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Patent Searching and Data


Title:
METHOD AND DEVICE FOR SELECTIVE, SPECIFIC AND SIMULTANEOUS SORTING OF RARE TARGET CELLS IN A BIOLOGICAL SAMPLE
Document Type and Number:
WIPO Patent Application WO/2016/075410
Kind Code:
A1
Abstract:
The invention relates a multi-purpose, economical device and method for the selective, specific and simultaneous sorting of rare target cells in a biological sample. To achieve this, the device according to the invention comprises: • A first row (110) of at least two laminar-flow fluid chambers (111) each comprising an inlet (112), connected to a tank (1) containing a biological solution, and an outlet (113); • A last row (130) of laminar-flow fluid chambers (131) equal in number to the number of chambers (111) in the first row (110), wherein each fluid chamber (131) in the last row (130) comprises: - an inlet (132) connected to an outlet (113) of a chamber (111) in the first row (110); and - an outlet (133); • a solution-collection tank connected to each outlet (133) of the fluid chambers in the second row; • At least one pump suitable for circulating a sample of the biological solution in the fluid chambers in the first row, and then in the last row; wherein the laminar-flow fluid chambers each comprise a surface functionalized with molecules, at least some of which are capable of forming a bond with a receptor molecule carried by the target cells.

Inventors:
TRAN PHUONG LAN (FR)
Application Number:
PCT/FR2015/053051
Publication Date:
May 19, 2016
Filing Date:
November 10, 2015
Export Citation:
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Assignee:
TRAN PHUONG LAN (FR)
International Classes:
B01L3/00; B01L9/00
Domestic Patent References:
WO2002041995A12002-05-30
Foreign References:
US20060215155A12006-09-28
US20040001779A12004-01-01
EP1374989A22004-01-02
US20050009101A12005-01-13
Other References:
See also references of EP 3218111A1
Attorney, Agent or Firm:
BE LEADER INNOVATION (FR)
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Claims:
REVENDICATIONS

1 . Dispositif (1 00) mésofluidique de tri sélectif, spécifique et simultané de cellules cibles rares dans un échantillon biologique à une concentration comprise entre 1 et 1 0 cellules par millilitre d'échantillon, caractérisé en ce qu'il comprend :

• Un premier rang (1 1 0) d'au moins deux chambres fluidiques (1 1 1 ) à flux laminaire comprenant chacune une entrée ( 1 1 2) connectée de manière fluidique à un réservoir (1 ) d'une solution biologique, et une sortie (1 1 3) ;

• Un dernier rang ( 1 30) de chambres fluidiques (1 3 1 ) à flux laminaire en nombre égal au nombre de chambres (1 1 1 ) du premier rang (1 1 0), chaque chambre fluidique (1 3 1 ) du dernier rang (1 30) comprenant :

- une entrée ( 1 32) reliée de manière fluidique à une sortie (1 1 3) d'une chambre (1 1 1 ) du premier rang (1 1 0) ; et

- une sortie (1 33) ;

• Au moins un réservoir de collecte de la solution, relié de manière fluidique à chaque sortie (1 33) des chambres fluidiques du deuxième rang ;

• Au moins une pompe adaptée pour faire circuler un échantillon de la solution biologique dans les chambres fluidiques du premier rang puis du dernier rang ; les chambres fluidiques à flux laminaire comprenant chacune une surface fonctionnalisée par des molécules dont au moins certaines sont aptes à former une liaison avec une molécule réceptrice portée par les cellules cibles.

2. Dispositif selon la revendication 1 , comprenant au moins un rang intermédiaire (1 20) de chambres fluidiques (1 21 ) en nombre égal au nombre de chambres (1 1 1 ) du premier rang (1 1 0), chaque chambre fluidique (1 2 1 ) d'un rang intermédiaire (1 20) comprenant une entrée (1 22) reliée de manière fluidique à une sortie (1 1 3) d'une chambre du premier rang (1 1 0), et une sortie (1 23).

3. Dispositif selon l'une quelconque des revendications 1 ou 2, dans lequel :

• les surface fonctionnalisées des chambres du premier rang sont munies de molécules capables de se fixer sélectivement avec une ou plusieurs population(s) cellulaire(s) de l'échantillon différentes des cellules cibles ; • les surfaces fonctionnalisées des chambres du dernier rang et, éventuellement du ou des rangs intermédiaires, sont munies de différents types de molécules capables de se fixer sélectivement avec une population(s) de cellules cibles.

4. Dispositif selon l'une quelconque des revendications 1 à 3, dans lequel les chambres fluidiques (1 1 1 ) du premier rang sont reliées au réservoir par un canal d'alimentation en liquide unique, constitué d'autant de segments de canal que de chambres fluidiques (1 1 1 ), les segments du canal d'alimentation étant de sections différentes et de plus en plus petites dans le sens de circulation du liquide, chaque segment étant en communication fluidique avec un orifice d'entrée d'une chambre fluidique ( 1 1 1 ) pour faire entrer le liquide dans chaque chambre.

5. Dispositif selon l'une quelconque des revendications 1 à 4, dans lequel chaque rang est constitué par un capteur de particules d'intérêt (1 1 00, 1 200) comprenant :

• un capot (1 1 01 , 1 201 ) comportant des renfoncements (1 1 02, 1 202) pour constituer les chambres, chaque renfoncement étant en communication fluidique avec un orifice d'entrée de solution ( 1 1 03, 1 203), et un orifice de sortie ( 1 1 04, 1 204) de solution ;

• une lame montée de manière amovible et hermétique sous le capot pour constituer un fond des chambres fluidiques, et comprenant une surface, tournée vers le capot, recouverte d'une zone fonctionnalisée en regard de chaque renfoncement.

6. Dispositif selon la revendication 5, dans lequel le capteur de particules d'intérêt (1 1 00) du premier rang comprend un capot muni d'un canal d'alimentation en liquide, destiné à être relié au réservoir, et constitué d'autant de segments de canal que le capot comprend de renfoncements, les segments du canal d'alimentation étant de sections différentes et de plus en plus petites dans le sens de circulation du liquide, chaque segment étant en communication fluidique avec un orifice d'entrée pour faire circuler le liquide dans les chambres.

7. Dispositif selon l'une quelconque des revendications 5 ou 6, dans lequel le capot est transparent.

8. Dispositif selon l'une quelconque des revendications 5 à 7, dans lequel le capot est en copolymère cyclo-oléfine.

9. Dispositif selon l'une quelconque des revendications 1 à 8, dans lequel les entrées des chambres fluidiques de chaque rang à part du deuxième rang sont reliées aux sorties des chambres fluidiques du rang précédent par des tubes de longueur inférieure à 5 cm, de préférence inférieure à 3 cm, et un diamètre interne compris entre 0,5 et 1 ,4 millimètre.

1 0. Dispositif (300) selon l'une quelconque des revendications 1 à 4, comprenant, par référence à la position d'utilisation :

• un capot supérieur (3 1 0) comportant un rebord plat (3 1 1 ) et des renfoncements (3 1 2) pour constituer les chambres du premier rang, chaque renfoncement étant en communication fluidique avec un orifice d'entrée (31 3) de solution ;

• au moins deux lames fonctionnalisées (320-330), comprenant chacune une surface (321 -33 1 ) tournée vers le capot recouverte d'une zone fonctionnalisée en regard de chaque renfoncement, et percées d'autant d'orifices de sortie (322- 332) qu'il y a de zones fonctionnalisées ;

· au moins une entretoise (340) destinée à être disposée hermétiquement entre deux lames fonctionnalisées (320-330), et comprenant autant de lumières que le capot supérieur comprend de renfoncement, chaque lumière définissant une chambre ;

• un capot inférieur (350) comportant autant de sorties (35 1 ) que le premier capot (3 1 0) comprend d'entrées (3 1 3).

1 1 . Dispositif selon la revendication 1 0, dans lequel les lames fonctionnalisées sont transparentes aux longueurs d'onde compatibles avec des instruments d'analyse des lames.

1 2. Dispositif selon l'une quelconque des revendications 5 à 1 1 , dans lequel chaque lame comporte un code visuel (220) interprétable par un ordinateur, le code comportant une information relative aux molécules des zones fonctionnalisée de la lame.

1 3. Procédé de tri sélectif, spécifique et simultané de cellules cibles rares dans un échantillon biologique à une concentration comprise entre 1 et 1 0 cellules par millilitre (mL) d'échantillon, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes : a) fonctionnaliser des lames avec des molécules capables de se fixer sélectivement avec une ou plusieurs population(s) cellulaire(s) sur différentes zones de la lame destinées à définir chacune un fond d'une chambre fluidique ;

b) équiper un dispositif selon l'une quelconque des revendications 1 à 1 2 avec les lames ainsi fonctionnalisées ;

c) relier l'entrée des chambres du premier rang à un réservoir de solution contenant les cellules cible à trier, et la sortie des chambres du dernier rang à un réservoir de récupération ;

d) apparier de manière fluidique la sortie des chambres d'un rang avec l'entrée des chambres d'un autre rang jusqu'à ce que toutes les chambres soient reliées en série entre elles d'un rang à l'autre,

e) faire circuler l'échantillon biologique dans les chambres, depuis le premier rang jusqu'au dernier rang de manière à fixer des cellules cibles sur les molécules capables de se fixer sélectivement à ces cellules ;

f) analyser les surfaces fonctionnalisées des lames contenant les cellules cibles fixées à l'étape e) .

Procédé selon la revendication 1 3, dans lequel l'étape a) consiste à :

a l ) fonctionnaliser les zones de la lame du premier rang avec des molécules capables de se fixer sélectivement avec une ou plusieurs population(s) cellulaire(s) la ou les plus nombreuse(s) dans l'échantillon considéré et différentes des cellules cibles ;

a2) fonctionnaliser les zone de la lame du ou des rang(s) suivant(s) avec différents types de molécules capables de se fixer sélectivement avec une population(s) de cellules cibles, chaque zone fonctionnalisée comportant un seul type desdites molécules.

Description:
PROCÉDÉ ET DISPOSITIF DE TRI SÉLECTIF, SPÉCIFIQUE ET SIMULTANÉ DE CELLULES RARES CIBLES DANS UN ÉCHANTILLON BIOLOGIQUE.

L'invention concerne un procédé et un dispositif de tri sélectif, spécifique et simultané de cellules rares cibles dans un échantillon biologique.

Le domaine général concerné par l'invention est le domaine de la détection de cellules rares et leurs sous-populations hétérogènes dans un liquide biologique complexe (sang, moelle osseuse, ou autres, etc.). On entend par cellules « rares » des cellules cibles présentes dans un échantillon à une concentration comprise entre 1 et 1 0 cellules par millilitre (mL) d'échantillon comprenant 1 0* 1 0 9 cellules.

Plus spécifiquement, l'invention concerne le diagnostic/pronostic du cancer en Santé publique.

La mortalité associée aux tumeurs malignes est principalement due à la présence de métastases locorégionales distantes de la tumeur primitive. Le contrôle de la dissémination métastatique est un facteur important pour le pronostic de la maladie. Les applications qui en découlent comprennent le dépistage de populations à haut risque, le rendu d'informations prédictives de diagnostic, du pronostic, le traitement, la surveillance de la maladie ou de la réponse à un traitement, et l'optimisation d'un traitement ou développement d'une nouvelle thérapie en médecine moléculaire personnalisée.

Les cellules tumorales contenues dans le sang périphérique (CTC), ou dans les niches de moelle osseuse (DTC) de patients atteints d'un cancer, sont hétérogènes et composées de sous-populations de cellules d'origine épithéliale et de cellules non épithéliales : les cellules souches cancéreuses (CSC), les cellules mésenchymateuses, les cellules endothéliales non hématopoïétiques (CEC), etc.

La capacité à isoler, dénombrer et effectuer la caractérisation moléculaire des cellules tumorales disséminées dont les cellules tumorales d'origine épithéliale (CTC et DTC), les cellules tumorales d'origine non-épithéliales (cellules souches cancéreuses (CSC), cellules endothéliales non hématopoïétique (CEC), et les cellules mésenchymateuses, etc., contribuerait à l'amélioration de la prise en charge clinique des patients atteints de cancer pour le diagnostic précoce, l'évaluation du processus tumoral, et la réponse thérapeutique, y compris la résistance au traitement.

D'autres applications en médecine prédictive ciblent les mêmes besoins où, dans les mêmes conditions de fréquence cellulaire, l'invention s'adresse à la détection et la caractérisation des cellules souches diverses et des cellules foetales dans le sang maternel pour le diagnostic anténatal et les anomalies génétiques, etc.

En veille médicale, l'invention peut s'appliquer à la surveillance de patients à risque d'infarctus du myocarde par la détection et le suivi de l'altération des cellules endothéliales circulantes non hématopoïétique (CEC), à la surveillance post-vaccinale, au suivi de maladies auto-immunes, etc.

Parmi les technologies proposées et publiées, on en distingue deux types :

I. Les méthodes de détection des cellules rares en une seule étape, avec ou sans l'apport d'un anticorps unique de détection ;

II. Les méthodes de détection des cellules rares en deux étapes associant des billes magnétiques (CellSearch).

Parmi les méthodes en une seule étape (I) il existe : l-i) une technique d'immuno-sélection par des billes magnétiques greffées avec un anticorps unique de reconnaissance cellulaire, CellSearch, développée par Veridex, Pohnson & Johnson), et validée par la Foods and Drugs Administration (FDA) (Cristofanilli, M et al. 2004). Toutes les études sont faites à l'aide d'un anticorps unique dirigé contre la molécule d'adhérence des cellules épithéliales (anticorps anti-EpCAM) ;

l-ii) des systèmes microfluidiques comprenant : a) des microplots de Si greffés avec l'anticorps anti-EpCam par l'équipe de M Toner (CTC-chip, Nagrath S. et al. 2007 ; Herringbone chip, Stott SL et al. 201 0),

b) un dispositif associant les billes magnétiques et la microfluidique pour trier les cellules (CTC-iChip, Ozkumur E et al. 201 3).

l-iii) une technique de séparation cellulaire, d'après un critère de taille, effectuée à l'aide de filtres avec des pores de diamètre 8 μηη (Wong NS et al. 2006). Cette démarche ne présente aucune sélectivité, étant donné la variabilité des tailles des cellules. Toutes les cellules tumorales ont des tailles variables.

I- iv) une plate-forme microfluidique avec une na no-structure d'oxide de graphène fonctionnalisée avec l'anticorps anti-EpCAM (Yoon HJ et al. 201 3).

Parmi les méthodes en deux étapes (II) il existe :

II- i) MagSweaper, une dérivation de la méthode de CellSearch utilisant des billes magnétiques greffées avec l'anticorps anti-EpCam (Talasaz AH et al. 2009) ;

ll-ii) un microsystème basé sur les propriétés rhéologiques des cellules (Tang SJ et al. 2009) ;

ll-iii) un dispositif microfluidique associant des colonnes de billes magnétiques nommé Ephesia (Saliba AE et al, 201 0) ;

ll-iv) une combinaison de la leukaphérèse avec le système CellSearch (Fischer

JC et al. 201 3) ;

ll-v) l'utilisation de la diélectrophorèse associée à CellSearch, appelée DEPArray (Peeters DJE et al. 201 3).

La limitation technique majeure de ces méthodes réside dans une détection unique et la caractérisation moléculaire d'une seule sous-population de cellules tumorales d'origine épithéliale (CTC et DTC), exprimant la molécule d'adhérence épithéliale EpCAM. De ce fait, aucune ne peut apporter une solution aux besoins médicaux pour la détection et la caractérisation moléculaire de multiples sous- populations hétérogènes de cellules d'origine épithéliales (CTC et DTC) et de cellules non épithéliales (CSC, cellules mésenchymateuses, CEC, etc.) .

En outre, aucune des techniques précédentes n'est compatible à la fois avec une caractérisation IF (immunofluorescence) suivie d'une caractérisation FISH (fluorescence in situ hybridization en anglais ; hybridation in situ en fluorescence).

De plus, toutes ces techniques nécessitent un volume de sang traité compris entre 5 et 1 0 mL, et aucune ne peut être utilisée avec un échantillon de sang congelé, de sorte qu'elles sont toutes très contraignantes en utilisation.

Enfin, seule la technique par filtration permet une détection d'agrégats.

Cependant ces techniques par filtration, de même que les billes magnétiques, sont peu sensibles à la détection de cellules tumorales circulantes d'un cancer localisé en raison de leur très faible concentration sanguine, quand elles sont inférieures à 30 CTC dans 7,5 mL de sang (méthode CellSearch, Veridex) . Seules les cellules circulantes de cancers métastasés peuvent être détectées par les techniques de filtration car leur concentration sanguine est très importante. Ces techniques souffrent donc d'une trop faible capacité de détection (environs une cellule pour 5 milliards de cellules), alors que le procédé selon l'invention permet une détection d'une cellule parmi 1 0 milliards de cellules. En vue des stratégies de médecine personnalisée, il est important que chaque sous-population de cellules rares soit caractérisée en fonction des critères de ciblage thérapeutique et de la réponse au traitement.

L'invention vise donc à proposer un dispositif et un procédé de tri de cellules cibles dans un échantillon biologique, sélectif, spécifique, simultané, polyvalent, économique, industrialisable c'est-à-dire permettant une détection et un comptage automatique, compatible à la fois avec une caractérisation IF et une caractérisation FISH, nécessitant un volume de sang inférieur à 5 mL, capable d'utiliser un échantillon de sang congelé, permettant une détection d'agrégats, et apte à être utilisé dans des instruments d'analyse existants.

Un objectif de la présente invention est donc également de pouvoir détecter des populations et des sous-populations cellulaires de cancers localisés circulant dans le sang grâce au ciblage de leur détection par des anticorps spécifiques.

À cette fin, l'invention a pour objet un dispositif mésofluidique de tri sélectif, spécifique et simultané de cellules cibles rares dans un échantillon biologique à une concentration comprise entre 1 et 1 0 cellules par millilitre (mL) d'échantillon, caractérisé en ce qu'il comprend :

• Un premier rang d'au moins deux chambres fluidiques à flux laminaire comprenant chacune une entrée connectée de manière fluidique à un réservoir d'une solution biologique, et une sortie ;

• Un dernier rang de chambres fluidiques à flux laminaire en nombre égal au nombre de chambres du premier rang, chaque chambre fluidique du dernier rang comprenant :

- une entrée reliée de manière fluidique à une sortie d'une chambre du premier rang ; et

- une sortie ;

• Au moins un réservoir de collecte de la solution, relié de manière fluidique à chaque sortie des chambres fluidiques du deuxième rang ;

• Au moins une pompe adaptée pour faire circuler un échantillon de la solution biologique dans les chambres fluidiques du premier rang puis du dernier rang ; les chambres fluidiques à flux laminaire comprenant chacune une surface fonctionnalisée par des molécules dont au moins certaines sont aptes à former une liaison avec une molécule réceptrice portée par les cellules cibles.

Selon d'autres modes de réalisation les surface fonctionnalisées des chambres du premier rang peuvent être munies de molécules capables de se fixer sélectivement avec une ou plusieurs population(s) cellulaire(s) de l'échantillon différentes des cellules cibles, et les surfaces fonctionnalisées des chambres du dernier rang et, éventuellement du ou des rangs intermédiaires, peuvent être munies de différents types de molécules capables de se fixer sélectivement avec une population(s) de cellules cibles ;

les chambres fluidiques du premier rang peuvent être reliées au réservoir par un canal d'alimentation en liquide unique, constitué d'autant de segments de canal que de chambres fluidiques, les segments du canal d'alimentation étant de sections différentes et de plus en plus petites dans le sens de circulation du liquide, chaque segment étant en communication fluidique avec un orifice d'entrée d'une chambre fluidique pour faire entrer le liquide dans chaque chambre ;

chaque rang peut être constitué par un capteur de particules d'intérêt comprenant :

- un capot comportant des renfoncements pour constituer les chambres, chaque renfoncement étant en communication fluidique avec un orifice d'entrée de solution, et un orifice de sortie de solution ;

- une lame montée de manière amovible et hermétique sous le capot pour constituer un fond des chambres fluidiques, et comprenant une surface, tournée vers le capot, recouverte d'une zone fonctionnalisée en regard de chaque renfoncement ;

le capteur de particules d'intérêt du premier rang peut comprendre un capot muni d'un canal d'alimentation en liquide, destiné à être relié au réservoir, et constitué d'autant de segments de canal que le capot comprend de renfoncements, les segments du canal d'alimentation étant de sections différentes et de plus en plus petites dans le sens de circulation du liquide, chaque segment étant en communication fluidique avec un orifice d'entrée pour faire circuler le liquide dans les chambres ; • le capot peut être transparent ;

• le capot peut être en copolymère cyclo-oléfine ;

• les entrées des chambres fluidiques de chaque rang à part du deuxième rang peuvent être reliées aux sorties des chambres fluidiques du rang précédent par des tubes de longueur inférieure à 5 cm, de préférence inférieure à 3 cm, et un diamètre interne compris entre 0,5 et 1 ,4 millimètre ;

• le dispositif peut comprendre, par référence à la position d'utilisation :

- un capot supérieur comportant un rebord plat et des renfoncements pour constituer les chambres du premier rang, chaque renfoncement étant en communication fluidique avec un orifice d'entrée de solution ;

- au moins deux lames fonctionnalisées, comprenant chacune une surface tournée vers le capot recouverte d'une zone fonctionnalisée en regard de chaque renfoncement, et percées d'autant d'orifices de sortie qu'il y a de zones fonctionnalisées ;

- au moins une entretoise destinée à être disposée hermétiquement entre deux lames fonctionnalisées, et comprenant autant de lumières que le capot supérieur comprend de renfoncement, chaque lumière définissant une chambre ;

- un capot inférieur comportant autant de sorties que le premier capot comprend d'entrées ;

• les lames fonctionnalisées peuvent être transparentes aux longueurs d'onde compatibles avec des instruments d'analyse des lames ; et/ou

• chaque lame peut comporter un code visuel interprétable par un ordinateur, le code comportant une information relative aux molécules des zones fonctionnalisée de la lame.

L'invention a également pour objet un procédé de tri sélectif, spécifique et simultané de cellules cibles rares dans un échantillon biologique à une concentration comprise entre 1 et 1 0 cellules par millilitre (mL) d'échantillon, comprenant les étapes suivantes : a) fonctionnaliser des lames avec des molécules capables de se fixer sélectivement avec une ou plusieurs population(s) cellulaire(s) sur différentes zones de la lame destinées à définir chacune un fond d'une chambre fluidique ;

b) équiper un dispositif précédent selon l'invention avec les lames ainsi fonctionnalisées ;

c) relier l'entrée des chambres du premier rang à un réservoir de solution contenant les cellules cible à trier, et la sortie des chambres du dernier rang à un réservoir de récupération ;

d) apparier de manière fluidique la sortie des chambres d'un rang avec l'entrée des chambres d'un autre rang jusqu'à ce que toutes les chambres soient reliées en série entre elles d'un rang à l'autre,

e) faire circuler l'échantillon biologique dans les chambres, depuis le premier rang jusqu'au dernier rang de manière à fixer des cellules cibles sur les molécules capables de se fixer sélectivement à ces cellules ;

f) analyser les surfaces fonctionnalisées des lames contenant les cellules cibles fixées à l'étape e).

Selon un autre mode de réalisation, l'étape a) peut consister à : a l ) fonctionnaliser les zones de la lame du premier rang avec des molécules capables de se fixer sélectivement avec une ou plusieurs population(s) cellulaire(s) la ou les plus nombreuse(s) dans l'échantillon considéré et différentes des cellules cibles ;

a2) fonctionnaliser les zone de la lame du ou des rang(s) suivant(s) avec différents types de molécules capables de se fixer sélectivement avec une population(s) de cellules cibles, chaque zone fonctionnalisée comportant un seul type desdites molécules.

Le dispositif et le procédé selon l'invention ont l'avantage de permettre un tri sélectif, spécifique et simultané, grâce à la combinaison d'une sélection positive avec une sélection négative des cellules et leurs sous-populations hétérogènes, par exemple, dans le sang périphérique et dans la moelle osseuse.

La versatilité du procédé et du dispositif selon l'invention permet le greffage d'un large spectre d'anticorps divers permettant en une seule étape une sélection positive et une sélection négative de cellules ciblées, sur chaque rang, constituant un immunocapteur mésofluidique muni de N chambres à flux laminaire indépendantes (N étant un entier avantageusement compris entre 4 et ό inclus), mises en parallèle, par exemple sur une lame de microscopie fonctionnalisée par des silanes.

Le procédé et le dispositif selon l'invention permettent de répondre à une problématique médicale de détection de sous-populations de cellules rares en oncologie, en médecine prédictive, en médecine régénérative, etc.

Ils permettent de détecter sélectivement dans chaque chambre à flux laminaire une à dix cellules rares caractéristiques d'une sous-population, dans un millilitre (mL) de sang contenant 1 0x1 0 9 cellules sanguines.

Les applications sont multiples : oncologie des tumeurs solides, hémopathies malignes etc.

Un intérêt majeur de la présente invention est qu'elle permet de répondre aux besoins médicaux dans le cas du cancer du sein triple négatif dont les cellules tumorales circulantes sont dépourvues de l'expression de l'antigène de surface EpCAM.

D'autres caractéristiques de l'invention seront énoncées dans la description détaillée ci-après, faite en référence aux dessins annexés, qui représentent, respectivement :

- la figure 1 , une vue schématique en plan d'un premier mode de réalisation d'un dispositif de tri de cellules cibles selon l'invention à trois étages ;

la figure 2, une vue schématique en plan d'une lame standard de microscopie à six zones fonctionnalisées ;

la figure 3, une vue schématique en perspective d'un exemple de réalisation d'un capteur de particules d'intérêt de premier rang ; la figure 4, une vue schématique en perspective d'un exemple de réalisation d'un capteur de particules d'intérêt de dernier rang ou de rang intermédiaire ; la figure 5, une vue schématique en coupe d'un deuxième mode de réalisation d'un dispositif de tri de cellules cibles selon l'invention à deux étages ;

la figure 6, une vue schématique en coupe du mode de réalisation d'un dispositif de tri de cellules cibles de la figure 5, avec un étage supplémentaire ;

la figure 7, une vue schématique en coupe d'un troisième mode de réalisation d'un dispositif de tri de cellules cibles selon l'invention à trois étages ;

la figure 8, une photographie d'une visualisation des marqueurs cellulaires par immunofluorescence d'une sélection négative de leucocytes ;

les figures 9 et 1 0, des photographies d'une visualisation des marqueurs cellulaires par immunofluorescence d'une sélection positive de cellules CTC ; les figures 1 1 et 1 2, des photographies d'une visualisation des marqueurs cellulaires par immunofluorescence d'une sélection positive de cellules CEC ; les figures 1 3 à 1 5, une photographie d'une visualisation des altérations génomiques dans des sous-populations de cellules CTC

la figure 1 6, une photographie d'un exemple de marquage de cellules vivantes du cancer du sein MCF7 par une sonde témoin d'endocytose en vue des marquages d'ARNm et de miARN ;

la figure 1 7, une photographie après 5 jours de culture cellulaire avec le capteur de particules d'intérêt sans réservoir selon l'invention ;

la figure 1 8, une vue schématique en perspective partielle du mode de réalisation d'un dispositif de tri de cellules cibles de la figure 7 ; et

la figure 1 9, une vue schématique en coupe du mode de réalisation d'un dispositif de tri de cellules cibles de la figure 3.

La figure 1 illustre un dispositif 1 00 de tri selon l'invention, comprenant un premier rang 1 1 0 de chambres fluidiques 1 1 1 munies chacune d'une entrée 1 1 2 connectée de manière fluidique à un unique réservoir 1 d'une solution biologique, et une sortie 1 1 3. Dans cet exemple de réalisation, ce premier rang comporte quatre chambres fluidiques 1 1 1 . Avantageusement, les chambres fluidiques 1 1 1 du premier rang sont reliées au réservoir par un canal d'alimentation en liquide unique, constitué d'autant de segments de canal que de chambres fluidiques 1 1 1 , les segments du canal d'alimentation étant de sections différentes et de plus en plus petites dans le sens de circulation du liquide, chaque segment étant en communication fluidique avec un orifice d'entrée d'une chambre fluidique 1 1 1 pour faire entrer le liquide dans chaque chambre. Comme ce sera décrit en relation avec les figures 3 et 1 9, ce canal est avantageusement porté par un capot rigide.

Le dispositif 1 00 comprend également, un deuxième rang 1 20 de chambres fluidiques 1 21 en nombre égal au nombre de chambres 1 1 1 du premier rang 1 1 0. Chaque chambre fluidique du deuxième rang comprend une entrée reliée de manière fluidique à une sortie d'une chambre du premier rang, et une sortie. En d'autres termes, si les chambres d'un même rang sont montées en parallèle, c'est-à- dire qu'elles ne communiquent pas entre elles, les chambres de deux rangs successifs sont montées en série, c'est-à-dire qu'elles communiquent de manière fluidique dans le sens de circulation de l'échantillon.

Le dispositif 1 00 comprend également un dernier rang 1 30 de chambres fluidiques 1 31 en nombre égal au nombre de chambres 1 1 1 du premier rang 1 1 0. Chaque chambre fluidique du dernier rang comprend une entréel 32 reliée de manière fluidique à une sortie d'une chambre du premier rang. Dans ce mode de réalisation, cette liaison fluidique est indirecte et se fait par l'intermédiaire des chambres 1 21 du deuxième rang.

Dans un mode de réalisation alternatif dans lequel il n'y aurait pas de rang intermédiaire (ici le deuxième rang), la liaison fluidique entre le dernier rang et le premier rang serait directe.

Les chambres fluidiques 1 31 du dernier rang comprennent également une sortie 1 33. Les sorties 1 33 du dernier rang sont reliées de manière fluidique à un réservoir de collecte non illustré sur la figure.

Les entrées des chambres fluidiques de chaque rang à partir du deuxième rang sont reliées aux sorties des chambres fluidiques du rang précédent par des tubes 2 de longueur inférieure à 5 cm, de préférence inférieure à 3 cm, et un diamètre interne compris entre 0,5 et 1 ,4 millimètres.

Ces dimensions diminuent le volume mort d'échantillon (partie de l'échantillon restant dans les tuyaux) ce qui permet de limiter les risques que des cellules rares restent dans les tuyaux et ne soient pas captées par les chambres fluidiques.

L'échantillon de liquide circule dans le dispositif depuis le réservoir de solution biologique 1 vers le réservoir de collecte en passant par les trois rangs de chambres fluidiques. Cette circulation est permise par une pompe (non illustrée). Cette pompe peut être configurée pour pousser et/ou pour aspirer le liquide à travers les rangs de chambres fluidiques.

Autrement dit, un débit est imposé dans chaque chambre par une pompe mise en oeuvre en amont et/ou en aval des chambres fluidiques. Selon un mode de réalisation préféré, la pompe est une pompe péristaltique à multiples canaux.

Les chambres fluidiques 1 1 1 , 1 2 1 , 1 3 1 comprennent chacune une surface fonctionnalisée par des molécules dont au moins certaines sont aptes à former une liaison avec une molécule réceptrice portée par les cellules cibles. Il peut avantageusement s'agir d'anticorps greffés sur des molécules de liaison avec la surface telles que des silanes.

Selon l'invention, les chambres présentent des dimensions à l'échelle mésofluidique et assurent un flux laminaire (c'est-à-dire sans turbulence).

L'échelle mésofluidique concerne des dispositifs dont les dimensions et configurations varient de quelques millimètres à un ou plusieurs centimètres. Ces dispositifs se distinguent des dispositifs microfluidiques dont au moins l'une des dimensions caractéristiques est de l'ordre du micromètre.

Le choix de cette échelle mésofluidique, grâce aux chambres à flux laminaire, permet de réduire les phénomènes rhéologiques encore mal maîtrisés en microfluidique. Un flux laminaire induit moins de contraintes sur les cellules qui peuvent être fragiles, et permet un recouvrement homogène de la surface fonctionnalisée par l'échantillon, une immobilisation douce des cellules, et une augmentation du rendement de capture de cellules.

Selon un mode de réalisation préféré illustré en figure 2, la surface fonctionnalisée 2 1 0 des chambres fluidiques est portée par une lame de verre 200, telle qu'une lame de microscopie standard de dimensions Lxl égale à 76x25mm (3"xl ").

Avec une lame 200 de cette dimension, on réalise, de préférence, quatre à six zones fonctionnalisées 2 1 0 (correspondant à quatre à six chambres fluidiques) présentant une forme oblongue circonscrite par un rectangle de longueur 1 ό mm et de largeur ό mm.

De préférence, l'agencement des chambres est tel qu'un espace libre est ménagé à l'une des extrémités de la lame de verre pour y apposer un code visuel 220 interprétable par un ordinateur, tel qu'un code-barres ou flashcode.

D'une manière générale, les lames fonctionnalisées sont avantageusement transparentes aux longueurs d'onde compatibles avec des instruments d'analyse des lames. Si l'instrument d'analyse est un microscope optique, alors les lames sont avantageusement en verre ou en polymère transparent aux longueurs d'ondes visible par un être humain.

Selon un mode de réalisation préféré illustré par exemple aux figures 3 et 4, chaque rang 1 1 0, 1 20, 1 30 est constitué par un capteur de particules d'intérêt 1 1 00, 1 200 comprenant un capot 1 1 01 , 1 201 , comportant des renfoncements 1 1 02, 1 202 pour constituer les chambres, chaque renfoncement étant en communication fluidique avec un orifice d'entrée de solution 1 1 03, 1 203, et un orifice de sortie 1 1 04, 1 204 de solution.

Les renfoncements présentent une épaisseur e (voir figure 4) déterminant la hauteur de chaque chambre. De préférence, cette épaisseur e est choisie égale à environ 0,5 mm. Avec une lame de microscopie 2 de taille standard et présentant quatre chambres de 1 6 mm de long et de ό mm de large, on obtient un capteur de particules d'intérêt présentant des chambres à flux laminaire de 48 mm3 chacune.

Le faible volume de chacune de ces chambres permet, néanmoins, un flux laminaire et une réaction des particules d'intérêt avec peu de liquide.

Une lame est montée de manière amovible et hermétique sous le capot 1 1 01 , 1 201 pour constituer un fond des chambres fluidiques, la lame comprenant une surface tournée vers le capot et recouverte d'une zone fonctionnalisée en regard de chaque renfoncement.

Le capteur de particules d'intérêt de la figure 3 est un capteur adapté à être placé au premier rang. Il intègre directement un réservoir de solution 1 . Il comprend un capot 1 1 01 muni d'un canal d'alimentation en liquide 1 1 05 relié au réservoir 1 , et constitué d'autant de segments de canal que le capot comprend de renfoncements 1 1 02. Les segments du canal d'alimentation sont de sections différentes et de plus en plus petites dans le sens de circulation du liquide, chaque segment étant en communication fluidique avec un orifice d'entrée 1 1 03 pour faire circuler le liquide dans les chambres. Un tel arrangement permet une diffusion et une répartition homogène de l'échantillon de liquide dans chacune des chambres fluidiques du premier rang.

Une vue en coupe de l'exemple de réalisation de la figure 3 est illustré en figure 1 9.

Le capteur de particules 1 1 00, comprend une lame 1 1 06, de préférence en verre ou en silicium, dont une face est fonctionnalisée au moyen de molécules de reconnaissance, adaptées aux particules que l'on souhaite capturer dans le liquide. Avantageusement, selon l'invention, les particules capturées au rang 1 ne sont pas les particules d'intérêt, mais d'autres particules, le rang 1 au moins servant à capturer les particules inintéressantes afin de « filtrer » l'échantillon pour, en quelque sorte le purifier et permettre la capture des particules d'intérêt au dernier rang (voir à partir d'un rang précédent, selon le nombre de rangs). Un joint 1 1 07 est disposé sur la lame 1 1 06. Il est muni de quatre ouvertures délimitant chacune le contour d'une chambre à flux laminaire 1 1 02.

Le capot 1 1 01 est disposé au-dessus du joint 1 1 07 et comprend un canal d'alimentation 1 1 05 pour alimenter chaque chambre 1 1 02 en liquide, et des conduites 1 1 04 de sortie du liquide (non illustrées sur la figure 1 9) hors de chacune des chambres.

Le canal d'alimentation 1 1 05 est muni d'autant de segments de canal que le joint comprend d'ouvertures. Dans l'exemple illustré, le canal d'alimentation 1 1 05 comprend quatre segments de canal 1 1 05a, 1 1 05b, 1 1 05c, 1 1 05d.

Le canal d'alimentation 1 1 05 est muni de moyens d'accélération du liquide le long du canal. Dans l'exemple de réalisation illustré en figure 1 9, les moyens d'accélération sont constitués par

Les quatre segments 1 1 05a, 1 1 05b, 1 1 05c, 1 1 05d du canal d'alimentation présentant chacun des sections différentes, les sections étant de plus en plus petites dans le sens de circulation du liquide, selon la flèche F l . Ces sections différentes constituent un moyen d'accélération du liquide permettant de maintenir sensiblement constante la vitesse du liquide le long du canal d'alimentation 1 1 05, ce qui assure une distribution et une circulation homogènes des particules d'intérêt dans chaque chambre.

Dans l'exemple de la figure 1 9, le canal d'alimentation comprend un moyen d'accélération du fluide de sorte que les vitesses moyennes du fluide, en amont et en aval d'une conduite d'admission du liquide dans une chambre donnée, restent sensiblement constantes. Ceci permet une répartition homogène des particules entre les chambres et au sein d'une même chambre et assure la reproductibilité des conditions expérimentales entre les différentes chambres d'un même dispositif mésofluidique.

De préférence, chaque conduite d'admission est disposée à l'aplomb de chaque rétrécissement de section. Ainsi, pour un dispositif mésofluidique selon l'invention à n chambres devant présenter un débit q dans chaque conduite d'admission de liquide dans une chambre, de section initiale S en amont des chambres, les sections sont réduites de 1 nième de S à chaque segment de canal.

Par exemple, pour le dispositif mésrofluidique à quatre chambres de la figure 1 9, le canal d'alimentation 1 1 05 présente un premier segment 1 1 05a de section S I , un deuxième segment 1 1 05b de section S2=3/4 de S I , un troisième segment 1 1 05c de section S3= 1 /2 de S I , et un quatrième segment 1 1 05d de section S4= l /4 de S I .

Grâce à ce changement de section particulier, la vitesse du fluide dans chaque segment reste sensiblement constante.

Avantageusement, le capot est transparent, et constitué, de préférence, en copolymère cyclo-oléfine tel que le TOPAS® COC commercialisé par la société TOPAS Advanced Polymers.

Le capteur de particules d'intérêt de la figure 4 est un capteur adapté à être placé à partir du deuxième rang jusqu'au dernier rang.

La figure 5 illustre un deuxième mode de réalisation d'un dispositif de tri selon l'invention, permettant un empilement des rangs de chambres fluidiques et une diminution de la longueur des connexions fluidiques entre les différents rangs.

Le dispositif 300 comprend, par référence à la position d'utilisation :

• un capot supérieur 31 0 comportant un rebord plat 31 1 et des renfoncements 31 2 pour constituer les chambres du premier rang, chaque renfoncement 31 2 étant en communication fluidique avec un orifice d'entrée de solution 31 3 ;

• deux lames fonctionnalisées 320-330, comprenant chacune une surface 321 - 331 tournée vers le capot recouverte d'une zone fonctionnalisée en regard de chaque renfoncement, et percées d'autant d'orifices de sortie 322-332 qu'il y a de zones fonctionnalisées. Ces orifices permettent la liaison fluidique entre les différents rangs de chambre et jouent le rôle des tubes 2 du mode de réalisation de la figure 1 ; • une entretoise 340 destinée à être disposée hermétiquement entre les deux lames fonctionnalisées 320-330, et comprenant autant de lumières que le capot supérieur comprend de renfoncement, chaque lumière définissant une chambre ; et

• un capot inférieur 350 comportant autant de sorties 35 1 que le premier capot 3 1 0 comprend d'entrées 3 1 3.

Les renfoncements 31 2 et l'entretoise 340 présentent une épaisseur e déterminant la hauteur de chaque chambre. De préférence, cette épaisseur e est choisie égale à environ 0,5 mm.

Un tel dispositif est peu encombrant et facile à mettre en oeuvre.

En outre, il est polyvalent car on peut facilement rajouter un étage de chambres fluidiques, comme cela est illustré en figure 6. Dans cette figure, le dispositif 300 comprend une entretoise 340 supplémentaire, et une lame fonctionnalisée 360 supplémentaire.

Dans les modes de réalisations des figures 5 et 6, les capots supérieurs 3 1 0 et inférieur 350, ainsi que les entretoises 340 comportent des épaulements, respectivement 3 1 4, 35 1 , 341 et 342 permettant de caler latéralement les lames 320, 330 et 360.

Un moyen de maintien peut être prévu pour maintenir l'ensemble en position de sorte que les espaces entre les lames, les entretoises et les capots soient étanches.

Un mode de réalisation plus simple est illustré en figures 7 et 1 8, dans lequel les entretoises sont des joints 400 agencés entre les zones fonctionnalisées des lames pour définir les chambres fluidiques.

Bien entendu, le joint s'entend au sens large. Il peut être constitué de plusieurs boucles indépendantes, c'est-à-dire non reliées entre elles, mais délimitant chacune le contour d'une chambre à flux laminaire. Cependant, il est plus pratique que le joint soit constitué d'une seule pièce comprenant plusieurs ouvertures, c'est-à-dire formant plusieurs boucles reliées entre elles. Ce deuxième mode de réalisation est illustré en figure 1 8. Sur cette figure 1 8, les capots 3 1 0 et 350 ne sont pas illustrés.

Pour la mise en oeuvre de ces modes de réalisation, les lames fonctionnalisées peuvent avantageusement être en polymère pour permettre le perçage des orifices 322-332. Par exemple, le polymère peut être un polymère en "silicone fonctionnalisée" (type PDMS = polydimethylsiloxane fonctionnalisé), du PMMA, etc., en gardant le GPTS comme agent de couplage pour des protéines (anticorps, etc.).

Un dispositif selon l'invention permet de mettre en oeuvre un procédé de tri sélectif, spécifique et simultané de cellules cibles dans un échantillon biologique, comprenant les étapes suivantes :

a) fonctionnaliser des lames avec des anticorps sur différentes zones de la lame destinées à définir chacune un fond d'une chambre fluidique ;

b) équiper un dispositif selon l'invention avec les lames ainsi fonctionnalisées ;

c) relier l'entrée des chambres du premier rang à un réservoir de solution contenant les cellules cible à trier, et la sortie des chambres du dernier rang à un réservoir de récupération ;

d) apparier de manière fluidique la sortie des chambres d'un rang avec l'entrée des chambres d'un autre rang jusqu'à ce que toutes les chambres soient reliées en série entre elles d'un rang à l'autre ;

e) faire circuler l'échantillon biologique dans les chambres, depuis le premier rang jusqu'au dernier rang ;

f) analyser les surface fonctionnalisées des lames contenant les cellules cibles rares.

Avantageusement, l'étape a) consiste à :

a l ) fonctionnaliser les zones de la lame du premier rang avec des molécules capables de se fixer sélectivement avec une ou plusieurs population(s) cellulaire(s) la ou les plus nombreuse(s) dans l'échantillon considéré et différentes des cellules cibles ; α2) fonctionnaliser les zone de la lame du ou des rang(s) suivant(s) avec différents types de molécules capables de se fixer sélectivement avec une population(s) de cellules cibles, chaque zone fonctionnalisée comportant un seul type desdites molécules.

On obtient ainsi un dispositif dans lequel :

• les surface fonctionnalisées des chambres du premier rang sont munies de molécules capables de se fixer sélectivement avec une ou plusieurs population(s) cellulaire(s) de l'échantillon différentes des cellules cibles ;

· les surfaces fonctionnalisées des chambres du dernier rang et, éventuellement du ou des rangs intermédiaires, sont munies de différents types de molécules capables de se fixer sélectivement avec une population(s) de cellules cibles.

De cette manière, on réalise une sélection négative au premier rang, c'est-à-dire une sélection de cellules différentes de celles que l'on souhaite trier in fine. Par exemple, s'il s'agit d'un échantillon sanguin, le premier rang peut être avantageusement fonctionnalisé avec des anticorps ayant une affinité avec les leucocytes pour débarrasser l'échantillon de ce type de cellules.

La sélection positive peut se faire par exemple au deuxième rang, en fonctionnalisant les N chambres fluidiques avec des anticorps ayant une affinité pour différents types de cellules rares à piéger.

Plus généralement, une sélection négative selon l'invention permet de « nettoyer » l'échantillon avant d'opérer une sélection positive.

Si plusieurs types de cellules doivent être éliminés par une sélection négative, il est possible de prévoir une fonctionnalisation adaptée des p premiers rangs. Ensuite, les rangs suivants sont fonctionnalisés pour opérer une sélection positive des cellules rares à piéger.

Grâce au dispositif selon l'invention, une sélection négative et positive peut être faite en une seule opération, c'est-à-dire en un seul passage de l'échantillon dans le dispositif.

Plusieurs exemples d'applications sont décrits ci-après : Une surface constituée d'une couche monomoléculaire autoassemblée de silanes à chaînes courtes et à terminaison époxyde, 3- glycidoxypropyl-trimethoxysilane (GPTS), est utilisée pour fonctionnaliser les lames standard de microscopie. La surface fonctionnalisée par le GPTS est parfaitement hydrophile et conserve 1 ) ses propriétés de stabilité physique en cisaillement et en température, 2) ses propriétés de résistance chimique aux UV et à l'hydrolyse à pH 7,4, et 3) la préservation des propriétés biologiques des ligands protéiques greffés sur les chaînes GPTS. Les anticorps sont couplés directement sur la couche monomoléculaire auto-assemblée de silanes GPTS. Les propriétés natives des anticorps spécifiques sont intégralement conservées sur la monocouche de silanes GPTS.

EXEMPLE 1 : GREFFAGE DES ANTICORPS EN SÉLECTION NÉGATIVE ET POSITIVE

Les leucocytes sont éliminés, en sélection négative, par capture au rang 1 sur la lame de microscopie au moyen d'un anticorps anti-CD45 greffé sur la surface fonctionnalisée par le GPTS (distributeur Multiplex I avec un réservoir, Ch l à Ch4 : Figure 3, Tableau I).

En sélection positive, sélective et spécifique, et simultanée, des sous- populations rares, chaque chambre à flux laminaire au rang 2 composant le capteur de particules d'intérêt est greffé au moyen d'anticorps spécifiques selon chaque sous- population comme suit (figure 4, Tableau 2) :

• Chambre 1 ) l'anticorps anti-EpCAM pour sélectionner, de façon sélective et spécifique, les cellules d'origine épithéliale (CTC), Chambre 2) l'anticorps anti-N cadhérine pour sélectionner, de façon sélective et spécifique, les cellules non épithéliales mésenchymateuses,

Chambre 3) l'anticorps anti-CD 1 33 pour sélectionner, de façon sélective et spécifique, les cellules souches cancéreuses (CSC), par exemple dans le cancer du côlon,

Chambre 4) et l'anticorps anti-CD44 pour sélectionner, de façon sélective et spécifique, les cellules souches cancéreuses (CSC), par exemple dans le cancer du côlon.

La même sélection positive, sélective et spécifique et simultanée des mêmes sous-populations peut être répétée au rang 3, identique au rang 2, pour renforcer la statistique de capture cellulaire (Tableau 2).

Alternativement, au rang 3, le greffage des anticorps dans le capteur de particules d'intérêt peut être interverti comme suit (Tableau 3) :

> Ch l ) l'anticorps, anti-N cadhérine pour sélectionner, de façon sélective et spécifique, les cellules non épithéliales mésenchymateuses,

> Ch2) l'anticorps, anti-EpCAM pour sélectionner, de façon sélective et spécifique, les cellules d'origine épithéliale (CTC), Ch3) l'anticorps, anti-CD44 pour sélectionner, de façon sélective et spécifique les cellules souches cancéreuses (CSC), par exemple dans le cancer du côlon, Ch4) et l'anticorps anti-CD l 33 pour sélectionner, de façon sélective et spécifique les cellules souches cancéreuses (CSC), par exemple dans le cancer du côlon.

VARIANTE

Des sous-populations rares, non hématopoïétiques, dans le sang périphérique présentent également un intérêt dans leur détection. Les cellules endothéliales circulantes (CEC) sont des biomarqueurs de dommages vasculaires dans les pathologies inflammatoires, immunes, infectieuses, néoplasiques et cardiovasculaires.

Un exemple de procédé de détection des sous-populations de cellules rares comprenant les cellules d'origine épithéliale (CTC), les cellules non épithéliales mésenchymateuses, les cellules souches cancéreuses (CSC), et les cellules endothéliales circulantes (CEC) . Les anticorps respectifs greffés sont : anti- EpCAM pour la sous-population des cellules tumorales d'origine épithéliale (CTC), anti N Cadhérine pour la sous-population des cellules mésenchymateuses, anti- CD l 33 pour la sous-population des cellules souches cancéreuses (CSC), et anti- CD1 46 pour la sous-population des cellules non hématopoïétiques (CEC) (Tableaux 4 et 5).

Ce montage en série des capteurs de particules d'intérêt avec un réservoir (rang 1 ; voir figure 3), et des capteurs de particules d'intérêt sans réservoir (voir figure 4) permet, de façon bien définie par l'utilisateur, de cibler quatre sous- populations d'intérêt de façon sélective et spécifique et simultanée. Le dispositif selon l'invention permet de pallier l'insuffisance des méthodes de détection connues utilisant un anticorps unique anti-EpCAM.

En effet, une détection classique avec un anticorps unique anti- EpCAM ne peut en aucun cas détecter en même temps les cellules non épithéliales mésenchymateuses, ni les cellules souches cancéreuses ni les cellules non hématopoïétiques endothéliales.

EXEMPLE 2 : VISUALISATION DES MARQUEURS CELLULAIRES PAR IMMUNOFLUORESCENCE

Deux exemples de détection sélective et spécifique et simultanée : 1 ) une sous-population de CTC d'origine épithéliale, et 2) une sous-population de cellules non hématopoïétiques CEC (cellules endothéliales circulantes) par des marqueurs protéiques cellulaires dans les cancers métastatiques du côlon et de la prostate.

1 . Sélection négative : filtration leucocytaire

L'anticorps anti-leucocytaire anti-CD45 cible la majorité des leucocytes dans le sang.

La Figure 8 visualise la forte population leucocytaire Le. Les leucocytes sont marqués par le marqueur nucléaire DAPI.

2. Sélection positive

A. CTC d'origine épithéliale

L'antigène EpCAM est une molécule d'adhérence cellulaire exprimée à la surface de la cellule tumorale d'origine épithéliale. Le greffage de l'anticorps anti-EpCAM sur une lame de microscopie standard fonctionnalisée par le GPTS (3-glycidoxypropyl-trimethoxysilane), dans un tampon phosphate (PBS), pH 7,4, contenant 0,5% Tréhalose (Sigma), permet de cibler l'identification des CTC d'origine épithéliale. Les CTC sont ensuite identifiées par un marqueur cellulaire exprimant la cytokératine, l'anticorps anti-pan cytokératine, dans un tampon phosphate (PBS), contenant 0, 1 % d'albumine du sérum bovin (BSA) . La caractérisation est réalisée par immunofluorescence pour confirmer l'origine épithéliale de la cellule détectée.

Les figures 9 et 1 0 montrent une CTC 500, capturée par l'anticorps anti-EpCAM (fluorescence verte), provenant soit d'un cancer métastatique du côlon (Figure 9), soit d'un cancer métastatique de la prostate (Figure 1 0). Le marqueur nucléaire est le DAPI (bleu).

B. Cellules non hématopoïétiques : cellule endothéliale circulante (CEC)

MCAM est une glycoprotéine exprimée à la surface de la cellule endothéliale. Le greffage de l'anticorps anti-MCAM (anti-CD 1 46) sur une lame de microscopie standard, fonctionnalisée par le GPTS (3-glycidoxypropyl- trimethoxysilane), dans un tampon phosphate (PBS), pH 7,4, contenant 0,5% Tréhalose (Sigma), permet de cibler leur identification et leur capture. Les CEC sont ensuite identifiées par l'anticorps anti-CD 1 44 dirigé contre la VE-cadhérine (Vascular Endothelial) dans un tampon phosphate (PBS), contenant 0, 1 % d'albumine du sérum bovin (BSA) . La caractérisation est réalisée par immunofluorescence pour confirmer la cellule endothéliale.

Les figures 1 1 et 1 2 montrent une CEC 5 1 0 provenant d'un cancer métastatique du côlon (Figure 1 1 ) et une CEC d'un cancer métastatique de la prostate (Figure 1 2). Les CEC sont caractérisées par immunofluorescence par l'anticorps anti-CD 1 44 (fluorescence violette). Le marqueur nucléaire est le DAPI (bleu).

Une liste non exhaustive des marqueurs pouvant être utilisés pour cibler les sous-populations cellulaires d'origine épithéliales et non épithéliales pour leurs caractérisations et leurs identifications est donnée ci-après :

Type cellulaire Marqueur(s) utilisé(s) pour l'isolement de sous-populations Épithélial EpCAM, BerEP4, MUC 1 ,

Mésenchymateux N Cadhérine, Cadhérine 1 1

Endothélial MCAM (CD 1 46), VE-cadhérine

(CD 1 44)

Leucocyte CD45

Lymphocyte T CD3

Lymphocyte B CD20

Cellule souche hématopoïétique CD34

Cellule souche mésenchymateuse CD44, CD45, CD90, CD 1 50, CD299

Cellule tumorale (cancer du sein, HER2

de la prostate)

Une liste des marqueurs pouvant être utilisés pour cibler les sous- populations de cellules souches cancéreuses (CSC) pour leurs caractérisations et leurs identifications est donnée ci-après :

Type de tumeur Marqueur(s) utilisé(s) pour l'isolement de

CSC

Hémopathies malignes CD34+, CD38-

Côlon CD 1 33+, CD44+, Lin-

Sein CD44+, CD24-/low

Mélanome Transporteur ABCB5

Prostate CD44+, CD 1 33+, α2β1

Pancréas CD44+, CD24+, CD 1 33+

Glioblastome CD 1 33+ Foie CD 1 33+, CD44+, CD90+

Poumon CD 1 33+

VADS CD44+

Un autre avantage technique majeur et convivial du dispositif selon l'invention porte sur le développement unique de la caractérisation des cellules d'intérêt accompagnée par une suite d'analyses moléculaires successives.

Le flux de caractérisation moléculaire consiste en une procédure d'identification, en plusieurs étapes, sur la même lame de verre et la même cellule, 1 ) au moyen d'un marqueur protéique fluorescent (anticorps), 2) par l'analyse des altérations génomiques (amplifications géniques, délétions, et réarrangements) par hybridation in situ en fluorescence (FISH) au moyen de sondes spécifiques d'ADN, 3) la caractérisation in situ des ARNm par des sondes spécifiques d'ARN et des micro-ARN (miARN) par des nanosondes.

EXEMPLE 3 : - VISUALISATION DES ALTÉRATIONS GÉNOMIQUES DANS LES SOUS- POPULATIONS DE CTC PAR HYBRIDATION IN SITU EN FLUORESCENCE (FISH) : AMPLIFICATIONS GÉNIQUES, DÉLÉTIONS, RÉARRANGEMENTS, AU MOYEN DE SONDES SPÉCIFIQUES D'ADN.

La valeur ajoutée de la lame de microscopie standard, fonctionnalisée pour la détection des sous-populations de CTC d'origine épithéliale et non épithéliale, est sa remarquable capacité de pouvoir subir de multiples traitements successifs comme :

1 ) le marquage des cellules d'intérêt par des marqueurs protéiques cellulaires fluorescents et son identification sous microscope,

2) un traitement spécifique est appliqué pour éliminer le bruit de fonds fluorescent, puis un reconditionnement des cellules d'intérêt détectées par le marquage des noyaux par des sondes nucléiques par hybridation in situ en fluorescence (FISH) pour identifier leurs altérations génomiques.

La figure 1 3 montre le noyau 520 d'une CTC d'origine épithéliale d'un cancer métastatique du côlon montrant une amplification génique (ronds en tirets 521 ) révélée au moyen d'une sonde ciblant le gène EGFR (Kreatech, Holland).

La figure 1 4 montre le noyau d'une CTC 530 d'origine épithéliale d'un cancer métastatique de la prostate montrant une amplification génique (ronds en tirets 53 1 ) révélée au moyen d'une sonde ciblant le gène PTEN (Kreatech, Holland).

La figure 1 5 montre le noyau d'une CTC 540 d'origine épithéliale d'un cancer métastatique de la prostate montrant une amplification génique (ronds en trait plein 541 , en tirets 542 et en grisé 543) révélée au moyen d'une sonde ciblant le gène de fusion TMPRSS2-ERG (Kreatech, Holland).

Le dispositif selon l'invention peut également être utilisé pour deux applications particulièrement intéressantes :

EXEMPLE 4 : L'ANALYSE SUR CELLULES VIVANTES DES ARNm ET DES miARN.

La capture de cellules vivantes et uniques par le dispositif selon l'invention et, en particulier, les capteurs de particules d'intérêt avec et sans réservoir, est un atout pour une analyse multiplex simultanée d'ARNm au moyen de nanoparticules fonctionnalisées par de multiples séquences de nucléotides et fonctionnant comme des sondes d'hybridation directes (Smart Flares, Merck- Millipore), chaque sonde étant couplée à un chromophore.

D'autre part, le deuxième atout est son application à destination de l'analyse des miARN dans une cellule vivante et unique (Smart Flares, Merck- Millipore). Les miARN sont des biomarqueurs de la progression tumorale.

Ce sont de nouveaux outils d'analyse pour compléter un diagnostic précoce, anticiper la progression de la maladie, identifier les patients à haut risque, prédire la récurrence après le traitement et surveiller la réponse du patient au traitement. La figure 1 6 illustre un exemple de marquage des cellules vivantes 560 du cancer du sein MCF7 par une sonde témoin d'endocytose en vue des marquages d'ARNm et de miARN (Smart Flares, Merck-Millipore). Les cellules 560 du cancer du sein MCF7 sont capturées sur une lame de microscopie fonctionnalisée par le GPTS et greffée avec l'anticorps anti-EpCAM. Elles sont ensuite marquées par une sonde témoin de l'endocytose des nanoparticules et incubées à 37°C et sous 5% de C02 pendant 1 2 heures.

EXEMPLE 5 : CULTURE CELLULAIRE AVEC LE CAPTEUR DE PARTICULES D'INTÉRÊT SANS RÉSERVOIR

Pour la mise en culture des cellules, le capteur de particules d'intérêt sans réservoir et sa lame fonctionnalisée GPTS sont stérilisés en éthanol absolu pendant 3 minutes. Après séchage, le plancher de chaque chambre est greffé avec l'anticorps anti-EpCAM pour la capture des cellules du cancer du sein MCF7. Le capteur de particules d'intérêt sans réservoir est ensuite mis dans une boîte de Pétri stérile et incubée dans un incubateur à 37°C et 5% C02 pendant 5 jours. Après 5 jours, des amas 570 de cellules du cancer du sein MCF7 se sont développés (Figure 1 7).

En résumé, le grand avantage du procédé et du dispositif selon l'invention est sa capacité de tri sélectif et spécifique, et simultané de toutes les sous- populations hétérogènes des cellules rares circulantes, quel que soit le stade de la maladie (cancer localisé ou métastatique). En outre, la convivialité du dispositif selon l'invention autorise 1 ) des greffages d'anticorps s'adressant à chaque sous- population de cellules d'intérêt, 2) des analyses moléculaires très performantes des cellules d'intérêt grâce au support de la lame de verre résistante aux multiples manipulations expérimentales, convivial et à faible coût par rapport à des supports en Si.