezielten Abbruch der Fermentation, sobald festgestellt wird, dass die Produktionsphase beendet ist. Weiterhin ermöglicht die Beobachtung der mRNA eine Mutation, Veränderung oder Verdrängung des gewünschten Mikroorganismus unmittelbar während des Fermentationsverlaufes fest zu stellen. Die erhaltenen Informationen können insbesondere zur Optimierung der Fermentation, beispielsweise zur Einstellung von optimalen Lebensbedingungen für die jeweilige Phase des Mikroorganismus herangezogen werden.

Das erfindungsgemäße Verfahren kann insbesondere zur Überwachung oder/und Optimierung einer Fermentation eingesetzt werden, bei der das gewünschte Produkt ausgewählt ist aus einer Feinchemikalie, einem Polypeptid oder einer Aminosäure, insbesondere Lysin.

Die Fermentation kann beispielsweise als fed-batch, repeated fed-batch oder kontinuierliche Fermentation durchgeführt werden. Der Mikroorganismus wird vorzugsweise ausgewählt aus der Gruppe, bestehend aus coryneformen Bakterien, E. coli, B. subtilis und Hefen, wobei coryneformen Bakterien und insbesondere Corynebakterium glutamicum bevorzugt sind.

Die Überwachung bzw. Beobachtung des eingesetzten Mikroorganismus erfolgt geeigneterweise mit einem DNA-Array, mit RT-PCR, insbesondere Echtzeit-RT-PCR oder mit einem Protein-Array. Grundsätzlich können alle Methoden verwendet werden, mit denen die Gene bzw. daraus hervorgehende Produkte des eingesetzten Mikroorganismus erkanntwerden können. Bei einem DNA-Array werden vorteilhafterweise zu aus den Genen des Mikroorganismus abgeleiteter mRNA komplementäre Fangsonden

aufgebracht, mit denen die Art und gegebenenfalls die Menge der im Mikroorganismus vorliegenden mRNA analysiert werden kann. Die Menge der mRNA kann aber auch mit RT-PCR bestimmt werden. Mittels eines Proteinassays können beispielsweise in den Mikroorganismus vorliegende Polypeptide bestimmt werden. Ein solcher Proteinassay enthält vorzugsweise Antikörper gegen ein oder mehrere Polypeptide, welche von den Genen des eingesetzten Mikroorganismus codiert sind.

Die Erfindung betrifft weiterhin einen Array, umfassend mindestens eine Nukleinsäure, welche : (a) eine der in Tabelle 1,2 oder 3 gezeigten Nukleotidsequenzen oder eine dazu komplementäre Sequenz ; (b) eine Nukleotidsequenz, die einer Nukleotidsequenz gemäß (a) innerhalb der Degeneration des genetischen Codes entspricht, (c) eine Nukleotidsequenz, die mit den Sequenzen gemäß (a) oder/und (b) unter stringenten Bedingungen hybridisiert, (d) eine Nukleotidsequenz, die eine Homologie größer als 80 %, bevorzugt größer als 90 %, 91 %, 92 %, 93 % oder 94 %, mehr bevorzugt größer als 95 % oder 96 % und besonders bevorzugt größer als 97 %, 98 % oder 99 % zu einer Nukleotidsequenz gemäß (a), (b) oder/und (c) aufweist oder/und (e) einen Teil einer der Sequenzen gemäß (a), (b), (c) oder/und (d) mit einer Länge von mindestens 18 Basen umfasst, wobei die mindestens eine Nukleinsäure auf einem festen Träger immobilisiert ist.

Die in den Tabellen 1,2 und 3 gezeigten Nukleotidsequenzen können insbesondere für diagnostische Zwecke, beispielsweise durch die Verwendung der Nukleinsäuresequenzen bzw. Abschnitten dieser Sequenzen als Sonde auf einem Nukleinsäure-Array (DNA-Array, Microarray, DNA-Chip) genutzt werden.

Das Genom weite Überwachen oder Monitoring von Organismen, beispielsweise mittels der DNA-Chip-Technologie ermöglicht die funktionale Analyse von lebenden Organismen in einem bisher nicht gekannten

Ausmaß an Komplexität. Mit den nunmehr zur Verfügung gestellten Nukleotidsequenzen und Gengruppen können Genexpressionsmuster im Mikroorganismus Corynebacterium glutamicum analysiert werden. Dies ist besonders deshalb von Interesse, da es sich um einen Mikroorganismus handelt, mit welchem verschiedene verwertbare Stoffe, wie etwa L-Lysin, produziert werden können. Basierend auf der Sequenzinformation können Nukleinsäuren des Bakteriums, beispielsweise vollständige codierende DNA-Abschnitte oder Fragmente davon, auf einem festen Träger immobilisiert werden. Weiterhin können Transkriptionsprofile des Organismus unter verschiedenen Fermentationsbedingungen durch DNA- Mikro-Array-Experimente analysiert werden.

Zusätzlich zu den klassischen Anwendungsgebieten der DNA-Mikroarray- Technologie, beispielsweise in der biomedizinischen Forschung, stellt die vorliegende Erfindung DNA-Arrays bereit, die zur Überwachung oder/und Beobachtung von Target-Genen genutzt werden können, die bei der Herstellung von fermentativ erhältlichen Verbindungen in Fermentationsprozessen eine Rolle spielen.

Das erfindungsgemäße Analysesystem kann insbesondere zur Detektion von Genexpressionsmustern von Mikroorganismen in industriellen Fermentationsanlagen eingesetzt werden. Die erhaltene Information kann insbesondere zur Regelung oder/und Steuerung des Fermentationsprozesses genutzt werden.

Weiterhin kann die erhaltene Information zur Stammentwicklung von Corynebacterium eingesetzt werden und es können Stammvergleiche durchgeführt werden. Bei Stammvergleichen können insbesondere produzierende Stämme, z. B. L-Lysin produzierende Stämme und nicht oder wenig produzierende Stämme verglichen werden. Ebenso können unterschiedliche Medienzusammensetzungen und verschiedene Fermentationsphasen verglichen werden. Außerdem können Fermenter mit

unterschiedlicher Produktivität miteinander verglichen werden. Hierdurch ist es möglich, die für die Produktionseigenschaften eines Stammes wesentlichen Gene (herauf-, herabreguliert oder nicht reguliert) zu bestimmen.

Der Begriff Nukleinsäure, wie hierin verwendet, umfasst insbesondere DNA und RNA, bevorzugt DNA. Die Nukleinsäure ist bevorzugt einsträngig oder zweisträngig.

Der Ausdruck"Hybridisierung unter stringenten Bedingungen"wird hierin wie bei Sambrook et al. (Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press (1989), 1.101-1.104) beschrieben, verwendet. Bevorzugt liegt eine stringente Hybridisierung gemäß der vorliegenden Erfindung vor, wenn nach Waschen für eine Stunde mit 1 x SSC und 0,1 % SDS (Natriumdodecylsulfonat) bei 50 °C, bevorzugt bei 55 °C, mehr bevorzugt bei 62 °C und am meisten bevorzugt bei 68 °C und mehr bevorzugt für 1 Stunde mit 0,2 x SSC und 0,1 % SDS bei 50 °C, bevorzugter bei 55 °C, mehr bevorzugt bei 62 °C und am meisten bevorzugt bei 68 °C noch ein positives Hybridisierungssignal beobachtet wird. Eine Nukleotidsequenz, die unter solchen Waschbedingungen mit einer Tabelle 1,2 oder 3 gezeigten Nukleotidsequenz oder einer damit innerhalb der Degeneration des genetischen Codes entsprechenden Sequenz hybridisiert, ist eine Nukleotidsequenz, die erfindungsgemäß eingesetzt werden kann. Besonders bevorzugt handelt es sich bei der hybridisierenden Sequenz um eine teilweise oder vollständig komplementäre Sequenz.

Erfindungsgemäß kann weiterhin eine Nukleotidsäuresequenz eingesetzt werden, die eine Homologie größer als 80 %, bevorzugt größer als 90 %, 91 %, 92 %, 93 % oder 94 %, mehr bevorzugt größer als 95 % oder 96 % und besonders bevorzugt größer als 97 %, 98 % oder 99 % zu einer in Tabelle 1,2 oder 3 aufgeführten Nukleotidsequenz, einer solchen Sequenz

innerhalb der Degeneration des genetischen Codes entsprechende Nukleotidsequenz oder einer mit einer solchen Sequenz unter stringenten Bedingungen hybridisierenden Sequenz, insbesondere einer komplementären Sequenz aufweist. Der Ausdruck"Homologie" (oder Identität) wie hierin verwendet, kann durch die Gleichung H (%) = [1- V/X] * 100 definiert werden, worin H Homologie bedeutet, X die Gesamtzahl an Nukieobasen der Vergleichsnukleotidsequenz ist und V die Anzahl an unterschiedlichen Nukleobasen der zu betrachtenden Sequenz bezogen auf die Vergleichssequenz ist.

Die Erfindung umfasst weiterhin Teilsequenzen der oben genannten Nukleinsäuresequenzen, weiche für einzelsträngige Nukleinsäuren bevorzugt eine Länge von größer gleich 18 Basen, insbesondere größer gleich 20 Basen, mehr bevorzugt größer gleich 25 Basen, noch mehr bevorzugt größer gleich 35 Basen und insbesondere größer gleich 50 Basen aufweisen. Bei solchen einzelsträngigen Nukleinsäuren handelt es sich bevorzugt um Oligonukleotidsonden. Für doppelsträngige Nukleinsäuren weisen die Teilsequenzen bevorzugt eine Länge von größer gleich 20 Basenpaaren, mehr bevorzugt größer gleich 50 Basenpaaren und insbesondere größer gleich 100 Basenpaare auf. Solche doppelsträngigen Nukleinsäuren können beispielsweise durch die Polymerasekettenreaktion (PCR) gewonnen werden.

Die erfindungsgemäßen Arrays, insbesondere DNA-Arrays umfassen einen festen Träger. Als Trägermaterial können beispielsweise poröse Materialien, wie etwa Nylonmembranen oder feste Oberflächen, wie etwa Glasträger eingesetzt werden. Das Aufbringen der Nukleinsäure auf das Trägermaterial wird bevorzugt durch mechanisches Ablegen, z. B. mit Hilfe von speziellen modifizierten Mikronadeln, auf der Basis von Ink-Jet-Printern oder mittels einer On-Chip-Synthese durchgeführt. Während bei dem Ablegen mit Mikronadeln und bei Ink-Jet-Printern kleine Flüssigkeitströpfchen, welche die gewünschten Nukleinsäuren enthalten, auf dem Träger abgelegt

werden, werden bei einer On-Chip-Synthese die Oligonukleotide direkt auf dem Chip synthetisiert.

Die Immobilisierung an der Oberfläche kann nach bekannten Methoden erfolgen, wie sie beispielsweise in PCT/E099/10977, WO 89/11548, US 5,837,832, EP 0 373 203 oder EP 0 386 229 beschrieben sind. Bevorzugt werden die Nukleinsäuren durch kovalente Bindung, gegebenenfalls über Linkergruppen, an den festen Träger immobilisiert.

Die Erfindung umfasst sowohl die DNA-Chip-als auch die DNA-Mikro- Array-Technologie. DNA-Chips weisen eine hohe Dichte von mehr als 10.000 Nukleinsäuresonden pro cm2 auf, während Mikroarrays weniger als 10.000 Nukleinsäuresonden pro cm2 tragen. Die Nukleinsäuren, die auf dem erfindungsgemäßen Array immobilisiert sind, sind bevorzugt Sonden.

Als Sonden eignen sich besonders PCR-Fragmente (doppelsträngige DNA), die durch die Polymerasekettenreaktion entstehen und definierte doppelsträngige Amplifikate einer DNA-Matrize darstellen. PCR-Fragmente weisen üblicherweise eine Länge von etwa 100 bis zu mehreren tausend Basenpaaren auf, wobei die Hybridisierungseigenschaften von PCR- Fragmenten beständig und gut bekannt sind. Weiterhin können als Sonden Oligonukleotide verwendet werden, bei denen es sich um kurze, synthetische einzelsträngige Nukleinsäuren handelt. Solche Oligonukleotidsonden können direkt auf dem Chip synthetisiert werden.

Mit den vorliegenden genomischen Sequenzinformationen ist es möglich, einen vollständigen Überblick über die genetische Ausstattung von Cornynebacterium glutamicum zu erhalten. Dies ist die Basis für die Identifizierung funktional zusammenhängender Systeme, wodurch das Verständnis komplexer biologischer Prozesse in lebenden Systemen möglich wird. Insbesondere kann dadurch die Expressionsstärke der mRNA's erfasst werden, d. h. das Niveau mit dem ein bestimmtes Gen zu einem bestimmten Zeitpunkt abgelesen und in ein Protein übersetzt wird.

Die Gesamtheit mehrerer oder aller zellulären mRNA Expressionsstärken wird als Expressionsprofil oder Expressionsmuster bezeichnet. Durch den Vergleich verschiedener Expressionsprofile miteinander können Veränderungen in der Transkriptstärke in einem genomweiten Maßstab detektiert werden. Auf diese Weise können Regulationsvorgänge auf einer frühen Stufe im Fluss der genetischen Information festgestellt und analysiert werden. Das molekulargenetische Verhalten von Zellen wird dadurch direkt gemessen. Beispiele für Untersuchungen, die mit dem erfindungsgemäßen Array durchgeführt werden können, sind die Koordination des Stoffwechsels, der Einfluss der Umweltbedingungen auf zelluläre Vorgänge, sowie die Überwachung der Produktivität eines Mikroorganismus.

In dem erfindungsgemäßen Array sind unterschiedliche Nukleinsäuren bevorzugt räumlich voneinander getrennt an bekannten Orten aufgebracht, sodass aufgrund der zweidimensionalen Anordnung der Nukleinsäuren eine Zuordnung der detektierten Nukleinsäure zu bestimmten Sequenzen möglich ist. In einer besonders bevorzugten Ausführungsform enthält der erfindungsgemäße Array Nukleinsäuresonden, die alle Gene von Corynebacterium glutamicum abdecken. Besonders bevorzugt enthält er alle Gene von Corynebacterium glutamicum bzw. alle zu den mRNA's komplementären Sequenzen. Weiterhin ist es bevorzugt, dass ein solcher Array keine Nukleotidsequenzen umfasst, die nicht von Corynebacterium glutamicum abgeleitet sind. Neben einem Array, welcher alle Gene aus Corynebacterium glutamicum abdeckt, sind auch Arrays bevorzugt, welche größer gleich 1000, mehr bevorzugt größer gleich 2000, noch mehr bevorzugt größer gleich 3000 und am meisten bevorzugt größer gleich 3500 Gene aus Corynebacterium glutamicum umfassen.

Es ist aber möglich und erfindungsgemäß besonders bevorzugt, Arrays herzustellen, welche lediglich mindestens 2, insbesondere mindestens 10, bevorzugt mindestens 50 und mehr bevorzugt mindestens 100 Gene

aufweisen, wobei solche Spezial-Arrays charakteristische Muster oder Expressionsprofile für eine bestimmte Wachstumsphase oder/und Medienzusammensetzung ergeben. Während es möglich ist, Arrays herzustellen, die ausschließlich Nukleinsäuren, wie in den Ansprüchen 1 (a) bis 1 (e) definiert umfassen, ist es oftmals auch vorteilhaft, Arrays herzustellen, in denen neben diesen Nukleinsäuren auch Nukleinsäuren enthalten sind, welche auf andere Gene von Corynebacterium glutamicum gerichtet sind oder welche Nukleinsäuren enthalten, welche nicht von Corynebacterium glutamicum abgeleitet sind.

In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform umfasst die Erfindung einen Array von DNA-Sonden, die auf einem festen Träger immobilisiert sind, wobei der Array mindestens 10 Sonden und nicht mehr als 200.000 verschiedene DNA-Sonden aufweist, die jeweils eine Länge von 15 bis 4.000 Nukleotide besitzen, wobei diese Sonden an getrennten, bekannten Stellen des Arrays angeordnet sind, wobei die DNA-Sonden mindestens eine Sonde umfassen, die exakt komplementär zu ausgewählten Referenzsequenzen eines eine gewünschte Verbindung erzeugenden Mikroorganismus sind.

In einer bevorzugten Ausführungsform der Erfindung sind diese DNA- Proben Nukleinsäuren, die einen genomischen Bereich eines Mikroorganismus abdecken, welche beispielsweise aus einer genomischen Shot-Gun-Bibliothek erhalten werden.

In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform der Erfindung sind die DNA-Sonden Nukleinsäuren, die z. B. durch eine Polymerasekettenreaktion erhalten werden, und welche ein vollständiges genetisches Element, ein internes Fragment eines genetischen Elements oder das genetische Element und zusätzlich flankierende Bereiche davon umfasst.

In einer besonders bevorzugten Ausführungsform der Erfindung sind die DNA-Sonden einzelsträngige Nukleinsäuren, die z. B. durch eine Synthese auf dem Chip oder durch ein Aufbringen von vorsynthetisierten Oligonukleotiden erhalten werden, welche komplementär zu Nukleinsäuren des Mikroorganismus sind.

In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform der Erfindung ist die Referenzsequenz eine einzelsträngige Nukleinsäure und es befinden sich Sonden, die komplementär zu der einzelsträngigen Nukleinsäure oder zu einer DNA oder RNA-Kopie (cDNA/cRNA) der einzelsträngigen Nukleinsäure der Referenzsequenz in dem Array. Die Referenzsequenz ist insbesondere eine c-Polynukleotidsequenz eines Corynebacterium glutamicum Stammes.

In einer anderen Ausführungsform der Erfindung kann die Quantifizierung der Transkriptionsstärke durch PCR mit vorgeschalteter Reverser Transkription (RT-PCR), bevorzugt durch Echtzeit-PCR mit vorgeschalteter Reverser Transkription erfolgen (real time RT-PCR), (Freeman et al.

Biotechniques 1999 Jan ; 26 (1) : 112-22, 124-5 ; Nolden et al. FEMS Microbiol Lett. 2001 Ju ! 10 : 201 (1) : 91-8).

Die Erfindung betrifft weiterhin einen Array umfassend mindestens ein Polypeptid, ausgewählt aus den von durch Nukleinsäuren gemäß Anspruch 1 (a) bis 1 (e) codierten Polypeptiden oder/und mindestens einen Antikörper gegen ein solches Polypeptid.

Grundsätzlich kann ein solcher Protein-Array mit den gleichen Prinzipien, wie oben für den Nukleinsäure-Array beschrieben, hergestellt werden (Stoll et al., Frontiers in Bioscience 6, d12-25, Jan 1,2001). Die auf dem Array immobilisierten Proteinsonden sind bevorzugt Antikörper, die zur Bindung des gewünschten Proteins befähigt sind. Es können aber auch von Corynebacterium glutamicum abgeleitete Polypeptide auf einer entsprechenden Oberfläche immobilisiert werden, so dass diese dann

spezifische Wechselwirkungen mit anderen Proteinen und niedermolekularen Substanzen zeigen. Es ist auch möglich, auf dem Array Moleküle, beispielsweise Biomoleküle, Aptamere oder auch kleine organische oder anorganische Moleküle zu immobilisieren, welche mit einem Peptid, wie oben definiert, bindefähig sind. Beispielsweise kann ein solcher Array Inhibitoren für das Polypeptid enthalten.

Die oben beschriebenen funktionellen Assays können beispielsweise zur Quantifizierung von Proteinen oder auch zur Aktivitätsbestimmung von Proteinen eingesetzt werden. Es ist aber auch möglich diese Arrays zur Bestimmung der Funktion bzw. zur Auffindung von Inhibitoren von bestimmten Proteinen zu verwenden.

Die erfindungsgemäßen Assays eignen sich insbesondere für die Analyse von Corynebacterium glutamicum. Da Corynebacterium glutamicum im industriellen Maßstab zur Herstellung verschiedener Verbindungen, wie beispielsweise L-Lysin eingesetzt wird, können die erfindungsgemäßen Arrays insbesondere zur Überwachung des Fermentationsprozesses von Corynebacterium glutamicum eingesetzt werden. Dabei wird bevorzugt das Expressionsniveau von zellulärer mRNA von Corynebacterium analysiert und daraus ein Genexpressionsmuster bzw. ein Genexpressionsprofil erstellt. Solche Genexpressionsmuster können beispielsweise zur Differenzierung zwischen unterschiedlichen Stämmen aber auch zur Bestimmung von Umgebungsbedingungen verwendet werden. Weiterhin ist es möglich durch Auswahl geeigneter Sonden den jeweiligen Zustand, beispielsweise Wachstumszustand von Corynebacterium glutamicum zu bestimmen. Die auf diese Weise gewonnenen Daten lassen sich insbesondere zur Einstellung der Lebensbedingungen oder/und des Fermentationsprozesses nutzen, um eine Optimierung an gewünschtem Produkt zu erhalten. So kann z. B. festgestellt werden, ob der Fermentationsprozess bzw. die eingesetzten Mikroorganismen noch

zufriedenstellend arbeiten oder ob ein Abbruch des Prozesses oder z. B. eine Zugabe von limitierenden Nährstoffen angezeigt ist.

Die erfindungsgemäßen Arrays können insbesondere auch zu einem Mustervergleich bzw. zu einer Mustererkennung verwendet werden. Es gibt . verschiedene Variationen bei der fermentativen Herstellung von L-Lysin, wie z. B. im U. S. Patent 6,133,000 beschrieben. In der Patentschrift US-A- 5770409 wird beschrieben, dass durch die Begrenzung der Kohlenstoffquelle insbesondere Glucose und Saccharose in einem Zulaufverfahren (fed batch) die Ausbeute gesteigert und die Nebenproduktbildung gesenkt werden kann. In der phillipinischen Offenlegungsschrift (PH 27995 A 19940126) und bei Pham et al. (Microb.

Util. Renewable Resour. 1995 : 9,539-544) wird ein repetitives Verfahren (repeated batch) zur Herstellung von L-Lysin mit Stämmen von coryneformen Bakterien beschrieben. Ebenso ist eine Kombination beider Technologien als repetitives Zulaufverfahren (repeated fed batch) möglich (Res. Discl. 431 (43110), 427-429 (2000)). Eine Fermentationsvariante mit besonders hoher Produktivität stellt die kontinuierliche Fermentation dar (EP0796916). Bei einer kontinuierlichen Fermentation stehen die Zufütterung vom Produktionsmedium und der Ablauf von Kulturbrühe im Gleichgewicht, so dass sich ein stetiger Produktstrom ergibt.

Das Wachstumsmedium einer Fermentation enthält als Kohlenstoffquelle typischerweise Zucker wie z. B. Glucose, Stärkehydrolysat, Saccharose oder Melasse. Als Stickstoffquelle können organische, Stickstoffhaltige Verbindungen wie Peptone, Hefeextrakt, Fleischextrakt, Malzextrakt, Maisquellwasser, Sojabohnenmehl und Harnstoff oder anorganische Verbindungen wie Ammoniumsulfat, Ammoniumchlorid, Ammoniumphosphat, Ammoniumcarbonat und Ammoniumnitrat verwendet werden. Die Stickstoffquellen können einzeln oder als Mischung verwendet werden. Als Phosphorquelle können Phosphorsäure, Kaliumdihydrogenphosphat oder Dikaliumhydrogenphosphat oder die

entsprechenden Natriumhaltigen Salze verwendet werden. Das Kulturmedium muss weiterhin Salze von Metallen enthalten wie z. B.

Magnesiumsulfat oder Eisensulfat, die für das Wachstum notwendig sind.

Schließlich werden essentielle Wuchsstoffe wie Aminosäuren (z. B.

Homoserin) und Vitamine (z. B. Biotin oder Thiamin) zusätzlich zu den oben genannten Stoffen eingesetzt. Zur Kontrolle der Schaumentwicklung können Antischaummittel wie z. B. Fettsäurepolyglykolester eingesetzt werden. Das Produktionsmedium enthält typischerweise lediglich einen Zucker wie z. B. Stärkehydrolysat, Glukose, Saccharose, Melasse oder eine Mischung derselben und eine anorganische Stickstoffquelle wie z. B.

Ammoniumsulfat. Alternativ können diese Komponenten auch separat zugefüttert werden. Während der Wachstums-bzw. Produktionsphase wird die Temperatur bei 29 bis 36°C, vorzugsweise 32 bis 35°C geregelt. Der Betriebsdruck wird auf 0 bis 1,5 bar, vorzugsweise 0,7 bis 1,2 bar, Überdruck eingestellt. Der Sauerstoffpartialdruck wird auf 10 bis 30%, vorzugsweise ca. 20%, Luftsättigung geregelt. Die Regelung des pH- Wertes auf pH ca. 7,0 kann mit 25% igem Ammoniakwasser erfolgen.

Diese Fermentationen können grundsätzlich in eine Biomasse- Bildungsphase, eine Produktionsphase sowie verschiedene verfahrens-oder nährstoffbedingte Phasenübergänge unterteilt werden. Man spricht hier auch von Fermentationsphasen, wobei diese signifikante Überlappungen miteinander aufweisen können.

1. Biomasse Bildungsphase : In dieser Phase wird der Mikroorganismus üblicherweise sequenziell in stetig steigenden Volumina angezogen und schließlich aus einem finalen Vorfermenter in den Produktionskessel überführt. Hierbei wird der Mikroorganismus jeweils mit den notwendigen Nährlösungen und Sauerstoff versetzt, so dass das Zellwachstum möglichst optimal stattfinden kann. In dieser Phase wachsen also die Zellen, d. h. der Biokatalysator für die Umwandlung der Kohlenstoff-und Stickstoffquelle in

das gewünschte Produkt wird bereitgestellt. Das Wachstum im Produktionsfermenter erfolgt üblicherweise bis zu einer bestimmten erwünschten Zelldichte, welche z. B. durch die Zusammensetzung der zugegebenen Nährlösung eingestellt werden kann. Eine Biomasse-Bildung erfolgt während des gesamten Fermentationsverlaufen, wobei der überwiegende Teil der Biomassebildung, je nach Animpfdichte, <BR> <BR> <BR> <BR> Wachstumseigenschaft des Mikroorganismus und Medienzusammenstellung, nach 8 bis 25 Stunden, bevorzugt 10 bis 16 Stunden abgeschlossen ist.

2. Produktionsphase In dieser Phase wird den Zellen dosiert ein Produktionsmedium zugefüttert, so dass eine verstärkte Produkt-Bildung erfolgt. Die Nährstoffe werden dabei durch den Stoffwechsel der Bakterien in das Produkt, z. B. in L-Lysin umgewandelt. Nach 0 bis 9 Stunden, vorzugsweise nach 5 bis 7 Stunden, wird noch während der Biomasse-Bildungsphase ein Produktionsmedium mit einem festen Zufütterungsschema (feed profile) zugeführt. Alternativ können die Komponenten des Produktionsmediums auch separat zugefüttert werden. Bei einem fed-batch-Ansatz wird die Fermentation nach 30 bis 60 Stunden, vorzugsweise 36 bis 48 Stunden beendet und geerntet. Bei einem repeated fed-batch-Ansatz wird der Fermenter nur partiell geerntet und anschließend wird mit der verbliebenen Kulturbrühe ein neuer fed-batch-Ansatz wie oben beschrieben gestartet. In Abhängigkeit von der Stabilität des verwendeten Stammes kann das Verfahren mindestens 3 bis 6 mal wiederholt werden. Kontinuierliche Produktionsverfahren können 100 Stunden bis zu einem Jahr, vorzugsweise 500 bis 1500 Stunden andauern.

3. Phasenübergänge : Im Verlauf der oben beschieben Fermentationsverfahren kann es technische bedingte Schwankungen während der Produktion wie z. B. Schwankungen in der Temperatur, Schwankungen in der Rührergeschwindigkeit, Ausfall

von Sauerstoffzufuhr, Ausfall der pH-Regelung ; Variationen in der Reinheit, Menge und Zusammensetzung der zugegebenen Nährstoffe sowie biologische Veränderungen wie z. B. Stress oder Regulation durch die Zelldichte des Mikroorganismus geben. Dies ruft Veränderungen, Limitationen oder auch ein Überangebot von verschiedenen Medienbestandteilen oder Umgebungsbedingungen hervor, was wiederum zu Veränderungen der physiologischen Eigenschaften des Mikroorganismus führen kann. Diese Veränderungen werden als Phasenübergänge bezeichnet.

Diesen Phasenübergängen kommt ebenfalls eine große Bedeutung bei der biotechnologischen Produktion zellulärer Metaboliten zu. Oft wird z. B. bewusst eine Wachstumslimitierung eingeführt indem ein oder mehrere essentielle Nährstoff limitiert werden, wie z. B. Phosphat-und Kohlenstoffquelle bei der kontinuierlichen Lysin-Fermentation mit Corynebacterium glutamicum (EP0796916). Daneben kann es vorteilhaft sein geeignete Maßnahmen einzuleiten, um negative Reaktionen, wie z. B. eine verringerte Produktbildungsrate, des fermentierenden Organismus auf die oben genannten Stresssituationen zu vermeiden.

Der Fermentationsverlauf kann mit Hilfe der erfindungsgemäßen Arrays, insbesondere mit Hilfe von DNA-Chips, aber auch durch real-time RT-PCR oder Protein-Microarrays überprüft, überwacht oder/und kontrolliert werden. Dies geschieht beispielsweise durch einen Vergleich von Genexpressionsmustern aus einer laufenden Fermentation mit bekannten Genexpressionsmustern. Die Erfindung stellt insbesondere Markergene, d. h.

Gene deren Expression sich in Abhängigkeit von der Fermentationsphase bzw. bei einem Phasenübergang ändert, für die einzelnen Phasen bereit, die in den Tabellen 1-3 aufgelistet sind.

Tabelle 1 zeigt Gene, die in der Biomasse-Bildungsphase bezogen auf die Gesamtfermentation verstärkt exprimiert sind. Ein Array zur Überwachung

des Zellwachstums ist bevorzugt auf die Erkennung mindestens eines, insbesondere mindestens zwei, bevorzugt mindestens zehn, insbesondere mindestens zwanzig und am meisten bevorzugt mindestens vierzig oder aber auch aller dieser Gene gerichtet.

Tabelle 2 zeigt Gene, die in der Produktionsphase bezogen auf die Gesamtfermentation verstärkt exprimiert sind. Ein Array zur Überwachung der L-Lysin Produktion ist deshalb bevorzugt auf die Erkennung mindestens eines, insbesondere mindestens zwei, mehr bevorzugt mindestens zehn, am meisten bevorzugt mindestens zwanzig und noch mehr bevorzugt mindestens vierzig oder aber auch aller in Tabelle 2 angegebener Gene gerichtet.

Tabelle 3 schließlich zeigt Gene, deren Expression sich im Verlauf von Übergangsphasen verändert. Ein Array zur Überwachung der Übergangsphase ist deshalb bevorzugt auf die Erkennung mindestens eines, insbesondere mindestens zwei, mehr bevorzugt mindestens zehn, am meisten bevorzugt mindestens zwanzig und noch mehr bevorzugt mindestens vierzig oder aber auch aller Gene aus Tabelle 3 gerichtet.

Gerade in den Übergangsphasen, in der eine Adaption der Zellen an veränderte Umgebungsbedingungen stattfindet, treten viele Änderungen auf, so dass hier eine Überwachung vorteilhafterweise durchgeführt werden kann.

Während es erfindungsgemäß möglich ist, Arrays bereitzustellen, die speziell zur Überwachung oder Kontrolle des Zellwachstums, der Zelladaption oder der L-Lysin Produktion angelegt sind (also Phasenarrays zur Überwachung der einzelnen Phasen) ist es auch möglich und bevorzugt, einen Array bereitzustellen, mit dem mindestens zwei der Phasen und bevorzugt alle Phasen überwacht werden können. Ein solcher Array ist bevorzugt auf die Erkennung mindestens jeweils eines Gens, mehr bevorzugt von mindestens jeweils fünf Genen, noch mehr bevorzugt von

mindestens jeweils zehn, zwanzig, vierzig oder einhundert Genen aus der Tabelle 1, aus der Tabelle 2 oder/und der Tabelle 3 gerichtet. In einer besonders bevorzugten Ausführungsform ist der Array auf die Erkennung aller in den Tabellen 1,2 und 3 angegebener Gene gerichtet.

Eine weitere Ausführungsform der Erfindung betrifft auch ein Verfahren zur Analysierung einer Polynukleotidsequenz eines Mikroorganismus, beispielsweise Corynebacterium glutamicum durch die Verwendung eines Arrays von DNA-Sonden, die auf einem festen Träger immobilisiert sind, wobei die verschiedenen DNAs verschiedene Bereiche oder Zellen des Arrays belegen, wobei das Verfahren das Markieren der Polynukleotidsequenz oder Fragmente davon, Aufbringen der <BR> <BR> <BR> <BR> Polynukleotidsequenz oder Fragmente davon unter Hybridisierungsbedingungen auf den Array und Beobachten des Ortes der Markierung auf der Oberfläche, die mit bestimmten Mitgliedern der aufgebrachten DNAs assoziiert ist. Als Markierung werden insbesondere Fluoreszenzmarkierungen oder/und radioaktive Markierungen eingesetzt.

Die DNA-Chips der Erfindung können verwendet werden, um verschiedene RNA-Sequenzen oder Fragmente davon zu untersuchen und nachzuweisen.

Zu diesem Zweck werden die Polynukleotidsequenzen oder Fragmente davon oder eine Kopie der Polynukleotidsequenz oder Fragmente davon des zu untersuchenden Mikroorganismus auf den DNA-Chip unter Hybridisierungsbedingungen aufgebracht.

Die Sequenzen geeigneter Mikroorganismen, welche gewünschte Verbindungen erzeugen, beispielsweise Corynebacterium, können in verschiedenen Datenbanken gefunden werden, z. D. der Datenbank NCBI (National Center For Biotechnology Information). Die Datenbank ist zu finden in der National Liabory of Medicine, Building 38A, Room 8N 805, Bethesda, MD 20894 USA (http ://www. ncbi. nim. nih. gov).

In einer bevorzugten Ausführungsform der Erfindung werden die erfindungsgemäßen Arrays zur Überwachung oder/und zum Monitoring des Transkriptionsprofiles von Zellen während einer Fermentation verwendet.

Weiterhin können die Arrays zum Monitoring des Transkriptionsprofiles der in den Tabellen 1-3 beschriebenen Gene während einer Fermentation verwendet werden.

Die Arrays gemäß der Erfindung werden bevorzugt in einem Verfahren zum Überwachen eines Fermentationsverfahrens eingesetzt, bei dem Polynukleotidsequenzen oder Fragmente davon eines eine gewünschte Verbindung erzeugenden Mikroorganismus analysiert werden. Bevorzugt wird ein Array verwendet, der DNA-Sonden umfasst, von denen mindestens eine exakt komplementär zu ausgewählten Referenzsequenzen des Mikroorganismus sind. Die Sonden werden auf einen festen Träger immobilisiert, wobei unterschiedliche Sonden-DNAs unterschiedliche Zellen oder Bereiche des Arrays belegen. Bei dem Verfahren wird die Referenzpolynukleotidsequenz oder Fragmente davon markiert, die <BR> <BR> <BR> <BR> Polynukleotidsequenz oder Fragmente davon unter Hybridisierungsbedingungen auf den Array aufgebracht und der Ort und die Intensität der Markierung auf den mit bestimmten Mitgliedern der Sonden- DNA assoziierten Oberflächen beobachtet.

In einer bevorzugten Ausführungsform wird eine Polynukleotidsequenz eines Corynebacterium glutamicum Stammes analysiert, wobei die Mikroorganismen bevorzugt aus einer Fermentationsbrühe abgetrennt wurden. Es ist aber möglich, mit der dargestellten Methode und entsprechenden DNA-Arrays auch andere Mikroorganismen wie z. B.

Escherichia coli zu analysieren.

Der Array kann weiterhin verwendet werden, um die Expression der Gene eines Mikroorganismus zu überwachen, der zur Herstellung einer

Feinchemikalie fermentiert wird. In einer bevorzugten Ausführungsform wird der Fermentationsprozess durch folgende Schritte überwacht : (a) Fermentation von Bakterien, welche L-Aminosäuren, Vitamine, Metaboliten, Antioxidantien, zelluläre oder segregierte Proteine, Pigmente, Nukleotide, Zucker oder/und Peptide erzeugen, (b) Isolieren der Mikroorganismen-Zellen während der Fermentation und Präparation der zellulären Ribonukleinsäure (RNA), (c) Markieren der isolierten RNA mit einer bekannten Technik, wie etwa einer Direktmarkierungsmethode oder einer Inkorporation von markierten Nukleotiden während der Erzeugung einer Kopie der isolierten RNA (z. B. in eine cDNA/cRNA)', (d) anschließend Hybridisieren der markierten RNA/cDNA/cRNA auf einen Array, welcher einzelsträngige oder doppelsträngige Nukieinsäuresonden für den Nachweis von Transkripten von coryneformen Bakterien umfasst, (e) Detektion der Signale des Hybridisierungsmusters durch bekannte Verfahren, (f) Vergleich der erhaltenen Hybridisierungsmuster und (g) Verwendung der erhaltenen Ergebnisse der Verbesserung des Verfahrens und der Produktivität.

Zur Überwachung einer Fermentation kann beispielsweise RNA aus einer laufenden Fermentation präpariert, markiert und mit Hilfe von DNA-Arrays analysiert werden. Das erhaltene Transkriptionsmuster wird mit dem Transkriptionsprofil einer guten Fermentation, d. h. beispielsweise mit der erwarteten Produktausbeute, verglichen. Je nach erhaltenem Transkriptionsprofil können bei Handlungsbedarf verschiedene Maßnahmen zur Optimierung der Fermentation ergriffen werden.

Viele Änderungen im Transkriptionsprofil bzw. Regulationsvorgänge treten während der Biomasse-Bildungsphase auf. Durch diese Änderungen im

Transkriptionsprofil wird die Proteinzusammensetzung der Zelle festgelegt.

Geringe Änderungen in der Transkriptionsstärke einzelner Gene oder Gengruppen während der Biomasse-Bildungsphase können so die Proteinzusammensetzung und damit die Stoffwechselaktivität der Zelle während der Produktionsphase beeinflussen. Durch DNA-Array- Überwachung der Biomassebildungsphase lässt sich so zum Teil schon im Vorfeld der Produktionsphase eine Aussage zur späteren Produktivität oder Ausbeute der Fermentation treffen.

Während der Produktionsphase kommt es kaum zu Änderungen des Transkriptionsprofiles. Sollten in einer laufenden Fermentation trotzdem Änderungen des Transkriptionsprofiles auftreten ist dies ein Indikator für Regulationsvorgänge. Sollten im Verlauf der Fermentation unerwünschte Effekte, wie z. B. eine Nährstofflimitation oder eine Veränderung der Produktivität oder der physiologischen Aktivität der Bakterien auftreten, können hierdurch ausgelöste Regulationsvorgänge durch Transkriptquantifizierung detektiert werden. Durch geeignete Maßnahmen wie z. B. die Veränderung das pH-Wertes, die Veränderung der Begasung, die Veränderung der Rührerdrehzahl, die Veränderung der Temperatur, die verstärkte oder verminderte Zufütterung von der Kohlenstoffquelle oder von Medienbestandteilen können diese unerwünschten Effekte aufgehoben werden. Neben der Variation von Fermentationsparametern, um wieder optimale Produktionsbedingungen herzustellen, kann es auch geschehen, dass eine Fermentation instabil wird und die Produktivität sinkt. Dies kann durch das Transkriptionsprofil detektiert werden, sodass gegebenenfalls ein Abbruch der Fermentation herbeigeführt werden kann. Beispielsweise kann so aber auch die Zyklusanzahl bei repeated fed-batch Fermentationen oder die Fermentationsdauer bei einer kontinuierlichen Kultur gesteuert werden.

Die erfindungsgemäße Methode zur Überwachung einer Fermentation ermöglicht die Identifizierung der Gene, deren reguliert Genexpression für eine produktive Fermentation notwendig ist. Diese Information kann zur

Entwicklung neuer, verbesserter Stämme von Corynebacterium eingesetzt werden ; d. h. während einer Fermentation differenziell regulierte Gene können in optimierten Produktionsstämmen verstärkt oder abgeschwächt werden, was zur Erhöhung der Produktivität einer Aminosäuefermentation führt (DE 10139062, EP-A-1174520). Deshalb umfasst die Erfindung weiterhin einen Vektor, insbesondere einen rekombinanten Vektor der mindestens eine Kopie der in Tabelle 1,2 oder 3 aufgeführten Nukleinsäure, bevorzugt in operativer Verknüpfung mit Expressionskontrollsequenzen (z. B. Promotor, Operator, Enhancer etc.) enthält, sowie eine Zelle, die mit einer in Tabelle 1,2 oder 3 aufgeführten Nukleinsäure oder Vektor transformiert ist. Die Erfindung betrifft weiterhin eine Zelle, insbesondere eine natürlich nicht vorkommende Zelle, in der eine ursprünglich vorhandene Nukleinsäure, wie sie hierin definiert ist, inaktiviert ist. Besonders bevorzugt handelt es sich bei einer solchen Zelle um eine Corynebacterium glutamicum Zelle. Für diese Ausführungsform wird eine Zelle, in welcher natürlicherweise eine in Tabelle 1,2 oder 3 aufgeführten Nukleinsäure vorliegt, verändert, indem die Nukleinsäure inaktiviert wird.

Die Inaktivierung kann auf bekannte Weise, beispielsweise durch Insertion von Transposons oder Interposons oder durch Deletion mindestens eines Teils der Sequenz durchgeführt werden.

In einer bevorzugten Ausführungsform werden hierfür die bevorzugten Gene aus den Tabellen 1,2 und 3 eingesetzt.

Beispiele Beispiel 1 Herstellung von Microarrays : Die Primer für die Herstellung der PCR-Produkte, die als Sonder auf dem Array immobilisiert werden, wurden mit Hilfe der Primer3-Software ausgewählt. Hierzu wurden die vorgegebenen Parametereinstellungen verwendet mit Ausnahme der PCR-Produktlänge. Diese wurde auf 150 bis 600 Basenpaare mit einer optimalen Länge von 500 Basenpaaren

festgesetzt. (Steve Rozen, Helen J. Skaletsky (1998) Primer3. http ://www- genome. wi. mit. edu/genome_software/other/primer3. html.) Auf der Basis der verfügbaren Genomsequenz wurden Primerpaare für alle putativen offenen Leserahmen ausgewählt. Als Beispiel sei hier die Primersequenz für die Amplifikation des aceA Gens genannt : aceA 1 : 5'ccacacctaccctgaccagt 3' aceA2 : 5'ggctcgagaccattcttgac 3' Die ausgewählten Primer wurden von der Firma MWG-Biotech AG (Ebersberg, Deutschland) synthetisiert und nach der Standard-PCR- Methode von Innis et al. (PCR protocols. A guide to methods and applications, 1990, Academic Press) mit Taq-Polymerase der Firma Roche Diagnostics GmbH (Mannheim, Deutschland, Product No. 1 146 165) die PCR Reaktion durchgeführt.

Chromosomale DNA als Template für die PCR Reaktion wurde vom Corynebacterium glutamicum Stamm ATCC 13032 nach der Methode von Eikmanns et al. Isoliert (Microbiology 140 : 1817-1828 (1994)). Mit Hilfe der Polymerase Kettenreaktion erlauben die Primer die Amplifikation von internen DNA-Fragmenten der ausgewählten Gene, die als Hybridisierungssonde auf einem DNA-Array immobilisiert werden. Die Qualität der PCR-Produkte wurde elektrophoretisch auf einem 1.0% igen Agarosegel überprüft.

Die PCR-Produkte wurden mit Hilfe von Multiscreen PCR Platten (Cat. No.

MANU 030 10, Millipore Corporation, Bedford, MA, USA) nach Angaben

des Herstellers entsalzt und aufgereinigt. Diese Sonden DNA's wurden mit Immobilisierungspuffer versetzt und mit Hilfe eines Microgrid Microarray Spotters (Biorobotics, Cambridge, UK) auf GAPS-coated Slides (Corning GmbH, Wiesbaden, Deutschland) nach Angaben des Herstellers immobilisiert.

Beispiel 2 Herstellung von L-Lysin mit Hilfe von Corynebacterium glutamicum ÄTCC21513 In einem 14 1-Bioreaktor Modell ED der Firma B. Braun, Melsungen wurden 3.8 kg des Mediums M1 mit 0.5 kg Inokulum beimpft. Die Fermentation wurde bei einem Überdruck von 500 mbar durchgeführt. Der Sauerstoffpartialdruck sank innerhalb von 5 h auf den Regelwert von 20 %, auf welchen er mit Rührerdrehzahlen von 400 bis 940 rpm während der restlichen Fermentationszeit eingestellt wurde. Der Zuluft-Strom betrug 4.5 I/h. Nach der 5. h wurde die Zufuhr des Mediums M2b mit einer konstanten Rate von 28 g/h gestartet. Die Kultivierung erfolgte bis zur 10. h bei 32°C und bei pH 7.0. Nach der 10. h wurde eine Temperatur von 34°C und ein pH von 7.3 eingestellt. Nach der 10. h wurde die Zufuhr des Mediums M2a gestartet. 25-prozentiges Ammoniakwasser wurde als Base-Dosage zugeführt. Die Fermentation wurde nach 45 h beendet.

Anschließend wurden die optische Dichte (OD) mit einem Digitalphotometer vom Typ LP1W der Firma Dr. Bruno Lange GmbH (Berlin, Deutschland) bei einer Messwellenlänge von 660 nm und die Konzentration an gebildetem L- Lysin mittels ASA bestimmt.

In den Fermentationsendprobe wurde nach Ende der Fermentation eine L- Lysin Konzentration von 59 g/1 festgestellt.

M1 Komponente Menge pro kg Saccharose 24,0 g Melasse 24,0 g Maiskleberhydrolyst 45,6 g (NH4)2SO4 10,0 g MgSO4 # 7H29 750 mg H3PO4 (89 %) 1,75 g Citronensäure 600 mg FeSO4 # 7H2O 30 mg MnSO4 H2O 30 mg ZnSO4 # 7H2O 1,5 mg Biotin (2 %) 25 mg Thiamin # HCl 0,2 mg L-Threonin 442 mg L-Methionin 477 mg Struktol J647 600 mg M2a Komponente Menge pro kg Saccharose 566 g

M2b Komponente Menge pro kg Maiskleberhydolysat 240,4 g (NH4)2SO4 33,7 g MgSO4 # 7H2O 2,1 g Citronensäure 1,7 g FeSO4 7H2O 84 mg MnSO4 # H2O 84 mg Biotin (2 %) 42 mg Thiamin HCI 0,53 mg L-Methionin 2,64 g L-Threonin 2,46 g Beispiel 3 : Isolierung von RNA aus C. glutamicum und DNA-Array Analyse Aus der in Beispiel 2 beschrieben C. glutamicum Fermentation wurden zu unterschiedlichen Zeitpunkten Proben genommen und Gesamt-RNA isoliert.

Dafür wurde ein angemessenes Volumen der Fermentationsbrühe, beispielsweise 5 ml einer solchen Kultur, mit dem gleichen Volumen eiskalter 20 mM NaN3 Lösung versetzt und dadurch abgetötet (Katalog Nummer 1.06688.0100, Merck, Darmstadt, Deutschland). Die Zellen wurden durch 10minütige Zentrifugation bei 10.000 x g geerntet. Die RNA Präparation erfolgte durch mechanische Zelllyse im Ribolyser (Katalog Nummer HB6000-120, Hybaid, Heidelberg, Deutschland) mit dem Hybaid RiboLyser T"Blue Kit (Katalog Nummer RY61100 Hybaid, Heidelberg, Deutschland) nach Angaben des Herstellers. Die in dieser RNA-Präparation enthaltene DNA Kontamination wurde durch Behandlung mit DNAseI und anschließende RNA Aufreinigung mit Spin-Säulen nach Angaben des Herstellers entfernt (SNAP total RNA isolation kit, Invitrogen Corporation, Carlsbad, CA, USA ; Cat. No. K1950-05).

50 g einer solchen RNA Präparation wurden für ein Markierungsexperiment eingesetzt. Dies geschah durch die Synthese einer einzelsträngigen DNA-Kopie (cDNA). Zur Markierung wurden 50, ug Gesamt-RNA mit 5, ug Oligonucleotid-Primern als Startpunkt für die Reverse Transkription versetzt. Diese Oligonukleotid-Primer bestehen aus einem equimolaren Gemisch aus zufällig generierten Hexameren und Oktameren.

Die Primer wurden von der Firma MWG-Biotech AG (Ebersberg, Deutschland) synthetisiert. Der Einbau der Fluoreszenzmarkierung und die Aufreinigung der markierten cDNA erfolgte mit Hilfe des Atlas Glass Fluorescent Labeling Kit (Cat. No. K1037-1, Clontech, Heidelberg, Germany) nach Angaben des Herstellers.

Mit dem beschriebenen Protokoll wurde fluoreszenzmarkierte cDNA aus den Fermentationsproben hergestellt. Die Prinzipien der Hybridisierung und Datenauswertung sowie weitere technische und methodische Details der DNA-Microarray Technologie sind in allgemein bekannten Lehrbüchern und Handbüchern niedergeschrieben. Als Beispiel für den Fachmann sei hier das Buch von Schena genannt (DNA Microarrays, Editor : M. Schena, Oxford Universtity Press, 1999).

Die Hybridisierung wurde in der Atlas Glass Hybridization Chamber mit Atlas GlassHyb Solution nach Angaben des Herstellers durchgeführt (Katalog Nummern 7899-1 und 8016-1 Clontech, Heidelberg, Deutschland). Die DNA-Arrays wurden mit dem Scanarray 4000 Microarray-Scanner ausgelesen (PerkinElmer, Boston, MA, USA). Die erhaltenen Bilder wurden mit der zum Scanner zugehörigen Quantarray Software ausgewertet. Die statistische Auswertung der Daten erfolgte mit Hilfe der GeneSpring Software (SiliconGenetics, Reedwood City, CA, USA).

Für jeden Vergleich wurden jeweils mindestens zwei DNA-Array Experimente durchgeführt. Die Fluoreszenz-Intensität wurde für jede Sonde einzeln ermittelt und mit der Methode des Scatter-Plot gegeneinander

graphisch dargestellt. Gene mit vergleichbarer Expressionsstärke liefern einen Datenpunkt der sich im Bereich des Faktors 2 um die Winkelhalbierende herum befindet. Gene mit einem Datenpunkt auserhalb eines Faktors 2 um die Winkelhalbierende herum sind unter den untersuchten Bedingungen differenziell reguliert.

Beispiel 4 Vergleichenden Analyse der Transkriptionsprofile zu verschiedenen Zeitpunkten einer Fermentation Aus einer C. glutamicum Fermentation, wie in Beispiel 2 beschrieben, wurden alle zwei Stunden Proben genommen, die Gesamt-RNA isoliert und verschiedene Transkriptionsmuster miteinander verglichen. Es wurden jeweils zwei bis vier Microarray-Experimente analysiert und der Mittelwert aller Datenpunkte zur weiteren Transkriptomanalyse verwendet. Die zwischen zwei untersuchten Bedingungen regulierten Gene liegen mehr als einen Faktor 2 von der Winkelhalbierenden entfernt. In den Figuren 2,3,4, 5 und 6 werden beispielhaft Expressionsprofilvergleiche gezeigt.

Figur 2 zeigt einen Scatterplot-Vergleich aus den Fermentationsproben die aus der 4. Stunde (die Signalintensitäten wurden auf die X-Achse abgebildet) und der 42. Stunde (die Signalintensitäten wurden auf die Y- Achse abgebildet) der Fermentation gewonnen wurden. Verglichen wurde hier die frühe Biomassebildungsphase ohne gleichzeitige Lysin-Produktion mit der späten Produktionsphase. 875 Gene werden zwischen diesen beiden Bedingungen differenziell reguliert.

Figur 3 zeigt einen Scatterplot-Vergleich aus den Fermentationsproben die aus der 6. Stunde (die Signalintensitäten wurden auf die X-Achse abgebildet) und der 16. Stunde (die Signalintensitäten wurden auf die Y- Achse abgebildet) der Fermentation gewonnen wurden. Verglichen wurde hier die frühe Biomassebildungsphase ohne gleichzeitige Lysin-Produktion

mit der späten Biomassebildungsphase mit gleichzeitiger Lysin-Produktion.

410 Gene wurden differenziell reguliert.

Figur 4 zeigt einen Scatterplot-Vergleich aus den Fermentationsproben die aus der 16. Stunde (die Signalintensitäten wurden auf die X-Achse abgebildet) und der 18. Stunde (die Signalintensitäten wurden auf die Y- Achse abgebildet) der Fermentation gewonnen wurden. Verglichen wurde hier die späte Biomassebildungsphase bei gleichzeitiger Lysin-Produktion mit der frühen Produktionsphase. 208 Gene wurden differenziell reguliert.

Figur 5 zeigt einen Scatterplot-Vergleich aus den Fermentationsproben die aus der 18. Stunde (die Signalintensitäten wurden auf die X-Achse abgebildet) und der 38. Stunde (die Signalintensitäten wurden auf die Y- Achse abgebildet) der Fermentation gewonnen wurden. Verglichen wurde hier die frühe Produktionsphase mit der späten Produktionsphase. 35 Gene wurden differenziell reguliert.

Figur 6 zeigt einen Scatterplot-Vergleich aus den Fermentationsproben die aus der 36. Stunde (die Signalintensitäten wurden auf die X-Achse abgebildet) und der 38. Stunde (die Signalintensitäten wurden auf die Y- Achse abgebildet) der Fermentation gewonnen wurden. Verglichen wurden hier zwei Zeitpunkte aus der späten Produktionsphase. 21 Gene wurden differenziell reguliert.

Beispiel 5 Datenauswertung und Interpretation der erhaltenen Genexpressionsmuster aus Beispiel 4.

Figur 2 (4. gegen 42. Stunde) zeigt, dass die Biomassebildungsphase ohne gleichzeitige Lysinproduktion und die Produktionsphase deutlich unterschiedliche Transkriptionsprofile zeigen.

Figur 3 (6. gegen 16. Stunde, Biomassebiidung mit und ohne gleichzeitige Lysinproduktion)) und Figur 4 (16. gegen 18. Stunde, Übergang von der gleichzeitigen Biomassebildung und Lysinproduktion zur hauptsächlichlichen Lysinproduktion) zeigen, dass es bei der in Beispiel 2 durchgeführten Fermentation bis zur 18. Fermentationsstunde zu deutlichen Veränderungen im Transkriptionsprofil während verschiedener Phasenübergänge kommt.

Figur 5 (18. gegen 38. Stunde) und Figur 6 (36. gegen 38. Stunde) zeigen, dass es bei der in Beispiel 2 durchgeführten Fermentation ab der 18. Fermentationsstunde im Verlauf der Produktionsphase nur wenige Veränderungen im Transkriptionsprofil detektierbar sind.

Die in Beispiel 4 erhaltenen Genexpressionsmuster sind die Basis für die Auswahl von bestimmten Genen, die zur Überwachung eines Fermentationsprozesses verwendet werden können. Die in den Tabellen 1, 2 und 3 beschriebenen Gene entstanden durch die Auswertung der Scatter- Plot Analysen der Transkriptionsprofile durch den Vergleich von einzelnen Zeitpunkten, sowie der Bildung von Schnittmengen aus den erhaltenen Datensätzen mit Hilfe der GeneSpring Software (Silicon Genetics, Reedwood City, CA, USA).

Tabelle 1<BR> gi#19551251 strong similarity to replication initiation protein dnaA - Mycobacterium smegmatis<BR> gi#19551252 strong similarity to dnaN protein - Mycobacterium smegmatis<BR> gi#19551255 strong similarity to DNA gyrase gyrB - Mycobacterium smegmatis<BR> gi#19551256 weak similarity to bromide peroxidase bpoA2 - Streptomyces aureofaciens<BR> gi#19551259 strong similarity to probable transcriptional regulator Rv0485 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551264 strong similarity to hypothetical 36.9 kD protein - Escherichia coli<BR> gi#19551267 similarity to c-type cytochrome biogenesis protein ccdA - Rhodobacter capsulatus<BR> gi#19551275 questionable ORF<BR> gi#19551276 questionable ORF<BR> gi#19551289 similarity to vibroactin utilization protein viuB - Vibrio vulnificus<BR> gi#19551297 similaity to hypothetical protein Rv0020c - Mycobacterium tuberculosis [putative pseudogene]<BR> gi#19551303 strong similarity to hypothetial membrane protein slr1262 - Synechocystis sp.<BR> gi#19551310 weak similarity to inner spore coat protein cotH - Bacillus subtilis<BR> gi#19551311 similarity to magnesium transport protein corA - Escherichiai coli [putative frameshift]<BR> gi#19551314 similarity to membrane protein pnuC - Salmonella typhimurium<BR> gi#19551320 strong similarity to hypothetical 2-hydroxyacid dehydrogenase - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551324 strong similarity to virginiamycins S resistance protein varS - Streptomyces virginiae<BR> gi#19551328 weak similarity to hypothetical protein - Coynebacterium glutamicum<BR> gi#19551331 hypothetical protein<BR> gi#19551340 urease-associated protein ureD - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551343 similarity to hypothetical protein SC1A8A.24c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551345 strong similarity to AMP nucleosidase amn - Escherichia coli<BR> gi#19551348 hypothetical protein<BR> gi#19551358 weak similarity to lactylglutahtione lyase gloA - Escherichia coli<BR> gi#19551359 strong similarity to hypothetical protein SCI28.03c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551361 strong similarity to alpha-ketoglutarate permease csbX - Bacillus subtilis<BR> gi#19551362 strong similarity to galactitol utilization operon repressor gatR - Escherichia coli<BR> gi#19551380 hypothetical protein<BR> gi#19551381 weak similarity to ankyrin-related protein DRA0257 - Deinococcus radiodurans<BR> gi#19551384 strong similarity to putatie integral membrane proein SCD17.08c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551388 strong similarity to hypothetical protein abrB - Escherichia coli<BR> gi#19551403 hypothetical protein<BR> gi#19551406 weak similarity to hypothetical protein PAB0037 - Pyrococcus abyssi<BR> gi#19551410 strong similarity to methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase (acylating) mmsA - Pseudomonas aeruginosa<BR> gi#19551416 strong similarity to multidrug resistance protein emrA - Escherichia coli gi#19551422 questonable ORF<BR> gi#19551448 strong similarity to hypothetical protein Rv1864c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551450 similarity to hypothetical protein tiorf100 - Agrobacterium tumefaciens<BR> gi#19551451 strong homology to capsular polysaccharide export protein rfbE - Yersinia enterocolitica<BR> gi#19551452 strong similarity to rfbD protein - Yersinia enterocolitica<BR> gi#19551459 strong similarity to the thiamine biosynthesis protein thiF - Escherichia coli<BR> gi#19551464 similarity to molybdenum transport system permease protein modB - Escherichia coli<BR> gi#19551465 strong similarity to molybdenum cofactor biosynthetic protein modA - Staphylococcus carnosus<BR> gi#19551489 strong similarity to transposase tnpa - Pseudomonas syringae<BR> gi#19551493 questionable ORF<BR> gi#19551515 strong similarity to Na+/H+ antiporter subunit mnhG - Staphylococcus aureus<BR> gi#19551578 strong similarity to UDP-sugar hydrolase ushA - Escherichia coli<BR> gi#19551580 strong similarity to alcohol dehydrogenase (NADP+) adhA - Bacillus subtillis [putative frameshift]<BR> gi#19551583 strong similarity to dTDP-glucose-4,6-dehydratase cps19fN - Streptococus penumoniae<BR> gi#19551592 similarity to csp1 protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551600 strong similarity to O-antigen repeat unit transporter wzx - Escherichia coli<BR> gi#19551602 strong similarity to UDP-N-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase murB - Bacillus subtilis<BR> gi#19551603 strong similarity to probable glycosyl transferase wbfO - Vibrio cholerae<BR> gi#19551609 strong similarity to glycosyl transferase A lgtA - Neisseria meningitidis<BR> gi#19551610 strong similarity to serine O-acetyltransferase homolog yvfD - Bacillus subtilis<BR> gi#19551617 succinate dehydrogenase A sdhA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551618 succinate dehydrogenase B sdhB - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551621 similarity to hypothetical protein SC3H12.12 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551642 similarity to hypothetical protein Rv0481c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551645 strong similarity to long-chain-fatty-acid-CoA ligase fadD - Escherichia coli<BR> gi#19551647 phosphoglycerate mutase gnm - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551648 strong similarity to phosphate response regulator histidine kinase phoR - Bacillus subtilis<BR> gi#19551656 pyrroline-5-carobyxlate reductase proC - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551662 strong similarity to glutamyl-tNA reductase hemA - Synechocystis sp.<BR> gi#19551665 similarity to transcriptional activator protein catM - Acinetobacter sp.<BR> gi#19551666 hypothetical protein<BR> gi#19551668 3-dehydroquinate dehydratase aroD - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551682 strong similarity to glutamate-1-semialdehyde 2,1-aminomutase hemL - Bacillus subtilis<BR> gi#19551683 strong similarity to hypothetical protein v0525 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551684 strong similarity to hypothetical protein v0525 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551699 strong similarity to alsSD operon activator alsR - Bacillus subtilis gi#19551701 strong similarity to hypothetical protein CAA21368.1 - Yersinia pestis<BR> gi#19551705 similarity to low-affinity inorganic phosphate transporter pitA - Escherichia coli<BR> gi#19551706 strong similarity to naphthoate synthase menB - Bacillus subtilis<BR> gi#19551716 strong similarity to heptaprenyl diphosphate synthetase component ii hepS-2 - Bacillus stearothermophilus<BR> gi#19551718 similarity to transcriptional antiterminator protein nusG - Escherichia coli<BR> gi#19551719 50S ribosomal protein L11 rplK - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551720 strong similarity to ribosomal protein L1 - Bacillus stearothermophilus<BR> gi#19551722 strong similarity to 4-aminobutyrate aminotransferase gabT - Escherichia coli<BR> gi#19551723 strong similarity to succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD(P)+ gabD - Escherichia coli<BR> gi#19551723 questionable ORF<BR> gi#19551725 strong similarity to copper-transporting ATPase copB - Enterococcus hirae [putative frameshift]<BR> gi#19551725 questionable ORF<BR> gi#19551727 hypothetical protein<BR> gi#19551728 strong similarity to 50s ribosomal protein L10 rplJ - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551729 strong similarity to 50S ribosomal protein L12 rplL - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551738 strong similarity to translation elongation factor EF-G fusA - Escherichia coli<BR> gi#19551752 strong similarity to ribosomal protein S3 - Bacillus stearothermophilus<BR> gi#19551754 strong similarity to ribosomal protein L29 - Bacillus stearothermophilus<BR> gi#19551758 strong similarity to ribosomal protein L14 - Bacillus stearothermophilus<BR> gi#19551759 strong similarity to ribosomal protein L24 rplX - Bacillus subtilis<BR> gi#19551767 hypothetical protein<BR> gi#19551770 similarity to hypothetical protein ybaF - Bacillus subtilis<BR> gi#19551774 strong similarity to ribosomal protein S8 rpsH - Bacillus subtilis<BR> gi#19551775 strong similarity to 50s ribosomal protein L6 rplF - Synechoccus sp. [putative frameshift]<BR> gi#19551777 strong similarity to ribosomal protein S5 - Bacillus stearothermophilus<BR> gi#19551778 strong similarity to ribosomal protein L30 - Acyrthosiphon kondioi (pea aphid symbiont bacterium)<BR> gi#19551782 strong similarity to betaine-aldehyde dehydrogenase precursor badh - Spinaia oleracea<BR> gi#19551787 weak similarity to pyruvate, water dikinase ppsA - Escherichia coli<BR> gi#19551793 strong similarity to methionyl aminopeptidase pepM - Salmonella typhimurium<BR> gi#19551795 strong similarity to translation initiation facor IF-1 - Bacillus subtilis<BR> gi#19551796 strong similarity to 30s ribosomal protein S13 rpsM - Bacillus subtilis<BR> gi#19551797 strong similarity to 30s ribosomal protein S11 rpsM - Bacillus subtilis<BR> gi#19551798 strong similarity to 30s ribosomal protein S4 rpsD - Bacillus subtilis<BR> gi#19551799 strong similarity to DNA-directed RNA polymerase alpha chain rpoA - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551800 strong similarity to 50s ribosomal protein L17 rplQ - Escherichia coli<BR> gi#19551809 similarity to high-alkaline serine proteinase precursor - Bacillus alcalophilus gi#19551810 similarity to hypothetical membrane protein 3C3.21 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551811 hypothetical protein<BR> gi#19551815 strong similarity to ribosomal protein L13 rpM - Staphylococcus carnosus<BR> gi#19551816 strong similarity to 30s ribosomal protein S9 rpsI - Escherichia coli<BR> gi#19551821 strong similarity to hypothetical protein B229_F1_20 - Mycobacterium leprae<BR> gi#19551823 strong similarity to hypothetical protein B229_C2_205 - Mycobacterium leprae<BR> gi#19551826 weak similarity to O-sialoglycoprotein endopeptidase - Pasteurella haemolytica<BR> gi#19551832 similarity to 60 KD chaperonin groEL - Bacillus stearothermophilus [putative pseudogene]<BR> gi#19551839 strong similarity to pecM-related protein DR1295 - Deinococcus radiodurans<BR> gi#19551840 LysR1 protein (LysR family) - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551843 weak similarity to conserved hypothetical protein TM1156 - Thermotoga maritima<BR> gi#19551844 weak similarity to nitrate/nitrite sensor protein narQ - Escherichia coli<BR> gi#19551845 similarity to nitrate/nitrite response regulator protein narL - Escherichia coli<BR> gi#19551849 similarity to hypothetical protein Rv3395c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551852 questionable ORF<BR> gi#19551855 weak similarity to hypothetical protein - Mycobacterium marinum<BR> gi#19551867 strong similarity to probable ABC transporter permease protein yaeE - Escherichia coli<BR> gi#19551872 strong similarity to hypothetical protein SCE9.01 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551875 similarity to hypothetical protein SCBAC1A6.25c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551879 strong similarity to methylenetetrahydrofolate dehydrogenase / methylenetetrahydrofolate cyclohydrolase folD - Escherichia coli<BR> gi#19551881 strong similarity to probable membrane protein SC66T3.18c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551883 homoserine O-acetyltransferase metA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551884 O-acetylhomoserine sulfhydrylase metY - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551893 hypothetical protein<BR> gi#19551894 isocitrate dehydrogenase icd - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551895 similarity to vibriobactin utilization protein viuB - Vibrio cholerae<BR> gi#19551896 strong similarity to iron transport ATp-binding protein irp1D - Corynebacterium diphtheriae<BR> gi#19551899 strong similarity to DtxR/iron regulated lipoprotein precursor irp1 - Corynebacterium diphtheriae [putative sequencing error]<BR> gi#19551900 strong similarity to chloramphenicol resistance protein cmr - Rhodococcus fascians<BR> gi#19551906 strong similarity to ABC-type permease phuU - Pseudomonas aeruginosa<BR> gi#19551907 strong similarity to tryptophanyl-tRNA synthetase trpS - Escherichia coli<BR> gi#19551910 similarity to serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase dacB - Bacillus subtilis<BR> gi#19551911 strong similarity to hypothetical protein Rv3311 - Mycobacterium tuberculosis (strain H37RV)<BR> gi#19551914 strong similarity to uracil phosphoribosyltransferase upp - Lactococcus lactis<BR> gi#19551918 strong similarity to dihydrolipoamide dehydrogenase lpd - halobacterium volcanii<BR> gi#19551922 strong similarity to cobalt reduction protein cobW - Pseudomonas denitrificans gi#19551924 strong similarity to hypothetical protein Rv1130 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551924 strong similarity to hypothetical protein Rv1130 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551927 hypothetical protein<BR> gi#19551928 strong similarity to hypothetical protein Rv1129c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551931 thiosulfate sulfurtransferase - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551933 strong similarity to hypothetical protein MLCB4.27c - Mycobacterium leprae<BR> gi#19551936 weak similarity to hypothetical protein B1308_C3_211 - Mycobacterium leprae<BR> gi#19551942 strong similarity to K(+)-uptakte protein kup - Escherichia coli<BR> gi#19551944 strong similarity to phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit purE - Brevibacterium ammoniagenes<BR> gi#19551948 similarity to ISA0963-5 transposase homology - Archaeoglobus fulgidus<BR> gi#19551949 strong similarity to glucose 1-dehydrogenase A - Bacillus megaterium<BR> gi#19551954 strong similarity to trehalose/maltose transporter Inner membrane protein malF - Thermococcus litoralis<BR> gi#19551956 strong similarity to trehalose/maltose binding protein malE - Thermococcus litoralis<BR> gi#19551965 questionable ORF<BR> gi#19551969 similarity to rhamnosyl transferase wbbL - Serratia marcescens<BR> gi#19551970 strong similarity to mannose-1-phosphaqte guanyltransferase mpg - Pyrococcus abyssi<BR> gi#19551975 strong similarity to hypothetical protein Rv3256c -Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551976 questionable ORF<BR> gi#19551979 strong similarity to adenosylhomocysteinase sahH - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551985 translocase secA subunit - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551986 questionable ORF<BR> gi#19551988 strong similarity to hypothetical protein Rv3231c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551989 strong similarity to hypothetical protein Rv3228 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551993 strong similarity to sigma factor sigH - Mycobacterium smegmatis<BR> gi#19551997 similarity to ATP-dependent RNA helicase deaD - Klebsiella pneumoniae<BR> gi#19551999 strong similarity to hypothetical protein Rv3207c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552008 strong similarity to hypothetical protein Rv3195 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552011 similarity to hypothetical protein 2SC3B6.27c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552014 strong similarity to hypothetical protein Rv2606c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552026 strong similarity to probable monophosphatase - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552029 strong similarity to cell division ATP-binding protein ftsE - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552035 similarity to iron(III) dicitrate-binding periplasmic protein fecB - Escherichia coli<BR> gi#19552047 similarity to cold shock protein cspC - Bacillus subtilis [putative frameshift]<BR> gi#19552054 strong similarity to hypothetical protein Rv0883c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552055 similarity to phosphoserine aminotransferase serC - Methanosarcina barkeri<BR> gi#19552056 citrate synthase gltA - Corynebacterium glutamicum gi#19552062 strong similarity to hypothetical protein Rv2525c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552063 strong similarity to fatty-acid synthase fas - Brevibacterium ammoniagenes [putative frameshift]<BR> gi#19552070 strong similarity to dihydrofolate reductase folA - Mycobacterium avium<BR> gi#19552071 strong similarity to thymidylate synthase thyA - Escherichia coli<BR> gi#19552072 similarity to cysQ - Escherichia coli<BR> gi#19552073 strong similarity to probable ATP-dependent helicase Ihr - Escherichia coli<BR> gi#19552076 strong similarity to probable alkaline phosphatase - Synechocystis sp.<BR> gi#19552077 similarity to cyanate transport protein cynX - Escherichia coli<BR> gi#19552078 glucose-6-phosphate isomerase pgi - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552082 weak similarity to probable membrane protein ycfU - Escherichia coli<BR> gi#19552084 similarity to transcriptional activator aphA - Vibrio cholerae<BR> gi#19552087 strong similarity to phosphoribosylglycinamide formyltransferase purN - Escherichia coli<BR> gi#19552091 hypothetical protein yjcc - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552092 similarity to 30s ribosomal protein S18 rps18 - Cyanophora paradoxa cyanelle<BR> gi#19552093 strong similarity to 30s ribosomal protein S14 rpsN -Escherichia coli<BR> gi#19552094 strong similarity to ribosomal protein L33 rpmG - Escherichia coli [putative sequencing error]<BR> gi#19552095 strong similarity to ribosomal protein L28 - Escherichia coli<BR> gi#19552110 strong similarity to hypothetical protein Rv0996 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552114 similarity to cyclomaltodextrinase CDase - Bacillus sphaericus<BR> gi#19552115 weak similarity to dolichyl-phgosphate-mannose-protein mannosyltransferase PMT1 - Saccharomyces cerevisia<BR> gi#19552116 strong similarity to conserved hypothetical protein SCE87.04c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552117 glycine betaine transporter betP - Corynebacterium glutamicum [putative frameshift]<BR> gi#19552127 strong similarity to D-lactate dehydrogenase - Escherichia coli<BR> gi#19552128 similarity to site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) Knpl - Klebsiella pneumoniae<BR> gi#19552135 strong similarity to probable lipoprotein Rv1009 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552138 similarity to oleandomycin resistance protein oleB - Streptomyces antibioticus<BR> gi#19552141 strong similarity to hypothetical protein SCF1.02 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552152 hypothetical protein<BR> gi#19552162 similarity to 2-nitropropane dioxygenase - Williopsis mrakii<BR> gi#19552165 strong similarity to general stress protein ctc - Bacillus subtilis<BR> gi#19552169 strong similarity to UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase gcaD - Bacillus subtilis<BR> gi#19552172 strong similarity to nnodulation related ABC transporter, ATP-binding protein nodl - Rhizobium sp.<BR> gi#19552173 strong similarity to hypothetical 28.3K protein - Streptomyyces lividans<BR> gi#19552174 similarity to two-component sensor histidine kinase ChrS - Corynebacterium diphtheriae<BR> gi#19552175 strong similarity to two-compnent transcription regulator upha - Escherichia coli<BR> gi#19552187 strong similarity to probable transcription regulator Rv1019 - Mycobacterium tuberculosis gi#19552188 strong similarity to transcription-repair coupling factor mfd - Bacillus subtilis<BR> gi#19552190 strong similarity to putative ABC transporter SC7A8.02 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552195 hypothetical protein<BR> gi#19552196 weak similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552199 enolase eno - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552201 strong similarity to hypothetical protein Rv1025 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552207 similarity to phage shock protein pspC - Escherichia coli<BR> gi#19552209 strong similarity to hypothetical membrane protein Rv1072 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552210 similarity to putative secreted protein SCF55.39 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552211 similarity to transcription elongation factor greA - Escherichia coli<BR> gi#19552212 strong similarity to hypothetical protein Rv1081c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552231 fumarase fum - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552249 strong similarity to hypothetical integral membrane protein SCF6.09 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552253 strong similarity to probable GTP-binding protein Rv1112 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552260 hypothetical protein<BR> gi#19552282 hypothetical protein<BR> gi#19552283 similarity to magnesium-protoprphyrin chelatase bchl - Rhodobacter sphaeroides<BR> gi#19552289 hypothetical protein<BR> gi#19552297 similarity to hypothetical protein DR1112 - Deinococcus radiodurans<BR> gi#19552302 strong similarity to benzoate transport protein benK - Acinetobacter sp.<BR> gi#19552312 strong similarity to thioredoxin peroxidase tpx - Escherichia coli<BR> gi#19552323 similarity to hypothetical protein Rv1157c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552324 strong similarity to GTPase bipA - Escherichia coli<BR> gi#19552328 strong similarity to ferredoxin [4Fe-4S] - Streptomyces griseus<BR> gi#19552340 similarity to hypothetical protein u1756n - Mycobacterium leprae<BR> gi#19552341 strong similarity to mycinamicin resistance protein myrA - Micromonospora griseorubida<BR> gi#19552342 similarity to sucrose hydrolase (invertase) cscA - Escherichia coli<BR> gi#19552345 strong similarity to probable methyltransferase Rv1220c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552348 strong similarity to hypothetical protein Rv1224 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552380 strong similarity to ATP-dependent RNA helicase deAD - Escherichia coli [putative frameshift]<BR> gi#19552388 similarity to transcriptional accessory protein MOT1 - Saccharomyces cerevisiae<BR> gi#19552398 similarity to electron transport regulator A etrA- Shewanella putrefaciens<BR> gi#19552402 strong similarity to tripeptidyl aminopeptidease precursor tap- Streptomyces lividans<BR> gi#19552404 hypothetical protein<BR> gi#19552404 diaminoimelate decarboxylase lysA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552407 homoserine dehydrogenase hom - Corynebacterium glutamicum gi#19552409 similarity to hypothetical protein Rv2621c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552410 strong similarity to nitrate reductase gamma chain narl - Bacillus subtilis<BR> gi#19552413 hypothetical protein<BR> gi#19552414 strong similarity to nitrite extrusion protein narK - Escherichia coli [puttive frameshift]<BR> gi#19552417 strong similarity to probable integral membrane protein SCJ9A.24c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552418 strong similarity to probable integral membrane protein SCJ9A.25c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552420 strong similarity to molybdopterin biosynthesis protein moeA - Escherichia coli<BR> gi#19552421 strong similarity to molybdopterin biosynthesis CNX2 protein - Arabidopsis thaliana<BR> gi#19552422 strong similarity to O-succinylbenzoate--CoA ligase menE - Bacillus subtilis<BR> gi#19552423 strong similarity to transcription termination factor rho - Micrococcus luteus<BR> gi#19552423 questionable ORF<BR> gi#19552425 hypothetical protein<BR> gi#19552430 strong similarity to H+-transporting ATP synthase lipid-binding protein atpE - Bacillus firmus<BR> gi#19552431 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552432 strong similarity to H+-transporting ATP synthase delta chain atpH - Streptomyces lividans<BR> gi#19552433 strong similarity to H+-transporting ATP synthase alpha chain atpA - Streptomyces lividans<BR> gi#19552434 strong similarity to H+-transporting ATP synthase gamma chain atpG - Streptomyces lividans<BR> gi#19552435 H+-transporting ATP synthase beta chain atpD - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552441 strong similarity to thioredoxin trxA - Mycobacterium leprae<BR> gi#19552442 strong similarity to starvation-induced protei 6 ycbN - Escherichia coli<BR> gi#19552443 strong similarity to ABC transporter membrane subunit ssuC - Pseudomonas putida<BR> gi#19552447 strong similarity to putative glucanase glgE - Mycobacterium smegmatis<BR> gi#19552448 strong similarity to ferric enterobactin transport protein fepC - Escherichia coli<BR> gi#19552449 strong similarity to hypothetical protein Rv3040c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552450 strong similarity to hypothetical protein Ry3037c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552451 strong similarity electron-transfer flavoprotein beta subunit etfB - Megasphaera elsdenii<BR> gi#19552452 strong similarity to electron transfer flavoprotein alpha chain etf - Paracoccus denitrificans<BR> gi#19552457 strong similarity to putative acetyltransferase SCF56.14c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552458 weak similarity to spermidine synthase speE - Escherichia coli<BR> gi#19552461 strong similarity to probable tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552466 strong similarity to hypothetical protein Rv3013 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552468 strong similarity to Glu-tRNA (Gln) amidotransferase subunit A gatA - Bacillus subtilis<BR> gi#19552469 similarity to vibriobactin utilization protein viuB - Vibrio cholerae<BR> gi#19552470 strong similarity to putative membrane protein SCE6.24 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552471 phosphofructokinase A pfkA - corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552473 strong similarity to ribose ABC transporter ATP-binding protein rbsA - Bacillus subtilis gi#19552474 strong similarity to high affinity ribose transort protein rbsC - Escherichia coli<BR> gi#19552491 acetolactate synthase large chain ilvB - corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552493 ketol-acid reductoisomerase ilvC - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552516 similarity to conserved hypothetidcal protein DR0721 - Deinococcus radiodurans<BR> gi#19552523 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552532 weak similarity to GTP pyrophosphokinase rel - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552533 acetate operon repressor iclR - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552534 strong similarity to 3-isopropylmalate dehydratase large chain leuC - Actinoplanes teichomyceticus<BR> gi#19552535 strong similarity to 3-isopropylamlate dehydratase small chain leuD - Azotobacter vinelandii<BR> gi#19552536 weak similarity to diadenosine tetraphosphatase - Sus crofta<BR> gi#19552538 strong similarity to glycerol-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) gpsA - Bacillus subtilis<BR> gi#19552540 similarity to hypothetical protein Rv2980 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552541 strong similarity to thiamin-monophophate kinase thiL - Salmonella typhimurium<BR> gi#19552542 strong similarity to uracil-DNA glycosylase ung - Escherichia coli<BR> gi#19552544 strong similarity to ATP-dependent DNA helicase recG - escherichia coli<BR> gi#19552546 strong similarity to probable methylase SC7A1.11 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552550 similarity to glutamine-binding periplasmic protein glnH - Escherichia coli<BR> gi#19552565 hypothetical protein<BR> gi#19552568 questionable ORF<BR> gi#19552586 strong similarity to hypothetical protein Rv1636 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552591 strong similarity to hypothetical protein Rv1637c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552595 strong similarity to translation initiation factor IF-3 infC - Rhodobacter sphaeroides<BR> gi#19552596 strong similarity to 50s ribosomal protein L35 rpml - Mycoplasma fermentans<BR> gi#19552605 questionable ORF<BR> gi#19552606 strong similarity to phenylalanine--tRNA ligase alpha chain pheS - Bacillus subtilis<BR> gi#19552616 arginine repressor argR - corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552623 strong similarity to tyrosine--tRNA ligase tyrS - Bacillus subtilis<BR> gi#19552643 strong similarity to cytidylate kinase cmk - Bacillus subtilis<BR> gi#19552646 similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552651 strong similarity to probable Na+/H+ antiporter SC4A10.04c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552656 weak simiarity to histidine protein kinase espA - Myxococcus xanthus<BR> gi#19552660 similarity to hypothetical protein 122 - Saccharopolyspora erythraea<BR> gi#19552665 strong similarity to ATP-dependent RNA helicase srmB - Escherichia coli<BR> gi#19552673 strong similarity to phnE protein - escherichia coli<BR> gi#19552676 weak similarity to protein ptxB - pseudomonas stutzeri<BR> gi#19552693 strong similarity to hypothetical protein Rv2050 - Mycobacterium tuberculosis gi#19552700 similarity to clavulanate-9-aldehyde reductase car - Streptomyces clavuligerus<BR> gi#19552703 similarity to helicase SKI2W - Homo sapiens<BR> gi#19552718 ATP phosphoribosyltransferase hisG - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552734 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552744 hypothetical protein<BR> gi#19552753 aconitase acn - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552759 strong similarity to conserved hypothetical protein DR2150 - Deinococcus radiodurans<BR> gi#19552780 strong similarity to ABC transport protein - Mycobacterium smegmatis<BR> gi#19552782 similarity to cytochrome caa3 oxidase ctaA - Bacillus subtilis<BR> gi#19552784 strong similarity to quinone oxidoreductase - Pseudomonas aeruginosa<BR> gi#19552786 transketolase tkt - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552787 transaldolase tal - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552790 glucose-6-phosphate-1-dehydrogenase devB - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552798 triose-phosphate isomerase tpi - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552799 phosphoglycerate kinase pgk - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552801 strong similarity to sporulation regulatory protein whiA - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552803 strong similarity to hypothetical protein Rv1421 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552804 strong similarity to ABC excision nuclease subunit C uvrC - Pseudomonas fluorescens<BR> gi#19552805 strong simialrity to ribX protein - Corynebacterium amoniagenes<BR> gi#19552806 strong similarity to riboflavin synthase beta chain ribH - Corynebacterium ammoniagenes<BR> gi#19552808 strong similarity to riboflavin synthase alpha chain ribE - Actinobacillus pleuropneumoniae<BR> gi#19552809 strong similarity to riboflavi biosynthesis protein ribD - Escherichia coli<BR> gi#19552813 strong similarity to polypeptide deformylase def - Clostridium acetobutylicum<BR> gi#19552816 strong similarity to pantothenate metabolism flavoprotein dfp - Escherichia coli [putative frameshift]<BR> gi#19552818 strong similarity to guanylate kinase guk1 - Saccharomyces cerevisiae<BR> gi#19552822 strong similarity to carbamoyl-phosphate synthase small chain carA - Pseudomonas aeruginosa<BR> gi#19552827 weak similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum [putative frameshift]<BR> gi#19552830 weak similarity to transcription termination factor nusB - Escherichia coli<BR> gi#19552835 chorismate synthase aroC - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552846 hypothetical protein<BR> gi#19552849 similarity to SNF2 protein - Homo sapiens<BR> gi#19552850 similarity to phage infection protein - Lactococcus lactis [putative frameshift]<BR> gi#19552851 weak similarity to ABC transporter-like protein - Arabidopsis thaliana [putative frameshift]<BR> gi#19552911 hypothetical protein<BR> gi#19552914 hypothetical protein<BR> gi#19552915 hypothetical protein gi#19552940 hypothetical protein<BR> gi#19552952 weak similarity to hypothetical protein yciE - Salmonella typhimurium<BR> gi#19552953 weak similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552958 hypothetical protein<BR> gi#19552966 hypothetical protein<BR> gi#19552972 strong similarity to hypothetical protein - Arthrobacter sp.<BR> gi#19552981 weak similarity to dextranase - Streptococcus sobrinus<BR> gi#19553047 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553048 similarity to PS1 protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553088 similarity to probable transposase - Streptomcyes coelicolor<BR> gi#19553095 weak similarity to integrase - Mycobacterium phage L5<BR> gi#19553103 strong similarity to hypothetical protein Rv2676c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553104 strong similarity to hypothetical protein Rv2680 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553114 strong similarity to polyphosphate glucokinase ppgk - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553115 RNA polymerase transcription factor sigA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553126 weak similarity to hypothetical protein Rv2712c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553137 phosphotransferase system enzyme 1 ptsl - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553143 similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553144 strong similarity to uracil transport protein uraA - Escherichia coli<BR> gi#19553146 hypothetical protein<BR> gi#19553148 diaminopimelate epimerase dapF - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553149 strong similarity to delta(2)-isopentenylpyrophosphate transferase miaA - Escherichia coli<BR> gi#19553151 strong similarity to hypothetical protein Rv2731 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553152 similarity to hypothetical protein SC9B5.13 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553154 strong similarity to hypothetical protein Rv2733c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553158 questionable ORF<BR> gi#19553163 strong similarity to bioY protein - Bacillus sphaericus<BR> gi#19553165 strong similarity to conserved hypothetical protein DR2468 - Deinococcus radiodurans<BR> gi#19553169 CDP-diacylglycerol-glycerol-3-phosphate 3 phosphatidyltransferase pgsA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553171 strong similarity to tellurite resistance terC - Escherichia coli [putative frameshift]<BR> gi#19553172 strong similarity to cell division protein ftsK - Escherichla coli<BR> gi#19553175 dihydrodipicolinate synthase dapA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553183 similarity to tRNA-pseudouridine synthase truB - Escherichia coli [putative frameshift]<BR> gi#19553189 strong similarity to translation initiation factor IF-2 infB - Bacillus subtilis [putative frameshift]<BR> gi#19553189 weak similarity to translation initiation factor if-2 - Bacillus subtilis [putative frameshift]<BR> gi#19553189 hypothetical protein gi#19553191 similarity to transcription termination-antitermination factor nusA - Bacillus subtilis [putative frameshift]<BR> gi#19553193 hypothetical protein<BR> gi#19553194 similarity to oligopeptide-binding protein oppA - Escherichia coli [putative frameshift]<BR> gi#19553195 strong similarity to oligopeptide transport system permease protein oppB - Bacillus subtilis<BR> gi#19553198 strong similarity to proline-tRNA ligase proS - Escherichia coli<BR> gi#19553208 similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553209 similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553210 hypothetical protein<BR> gi#19553211 strong similarity to methionyl aminopeptidase map - Escherichia coli<BR> gi#19553226 strong similarity to ribosome recycling factor frr - Escherichia coli<BR> gi#19553227 strong similarity to uridylate kinase pyrH - Lactococcus lactis<BR> gi#19553228 strong similarity to elongation factor Ts (EF-TS) tsf - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553231 strong similarity to integrase/recombinase xerC - Escherichia coli<BR> gi#19553237 strong similarity to signal peptidase I sip - Streptomyces lividans<BR> gi#19553245 strong similarity to tex protein - Bordetella pertussis<BR> gi#19553259 signal recognition particle chain srp - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553264 questionable ORF<BR> gi#19553265 strong similarity to chromosome segregation protein smc - Bacillus subtilis [putative frameshift]<BR> gi#195553277 glutamate dehydrogenase (NADP+) gdh - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553278 strong similarity to conserved hypothetical protein SC9C7.02 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553292 inositol monophosphate phosphatase impA - Corynebacterium glutamicum [putative frameshift]<BR> gi#19553297 strong similarity to imidazoleglycerol-phosphate dehydratase hisBd - Streptomyces coellcolor<BR> gi#19553298 strong similarity to histidinol-phosphate transaminase hisC - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553300 weak similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553305 strong similarity to hypothetical protein Rv2622 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553310 strong similarity to ABC-type permease phuU - Pseudomonas aeruginosa<BR> gi#19553312 similarity to hemin-binding periplasmic protein hmut - Yersinia pestis<BR> gi#19553316 strong similarity to maltooligosyl trehalose synthase treY - Arthrobacter sp.<BR> gi#19553323 hypothetical protein<BR> gi#19553326 threonine dehydratase ilvA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553328 similarity to probable 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine methyltransferase PAB0608 - Pyrococcus abyssi<BR> gi#19553338 similarity to lipoprotein signal peptidase - Pseudomonas fluorescens<BR> gi#19553340 strong similarity to oleandomycin resistance protein oleB - Streptomyces antibioticus<BR> gi#19553348 strong similarity to isoleucine-tRNA ligase ils1 - Saccharomyces cerevisiae<BR> gi#19553350 antigen-84 wag31 - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553353 hypothetical protein ypt5 - Corynebacterium glutamicum gi#19553354 hypothetical protein yfiH - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553355 cell division protein ftsZ - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553357 UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine ligase murC - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553358 UDP-N-acetylglucosamine-N-acetylmuramyl-(pentapeptide) pyrophosphoryl-undecaprenol N-acetylglucosamine transferase murG - Coryneba<BR> gi#19553363 meso-diaminopimelate-adding-enzyme murE - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553365 similarity to hypothetical protein MLCB268.09c - Mycobacterium leprae<BR> gi#19553372 strong similarity to hypothetical protein MLCB268.13 - Mycobacterium leprae<BR> gi#19553373 strong similarity to 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase metF - Streptomyces lividans<BR> gi#19553374 strong similarity to geranylgeranyl pyrophosphate synthase crtB - Streptomyces griseus<BR> gi#19553377 putative protein kinase pknD - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553383 strong similarity to secreted protein csp1 - Corynebacterium glutamicum [putative frameshift]<BR> gi#19553391 strong similarity to probable cytochrome B cytB - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553392 weak similarity to rieske iron-sulfur protein rpt - Thermus thermophilus<BR> gi#19553393 strong similarity to probable diheme cytochrome-c qcrC - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553394 cytochrome-c oxidase subunit III ctaE - Corynebacterium glutamicum [putative frameshift]<BR> gi#19553423 strong similarity to probable transmembrane transport protein SCGD3.10c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553427 hypothetical protein<BR> gi#19553430 strong similarity to glutamine synthetase glnA - Thermotoga maritima<BR> gi#19553431 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553436 strong similarity to hypothetical protein Rv2228c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553437 similarity to hypothetical protein Rv2229c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553438 strong similarity to hypothetical protein Rv2230c - Mycobacteriumtuberculosis [putative frameshift]<BR> gi#19553439 similarity to 2-phosphoglycolate phosphatase gph - Escherichia coli<BR> gi#19553440 strong similarity to protein-tyrosine-phosphatase, low molecular weight ptpA - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553441 strong similarity to hypothetical protein Rv2235 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553448 strong similarity to hypothetical protein RP367 - Rickettsia prowazekii<BR> gi#19553450 weak similarity to hypothetical protein Rv2862c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553451 similarity to arylesterase - Pseudomonas fluorescens<BR> gi#19553453 strong similarity to nagD protein - Escherichia coli<BR> gi#19553476 strong similarity to glycine-tRNA ligase - Thermus aquaticus<BR> gi#19553481 strong similarity to undecaprenyl diphosphate synthase uppS - Micrococcus luteus<BR> gi#19553482 similarity to DNA repair protein recO - Escherichia coli<BR> gi#19553484 similarity to integral membrane protein corC - Salmonella typhimurium<BR> gi#19553488 strong similarity to heat-inducible transcriptional repressor dnaJ2 - Streptomcyes albus<BR> gi#19553492 hypothetical protein<BR> gi#19553496 strong similarity to beta-1,2-glucan export protein chvA - Agrobacterium tumefaciens gi#19553502 weak similarity to isopentenyl-diphosphate delta-isomerase ipi1 - Chlamydomonas reinhardtii<BR> gi#19553503 hypothetical protein<BR> gi#19553503 questionable ORF<BR> gi#19553505 weak similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553518 strong similarity to heme-binding protein A precursor hbpA- Haemophilus influenzae<BR> gi#19553520 strong similarity to dipeptide transport system permease protein dppC - Escherichia coli<BR> gi#19553521 strong similarity to oligopeptide transport ATP-binding protein oppD - Lactococcus lactis [putative frameshift]<BR> gi#19553523 strong similarity to ribose kinase rbsK - Escherichia coli<BR> gi#19553529 isocitrate lyase aceA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553530 thiamin biosynthesis protein thiX - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553538 strong similarity to putative small integral C4-dicarboxylate membrane transport protein dctQ - Klebsiella pneumoniae<BR> gi#19553542 similarity to ribosomal protein S20 rpsT - Escherichia coli<BR> gi#19553547 similarity to competence protein comEA - Bacillus subtilis<BR> gi#19553548 strong similarity to hypothetical protein scc123.07c - Streptomcyes coelicolor<BR> gi#19553549 similarity to phosphoglycerate mutase SCC123.14c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553551 strong similarity to hypothetical protein scc123.17c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553555 gamma-glutamyl kinase proB - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553557 strong similarity to xanthine transport protein pbuX - Bacillus subtilis<BR> gi#19553565 strong similarity to hypothetical protein scf76.08c - Streptomyces coelicolor [putative pseudogene]<BR> gi#19553574 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553574 strong similarity to folylpolyglutamate synthase fpgS - Streptomyces coellcolor<BR> gi#19553575 hypothetical protein<BR> gi#19553575 strong similarity to valine-tRNA ligase valS - Bacillus subtilis<BR> gi#19553583 questionable ORF<BR> gi#19553607 strong similarity to benzoate transport protein benK - Acinetobacter sp.<BR> gi#19553609 strong similarity to ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553611 strong similarity to trigger factor (prolyl isomerase) tig - Bacillus subtilis<BR> gi#19553618 similarity to hypothetical protein SC1C2.11 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553619 phosphopentose isomerase rpi - Corynbacterium glutamicum<BR> gi#19553623 strong similarity to hypothetical protein BB0852 - Borrelia burgdorferi<BR> gi#19553628 similarity to phytoene dehydrogenase crtl - Brevibacterium linens [putative frameshift]<BR> gi#19553629 strong similarity to phytoene synthase crtB - Brevlbacterium linens<BR> gi#19553630 weak similarity to putative lipid A core:surface polymer ligase waaL - Klebsiella pneumoniae<BR> gi#19553633 strong similarity to dipeptide transport system permease protein dppC = Escherichia coli<BR> gi#19553635 strong strimilarity to oligopeptide ABC transporter protein appA - Bacillus subtilis<BR> gi#19553639 strong similarity to probable membrane protein SCE9.18c - Streptomyces coelicolor gi#19553640 strong similarity to acetoacetyl-CoA reductase - Chromatium vinosum<BR> gi#19553642 cystathionine gamma-synthase metB - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553643 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553643 strong similarity to membrane-bound iron(III) dicitrate transport protein fecE - Escherichia coli<BR> gi#19553644 hemoglobin like protein glbO - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553646 strong similarity to hypothetical protein Rv2474c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553647 similarity to hypothetical protein sc6d10.19c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553653 sstrong imilarity to alkaline phosphatase III phoB - Bacillus subtilis [putative frameshift]<BR> gi#19553657 strong similarity to maltose transport protein amyD - Thermoanaerobacterium thermosulfurigenes<BR> gi#19553658 strong similarity to maltose-binding protein amyE - Thermoanaerobacterium thermosulfurigenes<BR> gi#19553660 strong similarity to ABC-type sugar transporter ATP-binding component msiK - Streptomyces reticuli [putative frameshift]<BR> gi#19553661 similarity to dolichol-phosphate-mannose synthase - Homo sapiens<BR> gi#19553662 weak similarity to hypothetical site-specific recombinase - Helicobacter pylori<BR> gi#19553667 similarity to circadian phase modifier cpmA - Synechococcus PCC7942<BR> gi#19553681 strong similarity to maltoser regulon repressor mall - Escherichia coli [putative frameshift]<BR> gi#19553682 strong similarity to maltose operon transcriptional repressor - Streptomyces coelicolor [putative frameshift]<BR> gi#19553683 strong similarity to glucuronate isomerase uxaC - Escherichia coli<BR> gi#19553697 similarity to lipoprotein D precursor nlpD - Escherichia coli<BR> gi#19553700 similarity to 6-N-hydroxylaminopurine sensitivity-controlling protein HAM1 - Saccharomyces cerevisiae<BR> gi#19553701 strong similarity to RNase PH rph - Escherichia coli<BR> gi#19553703 hypothetical protein<BR> gi#19553704 IS1628 transposase TnpB - Corynebacterium glutamicum [putative frameshift]<BR> gi#19553714 strong similarity to probable regulatory protein Rv1332 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553716 weak similarity to probable transmembrane protein SC7A1.19c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553717 weak similarity to nicotinate phosphoribosyltransferase pncB - Escherichia coli<BR> gi#19553720 strong similarity to hypothetical protein SC1B5.06c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553721 strong similarity to phosphoserine phosphatase SER2 - Saccharomyces cerevisiae<BR> gi#19553723 ribonucleotide reductase beta-chain nrdF -Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553724 strong similarity to nonheme ferritin ftn - Escherichia coli<BR> gi#19553728 ribonucleotide reductase alpha-chain nrdE - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553733 similarity to hypothetical protein - Synechocystis sp.<BR> gi#19553734 strong similarity to hypothetical protein Rv3129 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553735 strong similarity to hypothetical 35K protein (fabE 5' region) - Escherichia coll [putative frameshift]<BR> gi#19553736 strong similarity to hypothetical protein APE2147 - Aeropyrum pernix<BR> gi#19553739 strong similarity to phosphoglucomutase pgm - Escherichia coli<BR> gi#19553751 strong similarity to ATP-binding cassette protein tptC - Streptococcus crista gi#19553755 strong similarity to UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase murA - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553756 strong similarity to hypothetical protein Rv1314c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553758 strong similarity to cysteine synthase cysK - Bacillus subtilis<BR> gi#19553762 succinyl-CoA-synthetase (beta-chain) sucC - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553764 hypothetical protein<BR> gi#19553766 strong similarity to nifR3 protein - Azospirillum brasilense<BR> gi#19553770 strong similarity to phosphate transport system permease protein pstC2 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553774 similarity to multidrug resistance protein bmrU - bacillus subtilis<BR> gi#19553775 strong similarity to hypothetical protein Rv0813c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553776 similarity to D-alanine aminotransferase dat - Bacillus sphaericus<BR> gi#19553777 strong similarity to hypothetical protein orf4 - Corynebacterium ammoniagenes [putative sequqncing error]<BR> gi#19553777 strong similarity to hypothetical protein orf4 - Corynebacterium ammoniagenes [putative sequqncing error]<BR> gi#19553781 strong similarity to hypothetical protein Rv0807 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553784 strong similarity to 5'-phosphoribosyl-N-formylglycinamidine synthetase purL - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553785 strong similarity to phosphoribosylformylglycinamidine synthase component I purQ - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553793 strong similarity to phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase purC - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553798 strong similarity to 5'-phosphoribosylglycinamide synthetase purD - Salmonella typhimurium<BR> gi#19553806 strong similarity to response regulator drrA - Thermotoga maritima<BR> gi#19553811 weak similarity to probable transcription regulatory ycdC - Escherichia coli<BR> gi#19553825 similarity to trehalose-phosphatase otsB - Escherichia coli<BR> gi#19553827 strong similarity to hypothetical protein Rv2059 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553833 similarity to putative dehydrogenase - Vibrio anguillarum [putative frameshift]<BR> gi#19553847 hypothetical protein<BR> gi#19553862 questionable ORF<BR> gi#19553894 strong similarity to inorganic pyrophosphatase ppa - Escherichia coli<BR> gi#19553895 similarity to spermidine synthase speE - Escherichia coli<BR> gi#19553909 hypothetical protein<BR> gi#19553920 strong similarity to hypothetical protein Rv2522c - Mycobacterium tuberculosis [putative frameshift]<BR> gi#19553926 similarity to phaF protein involved in pH adaptation - Rhizobium meliloti<BR> gi#19553929 strong similarity to hypothetical protein Rv0433 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553930 weak similarity to 82-kDa surface lipoprotein precursor - Mycoplasma hyorhinis<BR> gi#19553934 strong similarity to exodeoxyribonuclease III xthA - Escherichia coli<BR> gi#19553935 cardiolipin synthase cls - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553946 phosphate acetyltransferase pta - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553971 heat shock protein clpB - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553989 strong similarity to heat shock protein grpE - Mycoplasma tuberculosis gi#19553991 strong similarity to hypothetical membrane protein SCF6.09 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19554001 strong similarity to hypothetical protein ytnM - Bacillus subtilis<BR> gi#19554003 strong similarity to sulfate adenylyltransferase, large chain cysN - Escherichia coli<BR> gi#19554012 strong similarity to hypothetical protein AAB61631.1 - Agrobacterium vitis<BR> gi#19554012 hypothetical protein<BR> gi#19554019 hypothetical protein<BR> gi#19554020 similarity to cytoplasmic membrane protein for maltose uptake malK - Escherichia coli<BR> gi#19554034 weak similarity to vibriobactin transport system ATPase - Vibrio cholerae [putative pseudogene]<BR> gi#19554038 strong similarity to UDPglucose 6-dehydrogenase rkpK - Sinorhizobium meliloti<BR> gi#19554039 strong similarity to dCTP deaminase dcd - Escherichia coli<BR> gi#19554041 similarity to conserved hypothetical protein DR1619 - Deinococcus radiodurans [putative frameshift]<BR> gi#19554062 strong similarity to probable acyl-CoA synthetase fadD32 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19554064 hypothetical protein<BR> gi#19554066 strong similarity to hypothetical protein Rv1148c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19554067 similarity to secreted antigen csp1 - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19554068 strong similarity to hypothetical protein Rv3805c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19554078 strong similarity to glycerol kinase glpK - Bacillus subtilis [putative frameshift]<BR> gi#19554080 similarity to 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase plsC - Limnanthes douglasii<BR> gi#19554082 similarity to transcription regulator farR - Escherichia coli<BR> gi#19554085 strong similarity to putative phosphoglycerate mutase Rv3837c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19554086 prephenate dehydratase pheA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19554094 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19554097 similarity to pyruvate kinase pyk - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19554100 similarity to to 2-haloacid halidohydrolase IVa hdIIIVa - Pseudomonas cepacla<BR> gi#19554101 strong similarity to putative reductase StAH10.16 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19554103 strong similarity to probable phosphoesterase Rv2795c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19554105 strong similarity to L-lactate dehydrogenase IIdA - Neisseria meningitidis<BR> gi#19554112 strong similarity to superoxide dismutase sod - Mycobacterium fortuitum<BR> gi#19554122 hypothetical protein<BR> gi#19554146 hypothetical protein<BR> gi#19554175 similarity to single-stranded DNA-binding protein ssb - Bacillus subtilis<BR> gi#19554202 strong similarity to mercury(II) reductase merA - Staphylococcus aureus<BR> gi#19554204 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19554236 hypothetical protein<BR> gi#19554248 strong similarity to D-xylose proton-symporter xylT - Lactobacillus brevis<BR> gi#19554257 similarity to erythrocyte membrane protein 7 - Homo sapiens gi#19554259 similarity to type I restriction-modification enzyme R subunit EcoA - Escherichia coli<BR> gi#19554275 weak similarity to hypothetical protein DR1414 - Deinococcus radiodurans<BR> gi#19554280 strong similarity to thioredoxin reductase trxB - Mycobacterium smegmatis<BR> gi#19554283 strong similarity to hypothetical protein Rv3916c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19554284 similarity to stage 0 sporulation protein J spo0J - Bacillus subtilis<BR> gi#19554285 strong similarity to soj protein - Bacillus subtilis Tabelle 1"bevorzugt"<BR> gi#19551264 strong similarity to hypothetical 36.9 kD protein - Escherichia coli<BR> gi#19551617 succinate dehydrogenase A sdhA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551618 succinate dehydrogenase B sdhB - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551719 50S ribosomal protein L11 rplK - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551720 strong similarity to ribosomal protein L1 - Bacillus stearothermophilus<BR> gi#19551728 strong similarity to 50s ribosomal protein L10 rplJ - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551729 strong similarity to 50S ribosomal protein L12 rplL - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551738 strong similarity to translation elongation factor EF-G fusA - Escherichia coli<BR> gi#19551752 strong similarity to ribosomal protein S3 - Bacillus stearothermophilus<BR> gi#19551754 strong similarity to ribosomal protein L29 - Bacillus stearothermophilus<BR> gi#19551758 strong similarity to ribosomal protein L14 - Bacillus stearothermophilus<BR> gi#19551759 strong similarity to ribosomal protein L24 rplX - Bacillus subtilis<BR> gi#19551774 strong similarity to ribosomal protein S8 rpsH - Bacillus subtilis<BR> gi#19551775 strong similarity to 50s ribosomal protein L6 rplF - Synechoccus sp. [putative frameshift]<BR> gi#19551777 strong similarity to ribosomal protein S5 - Bacillus stearothermophilus<BR> gi#19551778 strong similarity to ribosomal protein L30 - Acyrthosiphon kondoi (pea aphia symbiont bacterium)<BR> gi#19551797 strong similarity to 30s ribosomal protein S11 rpsK - Bacillus subtilis<BR> gi#19551798 strong similarity to 30s ribosomal protein S4 rpsD - Bacillus subtilis<BR> gi#19551799 strong similarity to DNA-directed RNA polymerase alpha chain rpoA - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551800 strong similarity to 50s ribosomal protein L17 rplQ - Escherichia coli<BR> gi#19551815 strong similarity to ribosomal protein L13 rplM - Staphylococcus carnosus<BR> gi#19551816 strong similarity to 30s ribosomal protein S9 rpsI - Escherichia coli<BR> gi#19551894 isocitrate dehydrogenase icd - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551956 strong similarity to trehalose/maltose binding protein malE - Thermococcus litoralis<BR> gi#19552092 similarity to 30s ribosomal protein S18 rps18 - Cyanophora paradoxa cyanelle<BR> gi#19552093 strong similarity to 30s ribosomal protein S14 rpsN - Escherichia coli<BR> gi#19552094 strong similarity to ribosomal protein L33 rpmG - Escherichia coli [putative sequencing error]<BR> gi#19552095 strong similarity to ribosomal protein L28 - Escherichia coli<BR> gi#19552165 strong similarity to generase stress protein ctc - Bacillus subtilis<BR> gi#19552398 similarity to electron transport regulator A etrA- Shewanella putrefaciens<BR> gi#19552402 strong similarity to tripeptidyl aminopeptidase precursor tap- Streptomyces lividans<BR> gi#19552404 diaminopimelate decarboxylase lysA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552410 strong similarity to nitrate reductase gamma chain narI - Bacillus subtilis gi#19552432 strong similarity to H+-transporting ATP synthase delta chain atpH - Streptomyces lividans<BR> gi#19552433 strong similarity to H+-transporting ATP synthase alpha chain atpA - Streptomyces lividans<BR> gi#19552434 strong similarity to H+-transporting ATP synthase gamma chain atpG - Streptomyces lividans<BR> gi#19552435 H+-transporting ATP synthase beta chain atpD - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552471 phosphofructokinase A pfkA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552535 strong similarity to 3-isopropylmalate dehydratase small chain leuD - Azotobacter vinelandil<BR> gi#19552595 strong similarity to translation initiation factor IF-3 infC - Rhodobacter sphaeroides<BR> gi#19552753 aconitase acn - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553189 strong similarity to translation initiation factor IF-2 infB - Bacillus subtilis [putative frameshift]<BR> gi#19553189 weak similarity to translation initiation factor if-2 - Bacillus subtills [putative frameshift]<BR> gi#19553194 similarity to oligopeptide-binding protein oppA - Escherichia coli [putative frameshift]<BR> gi#19553195 strong similarity to oligopeptide transport system permease protein oppB - Bacillus subtilis<BR> gi#19553348 strong similarity to isoleucine-tRNA ligase ils 1 - Saccharomyces cerevisiae<BR> gi#19553350 antigen-84 wag31 - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553372 strong similarity to hypothetical protein MLCB268.13 - Mycobacterium leprae<BR> gi#19553431 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553574 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553611 strong similarity to trigger factor (prolyl isomerase) tig - Bacillus subtilis<BR> gi#19553657 strong similarity to maltose transport protein amyD - Thermoanaerobacterium thermosulfurigenes<BR> gi#19553658 strong similarity to maltose-binding protein amyE - Thermoanaerobacterium thermosulfurigenes<BR> gi#19553660 strong similarity to ABC-type sugar transporter ATP-binding component msiK - Streptomyces reticuli [putative frameshift]<BR> gi#19553724 strong similarity to nonheme ferritin ftn - Escherichia coli<BR> gi#19553734 strong similarity to hypothetical protein Rv3129 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19554012 hypothetical protein<BR> gi#19554082 similarity to transcription regulator farR - Escherichia coli<BR> gi#19554094 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19554175 similarity to single-stranded DNA-binding protein ssb - Bacillus subtilis<BR> gi#19554204 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum Tabelle 2<BR> gi#19551253 strong similarity to recF protein - Mycobacterium smegmatis<BR> gi#19551254 hypothetical protein<BR> gi#19551257 weak similarity conserved hypothetical protein yyaS - Bacillus subtilis<BR> gi#19551259 hypothetical protein [putative frameshift]<BR> gi#19551288 hypothetical protein<BR> gi#19551289 questionable ORF<BR> gi#19551295 strong similarity to probable protein phosphatase protein ppp - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551309 weak similarity to hydrophobic membrane protein ZurM - Listeria monocytogenes<BR> gi#19551311 similarity to probable magnesium and cobalt transport protein corA - Mycobacterium tuberculosis [putative frameshift]<BR> gi#19551313 strong similarity to putative chloride channel protein clc-b- Zymomonas mobilis<BR> gi#19551315 strong similarity to phosphate starvation-inducible protein phoH - Mycobacterium tuberculosis [putative frameshift]<BR> gi#19551315 strong similarity to phosphate starvation-inducible protein phoH - Mycobacterium tuberculosis [putative frameshift]<BR> gi#19551322 hypothetical protein<BR> gi#19551338 urease accessory protein ureF - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551342 strong similarity to valanimycin resistant protein vlmF - Streptomyces viridifaciens<BR> gi#19551349 strong similarity to proline dehydrogenase / 1-pyrroline-5-carboxylate dehydrogenase putA - Salmonella typhimurium<BR> gi#19551351 strong similarity to efflux pump component MtrF - Neisseria gonorrhoeae<BR> gi#19551354 strong similarity to hypothetical protein SCI30A.09 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551357 strong similarity to transcription repressor accR - Agrobacterium tumefaciens<BR> gi#19551369 strong similarity to lipase lipP - Pseudomonas sp.<BR> gi#19551373 similarity to macrolide efflux protein Mef214 - Lactococcus lactis<BR> gi#19551373 questionable ORF<BR> gi#19551374 weak similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551379 similarity to cellulose synthase celA - Agrobacterium tumefaciens<BR> gi#19551383 strong similarity to rarD protein homolog HI0680 - Haemophilus influenzae<BR> gi#19551389 hypothetical protein<BR> gi#19551392 strong similarity to ATP-dependent helicase hrpB - Escherichia coli<BR> gi#19551395 strong similarity to 3-methyladenine-DNA glycosylase I tag - Escherichia coli<BR> gi#19551413 strong similarity to mocC protein - Rhizobium meliloti<BR> gi#19551431 hypothetical protein<BR> gi#19551434 glutamine 2-oxoglutarate aminotransferase large subunit gltB - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551440 similarity to acetoacetyl-CoA reductase - Chromatium vinosum<BR> gi#19551462 strong similarity to molybdenum cofactor biosynthesis protein C moaC - Escherichia coli<BR> gi#19551463 strong similarity to molybdopterin co-factor synthesis protein moeA - Arthrobacter nicotinovorans<BR> gi#19551469 strong similarity to histidinol-phosphate aminotransferase hisC - Methylobacillus flagellatum<BR> gi#19551476 questionable ORF gi#19551476 strong similarity to sodium/dicarboxylate cotransporter NADC1 - Homo sapiens<BR> gi#19551478 strong similarity to hypothetical protein Rv3753c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551488 hypothetical protein<BR> gi#19551504 weak similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551506 strong similarity to vegetative catalase katA - Bacillus subtilis<BR> gi#19551507 hypothetical protein<BR> gi#19551509 branched-chain amino acid transporter azlC - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551510 strong similarity to branched-chain amino acid transport protein azlD - Bacillus subtilis<BR> gi#19551512 similarity to transcription repressor smtB - Synechocystis sp.<BR> gi#19551513 questionable ORF<BR> gi#19551516 weak similarity to hypothetical fumarate reductase 13K protein - Haemophilus influenzae<BR> gi#19551523 strong similarity to two-component regulatory protein czcR - Alcaligenes eutrophus<BR> gi#19551531 strong similarity to hypothetical protein SCH17.10c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551533 strong similarity to shikimate transport protein shiA - Escherlchia coli<BR> gi#19551537 strong similarity to hypothetical protein c0206 - Sulfolobus solfataricus<BR> gi#19551546 strong similarity to probable serine proteinase Rv3671c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551547 similarity to epoxide hydrolase - Homo sapiens<BR> gi#19551550 strong similarity to hypothetical protein Rv3660c - Mycobacterium tuberculosis [putative frameshift]<BR> gi#19551550 strong similarity to hypothetical protein Rv3660c - Mycobacterium tuberculosis [putative frameshift]<BR> gi#19551553 strong similarity to hypothetical protein Rv3657c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551554 strong similarity to hypothetical protein Rv3656c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551576 hypothetical protein<BR> gi#19551580 strong similarity to alcohol dehydrogenase (NADP+) adhA - Bacillus subtilis [putative frameshift]<BR> gi#19551590 weak similarity to putative membrane protein SC7A8.31 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551591 strong similarity to putative integral membrane protein SCF43.02 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551593 strong similarity to autophosphorylating protein ptk - Acinetobacter johnsonii<BR> gi#19551597 strong similarity to putative aminotransferase of the polysaccharide B biosynthesis wcgP - Bacteroides fragilis<BR> gi#19551601 strong similarity to UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase murA - Escherichia coli<BR> gi#19551607 strong similarity to o-antigen acetylase oafA - Salmonella typhimurium<BR> gi#19551622 questionable ORF<BR> gi#19551625 similarity to tetracenomycin c transcriptional repressor tcmR - Streptomyces glaucescens<BR> gi#19551653 weak similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551666 hypothetical protein<BR> gi#19551688 weak similarity to X-Pro aminopeptidase - Streptomyces lividans<BR> gi#19551689 strong similarity to probable transcription regulator Rv3678c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551690 similarity to arsenical reistance operon repressor arsR - Staphylococcus aureus<BR> gi#19551691 hypothetical protein gi#19551692 similarity to hypothetical membrane protein Rv0531 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551693 weak similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551694 strong similarity to putative glycosyltransferase wcgB - Bacteroides fragilis<BR> gi#19551695 strong similarity to O-succinylbenzoate-CoA ligase menE - Escherichia coli<BR> gi#19551698 similarity to dihydrodipicolinate synthase dapA - Bacillus subtilis<BR> gi#19551704 similarity to hypothetical membrane protein Rv0544c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551708 strong similarity to probable peptidase E pepE - Deinococcus radiodurans<BR> gi#19551711 strong similarity to hypothetical membrane protein Rv0556 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551713 strong similarity to D-serine/D-alanine/glycine transporter cycA - Escherichia coli<BR> gi#19551741 hypothetical protein<BR> gi#19551760 strong similarity to ribosomal protein L5 rplE - Bacillus subtilis<BR> gi#19551766 strong similarity to formate dehydrogenase a chain - Escherichia coli<BR> gi#19551786 strong similarity to p-cumic alcohol dehydrogenase cymB - Pseudomonas putida<BR> gi#19551788 phosphoenolpyruvate-synthase ppsA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551802 hypotehtical protein<BR> gi#19551807 cyclopropan mycolic acid synthase cma - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551811 similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551831 strong similarity to 10Kd chaperonin groES - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551852 strong similarity to hypothetical protein SC5B8.20c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551853 hypothetical protein<BR> gi#19551854 similarity to probable membrane protein - Myxococcus xanthus<BR> gi#19551856 strong similarity to phytoene dehydrogenase carB - Mucor circinelloides [putative frameshift]<BR> gi#19551857 similarity to phytoene synthase crtB - Mycobacterium marinum [putative frameshift]<BR> gi#19551863 weak similarity to hypothetical protein -Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551870 strong similarity to probable DNA polymerase III alpha chain dnaE2 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551871 strong similarity to probable integral membrane protein SCE126.11 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551875 weak similarity to to sirtuin type 4 - Homo sapiens [putative frameshift]<BR> gi#19551875 strong similarity to putative transcriptional regulator Rv1151c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551878 strong similarity to probable rRNA methylase spoU - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551879 hypothetical protein<BR> gi#19551916 strong similarity to probable phosphomannomutase pmmB - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551917 strong similarity to N-acyl-L-amino acid amidohydrolase amaA - Bacillus stearothermophilus<BR> gi#19551935 strong similarity to septum formation protein maf - Bacillus subtilis<BR> gi#19551951 strong similarity to hypothetical protein SCJ9A.21 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551953 strong similarity to trehalose/maltose transporter inner membrane protein malG - Thermococcus litoralis<BR> gi#19551962 strong similarity to hypothetical protein Rv3268 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551977 similarity to hypothetical 30.5K protein precursor - Enterococcus faecalis gi#19551981 strong similarity to reponse regulator mtrA - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551982 strong similarity to histidine protein kinase mtrB - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551982 hypothetical protein<BR> gi#19551984 hypothetical protein<BR> gi#19551996 strong similarity to hypothetical protein Rv3212 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552002 similarity to ATP-dependent helicase pcrA - Bacillus stearothermophilus [putative frameshift]<BR> gi#19552003 strong similarity to hypothetical protein Rv3200c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552016 questionable ORF<BR> gi#19552021 similarity to secreted antigen csp1 - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552027 strong similarity to putative inositol monophophatase MLCB1779.29 - Mycobacterium leprae [putative frameshift]<BR> gi#19552031 strong similarity to probable small protein B smpB - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552038 strong similarity to enterochelin uptake permease ceuB - Campylobacter coli<BR> gi#19552039 strong similarity to enterochelin uptake permease ceuC - Campylobacter coli<BR> gi#19552045 similarity to hypothetical protein Rv0863 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552050 hypothetical protein<BR> gi#19552057 strong similarity to peptidyl-prolyl cis-trans isomerase fkbA - Streptomyces chrysomallus<BR> gi#19552066 strong similarity to homoserine O-acetyltransferase metX - Leptospira meyeri<BR> gi#19552078 questionable ORF<BR> gi#19552080 strong similarity to hypothetical protein Rv0948c - Mycob acterium tuberculosis<BR> gi#19552101 strong similarity to sensory kinase BaeS - Escherichia coli<BR> gi#19552102 similarity to serine proteinase htrA - Brucella abortus<BR> gi#19552105 similarity to hypothetical protein Rv0990c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552109 similarity to ribosomal-protein-alanine N-acetyltransferase rimJ - Escherichia coli<BR> gi#19552111 similarity to cyanate transport protein cynX - Escherichia coli<BR> gi#19552112 similarity to hypothetical protein MLCB33.15c - Mycobacterium leprae<BR> gi#19552118 similarity to methionine-tRNA ligase, cytosolic mes1 - Saccharomyces cerevisiae<BR> gi#19552121 strong similarity to hypothetical protein yxaG - Bacillus subtilis<BR> gi#19552122 weak similarity to hypothetical protein PA1166 - Pseudomonas aeruginosa<BR> gi#19552124 questionable ORF<BR> gi#19552125 similarity to hypothetical protein B of IS3 related insertion element - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552141 similarity to hypothetical protein sll1783 - Synechocystis sp.<BR> gi#19552145 strong similarity to mitochondrial enoyl-coA hydratase echs1 - Homo sapiens<BR> gi#19552148 similarity to extracellular antigen csp1 - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552154 hypothetical protein<BR> gi#19552184 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552186 hypothetical protein<BR> gi#19552191 weak similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum gi#19552192 questionable ORF<BR> gi#19552192 hypothetical protein (lysl 3' region) - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552193 weak similarity to hypothetical protein TcsEorf2 - Lactococcus lactis<BR> gi#19552220 strong similarity to p-aminobenzoic acid synthase pabAB - Streptomyces griseus<BR> gi#19552232 similarity to hypothetical protein mmyF - Streptomyces coelicolor [putative frameshift]<BR> gi#19552236 strong similarity to dibenzothiophene desulfurization enzyme A soxA- Rhodococcus sp.<BR> gi#19552239 similarity to dibenzothiophene desulfurization enzyme A soxA - Rhodococcus sp.<BR> gi#19552260 strong similarity to transposase (insertions equence IS1110) - Mycobacterium avium<BR> gi#19552262 weak similarity to hyaluronan synthase related PAB1314 - Pyrococcus abyssi<BR> gi#19552285 strong similarity to hypothetical protein Rv2133c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552287 strong similarity to Ard1 protein - Streptomyces capreolus [putative frameshift]<BR> gi#19552288 similarity to hypothetical protein Rv2923c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552291 strong similarity to biocyclomycin resistance protein bcr - Escherichia coli<BR> gi#19552294 nicotinate-nucleotide pyrophosphatase nadC - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552295 quinolate synthase A nadA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552304 strong similarity to hypothetical protein ykoE - Bacillus subtilis<BR> gi#19552305 strong similarity to glutamate transport ATP-binmding protein gluA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552309 strong similarity to hypothetical protein SCF43.15c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552309 hypothetical protein<BR> gi#19552314 strong similarity to probable membrane protein Rv3092c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552322 strong similarity to hypothetical protein Rv1632c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552333 hypothetical protein<BR> gi#19552334 hypothetical protein 3 - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552335 weak similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552337 strong similarity to dihydropteroate synthase folP - Mycobacterium leprae<BR> gi#19552338 strong similarity to hypothetical protein Rv1208 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552339 similarity to hypothetical protein Rv1209 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552351 strong similarity to hypothetical protein Rv1232c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552360 hypothetical protein<BR> gi#19552362 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552365 strong similarity to cobalamin-independent methionine synthase ATCIMS - Arabidopsis thaliana<BR> gi#19552370 similarity to sensory kinase baeS - Escherichia coli<BR> gi#19552370 weak similarity to beta-ketoadipate enol-lactone hydrolase catD - Acinetobacter sp.<BR> gi#19552394 strong similarity to hypothetical protein SC1C2.14c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552408 questionable ORF<BR> gi#19552414 hypothetical protein<BR> gi#19552435 questionable ORF gi#19552458 similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552461 hypothetical protein<BR> gi#19552484 lysine export regulator protein lysG - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552501 strong similarity to cation efflux system protein czcD - Alcaligenes eutrophus<BR> gi#19552505 weak similarity to probable cation transport ATPase ctpF - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552525 strong similarity to thiamin biosynthesis protein thiA - Bacillus subtilis<BR> gi#19552551 hypothetical protein<BR> gi#19552554 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552556 similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552567 strong similarity to DNA polymerase I polA - Bacillus stearothermophilus<BR> gi#19552567 questionable ORF<BR> gi#19552577 hypothetical protein<BR> gi#19552582 catabolite control protein ccpA1 - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552583 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552587 strong similarity to hypothetical protein SC7A1.18c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552603 strong similarity to msiK protein - Streptomyces reticuli<BR> gi#19552604 similarity to probable glycerophosphoryl diester phosphodiesterase glpQ - Mycoplasma pneumoniae<BR> gi#19552607 strong similarity to phenylalanine-tRNA ligase beta chain phT - Bacillus subtilis<BR> gi#19552609 similarity to acyltransferase mdmB - Streptomyces mycarofaciens<BR> gi#19552615 ornithine carbamoyltransferase argF - Corynepbacterium glutamicum<BR> gi#19552625 strong similarity to hypothetical protein Rv1691 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552626 strong similarity to hypothetical protein Rv1692 - Mycobacterium tuberculosis [putative frameshift]<BR> gi#19552629 strong similarity to hypothetical protein Rv1695 - Mycobacterium tuberculosis [putative frameshift]<BR> gi#19552633 strong similarity to CTP synthase pyrG - Escherichia coli<BR> gi#19552639 questionable ORF<BR> gi#19552642 strong similarity to hypothetical protein Rv1711 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552644 strong similarity to probable GTP-binding protein - Mycobacterium tuberculosis [putative frameshift]<BR> gi#19552654 similarity to 2-hydroxy-6-oxohepta-2,4-dienoate hydrolase homolog - Archaeoglobus fulgidus<BR> gi#19552657 weak similarity to transcription regulator sgR - Bacillus subtilis<BR> gi#19552662 similarity to hypothetical protein - Rhodococcus fascians<BR> gi#19552664 similarity to integral membrane protein corC - Salmonella typhimurium<BR> gi#19552667 questionable ORF<BR> gi#19552669 hypothetical protein<BR> gi#19552669 weak similarity to Mg protoporphyrin methyltransferase bchM - Rohdobacter sphaeroides<BR> gi#19552671 strong similarity to probable integral membrane protein SCE7.05c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552688 strong similarity to integral membrane protein HP0228 homolog - Mycobacterrium smegmatis<BR> gi#19552689 weak similarity to hypothetical protein DR2344 - Deinococcus radiodurans gi#19552691 weak similarity to hypothetical protein jhp1206 - Helicobacter pylori<BR> gi#19552692 similarity to hypothetical protein Rv2049c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552696 similarity to hypothetical membrane protein Rv2053c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552705 strong similarity to hypothetical protein 9ORF13) - Rhodococcus erythropolis<BR> gi#19552711 strong similarity to H+-transporting AAA ATPase arc - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552732 strong similarity to dihydroorate oxidase pyrD - eScherichia coli<BR> gi#19552753 similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552755 weak similarity to GMP synthase guaA - Lactococcus lactis<BR> gi#19552758 similarity to hypothetical protein MJ1558 - Methanococcus jannaschii<BR> gi#19552765 hypothetical protein<BR> gi#19552767 similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552771 hypothetical protein<BR> gi#19552777 strong similarity to conserved hypothetical protein SCC22.07c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552785 strong similarity to heme O synthetase ctaB - Bacillus stearothermphilus<BR> gi#19552792 similarity to putative transposase - Rhodococcus erythropolis<BR> gi#19552792 weak similarity to transposase tnpA - Escherichia coli<BR> gi#19552804 weak similarity to hypothetical protein Rv0227c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552809 questionable ORF<BR> gi#19552810 ribulose-phosphate-epimerase rpe - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552814 similarity to primosomal protein n' pria - Escherichia coli<BR> gi#19552821 strong similarity to carbamoyl-phosphate synthase large chain carB - Escherichia coli<BR> gi#19552822 weak similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552838 strong similarity to hemin permease hemU - yershia enterocolitica<BR> gi#19552852 hypothetical protein<BR> gi#19552864 hypothetical protein<BR> gi#19552864 GTP pyrophosphokinase rel - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552865 adenine phosphoribosyltransferase atp - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552869 questionable ORF<BR> gi#19552869 similarity to hypothetical protein rv2588c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552909 hypothetical protein<BR> gi#19552912 hypothetical protein<BR> gi#19552913 hypotheticalprotein<BR> gi#19552919 weak similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552925 hypothetical protein<BR> gi#19552930 hypotheticalprotein<BR> gi#19552945 similarity to hypothetical protein P44 - Bacteriophage APSE-1<BR> gi#19552954 weak similarity to class A beta-lactamase precursor tla-1-Escherichia coli plasmid RZA9 gil19552959 weak similarity to transcription regulator of NADH dehydrogenase operon IrhA-Escherichia coli gil19552977 questionable ORF gil19552978 5-cytosine methyltransferase cgilM-Corynebacterium glutamicum gil19552980 stress-sensitive restriction system protein 2 cIgIIR-Corynebacterium giutamicum gil19553011 questionable ORF gill9553048 weak similarity to csp1 protein-Corynebacterium glutamicum gil19553096 similarity to probable sodium sulfate or dicarboxylate transporter BAA96091. 1-Arabidopsis thaliana gill9553113 strong similarity to extragenic suppressor protein suhB-Escherichia coli gil19553116 similarity to conserved hypothetical protein DR2253-Deinococcus radiodurans gil19553131 hypothetical protein gil19553141 phosphotransferase system 11 BC, fructose-specific fruA-Corynebacterium glutamicum gil19553147 hypothetical protein gil19553156 glutamate-binding protein gluB precursor-Corynebacterium glutamicum gil19553160 recA protein-Corynebacterium glutamicum gil19553161 similarity to hypothetical protein Rv2738c-Mycobacterium tuberculosis 9il19553162 strong similarityto hypothetical protein-Corynebacterium glutamicum gil19553164 similarity to putrescine transport ATP-binding protein potG-Escherichia coli gi) 19553166 strong similarity to 35K protein-Mycobacterium tuberculosis [putative frameshift] gil19553169 strong similarity to two-component response regulator yycF-Bacillus subtilis gil19553169 strong similarity to multidrug resistance protein emrB-Escherichia coli gil19553169 hypothetical protein gil19553176 probable 2,3-dihydrodipicolinate N-C6-lyase (cyclizing)-Corynebacterium glutamicum gil19553178 hypothetical protein gij19553180 strong similarity to 30s ribosomal protein S15 rpsO-Bacillus subtilis gil19553181 similarity to inosine-uridine nucleoside hydrolase iunH-Crithidia fasciculata [putative frameshift] gill9553193 hypothetical protein gil19553198 hypothetical protein gil19553200 similarity to magnesium-protoporphyrin chelatase bchD-Rhodobacter sphaeroides [putative frameshift] gil19553201 similarity to magnesium-protoporphyrin chelatase bchl-Rhodobacter sphaeroides [putative frameshift] gil19553202 strong similarity to uroporphyrinogen III methyltransferase cobA-Propionibacterium freudenreichii gil19553213 IysR3 protein (LysR family)-Corynebacterium glutamicum gill9553218 strong similarity to probable membrane protein Rv2869c-Mycobacterium tuberculosis gil19553241 similarity to hydrogen cyanide synthase hcnC-Pseudomonas fluorescens gil19553253 strong similarity to hypothetical protein rimM-Mycobacterium tuberculosis gil19553255 strong similarity to 30s ribosomal protein S16 rpsP-Bacillus subtilis [putative frameshift] gil19553257 strong similarity to putative ABC transporter cylB-Streptococcus agalactie gil19553269 strong similarity to hypothetical protein-Staphylococcus aureus gi#19553276 strong similarity to ABC-type transport protein cydC - Escherichia coli [putative frameshift]<BR> gi#19553286 pyruvate kinase pyk - Corynewbacterium glutamicum<BR> gi#19553288 strong similarity to indoleglycerol phosphate synthase trypC - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553295 strong similarity to quinolone resistance protein nora - Synechocystis sp.<BR> gi#19553299 strong similarity to histidinol dehydrogenase hisD - Mycobacterium smegmatis<BR> gi#19553303 strong similarity to tetracyline repressor protein tetR - Salmonella typhimurium<BR> gi#19553304 similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553306 weak similarity to hydroxypyruvate isomerase gip - Escherichia coli<BR> gi#19553315 hypothetical protein<BR> gi#19553319 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553320 questionable ORF<BR> gi#19553334 weak similarity to diaminopimelate decarboxylase - Pseudomonas aeruginosa<BR> gi#19553361 strong similarity to phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase mraY - Bacillus subtilis<BR> gi#19553364 strong similarity to penicillin-binding protein 3 pbpB -pseudomonas aeruginosa<BR> gi#19553365 questionable ORF<BR> gi#19553377 hypothetical protein<BR> gi#19553378 strong similarity to putative integral membrane protein MLCB268.23 - Mycobacterium leprae<BR> gi#19553381 strong similarity to hypothetical protein MLCB268.21c - Mycobacterium leprae<BR> gi#19553382 similarity to hypothetical protein Rv2181 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553386 strong similarity to hypothetical protein MLCB268.24c - Mycobacterium leprae<BR> gi#19553400 questionable ORF<BR> gi#19553442 similarityto hypothetical protein Rv1556 - Mycobacterium tuberculosis [putative frameshift]<BR> gi#19553447 hypothetical protein<BR> gi#19553460 weak similarity to hypothetical protein NMA0858 - Neisseria meningitidis [putative sequencing error]<BR> gi#19553464 strong similarity to hypothetical protein SCI51.17 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553465 similarity to hypothetical protein Rv2342 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553468 hypothetical protein<BR> gi#19553480 questionable ORF<BR> gi#19553483 questionable ORF<BR> gi#19553487 strong similarity to hypothetical protein scc77.19c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553501 strong similarity to hypothetical protein Rv0127 - Mycobacterium tuberculosis [putative frameshift]<BR> gi#19553506 beta C-S Lyase - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553510 hypothetical protein<BR> gi#19553514 similarity to regulatory protein uxuR - Bacillus stearothermophilus<BR> gi#19553532 strong similarity to glycine betaine transporter betP - Coryenbacterium glutamicum<BR> gi#19553541 strong similarity to hypothetical protein Rv2405 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553575 hypothetical protein gi#19553622 strong similarity to aminopeptidase N pepN - streptomyces lividans<BR> gi#19553632 strong similarity to oligopeptide transport ATP-binding protein appF - Bacillus subtilis<BR> gi#19553632 similarity to oligopeptide transport ATP-binding protein oppD - Bacillus subtilis [putative frameshift]<BR> gi#19553634 strong similarity to nickel transport system permease protein nikB - Escherichia coli<BR> gi#19553638 hypothetical protein<BR> gi#19553641 questionable ORF<BR> gi#19553645 hypothetical protein<BR> gi#19553648 weak similarity to hypothetical protein Cj0729 - Campylobacter jejuni<BR> gi#19553665 similarity to transcription factor nitR - Rhodococcus rhodochrous<BR> gi#19553666 strong similarity to 5-carboxymethyl-2-hydroxy-muconic semiadehyde dehydrogenase hpaC - Klebsiella pneumoniae<BR> gi#19553668 strong similarity to conserved hypothetical protein TM0964 - Thermotoga maritima<BR> gi#19553672 similarity to ferric enterochelin esterase fes - Escherichia coli<BR> gi#19553710 weak similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553712 hypothetical protein<BR> gi#19553732 NH3-dependent NAD synthetase nadE - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553739 questionable ORF<BR> gi#19553749 strong similarity to H+/glutamate symport protein gltT - Bacillus subtilis<BR> gi#19553750 hypothetical protein<BR> gi#19553754 similarity to hypothetical protein sc83e4a.23 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553765 strong similarity to succinyl-CoA: Coenzyme A transferase cat1 - Clostridium kluyveri<BR> gi#19553772 strong similarity to putative acetyltransferase SCD84.18c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553789 similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553789 weak similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553799 strong similarity to hypothetical protein MLCB5.04c - Mycobacterium leprae<BR> gi#19553801 strong similarity to hypothetical protein 3 - Mycobacterium barkeri<BR> gi#19553814 strong similarity to oxosteroid 1-dehydrogenase ksdD - Arthrobacter simplex<BR> gi#19553892 strong similarity to probable cell cycle protein mesJ - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553905 strong similarity to peptide synthetae mps - Mycobacterium smegmatis [putative frameshift]<BR> gi#19553905 similarity to peptide synthetase mps - Mycobacterium smegmatis [putative frameshift]<BR> gi#19553913 hypothetical protein<BR> gi#19553916 hypothetical protein<BR> gi#19553924 similarity to NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 13 nuoM - Rhodobacter capsulatus<BR> gi#19553925 similarity to multiple resistance and pH regulation related protein mrpE - Bacillus firmus<BR> gi#19553928 similarity to lipV probable lipase Rv3208 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553935 hypothetical protein<BR> gi#19553936 strong similarity to bicyclomycin resistance protein ydgK - Escherichia coli<BR> gi#19553953 similarity to hypothetical protein AF2163 - Archaeoglobus fulgidus gi#19553975 weak similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553984 questionable ORF<BR> gi#19553985 strong similarity to L-2.3-butanediol dehydrogenase - Brevibacterium saccharolyticum<BR> gi#19554016 strong similarity to putative ABC transporter hmcB - Haemphilus influenzae<BR> gi#19554019 questionable ORF<BR> gi#19554028 questionable ORF<BR> gi#19554030 strong similarity to hypothetical protein scm11.20c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19554031 similarity to beta-glucoside positive regulatory protein bgIG - Escherichia coli [putative pseudogene]<BR> gi#19554043 similarityto conserved hypothetical protein yxiE - Bacillus subtilis<BR> gi#19554045 similarity to probable integral membrane protein MLCB1883.13c - Mycobacterium leprae<BR> gi#19554049 similarity to hypothetical protein Rv0226c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19554049 questionalb eORF<BR> gi#19554051 hypothetical protein<BR> gi#19554052 strong similarity to putative methyltransferase Rv0224c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19554059 similarity to hypothetical protein Rv0401 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19554069 strong similarity to hypothetical protein Rv3806c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19554072 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19554073 similarity to conserved hypothetical protein yokw - Bacillus subtilis<BR> gi#19554081 strong similarity to serine-tRNA ligase serS - Escherichia coli<BR> gi#19554084 strong similarity to hypothetical protein Rv3836 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19554086 hypothetical protein<BR> gi#19554088 similarity to hypothetical protein ydiL - Bacillus subtilis<BR> gi#19554090 similarity to PBP 5 synthesis repressor psr - Enterococcus hirae<BR> gi#19554091 similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicium<BR> gi#19554091 questionable ORF<BR> gi#19554093 questionable ORF<BR> gi#19554093 similarity to hypothetical protein SC7H1.14 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19554096 strong similarity to gluconate permease gntP - Bacillus subtilis<BR> gi#19554111 strong similarity to protein-methionine-S-oxide reductase msrA - Escherichia coli<BR> gi#19554127 strong similarity to hypothetical protein Rv1861 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19554128 questionable ORF<BR> gi#19554131 weak similarity to hypothetical protein Rv3603c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19554140 weak similarity to N-methyltransferase tylMI -Streptomyces fradiae<BR> gi#19554155 strong similarity to 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase folK - Escherichia coli<BR> gi#19554155 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19554158 strong similarity to quinone reductase (NADPH) - Mus musculus<BR> gi#19554160 weak similarity to transcriptional regulator etrA - Shewanella putrefaciens gi#19554166 IS1628 transposase TnpB - Corynebacterium glutamicum [putative frameshift]<BR> gi#19554168 strong similarity to dihydroneopterin aldolase folA - Bacillus subtilis<BR> gi#19554189 weak similarity to probable periplasmic protein Cj0606 - Campylobacter jejuni<BR> gi#19554193 stront similarity to DNA protection buring starvation protein pexB - Escherichia coli<BR> gi#19554200 malic enzyme mez - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19554204 hypothetical protein<BR> gi#19554211 strong similarity to leucine-tRNA ligase - Mycobacterium leprae<BR> gi#19554212 strong similarity to virulence-associated protein I vapl - Dichelobacter nodosus<BR> gi#19554221 similarity to endonuclease mrr - Escherichia coli<BR> gi#19554230 similarity hypothetical protein Rv1217c - Mycobacterium tuberculosis [putative frameshift]<BR> gi#19554233 strong similarity to probable transmembrane proteinSC4B5.06 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19554234 similarity to hypothetical protein SCI11.36c - streptomyces coelicolor<BR> gi#19554236 strong similarity to xenobiotic reductase A xenA - Pseudomonas putida [putative frameshift]<BR> gi#19554284 strong similarity to hypothetical protein Rv3586 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19554284 questionable ORF<BR> gi#19554284 strong similarity to probabl emembrane protein ybaN - Escherichia coli<BR> gi#7648571 hypothetical protein Tabelle 2 "bevorzugt"<BR> gi#19551289 questionable ORF<BR> gi#19551311 similarity to probable magnesium and cobalt transport protein corA - Mycobacterium tuberculosis [putative frameshift]<BR> gi#19551506 strong similarity to vegetative catalase katA - Bacillus subtilis<BR> gi#19551601 strong similarity to UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase murA - Escherichia coli<BR> gi#19551607 strong similarity to o-antigen acetylase oafA - Salmonella typhimurium<BR> gi#19551807 cyclopropan mycolic acid synthase cma - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551831 strong similarity to 10Kd chaperonin groES - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551977 similarity to hypothetical 30.5K protein precursor - Enterococcus faecalis<BR> gi#19552016 questionable ORF<BR> gi#19552105 similarity to hypothetical protein Rv0990c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552184 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552186 hypothetical protein<BR> gi#19552262 weak similarity to hyaluronan synthase related PAB1314 - Pyrococcus abyssi<BR> gi#19552304 strong similarity to hypothetical protein ykoE - Bacillus subtilis<BR> gi#19552305 strong similarity to glutamate transport ATP-binding protein gluA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552309 strong similarity to hypothetical protein SCF43.15c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552360 hypothetical protein<BR> gi#19552394 strong similarity to hypothetical protein SC1C2.14c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552525 strong similarity to thiamin biosynthesis protein thiA - Bacillus subtilis<BR> gi#19552554 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552566 similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552567 strong similarity to DNA polymerase I polA - Bacillus stearothermophilus<BR> gi#19552639 questionable ORF<BR> gi#19552691 weak similarity to hypothetical protein jhp1206 - Helicobacter pylori<BR> gi#19552692 similarity to hypothetical protein Rv2049c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552705 strong similarity to hypothetical protein (ORF13) - Rhodococcus erythropolis<BR> gi#19552930 hypothetical protein<BR> gi#19553048 weak similarity to csp1 protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553193 hypothetical protein<BR> gi#19553241 similarity to hydrogen cyanide synthase hcnC - Pseudomonas fluorescens<BR> gi#19553286 pyruvate kinase pyk - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553334 weak similarity to diaminopimelate decarboxylase - Pseudomonas aeruginosa<BR> gi#19553541 strong similarity to hypothetical protein Rv2405 - mycobacterium tuberculosis gi#19553645 hypothetical protein<BR> gi#19553732 NH3-dependent NAD synthetase nadE - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553765 strong similarity to succinyl-CoA: Coenzyme A transferase cat1 - Clostridium kluyveri<BR> gi#19553985 strong similarity to L-2.3-butanediol dehydrogenase - Brevibacterium saccharolyticum<BR> gi#19554051 hypothetical protein<BR> gi#19554111 strong similarity to protein-methionine-S-oxide reductase msrA - Escherichia coli<BR> gi#19554193 strong similarity to DNA protection during starvation protein pexB - Escherichia coli<BR> gi#19554230 similarity to hypothetical protein Rv1217c - Mycobacterium tuberculosis [putative frameshift] Tabelle 3<BR> gi#19551251 strong similarity to replication initiation protein dnaA - Mycobacterium smegmatis<BR> gi#19551271 weak similarity to hypothetical oxidoreductase TM1009 - Thermotoga maritima<BR> gi#19551278 strong similarity to hypothetical ABC transporter integral membrane protein SCF76.15c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551289 questionable ORF<BR> gi#19551308 hypothetical protein<BR> gi#19551315 strong similarity to phosphate starvation-inducible protein phoH - Mycobacterium tuberculosis [putative frameshift]@<BR> gi#19551324 strong similarity to virginiamycin S resistance protein varS - Streptomyces virginiae<BR> gi#19551328 weak similarity to hypothetical protein - Coynebacterium glutamicum<BR> gi#19551331 hypothetical protein<BR> gi#19551334 urea amidohydrolase (urease) gamma subunit ureA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551335 urease beta-subunit ureB - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551336 urease alpha subunit ureC - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551337 urease accessory protein ureE - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551340 urease-associated protein ureD - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551359 strong similarity to hypothetical protein SCI28.03c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551362 strong similarity to galactitol utilization operon repressor gatR - Escherichia coli<BR> gi#19551377 similarity to conserved hypothetical protein TM1257 - Thermotoga maritima<BR> gi#19551387 similarity to hypothetical protein SCBAC36F5.07 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551391 hypothetical protein<BR> gi#19551394 questionable ORF<BR> gi#19551407 strong similarity to putative transcription regulator GntR family homolog yvoA - Bacillus subtilis<BR> gi#19551408 strong similarity to fructokinase frk1 - Lycopersicon esculentum (tomato)<BR> gi#19551409 strong similarity to hypothetical protein SC8F11.03c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551411 strong similarity to putative myo-inositol catabolism iolB - Bacillus subtilis<BR> gi#19551412 strong similarity to myo-inositol catabolism iolD - Bacillus subtilis<BR> gi#19551413 strong similarity to mocC protein - Rhizobium meliloti<BR> gi#19551416 strong similarity to multidrug resistance protein emrA - Escherichia coli<BR> gi#19551420 strong similarity to transcription regulator protein cebR - Streptomyces reticuli<BR> gi#19551421 strong similarity to probable oxidoreductase SC3F9.05 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551422 strong similarity to hypothetical protein yfiH - Bacillus subtilis<BR> gi#19551424 strong similarity to cold shock protein csp - Arthrobacter globiformis<BR> gi#19551431 strong similarity to L-arabinose transport permease araE - Bacillus subtilis<BR> gi#19551432 iscg2 transposase tnp - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551434 glutamine 2-oxoglutarate aminotransferase large subunit gltB - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551435 glutamine 2-oxoglutarate aminotransferase small subunit gltD - Corynebacterium glutamicum [putative frameshift] gi#19551437 strong similarity to hypothetical protein Rv3698 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551438 similarity to hypothetical protein NMA1587 - Neisseria meningitidis [putative sequencing error]<BR> gi#19551441 strong similarity to probable oxidoreductase Rv3790 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551446 strong similarity to hypothetical protein Rv3789 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551447 weak similarity to probable protein/oligopeptide symporter yjdL - Escherichia coli<BR> gi#19551448 strong similarity to hypothetical protein rv1864c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551461 similarity to molybedenum cofactor biosynthesis protein B moaB - Escherichia coli<BR> gi#19551468 strong similarity to hypothetical 15.9 KD protein in PTPA 5'-region SCQ11.05c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551472 similarity to probable hydrogen peroxide-inducible genes activator oxyR - Xanthomonas campestris<BR> gi#19551483 strong similarity to queuine tRNA-ribosyltransferase tgt - Zymomonas mobilis<BR> gi#19551500 2-isopropylmalate-synthase leuA - Corynebacterium glutamicum [putative frameshift]<BR> gi#19551501 hypothetical protein X - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551504 weak similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551512 similarity to transcription repressor smtB - Synechocystis sp.<BR> gi#19551520 strong similarity to multisubunit Na+/H+ antiporter subunit mnhA - Staphylococcus aureus<BR> gi#19551530 strong similarity to regulatory protein whiB - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551570 similarity to glyoxalase II mitochondrial isozyme - Arabidopsis thaliana<BR> gi#19551579 hypothetical protein<BR> gi#19551583 strong similarity to dTDP-glucose-4,6-dehydratase cps19fN - Streptococcus pneumoniae<BR> gi#19551584 strong similarity to NADH oxidase nox - Thermus Thermophilus<BR> gi#19551594 strong similarity to low molecular weight protein-tyrosine-phosphatase epsP - Pseudomonas solanacearum<BR> gi#19551598 strong similarity to galactosyltransferase rfbP - Campylobacter hyoilei<BR> gi#19551598 hypothetical protein<BR> gi#19551601 strong similarity to UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase murA - Escherichia coli<BR> gi#19551603 strong similarity to probable glycosyl transferase wbfO - Vibrio cholerae<BR> gi#19551607 strong similarity to o-antigen acetylase oafA - Salmonella typhimurium<BR> gi#19551615 strong similarity to probable transcription regulator Rv0465c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551616 succinate dehydrogenase C or D sdhCD - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551617 succinate dehydrogenase A sdhA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551618 succinate dehydrogenase B sdhB - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551634 similarity to hypothetical protein SCC75A.17c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551635 strong similarity to probable lipoprotein heme receptor hmuT - Corynebacterium diphtheriae<BR> gi#19551647 phosphoglycerate mutase gpm - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551648 strong similarity to phosphate response regulator histidine kinase phoR - Bacillus subtilis<BR> gi#19551655 similarity to hypothetical protein Rv0497 - Mycobacterium glutamicum<BR> gi#19551662 strong similarity to glutamyl-tRNA reductase hemA - Synechocystis sp. gi#19551663 strong similarity to hydroxymethylbilane synthase hemC - Bacillus subtilis<BR> gi#19551665 similarity to transcriptional activator protein catM - Acinetobacter sp.<BR> gi#19551666 hypothetical protein<BR> gi#19551666 hypothetical protein<BR> gi#19551698 questionable ORF<BR> gi#19551709 similarity to gas vesicle protein gvpl - Halobacterium salinarum [putative sequencing error]<BR> gi#19551713 strong similarity to D-serine/D-alanine/glycine transporter cycA - Escherichia coli<BR> gi#19551719 50S ribosomal protein L11 rplK - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551720 strong similarity to ribosomal protein L1 - bacillus stearothermophilus<BR> gi#19551722 strong similarity to 4-aminobutyrate aminotransferase gabT - Escherichia coli<BR> gi#19551723 strong similarity to succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD(P)+ gabD - Escherichia coli<BR> gi#19551724 similarity to tyrosine-specific transport protein tyrP - Escherichia coli<BR> gi#19551735 strong similarity to hypothetical protein SCE60.30c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551737 strong similarity to 30S ribosomal protein S7 rpsG - Mycobacterium smegmatis<BR> gi#19551745 strong similarity to ribosomal protein S10 rpsJ - Bacillus subtilis<BR> gi#19551746 strong similarity to ribosomal protein L3 rplC - Bacillus subtilis<BR> gi#19551748 strong similarity to ribosomal protein L23 rplW - Bacillus subtilis<BR> gi#19551750 strong similarity to ribosomal protein S29 rpsS - Bacillus subtilis<BR> gi#19551751 strong similarity to ribosomal protein L22 rplV - Escherichia coli<BR> gi#19551752 strong similarity to ribosomal protein S3 - Bacillus stearothermophilus<BR> gi#19551770 similarity to hypothetical protein ybaF - Bacillus subtilis<BR> gi#19551771 hypothetical protein<BR> gi#19551772 weak similarity to hypothetical protei AF1398 - Archaeoglobus fulgidus<BR> gi#19551775 strong similarity to 50s ribosomal protein L6 rpIF - Synechoccus sp. [putative frameshift]<BR> gi#19551777 strong similarity to ribosomal protein S5 - Bacillus stearothermophilus<BR> gi#19551784 hypothetical protein<BR> gi#19551786 strong similarity to p-cumic alcohol dehydrogenase cymB - Pseudomonas putida<BR> gi#19551791 strong similarity to N-formylmethionylaminoacyl-tRNA deformylase def - Escherichia coli<BR> gi#19551799 strong similarity to DNA-directed RNA polymerase alpha chain rpoA - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551802 hypothetical protein<BR> gi#19551815 strong similarity to ribosomal protein L13 rplM - Staphylococcus carnosus<BR> gi#19551816 strong similarity to 30s ribosomal protein S9 rpsI - Escherichia coli<BR> gi#19551817 strong similarity to phosphoglucosamine-mutase glmM - Staphylococcus aureus<BR> gi#19551819 questionable ORF<BR> gi#19551822 strong similarity to D-alanine racemase alr - Mycobacterium smegmatis<BR> gi#19551825 strong similarity to proline iminopeptidase pip - Propionibacterium freudenreichii gi#19551831 strong similarity to 10Kd chaperonin groES - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551835 weak similarity to secreted acid phosphatase 2 precursor - Leishmania mexicana<BR> gi#19551855 weak similarity to hypothetical protein - Mycobacterium marinum<BR> gi#19551861 similarity to outer membrane lipoprotein - Citrobacter freundii<BR> gi#19551863 weak similarity to hypothetical protein -Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551864 weak similarity to putative glycosyltransferase SCH22A.20 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551869 strong similarity to lipoprotein-28 precursor nlpA - Escherichia coli<BR> gi#19551872 questionable ORF<BR> gi#19551875 similarity to hypothetical protein SCBAC1A6.25c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551877 strong similarity to iron regulated lipoprotein irp1- Corynebacterium diphtheriae<BR> gi#19551884 O-acetylhomoserine sulfhydrylase metY - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551885 carbon starvation protein A cstA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551889 strong similarity to citrate (si)-synthase gltA - Mycobacterium smegmatis<BR> gi#19551891 strong similarity to malate dehydrogenase - Methanothermus fervidus<BR> gi#19551897 strong similarity to iron transport membrane protein irp1C - Corynebacterium diphtheriae<BR> gi#19551898 strong similarity to iron transport membrane protein irp1B - Corynebacterium diphtheriae<BR> gi#19551899 strong similarity to DtxR/iron regulated lipoprotein precursor irp1 - Corynebacterium diphtheriae [putative sequencing error]<BR> gi#19551908 hypothetical protein<BR> gi#19551925 strong similarity to carboxyphosphonoenolpyruvate phosphonomutase bcpA - Streptomyces hygroscopicus<BR> gi#19551926 methyl citrate synthase prpC - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551926 questionable ORF<BR> gi#19551928 strong similarity to hypothetical protein Rv1129c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551930 acyl coenzyme A carboxylase - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551933 strong similarity to hypothetical protein MLCB4.27c - Mycobacterium leprae<BR> gi#19551934 similarity to hypothetical protein Rv1565c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551935 strong similarity to septum formation protein maf - Bacillus subtilis<BR> gi#19551936 weak similarity to hypothetical protein B1308_C3_211 - Mycobacterium leprae<BR> gi#19551937 dtsR2 protein- Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551938 detergent sensitivity rescer dtsR1 protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551947 hypothetical protein<BR> gi#19551948 weak similarity to transposase 5564 - Corynebacterium striatum<BR> gi#19551949 strong similarity to glucose 1-dehydrogenase A - Bacillus megaterium<BR> gi#19551956 strong similarity to trehalose/maltose binding protein malE - Thermococcus litoralis<BR> gi#19551957 strong similarity to multiple sugar import protein msiK - Streptomyces lividans<BR> gi#19551964 weak similarity to ATP-dependent helicase pcrA - Bacillus stearothermophilus<BR> gi#19551964 questionable ORF gi#19551965 weak similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551975 strong similarity to hypothetical protein Rv3256c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551977 similarity to hypoehtical 30.5K protein precursor - Enterococcus faecalis<BR> gi#19551977 similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19551980 strong similarity to thymidylate kinase tmk - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551983 questionable ORF<BR> gi#19551984 strong similarity to hypothetical protein Rv3241c - Mycobacterium tubercu<BR> gi#19551987 similarity hypothetical protein SC1C2.30 - Steptomyces coellcolor<BR> gi#19551988 strong similarity to hypothetical protein Rv3231c - mYcobacterium tuberculosis<BR> gi#19551994 strong similarity to probable transcriptional activator whiB1 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551997 similarity to ATP-dependent RNA helicase deaD - Klebsiella pneumoniae<BR> gi#19552010 hypothetical protein<BR> gi#19552014 strong similarity to hypothetical protein Rv2606c - mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552016 questionable ORF<BR> gi#19552021 similarity to secreted antigen csp1 - corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552022 strong similarity to hypothetical protien - COrynebacterium glutamicum<BR> gi#19552023 questionable ORF<BR> gi#19552027 strong similarity to putative inositol monophophatase MLCB1779.29 - Mycobacterium leprae [putative frameshift]<BR> gi#19552029 strong similarity to cell division ATP-binding protein ftsE - mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552035 similarity to iron(III) dicitrate-binding periptlasmic protein fecB - Escherichia coli<BR> gi#19552037 similarity to membrane-associated 40K protien precursor - Vibrio anguillarum<BR> gi#19552039 strong similarity to enterochelln ptake permease ceuC - Campylobacter coli<BR> gi#19552046 similarity to hypothetical protein Rv0867c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552056 citrate synthase gltA - COrynebacterium glutamicum<BR> gi#19552058 hypothetical protein<BR> gi#19552059 Strong similarity to putative integral membrane protein SCI8.08c - Streptomyces coeliclor<BR> gi#19552063 Strong similarity to fatty-acid synthase fas - Brevibacterium ammoniagenes [putative frameshift]<BR> gi#19552071 Strong similarity to thymidylate synthase thyA - Escherichia coli<BR> gi#19552077 similarity to cyanate transport protien cynX - Escherichia coli<BR> gi#19552078 glucose-6-phosphate isomerase pgl - COrynebacterium glutamicum<BR> gi#19552087 strong similarity to phosphoribosylglycinamide formyltransferase purN - Escherichia coli<BR> gi#19552090 transcriptional repressor amtR - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552091 hypothetical protien yjcc - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552092 similarity to 30s ribosmal rotein S18 rps18 - Cyanophora paradoxa cyanelle<BR> gi#19552093 strong similarity to 30s ribosomal protien S14 rps N - Escherichia coli<BR> gi#19552094 strong similarity to ribosomal protein L33 rpmG - Escherichia coli [putative sequencing error] gi#19552095 strong similarity to ribosomal protein L28 - Escherichia coli<BR> gi#19552114 similarity to cyclomaltodextrinase CDase - Bacillus Sphaericus<BR> gi#19552117 glycine betaine transporter betP - COrynebacterium glutamicum [putative frameshift]<BR> gi#19552135 strong similarity to probable liporpotein Rv1009 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552141 similarity o hypothetical protein sli1783 - Synechocystis sp.<BR> gi#19552142 strong similarity to hypothetical protein Rv1117 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552149 similarity to putative tetR-family transcriptional regulator SCE22, 18c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552157 strong similarity to leucine transport protein livH - Escherichia coli<BR> gi#19552158 similarity to leuche transport protein iivM - Escherichia coli<BR> gi#19552159 strong similarity to high-affinity branched-chain amino acid transport ATP-binding protien livG - Escherichia coli<BR> gi#19552160 strong similarity to high-affinity branched-chain amino acid transport LIV-I system LivG protein - Salmonella typhimurium<BR> gi#19552164 strong similarity to aminoacyl-trNA hydrolase pth - Escherichia coli<BR> gi#19552168 strong similarity to phosphoribosyl pryrophosphate synthase prs1 - Spinacia oleracea<BR> gi#19552189 strong similarity to UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase gcaD - Bacillus subtilis<BR> gi#19552186 hypothetical protein<BR> gi#19552190 questionable ORF<BR> gi#19552195 hypothetical protein<BR> gi#19552196 weak similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552197 weak similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum [putative frameshift]<BR> gi#19552199 eolase eno - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552211 similarity to transcription elongation factor greA - Escherichia coli<BR> gi#19552224 similarity to phosphinothricin N-acetyltransferase pat - Streptomyces viridochromogenes<BR> gi#19552227 strong similarity to lactam utilization protein IamB - Emericella nidulans [putative frameshift]<BR> gi#19552228 strong similarity to branched chain amino acids transporter homology ycsG - Bacillus subtilis<BR> gi#19552229 strong similarity to putative gntr-family transcriptional regualtor SC6D7.29 - Streptomyces coellcolor<BR> gi#19552231 fumarase fum - corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552253 strong similarity to probable GTP-binding protein Rv1112 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552261 questionable ORF<BR> gi#19552269 hypothetical protein<BR> gi#19552274 similarity to frenolicin biosynthetic protein frnS - Streptomyces roeofulvus<BR> gi#19552277 strong similarity to hypothetical protein - Cornebacterium glutamicum [putative frameshift]<BR> gi#19552278 strong similarity to hypothetical protein - Cornebacterium glutamicum [putative frameshift]<BR> gi#19552286 similarity to carboxyphosphonoenolpyruvate phosohonomutase - Streptomyces hygroscopicus [putative frameshift]<BR> gi#19552287 strong similarity to ATPbinding protein TlrC - Streptomyces fradiae [putative frameshift]<BR> gi#19552292 transposase (insertion sequence IS31831) - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552292 transposase (insertion sequence IS31831) - Corynebacterium glutamicum gi#19552292 transosase (insertion sequence IS31831) - Cornebacterium glutamicum<BR> gi#19552292 similarity to transposase - COrynebacterium glutamicum [putative frameshift]<BR> gi#19552293 strong similarity to cysteine desulphurase - Ruminococcus flavefaciens [putative frameshift]<BR> gi#19552294 nicotinate-nucleotide pyrophosphatase nadc - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552295 quinolate synthase A nadA - COrynebacterium glutamicum<BR> gi#19552296 strong similarity to probable DNA hydrolase MutT/nudix family protein DR0192 - Deinococcus radiodurans<BR> gi#19552304 strong similarity to hypothetical protein ykoE - Bacillus subtilis<BR> gi#19552305 strong similarity to cobalt transport ATP-bindign protein cbiO - Salmonella typhimurium<BR> gi#19552305 strong similarity to glutamate transport aTPbinding protein gluA - COrynebacterium glutamicum<BR> gi#19552306 similarity to hypothetical protein ykoC - Bacillus subtilis<BR> gi#19552307 similarity to DNA topology modulation protien FLaR-related protein DR2273 - Deinococcus radiodurans<BR> gi#19552309 strong similarity to hypothetical protein SCF43.15c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552310 strong similarity to hypothetical protein ywaF - Bacillus subtilis<BR> gi#19552312 strong similarity to thioredoxin peroxidase tpx - Escherichia coli<BR> gi#19552323 similarity to hypothetical protein Rv1157c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552324 strong similarity to GTPase bipA - Escherichia coli<BR> gi#19552333 aromatic amino acid permease aroP - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552340 similarity to hypothetical protein u1756n - mycobacterium leprae<BR> gi#19552345 similarity to hypothetical o-methyl tansferase modmC - Acinetobacter sp. [putative frameshift]<BR> gi#19552346 sigma factor E sigE - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552348 strong similarity to hypothetical protein Rv1224 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552349 strong similarity to hypothetical protein mrp - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552352 strong similarity to hypothetical protein Rv1234 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552353 weak similarity to osmoprotection like protein Rv3759c - MYcobacterium tubercuiosis<BR> gi#19552354 strong similarity to hypothetical protien - corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552362 hypothetical protein<BR> gi#19552364 strong similarity to metabolite export pup of tetracenomycin C resistance TcmA - Streptomyces glaucescens<BR> gi#19552365 strong similarity to cobalamin-independent methionine synthase ATCIMS - Arabidopsis thaliana<BR> gi#19552372 questionable ORF<BR> gi#19552380 strong similarity to ATP-dependent RNJA helicase deaD - Escherichia coli [putative frameshift]<BR> gi#19552380 strong similarity to ATP-dependent RNJA helicase deaD - Escherichia coli [putative frameshift]<BR> gi#19552387 Na+/proline transporter putP gene - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552388 similarity to transcriptional accessory protein MOT1 - Saccharomyces cerevisiae<BR> gi#19552397 hypothetical protien<BR> gi#19552398 similarity to electron transport regulator A etrA- Shewanella putrefaciens<BR> gi#19552402 strong similarity to tripeptidyl aminopeptidase precursor tap- Streptomyces lividans gi#19552403 arginine-tRNA ligase argS - COrynebacterium glutamicum<BR> gi#19552404 hypothetica protein<BR> gi#19552409 similarity to hypothetical rotein Rv2621c - Mycobacerium tuberculosis<BR> gi#19552414 hypothetical protein<BR> gi#19552421 strong similarityto molybdopterin biosynthesis CNX2 protein - Arabidopsis thaliana<BR> gi#19552423 strong similarity to transcription termination factor rho - Micrococcus luteus<BR> gi#19552429 strong similarity to H+-transporting ATP synthase protein 6 atpB - Streptomyces lividans<BR> gi#19552430 strong similarity to H+-transporting ATP synthase lipid-binding protein atpE - Bacillus firmus<BR> gi#19552432 strong similarity to H+-transporting ATP synthase delta chain atpH - Streptomyces lividans<BR> gi#19552433 strong similarity to H+-transporting ATP synthase alpha chain atpA - Streptomyces lividans<BR> gi#19552434 strong similarity to H+-transporting ATP synthase gamma chain atpG - Streptomyces lividans<BR> gi#19552439 strong similarity to hypothetical protein B1549_F2_87 - Mycobacterium leprae<BR> gi#19552456 similarity to ypothetical transcriptional regulator y4mf - RHizobium sp.<BR> gi#19552471 phosphofructokinase A pfkA - COrynebacterium glutamicum<BR> gi#19552471 hypothetical protein<BR> gi#19552480 strong similarity to glutamyl-tRNA Gn amidotransferase chain B gatB - Bacillus subtilis<BR> gi#19552483 lysine exporter protein lysE - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552485 strong similarity to hypothetical protein AAC25769.1 - Streptomyces lividans<BR> gi#19552490 strong similarity to hypothetical protein Rv3104c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552501 strong similarity tocation efflux system protein czcD - Alcaligenes eutrophus<BR> gi#19552507 similarity to putaive sulfonate binding protein precursor ussuA - Pseudomonas putida<BR> gi#19552511 weak similarity to probable methyltransferase SCF43A.25c - Streptomyces coelicolor [putative frameshift]<BR> gi#19552523 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552524 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552525 strong similarity to thiamin biosynthesis protein thiA - Bacillus subtilis<BR> gi#19552527 strong similarity to maltodextrin phosphorylase maIP - Escherichia coll [putative frameshift]<BR> gi#19552554 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552558 similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552559 weak similarity to hypothetical protein rhsE - Escherichia coli<BR> gi#19552567 questionable OF<BR> gi#19552574 glucose-hophotransferase-system enzyme II (glucose-permease) ptsM - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552575 hypothetical protein - Brevibacterium lactofermentum<BR> gi#19552579 strong similarity to inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase iunH - crithidia fasciculata<BR> gi#19552581 strong similarity to ribokinase rbsK - Escherichia coli<BR> gi#19552582 catabolite control protein ccpA1 - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552589 questionable ORF gi#19552590 weak similarity to late embryogenesis abundant protien group 3 - Glycine max (soybean)<BR> gi#19552591 strong similarity to hypothetical protein Rv1637c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552595 strong similarity to translation initiation factor IF-3 infC - Rhodobacter sphaeroides<BR> gi#19552596 strong similarity to 50s ribosomal protien L35 rpml - Mycoplasma fermentans<BR> gi#19552613 acetylglutamete kinase argB - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552615 ornithine carbamoyltransferase argF - COrynebacterium glutamicum<BR> gi#19552639 weak similarity to putative acetyltransferase sC5C11.04c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552639 questionable ORF<BR> gi#19552643 strong similarity to cytidylate kinase cmk - Bacillus subtilis<BR> gi#19552644 strong similarity to probable GTP-binding protien - Mycobacterium tuberculosis [putative frameshift]<BR> gi#19552655 questionable ORF<BR> gi#19552660 similarity to hypothetical protein 122 - Saccharopolyspora erylthreaea<BR> gi#19552664 similarity to integral membrane protien corC - Salmonealla typhimurium<BR> gi#19552667 6-phosphogluconate dehydrogenase gnd - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552670 strong similarity to nodulation ATP-binding protien nodi- Rhizobium sp.<BR> gi#19552687 strong similarity to hypothetical protein SCI7.33 - Streptomyces coelciolor<BR> gi#19552689 weak similarity to hypothetical protei DR2344 - Deinococcus radiodurans<BR> gi#19552692 similarity to hypohetical protein Rv2049c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552703 hypothetical protein<BR> gi#19552714 strong similarity to hypothetical protien SCI1.36 - Streptomcyes coelicolor<BR> gi#19552715 similarity to viruelce-associated proien I vapI - Bacteroides nodosus<BR> gi#19552717 aspartate ammonia-lyase aspA - Brevibacterium flavum<BR> gi#19552718 ATp phophoribosyltransferae hisG - COrynebacterium glutamicum<BR> gi#19552743 strong similarity to methylmalonyl-COA mutase mutA chain - Streptomyces cinnamonensis<BR> gi#19552744 hypothetical protein<BR> gi#19552747 strong similarity to hypothetical protien Rv1487 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552753 aconitase acn - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552756 strong similarity to hypothetical protien YMR090w - Staphyloccoccus auresu<BR> gi#19552759 strong similarity to conserved hypothetical protein DR2150 - Deinococcus radiodurans<BR> gi#19552771 hypothetical protein<BR> gi#19552772 similarity to ring-oxidation complex protien 3 phaAH - Pseudomonas putida<BR> gi#19552773 weak similarity to nitrongen fixation protein nifU - Azospirillum brasilense<BR> gi#19552778 strong similarity to putative transcriptional regulator Rv1460 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552786 tansketolase tkt - COrynebacterium glutamicum<BR> gi#19552788 glucose-6-phosphate-1-dehydrogenase zwf2 - COrynebacterim glutamicum<BR> gi#19552791 weak similarity to sarcosine oxidase - Bacillus sp. gi#19552793 sarcosine oxidase soxA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552794 putative ornithine-cycloadecarboxylase ocd - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552795 ammonium transporter amt - Cornbacterium glutamicum<BR> gi#19552798 triose-phosphate isomerase tpl - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552799 phosphoglycerate kinase pgk - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552800 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase gap - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552800 glyceraldehyde-3-phsophate dehydrogenase gap - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552801 hypothetical protein<BR> gi#19552802 strong similarity to hypothetical proten Rv1422 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552816 hypothtical protein<BR> gi#19552818 strong similarity to guanylate kinase guk1 - Saccharomyces cerevisiae<BR> gi#19552825 strong similarity to pyimidine operon regulatory protein pyrR - Bacillus subtilis<BR> gi#19552827 weak similarity to hypothtical protein - Corynebacterium glutamicum [putative frameshift]<BR> gi#19552830 weak similarity to transcription termination factor nusB - Escherichia coli<BR> gi#19552844 strong similarity to alanyl-tRNA synthetase alaS - Thiobacillus ferrooxidans<BR> gi#19552846 hypothetical protein<BR> gi#19552849 similarity to SNF2 protein - Homo sapiens<BR> gi#19552850 similarity to phage infection protein - Lactococcus lactis [putative frameshift]<BR> gi#19552851 weak similarity to ABC transporter-like protein - Arabidopsis thaliana [putative frameshift]<BR> gi#19552852 similarity to probable transcritpion regulator SCE68.13 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552869 hypothetical protein<BR> gi#19552899 hypothetical protein<BR> gi#19552913 hypothetical protein<BR> gi#19552916 hypothetical protein<BR> gi#19552933 hypothetical protein<BR> gi#19552967 hypothetical protein<BR> gi#19553011 questionable ORF<BR> gi#19553045 weak similarity to hypothetical protein slr0516 - Synechocystis sp.<BR> gi#19553047 strong similarity to hypothtical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553048 weak similarity to csp1 protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553096 similarity to probable sodium sulfate or dicarboxylate transporter BAA96091.1 - Arabiodopsis thaliana<BR> gi#19553100 weak similarity to riboflavin biosynthesis protein ribG - Bacillus subtilis<BR> gi#19553102 strong similarity to hypothetical protein Rv2674 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553103 strong similarity to hypotehtical protein Rv2676c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553110 strong similarity to hypothetical protein Rv2698 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553111 hypothetical protein gi#19553113 strong similarity to extragenic suppressor protein suhB - Escherichia coli<BR> gi#19553116 similarity to conserved hypotehtical rotein DR2253 Deinococcus radiodurans<BR> gi#19553135 strong similarity to glycerol-3-phosphate regulon repressor glpR - Pseudomonas aeruginosa<BR> gi#19553136 similarity to 1-phosphofructokinase fruK - Xanthomonas campestris<BR> gi#19553137 phosphotransferase sys4tem enzyme I ptsl - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553141 phosphotransferase system II BC, fructose-specific fruA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553153 simialrity to hypotehtical protein Rv2732c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553154 strong similarity to hypothtical protein Rv2733c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553156 glutamate-binding protein gluB precursor - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553157 glutamate transport system permease protein gluC - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553164 hypothtical protein<BR> gi#19553169 strong similarity to multidrug resistance protein emrB - Escherichia coli<BR> gi#19553171 strong similarity to tellurite resistance terC - Escherichia coli [putative frameshift]<BR> gi#19553177 dihydrodipicolinat reductase dapB - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553187 weak similarity to translation initiation factor if-2 - Bacillus subtilis [putative frameshift]<BR> gi#19553191 similarity to transcription termination-antitermination factor nusA - Bacillus subtilis [putative frameshift]<BR> gi#19553193 hypothetical protein<BR> gi#19553194 similarity to oligopeptide-binding protein oppA - Escherichia coli [putative frameshift]<BR> gi#19553194 similarity to oligopeptide-binding protein oppA - Escherichia coli [putative frameshift]<BR> gi#19553195 strong similarity to ligopeptide transport system permease protein oppB - Bacillus subtilis<BR> gi#19553196 strong similarity to ligopptide ABC transporter (permease) oppC - Bacillus subtilis<BR> gi#19553198 strong similarity to proline-tRNA ligase proS - Escherichia coli<BR> gi#19553203 strong similarity to hypothtical 55.7 KD protein - Clostridium perfringens<BR> gi#19553228 strong similarity to elongation factor Ts (EF-TS) tsf - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553233 similarity to hypothtical protein Rv3605c - Myco0bacterium tuberculosis<BR> gi#19553238 strong similarity to iron(III) dicitrate-binding periplasmic protein fecb - Escherichia coli<BR> gi#19553248 weak similarity to hypothetical protein - Corynebacterum glutamicum<BR> gi#19553253 strong similarity to hypothetical protein rimM - Mycobacterium tuberulosis<BR> gi#19553255 strong similarity to 30s ribosomal protein S16 rpsP - Bacillus subtilis [putative frameshift]<BR> gi#19553256 weak similarity to probable ankyrin - Homo sapiens<BR> gi#19553260 [protin-PII] uridilylyltransferase glnD - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553261 PII central signal transduction protein pH (glnB) - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553262 low affinity ammonium uptake protein amtP - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553266 questionable ORF<BR> gi#19553270 strong simnilarity to gepB protin - Dichelobacter nodosus<BR> gi#19553277 glutamate dehydrogenase (NADP+) gdh - Corynebacterium glutamicum gi#19553286 pyruvate kinase pyk - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553294 glutamine amidotransferase hisH - Coryebacterium glutamicum<BR> gi#19553297 strong similarity to imidazoleglycerol-phosphate dehydratase hisBd - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553305 strong similarity to hypothetical protein Rv2622 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553306 weak similarity to hydroxypyruvate isomerase gip - Escherichia coli<BR> gi#19553317 strong similarity to conserved hypotehtical protein dR1631 - Deinococcus radiodurans<BR> gi#19553320 weak similarity to hypotehtical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553323 hypotehtical protein<BR> gi#19553326 threonine dehydratase ilvA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553327 weak similarity to hypothetical protein ytlA - Bacillus subtilis<BR> gi#19553330 strong similarity to hypothetical protein rarD - Escherichia coli<BR> gi#19553332 similarity t4o zinc/cadmium caton efflux system protein MTH1893 - Methanobacterium thrmoautotrophicum<BR> gi#195533333 strong similarity to general stress protein 39 ydaD - Bacillus subtilis<BR> gi#19553334 weak similarity to diaminopimelate decasrboxylase - Pseudomonas aeruginosa<BR> gi#19553338 similarity to lipoprotein signal peptidase - Pseudomonas fluorescens<BR> gi#19553341 strong similarity t4o hypotehtical protein AAC68689.1 - Rhodococcus erythropolis<BR> gi#19553343 weak similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553360 strong similarity to UDP-N-acetylmuramoylalanine-D-glutamate ligase murD - Streptococcus pneumoniae<BR> gi#19553362 strong similarity to UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamyl-2,6-diaminopimelate--D -alanyl-D-alanine ligase murF - Escherichia coli<BR> gi#19553363 meso-diaminopimelate-adding-enzyme murE - Corynebacterum glutamicum<BR> gi#19553367 strong simnilarity to hypothetical protein MLCB268.11c - Mycobacterium leprae<BR> gi#19553371 hypotehtical protein<BR> gi#19553381 strong similarity to hypotehtial protein MLCB268.21c - Mycobacterium leprae<BR> gi#19553390 weak similarity to secreted peptidoglycan lytic protein P45 - Listeria mnonocytogenes [putative pseudogene]<BR> gi#19553391 strong similarity to probable cytochrome B cytB - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553392 weak similarity to rieske iron-sulfur protein rpt - Thermus thrmophilus<BR> gi#19553393 strong similarity to probable diheme cytochrome-c qcrC - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553394 ytochrome-c oxidase subunit III ctaE - Corynebacterium glutamicum [putative frameshift]<BR> gi#19553397 similarity to cytochrome-c oxidase chain II precursor coxII - Rhodobacter sphaeroides<BR> gi#19553413 transposase of ISCg2 tnp - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553415 glutamine synthetase I glnA - Corynebacterum glutamicum<BR> gi#19553430 hypothetical protein<BR> gi#19553431 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553431 similarity to hypothetical protein SCE9.39c - Streptomyces coelicolor [putative framneshift]<BR> gi#19553433 weak similarity to hypotehtical protein SCC75A.11c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553435 similarty to ribonclease dis3p protein - Homo sapiens [putative pseudogene] gi#19553445 pyruvat-dehydrogenase component E1 aceE - Corynbacterium glutamicum<BR> gi#19553446 strong similarity to glycine betaine/camitine/choline ABC transporter (ATP-binding) opuCA - Bacillus sub4tilis<BR> gi#19553448 strong smilarity to hypothetical protein RP367 - Rickettsia prowazekii<BR> gi#19553450 weak similarity to hypotehtical protein Rv2862c - Mycobacterum tuberculosis<BR> gi#19553451 similarity to arylesterase - Pseudomonas fluroescens<BR> gi#19553455 hypotehntical protein<BR> gi#19553476 strong similiarity to glycine-tRNA ligase - Thermus aquaticus<BR> gi#19553477 similarity to probable transcription regulator of the arsR-family Rv2358 - Mycobacterium tuberulosis<BR> gi#19553478 simnilarity to ferric uptake transcription rgulator fur - Escherichia coli<BR> gi#19553487 strong similarity to hypothetical protein scc77.19c - Streptomyces coelicolr<BR> gi#19553521 strong similarity to oligopeptide transport ATP-binding protein oppD - Lactococcus lactis [putative frameshift]<BR> gi#19553527 strong similarity to hypothetical protein F4P13.13 - Arabidopsis thaliana<BR> gi#19553528 malate synthase aceB - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553529 isocitrate lyase aceA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553530 thiamin biosynthesis protein thiX - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553548 strong similarity to hypothetical protein scc123.07c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553556 Obg protein homolog - Corynebacterum glutamicum<BR> gi#19553558 strong similarity to 2,5-diketo-D-gluconic acid reductase - Corynbacterium sp.<BR> gi#19553563 questionable ORF<BR> gi#19553563 weak similarity to hypohtical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553565 strong simnilarity tio hypothtical protein scf76.08c - Streptomyces coelicolor [putative pseudogene]<BR> gi#19553570 hypothetical protein<BR> gi#19553571 similarity to conserved hypothetical protein DR1844 -Deincoccus radiodurans<BR> gi#19553574 strong similarity ot hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553630 similarity to probabl transport protein SC7H1.27 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553645 hypothetical protein<BR> gi#19553646 strong similarity to hypothetical protein Rv2474c -d Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553655 questionable ORF<BR> gi#19553656 strong similarity to L-arabinose transport protein araQ - Bacillus subtilis<BR> gi#19553657 strong similarity to maltose transport protein amyD - Thermoanaerobacterium thermosulfurigenes<BR> gi#19553658 strong similarity to maltose-binding protein amyE - Thermoanaerobacterium thermosulfurigenes<BR> gi#19553668 strong simillarity to conserved hypothetical protein TM0964 - Thermotoga maritima<BR> gi#19553696 similarity to hypothetical rotein SC4A7.14 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553697 similarity to lipoprotein D precursor nlpD - Escherichia coli<BR> gi#19553698 similarity to hypothetical protein Rv1343c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553699 strong similarity to hypotehtical protein pks14 - Mycobacterium tuberculosis gi#19553708 strong similarity to hypothetical arylsulfatase ats - Mycobacterium leprae<BR> gi#19553709 D-glutamate racemase murl - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553710 weak similarity to hypotehtical proten - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553711 similarity to transcriptional regulatory protein mprA - Escherichia coli<BR> gi#195533711 weak similarity to hypotehtical protien tirof34 - Agrobacterium tumefaciens<BR> gi#19553724 strong similarity to nonheme ferritin ftn - Escherichia coli<BR> gi#19553727 similarity to hypotehtical protein AF0251 - Archaeoglobus fulgidus<BR> gi#19553733 similarity t4o hypotehtical protein - Synechocystis sp.<BR> gi#19553734 strong similarity to hypotehtical protein Rv3129 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553736 strong similarity to hypotehtical protein APE2147 - Aeropyrum pemix<BR> gi#19553738 weak similarity to hypotehtical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553743 similarity to transposase tnpA - Escherichia coli<BR> gi#19553750 strong similarity toputative ABC transporter integral membrane protein SCE25.31 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19553753 smilarity to oxidoreductase ansG - Streptomyces collinus<BR> gi#19553758 strong simlarity to cystein synthase cysK -d Bacillus subtilis<BR> gi#19553760 similarity to conserved hypotehtical protein DR1844 - Deinococcus radiodurans<BR> gi#19553761 succinyl-CoA-Synthetase (alpha-chaln), sucD - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553762 succinyl-CoA-synthetase (beta-chain) sucC - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553765 strong similiarity to succinyl-CoA: Coenzyme A transferase cat1 - Clostridium kouyveri<BR> gi#19553767 similrity to phosphate transport system regulatory protien phoU - Streptococcus pneumoniae<BR> gi#19553772 strong smilarity to putative acetyltransferase sCD84.18c - Streptomcyes coelicolor<BR> gi#19553775 strong similarity to hypotehtical protein Rv0813c - Mycobacterum tuberculosis<BR> gi#19553777 strong similarty to hypotehtical protein orf4 - Corynebacterium ammoniagenes [putative sequencing error]<BR> gi#19553780 strong similarity to amidophosphoribosyltransferase purF - Synechococcus sp.<BR> gi#19553782 similarity to palmitoyl-CoA hydrolase brain type -Rattus norvegicus<BR> gi#19553782 questionable ORF<BR> gi#19553784 strong similarity to 5'-phosphoribosyl-N-formylglycinamidine synthetase purL - Mycobacterium tuberculosis785 strong similarity to phosphrobiosylformylglycinamidine synthase component I purQ - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553785 strong similarity to hosphorbosylformylglycinamidine synthease component I purQ - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553786 strong similarity to hypotehtical protein purorf - Corynebacterium ammoniagenes<BR> gi#19553791 strong similarity to C4-dicarboxylate transport protein dctA - Salamonella typhimurium<BR> gi#19553795 hypotehtical protein<BR> gi#19553806 strong similarity to response regulator drrA - Thermotoga maritima<BR> gi#19553807 strong simnilarity to transcriptional regulator protein tipA - Streptomyces lividans<BR> gi#19553811 weak similarity to probable transcription regulator ycdC - Escherichia coli<BR> gi#19553825 similarity to trehalos-phosphatase otsB - Escherichia coli<BR> gi#19553840 strong similarity to phosphotransferase system enzyme II sacB - Lactococcus lactis gi#19553847 hypothetical protein<BR> gi#19553881 weak similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553884 questinoable ORF<BR> gi#19553894 strong similarity to inorganic pyrophosphatase ppa - Escherichia coli<BR> gi#19553908 porin porA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553918 hypothetical protein<BR> gi#19553921 hypothetical protein<BR> gi#19553922 strong similarity to NADH dehydrogenase homolog yufT - Bacillus subtilis<BR> gi#19553922 hypothetical protein<BR> gi#19553933 hypothetical protein<BR> gi#19553934 strong similarity to p-hydroxybenzaldehyde dehydrogenase pchA - Pseudomonas putida<BR> gi#19553945 acetate kinase ackA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553946 phosphate acetyltransferase pta - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553948 strong similarity to carbonic anhydrase icfA - Synechocystis sp.<BR> gi#19553958 hypothetical protein<BR> gi#19553962 fructose-1,6-bisphosphate aldolase fda - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553966 similarity to hypothetical protein Rv0383c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553974 strong similarity to hypothetical cation transport protein Rv2025c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553980 strong similarity to hypothetical protein Rv0837c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553997 strong similarity to alcohol dehydrogenase adh - Bacillus stearothermophilus<BR> gi#19554001 strong similarity to hypothetical protein ytnM - Bacillus subtilis<BR> gi#19554003 strong similarity to sulfate adenylyltransferase, large chain cysN - Escherichia coli<BR> gi#19554005 strong similarity to 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate reductase cysH - Bacillus subtilis<BR> gi#19554006 strong similarity to nitrite reductase nirA - Anabaena sp.<BR> gi#19554007 strong similarity to ferredoxin-NADP+ reductase - Bos taurus<BR> gi#19554009 hypothetical protein<BR> gi#19554012 hypothetical protein<BR> gi#19554013 hypothetical protein<BR> gi#19554014 strong similarity to hypothetical protein macB - Ralstonia eutropha<BR> gi#19554030 strong similarity to hypothetical protein scm11.20c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19554035 stront similarity to aspartate aminotransferase aat - Methylobacillus flagellatum<BR> gi#19554042 similarity to beta-N-acetylglucosaminidase nagA - Streptomyces thermoviolaceus<BR> gi#19554050 questionable ORF<BR> gi#19554053 phosphoenolpyruvate carboxykinase pck - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19554061 hypothetical protein<BR> gi#19554062 strong similarity to probable acryl-CoA synthetase fadD32 - Mycobacterium tuberculosis gi#19554070 strong similarity to hypothetical protein Rv3807c -Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19554072 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19554073 similarity to conserved hypothetical protein yokw - Bacillus subtilis<BR> gi#19554075 similarity to dimethylaniline monooxygenase FMO1 - Sus scrofa domestica<BR> gi#19554077 similarity to putative secreted csp protein - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19554091 similarity to hypothetical protein- Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19554094 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19554098 strong similarity to L-lactate dehydrogenase ldh - Bacillus caldolyticus<BR> gi#19554100 similarity to to 2-haloacid halidohydrolase IVa hdIIVa - Pseudomonas cepacia<BR> gi#19554101 strong similarity to putative reductase StAH10.16 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19554104 strong similarity to shikimate transport protein shiA - Escherichia coli<BR> gi#19554105 stront similarity to L-lactate dehydrogenase IIdA - Neisseria meningitidis<BR> gi#19554108 hypothetical protein<BR> gi#19554112 questionable ORF<BR> gi#19554117 questionable ORF<BR> gi#19554121 similarity to two-component signal transduction system histidine kinase chrS - Corynebacterium diphtheriae [putative frameshift]<BR> gi#19554131 weak similarity to hypothetical protein Rv3603c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19554149 strong similarity to hypothetical protein sII0788 - Synechocystis sp.<BR> gi#19554168 simiarity to probable mercuric ion-binding protein yvgY - Bacillus subtilis<BR> gi#19554176 strong similarity to ribosomal protein S6 rpsF - Bacillus subtilis<BR> gi#19554191 similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19554193 strong similarity to DNA protection during stravation protein pexB - Escherichia coli<BR> gi#19554200 malic enzyme mez - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19554204 strong similarity to hypothetial protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19554208 weak similarity to DNA-directed RNA polymerase chain RPB8 - Saccharomyces cerevisiae<BR> gi#19554218 similarity to salicylate hydroxylase - Sphingomonas sp.<BR> gi#19554228 similarity to mannitol-specific phosphotransferase system enzyme II factor III cmtB - Escherichia coli<BR> gi#19554235 strong similarity to hypothetical protein J12 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19554236 hypothetical protein<BR> gi#19554236 weak similarity to hypothetical protein yjiX - Escherichia coli<BR> gi#19554236 strong similarity to xenobiotic reductase A xenA- Pseudomonas putida [putative frameshift]<BR> gi#19554246 strong similarity to hydroxymquinol 1,2-dioxygenase - Arthrobacter sp. [putative frameshift]<BR> gi#19554264 strong similarity to iron binding lipoprotein SirA - Staphylococcus aureus<BR> gi#19554270 strong similarity to Cop associated protein copP - Helicobacter pylori<BR> gi#19554278 strong similarity to hypothetical protein Rv3910 - Mycobacterium tuberculosis Tabelle 3 "bevorzugt"<BR> gi#19551328 weak simiarity to hypothetical protein - Coynebacterium glutamicum<BR> gi#19551387 similarity to hypothetical protein SCBAC36F5.07 - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551438 similarity to hypothetical protein NMA1587 -Neisseria meningitidis [putative sequencing error]<BR> gi#19551598 strong similarity to galactosyltransferase rfbP - Campylobacter hyoilel<BR> gi#19551615 strong similarity to probable transcription regulator Rv0465c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19551634 similarity to hypothetical protein SCC75A.17c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551771 hypothetical protein<BR> gi#19551772 weak similarity to hypothetical protein AF1398 - Archaeoglobus fulgidus<BR> gi#19551875 similarity to hypothetical protein SCBAC1A6.25c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19551899 strong similarity to DtxR/iron regulated lipoprotein precursor irp1 - Corynebacterium diphtheriae [putative sequencing error]<BR> gi#19551934 similarity to hypothetical protein Rv1565c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552014 strong similarity to hypothetical protein Rv2606c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552029 strong similarity to cell division ATP-binding protein ftsE - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552046 similarity to hypothetical protein Rv0867c - Mycobacteriumtuberculosis<BR> gi#19552059 strong similarity to putative integral membrane protein SCI8.08c - Streptomyces coelicolor<BR> gi#19552063 strong similarity to fatty-acid synthase fas - Brevibacterium ammoniagenes [putative frameshift]<BR> gi#19552135 strong similarity to probable lipoprotein Rv1009 - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552195 hypothetical protein<BR> gi#19552293 strong similarity to cysteine desulphurase - Ruminococcus flavefaciens [putative frameshift]<BR> gi#19552305 strong similarity to cobalt transport ATP-binding protein cbiO - Salmonella typhimurium<BR> gi#19552306 similarity to hypothetical protein ykoC - Bacillus subtilis<BR> gi#19552307 similarity to DNA topology modulation protein FlaR-related protein DR2273 - Deinococcus radiodurans<BR> gi#19552310 strong similarity to hypothetical protein ywaF - Bacillus subtilis<BR> gi#19552312 strong similarity to thioredoxin peroxidase tpx - Escherichia coli<BR> gi#19552323 similarity to hypothetical protein Rv1157c - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19552333 aromatic amino acid permease aroP - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552380 strong similarity to ATP-dependent RNA helicase deaD - Escherichia coli [putative frameshift]<BR> gi#19552527 strong similarity to maltodextrin phosphorylase malP - Escherichia coli [putative frameshift]<BR> gi#19552559 weak similarity to hypothetical protein rhsE - Escherichia coli<BR> gi#19552574 glucose-phosphotransferase-system enzyme II (glucose-permease) ptsM - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552590 weak similarity to late embryogenesis abundant protein group 3 - Glycine max (soybean)<BR> gi#19552643 strong similarity to cytidylate kinase cmk - Bacillus subtilis<BR> gi#19552743 strong similarity to methylmalonyl-CoA mutase mutA chaln - Streptomyces cinnamonensis gi#19552744 hypothetical protein<BR> gi#19552800 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase gap - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19552800 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase gap - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553047 strong similarity to hypothetical protein - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553137 phosphotransferase system enzyme I ptsI - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553141 phosphotransferase system II BC, fructose-specific fruA - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553156 glutamate-binding protein gluB precursor - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553327 weak similarity to hypothetical protein ytlA - Bacillus subtilis<BR> gi#19553333 strong similarity to general strass protein 39 ydaD - Bacillus subtilis<BR> gi#19553390 weak similarity to secreted peptidoglycan lytic protein P45 - Listeria monocytogenes [putative pseudogene]<BR> gi#19553391 strong similarity to probable cytochrome B cytB - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553393 strong similarity to probable diheme cytochrome-c qcrC - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19553394 cytochrome-c oxidase subunit III ctaE - Corynebacterium glutamicum [putative frameshift]<BR> gi#19553655 questionable ORF<BR> gi#19553656 strong similarity to L-arabinose transport protein arAQ - Bacillus subtilis<BR> gi#19553858 strong similarity to cysteine synthase cysK - Bacillus subtilis<BR> gi#19553795 hypothetical protein<BR> gi#19553958 hypothetical protein<BR> gi#19553962 fructose-1,6-bisphosphate aldolase fda - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19553997 strong similarity to alcohol dehydrogenase adh - Bacillus stearothermophilus<BR> gi#19554001 strong similarity to hypothetical protein ytnM - Bacillus subtilis<BR> gi#19554003 strong similarity to sulfate adenylyltransferase, large chain cysN - Escherichia coli<BR> gi#19554005 strong similarity to 3'-phosphoadenosine 5'-phosphosulfate reductase cysH - Bacillus subtilis<BR> gi#19554006 strong similarity to nitrite reductase nirA - Anabaena sp.<BR> gi#19554075 similarity to dimethylaniline monooxygenase FMO1 - Sus scrofa domestica<BR> gi#19554077 similarity to putative secreted csp protein - Mycobacterium tuberculosis<BR> gi#19554104 strong similarity to shikimate transport protein shiA - Escherichia coli<BR> gi#19554105 strong similarity to L-lactate dehydrogenase IIdA - Neisseria meningitidis<BR> gi#19554200 malic enzyme mez - Corynebacterium glutamicum<BR> gi#19554264 strong similarity to iron binding lipoprotein SirA - Staphylococcus aureaus