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Patent Searching and Data


Title:
STREPTOMYCES, AND ANTI-TUMOR COMPOUNDS SPIRO-INDIMYCIN A-D AND PREPARATION METHOD AND APPLICATION THEREOF
Document Type and Number:
WIPO Patent Application WO/2013/143184
Kind Code:
A1
Abstract:
Provided is a streptomyces (Streptomyces sp.) strain SCSIO 03032, preserved in China Center for Type Culture Collection on July 18, 2011 with the preservation number CCTCC NO: M 2011258. The streptomyces (Streptomyces sp.) strain SCSIO 03032 can be used to produce compounds Spiro-Indimycin A, B, C and D with antineoplastic activity; the compounds not only have a rare spiral structure, but also have selectivity and highly-efficient activity for tumour cells. Further provided are a preparation method and an application of the compounds Spiro-Indimycin A, B, C and D.

Inventors:
ZHANG CHANGSHENG (CN)
ZHANG WENJUN (CN)
TIAN XINPENG (CN)
LI SUMEI (CN)
ZHANG QINGBO (CN)
MA LIANG (CN)
ZHANG HAIBO (CN)
ZHANG SI (CN)
JU JIANHUA (CN)
Application Number:
PCT/CN2012/074013
Publication Date:
October 03, 2013
Filing Date:
April 13, 2012
Export Citation:
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Assignee:
SOUTH CHINA SEA INST OCEANOLOG (CN)
ZHANG CHANGSHENG (CN)
ZHANG WENJUN (CN)
TIAN XINPENG (CN)
LI SUMEI (CN)
ZHANG QINGBO (CN)
MA LIANG (CN)
ZHANG HAIBO (CN)
ZHANG SI (CN)
JU JIANHUA (CN)
International Classes:
C12N1/20; A61K31/407; A61P35/00; A61P35/02; C07D487/20; C12P17/18; C12R1/465
Other References:
DATABASE GENBANK 12 November 2011 (2011-11-12), TIAN, X.P. ET AL.: "Streptomyces sp. SCSIO 03032 16S ribosomal RNA gene, partial sequence", accession no. N798514
KAMPFER, P. ET AL.: "Streptomyces specialis sp.nov.", INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY, vol. 58, December 2008 (2008-12-01), pages 2602 - 2606
NIU, SIWEN ET AL.: "Lobophorins E and F, new spirotetronate antibiotics from a South China Sea-derived Streptomyces sp. SCSIO 01127", THE JOURNAL OF ANTIBIOTICS, vol. 64, December 2011 (2011-12-01), pages 711 - 716
LI, SUMEI ET AL.: "Antimycins from Marine Streptomyces sp. SCSIO 1635 from the South China Sea", NATURAL PRODUCT RESEARCH AND DEVELOPMENT, vol. 23, December 2011 (2011-12-01), pages 10 - 14 AND 42
NIU, SIWEN ET AL.: "Isolation and structural elucidation of secondary metabolites from marine Streptomyces sp. SCSIO 1934", CHINA JOURNAL OF CHINESE MATERIA MEDICA, vol. 36, no. 13, July 2011 (2011-07-01), pages 1763 - 1768
Attorney, Agent or Firm:
GUANGZHOU KEYUE I.P. LAW OFFICE (CN)
广州科粤专利商标代理有限公司 (CN)
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Claims:
权 利 要 求

1、 链霉菌 Streptomyces sp. SCSIO 03032, 其保藏编号为 CCTCC NO : M 2011258。

2、 化合物 Spiro-Indimycin A-D, 其结构式如式 ( I ) 所示:

SPiro-indimycin A R^N, R2=H, R3=COOCH3, X coupled with Z

Spiro-indimycin B RfNCH^ R2=H2, R3=H, X coupled with Y

Spiro-indimycin C R^NH, R2=H2, R3=H, X coupled with Y

Spiro-indimycin D RfNCh^, R2=H2, R3=COOCH3, X coupled with Y 式 ( I )。

3、 权利要求 2所述的化合物 Spiro-Indimycin A-D在制备抗肿瘤药物中的应 用。

4、根据权利要求 3所述的应用,其特征在于,所述的化合物 Spiro-Indimycin A在制备治疗人急性淋巴细胞白血病药物中的应用。

5、根据权利要求 3所述的应用,其特征在于,所述的化合物 Spiro-Indimycin B在制备治疗人黑色素瘤、 人肺癌或人急性淋巴细胞白血病药物中的应用。

6、根据权利要求 3所述的应用,其特征在于,所述的化合物 Spiro-Indimycin C在制备治疗人肝癌或人肺癌药物中的应用。

7、根据权利要求 3所述的应用,其特征在于,所述的化合物 Spiro-Indimycin

D在制备治疗人黑色素瘤、 人肝癌或人肺癌药物中的应用。

8、权利要求 1所述的链霉菌 Streptomyces ^ ) SCSIO 03032在用于制备化 合物 Spiro-Indimycin A、 B、 C或 D的应用。

9、 一种化合物 Spiro-Indimycin A、 B、 C或 D的制备方法, 其特征在于, 所 述的化合物 Spiro-Indimycin A、 B、 C 或 D 是从权利要求 1 所述的链霉菌

( Streptomyces sp. ) SCSIO 03032的发酵培养物中制备分离得到的。 10、 根据权利要求 9所述的制备方法, 其特征在于, 具体步骤如下: a) 制备链霉菌 sp.) SCSIO 03032的发酵培养物, 将该发酵培 养物的发酵液和菌丝体分离开, 发酵液经大孔树脂吸附, 后用丙酮洗脱 大孔树脂, 洗脱液回收丙酮后剩余的水混合液用乙酸乙酯萃取, 乙酸乙 酯层经蒸馏浓縮后得到浸膏 A; 菌丝体先用丙酮浸提, 浸取液回收丙酮 后剩余的水混合液再用乙酸乙酯萃取, 乙酸乙酯层经蒸馏浓縮后得到浸 膏 B;

b) 将浸膏 A和浸膏 B合并的粗提物经硅胶柱层析, 用氯仿 /甲醇作为洗脱 剂, 从体积比 100: 0-0: 100进行梯度洗脱, 收集氯仿 /甲醇体积比 95:5 梯度洗脱下来的馏分 Fr.l,后经 ODS反相中压液相色谱,用水 /甲醇作为 洗脱剂,从体积比 100: 0-0: 100进行梯度洗脱,收集水 /甲醇体积比 30: 70梯度洗脱下来的馏分 Fr.l-1, 再过 LH-20凝胶柱, 以氯仿 /甲醇体积比 1:1 作为流动相洗脱, 用薄层层析追踪分离, 收集薄层板上用氯仿 /丙酮 体积比为 9: 1作为展开剂时 Rf值为 0.8的馏分,即为 Spiro-Indimycin B, Rf值为 0.6的馏分, 即为 Spiro-Indimycin A; 收集薄层板上用石油醚 /乙 酸乙酯体积比为 40:60 作为展开剂时 Rf 值为 0.8 的馏分, 即为 Spiro-Indimycin C;收集薄层板上用石油醚 /乙酸乙酯体积比为 50:50作为 展开剂时 Rf值为 0.8的馏分, 即为 Spiro-Indimycin D。

Description:
链霉菌、 抗肿瘤化合物 Spiro-Indimycin A-D及其制备方法和应用 技术领域:

本发明属于工业微生物领域,具体涉及一种能 够产生多种抗肿瘤化合物的新 的链霉菌 Streptomyces sp. ) SCSIO 03032 , 以及该菌生产的抗肿瘤化合物 Spiro-Indimycin A-D及其制备方法和应用。 背景技术:

近年来,发现新型海洋放线菌资源, 并从中筛选新型的活性次生代谢产物成 为国际上海洋微生物研究的重要方向。 从海洋放线菌中寻找结构新颖、 高效、低 毒的代谢产物逐渐成为药物寻找的新源泉。 发明内容:

本发明的第一个目的是提供一种新的链霉菌 treptomyces sp. ) SCSIO 03032, 该菌于 2011年 7月 18 日保藏于中国典型培养物保藏中心 (CCTCC), 地址: 中国武汉市武汉大学, 其保藏编号为 CCTCC NO: M 2011258ο

本发明的新的链霉菌 treptomyces sp. ) SCSIO 03032 是从印度洋(E 87°59.7 ', N 9°59.3')水深 3412米的海底沉积物中分离获得的。

1、 形态学特征和生理生化分析

链霉菌 i Streptomyces ^. SCSIO 03032属于革兰氏阳性, 好氧放线菌, 基 丝微黄分枝, 气丝灰白色分支并分化成卷曲的孢子链; 孢子椭球状 (图 2), 长 0.4-0.7μηι, 表面光滑。在 PDA培养基上长势较弱, 在 ISP5上生长有可溶性色素 产生。 接触酶、 脲酶、 牛奶凝固和胴化反应阳性, 明胶液化、 黑色素产生和氧化 酶反应阴性。 能水解淀粉、 纤维素、 吐温 20, 40, 80; H 2 S 产生和硝酸盐还原 反应阴性; 可以利用 D-阿拉伯糖, D-纤维二糖, 果糖, 肌醇, 丙酮酸钠, D-棉 子糖, L-鼠李糖, D-甘露醇, D-葡萄糖, D-山梨糖和木糖醇, 为唯一碳源和能源 生长。而不能利用 D-半乳糖, D-乳糖, D-甘露糖, D-核糖, D-海藻糖和 D-木糖; 对甲氧嘧啶和林可霉素敏感。 pH、 盐浓度和温度的耐受范围分别为 pH 6.0-9.0, 0-9% 和 15-40 °C。 细胞壁含有 L-DAP。 优势醌为 MK-9(H6)和 MK-11; 主要脂 肪酸为 i-C 15:0 (8%), i-C 16:0 (24%), i-C 16:1 G (14%), ai-C 17:0 (15%)和 ai-C 17:1 A(12 G+C摩尔含量为 71.6 (±0.5) %。

2、 分子生物学鉴定

常规 PCR扩增菌株 SCSIO 03032的 16S rDNA并测序, 其序列如 SEQ ID NO. l所示, 而后提交到 GenBank中, 对 16S rDNA核苷酸序列进行 BLAST分 析, 结果显示, 该菌株与& /^ )^^ GW41-1564 T 的相似度为 97%, 重新构建该属系统发育树显示菌株 SCSIO 03032聚在该类群,说明该菌株 SCSIO 03032为链霉菌属。 如图 1所示, 通过邻接法清晰地揭示了该菌株与一组链霉菌 属物种的系统进化关系, 表明该菌属于链霉菌属的一种。

根据以上形态学、 生理学、 化学等分析, 其与已知最接近的菌株与 1 ¾/¾/^ >^^ ^^'^ 0^¥41-1564 1 有较大的差异, 且基因组杂交显示其杂交值为 23% , 远低于种内差异标准的 70% ( Stackebrandt, E. & Ebers, J. Taxonomic parameters revisited: tarnished gold standards. Microbiol Today.(2006).33, 152-155.);因此,综合分析多项分类数据,鉴定 此菌株为链霉菌属( reptom^ ) 的一个新种, 命名为: 链霉菌 ( Streptomyces spJ SCSIO 03032, 该菌于 2011年 7月 18日保藏于中国典型培养物保藏中心(CCTCC ) , 地址: 中国武汉市武汉大 学, 其保藏编号为 CCTCC NO:

本发明的链霉菌 Streptomyces spj SCSIO 03032能够产生 4种具有新颖结 构的抗肿瘤化合物 Spiro-Indimycin A-D。

因此本发明的第二个目的是提供化合物 Spiro-Indimycin A-D, 其结构式如式 ( I ) 所示:

SPiro-indimycin A R^N, R 2 =H, R 3 =COOCH 3 , X coupled with Z

Spiro-indimycin B R-|=NCH 3 , R 2 =H 2 , R 3 =H, X coupled with Y

Spiro-indimycin C R-|=NH, R 2 =H 2 , R 3 =H, X coupled with Y

Spiro-indimycin D RfNCI^, R 2 =H 2 , R 3 =COOCH 3 , X coupled with Y 式 ( I )。

本发明人通过实验发现,化合物 Spiro-Indimycin A-D对人癌细胞包括乳腺癌 MCF-7, 人胰腺癌 1990, 人肝癌 HepG2, 人宫颈癌 Hale, 人黑色素瘤 B16, 人 肺癌 H460和人急性淋巴细胞白血病 T淋巴细胞 CCRF-CEM有选择性细胞毒活 性, 其中 Spiro-Indimycin B对人黑色素瘤 B 16细胞、人肺癌 H460细胞和人急性 淋巴细胞白血病 T淋巴细胞 CCRF-CEM的 IC 50 分别是 11 μΜ 、36.6 μΜ 禾口 4.5 μΜ, 而对其它受试细胞株无明显生长抑制活性; Spiro-Indimycin C对人肝癌细 胞 HepG2和人肺癌 H460细胞的 IC 5Q 分别是 14.1 μΜ和 35.4 μΜ, 而对其它受试 细胞株无明显生长抑制活性; Spiro-Indimycin D对人肝癌细胞 HepG2、人黑色素 瘤 B16细胞和人肺癌 H460细胞的 IC 5 Q 分别是 44.4μΜ、 40.4 μΜ 禾 Β 36.3 μΜ, 而对其它受试细胞株无明显生长抑制活性, Spiro-Indimycin Α对人急性淋巴细胞 白血病 T淋巴细胞 CCRF-CEM的 IC 5 。为 44.4μΜ,而对其它受试细胞株无明显 生长抑制活性 (表 3 )。

本发明的第三个目的是提供化合物 Spiro-Indimycin A-D在制备抗肿瘤药物 中的应用。

优选,所述的化合物 Spiro-Indimycin A在制备治疗人急性淋巴细胞白血病药 物中的应用。

优选, 所述的化合物 Spiro-Indimycin B在制备治疗人黑色素瘤、人肺癌或人 急性淋巴细胞白血病药物中的应用。

优选,所述的化合物 Spiro-Indimycin C在制备治疗人肝癌或人肺癌药物中的 应用。

优选,所述的化合物 Spiro-Indimycin D在制备治疗人黑色素瘤、人肝癌或人 肺癌药物中的应用。

本发明的第四个目的是提供链霉菌 Streptomyces spj SCSIO 03032在用于 制备化合物 Spiro-Indimycin A、 B、 C或 D的应用。

本发明的第五个目的是提供 Spiro-Indimycin A、 B、 C或 D的制备方法, 其 特征在于,所述的化合物 Spiro-Indimycin A、 B、 C或 D是从链霉菌 Streptomyces sp. ) SCSIO 03032的发酵培养物中制备分离得到的。

优选, 是通过以下方法从链霉菌 Streptomyces ^ ) SCSIO 03032的发酵培 养物中制备得到化合物 Spiro-Indimycin A、 B、 C或 D, 具体步骤如下:

a) 制备链霉菌 i Streptomyces ^ SCSIO 03032的发酵培养物, 将该发酵培 养物的发酵液和菌丝体分离开, 发酵液经大孔树脂吸附, 后用丙酮洗脱 大孔树脂, 洗脱液回收丙酮后剩余的水混合液用乙酸乙酯 萃取, 乙酸乙 酯层经蒸馏浓縮后得到浸膏 A; 菌丝体先用丙酮浸提, 浸取液回收丙酮 后剩余的水混合液再用乙酸乙酯萃取, 乙酸乙酯层经蒸馏浓縮后得到浸 膏 B;

b) 将浸膏 A和浸膏 B合并的粗提物经硅胶柱层析, 用氯仿 /甲醇作为洗脱 剂, 从体积比 100: 0〜0: 100进行梯度洗脱, 收集氯仿 /甲醇体积比 95 :5 梯度洗脱下来的馏分 Fr. l ,后经 ODS反相中压液相色谱,用水 /甲醇作为 洗脱剂,从体积比 100: 0〜0: 100进行梯度洗脱,收集水 /甲醇体积比 30: 70梯度洗脱下来的馏分 Fr. l-1, 再过 LH-20凝胶柱, 以氯仿 /甲醇体积比 1 : 1 作为流动相洗脱, 用薄层层析追踪分离, 收集薄层板上用氯仿 /丙酮 体积比为 9: 1作为展开剂时 Rf值为 0.8的馏分,即为 Spiro-Indimycin B , Rf值为 0.6的馏分, 即为 Spiro-Indimycin A; 收集薄层板上用石油醚 /乙 酸乙酯体积比为 40:60 作为展开剂时 Rf 值为 0.8 的馏分, 即为 Spiro-Indimycin C;收集薄层板上用石油醚 /乙酸乙酯体积比为 50:50作为 展开剂时 Rf值为 0.8的馏分, 即为 Spiro-Indimycin D。

所述的 a) 步骤的制备链霉菌 Streptomyces sp. ) SCSIO 03032的发酵培养 物优选通过以下方法制备: 将活化的链霉菌 ( Streptomyces sp. ) SCSIO 03032接 入种子培养基, 28 °C, 200 rpm, 培养 48 h得种子液, 将种子液以 10%的接种量 接入到发酵培养基中, 28 °C, 200 rpm, 振荡培养 120 h, 而制得发酵培养物, 所述的种子培养基和发酵培养基的配方都为每 升培养基中含有: 淀粉 10 g, 酵 母粉 5g, 蛋白胨 4g, CaC0 3 2 g, 粗海盐 30 g, 余量为水, pH 7.2。

本发明提供了一种新的链霉菌 Streptomyces sp. ) SCSIO 03032, 该菌可以 生产结构新颖的具有抗肿瘤活性的化合物 Spiro-Indimycin A、 B、 C和 D, 化合 物 Spiro-Indimycin A、 B、 C和 D除具有罕见的螺环结构外, 还对肿瘤细胞有选 择性的、高效的活性,是开发成为高效、低毒 的抗肿瘤化合物理想的候选化合物。

本发明的链霉菌 Streptomyces sp. ) SCSIO 03032于 2011年 7月 18日保藏 于中国典型培养物保藏中心 (CCTCC ) , 地址: 中国武汉市武汉大学, 其保藏编 号为 CCTCC NO: M 2011258。 附图说明:

图 1是链霉菌 i Streptomyces sp. ) SCSIO 03032基于 16S rDNA序列的邻接法重 建的与之亲缘关系最近的种之间关系的系统发 育树;

图 2是链霉菌 ( Streptomyces sp. ) SCSIO 03032的扫描电镜显微形态; 图 3是上清液的提取物 -浸膏 A和菌丝体的提取物 -浸膏 B的高效液相色谱图; 高效液相色谱(HPLC )条件:色谱柱为 phenomex 150x4.6mm (SphereClone SAX), 流动相包括流动 A相和流动 B相,流动相 A相: 10% (体积分数)的乙腈 +0.08% (体积分数) 的三氟乙酸, 溶剂为水, 流动 B相: 90% (体积分数) 的乙腈, 溶 剂为水; 进样程序: 0-20min, 流动相比例为 A相 /B相 (体积比): 95 :5-0: 100, 20-2 lmin, 流动相比例为 A相 /B相 (体积比): 0: 100, 21-22min, 流动相比例为 A相 /B相 (体积比): 0: 100-95 :5, 22-30min, 流动相比例为 A相 /B相 (体积比): 95 :5, 检测波长 254 nm, 流速 1 ml/min, 其中 1代表化合物 1, 2代表化合物 2, 3代表化合物 3和 4代表化合物 4。

图 4 是化合物 1的 X-ray结构图;

图 5 是化合物 2的 X-ray结构图。 具体实施方式:

以下实施例是对本发明的进一步说明, 而不是对本发明的限制。

实施例 1:

一、 链霉菌 Streptomyces sp' SCSIO 03032的分离和鉴定

本发明的链霉菌 i Streptomyces ^. SCSIO 03032是从印度洋: (E 87°59.7', N 9°59.3')水深 3412米的海底沉积物中分离获得的。 分离培养基为现有技术中优 化的 ISP2培养基, 每升含有酵母提取粉 2.0 g, 麦芽提取粉 2.0 g, 葡萄糖 1.0 g, 琼脂 20.0 g, 蒸馏水 500 ml, 天然海水 500ml, pH 7.2。分离培养条件为: 28 °C, 14天。由此从海底沉积物分离纯化得到一菌株 SCSIO 03032(链霉菌 Streptomyces sp. SCSIO 03032 ) 。 1、 形态学特征和生理生化分析

该菌属于革兰氏阳性, 好氧放线菌, 基丝微黄分枝, 气丝灰白色分支并分化 成卷曲的孢子链; 孢子椭球状 (图 2 ) , 长 0.4-0.7μηι, 表面光滑。 在 PDA培养 基上长势较弱, 在 ISP5上生长有可溶性色素产生。 接触酶、 脲酶、 牛奶凝固和 胴化反应阳性, 明胶液化、黑色素产生和氧化酶反应阴性。能 水解淀粉、纤维素、 吐温 20, 40, 80; H 2 S 产生和硝酸盐还原反应阴性; 可以利用 D-阿拉伯糖, D- 纤维二糖, 果糖, 肌醇, 丙酮酸钠, D-棉子糖, L-鼠李糖, D-甘露醇, D-葡萄糖, D-山梨糖和木糖醇, 为唯一碳源和能源生长。 而不能利用 D-半乳糖, D-乳糖, D-甘露糖, D-核糖, D-海藻糖和 D-木糖; 对甲氧嘧啶和林可霉素敏感。 pH、 盐 浓度和温度的耐受范围分别为 pH 6.0-9.0, 0-9% 和 15-40 °C。细胞壁含有 L-DAP。 优势醌为 MK-9(H6)和 MK-1 1; 主要脂肪酸为 i-C 15:0 (8%), i-C 16:0 (24%), i-C 16: 1 G (14%), ai-Ci7:o (15%)和 ai-C 17:1 A(12%)。 G+C摩尔含量为 71.6 (±0.5) %。

2、 分子生物学鉴定

链霉菌 Streptomyces ^ ) SCSIO 03032鉴定中涉及的基因组 DNA的提取, 16S rDNA 的 PCR扩增, 序列比对和系统进化树的构建以及生理学、 化学和形 态学鉴定等,均参考文献 [Tian, X. P., Zhi, X. Y., Qiu, Υ. Q., Zhang, Y. Q., Tang, S. K., Xu, L. H., Zhang, S., Li, W. J. Sciscionella marina gen. no v., sp. no v., a marine actinomycete isolated from a sediment in the northern South China Sea. Int J Syst Evol Microbiol, 2009, 59(Pt 2): 222-228]。

按照参考文献中的方法提取菌株 SCSIO 03032 的基因组 DNA, PCR扩增该 菌株的 16SrDNA并测序, 获得 1430个碱基, 其序列如 SEQ ID N0.1所示, 而 后提交到 GenBank中, 对 16S rDNA核苷酸序列进行 BLAST分析, 结果显示, 该菌株与 reptomyces specialis GW41-1564 T 的相似度为 97%, 重新构建该属系 统发育树显示菌株 SCSIO 03032聚在该类群, 说明该菌株 SCSIO 03032为链霉 菌属。如图 1所示,通过邻接法清晰地揭示了该菌株 SCSIO 03032与一组链霉菌 属物种的系统进化关系,表明该菌属于链霉菌 属的一种, 通过基因组杂交方法结 果显示菌株 SCSIO 03032与最相似菌种 Streptomyces specialis GW41-1564 T 的杂 交值为 23%, 该杂交值远低于种内差异标准的 70% ( Stackebrandt, E. & Ebers, J. Taxonomic parameters revisited: tarnished gold standards. Microbiol Today. (2006). , 152-155.); 同时在形态学、 生理学、 细胞化学等方面与已知最相似菌株均有较 大的差异,因此,综合分析多项分类数据,鉴 定此菌株为链霉菌属 Streptomyce^ 的一个新种, 命名为: 链霉菌 (StreptomycesspJ SCSIO 03032, 该菌于 2011年 7月 18日保藏于中国典型培养物保藏中心(CCTCC), 地址: 中国武汉市武汉大 学, 其保藏编号为 CCTCCNO: M 2011258ο

二、 活性代谢产物 Spiro-IndimycinA-D的分离和制备

1、 培养基 (种子培养和发酵培养基): 每升含有淀粉 10 g, 酵母粉 5g, 蛋 白胨 4g, CaC0 3 2g, 海盐 30g, 余量为水, pH7.2。 121°C, 灭菌 30 min;

2、 发酵

2.1、 种子培养: 将培养皿上活化的链霉菌 (Streptomyces sp.) SCSIO 03032 的单菌落分别接入 18瓶, 每瓶含有 50 mL培养基的 250 mL的锥形培养瓶中, 28。C, 200 rmin" 1 , 培养 48 h, 制得种子液 900mL。

2.2、 发酵培养: 将种子液以 10%的接种量 (体积百分比) 接入到 9 L发酵 培养基 (置于 250 mL的锥形培养瓶, 每瓶含有 50ml培养基, 共 180瓶) 中, 28 °C, 200 rmin 1 , 振荡培养 120 h, 得到 9 L发酵培养物。

3、 萃取: 发酵培养物先进行离心分离 (3500 min- 1 , 8min), 得到 9L体积 的上清液 (发酵液) 和菌丝体。 发酵液经大孔树脂 XAD16固相萃取, 后用丙酮 洗脱大孔树脂 3次,洗脱液回收丙酮后剩余的水混合液用乙 乙酯萃取 3次, 乙 酸乙酯层经蒸馏浓縮后得到上清液提取物 -浸膏 A (4.1 g); 菌丝体用 2L丙酮在 室温下浸提 3次, 每次 3小时, 合并提取液, 减压回收丙酮后剩余水混合液用 6L乙酸乙酯萃取, 乙酸乙酯层减压蒸馏得菌丝体提取物一浸膏 B (0.9 g)。

4、 活性化合物的提取分离和鉴定

4.1化合物 Spiro-IndimycinA-D的提取分离和鉴定: 分别取少量浸膏 A和浸 膏 B的样品溶于 100 μΐ 甲醇中, 离心取上清 10 μ1, 经 HPLC进样检测, 表明, 浸膏 Α中含有化合物 1 (1)和 2 (2), 浸膏 B中含有化合物 3 (3)和 4 (4) (图 3), 将浸膏 A和浸膏 B合并。 将该合并的粗提物经硅胶柱 (300-400目) 层析, 用氯仿 /甲醇作为洗脱剂, 从体积比 100:0〜0:100进行梯度洗脱, 收集氯仿 /甲醇 体积比 95:5梯度洗脱下来的馏分 Fr.l(3.03g), 蒸干, 经 ODS反相中压液相色谱 (YMC*GEL ODS-A球型填料, 120A孔径, 50um粒径, 240x4.0 cml.D.), 流 速为 25 ml/min, 用水 /甲醇作为洗脱剂, 从体积比 100:0〜0:100进行梯度洗脱, 收集水 /甲醇体积比 30: 70梯度洗脱下来的馏分 Fr.l-l(1.57 g), 再过 LH-20凝胶 柱 (2.5*100 cm), 以氯仿 /甲醇体积比 1:1作为流动相洗脱, 流速为 lml/min, 每 100ml收集合并为一份, 顺序得到 Fr.l-1-Α— G 7份样品, 其中 Fr.l-1-C (331 mg), Fr.l-1-D (626 mg), Fr.l-l-E (27 mg)。 Fr.l-l-C用氯仿 /丙酮体积比为 9: 1 作为展开剂, 经过薄层制备, 刮取 Rf值为 0.8的条带, 乙酸乙酯洗脱得到化合 物 2 (18.0 mg) (Spiro-lndimycin B); 刮取 Rf值为 0.6的条带, 乙酸乙酯洗脱得 到化合物 1(5.0 mg) (Spiro-lndimycin A); Fr.l-1-D用石油醚 /乙酸乙酯体积比为 40:60作为展开剂, 经过薄层制备, 刮取 Rf值为 0.8的条带, 乙酸乙酯洗脱得到 化合物 3 (22.0 mg) (Spiro-lndimycin C); Fr.l-1-Ε用石油醚 /乙酸乙酯体积比为 50:50作为展开剂, 经过薄层制备, 刮取 Rf值为 0.8的条带, 乙酸乙酯洗脱得到 化合物 4(6.6 mg) ( Spiro-lndimycin D )。

通过结构分析, 对本发明的从链霉菌 (Streptomyces sp.) SCSIO 03032的发 酵培养物中制备得到的 4个化合物 1-4一化合物 Spiro-lndimycin A-D (式 (Π)) 对其进行鉴定, 其鉴定结果如下:

Spiro-lndimycin A Spiro-lndimycin B Spiro-lndimycin C Spiro-IndimycinD 式 (II)

化合物 1: 白色晶体, 其核磁数据归属如表 1所示, [c¾° +46.49 (c 0.15, MeOH ); UV (MeOH) λ ωαχ (log ε) 272 nm (4.05); 227 nm (4.40); IR (KBr) max 3443, 1725, 1229 cm— 1 ; 1H NMR (500 MHz, CD 3 OD) 见表 1, 13 C NMR (125 MHz, CD 3 OD) 见表 2。 高分辨质谱 HRESIMS m¾ C 24 H 15 C1 2 N 3 0 3 (实测值 [M-H]- 478.0353, 计算值为 478.0361), 不饱和度为 18。 化合物 1的氢谱显示有 2个甲 氧基 [δΗ 3.53 (3H,s), 4.00 (3H,s)], 7个芳香质子, 2个活泼氢 [δΗ 11.47 (1H, s), 12.20 (1H, brs)]。 13 C NMR和 DEPT NMR显示有 2个 羰基碳 [SC 159.6 (s), 160.3 (s)],13个季碳, 7个次甲基碳, 2个甲基碳。 化合物 1的氢谱 C谱与已知化合物 Lynamicin D相比 [Mc Arthur, K. A.; Mitchell, S. S.; Tsueng, G.; Rheingold, A.;

White, D. J.; Grodberg, J.; Lam, K. S.; Potts, B. C. Lynamicins A-E, chlorinated bisindole pyrrole antibiotics from a novel marine actinomycete, J Nat Prod, 2008, 71 , 1732-7.], 发现二者极其相似, 不同之处在于: 化合物 1 在分子式中少 2 个 氢,同时多一个不饱和度;化合物 1的碳谱中多 1个 sp 3 杂化季碳,同时 Lynamicin D中少一个 sp 2 杂化的季碳; 化合物 1中的 C-2'的化学位移明显偏向低场 (S c 169.2)。 根据以上的证据推测, 化合物 1的 C-3'和 C-5"相连接成环, 同时原 C-2' 与 C-3'间存在的共轭发生转移, 变为 C-2'与 Ν-Γ间的共轭。 以上推测通过化合物 1的 X-ray (图 4 )进一步证明。 且分子中存在的氯原子, 使得 X-ray可以清晰地 将化合物 1的绝对构型确定为 构型。 化合物 1的结构如式 (Π)所示, 命 名为 Spiro-Indimycin A

化合物 2: 白色晶体。 [a] 2Q D +169.2 ( c 0.67, MeOH ); UV (MeOH) ^ ax (log ε) 252 nm (4.77); 209 nm (4.66); IR (KBr) ^ ax 3418, 1695, 1284 cm- 负离子高分辨 质谱在 436.0602 处给出 [M-H]- 峰, (;计算值为 436.0620 结合碳谱、氢谱得出 该化合物的分子式为 C 23 H 16 C1 2 N 3 0 2 ,包含有 16个不饱和度。化合物的 1D NMR

( 1H NMR (500 MHz, CD 3 OD) 见表 1, 13 C NMR (125 MHz, CD 3 OD) 见表 2。 ) 提示氢谱中存在以下信号: 1个氮甲基 [δ Η 2.88 (1H, s) ], 1个氧甲基 [δ Η 3.36 (3Η, s) ],7个次甲基质子,1个亚甲基质子 [5 Ha 3.63 (1H, d, /=8.5 Hz) 和 δ ¾ 4.06 (1H, d, /=8.5 Hz)] 和 2个可交换的质子; 碳谱中存在以下信号: 1个羰基碳, 13个季 碳 (包括 12个 sp2杂化的季碳及 1个 sp3杂化的季碳), 7个次甲基碳, 1个亚 甲基碳, 1个氧甲基碳及 1个氮甲基碳。 比较化合物 2与已知化合物 Lynamicins A [McArthur, K. A.; Mitchell, S. S.; Tsueng, G.; Rheingold, A.; White, D. J.; Grodberg, J.; Lam, K. S.; Potts, B. C. Lynamicins A-E, chlorinated bisindole pyrrole antibiotics from a novel marine actinomycete, J Nat Prod, 2008, 71, 1732-7.] 的氢谱碳谱数据,发现二者相似,提示化合物 2 与化合物 Lynamicins A结构类 似, 也属于双吲哚类生物碱。 化合物 2 的氢谱中存在着两个 ABX 偶合体系 (H-57H-7VH-8'; Η-5ΎΗ-7 Η-8"), 与 Lynamicins A相似, 表明在化合物 2中存在 着两个 1, 2, 4-三取代苯环, 分别将其归属为 la和 lb (式 (ΙΠ))。 进一步, la 片段通过以下的 HMBC相关建立:从 H-5' 到 C-67C-77C-9';从 H-7'到 C-57C-9'; 从 H-8' to C-6VC-4 (以上相关同时表明氯在 C-6'位取代) 及从 H-2' 至 lj C-37C-47C-9'。 H-10'位的氮甲基质子 [δΗ 2.88 (s)] 到 C-2' [5C 64.3 (t)]禾 B C-9' [5C 151.9 (s)] 的 HMBC 相关把这个氮甲基定位到 la片段的 N-l'。 lb片段通过 下列 HMBC得到:从 H-5" 到 C-3'7C-7'7C-6'7C-9",从 H-7" 到 C-5'7C-6'7, 和 从 H-8" 到 C-3"/C-5"/C-4"/C-6"/C-9" lc 片段由下列 HMBC 相关: H-2 到 C-3/C-4/C-5及 H-2/NH-1的 COSY相关得到。除此,从 H-2到 C-3" 的弱的 HMBC 相关提示甲氧酰基在 C-5位取代。与已知化合物 Lynamicins A不同的是,化合物 2形成一个罕见的 5/5螺环, 关键的 HMBC相关: H-2' [δΗ 3.63 (d)] 到 C-3 [5C 140.1 (s)], H-2' [δΗ 4.06 (d)] 到 C-2" [5C 154.5 (s)] 及 H-2 [δΗ 6.91 (d)] 到 C-3" [5C 112.1 (s)] 支持螺环结构的形成。以上对化合物 2的结构推测被 X-ray (图 5 ) 进一步证明, 且分子中存在的氯原子, 使得 X-ray可以清晰地将化合物 2 C-3'的 绝对构型确定为 R 构型。化合物 2的结构如式(Π)所示,命名为 Spiro-Indimycin B。

式 απ)

化合物 3 : 白色固体, 其核磁数据归属如表 1所示。 [0¾° +174.1 ( c 0.31, MeOH ); UV (MeOH) ^ (log ε) 251 nm (4.44); 210 nm (4.63); IR (KBr) l max 3417, 1701, 1285 cm— 1 ; 1H NMR (500 MHz, CD 3 OD) 见表 1, 13 C NMR (125 MHz, CD 3 OD) 见表 2。 HRESIMS m ¾ [M-H]- 422.0499 (calcd for C 22 H 14 C1 2 N 3 0 2 422.0463), 其分 子式与化合物 2相差一个甲基, 仔细分析 H-谱, C-谱, HSQC 及 HMBC 谱, 得出化合物 3是化合物 2缺失 Γ-Ν甲基的同系物, 其结构如式(Π)所示, 命名 为 Spiro-Indimycin C。 化合物 4: 白色固体, 其核磁数据归属如表 1所示。 [0¾° +100.5 ( c 0.40, MeOH ); UV (MeOH) ^ ax (ε) 266 nm (4.23); 243 nm (26373); 208 nm (4.48); IR (KBr) ^ 3307, 1718, 1268 cm— 1 ; 1H NMR (500 MHz, CD 3 OD) 见表 1, 13 C NMR (125 MHz, CD 3 OD) 见表 2。 HRESIMS m/z [M-H]- 494.0661, (calcd for C 25 H 18 C1 2 N 3 0 4 , 494.0674) 将化合物 4 的氢谱和碳谱与化合物 2相比, 发现比化 合物 2多一个甲酯基团,还发现 2中的 C-2位的 sp 2 杂化的次甲基碳 [δΗ 6.91 (d, J = 3.0 Hz, H-2); 5C 110.3 (d,C-2)]被 sp 2 杂化的季碳 [SC 111.5 (s,C-2)]所取代, 这说 明化合物 4是化合物 2的 2位甲酯取代结构类似物, 其结构如式 (Π) 所示, 命 名为 Spiro-Indimycin D。

表 1 : : 化合物 1-4的 iH-NMR核磁数据归属(数据于 500MHz 3 Ufl定, 括号中为偶合常数 (Hz) )

No. l a 2 b 3 b 4 b

NH 12.20(s) 8.88 (brs) 8.78 (s) 8.52 (s)

2 6.92 (d, 3.0) 6.91 (d, 2.5)

7 3.36 (s) 3.61 (s) 3.66 (s) 4.09 (s)

9 3.92 (s) 3.67 (s)

2' 8.04 (s) 3.64 (d, 8.5); 4.07 (d, 8.5) 3.76 (d, 9.0); 4.45 (d, 9.0) 3.61 (d, 8.5); 4.07 (d, 8.5)

5' 6.97 (d, 6.54 (d, 2.0) 6.57 (d, 2.0) 6.53 (s)

2.0)

7' 7.41(dd, 7.07 (dd, 2.0, 8.5) 7.04 (dd, 2.0, 8.5) 7.09 (d, 8.0)

2.0, 8.0)

8' 7.62 (d, 6.57 (d, 8.5) 6.76 (d, 8.5) 6.61 (d, 8.0)

8.0)

10' 2.88 (s) 2.89 (s)

NH 11.47 8.45 (br s) 8.55 (s)

(s)

2" 8.08 (d,

2.0)

5" 7.62 (d, 1.5) 7.63 (d, 2.0) 8.12 (s)

7" 7.35 (d, 7.06 (dd, 1.5, 9.0) 7.09 (dd, 2.0, 8.8) 7.13 (dd, 2.0, 8.5)

8.5)

8" 6.98 (d, 7.15 (d, 9.0) 7.19 (d, 8.8) 7.17 (d, 8.5)

8.5)

样品溶于 DMSO检测; b 样品溶于 CDC1 3 检测

表 2·· 化合物 1-4的 13 C-NMR核磁数据归属 (数据于 125MHz测定)

No. l a 2 b 3 b 4 b

2 116.1 s* 110.3 d 110.1 d 114.0 s* 3 122.2 s 127.2 s 127.0 s 119.8 s

4 116.2 s 140.1 s 141.0 s 139.5 s

5 123.6 s* 116.7 s 116.7 s 111.5 s*

6 159.6 s 160.5 s 160.4 s 159.7 s

7 51.3 q 51.1 q 51.4 q 51.7 q

8 160.3 s 160.8 s

9 51.5 q 52.0 q

2' 169.2 d 64.3 t 56.3 t 63.8 t

3' 61.2 s 51.8 s 53.3 s 51.5 s

4' 147.2 s 134.2 s 133.6 s 133.2 s

5' 122.6 d 123.1 d 123.4 d 122.9 d

6' 130.5 s 123.5 s 124.7 s 123.6 s

7' 127.9 d 128.2 d 128.3 d 128.5 d

8' 121.4 d 108.9 d 111.6 d 109.3 d

9' 157.5 s 151.9 s 149.7 s 151.9 s

10' 36.6 q 36.6 q

2" 123.5 d 154.5 s 154.5 s 156.8 s

3" 105.5 s 112.1 s 112.3 s 132.3 s

4" 133.4 s 121.8 s 121.8 s 122.5 s

5" 120.7 s 118.9 d 118.9 d 120.6 d

6" 120.7 s 125.9 s 126.0 s 126.4 s

7" 112.5 d 121.5 d 121.6 d 122.3 d

8" 125.7 d 113.1 d 113.1 d 112.9 d

9" 127.2 s 137.8 s 137.8 s 138.2 s

样品溶于 DMSO检测; b 样品溶于 CDC1 3 检测

实施例 3 : Spiro-Indimycin A-D的细胞毒活性测定

Spiro-Indimycin A-D针对七种肿瘤细胞株: 人乳腺癌 MCF-7细胞, 人胰腺 癌 1990, 人肝癌细胞 HepG2, 人宫颈癌 Hale, 人黑色素瘤 B16细胞, 人肺癌 H460细胞和人急性淋巴细胞白血病 T淋巴细胞 CCRF-CEM进行了活性测定, 实验方法参考文献 [Wu, Z. C; Li, D. L.; Chen, Y. C; Zhang, W. M., A new isofliranonaphthalenone and benzopyrans from the endophytic fungus Nodulisporium sp. A4 from Aquilaria sinensis. Helv. Chim. Acta 2010, 93, (5), 920-924.] , 以 Staurosporine作为对照。

其结果如表 3所示,结果表明 Spiro-Indimycin A-D有选择性细胞毒活性,其 中 Spiro-Indimycin B对人黑色素瘤 B16细胞、人肺癌 H460细胞和人急性淋巴细 胞白血病 T淋巴细胞 CCRF-CEM的 IC 50 分别是 11 μΜ 、 36.6 μΜ禾卩 4.5μΜ, 而对其它受试细胞株无明显生长抑制活性; Spiro-Indimycin C 对人肝癌细胞 HepG2和人肺癌 H460细胞的 IC 5Q 分别是 14.1 μΜ和 35.4μΜ, 而对其它受试细 胞株无明显生长抑制活性; Spiro-Indimycin D对人肝癌细胞 HepG2, 人黑色素瘤 B16细胞和人肺癌 H460细胞的 IC 50 分别是 44.4μΜ、 40.4 μΜ 禾卩 36.3 μΜ, 而 对其它受试细胞株无明显生长抑制活性; Spiro-Indimycin Α对人急性淋巴细胞白 血病 T淋巴细胞 CCRF-CEM的 IC 5Q 为 44.4μΜ,对其它受试细胞株无明显生长 抑制活性;与阳性对照 Staurosporine相比, Spiro-Indimycin A-D对所测的七种细 胞的表现为选择性的抑制作用, 且其活性较强, 通过生物工程或化学修饰可望开 发成为抗肿瘤新药。

表 3: Spiro-Indimycin A-D的细胞毒性 if M定 样品 IC 50 ( M)

MCF-7 1990 HepG2 Hale B16 H460 CCRF-CEM

Spiro -Indimycin - - - - - - 44.4μΜ

A

Spiro -Indimycin - - - - 11.4 36.6 4.5

B

Spiro -Indimycin - - 14.1 - - 35.4 - C

Spiro-Indimycin - 44.4 40.4 36.3

D

Staurosporine 17.1 32.1 17.1 17.1 4.29 17.1 10.7 注: - IC5 0 >100 g/ml

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