L'invention concerne également l'utilisation de la séquence génomique et/ou des séquences nucléotidiques et/ou polypeptidiques décrites dans la présente invention pour l'analyse de l'expression de gènes, et l'identification de gènes homologues chez des espèces proches de Lactococcus lactis.

L'invention concerne également différents outils qui permettent d'identifier la présence de Lactococcus lactis ou d'espèces avoisinantes dans des échantillons biologiques.

Par ailleurs, l'invention concerne également des souches de Lactococcus lactis ou d'espèces proches de Lactococcus lactis, modifiées par mutagenèse et/ou introduction de gènes spécifiques de L. lactis, afin d'augmenter les propriétés industrielles desdites souches.

Lactococcus lactis est une bactérie gram positive à bas GC%, catalase négative, asporogène et anaérobie facultative. Elle est membre du groupe des Streptococceae auquel appartient aussi entre autre les bactéries des genres Enterococcus, Streptococcus, Leuconostoc, Pediococcus. De nombreuses souches de ces genres sont utilisées dans l'industrie alimentaire, mais aussi dans des fabrications spécialisées. Lactococcus est l'une des bactéries les mieux caractérisées de ce groupe, tant au niveau métabolique que génétique. Ces bactéries produisent

principalement du lactate à partir des sucres lors des fermentation alimentaires et sont donc couramment nommées"bactéries lactiques". Les bactéries lactiques sont en général non pathogènes et sont ajoutées comme ferments pour la production d'aliments fermentés. En particulier, L. lactis est utilisé comme ferment pour la production de fromages, de beurre et de nombreux autres produits laitiers. Les souches de L. lactis sont en général capables de pousser rapidement dans le lait.

Cette propriété est conférée entre autre par leur capacité à utiliser le lactose comme source de sucre et les protéines du lait comme source d'acides aminés. Ces gènes sont portés par des plasmides dont la perte provoque un chute de la vitesse de croissance des souches dans le lait.

L'importance de L. lactis pour l'industrie a suscité de nombreuses études en particulier durant ces 15 dernières années. Cela a conduit à la construction de nombreux outils d'étude et de modification génétique pour cette bactérie. Ces études ont aussi permis d'accumuler de nombreuses connaissances sur sa génétique et sa physiologie. La plupart de ces études furent conduites sur deux groupes de souches dont les représentants de laboratoire les plus connus sont les souches IL1403 et MG1363. Ces deux souches sont génétiquement représentatives des deux principales sous espèces utilisées dans l'industrie, L. lactis subsp. lactis et subsp. cremoris.

Une étude décrivant la variabilité génétique au sein de l'espèce L. lactis a été publiée (Tailliez et al, System. Appl. Microbiol., 21 : 530-538,1998). Elle révèle que les souches industrielles peuvent tre réparties en 3 groupes. La souche IL1403 (déposée à la CNCM sous le numéro I-2438) dont la séquence est un objet de la présente invention appartient au groupe de souches le plus représenté.

De nombreuses études ont été réalisées pour comprendre le métabolisme et la physiologie des lactocoques dans le but d'améliorer leur utilisation dans l'industrie et de développer de nouvelles applications. Ces études ont permis, entre autre de développer des applications permettant l'accélération de l'affinage, la production

d'arôme ou la résistance aux phages. Il a été aussi mis au point des procédés biotechnologiques permettant de produire avantageusement des produits tel la L- alanine.

La recherche actuelle cherche donc à maîtriser et améliorer les performances des bactéries lactiques pour optimiser les transformations agroalimentaires, en particulier la fabrication des yaourts et des fromages.

A titre d'exemple, le goût de noisette du beurre, le goût frais des fromages blancs est apporté par le diacétyle, molécule produite par les bactéries lactiques. Or, l'addition de diacétyle est interdite en France. Il serait par conséquent intéressant d'utiliser des souches naturellement ou artificiellement surproductrices de diacétyle pour obtenir des produits ayant un goût plus typé.

Les bactéries lactiques sécrètent des enzymes et autres protéines qui contribuent aux qualités organoleptiques (texture et arôme) des fromages. La connaissance des mécanismes facilitant la sécrétion devrait permettre d'accélérer l'affinage ou de faire produire par les bactéries des molécules intéressantes : enzymes digestives, antigènes pour la fabrication de vaccins...

On estime que 10% de la fabrication fromagère est perdue ou fortement déclassée du fait de l'attaque par des phages. Si on comprenait les raisons de la résistance de certaines bactéries, on pourrait améliorer la survie des ferments utilisés par l'industrie.

L'ensemble des études menées sur L. lactis a conduit à la publication de 420 séquences dans GenBank correspondant à 1317 peptides traduits. Ces séquences sont largement redondantes par le fait que de nombreux gènes ont été séquencés plusieurs fois dans des souches différentes. De plus, de nombreuses séquences correspondent à une information p ! asmidique. H en découle que ces séquences correspondent à environ 500 gènes chromosomiques chez L. lactis, ce qui représente entre un cinquième et un quart du génome.

Un certain nombre d'approches a été utilisé pour identifier des gènes de L. lactis. Une première approche consiste à isoler dans un premier temps des mutants

affectés dans une fonction, et de rechercher par la suite des fragments d'ADN qui permettent de restaurer cette fonction (Renault, P et al. 1989. Product of the Lactococcus lactis gene required for malolactic fermentation is homologous to a family of positive regulators. J. Bacteriol., no. 171 : 3108-14) Une deuxième approche est de complémenter des mutants d'autres bactéries comme E. coli ou B. subtilis pour un gène de fonction connue (Bardowski, J., S. D. Ehrlich, and A.

Chopin. 1992. Tryptophan biosynthesis genes in Lactococcus lactis subsp. lactis.

J. Bacteriol. 174 : 6563-70.). Une troisième approche est de rechercher des mutants obtenus par insertion de transposons ou de plasmides portant des courtes séquences homologues, ce qui permet ensuite de caractériser le ou les gènes inactivés en clonant des fragments adjacents (Rallu, F., A. Gruss, and E. Maguin. 1996.

Lactococcus lactis and stress. Antonie Van Leeuwenhoek 70, no. 2-4 : 243-51) Des approches génomiques permettent aussi de définir des segments de gènes qui sont conservés dans différents organismes, et d'en déduire des amorces dont l'utilisation en PCR permet d'amplifier et d'isoler un fragment d'un gène connu par ailleurs (Duwat, P., S. D. Ehrlich, and A. Gruss. 1995. The recA gene of Lactococcus lactis : characterization and involvement in oxidative and thermal stress. Molecular Microbiology 17 : 1121-31). Différentes variantes de ces techniques existent et peuvent tre utilisées avantageusement.

L'étude de Lactococcus lactis demande de nouvelles approches, en particulier génétiques, afin d'améliorer la compréhension des différentes voies métaboliques de cet organisme.

Ainsi, c'est un objet de la présente invention que de divulguer la séquence complète du génome de Lactococcus lactis IL1403 ainsi que de tous les gènes contenus dans cedit génome.

En effet, la connaissance du génome de cet organisme permet de mieux définir les interactions entre les différents gènes, les différentes protéines, et par là-mme, les différentes voies métaboliques. En effet, et contrairement à la divulgation de séquences isolées, la séquence génomique complète d'un organisme forme un tout, permettant d'obtenir immédiatement toutes les

informations nécessaires à cet organisme pour croître et fonctionner.

La présente invention concerne donc une séquence nucléotidique de Lactococcus lactis caractérisée en ce qu'elle correspond à SEQ ID N° 1.

La présente invention concerne également une séquence nucléotidique de Lactococcus lactis caractérisée en ce qu'elle est choisie parmi : a) une séquence nucléotidique comportant au moins 80 %, 85 %, 90 %, 95 % ou 98 % d'identité avec SEQ ID N° I ; b) une séquence nucléotidique hybridant dans des conditions de forte stringence avec SEQ ID N° 1 ; c) une séquence nucléotidique complémentaire de SEQ ID N° 1 ou complémentaire d'une séquence nucléotidique telle que définie en a), ou b), ou une séquence nucléotidique de l'ARN correspondant ; d) une séquence nucléotidique de fragment représentatif de SEQ ID N° 1, ou de fragment représentatif d'une séquence nucléotidique telle que définie en a), b) ou c) ; e) une séquence nucléotidique comprenant une séquence telle que définie en a), b), c) ou d) ; et f) une séquence nucléotidique modifiée d'une séquence nucléotidique telle que définie en a), b), c), d) ou e).

De façon plus particulière, la présente invention a également pour objet les séquences nucléotidiques caractérisées en ce qu'elles sont issues de SEQ ID N° 1 et en ce qu'elles codent pour un polypeptide choisi parmi les séquences SEQ ID N° 2 à SEQ ID N° 2323.

De plus, les séquences nucléotidiques caractérisées en ce qu'elles comprennent une séquence nucléotidique choisie parmi : a) une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide choisi parmi les séquences SEQ ID N° 2 à SEQ ID N° 2323 ; b) une séquence nucléotidique comportant au moins 80 %, 85 %, 90 %,

95 % ou 98 % d'identité avec une séquence nucléotidique codant pour un polypeptide choisi parmi les séquences SEQ ID N° 2 à SEQ ID N° 2323 ; c) une séquence nucléotidique s'hybridant dans des conditions de forte stringence avec une séquence nucléotidique codant pour un polypetide choisi parmi les séquences SEQ ID N° 2 à SEQ ID N° 2323 ; d) une séquence nucléotidique complémentaire ou d'ARN correspondant à une séquence telle que définie en a), b) ou c) ; e) une séquence nucléotidique de fragment représentatif d'une séquence telle que définie en a), b), c) ou d) ; et f) une séquence nucléotidique modifiée d'une séquence telle que définie en a), b), c), d) ou e), sont également des objets de l'invention.

Par acide nucléique, séquence nucléique ou d'acide nucléique, polynucléotide, oligonucléotide, séquence de polynucléotide, séquence nucléotidique, termes qui seront employés indifféremment dans la présente description, on entend désigner un enchaînement précis de nucléotides, modifiés ou non, permettant de définir un fragment ou une région d'un acide nucléique, comportant ou non des nucléotides non naturels, et pouvant correspondre aussi bien à un ADN double brin, un ADN simple brin que des produits de transcription desdits ADNs. Ainsi, les séquences nucléiques selon l'invention englobent également les PNA (Peptid Nucleic Acid), ou analogues.

Il doit tre compris que la présente invention ne concerne pas les séquences nucléotidiques dans leur environnement chromosomique naturel, c'est-à-dire à l'état naturel. Il s'agit de séquences qui ont été isolées et/ou purifiées, c'est-à-dire qu'elles ont été prélevées directement ou indirectement, par exemple par copie, leur environnement ayant été au moins partiellement modifié. On entend ainsi également désigner les acides nucléiques obtenus par synthèse chimique.

Par « pourcentage d'identité » entre deux séquences d'acides nucléiques ou d'acides aminés au sens de la présente invention, on entend désigner un pourcentage de nucléotides ou de résidus d'acides aminés identiques entre les deux séquences à comparer, obtenu après le meilleur alignement, ce pourcentage étant purement statistique et les différences entre les deux séquences étant réparties au hasard et sur toute leur longueur. On entend désigner par"meilleur alignement"ou"alignement optimal", l'alignement pour lequel le pourcentage d'identité déterminé comme ci- après est le plus élevé. Les comparaisons de séquences entre deux séquences d'acides nucléiques ou d'acides aminés sont traditionnellement réalisées en comparant ces séquences après les avoir alignées de manière optimale, ladite comparaison étant réalisée par segment ou par « fentre de comparaison » pour identifier et comparer les régions locales de similarité de séquence. L'alignement optimal des séquences pour la comparaison peut tre réalisé, outre manuellement, au moyen de l'algorithme d'homologie locale de Smith et Waterman (1981, Ad. App.

Math. 2 : 482), au moyen de l'algorithme d'homologie locale de Neddleman et Wunsch (1970, J. Mol. Biol. 48 : 443), au moyen de la méthode de recherche de similarité de Pearson et Lipman (1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85 : 2444), au moyen de logiciels informatiques utilisant ces algorithmes (GAP, BESTFIT, BLAST P, BLAST N, FASTA et TFASTA dans le Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group, 575 Science Dr., Madison, WI). Afin d'obtenir l'alignement optimal, on utilise de préférence le programme BLAST, avec la matrice BLOSUM 62. On peut également utiliser les matrices PAM ou PAM250.

Le pourcentage d'identité entre deux séquences d'acides nucléiques ou d'acides aminés est déterminé en comparant ces deux séquences alignées de manière optimale dans laquelle la séquence d'acides nucléiques ou d'acides aminés à comparer peut comprendre des additions ou des délétions par rapport à la séquence de référence pour un alignement optimal entre ces deux séquences. Le pourcentage d'identité est calculé en déterminant le nombre de positions identiques pour lesquelles le nucléotide ou le résidu d'acide aminé est identique entre les deux

séquences, en divisant ce nombre de positions identiques par le nombre total de positions comparées et en multipliant le résultat obtenu par 100 pour obtenir le pourcentage d'identité entre ces deux séquences.

Par séquences nucléiques présentant un pourcentage d'identité d'au moins 80 %, de préférence 85 % ou 90 %, de façon plus préférée 95 % voire 98 %, après alignement optimal avec une séquence de référence, on entend désigner les séquences nucléiques présentant, par rapport à la séquence nucléique de référence, certaines modifications comme en particulier une délétion, une troncation, un allongement, une fusion chimérique et/ou une substitution, notamment ponctuelle, et dont la séquence nucléique présente au moins 80 %, de préférence 85 %, 90 %, 95 % ou 98 %, d'identité après alignement optimal avec la séquence nucléique de référence. Il s'agit de préférence de séquences dont les séquences complémentaires sont susceptibles de s'hybrider spécifiquement avec les séquences de référence. De préférence, les conditions d'hybridation spécifiques ou de forte stringence seront telles qu'elles assurent au moins 80 %, de préférence 85 %, 90 %, 95 % ou 98 % d'identité après alignement optimal entre l'une des deux séquences et la séquence complémentaire de l'autre.

Une hybridation dans des conditions de forte stringence signifie que les conditions de température et de force ionique sont choisies de telle manière qu'elles permettent le maintien de l'hybridation entre deux fragments d'ADN complémentaires. A titre illustratif, des conditions de forte stringence de l'étape d'hybridation aux fins de définir les fragments polynucléotidiques décrits ci-dessus, sont avantageusement les suivantes.

L'hybridation ADN-ADN ou ADN-ARN est réalisée en deux étapes : (1) préhybridation à 42°C pendant 3 heures en tampon phosphate (20 mM, pH 7,5) contenant 5 x SSC (1 x SSC correspond à une solution 0,15 M NaCI + 0,015 M citrate de sodium), 50 % de formamide, 7 % de sodium dodécyl sulfate (SDS), 10 x Denhardt's, 5 % de dextran sulfate et 1 % d'ADN de sperme de saumon ; (2) hybridation proprement dite pendant 20 heures à une température dépendant de la

taille de la sonde (i. e. : 42°C, pour une sonde de taille > 100 nucléotides) suivie de 2 lavages de 20 minutes à 20°C en 2 x SSC + 2 % SDS, 1 lavage de 20 minutes à 20°C en 0,1 x SSC + 0,1 % SDS. Le dernier lavage est pratiqué en 0,1 x SSC + 0,1 % SDS pendant 30 minutes à 60°C pour une sonde de taille > 100 nucléotides.

Les conditions d'hybridation de forte stringence décrites ci-dessus pour un polynucléotide de taille définie, peuvent tre adaptées par l'homme du métier pour des oligonucléotides de taille plus grande ou plus petite, selon l'enseignement de Sambrook et al., (1989, Molecular cloning : a laboratory manual. 2' Ed. Cold Spring Harbor).

De plus, par fragment représentatif de séquences selon l'invention, on entend désigner tout fragment nucléotidique présentant au moins 15 nucléotides, de préférence au moins 30,75, 150,300 et 450 nucléotides consécutifs de la séquence dont il est issu.

Par fragment représentatif, on entend en particulier une séquence nucléique codant pour un fragment biologiquement actif d'un polypeptide, tel que défini plus loin.

Par fragment représentatif, on entend également les séquences intergéniques, et en particulier les séquences nucléotidiques portant les signaux de régulation (promoteurs, terminateurs, voire enhancers...).

Parmi lesdits fragments représentatifs, on préfère ceux ayant des séquences nucléotidiques correspondant à des cadres ouverts de lecture, dénommés séquences ORFs (ORF pour « Open Reading Frame »), compris en général entre un codon d'initiation et un codon stop, ou entre deux codons stop, et codant pour des polypeptides, de préférence d'au moins 100 acides aminés, tel que par exemple, sans s'y limiter, les séquences ORFs qui seront décrites par la suite.

La numérotation des séquences nucléotidiques ORFs qui sera utilisée par la suite dans la présente description correspond à la numérotation des séquences d'acides aminés des protéines codées par lesdites ORFs.

Ainsi, les séquences nucléotidiques ORF2, ORF3..., ORF2322 et ORF2323 codent respectivement pour les protéines de séquences d'acides aminés SEQ ID N° 2, SEQ ID N° 3..., SEQ ID N° 2322 et SEQ ID N° 2323 figurant dans la liste de séquences de la présente invention. Les séquences nucléotidiques détaillées des séquences ORF2, ORF3..., ORF2322 et ORF2323 sont déterminées par leur position respective sur la séquence génomique SEQ ID N° 1. Le tableau 1 fournit les coordonnées des différentes ORFs par rapport à la séquence nucléotidique SEQ ID N° 1, en donnant le nucléotide de départ, le nucléotide de fin d'ORF, ainsi que le nucléotide estimé pour lequel la protéine débute.

Ainsi, ORF N° 2 s'étend du nucléotide 349 au nucléotide 1722, la protéine SEQ ID N° 2 s'étendant quant à elle du nucléotide 358 au nucléotide 1722. De mme, OFRN° 6 s'étend du nucléotide 10283 au nucléotide 10846, la protéine débutant au nucléotide 10837, car elle est située sur le brin complémentaire. Ainsi, à la lecture du Tableau I, on voit bien que ORF N° 6 est la séquence complémentaire s'étendant entre les nucléotides 10283 et 10846, extrémités comprises, de la séquence SEQ ID N° 1.

Les fragments représentatifs selon l'invention peuvent tre obtenus par exemple par amplification spécifique telle que la PCR ou après digestion par des enzymes de restriction appropriés de séquences nucléotidiques selon l'invention, cette méthode étant décrite en particulier dans l'ouvrage de Sambrook et al..

Lesdits fragments représentatifs peuvent également tre obtenus par synthèse chimique lors que leur taille n'est pas trop importante, selon des méthodes bien connues de l'homme du métier.

Parmi les séquences contenant des séquences de l'invention, ou des fragments représentatifs, on entend également les séquences qui sont naturellement encadrées par des séquences qui présentent au moins 80 %, 85 %, 90 %, 95 % ou 98 % d'identité avec les séquences selon l'invention.

Par séquence nucléotidique modifiée, on entend toute séquence

nucléotidique obtenue par mutagénèse selon des techniques bien connues de l'homme du métier, et comportant des modifications par rapport aux séquences normales, par exemple des mutations dans les séquences régulatrices et/ou promotrices de l'expression du polypeptide, notamment conduisant à une modification du taux d'expression ou de l'activité dudit polypeptide.

Par séquence nucléotidique modifiée, on entend également toute séquence nucléotidique codant pour un polypeptide modifié tel que définit ci- après.

Les fragments représentatifs selon l'invention peuvent également tre des sondes ou amorces, qui peuvent tre utilisées dans des procédés de détection, d'identification, de dosage ou d'amplification de séquences nucléiques.

Une sonde ou amorce se définit, au sens de l'invention, comme étant un fragment d'acides nucléiques simple brin ou un fragment double brin dénaturé comprenant par exemple de 12 bases à quelques kb, notamment de 15 à quelques centaines de bases, de préférence de 15 à 50 ou 100 bases, et possédant une spécificité d'hybridation dans des conditions déterminées pour former un complexe d'hybridation avec un acide nucléique cible.

Les sondes et amorces selon l'invention peuvent tre marquées directement ou indirectement par un composé radioactif ou non radioactif par des méthodes bien connues de l'homme du métier, afin d'obtenir un signal détectable et/ou quantifiable.

Les séquences de polynucléotides selon l'invention non marquées peuvent tre utilisées directement comme sonde ou amorce.

Les séquences sont généralement marquées pour obtenir des séquences utilisables pour de nombreuses applications. Le marquage des amorces ou des sondes selon l'invention est réalisé par des éléments radioactifs ou par des molécules non radioactives.

Parmi les isotopes radioactifs utilisés, on peut citer le 32p, le 33P, le 35S, le 3H ou lue 121,. Les entités non radioactives sont sélectionnées parmi les ligands tels la

biotine, l'avidine, la streptavidine, la dioxygénine, les haptènes, les colorants, les agents luminescents tels que les agents radioluminescents, chémoluminescents, bioluminescents, fluorescents, phosphorescents.

Les polynucléotides selon l'invention peuvent ainsi tre utilisés comme amorce et/ou sonde dans des procédés mettant en oeuvre notamment la technique de PCR (amplification en chaîne par polymérase) (Rolfs et al., 1991, Berlin : Springer-Verlag). Cette technique nécessite le choix de paires d'amorces oligonucléotidiques encadrant le fragment qui doit tre amplifié. On peut, par exemple, se référer à la technique décrite dans le brevet américain U. S. N° 4,683, 202. Les fragments amplifiés peuvent tre identifiés, par exemple après une électrophorèse en gel d'agarose ou de polyacrylamide, ou après une technique chromatographique comme la filtration sur gel ou la chromatographie échangeuse d'ions, puis séquencés. La spécificité de l'amplification peut tre contrôlée en utilisant comme amorce les séquences nucléotidiques de polynucléotides de l'invention comme matrice, des plasmides contenant ces séquences ou encore les produits d'amplification dérivés. Les fragments nucléotidiques amplifiés peuvent tre utilisés comme réactifs dans des réactions d'hybridation afin de mettre en évidence la présence, dans un échantillon biologique, d'un acide nucléique cible de séquence complémentaire à celle desdits fragments nucléotidiques amplifiés.

L'invention vise également les acides nucléiques susceptibles d'tre obtenus par amplification à l'aide d'amorces selon l'invention.

D'autres techniques d'amplification de l'acide nucléique cible peuvent tre avantageusement employées comme alternative à la PCR (PCR-like) à l'aide de couple d'amorces de séquences nucléotidiques selon l'invention. Par PCR-like on entend désigner toutes les méthodes mettant en oeuvre des reproductions directes ou indirectes des séquences d'acides nucléiques, ou bien dans lesquelles les systèmes de marquage ont été amplifiés, ces techniques sont bien entendu connues, en général il s'agit de l'amplification de l'ADN par une polymérase ; lorsque l'échantillon d'origine est un ARN il convient préalablement d'effectuer une transcription reverse.

Il existe actuellement de très nombreux procédés permettant cette amplification, comme par exemple la technique SDA (Strand Displacement Amplification) ou technique d'amplification à déplacement de brin (Walker et al., 1992, Nucleic Acids Res. 20 : 1691), la technique TAS (Transcription-based Amplification System) décrite par Kwoh et al. (1989, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 86,1173), la technique 3SR (Self-Sustained Sequence Replication) décrite par Guatelli et al. (1990, Proc.

Natl. Acad. Sci. USA 87 : 1874), la technique NASBA (Nucleic Acid Sequence Based Amplification) décrite par Kievitis et al. (1991, J. Virol. Methods, 35, 273), la technique TMA (Transcription Mediated Amplification), la technique LCR (Ligase Chain Reaction) décrite par Landegren et al. (1988, Science 241,1077), la technique de RCR (Repair Chain Reaction) décrite par Segev (1992, Kessler C.

Springer Verlag, Berlin, New-York, 197-205), la technique CPR (Cycling Probe Reaction) décrite par Duck et al. (1990, Biotechniques, 9,142), la technique d'amplification à la Q-béta-réplicase décrite par Miele et al. (1983, J. Mol. Biol., 171, 281). Certaines de ces techniques ont depuis été perfectionnées.

Dans le cas où le polynucléotide cible à détecter est un ARNm, on utilise avantageusement, préalablement à la mise en oeuvre d'une réaction d'amplification à l'aide des amorces selon l'invention ou à la mise en oeuvre d'un procédé de détection à l'aide des sondes de l'invention, une enzyme de type transcriptase inverse afin d'obtenir un ADNc à partir de l'ARNm contenu dans l'échantillon biologique. L'ADNc obtenu servira alors de cible pour les amorces ou les sondes mises en oeuvre dans le procédé d'amplification ou de détection selon l'invention.

La technique d'hybridation de sondes peut tre réalisée de manières diverses (Matthews et al., 1988, Anal. Biochem., 169,1-25). La méthode la plus générale consiste à immobiliser l'acide nucléique extrait des cellules de différents tissus ou de cellules en culture sur un support (tels que la nitrocellulose, le nylon, le polystyrène) et à incuber, dans des conditions bien définies, l'acide nucléique cible immobilisé avec la sonde. Après l'hybridation, l'excès de sonde est éliminé et les molécules hybrides formées sont détectées par la méthode appropriée (mesure de la

radioactivité, de la fluorescence ou de l'activité enzymatique liée à la sonde).

Selon un autre mode de mise en oeuvre des sondes nucléiques selon l'invention, ces dernières peuvent tre utilisées comme sondes de capture. Dans ce cas, une sonde, dite « sonde de capture », est immobilisée sur un support et sert à capturer par hybridation spécifique l'acide nucléique cible obtenu à partir de l'échantillon biologique à tester et l'acide nucléique cible est ensuite détecté grâce à une seconde sonde, dite « sonde de détection », marquée par un élément facilement détectable.

Parmi les fragments d'acides nucléiques intéressants, il faut ainsi citer en particulier les oligonucléotides anti-sens, c'est-à-dire dont la structure assure, par hybridation avec la séquence cible, une inhibition de l'expression du produit correspondant. Il faut également citer les oligonucléotides sens qui, par interaction avec des protéines impliquées dans la régulation de l'expression du produit correspondant, induiront soit une inhibition, soit une activation de cette expression.

De façon préférée, les sondes ou amorces selon l'invention sont immobilisées sur un support, de manière covalente ou non covalente. En particulier, le support peut tre une puce à ADN ou un filtre à haute densité, également objets de la présente invention.

On entend désigner par puce à ADN ou filtre haute densité, un support sur lequel sont fixées des séquences d'ADN, chacune d'entre elles pouvant tre repérée par sa localisation géographique. Ces puces ou filtres diffèrent principalement par leur taille, le matériau du support, et éventuellement le nombre de séquences d'ADN qui y sont fixées.

On peut fixer les sondes ou amorces selon la première invention sur des supports solides, en particulier les puces à ADN, par différents procédés de fabrication. En particulier, on peut effectuer une synthèse in situ par adressage photochimique ou par jet d'encre. D'autres techniques consistent à effectuer une synthèse ex situ et à fixer les sondes sur le support de la puce à ADN par adressage mécanique, électronique ou par jet d'encre. Ces différents procédés

sont bien connus de l'homme du métier.

Une séquence nucléotidique (sonde ou amorce) selon l'invention permet donc la détection et/ou l'amplification de séquences nucléiques spécifiques. En particulier, la détection de cesdites séquences est facilitée lorsque la sonde est fixée sur une puce à ADN, ou à un filtre haute densité.

L'utilisation de puces à ADN ou de filtres à haute densité permet en effet de déterminer l'expression de gènes dans un organisme présentant une séquence génomique proche de L. lactis IL1403.

La séquence génomique de L. lactis IL1403, complétée par l'identification de tous les gènes de cet organisme, telle que présentée dans la présente invention, sert de base à la construction de ces puces à ADN ou filtre.

La préparation de ces filtres ou puces consiste à synthétiser des oligonucléotides, correspondant aux extrémités 5'et 3'des gènes. Ces oligonucléotides sont choisis en utilisant la séquence génomique et ses annotations divulguées par la présente invention. La température d'appariement des ces oligonucléotides aux places correspondantes sur l'ADN doit tre approximativement la mme pour chaque oligonucleotide. Ceci permet de préparer des fragments d'ADN correspondants à chaque gène par l'utilisation de condition de PCR appropriées dans un environnement hautement automatisée. Les fragments amplifiés sont ensuite immobilisés sur des filtres ou des supports en verre, silicium ou polymères synthétiques et ces milieux sont utilisés pour l'hybridation.

La disponibilité de tels filtres et/ou puces et de la séquence génomique correspondante annotée permet d'étudier l'expression de grands ensembles, voire de la totalité des gènes dans les micro-organismes associés à Lactococcus lactis, en préparant les ADN complémentaires, et en les hybridant à l'ADN ou aux oligonucléotides immobilisés sur les filtres ou les puces. Egalement, les filtres et/ou les puces permettent d'étudier la variabilité des souches ou des espèces, en préparant l'ADN de ces organismes et en les hybridant à l'ADN ou aux oligonucléotides immobilisés sur les filtres ou les puces.

Les différences entre les séquences génomiques des différentes souches ou espèces peuvent grandement affecter l'intensité de l'hybridation et, par conséquent, perturber l'interprétation des résultats. Il peut donc tre nécessaire d'avoir la séquence précise des gènes de la souche que l'on souhaite étudier. La méthode de détection des gènes décrite plus loin en détail, impliquant la détermination de la séquence de fragments aléatoires d'un génome, et les organisant d'après la séquence du génome complet de Lactococcus lactis IL1403 divulgué dans la présente invention, peut tre très utile.

L'utilisation des filtres à haute densité et/ou des puces permet ainsi d'obtenir des connaissances nouvelles sur la régulation des gènes dans les organismes d'importance industrielle, et en particulier les bactéries lactiques propagées dans diverses conditions. Elle permet aussi une identification rapide des différences entre les génomes des souches utilisées dans de multiples applications industrielles.

En outre, une puce à ADN ou un filtre peut tre un outil extrmement intéressant pour la détermination, la détection et/ou l'identification d'un microorganisme. Ainsi, on préfère également les puces à ADN selon l'invention qui contiennent en outre au moins une séquence nucléotidique d'un microorganisme autre de Lactococcus lactis, immobilisée sur le support de ladite puce. De préférence, le microorganisme choisi l'est parmi les microorganismes associés à Lactococcus lactis, les bactéries du genre Lactococcus, ou les variants de Lactococcus lactis. Par bactérie associée à Lactococcus lactis, on entend, comme ceci a déjà été défini plus haut, les bactéries membres du groupe des Streptocoques.

Une puce à ADN ou un filtre selon l'invention est un élément très utile de certains kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de microorganismes, en particulier les bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou les microorganismes associés, également objets de l'invention.

Par ailleurs, les puces à ADN ou les filtres selon l'invention, contenant

des sondes ou amorces spécifiques de Lactococcus lactis, sont des éléments très avantageux de kits ou nécessaires pour la détection et/ou la quantification de l'expression de gènes de Lactococcus lactis (ou de microorganismes associés).

En effet, le contrôle de l'expression des gènes est un point critique pour optimiser la croissance et le rendement d'une souche, soit en permettant l'expression d'un ou plusieurs gènes nouveaux, soit en modifiant l'expression de gènes déjà présents dans la cellule. La présente invention fournit l'ensemble des séquences naturellement actives chez L. lactis permettant l'expression des gènes. Elle permet ainsi la détermination de l'ensemble des séquences exprimées chez L. lactis. Elle fournit également un outil permettant de repérer les gènes dont l'expression suit un schéma donné. Pour réaliser cela, l'ADN de tout ou partie des gènes de L. lactis peut tre amplifié grâce à des amorces selon l'invention, puis fixé à un support comme par exemple le verre ou le nylon ou une puce à ADN, afin de construire un outil permettant de suivre le profil d'expression de ces gènes. Cet outil, constitué de ce support contenant les séquences codantes sert de matrice d'hybridation à un mélange de molécules marquées reflétant les ARN messagers exprimés dans la cellule (en particulier les sondes marquées selon l'invention). En répétant cette expérience à différents instants et en combinant l'ensemble de ces données par un traitement approprié, on obtient alors les profils d'expression de l'ensemble de ces gènes. La connaissance des séquences qui suivent un schéma de régulation donnée peut aussi tre mise à profit pour rechercher de manière dirigée, par exemple par homologie, d'autres séquences suivant globalement, mais de manière légèrement différente le mme schéma de régulation. En complément, il est possible d'isoler chaque séquence de contrôle présente en amont des segments servant de sondes et d'en suivre l'activité à l'aide de moyen approprié comme un gène raporteur (luciférase, p-galactosidase, GFP). Ces séquences isolées peuvent ensuite tre modifiées et assemblées par ingénierie métabolique avec des séquences d'intért en vue de leur expression optimale.

La présente invention donne la liste de nombreux gènes codant pour des

protéines régulant la transcription des gènes de L. lactis (Tableau II). Modifier la structure ou l'intégrité de ces gènes pourra permettre de modifier l'expression des gènes cibles contrôlés par des promoteurs cibles de ces régulateurs. Les indications données par le Tableau II permettent de plus à l'homme du métier de choisir le ou les régulateurs pertinents pour l'application recherchée ainsi que leur cible, ce qui permet l'optimisation de l'expression de gènes d'intért. Par exemple l'inactivation du gène kdgR augmente la transcription des gènes de la voie d'Entner Dodouroff, codés par les gènes qui lui sont contigus, et transcrits dans le sens opposé (ORF 1674 et 1675). L'utilisation des outils précédemment décrits tels les puces à ADN, permet aussi de repérer l'ensemble des gènes dont la régulation est modifiée par cette inactivation. II est ainsi possible de sélectionner un ensemble de séquence de contrôle répondant, à des nuances près, à un mme type de régulation. Ces séquences peuvent tre alors utilisées pour contrôler l'expression de gènes d'intért.

L'invention concerne également les polypeptides codés par une séquence nucléotidique selon l'invention, de préférence, par un fragment représentatif de la séquence SEQ ID N° 1 et correspondant à une séquence ORF. En particulier, les polypeptides de Lactococcus lactis caractérisés en ce qu'ils sont choisis parmi les séquences SEQ ID N° 2 à SEQ ID N° 2323 sont objet de l'invention.

L'invention comprend également les polypeptides caractérisés en ce qu'ils comprennent un polypeptide choisi parmi : a) un polypeptide selon l'invention ; b) un polypeptide présentant au moins 80 % de préférence 85 %, 90 %, 95 % et 98 % d'identité avec un polypeptide selon l'invention ; c) un fragment d'au moins 5 acides aminés d'un polypeptide selon l'invention, ou tel que défini en b) ; d) un fragment biologiquement actif d'un polypeptide selon l'invention, ou tel que défini en b) ou c) ; et e) un polypeptide modifié d'un polypeptide selon l'invention, ou tel que défini en b), c) ou d).

Les séquences nucléotidiques codant pour les polypeptides décrits précédemment sont également objet de l'invention.

Dans la présente description, les termes polypeptides, séquences polypeptidiques, peptides et protéines sont interchangeables.

Il doit tre compris que l'invention ne concerne pas les polypeptides sous forme naturelle, c'est-à-dire qu'ils ne sont pas pris dans leur environnement naturel mais qu'ils ont pu tre isolés ou obtenus par purification à partir de sources naturelles, ou bien obtenus par recombinaison génétique, ou par synthèse chimique, et qu'ils peuvent alors comporter des acides aminés non naturels comme cela sera décrit plus loin.

Par polypeptide présentant un certain pourcentage d'identité avec un autre, que l'on désignera également par polypeptide homologue, on entend désigner les polypeptides présentant par rapport aux polypeptides naturels, certaines modifications, en particulier une délétion, addition ou substitution d'au moins un acide aminé, une troncation, un allongement, une solution chimérique et/ou une mutation, ou les polypeptides présentant des modifications post- traductionnelles. Parmi les polypeptides homologues, on préfère ceux dont la séquence d'acides aminés présentent au moins 80 %, de préférence 85 %, 90 %, 95 % et 98 % d'homologie avec les séquences d'acides aminés des polypeptides selon l'invention. Dans le cas d'une substitution, un ou plusieurs acide (s) aminé (s) consécutif (s) ou non consécutif (s) sont remplacés par des acides aminés « équivalents ». L'expression « acides aminés équivalents » vise ici à désigner tout acide aminé susceptible d'tre substitué à l'un des acides aminés de la structure de base sans cependant modifier essentiellement les activités biologiques des peptides correspondant et telles qu'elles seront définies par la suite.

Ces acides aminés équivalents peuvent tre déterminés soit en s'appuyant sur leur homologie de structure avec les acides aminés auxquels ils se substituent, soit sur des résultats d'essais comparatifs d'activité biologique

entre les différents polypeptides susceptibles d'tre effectués.

A titre d'exemple, on mentionne les possibilités de substitution susceptibles d'tre effectuées sans qu'il résulte en une modification approfondie de l'activité biologique du polypeptide modifié correspondant. On peut remplacer ainsi la leucine par la valine ou l'isoleucine, l'acide aspartique par l'acide glutamine, la glutamine par l'asparagine, l'arginine par la lysine, etc... les substitutions inverses étant naturellement envisageables dans les mmes conditions.

Les polypeptides homologues correspondent également aux polypeptides codés par les séquences nucléotidiques homologues ou identiques, telles que définies précédemment et comprennent ainsi dans la présente définition des polypeptides mutés ou correspondant à des variations inter ou intra espèces, pouvant exister chez Lactococcus, et qui correspondent notamment à des troncatures, substitutions, délétions et/ou additions, d'au moins un résidu d'acides aminés.

Il est entendu que l'on calcule le pourcentage d'identité entre deux polypeptides de la mme façon qu'entre deux séquences d'acides nucléiques.

Ainsi, le pourcentage d'identité entre deux polypeptides est calculé après alignement optimal de ces deux séquences, sur une fentre d'homologie maximale. Pour définir ladite fentre d'homologie maximale, on peut utiliser les mmes algorithmes que pour les séquences d'acide nucléique.

Par fragment biologiquement actif d'un polypeptide selon l'invention, on entend désigner en particulier un fragment de polypeptide, tel que défini ci- après, présentant au moins une des caractéristiques biologiques des polypeptides selon l'invention, notamment en ce qu'il est capable d'exercer de manière générale une activité mme partielle, tel que par exemple : - une activité enzymatique (métabolique) ou une activité pouvant tre impliquée dans la biosynthèse ou la biodégradation de composés organiques ou inorganiques ;

- une activité structurelle (enveloppe cellulaire, molécule chaperonne, ribosome) ; - une activité de transport (d'énergie, d'ion) ; ou dans la sécrétion de protéine ; - une activité dans le processus de réplication, amplification, préparation, transcription, traduction ou maturation, notamment de l'ADN, de l'ARN ou des protéines.

Par fragment de polypeptides selon l'invention, on entend désigner un polypeptide comportant au minimum 5 acides aminés, de préférence 10,15, 25, 50, 100 et 150 acides aminés.

Les fragments de polypeptides peuvent correspondre à des fragments isolés ou purifiés naturellement présents dans les souches de Lactococcus, ou à des fragments qui peuvent tre obtenus par clivage dudit polypeptide par une enzyme protéolitique telle que la trypsine ou la chymotrypsine ou la collagénase, par un réactif chimique (bromure de cyanogène, CNBr) ou en plaçant ledit polypeptide dans un environnement très acide (par exemple à pH = 2,5). Des fragments polypeptidiques peuvent également tre préparés par synthèse chimique, à partir d'hôtes transformés par un vecteur d'expression selon l'invention qui contiennent un acide nucléique permettant l'expression dudit fragment, et placé sous le contrôle des éléments de régulation et/ou d'expression appropriés.

Par « polypeptide modifié » d'un polypeptide selon l'invention, on entend désigner un polypeptide obtenu par recombinaison génétique ou par synthèse chimique comme décrit plus loin, qui présente au moins une modification par rapport à la séquence normale. Ces modifications peuvent tre notamment portées sur des acides aminés nécessaires pour la spécificité ou l'efficacité de l'activité, ou à l'origine de la conformation structurale, de la charge, ou de l'hydrophobicité du polypeptide selon l'invention. On peut ainsi créer des polypeptides d'activité équivalente, augmentée ou diminuée, ou de

spécificité équivalente, plus étroite ou plus large. Parmi les polypeptides modifiés, il faut citer les polypeptides dans lesquels jusqu'à cinq acides aminés peuvent tre modifiés, tronqués à l'extrémité N ou C-terminale, ou bien délétés, ou ajoutés.

Comme cela est indiqué, les modifications d'un polypeptide ont pour objectif notamment : - de permettre sa mise en oeuvre dans des procédés de biosynthèse ou de biodégradation de composés organiques ou inorganiques, - de permettre sa mise en oeuvre dans des procédés de réplication, d'amplification, de réparation et règle de transcription, de traduction, ou de maturation notamment de l'ADN, l'ARN, ou de protéines, - de permettre sa sécrétion améliorée, - de modifier sa solubilité, l'efficacité ou la spécificité de son activité, ou encore de faciliter sa purification.

La synthèse chimique présente également l'avantage de pouvoir utiliser des acides aminés non naturels ou des liaisons non peptidiques. Ainsi, il peut tre intéressant d'utiliser des acides aminés non naturels, par exemple sous forme D, ou des analogues d'acides aminés, notamment des formes souffrées.

La présente invention fournit toutes les séquences nucléotidiques et polypeptidiques du génome de Lactococcus lactis 1L1403. Par ailleurs, il est un objet de la présente invention que de divulguer les fonctions de ces gènes et protéines (Tableau II).

Ainsi, à chaque cadre ouvert de lecture présenté dans le Tableau 1 est assigné un descriptif sur son rôle (Tableau II). Les gènes ont ensuite été classés en catégories selon une classification adaptée des gènes de E. coli (Riley, Functions of the gene products of Escherichia coli, Microbiology Reviews 57 : 862,1993). Cela permet à l'homme du métier de repérer les gènes utilisés dans une fonction métabolique donnée, puis d'isoler ce ou ces gènes dans des buts d'application en relation avec sa problématique, en y incluant des applications

industrielles directes (modification des souches) ou indirectes (outil de diagnostique et ses applications). Les gènes décrits dans l'invention ont été isolés sur des fragment d'ADN grâce à des amorces déduites de la séquence de L. lactis IL1403. Le Tableau III donne les noms des gènes correspondants aux ORF, ainsi que les protéines correspondantes d'autres organismes après comparaison avec la banque de données Swiss prot.

Les enzymes de biosvnthèses d'acides aminés Dans cette partie sont groupés les cadres ouverts de lecture correspondant aux protéines impliquées dans les réactions catalytiques des voies du métabolisme primaire, intermédiaire, secondaire, la fabrication de molécules complexes ou plus simples. Les voies identifiées ont été déterminées d'après les connaissances relatives aux besoins nutritionnels de ces bactéries et leurs possibilités métaboliques.

L'ensemble des gènes impliqués dans les voies de biosynthèse des acides aminés est divulgué. Certaines de ces voies ont été identifiées auparavant tel que les voies de biosynthèse de l'histidine, du tryptophane, des acides aminés branchés ainsi que quelques gènes impliqués dans différentes autrés voies.

La synthèse de vitamines La synthèse de vitamines peut avoir un intért certain pour une bactérie alimentaire comme L. lactis. Cette bactérie est capable de synthétiser naturellement un certain nombre de vitamines, et la connaissance des gènes menant à leur synthèse permet à l'homme du métier d'optimiser l'expression de ces gènes ou de les modifier en vue d'augmenter la production de ces vitamines. Les bactéries ainsi modifiées peuvent tre utilisées soit dans des procédés de fabrication de concentré de vitamines, soit directement dans l'alimentation afin d'obtenir un produit enrichi en vitamine. Comme il est indiqué au Tableau II, les gènes nécessaires à la synthèse de quatre cofacteurs, l'acide folique, la ménaquinone, la riboflavine et la thiorédoxine ont été identifiés.

Les gènes à achvité peptidolytique Les gènes codant pour des enzymes protéolytiques ont été systématiquement recherchés. Un certains nombre d'entre eux avaient déjà été caractérisés et leur fonction décrite tel pepN, pepC, pepF, pep0, pepA, pepP, pepV, pepXclpP and clpY et d'autres étaient encore inconnus du public tels pepQ pepM, pepDAI, pepDA2, ycjE, htrA. Ces enzymes ont un rôle crucial dans la nutrition azotée des bactéries lactiques et participent à la dégradation des peptides dans les produits fermentés, en particulier les fromages. Cet enzyme participe aussi à d'autres processus cellulaires comme la dégradation de protéines permettant le renouvellement des protéines ou mme de protéines héterologues limitant ainsi leur production. D'autres protéines participent à la formation de la paroi comme vanY ou à des processus plus généraux comme la dégradation de protéines entrant dans divers processus cellulaires pour pil 36, yudC, yudDyufB and yu/Z).

Les ènes de la glYcolvse Les enzymes impliqués dans la glycolyse ont été plus particulièrement étudiés. Les gènes impliqués dans la glycolyse ont été détectés dans différentes parties du chromosome de la souche IL1403. Ce sont enoA (633 kb) et enoB (274 kb) codant pour l'énolase, pgk (242 kb) codant pour la phosphoglycérate kinase, pgm (332 kb) codant pour la phosphoglycérate mutase, pgmB (442 kb) codant pour la betta-phosphoglycomutase, gapA (554 kb) et gapB (2315 kb) codant pour la glycéraldéhyde 3-phosphate déhydrogénase, ípiA (1148 kb) codant pour la trioséphosphate isomérase, pyk (1370 kb) codant pour la pyruvate kinase, fbaA (1963 kb) codant pour la fructose-bisphosphate aldolase, pgiA (2228 kb) codant pour la glucose-6-phosphate isomérase. En synthétisant des oligonucléotides homologues aux séquences de contigs proches des zones où ces gènes ont été détectés dans IL1403, et en effectuant des amplifications de type LR PCR sur l'ADN chromosomique de MG1363, des produits

d'amplification contenant les gènes de la glycolyse ont été obtenus. Ces gènes représentent l'ensemble complet des gènes de la glycolyse ayant pu tre trouvés chez L. lactis. Cette méthode peut tre appliquées aux autres souches de L.

Lactis pour la détection des gènes de la glycolyse dans l'environnement génétique le plus adéquat pour l'industrie. La modification des ces gènes par mutagénèse a permis la construction de nouvelles souches dites « food-grade », qui ont de nombreuses applications dans l'industrie alimentaire et l'agriculture.

En particulier, il a montré qu'il existait 2 copies des gènes gap codant pour la glyceraldehyde 3 phosphate dehydrogénase et eno codant pour l'énolase. Il a été aussi montré que le gène gap précédemment isolé n'était pas exprimé de manière significative lors de croissances dans différents milieux, et ne codait donc pas pour le gène réellement impliqué dans la glycolyse. Une analyse détaillée de la séquence montre que le second gène gap identifié possède des propriétés qui suggèrent fortement qu'il s'agit du gène réellement actif lors de la glycolyse. Premièrement, son biais de codon est très fort et semblable aux autres gènes de la glycolyse tels ceux de l'opéron las, pgi, fdp et tpi. Deuxièmement, il possède une séquence de régulation (boîte CRE) en amont de la boîte-35 de son promoteur, permettant son activation lors de l'assimilation du sucre rapide. Enfin, il a été démontré expérimentalement que ce gène était fortement exprimé lors de croissance exponentielle, et qu'il était indispensable à la croissance cellulaire (son inactivation est létale). Le gène gap de la glycolyse a été isolé sur un plasmide de E : coli (pGEM) et son expression dans E. coli restaure la croissance de mutants gap dans les milieux appropriés. Ce gène pourrait donc tre utilisé pour augmenter l'activité GAPDH dans des souches où cette activité est limitant pour la vitesse d'acidification. Une telle construction mènera à l'obtention d'une souche acidifiant plus vite le lait, une propriété recherchée dans certains procédés industriels. Un travail comparable peut tre réalisé sur les autres enzymes de cette voie.

Les voies d'assimilation secondaire des sucres L. lactis est capable d'utiliser un grand nombre de carbohydrates (de manière non limitative : L-arabinose, ribose, D-xylose, galactose, glucose, fructose, mannose, mannitol, N-acetyl glucoseamine, amygdaline, arbutine, esculine, salicine, cellobiose, maltose, lactose, melibiose, saccharose, trehalose, raffinose, amidon, gentiobiose, gluconate). Les gènes impliqués dans l'entrée de ces sucres et leur transformation pour rejoindre une des étapes de la glycolyse sont présentés au Tableau II. Pour illustrer, deux gènes impliqués dans la voie des pentoses phosphates ont été identifiés : la transkétolase (YqgF) et la phosphokétolase (YpdE). Un fragment interne a été utilisé pour inactiver l'un ou l'autre de ces gènes dans la souche de L. lactis NCD02118. Les mutants ainsi obtenus sont affectés dans le métabolisme des sucres et accusent des retards de croissance, en particulier en présence de xylose pour la souche ypdE. L'activité de ces gènes peut également tre amplifiée en plaçant l'un ou l'autre de ces gènes sous contrôle d'un promoteur régulé différemment. Un travail similaire avec les autres gènes de ces voies permettra de construire des souches de L. lactis avec des capacités fermentaires nouvelles. En particulier, la modification additionnelle de l'expression des gènes codant (i) pour la glucose 6-phosphate déhydrogénase (zwj), la gluconate déshydrogénase (god), la ribulose phosphate isomérase (rpiA) ou pour (ii) des gènes de la voie d'Entner- Dodouroff (kdg, uxu et yqhA présent en amont de la transkétolase) et la gluconate phosphate déshydrogénase devrait permettre de produire des souches de L. lactis hétérofermentaires vraies à partir de sucre métabolisé en glucose 6-phosphate.

Les Èenes impligués dans la formation el la rénlation de l'ensemble des produits de fermentation Les produits de fermentation sont ce qu'il y a de plus important pour la formation de l'arôme du fromage par Lactococcus lactis. Dans les conditions habituellement appliquées pour la production fromagère, 95 % du sucre utilisé est converti en acide lactique. D'autres produits importants pour la fermentation sont

l'éthanol, le fumarate et l'acétate. Une petite partie, habituellement moins de 1 %, du pyruvate produit durant la glycolyse est convertie en alpha-acétolactate, qui est distribué entre les acides aminés branchés et les produits de la branche de formation des acétones : diacétyl, acétoine ou 2, 3-butanediol. L'interaction de ces gènes et leur régulation sont importantes pour la formation de l'ensemble des produits de fermentation. La présente invention fournie les outils pour détecter tous les gènes chromosomiques des bactéries du genre lactococci, impliquées dans la formation de produits de fermentation. Ces produits sont importants pour l'arôme du produit fromager final. Plusieurs gènes ont déjà été détectés auparavant. Ceux-ci incluent la lactate déhydrogénase, la pyruvate formate lyase, a-acétolactate synthase, a- acétolactate décarboxylase. De nouveaux gènes potentiels impliqués dans cette voie, sont fournis par cette invention, détectés durant l'annotation. Ce sont d'autres putatives alpha-acétolactate décarboxylase (aldC gene), diacétyl réductase (butt), acétone réductase (butA), pyruvate déhydrogénase (pdhABCD), acétate kinase (acdAl, acdA2), alcool déhydrogénase (adhA, adhE). En manipulant ces gènes par des méthodes de génie génétique ou de génétique, l'homme du métier peut influencer l'arome du produit final fromager de la façon désirée. D'autres enzymes, qui peuvent tre utilisées pour changer l'emsemble des produits de fermentation, sont les NADH oxidases. Ces gènes sont codés par ndhA, yieA, yieB, yphA, ydjE, yhjd, yrfB, nox. La présente invention fournit les outils pour détecter ces gènes dans les différentes souches de L. lactis et pour créer des bactéries « food-grade » capables de produire ces métabolites importants pour les arômes comme le diacétyl.

Les gènes liés à l'activité des bactéri Les bactériophages constituent l'un des problèmes majeurs de l'industrie laitière. Ils sont à l'origine de perturbations importantes de les fermentations et par ce biais, de pertes économiques. De nombreux efforts ont été consacrés au développement de méthodes permettant de contrôler leur développement au cours des procédés de fabrication fromagère. On peut

envisager en particulier de cloner sur un plasmide ou dans le chromosome de souches à utilisation industrielle, des gènes bactériens et/ou de bactériophages dont les produits limitent le développement de phages infectants On peut également développer des systèmes artificiels de résistance mimant les mécanismes naturels dits d'infection abortive, dans lesquels les cellules infectées meurent sans multiplier les phages. Dans ce but, un gène toxique pour la bactérie, placé sous le contrôle d'un promoteur de phage dont l'expression est induite après infection par un phage similaire est cloné sur un plasmide (Djordjevic, G. M., and Klaenhammer, T. R. (1997) Bacteriophage-triggered defense systems : phage adaptation and design improvements. Appl Environ Microbiol 63 : 4370-4376 ; Walker, S. A., and Klaenhammer, T. R. (1998) Molecular characterization of a phage-inducible middle promoter and its transcriptional activator from the lactococcal bacteriophage 4) 31. J Bacteriol 180 : 921-931) ou sur le chromosome bactérien. La présente invention, décrit les gènes de la souche IL1403 et de six prophages identifiés sur son chromosome. Cinq de ces prophages ont été identifiés expérimentalement par induction de leur cycle de croissance lytique après exposition à un agent endommageant l'ADN (Ultra-Violets ou Mitomycine C). La présente invention apporte donc la possibilité d'identifier des gènes de bactérie ou de phage répondant à l'une ou l'autre des propriétés citées ci-dessus. A savoir : des gènes qui perturbent le développement d'un phage infectant, des gènes toxiques pour la bactérie, des circuits de régulation induits après infection par un phage.

Il est à noter que les signaux de transcription et traduction des phages ainsi que leurs circuits de régulation peuvent aussi tre utilisés pour développer des systèmes d'expression conditionnelle (WO95/31563) ou de surexpression (O'Sullivan, D. J., Walker, S. A., West, G., and Klaenhammer, T. R. (1996) Development of an expression strategy using a lytic phage to trigger explosive plasmid amplification and gene expression. Biotechnology 14 : 82-87) de protéines d'intért. La présente invention peut donc aussi tre utilisée dans ce

but.

Les gènes impliqués dans les systèmes de régulation correspondent aux ORF 38,41, 448,452, 518,1461 et 1472.

Les gènes de réponse au stress Les lactocoques sont soumis à de nombreux changements environnementaux dans les procédés industriels on peut citer parmi d'autres, des changements de température (chaleur, froid), d'osmolarité (salinité, activité en eau), de pH, d'oxygénation, de conditions redox etc. Une survie optimale de L. lactis à ces changements environnementaux, parfois brusques, est recherchée afin d'améliorer la reproductibilité et le rendement des procédés de fabrication et d'utilisation de ces ferments lactiques. Les lactocoques possèdent des réponses inductibles aux stress notamment aux UV, à la chaleur, au froid, au NaCI, à la présence d'H202, à la carence en sucre, à la bile, à l'acidité. Il faut noter que certains résultats (Kim et al., 1999, FEMS Microbiol Lett., 171,57) soulignent des différences dans les capacités de résistance et d'adaptation aux stress de 2 sous-espèces de lactocoques : L. lactis ssp. lactis et L. lactis ssp. cremoris. Des études protéomiques montrent qu'un certain nombre de protéines sont induites dans plusieurs conditions de stress. Cependant, les protéines impliquées dans la résistance à un ou plusieurs stress ont été, à ce jour rarement identifiées en particulier du fait de l'absence de l'invention qui limitait les possibilités d'identification des spots protéiques. Il est important de souligner néanmoins, que certaines conditions de stress semblent modifier l'expression d'enzymes métaboliques notamment impliqués dans la glycolyse. D'autres études biochimiques, moins globales, corrèlent l'augmentation de certaines activités enzymatiques à une meilleure survie et/ou à l'adaptation des lactocoques à certains stress. Ainsi, la H+-ATPase, la désimination de l'arginine, le transport du citrate dans la sous espèce diacetylactis, le transport de solutés compatibles, les NADH-peroxidase et NADH-oxidase sont probablement

impliquées dans des mécanismes d'adaptation aux stress et pour certains, dans la survie en fin de fermentation.

Des études génétiques (recherche de gènes conservés ou mutagenèse) ont permis la caractérisation de certains gènes impliqués dans les résistances aux stress.

Ceux-ci restent néanmoins peu nombreux et le lien avec les études biochimiques a rarement été établi. Parmi les gènes identifiés on peut notamment citer : -stress oxydatif : recA, fpg, sodA, nox, pox (NADH peroxidase), #pA et flpB,<BR> -stress mutagène : recA, polA, hexB, deoB, gerC, dltD, arcD, bglA, gidA, hgrP, metB, proA et sept orf non identifiées par recherche d'homologie avec les banques de données, - stress thermique, dénaturation protéique : recA, groES, groEL, dnaK, dnaJ, ftsH, grpE, hrcA, ctsR, clpP, clpB, clpE, htrA, - stress froid : cspABCDE, - stress osmotique : busA, gadBCR, - stress acide : gadBCR, clpP, groES, groEL, dnaK.

De plus, deux études génétiques (Duwat et al., 1999, Mol Microbiol., 31,845 ; Rallu et al., 2000, Mol Microbiol., 35,517 ; FR27 53201) ont permis d'isoler des mutants plus résistants que la souche initiale (MG1363) à une ou plusieurs conditions de stress et suggèrent fortement que des pools intracellulaires notamment de composés puriques et de phosphate constituent des détecteurs intracellulaires de stress.

La séquence annotée de L. lactis IL1403 apporte une base moléculaire pour l'étude systématique des réponses aux stress des lactocoques. Les gènes détectés pendant l'annotation du génome de Il1403 sont fournis dans les Tableaux II et III de la présente demande. La méthode de détection des gènes équivalents dans d'autres bactéries proches de L. lactis IL1403 est fournie dans la présente invention et permet d'exploiter les résultats obtenus durant l'étude

des réponses aux stress d'autres souches de L. lactis. En effet, les réponses aux stress ont préférentiellement été étudiées avec L. lactis MG1363 qui contrairement à IL1403 ne contient pas de prophage inductible en condition de stress.

Leènes des proteines sécrétés ou dont l'activité est liée à la sécrétion des protein L. lactis est capable de sécréter un certain nombre de protéines dans le milieu extérieur et à la surface de la cellule. Cette capacité peut tre mise à profit pour sécréter des molécules d'intért comme des enzymes d'intért technologique ou des molécules d'intért médical ou pharmaceutique. L'invention présente permet d'isoler rapidement différents signaux d'exportation de L. lactis afin de tester celui ou ceux qui donnent les meilleurs résultats avec le gène d'intért à exporter. La liste des protéines et des gènes susceptibles de fournir de tels signaux est fournie Tableau II. Ces protéines ont été extraites par une méthode informatique avec le logiciel PSORT (Nakai & Horton, PSORT : a program for detecting sorting signals in proteins and predicting their subcellular localization, Trends Biochem Sci, 24 : 34-6, 1999). D'autres méthodes pourraient tre employées pour compléter ce tableau en utilisant une partie des données de l'invention, comme la liste des proteines potentiellement traduites chez L. lactis ou directement la séquence nucléotidique traduite dans toutes les phases.

De plus, l'outil fourni dans l'invention donne toutes les informations de base sur les gènes qui peuvent limiter certaines étapes de la sécrétion. Une liste de ces gènes est présentée Tableau IV. Par exemple, l'intégralité du gène codant pour une lipoprotéine qui permet d'accélérer le repliement correct des protéines sécrétées a été isolé grâce aux enseignements de l'invention. Des homologues de cette protéine ont été caractérisés précédemment chez d'autre organismes comme B. subtilis.

Cependant, il peut exister plusieurs gènes de ce type dans un organisme, ce qui complique la tache de l'expérimentateur confronté soit à une recherche exhaustive

de toutes les protéines homologues afin de réaliser le choix le plus judicieux, soit à développer une expérimentation lourde afin d'isoler le facteur pertinent dans son procédé. La présente invention permet donc à l'homme du métier de choisir en fonction de son expertise le ou les gènes nécessaires à l'accomplissement de son travail. Dans le cas de L. lactis, il a été possible d'isoler le gène codant pour l'homologue vrai de prsA de B. subtilis et de l'exprimer plus fortement dans des cellules surproduisant un enzyme d'intért industriel à partir du gène lip de Staphylococcus hyicus. En condition normale, une grande partie de la lipase est dégradée par limitation de la protéine typeprsA. Sa surproduction préserve la lipase de toute dégradation de cet enzyme lors ou après son exportation.

Les gènes impliqués dans la compétence des transformations génétiques La compétence génétique naturelle est la capacité des bactéries à transporter de l'ADN étranger dans la cellule, le processer et à l'intégrer dans le chromosome ou à établire des éléments à réplication autonome. Les gènes, qui permettent à la bactérie de développer cette capacité, sont divisés en ce qu'on appelle des gènes précoces, qui sont des gènes de régulation, et en gènes tardifs, représentant le système de compétence lui-mme. L'étude des séquences des gènes tardifs de compétence montre qu'ils sont fortement similaires dans les différentes bactéries AT-riches gram positifs, comme B. subtilis ou Streptococci. Une grande différence existe dans les méchanismes moléculaires qui régulent le développement de ce processus dans Streptococci et Bacilli.

Dans B. subtilis, le régulateur ComK existe, qui assemble les signaux des étapes précoces du développement de compétence. Un pendant fonctionnel de ce régulateur a été trouvé chez Streptococci. Il code pour le facteur sigma de l'ARN polymérase. Les conditions de compétence naturelle ne sont pas connues pour l'espèce L. lactis. Cependant, des recherches d'homologies dans le génome de L. lactis révellent 4 opérons (comE, comF, conic et comG) contenant 8 gènes ayant une forte similarité avec les gènes tardifs de

compétence de B. subtilis en S. pneumoniae Comme L. lactis semble pouvoir posséder un ensemble complet des gènes tardifs de compétence, il peut acquérir une compétence naturelle. Une manière de découvrir les conditions pour acquérir la compétence peut tre l'étude de la régulation des gènes tardifs. Le gène, correspondant au régulateur de la compétence, ywcA, existe aussi dans L. lactis IL1403. La surproduction de cette protéine dans L. lactis permettra l'induction des gènes tardifs de compétence dans ces cellules. La présente invention fournit la manière de détecter le système complet des gènes de compétence dans les plusieurs souches de L. lactis differentes de d'IL1403. La connaissance des structures des régions de régulation dans ces bactéries et des régulateurs correspondants donnera la possibilité d'induire la compétence dans ces souches. Cette méthode peut tre utilisée pour les souches ne pouvant pas tre manipulées par les autres méthodes de génie génétique.

D'une manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention, caractérisées en ce qu'elle pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans la biosynthèse des acides aminés et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 1507 1508 1511 1512 1513 1514 1515 796 1178 1179 1275 1881 1251 1252 1254 1255 1257 1258 1259 1260 1261 683 1238 1240 1241 1243 1245 1246 1247 1248 1249 860 797, de préférence 500 120 1291 1690 1793 1794 1795 1796 1803 1807 1808 166 361 755 1292 1293 1323 1609 1668 1670 1972 1973 2159 2285 128 129 575 812 813 814 815 1324 1325 1656 1657 1935 2257 75 551 613 615 616 617 1904 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans la biosynthèse des cofacteurs, groupes prosthétiques et transporteurs et en ce qu'elle est choisie parmi les séquences suivantes : ORF 1169 1383 398 1405, de

préférence 871 953 1172 1173 1174 1176 1353 1354 610 1157 1615 187 743 744 745 746 747 875 584 585 1362 1487 1011 1012 1013 1014 1123 1145 1871 862 958 1692 1695 497 1130 1300 1301 1302 1526 1120 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide d'enveloppe cellulaire de Lactococcus lactis ou un de ses fragments, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 328 329 2288 2320 1296, de préférence 326 327 631 978 1105 1193 1481 2025 2185 280 320 348 350 351 395 552 554 560 885 886 968 1181 1321 1406 1637 1638 1857 1934 1960 2096 2164 2283 2287 153 206 207 212 213 217 218 219 220 221 222 223 224 693 695 697 754 894 930 936 937 939 940 942 944 945 973 1297 1298 1299 1304 1380 1499 1500 1618 1845 2218 2279 2280 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans la machinerie cellulaire, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 20 22 681 1898 1920 1921 402 403 972 417 1015 2134 1779 2206, de préférence 100 818 828 902 914 990 991 1267 1384 1636 1704 2207 508 126 119 562 959 1664 2161 2315 1107 1108 1265 1823 1824 1859 2084 2120 2176 2177 2178 2179 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme intermédiaire central, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 728 155, de préférence 434 1024 1162 1376 1537 1621 291 716 1289 1538 1539 1728

1729 1732 2005 1663 215 586 712 713 714 715 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme énergétique, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 1785 2042 59 1329 1814 1815 1816 1817 1818 1819 1820 994 995 677 918 1205 1262 2211 284 345 439 570 656 682 1152 1372 1373 1374 634 1552 1553 1554 2034 2035 2036 2037 2038 2039 684, de préférence 76 136 151 186 242 273 276 342 347 400 643 768 801 843 844 1281 1348 1572 1574 1583 1596 1601 1604 1746 1784 1925 2100 2182 2307 290 502 548 742 751 816 845 846 974 1327 1343 1747 1751 1971 1985 2088 2089 2090 2092 2093 254 256 257 1127 1283 1379 431 609 620 719 720 732 1756 2167 1674 1675 915 916 1125 1142 1207 1290 1707 1858 1864 2068 2069 265 253 385 967 1146 1792 1962 2224 2303 1673 1723 1979 2277 2290 61 62 63 64 26 181 426 440 711 784 834 976 1326 1504 1532 1533 1534 1543 1546 1549 1550 1676 1679 1680 1687 1721 1730 1731 2079 2241 2242 685 1212 1213 1214 1215 1216 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme des acides gras et des phospholipides et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 65 72 118 390 413 414 415 576 577 675 786 787 788 789 790 791 792 793 794 795 859 1284 1834 1837 1955 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le

métabolisme des nucléotides, des purines, des pyrimidines ou nucléosides et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 2066 1531 1556 1557 1558 1569 1573 1575 1576 1578 501 1386 1387 1404 1586 1599 21 281 282 947 949 1969 2133 200, de préférence <BR> <BR> 182 506 992 993 1159 1177 311 1112 1754 226 1164 1563 1564 1568 1689 2007 407 1086 1087 1388 1649 1650 295 605 645 829 854 1165 1482 1483 1485 1708 1908 1950 202 204 205 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans les fonctions de régulation, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 1263 1331 1559 2041 2316 405 406 908 909 1022 1478 1641 1725 1696 1726 890 1555 1506 7, de préférence <BR> <BR> 6 8 110 131 137 154 167 243 245 261 324 335 421 424 429 445 541 565 622 674 771 832 847 877 905 929 946 982 1084 1151 1186 1197 1233 1294 1310 1349 1490 1494 1521 1524 1566 1624 1639 1652 1654 1717 1745 1753 1766 1830 1831 1846 1852 1853 1928 1956 2001 2032 2043 2059 2095 2216 2243 2258 2262 2270 2291 2296 2306 1020 1477 1642 1724 1752 1797 1798 740 1545 1688 2200 2205 24 340 383 386 1274 1345 1603 1927 543 435 1480 1498 1681 804 975 1211 1336 117 603 723 757 785 926 1344 1517 1527 1585 2172 227 229 360 770 1171 1333 1635 2071 2299 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le processus de réplication, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 4 5 2 3 362 363 563 600 663 664 665 2030 2180 2198 2265 2281, de préférence 573 644 806 856 872 873 1089 1360 1361 1869 101 102 240 349 401 408 428 507 513 542 572 657 761 766

767 857 878 898 923 997 1000 1002 1025 1088 1129 1138 1139 1140 1266 1270 1693 1791 1883 1948 2098 2247 2251 2263 2264 2267 2301 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le processus de transcription, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 1237 1332 564, de préférence 817 960 1906 2314 14 619 646 648 709 779 1314 1367 1368 1607 1612 1623 1850 1851 2124 2160 2222 2297 359 419 1613 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le processus de traduction, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 1239 313 396 706 858 1778 1854 1861 1929 2105 571 1776 97 98 680 2127 782 783 2128, de préférence 68 382 394 807 831 1113 1114 1763 1775 1879 1902 1914 1964 1983 1984 2020 2022 2094 2109 2183 2229 260 303 624 1606 1697 2027 2028 2045 2047 2192 374 911 1600 2062 107 135 198 246 292 301 302 748 760 781 805 853 892 906 1097 1099 1307 1308 1617 1644 1790 1893 1894 1937 2056 2057 2123 2125 2126 2135 2136 2137 2138 2139 2140 2142 2143 2144 2145 2146 2147 2148 2149 2150 2151 2152 2153 2154 2155 2156 2162 2209 2246 2248 2310 2311 2318 2319 13 132 158 168 169 171 496 638 705 852 1144 1923 1944 358 607 707 989 1126 1895 1912 2065 2208 2317 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le

processus de transport et de liaison des protéines, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 1256 1787 330 550 699 717 1330 1496 1497 1810 1888 1889 1890 1891 1892 2091 1771 566 919 1551 2040 2104 635 676 1970 121 122 437 81 82 726 927 2221, de préférence 11 74 104 262 263 269 270 271 285 286 287 318 319 333 334 544 545 579 580 672 673 729 855 881 888 889 917 983 984 1080 1121 1122 1203 <BR> <BR> 1311 1312 1366 1567 1602 1667 1800 1801 1825 1826 1844 1926 2051 2052 2074 2157 2260 2261 2313 2321 70 115 331 352 353 354 355 356 357 364 365 375 574 698 824 863 864 955 956 957 1128 1182 1183 1184 1185 1750 1811 1847 1848 1873 2087 2107 2250 52 308 309 310 1767 1768 1769 1770 1772 208 209 259 430 933 934 1282 1369 1370 1371 1530 1540 1541 1542 <BR> <BR> 1548 1671 1678 1683 1684 1685 1686 1733 1734 1735 2239 99 193 194 316 336 337 338 339 341 392 587 636 691 848 849 869 932 1194 1195 1295 1341 1355 1356 1357 1407 1528 1640 1655 2058 2169 2170 2171 2305 896 1166 1651 23 25 180 422 423 425 630 833 977 1149 1150 1505 1757 1758 1759 127 130 160 244 314 389 621 679 721 722 1389 1561 1584 1682 2220 2292 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans l'adaptation aux conditions atypiques, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 174 540 568 654 686 970 1570, de préférence 69 173 195 312 346 418 653 912 971 1102 1170 1414 2085 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments dans la sensibilité aux médicaments et analogues, et en ce qu'elle comprend une séquence

nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 1244, de préférence 1860 2249 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans les fonctions relatives aux phages et prophages, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 448 449 452 455 465 471 493 494 1026 1027 1028 1029 1030 1031 1032 1033 1034 1035 1036 1037 1038 1039 1040 1041 1046 1051 1075 1076 1077 1420 1422 1423 1424 1425 1426 1448 1450 1455 1456 1458 1465 1466 1467 1468 1470 1720, de préférence 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 446 447 450 451 453 454 456 457 458 459 460 461 462 463 464 466 467 468 469 470 472 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 483 484 485 486 487 488 489 490 491 492 514 515 516 517 518 519 520 521 522 523 524 525 526 527 528 529 531 532 533 534 1042 1043 1044 1045 1047 1048 1049 1050 1052 1053 1054 1055 1056 1057 1058 1059 1060 1061 1062 1063 1064 1065 1066 1067 1068 1069 1070 1071 1072 1073 1074 1200 1217 1416 1417 1418 1419 1421 1427 1428 1429 1430 1431 1432 1433 1434 1435 1436 1437 1438 1439 1440 1441 1442 1443 1444 1445 1446 1447 1449 1451 1452 1453 1454 1457 1459 1460 1461 1462 1463 1464 1469 1471 1472 1473 1474 1475 1647 1998 2003 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans les fonctions relatives aux transposons et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 53 54 55 56 90 91 93 94 141 142 143 144 145 146 378 379 380 381 649 650 651 652 662 670 737 738 837 838 839 841 842 1224 1225 1231 1232 1236 1286 1287 1591 1741 1742 2082 2083 2129 2130 2131 2132 2201 2202 2203 2204, de préférence

614 694 718 950 1268 1342 1400 1560 1749 1936 1961 1986 1992 2060 2118 2191 2240 et un de leurs fragments représentatifs.

De manière préférée, l'invention est relative à une séquence nucléotidique selon l'invention caractérisées en ce qu'elle code pour un polypeptide spécifique de Lactococcus lactis ou un de ses fragments, et en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique choisie parmi les séquences suivantes : ORF 416 1727 1822 87 88 279 332 569 671 700 701 727 840 850 884 891 900 1204 1242 1277 1382 1592 1605 1718 1719 1762 1777 1780 1907 1917 1918 1919 1930 1938 1939 1940 2102 2106 2174 2210 1250 1328 2199 666 948 1381 1990, de préférence 591 618 710 835 1153 1910 1931 1953 2031 17 18 50 57 58 60 78 79 80 84 92 113 114 116 124 125 133 134 139 140 148 149 150 157 159 161 162 170 172 175 176 179 183 184 185 188 189 196 197 214 230 231 232 233 234 235 236 238 247 255 258 264 266 267 268 274 277 283 288 289 293 294 298 299 300 315 317 321 323 325 343 344 366 367 369 370 371 372 373 376 377 384 387 388 399 404 409 410 411 420 433 436 438 443 444 498 499 503 510 512 546 549 553 555 556 557 558 582 583 588 589 592 594 597 599 611 625 637 655 678 688 703 704 708 725 730 735 741 749 756 759 762 763 764 765 769 774 780 798 799 800 803 809 810 811 819 827 830 861 865 880 882 883 899 913 920 924 951 963 964 965 986 987 999 1001 1004 1016 1019 1023 1078 1079 1090 1091 1094 1098 1100 1103 1104 1106 1109 1110 1115 1116 1117 1119 1124 11311137 11411147 1148 1155 1156 1160 1161 1168 1175 1187 1188 1201 1202 1208 1209 1223 1276 1278 1280 1303 1313 1315 1316 1318 1319 1322 1340 1352 1358 1359<BR> 1363 1391 1392 1393 1408 1409 1411 1412 1476 1486 1489 1491 1492 1493<BR> 1501 1518 1 S 19 1520 1522 1523 1525 I 529 1544 1547 1565 1577 1579 1581<BR> 1595 1597 1614 1619 1620 1622 1648 1658 1661 1662 1666 1669 1677 1694<BR> 1699 1701 1702 1709 1710 1711 1712 1722 1748 1760 1761 1764 1765 1773<BR> 1774 1781 1782 1786 1788 1789 1802 1805 1809 1827 1828 1829 1832 1833<BR> 1838 1839 1840 1842 1843 1849 1855 1856 1863 1865 1866 1867 1868 1872

1874 1875 1876 1885 1886 1887 1900 1901 1903 1915 1916 1924 1933 1941<BR> 1946 1951 1952 1954 1958 1959 1963 1966 1967 1968 1976 1977 1978 1981 1982 2004 2006 2008 2011 2014 2015 2016 2017 2018 2019 2026 2029 2033 2044 2049 2050 2054 2061 2063 2070 2080 2081 2101 2108 2110 2115 2158 2163 2165 2168 2173 2175 2184 2186 2190 2193 2194 2197 2217 2219 2226 2227 2232 2235 2238 2245 2253 2254 2259 2272 2275 2278 2282 2284 2286 2289 2294 2295 2298 2302 2304 2308 2312 2322 2323 16 66 67 73 77 108 109 111 112 252 391 432 505 509 511 559 581 593 598 604 612 640 642 647 702 733 734 736 739 750 752 758 776 777 778 802 820 826 874 876 897 901 910 922 952 954 961 979 980 981 996 1017 1093 1111 1118 1135 1196 1199 1273 1320 1377 1413 1562 1610 1705 1783 1804 1884 1897 1909 1922 2117 2293 9 10 12 15 19 51 71 83 85 86 89 95 96 103 105 106 123 138 147 152 156 163 164 165 177 178 190 191 192 199 201 203 210 211 216 225 228 237 239 241 248 249 250 251 272 275 278 296 297 304 305 306 307 322 368 393 397 412 427 441 442 495 504 530 535 536 537 538 539 547 561 567 578 590 595 596 601 602 606 608 623 626 627 628 629 632 633 639 641 658 659 660 661 667 668 669 687 689 690 692 696 724 731 753 772 773 775 808 821 822 823 825 836 851 866 867 868 870 879 887 893 895 903 904 907 921 925 928 931 935 938 941 943 962 966 969 985 988 998 1003 1005 1006 1007 1008 1009 1010 1018 1021 1081 1082 1083 1085 1092 1095 1096 1101 1132 1133<BR> 1134 1136 1143 1154 1158 1163 1167 1180 1189 1190 1191 1192 1198 1206<BR> 1210 1218 1219 1220 1221 1222 1226 1227 1228 1229 1230 1234 1235 1253<BR> 1264 1269 1271 1272 1279 1285 1288 1305 1306 1309 1317 1334 1335 1337 1338 1339 1346 1347 1350 1351 1364 1365 1375 1378 1385 1390 1394 1395 1396 1397 1398 1399 1401 1402 1403 1410 1415 1479 1484 1488 1495 1502<BR> 1503 1509 1510 1516 1535 1536 1571 1580 1582 1587 1588 1589 1590 1593<BR> 15941598160816111616162516261627162816291630163116321633< BR> 1634 1643 1645 1646 1653 1659 1660 1665 1672 1691 1698 1700 1703 1706<BR> 1713 1714 1715 1716 1736 1737 1738 1739 1740 1743 1744 1755 1799 1806

1812 1813 1821 1835 1836 1841 1862 1870 1877 1878 1880 1882 1896 1899<BR> 1905 1911 1913 1932 1942 1943 1945 1947 1949 1957 1965 1974 1975 1980<BR> 1987 1988 1989 1991 1993 1994 1995 1996 1997 1999 2000 2002 2009 2010 2012 2013 2021 2023 2024 2046 2048 2053 2055 2064 2067 2072 2073 2075 2076 2077 2078 2086 2097 2099 2103 2111 2112 2113 2114 2116 2119 2121 2122 2141 2166 2181 2187 2188 2189 2195 2196 2212 2213 2214 2215 2223 2225 2228 2230 2231 2233 2234 2236 2237 2244 2252 2255 2256 2266 2268 2269 2271 2273 2274 et un de leurs fragments représentatifs.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans la biosynthèse des acides aminés, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQIDN° 1507 1508 1511 1512 1513 1514 1515 796 1178 1179 1275 1881 1251 1252 1254 1255 1257 1258 1259 1260 1261 683 1238 1240 1241 1243 1245 1246 1247 1248 1249 860 797, de préférence 500 120 1291 1690 1793 1794 1795 1796 1803 1807 1808 166 361 755 1292 1293 1323 1609 1668 1670 1972 1973 2159 2285 128 129 575 812 813 814 815 1324 1325 1656 1657 1935 2257 75 551 613 615 616 617 1904 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans la biosynthèse des cofacteurs, groupes prosthétiques et transporteurs, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N° 1169 1383 398 1405, de préférence 871 953 1172 1173 1174 1176 1353 1354 610 1157 1615 187 743 744 745 746 747 875 584 585 1362 1487 1011 1012 1013 1014 1123 1145 1871 862 958 1692 1695 497 1130 1300 1301 1302 1526 1120 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un

polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide d'enveloppe cellulaire de Lactococcus lactis ou un de ses fragments, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N° 328 329 2288 2320 1296, de préférence 326 327 631 978 1105 1193 1481 2025 2185 280 320 348 350 351 395 552 554 560 885 886 968 1181 1321 1406 1637 1638 1857 1934 1960 2096 2164 2283 2287 153 206 207 212 213 217 218 219 220 221 222 223 224 693 695 697 754 894 930 936 937 939 940 942 944 945 973 1297 1298 1299 1304 1380 1499 1500 1618 1845 2218 2279 2280 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans la machinerie cellulaire, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N° 20 22 681 1898 1920 1921 402 403 972 417 1015 2134 1779 2206, de préférence 100 818 828 902 914 990 991 1267 1384 1636 1704 2207 508 126 119 562 959 1664 2161 2315 1107 1108 1265 1823 1824 1859 2084 2120 2176 2177 2178 2179 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme intermédiaire central, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N° 728 155, de préférence 434 1024 1162 1376 1537 1621 291 716 1289 1538 1539 1728 1729 1732 2005 1663 215 586 712 713 714 715 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme énergétique, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N° 1785 2042 59 1329 1814 1815 1816 1817 1818 1819

1820 994 995 677 918 1205 1262 2211 284 345 439 570 656 682 1152 1372 1373 1374 634 1552 1553 1554 2034 2035 2036 2037 2038 2039 684, de préférence 76 136 151 186 242 273 276 342 347 400 643 768 801 843 844 <BR> <BR> 1281 1348 1572 1574 1583 1596 1601 1604 1746 1784 1925 2100 2182 2307 290 502 548 742 751 816 845 846 974 1327 1343 1747 1751 1971 1985 2088 2089 2090 2092 2093 254 256 257 1127 1283 1379 431 609 620 719 720 732 1756 2167 1674 1675 915 916 1125 1142 1207 1290 1707 1858 1864 2068 2069 265 253 385 967 1146 1792 1962 2224 2303 1673 1723 1979 2277 2290 61 62 63 64 26 181 426 440 711 784 834 976 1326 1504 1532 1533 1534 <BR> <BR> 1543 1546 1549 1550 1676 1679 1680 1687 1721 1730 1731 2079 2241 2242 685 1212 1213 1214 1215 1216 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme des acides gras et des phospholipides, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N° 65 72 118 390 413 414 415 576 577 675 786 787 788 789 790 791 792 793 794 795 859 1284 1834 1837 1955 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le métabolisme des nucléotides, des purines, des pyrimidines ou nucléosides, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N° 2066 1531 1556 1557 1558 1569 1573 1575 1576 1578 501 1386 1387 1404 1 S86 1599 21 281 282 947 949 1969 2133 200, de préférence 182 506 992 993 1159 1177 311 1112 1754 226 1164 1563 1564 1568 1689 2007 407 1086 1087 1388 1649 <BR> <BR> 1650 295 605 645 829 854 1165 1482 1483 1485 1708 1908 1950 202 204 205 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un

polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans les fonctions de régulation, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N° 1263 1331 1559 2041 2316 405 406 908 909 1022 1478 1641 1725 1696 1726 890 1555 1506 7, de préférence 6 8 110 131 137 154 167 243 245 261 324 335 421 424 429 445 541 565 622 674 771 832 847 877 905 929 946 982 1084 1151 1186 1197 1233 1294 1310 1349 1490 1494 1521 1524 1566 1624 1639 1652 1654 1717 1745 1753 1766 1830 1831 1846 1852 1853 1928 1956 2001 2032 2043 2059 2095 2216 2243 2258 2262 2270 2291 2296 2306 1020 1477 1642 1724 1752 1797 1798 740 1545 1688 2200 2205 24 340 383 386 1274 1345 1603 1927 543 435 1480 1498 1681 804 975 1211 1336 117 603 723 757 785 926 1344 1517 1527 1585 2172 227 229 360 770 1171 1333 1635 2071 2299 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le processus de réplication, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N° 4 5 2 3 362 363 563 600 663 664 665 2030 2180 2198 2265 2281, de préférence 573 644 806 856 872 873 1089 1360 1361 1869 101 102 240 349 401 408 428 507 513 542 572 657 761 766 767 857 878 898 923 997 1000 1002 1025 1088 1129 1138 1139 1140 1266 1270 1693 1791 1883 1948 2098 2247 2251 2263 2264 2267 2301 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le processus de transcription, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N° 1237 1332 564, de préférence 817 960 1906 2314 14 619 646 648 709 779 1314 1367 1368 1607 1612 1623 1850 1851 2124 2160 2222 2297 359 419 1613 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le processus de traduction, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N° 1239 313 396 706 858 1778 1854 1861 1929 2105 571 1776 97 98 680 2127 782 783 2128, de préférence 68 382 394 807 831 1113 1114 1763 1775 1879 1902 1914 1964 1983 1984 2020 2022 2094 2109 2183 2229 260 303 624 1606 1697 2027 2028 2045 2047 2192 374 911 1600 2062 107 135 198 246 292 301 302 748 760 781 805 853 892 906 1097 1099 1307 1308 1617 1644 1790 1893 1894 1937 2056 2057 2123 2125 2126 2135 2136 2137 2138 2139 2140 2142 2143 2144 2145 2146 2147 2148 2149 2150 2151 2152 2153 2154 2155 2156 2162 2209 2246 2248 2310 2311 2318 2319 13 132 158 168 169 171 496 638 705 852 1144 1923 1944 358 607 707 989 1126 1895 1912 2065 2208 2317 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans le processus de transport et de liaison des protéines, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N° 1256 1787 330 550 699 717 1330 1496 1497 1810 1888 1889 1890 1891 1892 2091 1771 566 919 1551 2040 2104 635 676 1970 121 122 437 81 82 726 927 2221, de préférence 11 74 104 262 263 269 270 271 285 286 287 318 319 333 334 544 545 579 580 672 673 729 855 881 888 889 917 983 984 1080 1121 1122 1203 1311 1312 1366 1567 1602 1667 1800 1801 1825 1826 1844 1926 2051 2052 2074 2157 2260 2261 2313 2321 70 115 331 352 353 354 355 356 357 364 365 375 574 698 824 863 864 955 956 957 1128 1182 1183 1184 1185 1750 1811 1847 1848 1873 2087 2107 2250 52 308 309 310 1767 1768 1769 1770 1772 208 209 259 430 933 934 1282 1369 1370 1371 1530 1540 1541 1542 1548 1671 1678 1683 1684 1685 1686 1733 1734 1735 2239 99 193 194 316 336 337 338

339 341 392 587 636 691 848 849 869 932 1194 1195 1295 1341 1355 1356 1357 1407 1528 1640 1655 2058 2169 2170 2171 2305 896 1166 1651 23 25 180 422 423 425 630 833 977 1149 1150 1505 1757 1758 1759 127 130 160 244 314 389 621 679 721 722 1389 1561 1584 1682 2220 2292 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans l'adaptation aux conditions atypiques, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N° 174 540 568 654 686 970 1570, de préférence 69 173 195 312 346 418 653 912 971 1102 1170 1414 2085 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments dans la sensibilité aux médicaments et analogues, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N° 1244, de préférence 1860 2249 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans les fonctions relatives aux phages et prophages, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N° 448 449 452 455 465 471 493 494 1026 1027 1028 1029 1030 10311032 1033 1034 1035 1036 1037 1038 1039 1040 1041<BR> 1046 1051 1075 1076 1077 1420 1422 1423 1424 1425 1426 1448 1450 1455 1456 1458 1465 1466 1467 1468 1470 1720, de préférence 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49 446 447 450 451 453 454 456 457 458 459 460 461 462 463 464 466 467 468 469 470 472 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 483 484 485 486 487 488 489 490 491 492 514 515 516 517 518 519 520 521 522 523 524 525 526 527 528 529 531 532 533

534 1042 1043 1044 1045 1047 1048 1049 1050 1052 1053 1054 1055 1056<BR> 1057 1058 1059 1060 1061 1062 1063 1064 1065 1066 1067 1068 1069 1070<BR> 1071 1072 1073 1074 1200 1217 1416 1417 1418 1419 1421 1427 1428 1429<BR> 1430 1431 1432 1433 1434 1435 1436 1437 1438 1439 1440 1441 1442 1443 1444 1445 1446 1447 1449 1451 1452 1453 1454 1457 1459 1460 1461 1462 1463 1464 1469 1471 1472 1473 1474 1475 1647 1998 2003 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide de Lactococcus lactis ou un de ses fragments impliqué dans les fonctions relatives aux transposons, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N° 53 54 55 56 90 91 93 94 141 142 143 144 145 146 378 379 380 381 649 650 651 652 662 670 737 738 837 838 839 841 842 1224 1225 1231 1232 1236 1286 1287 1591 1741 1742 2082 2083 2129 2130 2131 2132 2201 2202 2203 2204, de préférence 614 694 718 950 1268 1342 1400 1560 1749 1936 1961 1986 1992 2060 2118 2191 2240 et un de leurs fragments.

Sous un autre aspect, de manière préférée, l'invention a pour objet un polypeptide selon l'invention, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un polypeptide spécifique de Lactococcus lactis ou un de ses fragments, et en ce qu'il est choisi parmi les polypeptides de séquences suivantes : SEQ ID N° 416 1727 1822 87 88 279 332 569 671 700 701 727 840 850 884 891 900 1204 1242 1277 1382 1592 1605 1718 1719 1762 1777 1780 1907 1917 1918 1919 1930 1938 1939 1940 2102 2106 2174 2210 1250 1328 2199 666 948 1381 1990, de préférence 591 618 710 835 1153 1910 1931 1953 2031 17 18 50 57 58 60 78 79 80 84 <BR> <BR> 92 113 114 116 124 125 133 134 139 140 148 149 150 157 159 161 162 170 172 175 176 179 183 184 185 188 189 196 197 214 230 231 232 233 234 235 <BR> <BR> 236 238 247 255 258 264 266 267 268 274 277 283 288 289 293 294 298 299<BR> 300 315 317 321 323 325 343 344 366 367 369 370 371 372 373 376 377 384

387 388 399 404 409 410 411 420 433 436 438 443 444 498 499 503 510 512<BR> 546 549 553 S55 556 557 558 582 583 588 589 592 594 597 599 611 625 637<BR> 655 678 688 703 704 708 725 730 735 741 749 756 759 762 763 764 765 769<BR> 774 780 798 799 800 803 809 810 811 819 827 830 861 865 880 882 883 899 913 920 924 951 963 964 965 986 987 999 1001 1004 1016 1019 1023 1078 <BR> <BR> 1079 1090 1091 1094 1098 1100 1103 1104 1106 1109 1110 1115 1116 1117<BR> 1119 1124 1131 1137 1141 1147 1148 1155 1156 1160 1161 1168 1175 1187 1188 1201 1202 1208 1209 1223 1276 1278 1280 1303 1313 1315 1316 1318 1319 1322 1340 1352 1358 1359 1363 1391 1392 1393 1408 1409 1411 1412 1476 1486 1489 1491 1492 1493 1501 1518 1519 1520 1522 1523 1525 1529 1544 1547 1565 1577 1579 1581 1595 1597 1614 1619 1620 1622 1648 1658 <BR> <BR> 1661 1662 1666 1669 1677 1694 1699 1701 1702 1709 1710 1711 1712 1722<BR> 1748 1760 1761 1764 1765 1773 1774 1781 1782 1786 1788 1789 1802 1805<BR> 1809 1827 1828 1829 1832 1833 1838 1839 1840 1842 1843 1849 1855 1856<BR> 1863 1865 1866 1867 1868 1872 1874 1875 1876 1885 1886 1887 1900 1901<BR> 1903 1915 1916 1924 1933 19411946 19511952 1954 1958 1959 1963 1966 1967 1968 1976 1977 1978 1981 1982 2004 2006 2008 2011 2014 2015 2016 2017 2018 2019 2026 2029 2033 2044 2049 2050 2054 2061 2063 2070 2080 2081 2101 2108 2110 2115 2158 2163 2165 2168 2173 2175 2184 2186 2190 2193 2194 2197 2217 2219 2226 2227 2232 2235 2238 2245 2253 2254 2259 2272 2275 2278 2282 2284 2286 2289 2294 2295 2298 2302 2304 2308 2312 2322 2323 16 66 67 73 77 108 109 111 112 252 391 432 505 509 511 559 581 593 598 604 612 640 642 647 702 733 734 736 739 750 752 758 776 777 778 802 820 826 874 876 897 901 910 922 952 954 961 979 980 981 996 1017 <BR> <BR> 1093 1111 1118 1135 1196 1199 1273 1320 1377 1413 1562 1610 1705 1783 1804 1884 1897 1909 1922 2117 2293 9 10 12 15 19 51 71 83 85 86 89 95 96 103 105 106 123 138 147 152 156 163 164 165 177 178 190 191 192 199 201 <BR> <BR> 203 210 211 216 225 228 237 239 241 248 249 250 251 272 275 278 296 297 304 305 306 307 322 368 393 397 412 427 441 442 495 504 530 535 536 537

538 539 547 561 567 578 590 595 596 601 602 606 608 623 626 627 628 629<BR> 632 633 639 641 658 659 660 661 667 668 669 687 689 690 692 696 724 731<BR> 753 772 773 775 808 821 822 823 825 836 851 866 867 868 870 879 887 893<BR> 895 903 904 907 921 925 928 931 935 938 941 943 962 966 969 985 988 998 1003 1005 1006 1007 1008 1009 1010 1018 1021 1081 1082 1083 1085 1092 <BR> <BR> 1095 1096 1101 1132 1133 1134 1136 1143 1154 1158 1163 1167 1180 1189 1190 1191 1192 1198 1206 1210 1218 1219 1220 1221 1222 1226 1227 1228 <BR> <BR> 1229 1230 1234 1235 1253 1264 1269 1271 1272 1279 1285 1288 1305 1306<BR> 1309 1317 1334 1335 1337 1338 1339 1346 1347 1350 1351 1364 1365 1375 1378 1385 1390 1394 1395 1396 1397 1398 1399 1401 1402 1403 1410 1415 1479 1484 1488 1495 1502 1503 1509 1510 1516 1535 1536 1571 1580 1582 1587 1588 1589 1590 1593 1594 1598 1608 1611 1616 1625 1626 1627 1628 <BR> <BR> 1629 1630 1631 1632 1633 1634 1643 1645 1646 1653 1659 1660 1665 1672<BR> 1691 1698 1700 1703 1706 1713 1714 1715 1716 1736 1737 1738 1739 1740 1743 1744 1755 1799 1806 1812 1813 1821 1835 1836 1841 1862 1870 1877 <BR> <BR> 1878 1880 1882 1896 1899 1905 1911 1913 1932 1942 1943 1945 1947 1949<BR> 1957 1965 1974 1975 1980 1987 1988 1989 1991 1993 1994 1995 1996 1997 1999 2000 2002 2009 2010 2012 2013 2021 2023 2024 2046 2048 2053 2055 2064 2067 2072 2073 2075 2076 2077 2078 2086 2097 2099 2103 2111 2112 <BR> <BR> 2113 2114211621192121 21222141 21662181 21872188218921952196 2212 2213 2214 2215 2223 2225 2228 2230 2231 2233 2234 2236 2237 2244 2252 2255 2256 2266 2268 2269 2271 2273 2274 et un de leurs fragments.

Il est important de noter toutefois qu'un organisme vivant est un tout et doit tre pris comme tel. Ainsi, afin de pouvoir se développer et d'exhiber ses propriétés, tout organisme a besoin d'interactions entre les différentes voies métaboliques. Ainsi, la classification énoncée ci-dessus ne doit pas tre considérée comme limitative, un gène pouvant tre impliqué dans deux voies métaboliques distinctes.

La présente invention a également pour objet les séquences

nucléotidiques et/ou de polypeptides selon l'invention, caractérisées en ce que lesdites séquences sont enregistrées sur un support d'enregistrement dont la forme et la nature facilitent la lecture, l'analyse et/ou l'exploitation de ladite ou desdites séquence (s). Ces supports peuvent également contenir d'autres informations extraites de la présente invention, notamment les analogies avec des séquences déjà connues, comme mentionné dans le Tableau III et/ou des informations concernant les séquences nucléotidiques et/ou de polypeptides d'autres microorganismes afin de faciliter l'analyse comparative et l'exploitation des résultats obtenus.

Parmi cesdits supports d'enregistrement, on préfère en particulier les supports lisibles par un ordinateur, tels les supports magnétiques, optiques, électriques ou hybrides, en particulier les disquettes informatiques, les CD- ROM, les serveurs informatiques. De tels supports d'enregistrement sont également objet de l'invention.

Les supports d'enregistrement selon l'invention, avec les informations apportées, sont très utiles pour le choix d'amorces ou de sondes nucléotidiques pour la détermination de gènes dans Lactococcus lactis ou souches proches de cet organisme. De mme, l'utilisation de ces supports pour l'étude du polymorphisme génétique de souche proche de Lactococcus lactis, en particulier par la détermination des régions de colinéarité, est très utile dans la mesure où ces supports fournissent non seulement la séquence nucléotidique du génome de Lactococcus lactis IL1403, mais également l'organisation génomique dans ladite séquence. Ainsi, les utilisations de supports d'enregistrement selon l'invention sont également des objets de l'invention.

Un procédé d'étude du polymorphisme génétique entre les souches proches de Lactococcus lactis, par détermination des régions de colinéarité, peut comprendre les étapes de - fragmentation de l'ADN chromosomal de ladite autre souche (sonication, digestion),

- séquence des fragments d'ADN, - analyse d'homologie avec le génome de Lactococcus lactis IL 1043 (SEQ ID N° 1).

Ce procédé qui comprend une étape d'analyse d'homologie avec le génome de Lactococcus lactis IL1403, en particulier grâce à l'aide d'un support d'enregistrement, est également l'objet de l'invention.

L'analyse d'homologie entre différentes séquences s'effectue en effet avantageusement à l'aide de logiciels de comparaisons de séquences, tels le logiciel Blast, ou les logiciels de la trousse GCG, décrits précédemment.

L'invention vise également les vecteurs de clonage et/ou d'expression, qui contiennent une séquence nucléotidique selon l'invention. On préfère en particulier, les séquences nucléotidiques codant pour des polypeptides impliqués dans la machinerie cellulaire, en particulier la sécrétion, le métabolisme intermédiaire central, en particulier la production de sucre, le métabolisme énergétique, les processus de synthèse des acides aminés, de transcription et de traduction, de synthèse de polypeptides, ou les séquences nucléiques impliquées dans les fonctions relatives aux phages et prophages.

Les vecteurs selon l'invention sont avantageusement utilisés pour la génération de souches bactériennes qui présentent des propriétés de fermentation améliorée et/ou une stabilité accrue. En particulier, on recherche les souches bactériennes, de préférence de Lactococcus lactis, qui présentent une résistance accrue aux phages, ou des capacités de sécrétion améliorées.

Les vecteurs selon l'invention comportent de préférence des éléments qui permettent l'expression et/ou la sécrétion des séquences nucléotidiques dans une cellule hôte déterminée.

Le vecteur doit alors comporter un promoteur, des signaux d'initiation et de terminaison de la traduction, ainsi que des régions appropriées de régulation de la transcription. Il doit pouvoir tre maintenu de façon stable dans la cellule hôte et peut éventuellement posséder des signaux particuliers qui

spécifient la sécrétion de la protéine traduite. Ces différents éléments sont choisis et optimisés par l'homme du métier en fonction de l'hôte cellulaire utilisé. A cet effet, les séquences nucléotidiques selon l'invention peuvent tre insérées dans des vecteurs à réplication autonome au sein de l'hôte choisi, ou tre des vecteurs intégratifs de l'hôte choisi.

De tels vecteurs sont préparés par des méthodes couramment utilisées par l'homme du métier, et les clones résultant peuvent tre introduits dans un hôte approprié par des méthodes standards, telle que la lipofection, l'électroporation, le choc thermique, ou des méthodes chimiques.

Les vecteurs selon l'invention sont par exemple des vecteurs d'origine plasmidique ou virale. Ils sont utiles pour transformer des cellules hôtes afin de cloner ou d'exprimer les séquences nucléotidiques selon l'invention.

L'invention comprend également les cellules hôtes transformées par un vecteur selon l'invention.

L'hôte cellulaire peut tre choisi parmi des systèmes procaryotes ou eucaryotes, par exemple les cellules bactériennes mais également les cellules de levure ou les cellules animales, en particulier les cellules de mammifères. On peut également utiliser des cellules d'insectes ou des cellules de plantes. Les cellules hôtes préférées selon l'invention sont en particulier les cellules procaryotes, de préférence les bactéries appartenant au genre Lactococcus, à l'espèce Lactococcus lactis, ou les microorganismes associés à l'espèce Lactococcus lactis. L'invention concerne également les animaux et végétaux, excepté l'homme, qui comprennent une cellule transformée selon l'invention.

Les cellules transformées selon l'invention sont utilisables dans des procédés de préparation de polypeptides recombinants selon l'invention. Les procédés de préparation d'un polypeptide selon l'invention sous forme recombinante, caractérisés en ce qu'ils mettent en oeuvre un vecteur et/ou une cellule transformée par un vecteur selon l'invention sont eux-mmes compris dans la présente invention. De préférence, on cultive une cellule transformée par un

vecteur selon l'invention dans des conditions qui permettent l'expression dudit polypeptide et on récupère ledit peptide recombinant. Les cellules hôtes selon l'invention peuvent également tre utilisées pour la préparation de compositions alimentaires, qui sont elles-mmes objet de la présente invention.

Ainsi qu'il a été dit, l'hôte cellulaire peut tre choisi parmi des systèmes procaryotes ou eucaryotes. En particulier, il est possible d'identifier des séquences nucléotidiques selon l'invention, facilitant la sécrétion dans un tel système procaryote ou eucaryote. Un vecteur selon l'invention portant une telle séquence peut donc tre avantageusement utilisé pour la production de protéines recombinantes, destinées à tre sécrétées. En effet, la purification de ces protéines recombinantes d'intért sera facilité par le fait qu'elles sont présentent dans le surnageant de la culture cellulaire plutôt qu'à l'intérieur des cellules hôtes.

On peut également préparer les polypeptides selon l'invention par synthèse chimique. Un tel procédé de préparation est également un objet de l'invention. L'homme du métier connaît les procédés de synthèse chimique, par exemple les techniques mettant en oeuvre des phases solides (voir notamment Steward et al., 1984, Solid phase peptides synthesis, Pierce Chem. Company, Rockford, 111,2ème éd., (1984)) ou des techniques utilisant des phases solides partielles, par condensation de fragments ou par une synthèse en solution classique. Les polypeptides obtenus par synthèse chimique et pouvant comporter des acides aminés non naturels correspondant sont également compris dans l'invention.

L'invention comprend également les polypeptides hybrides qui comprennent au moins la séquence d'un polypeptide selon l'invention, et la séquence d'un polypeptide susceptible d'induire une réponse immunitaire chez l'homme ou l'animal. L'invention comprend également les séquences nucléotidiques qui codent pour de tels polypeptides hybrides, ou les vecteurs qui contiennent ces séquences nucléotidiques. Ce couplage entre un polypeptide

selon l'invention et un polypeptide immunogène, peut tre effectué par voie chimique, ou par voie biologique. Ainsi, selon l'invention, il est possible d'introduire un ou plusieurs élément (s) de liaison, notamment des acides aminés pour faciliter les réactions de couplage entre le polypeptide selon l'invention, et le polypeptide immunostimulateur, le couplage covalent de l'antigène immunostimulateur pouvant tre réalisé à l'extrémité N ou C-terminale du polypeptide selon l'invention. Les réactifs bifonctionnels permettant ce couplage sont déterminés en fonction de l'extrémité choisie pour réaliser ce couplage, et les techniques de couplage sont bien connues de l'homme du métier.

Les conjugués issus d'un couplage de peptides peuvent tre également préparés par recombinaison génétique. Le peptide hybride (conjugué) peut en effet tre produit par des techniques d'ADN recombinant, par insertion ou addition à la séquence d'ADN codant pour le polypeptide selon l'invention, d'une séquence codant pour le ou les peptide (s) antigène (s), immunogène (s) ou haptène (s). Ces techniques de préparation de peptides hybrides par recombinaison génétique sont bien connues de l'homme du métier (voir par exemple Makrides, 1996, Microbiological Reviews 60, 512-538).

De préférence, ledit polypeptide immunitaire est choisi dans le groupe des peptides contenant les anatoxines, notamment le toxoïde diphtérique ou le toxoïde tétanique, les protéines dérivées du Streptocoque (comme la protéine de liaison à la séralbumine humaine), les protéines membranaires OMPA et les complexes de protéines de membranes externes, les vésicules de membranes externes ou les protéines de chocs thermiques.

Les séquences nucléotidiques et vecteurs, codant pour un polypeptide hybride selon l'invention sont également objet de l'invention.

Les polypeptides hybrides selon l'invention sont très utiles pour obtenir des anticorps monoclonaux ou polyclonaux, capables de reconnaître spécifiquement les polypeptides selon l'invention. En effet, un polypeptide hybride selon l'invention permet la potentiation de la réponse immunitaire,

contre le polypeptide selon l'invention couplé à la molécule immunogène. De tels anticorps monoclonaux ou polyclonaux, leurs fragments, ou les anticorps chimériques, reconnaissant les polypeptides selon l'invention, sont également objets de l'invention.

Les anticorps monoclonaux spécifiques peuvent tre obtenus selon la méthode classique de culture d'hybridome décrite par Köhler et Milstein (1975, Nature 256,495).

Les anticorps selon l'invention sont par exemple des anticorps chimériques, des anticorps humanisés, des fragments Fab, ou F (ab') 2. Il peut également se présenter sous forme d'immunoconjugué ou d'anticorps marqué afin d'obtenir un signal détectable et/ou quantifiable.

Ainsi, les anticorps selon l'invention peuvent tre employés dans un procédé pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un microorganisme associé dans un échantillon biologique, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes : a) mise en contact de l'échantillon biologique avec un anticorps selon l'invention ; b) mise en évidence du complexe antigène-anticorps éventuellement formé.

Les anticorps selon la présente invention sont également utilisables afin de détecter une expression d'un gène de Lactococcus lactis ou de microorganismes associés. En effet, la présence du produit d'expression d'un gène reconnu par un anticorps spécifique dudit produit expression peut tre détectée par la présence d'un complexe antigène-anticorps formé après la mise en contact de la souche de Lactococcus lactis ou du microorganisme associé avec un anticorps selon l'invention. La souche bactérienne utilisée peut avoir été « préparée », c'est-à-dire centrifugée, lysée, placée dans un réactif approprié pour la constitution du milieu propice à la réaction immunologique. En particulier, on préfère un procédé de détection de l'expression dans le gène,

correspondant à un Western blot, pouvant tre effectué après une électrophorèse sur gel de polyacrylamide d'un lysat de la souche bactérienne, en présence ou en l'absence de conditions réductrices (SDS-PAGE). Après migration et séparation des protéines sur le gel de polyacrylamide, on transfère lesdites protéines sur une membrane appropriée (par exemple en nylon) et on détecte la présence de la protéine ou du polypeptide d'intért, par mise en contact de ladite membrane avec un anticorps selon l'invention.

Ainsi, la présente invention comprend également les kits ou nécessaires pour la mise en oeuvre d'un procédé tel que décrit (de détection de l'expression d'un gène de Lactococcus lactis ou d'un microorganisme associé, ou pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou un microorganisme associé), comprenant les éléments suivants : a) un anticorps polyclonal ou monoclonal selon l'invention ; b) éventuellement, les réactifs pour la constitution du milieu propice à la réaction immunologique ; c) éventuellement, les réactifs permettant la mise en évidence des complexes antigène-anticorps produits par la réaction immunologique.

Les polypeptides et les anticorps selon l'invention peuvent avantageusement tre immobilisés sur un support, notamment une puce à protéines. Une telle puce à protéines est un objet de l'invention, et peut également contenir au moins un polypeptide d'un microorganisme autre que Lactococcus lactis ou un anticorps dirigé contre un composé d'un microorganisme autre que Lactococcus lactis.

Les puces à protéines ou filtres à haute densité contenant des protéines selon l'invention peuvent tre construits de la mme manière que les puces à ADN selon l'invention. En pratique, on peut effectuer la synthèse des polypeptides fixés directement sur la puce à protéines, ou effectuer une synthèse ex situ suivie d'une étape de fixation du polypeptide synthétisé sur ladite puce.

Cette dernière méthode est préférable, lorsque l'on désire fixer des protéines de

taille importante sur le support, qui sont avantageusement préparées par génie génétique. Toutefois, si l'on ne désire fixer que des peptides sur le support de ladite puce, il peut tre plus intéressant de procéder à la synthèse desdits peptides directement in situ.

Les puces à protéines selon l'invention peuvent tre avantageusement utilisées dans des kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de bactéries associées à l'espèce Lactococcus lactis ou à un microorganisme, ou de façon plus générale dans des kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de microorganismes. Lorsque l'on fixe les polypeptides selon l'invention sur les puces à ADN, on recherche la présence d'anticorps dans les échantillons testés, la fixation d'un anticorps selon l'invention sur le support de la puce à protéines permettant l'identification de la protéine dont ledit anticorps est spécifique.

De préférence, on fixe un anticorps selon l'invention sur le support de la puce à protéines, et on détecte la présence de l'antigène correspondant, spécifique de Lactococcus lactis ou d'un microorganisme associé.

Une puce à protéines ci-dessus décrite peut tre utilisée pour la détection de produits de gènes, pour établir un profil d'expression desdits gènes, en complément d'une puce à ADN selon l'invention.

Les puces à protéines selon l'invention sont également extrmement utiles pour les expériences de protéomique, qui étudie les interactions entre les différentes protéines d'un microorganisme donné. De façon simplifiée, on fixe des peptides représentatifs des différentes protéines d'un organisme sur un support. Puis, on met ledit support en contact avec des protéines marquées, et après une étape optionnelle de rinçage, on détecte des interactions entre lesdites protéines marquées et les peptides fixés sur la puce à protéines.

Ainsi, les puces à protéines comprenant une séquence polypeptidique selon l'invention ou un anticorps selon l'invention sont objet de l'invention, ainsi que les kits ou nécessaires les contenant.

La présente invention couvre également un procédé de détection et/ou d'identification de bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un microorganisme associé dans un échantillon biologique, qui met en oeuvre une séquence nucléotidique selon l'invention.

Il doit tre entendu que le terme échantillon biologique concerne dans la présente invention les échantillons prélevés à partir d'un organisme vivant (en particulier sang, tissus, organes ou autres prélevés à partir d'un mammifère) ou un échantillon contenant du matériel biologique, c'est-à-dire de l'ADN. Un tel échantillon biologique englobe donc les compositions alimentaires contenant des bactéries (par exemple les fromages, les produits laitiers), mais également des compositions alimentaires contenant des levures (bières, pains) ou autres.

Le procédé de détection et/ou d'identification mettant en oeuvre les séquences nucléotidiques selon l'invention peut tre de diverse nature.

On préfère un procédé comportant les étapes suivantes : a) éventuellement, isolement de l'ADN à partir de l'échantillon biologique à analyser, ou obtention d'un ADNc à partir de l'ARN de l'échantillon biologique ; b) amplification spécifique de l'ADN de bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un micro-organisme associé à l'aide d'au moins une amorce selon l'invention ; c) mise en évidence des produits d'amplification.

Ce procédé est basé sur l'amplification spécifique de l'ADN, en particulier par une réaction d'amplification en chaîne.

On préfère également un procédé comprenant les étapes suivantes : a) mise en contact d'une sonde nucléotidique selon l'invention avec un échantillon biologique, l'acide nucléique contenu dans l'échantillon biologique ayant, le cas échéant, préalablement été rendu accessible à l'hybridation, dans des conditions permettant l'hybridation de la sonde à l'acide nucléique d'une bactérie

appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un micro- organisme associé ; b) mise en évidence de l'hybride éventuellement formé entre la sonde nucléotidique et l'ADN de l'échantillon biologique.

Un tel procédé ne doit pas tre limité à la détection de la présence de l'ADN contenu dans l'échantillon biologique attesté, il peut tre également mis en oeuvre pour détecter l'ARN contenu dans ledit échantillon. Ce procédé englobe en particulier les Southern et Northern blot.

Un autre procédé préféré selon l'invention comprend les étapes suivantes : a) mise en contact d'une sonde nucléotidique immobilisée sur un support selon l'invention avec un échantillon biologique, l'acide nucléique de l'échantillon, ayant, le cas échéant, été préalablement rendu accessible à l'hybridation, dans des conditions permettant l'hybridation de la sonde à l'acide nucléique d'une bactérie appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un micro-organisme associé ; b) mise en contact de l'hybride formé entre la sonde nucléotidique immobilisée sur un support et l'acide nucléique contenu dans l'échantillon biologique, le cas échéant après élimination de l'ADN de l'échantillon biologique n'ayant pas hybridé avec la sonde, avec une sonde nucléotidique marquée selon l'invention ; c) mise en évidence du nouvel hybride formé à l'étape b).

Ce procédé est avantageusement utilisé avec une puce à ADN selon l'invention, l'acide nucléique recherché s'hybridant avec une sonde présente à la surface de ladite puce, et étant détecté par l'utilisation d'une sonde marquée. Ce procédé est avantageusement mis en oeuvre en combinant une étape préalable d'amplification de l'ADN ou de l'ADN complémentaire obtenu éventuellement par transcription inverse, à l'aide d'amorces selon l'invention.

Ainsi, la présente invention englobe également les kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un micro-organisme associé, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants : a) une sonde nucléotidique selon l'invention ; b) éventuellement, les réactifs nécessaires à la mise en oeuvre d'une réaction d'hybridation ; c) éventuellement, au moins une amorce selon l'invention ainsi que les réactifs nécessaires à une réaction d'amplification de l'ADN.

De mme, la présente invention englobe également les kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un micro-organisme associé, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants : a) une sonde nucléotidique, dite sonde de capture, selon l'invention ; b) une sonde oligonucléotidique, dite sonde de révélation, selon l'invention ; c) éventuellement, au moins une amorce selon l'invention ainsi que les réactifs nécessaires à une réaction d'amplification de l'ADN.

Enfin, les kits ou nécessaires pour la détection et/ou l'identification de bactéries appartenant à l'espèce Lactococcus lactis ou à un micro-organisme associé, caractérisé en ce qu'il comprend les éléments suivants : a) au moins une amorce selon l'invention ; b) éventuellement, les réactifs nécessaires pour effectuer une réaction d'amplification d'ADN ; c) éventuellement, un composant permettant de vérifier la séquence du fragment amplifié, plus particulièrement une sonde oligonucléotidique selon l'invention. sont également objets de la présente invention.

De préférence, lesdites amorces et/ou sondes et/ou polypeptides et/ou

anticorps selon la présente invention utilisés dans les procédés et/ou kits ou nécessaires selon la présente invention sont choisis parmi les amorces et/ou sondes et/ou polypeptides et/ou anticorps spécifiques de l'espèce Lactococcus lactis. De manière préférée, ces éléments sont choisis parmi les séquences nucléotidiques condant pour une protéine sécrétée, parmi les polypeptides sécrétés, ou parmi les anticorps dirigés contre des polypeptides sécrétés de Lactococcus lactis.

La présente invention a également pour objet les souches de Lactococcus lactis et/ou de microorganismes associés contenant une ou plusieurs mutation (s) dans une séquence nucléotidique selon l'invention, en particulier une séquence ORF, ou leurs éléments régulateurs (en particulier promoteurs).

On préfère, selon la présente invention, les souches de Lactococcus lactis présentant une ou plusieurs mutation (s) dans les séquences nucléotidiques codant pour des polypeptides impliqués dans la machine cellulaire, en particulier la sécrétion, le métabolisme intermédiaire central, en particulier la production de sucres, le métabolisme énergétique, les processus de synthèse des acides aminés, de transcription et de traduction, de synthèse des polypeptides, ou dans la résistance et/ou l'adaptation au stress ou les séquences nucléiques impliquées dans les fonctions relatives aux phages et prophages.

Lesdites mutations peuvent mener à une inactivation du gène, ou en particulier lorsqu'elles sont situées dans les éléments régulateurs dudit gène, à une surexpression de celui-ci.

Ainsi, on recherche en particulier des souches de Lactococcus lactis présentant une résistance accrue à l'infection et/ou la propagation des phages, sur-exprimant ou sous-exprimant (en particulier n'exprimant plus du tout) un polypeptide selon l'invention, impliquées dans les fonctions relatives aux phages et prophages. Une souche de Lactococcus lactis qui présente une résistance accrue à l'infection et/ou la propagation des phages, contenant un gène toxique sous le contrôle d'un agent régulateur de l'expression des gènes codant pour les

fonctions relatives aux phages et prophages, est également un objet de l'invention.

De telles souches de Lactococcus lactis modifiées sont très utiles pour augmenter la biosynthèse ou la biodégradation de composés d'intért. En particulier, on recherche une amélioration de la biosynthèse du diacétyle, lorsque l'on désire fabriquer du beurre ou du fromage blanc. Il peut également tre intéressant d'améliorer la biodégradation des sucres en particulier les lactoses, présents dans les compositions alimentaires dans lesquelles on rajoute les souches selon l'invention.

On peut également utiliser un polypeptide selon l'invention, une cellule transformée selon l'invention, et/ou un animal selon l'invention dans un procédé de biosynthèse ou de biodégradation d'un composé d'intért, lui-mme également objet de la présente invention.

Enfin, une méthode de diagnostic de la présence de phages dans les levains lactiques et dans les produits laitiers, par l'étude de la présence de l'acide nucléique qui code pour un polypeptide impliqué dans les fonctions relatives aux phages et prophages, est également un objet de l'invention.

MATERIELS ET METHODS 1. Le séquençaénonze L. lactis IL1403.

La stratégie de séquençage du génome de L. lactis IL1403 comportait deux étapes principales. Premièrement, la séquence diagnostique a été établie, avec une redondance de séquençage de seulement 2. Deuxièmement, la qualité de la séquence a été améliorée par séquençage de matrices aléatoires jusqu'à obtenir une redondance de 6. Toute partie du génome qui n'a été séquencé que sur un brin a été re-séquencé, en utilisant des matrices générées par PCR à longue distance (Long Range ou LR PCR), afin d'obtenir un taux d'erreur

inférieur à 0,01% (moins d'une erreur pour 10.000 bases).

La stratégie de séquençage avec une faible redondance, du génome de L. lactis, est présentée dans le Tableau 2. Cette stratégie est un compromis entre une approche de séquençage direct et une approche de séquençage au hasard.

L'objectif étant de réduire le temps et l'effort nécessaire pour obtenir l'organisation du génome et connaître les gènes qui le compose. Dans un premier temps, un nombre limité de clones choisis au hasard est séquence, ainsi le taux d'accumulation de nouvelles séquences reste approximativement constant. Cette condition s'arrte quand le génome a été couvert à peu près une fois. Dans un second temps, des clones choisis au hasard, et portant un grand insert, sont séquencés par « primer walking ». On peut garder alors une redondance faible en choisissant les oligonucléotides correspondant aux extrémités des contigs prolongés, pour l'étape suivante de « primer walking ».

Cette étape est poursuivie jusqu'à ce que l'obtention d'une nouvelle séquence soit supérieure à l'obtention d'1 nouvelle base pour 3 bases séquencées. L'étape finale du séquençage s'achève par l'utilisation d'une autre méthode directe, qui est appelée « multiplex long accurate PCR » (MLA PCR) (Sorokin et al, 1996, A new approach using multiplex long accurate PCR and yeast artificial chromosomes for bacterial chromosome mapping and sequencing, Genome Res, 6 : 448-53). Celle-ci implique le mélange d'un grand nombre d'oligonucléotides correspondant aux extrémités des contigs. Un produit sera obtenu chaque fois que la distance entre 2 sites sur le génome, correspondant aux extrémités de deux contigs, est inférieure à la taille maximale pouvant tre synthétisée par LR PCR. Pour la taille du génome de L. lactis, la probabilité d'obtenir ce type de produit est entre 0,5 et 1, si 20 oligonucléotides sont mélangés (au moins la moitié des réactions de PCR contenant 20 oligonucléotides choisis au hasard, donneront un produit d'amplification). Les données statistiques de l'application de cette stratégie pour le séquençage de L. lactis sont présentées dans le tableau 3. Une banque contenant 2854 clones avec des inserts d'une taille comprise

entre 1 et 2 Kb, a été construite en utilisant les vecteurs pBluescript II KS+ (Stratagène) ou pSGMU2 (Errington J, 1986, A general method for fusion of the Escherichia coli lacZ gene to chromosomal genes in Bacillus subtilis, J Gen Microbiol, 132 : 2953-66). 2625 clones ont été séquencés avec l'oligonucléotide direct (M13-21) et 2168 avec l'oligonucléotide réverse (M13RP1), avec un taux de séquences réussies d'environ 90 %. Après l'obtention d'environ 2100 kb de séquences, 2357 oligonucléotides ont été synthétisés pour fermer les espaces entres les séquences directes et réverses. Un total d'environ 3,3 Mb de séquences a ainsi été obtenu.

Le vecteur k-FIXII (Stratagène) a été utilisé pour construire une banque de grands inserts. Le chromosome de L. lactis a été partiellement digéré avec Sau3A, fractionné par centrifugation en gradient de sucrose, traité avec la Klenow polymérase en présence de dGTP et de dATP, et ligaturé avec le vecteur k-FIXII lui-mme digéré par XhoI et traité avec la Klenow polymérase en présence de dCTP et de dTTP. 262 phages ont été choisis au hasard et les extrémités des inserts ont été séquencées avec l'oligonucléotide T7 (Stratagène). Parmis ces 262 phages séquencés, 122 phages ayant permis d'obtenir une séquence unique avec l'oligonucléotide T7, ont alors été séquencés avec l'oligonucléotide T3 (Stratagène). Environ 250 kb de séquences ont ainsi été obtenues de cette façon.

La MLA PCR a été utilisée pour obtenir des produits pour de nouvelles séquences. L'étape critique de la méthode a été de déterminer quels mélanges de 2 oligonucléotides donnaient un produit utilisable pour le séquençage. Le protocole développé précédemment et qui requérait deux étapes pour l'identification (Sorokin et al, 1996, A new approach using multiplex long accurate PCR and yeast artificial chromosomes for bacterial chromosome mapping and sequencing, Genome Res, 6 : 448-53), a été modifié ici de façon à ce qu'une seule étape soit requise. Au total, 1641 réactions de séquençage sur des produits de tailles variant entre 1 et 20 kb ont été obtenues, et environ 0,77 Mb de séquences ont été lues. Cette étape a permis de

finir l'assemblage complet du chromosome, donnant un contig de 2,34 Mb. La redondance totale est proche de 2. Pour vérifier que l'assemblage est correct, les Inventeurs ont effectué des amplifications de type LR PCR sur le génome entier, en utilisant 266 oligonucléotides, séparés par des distances prédites entre 10 et 20 kb.

Les produits espérés ont été obtenus, indiquant que l'assemblage est correct.

Pour améliorer la qualité de la séquence finale, et ainsi faciliter l'étape suivante d'annotation, une autre banque de plasmides contenant des petits inserts (1-2 kb) du génome de L. lactis IL 1403, a été construite et les inserts obtenus séquencés avec les oligonucléotides directs (M13-21) et réversés (M13RP1). Au total 7665 plasmides ont été séquencés avec succès, ce qui a permis d'obtenir 15310 gels lus, contenant 9671085 caractères. Ces séquences couvrent 93 % de la séquence contiguë obtenue lors de l'étape de séquençage basse-redondance, et sont distribuées dans 358 groupes le long de la séquence contiguë. 978 oligonucléotides ont alors été synthétisés pour séquencer les produits de LR PCR générés en utilisant la séquence connue d'IL1403. La base de données de la séquence finale contient 26036 gels lus, contenant 14842630 caractères. La taille moyenne des gels lus est donc de 570 bases. La longueur de la séquence génomique d'IL1403 est de 2365589 bases, la redondance de la séquence finale est 6,27.

2. L'annotation du énome d'IL1403 2.1. Prédiction des gènes codant pour les protéines dans L. lactis IL1403.

Les fentres ouvertes de lecture prédites ont d'abord été identifiées en utilisant TGA, TAA et TAG comme codons stops et en utilisant le code génétique bactérien standard. La région codante pouvant coder pour une protéine a été considérée comme ayant une taille de plus de 60 acides aminés.

Les séquences homologues à l'extrémité 3'de l'ARNr 16S de L. lactis (3' UCUUUCCUCCA... 5') en amont des codons potentiels d'initation, qui sont

ATG, GTG, ou TTG, ont été systématiquement recherchées pour assurer la fonctionnalité du gène putatif trouvé. Plusieurs gènes dans L. lactis IL1403 ont ainsi été trouvés, ils ont été appelés ARNm « leaderless » et démarrent au codon ATG de l'extrémité 5'. Ceci est applicable en particulier aux gènes impliqués dans le processus de transformation génétique. Ceci peut expliquer que L. lactis est protégé de cette façon de l'expression de gènes occasionnels due à une mutation ou à une insertion d'une séquence ayant une activité promotrice.

Les protéines prédites sont ensuite systématiquement testées au niveau de leur homologie avec les protéines connues contenues dans les bases de données. Finalement, ceci a révélé 2323 gènes avec ou sans fonctions assignées, présentés dans le tableau 1. Les gènes sont classés selon un schéma de classification proposé par M. Riley (Riley M, 1993, Functions of the gene products of Escherichia coli, Microbiol Rev, 57 : 862-952). Plusieurs catégories de gènes de L. lactis IL1403 sont décrits ci-dessous.

2.2 Les éléments IS et les prophages chez L. lactis IL1403.

Trois éléments IS étaient déjà connus dans le génome de L. lactis IL1403, désignés IS981, IS982 et IS1076. Leur nombre de copies (respectivement dix, une et sept) et leur localisation approximative sont rapportés. Les données de séquençage des Inventeurs révèlent que dans toutes les localisations chromosomiques où IS1076 a été cartographié, la séquence nucléotidique identique à IS904 est présente. Le dernier nom est gardé sur la carte. Un autre élément, appelé IS1077, était présent dans chacun de ces sept sites. Quinze copies d'un élément, qui n'avait pas été décrit précédemment pour l'espèce Lactococcus et appelé IS983, ont été détectées dans le génome de IL1403. L'élément le plus proche relativement d'une autre bactérie lactique, qui est IS1070, a été découvert dans le plasmide pNZ63 de Leuconostoc lactis NZ6009.

Pour identifier les prophages potentiels présents dans le chromosome, les Inventeurs ont utilisé la recherche d'homologies dans les bases de données

contenant des séquences protéiques de phages connus. La base de données est composée de 1219 séquences protéiques, comprenant l'ensemble complet des 50 protéines putatives dérivées de la séquence du phage tempéré rit de L. lactis (Van Sinderen, D., Karsens, H., Kok, J., Terpstra, P., Ruiters, M. H., Venema, G., & Nauta, A., 1996, Sequence analysis and molecular characterization of the temperate lactococcal bacteriophage rit, Mol Microbiol 19 : 1343-1355). Une distribution des homologies non redondantes lancées sur le génome de L. lactis a été générée. Cette distribution indique la présence de trois régions, autour de 470,1060 et 1430 Kb, qui contiennent les prophages identifiés précédemment par des tests biologiques. Deux sites, autour de 45 et 2020 Kb, indiquent un quatrième et un cinquième prophages.

2.3. Le biais GC, l'origine de réplication et le terminus.

Pour prédire les sites de l'origine de la réplication et le terminus, les Inventeurs ont utilisé les biais GC et AT dans des schémas similaires (Lobry, J. R., 1996, Asymmetric substitution patterns in the two DNA strands of bacteria, Mol Biol Evol, 13 : 660-665). Les distributions des valeurs (C- G)/ (C+G) et (A-T)/ (A+T) le long de la région chromosomique montre une transition bien franche entre les valeurs positives et négatives, et indique la présence de l'origine de réplication dans le voisinage de gène dnaA. Cette région contient quatre boites DnaA, qui indiquent aussi la présence de l'origine de réplication. Les Inventeurs ont choisi le point de départ de la présentation circulaire du génome de L. lactis au milieu du site HindlII près de l'origine de réplication et la carte est orientée de façon avec la direction de transcription des gènes dnaA et dnaN.

Les biais GC et AT indiquent aussi la localisation du terminus de réplication. La transition entre les valeurs positives et négatives se produit près de la position 1260 K. Ceci est en corrélation avec la localisation du terminus de réplication basée sur l'orientation des gènes potentiels de transcription et la distribution des sites chi le long du génome.

3 DesenPtion des catégories de cènes 3.1. Biosynthèses d'acides aminés de vitamines et de nucléotides.

Les analyses des Inventeurs ont montré que L. lactis a un potentiel génétique pour synthétiser les 20 acides aminés standards et au moins 4 co-facteurs (l'acide folique, la ménaquinone, la riboflavine et la thiorédoxine). Cependant, cette bactérie est délicate d'un point de vue nutritionnel et nécessite de nombreux métabolites qu'il faut ajouter au milieu synthétique (Jensen & Hammer, 1993, Minimal requirements for exponential growth of lactococcus lactis, Appl Env Microbiol, 59 : 4363-4366). Le problème des exigences nutritionnelles délicates des souches L. lactis a récemment été abordé par l'application de la techique de simple omission (Cocaign-Bousquet, M., Garrigues, C., Novak, L., Lindley, N. D., & Loubiere, P., 1995, Rational development of a simple synthetic medium for the sustained growth of Lactococcus lactis, J Appl Bacteriol, 79 : 108-116) et des approches génétiques. II a également été montré que l'auxotrophie de IL1403, utilisée comme une souche laitière, pour l'histidine et les acides aminés à chaine ramifiée est dûe à des mutations récemment acquises. La mise à disposition du complément complet des gènes biosynthétiques présents dans L. lactis fournira de nombreux éléments pour la compréhension et l'utilisation efficace du métabolisme biosynthétique dans ces bactéries.

Les Inventeurs ont détecté 60 gènes impliqués dans la biosynthèse et la préservation des nucléotides et nucléosides. La plupart des gènes pour la biosynthèse des purines sont regroupés près de l'opéron purDEK, qui a été récemment caractérisé. Une copie de IS983 a été détectée entre l'opéronpurDEK et d'autres gènes de la biosynthèse des purines.

3.2. Métabolisme énergétique et transporteurs.

Le potentiel génétique de L. lactis à croître sur différentes sources carbonées peut tre estimé à partir de la présence des gènes de biodégradation et des transporteurs adéquats. IL1403 a des gènes qui peuvent tre utilisés pour la

croissance sur différentes sources de carbone : le glucose (les gènes de glycolyse), le fructose (positions 1519 et 2230 kb, fructokinase and glucoso-6P-isomérase, scrK et pgiA), la N-acétyl glucosamine (1032 kb, gène codant pour la glucosamine- fructoso-6P aminotransférase, glmS), le xylose (1550 kb, opéron xi4, le ribose (1685 kb, opéron rbs), le mannose (779 kb, mannose-6P isomérase, pmi), le gluconate (608,2254 et 2254 kb, 6P gluconate déshydrogénases et gluconate kinase, gnd, génie and gntk), maltose (692,700 et 1526 kb, maltodextrine glucosidases and 4-a-glucanotransférase, malQ), le lactose (2041 kb, (3- galactosidase, lacZ), le galactose (2045 kb, opéron gal), le mannitol (33 kb, mannitol-lP 5-déshydrogénase, mtlD), les différents 0-glucosides (186,419, 830, 1490 et 1520 kb, glucosidases, 6P ß-glucosidases, bglS, bglA, yidC, bglH, dexB).

L'opéron catabolique du glucuronate ou du galacturonate (1670 kb, opéron uxu- kdg) peut tre utilisé pour l'utilisation des produits de dégradation de la pectine comme une source supplémentaire d'énergie et de carbone. Les composants des systèmes de transports dépendant de l'enzyme II sucre-spécifique du phosphoénol- pyruvate ont été trouvés pour le mannitol (30 kb, mílAFt), le sucrose ou le tréhalose (435 kb, yedF), le fructose (984, fruA), le mannose (1748 kb, opéron ptn) et des p- glucosides (175,416, 830,1144 et 1489 kb, celB, opéron ptc, yidB, yleDE, píbA).

L'analyse de la séquence du chromosome de IL1403 a révélé que les gènes codant pour la voie PTS-dépendante de l'utilisation du lactose étaient absents dans cette souche. Le chromosome contient cependant un autre système pour l'utilisation du lactose dépendant du transport par le produit du gène lacS, codant pour un symporteur H ou un anti-porteur galactose-lactose. L'analyse des Inventeurs a détecté 19 gènes impliqués dans la glycolyse, complétant la description de ce système et a révélé un second gène de déshydrogénase glyceraldéhyde-phosphate.

Ceci a également confirmé l'absence d'un cycle complet de l'acide citrique. Un gène impliqué dans la gluconéogenèse a été identifié ; il s'agit du gène codant pour la fructose 1,6 bisphosphatase. Aucun gène codant pour la phosphoénolpyruvate carboxykinase ou la phosphoénolpyruvate synthétase n'a été trouvé.

Les importeurs et exporteurs de différents métabolites sont largement représentés dans les bactéries par les transporteurs ABC. Les importeurs sont impliqués dans le transport vers l'intérieur de la cellule de différents sucres ainsi que d'oligosacharides, oligopeptides et acides aminés, anions et cations. Les exporteurs sont impliqués dans l'excrétion des métabolites dangereux pour la cellule et sont donc souvent impliqués dans la résistance de la cellule à différents antibiotiques ou autres drogues. L'inventaire complet de tels transporteurs a été réalisé à partir du séquençage complet de plusieurs microorganismes, y compris de levures telles que Sacharomyces cerevisiae, Escherichia coli et Bacillus subtilis.

Dans L. lactis plusieurs systèmes codant pour les transporteurs ABC ont été caractérisés. L'un d'entre eux, oppDFBCA, code pour un transporteur d'oligopeptides et semble tre important pour la croissance dans un milieu contenant des oligopeptides. Le système codé par l'opéron IcnCD est impliqué dans la sécrétion et la maturation de lactococcine A et est important dans le développement de la résistance à cet antibiotique. Il a été montré que le gène ImrA, impliqué dans la résistance multi-drogues, est capable de complémenter le gène humain MDRI, responsable de la résistance à la chimiothérapie dans plusieurs formes de cancers. Il a été montré que les gènes busAA et busAB responsables du transport de la bétaïne sont importants pour la résistance aux chocs osmotiques. L'inventaire complet des transporteur ABC dans le chromosome de L. lactis IL1403 est présenté dans le Tableau ABC. La présente invention fournit les moyens pour détecter les gènes correspondants dans différentes souches de L. lactis et apparentés de façon étroite aux Streptocoques. Dans ces derniers, les transporteurs correspondants peuvent tre impliqués dans le développement de la pathogénicité.

3.4. Enveloppe cellulaire.

L'analyse des Inventeurs a révélé 81 gènes impliqués dans les fonctions de l'enveloppe cellulaire, y compris 10 protéines de membrane, 28 gènes de la biosynthèse des peptidoglycanes et muréine succulus et 43 gènes de la biosynthèse des polysaccharides de surface.

3.5. Machinerie cellulaire.

Parmi les gènes impliqués dans le fonctionnement de la machinerie cellulaire, listés dans le Tableau 1, les plus importants pour les applications portentielles sont ceux impliqués dans la sécrétion protéique et le développement de la compétence génétique. La liste complète des gènes détectés pertinents est présentée dans le Tableau 1. Leur présentation est détaillée en partie ci-dessus.

L'exemple correspondant d'isolement de tels gènes par la mise en oeuvre de la présente invention est fourni ci-après.

3.6. Fonctions de régulation.

L'analyse a révélé 126 gènes potentiellement impliqués dans la régulation, qui représentent à peu près 5,6 % du nombre total des ORFs identifiés.

3.7. Réplication, transcription et traduction.

65,27 et 128 gènes ont été attribués aux catégories fonctionnelles de réplication, transcription et traduction respectivement. Il apparaît que le système de réplication de L. lactis est très similaire à celui de B. subtilis. La contrepartie des gènes de ciaB et dead, essentiels pour la réplication de l'ADN chez B. subtilis et non présents dans les bactéries gram négatives, ont été détectés. Deux gènes d'ADN-polymérase III de chaine a, l'un correspondant à polC et un autre à dnaE de B. subtilis, ont également été détectés chez L. lactis. E coli possède seulement ce dernier gène. La machinerie transcriptionnelle et traductionnelle ne semble pas présenter de différence remarquable avec celle de B. subtilis. Il semble que B. subtilis, avec ses outils génétiques bien développés, puisse tre un organisme hôte convenable pour étudier la régulation des gènes dans les systèmes de L. lactis.

EXEMPLES . Détection des régions de loneue colinéarité et établissement de rganiStion correspondante des gènes dans la souche L lactis

MG1363 étroitement apparentée à L lactis IL1403.

Comme base pour la détection de gènes chez une bactérie qui est proche de L. lactis IL1403, la présente invention propose le séquençage d'un nombre limité de fragments d'ADN pris au hasard. Leur nombre doit tre défini de façon à permettre une densité suffisamment élevée de distribution de leur site d'homologie par rapport au génome de L. lactis IL1403. Dans cet exemple, pour la souche L. lactis MG1363, il y a 513 séquences qui ont en moyenne un site sur chaque 5 kb.

Les séquences des fragments d'ADN correspondant à 2 sites les plus proches du gène d'intért sur le génome de IL1403 sont utilisées pour choisir les oligonucléotides pour l'amplification par PCR de la zone correspondante à partir du génome de MG1363. Dans les régions des génomes considérées comme colinéaires, le fragment amplifié devra contenir le gène d'intért de MG1363, du fait de la colinéarité des génomes.

L'ADN chromosomique de la souche MG1363 est digéré par l'enzyme de restriction AluI ou par sonication randomisée. Après séparation dans un gel d'agarose à 0,8 %, une fraction contenant des fragments ayant une taille de 500 bp à 1 kb est isolée. Cet ADN est ligaturé au plasmide pSGMU2, digéré par SmaI et déphosphorylé par la phosphatase alkaline de E. coli. La déphosphorylation du vecteur d'ADN était nécessaire pour empcher une auto-ligature et ainsi augmenter le nombre de colonies qui portent l'ADN chromosomique de MG1363 inséré dans le vecteur. L'ADN ligaturé a été transformé dans des cellules TGI de E. coli, qui ont été rendues compétentes par un traitement avec une solution de CaCl2 à 50 mM Les cellules ont été étalées sur un milieu d'agar, qui contenait 50 gel d'ampicilline, 20 ug/ml de X-gal et 20 pg/ml d'IPTG. Les colonies blanches ont été prises pour le séquençage des inserts par des amorces sens (M13-21) et reverses (M13RP1). 665 plasmides au total ont été séquencés et ils ont donnés 882 gels lus contenant 258919 caractères. Ces séquences ont été réparties dans 539 groupes de liaison, chacun correspondant à une unique séquence de l'ADN génomique de MG1363 avec une taille moyenne de 348 bp et une longueur totale de 185292 bp.

L'analyse de l'homologie avec le génome de L. lactis IL1403 a été réalisée en utilisant les algorithmes de FASTA et de BLASTx. Les résultats de cette analyse ont été utilisés pour détecter les zones de forte homologie entre les deux génomes et pour détecter les régions de colinéarité potentielle dans les organisations de génome.

L'estimation d'un niveau d'homologie statistiquement significatif a été donnée par le calcul de la distribution des contigs (tags ou étiquettes) séquencés avec un pourcentage donné d'homologie par rapport au génome de la souche IL1403. Le niveau d'homologie entre les différentes parties des génomes de MG1363 et IL1403 qui peuvent tre considérées comme des contreparties est compris entre 65 et 100 %, avec un nombre maximum de régions homologues proche de 85 %.

240 oligonucléotides (SEQ ID N° 2324 à 2563) ont été synthétisés et utilisés dans des réactions de Long Range PCR, dans le but de confirmer la colinéarité des régions détectées. Les zones correspondant aux zones de colinéarité peuvent tre facilement amplifiées par LR PCR en utilisant les oligonucléotides correspondants comme amorces. L'organisation des gènes dans ces zones de colinéarité est conservée dans ces deux souches. Ce fait peut donc tre utilisé pour amplifier les gènes désirés à partir d'autres souches de Lactocoques et les utiliser pour des manipulations génétiques. Certains systèmes génétiques particuliers, amplifiés à partir de la souche MG1363 par utilisation de l'information génomique pour IL1403 et l'approche décrite dans cet exemple, sont décrits dans les exemples 2 et 3.

La présente invention fournit donc les séquences pour le génome de L. lactis MG1363, qui permet la détection d'un gène quelconque existant dans les deux souches : IL1403 et MG1363. Puisque l'homologie et la colinéarité des deux génomes sont estimées à 65 %, il y a 65 % de tous les gènes listés dans les Tableaux 1 et II, représentant une annotation fonctionnelle du génome de IL1403.

L'invention concerne une méthode pour l'estimation de la colinéarité entre l'organisation chromosomique de deux génomes. Les parties de deux génomes sont colinéaires si les régions homologues sont situées à égale distance dans les deux

génomes. Ceci signifie en premier lieu que dans les régions colinéaires pour deux génomes donnés, l'organisation des gènes est conservée. Ceci signifie en second lieu que les oligonucléotides homologues des régions colinéaires devraient donner, par amplification PCR, des fragments de taille similaire pour les deux génomes. Ainsi, pour les régions colinéaires, la similarité de l'amplification PCR devrait indiquer la similarité de l'organisation des gènes. Dans les parties des génomes considérées comme colinéaires, estimées par amplification PCR, les fragments amplifiés devraient contenir des gènes similaires pour les deux génomes, du fait de la colinéarité des génomes.

La présente invention fournit donc les moyens de déterminer les séquences du génome de L. lactis MG1363 et permet la détection d'un gène quelconque qui existe dans les deux souches : IL1403 et MG1363. L'homologie des deux génomes est estimée à 85 %. Les Inventeurs ont estimé que les régions de non-colinéarité, qui sont une partie du génome et dont la densité de distribution de tags séquencés inférieure à celle attendue à partir d'une distribution randomisée, est d'environ 800 kb. Ces régions ne peuvent pas tre amplifiées par PCR utilisant la méthode basée sur l'estimation de la colinéarité entre les deux génomes, fournis par la présente invention. D'autres régions peuvent tre amplifiées en utilisant cette méthode. Ainsi, en utilisant cette méthode, 65 % de tous les gènes L. lactis peuvent tre détectés dans une autre souche de L. lactis que IL1403. Ceci signifie également que la préparation de tous les fragments représentatifs à partir de l'ADN de la souche IL1403, ou à partir d'une quelconque autre souche d'intért, en utilisant les méthodes décrites ci-dessus, donnera au minimum 65 % de tous les gènes d'une quelconque souche de L. lactis. Cet ensemble représentatif de fragments peut tre utilisé pour détecter des différences entre les génomes entiers de souches de L. lactis ou pour étudier l'expression de gènes par hybridation à de l'ARN extrait. Cette détection de 65 % des gènes ou de leur expression dans L. lactis est également basée sur la séquence génomique de IL1403 présentée à la Figure 1, sur l'annotation fonctionnelle de ce génome fournie au Tableau 1 et sur la méthode de la détection

de gènes selon la présente invention.

2. Détection des rènes impliqués dnns la biosvnthèse de l'arginine dans la souche L lactis MG1363.

Un opéron codant pour cinq gènes nécessaires à la biosynthèse de l'arginine a été détecté aux environs de 805 kb du génome de L. lactis IL1403. Bien que le séquençage généré à partir de l'ADN génomique de L. lactis MG1363 n'a pas révélé un tag séquencé homologue à un quelconque gène de la biosynthèse de l'arginine, on peut s'attendre à ce que de tels gènes soient localisés dans le génome de MG1363 dans la région à partir de 800 à 850 kb, qui est colinéaire entre les deux souches. Les Inventeurs ont choisi deux tags séquencés, les plus proches de la zone, qui doivent contenir des gènes de la biosynthèse de l'arginine dans le génome de MG1363. Il s'agit de contigs séquencés qui ont révélé une homologie avec les gènes yhjD et yibC. En synthétisant les homologues oligonucléotides des séquences à partir de ces deux contigs, ma86 (SEQ ID N° 2564) et ma87 (SEQ ID NI'2565), et en réalisant une amplification par LR PCR sur l'ADN chromosomique de MG1363, un produit d'amplification d'une taille de 19 kb, ou proche de cela, contenant des gènes de la biosynthèse de l'arginine était attendu. L'amplification a donné lieu à un fragment de la taille de 19 kb. Le séquençage des extrémités de ce fragment a montré que le fragment correspondait effectivement à la zone attendue et que les gènes de la biosynthèse de l'arginine étaient contenus dans cette zone du génome de MG1363. Cette méthode peut tre appliquée à d'autres souches de L. lactis pour détecter les gènes de l'arginine dans la plupart des environnements génétiques recherchés. Les gènes argG et argy, codant pour la synthase arginosuccinate et la lyase respectivement, peuvent également tre détectés de la mme façon. Ils ont été détectés dans le génome de la souche IL1403 proche de 130 kb. Des manipulations génétiques avec ces gènes peuvent tre mises en oeuvre pour augmenter ou diminuer le niveau de production de l'arginine, ce qui a de nombreuses applications dans l'industrie alimentaire, l'agriculture ou la médecine.

3. Détection des rènes de la déshvdrocénnse Pvruvate (lans la souche de L lactis MG1363.

La déshydrogénase pyruvate est l'une des enzymes importantes dans la régulation des flux du métabolisme du pyruvate dans les microorganismes. En manipulant les niveaux d'activité de cette enzyme dans la cellule, il est possible de faire passer une bactérie de fermentation homolactique en fermentation acide mixte et ainsi influencer les rendements les différents produits de fermentation, ce qui peut influencer la saveur du produit final alimentaire. Un opéron codant pour quatre gènes nécessaires à la biosynthèse de la déshydrogénase pyruvate a été détecté aux environs de 60 kb dans le génome de L. lactis IL1403. Le séquençage généré à partir de l'ADN génomique de L. lactis MG1363 a révélé un contig, homologue du gènepdhD, codant pour une sous-unité de la désydrogénase pyruvate. Un autre tag séquencé qui peut tre utilisé pour amplifier ces gènes a été détecté comme homologue du gène yahG dans le génome annoté de IL1403. Par synthèse des oligonucléotides homologues aux séquences à partir de ces deux contigs, ma08 (SEQ ID N° 2566) et ma09 (SEQ ID N° 2567), et par la mise en oeuvre d'une amplification par LR PCR sur l'ADN chromosomique de MG1363, un produit d'amplification de la taille de 15 kb, ou proche de cela, contenant les gènes de la biosynthèse de la déshydrogénase pyruvate était attentdu. L'amplification a effectivement donné un fragment de la taille de 15 kb. Le séquençage des extrémités de ce fragment a montré que ce fragment correspondait bien à la zone attendue et que les gènes de la biosynthèse de la déshydrogénase pyruvate étaient contenus dans cette zone du génome de MG1363. Cette méthode peut tre appliquée à d'autres souches de L. lactis pour la détection des gènes de la déshydrogénase de pyruvate dans les environnements génétiques les plus recherchés. D'autres gènes également impliqués dans la glycolyse ont été détectés dans différentes parties du chromosome de la souche IL1403. Il s'agit de enoA (633 kb) et enoB (274 kb), tous deux codant pour une énolase, de pgk (242 kb) codant pour une phosphoglycératekinase, de pgm

(332 kb) codant pour une phosphoglycérate mutase, depgmB (442 kb) codant pour une betta-phosphoglycomutase, de gapA (554 kb) et de gapB (2315 kb) les deux codant pour une déshydrogénase de glycéraldéhyde 3-phosphate, de tpiA (1148 kb) codant pour une isomérase triosephosphate, de pyk (1370 kb) codant pour une pyruvate kinase, deybaA (1963 kb) codant pour une aldolase fructose-bisphosphate, de pria (2228 kb) codant pour une glucose-6-phosphate isomérase. Par la synthèse des oligonucléotides homologues des séquences à partir des contigs proches des zones où ces gènes étaient détectés dans IL1403, et la mise en oeuvre d'une amplification par LR PCR sur l'ADN chromosomique de MG1363, un produit d'amplification contenant les gènes de la glycolyse était attendu. Ces gènes représentent l'ensemble complet des gènes de la glycolyse et peuvent tre trouvés dans Lactococcus lactis.

Cette méthode peut tre appliquée à d'autres souches de L. lactis pour la détection des gènes de la glycolyse dans la plupart des environnements génétiques recherchés. La modification de ces gènes par mutagénèse pourrait donner lieu à la construction de nouvelles souches de niveau alimentaire qui auraient de nombreuses applications dans l'industrie alimentaire et l'agriculture.

4. Isolement et surproduction d'une chaperone extracytoplasniigu Les protéines sécrétées sont souvent dégradées au cours ou après leur sécrétion par des protéases présentes à la surface des cellules. Cette dégradation est souvent d'autant plus importante que la protéine sécrétée est d'origine étrangère, et ceci probablement parce que leur repliement est soit trop lent, soit mal synchronisé avec la synthèse et/ou la sécrétion. L'expression amplifiée de certains enzymes dont le rôle est de faciliter leur repliement permet parfois de protéger ces protéines de cette dégradation. Dans l'exemple suivant, les Inventeurs ont isolé la séquence complète d'un gène dont le meilleur homologue dans les bases de donnée est prsA de B. subtilis et dont l'activité semble tre celle d'aider les protéines sécrétées à mieux se replier.

Deux amorces PCR (SEQ ID N° 2568 et SEQ ID N° 2569) ont été déduites de la séquence de L. lactis IL1403 et ont permis d'amplifier le gène correspondant à prsA chez L. lactis. Ce gène a été cloné dans le vecteur pGEMT (Promega) et sa séquence vérifiée. Le plasmide obtenu a ensuite été fusionné au site col au plasmide pNZ8037 contenant le promoteur de l'opéron nisine de L. lactis. La partie pGEMT de cet hybride a ensuite été délétée par coupure PstI et recircularisation avec la T4-ligase. Ce plasmide a ensuite été transformé dans la souche NZ9000, un dérivé de L. lactis subsp. cremoris MG1363 contenant le système permettant d'induire le promoteur placé en amont du gène homologue deprsA de L. Iactis.

Cette souche a ensuite été testée pour la production de la lipase de Staphylococcus hyicus qui est dégradée en plusieurs formes tronquées lors de sa sécrétion chez L. lactis (Drouault et al. 2000, Appl Environ Microbiol., 66, 588). Dans cette souche, aucune forme dégradée de la lipase n'a pu tre visualisée montrant que la production sur plasmide de l'homologue de prsA de L. lactis IL1403 permet d'éviter l'accumulation de forme dégradée d'un enzyme hétérologue sécrété par une souche de L. lactis subsp. cremoris 5. Contrôle du métabolisme des sucres La majeure partie du galactose métabolisé par L. lactis et en général les bactéries lactiques est transformé dans la voie de la glycolyse via la voie de Leloir.

En effet, du fait du métabolisme fermentaire des bactéries lactiques, ces réactions sont plus actives que celles ayant trait à la synthèse de sucres nucléotides, precurseur du glycogène, d'acide lipotechoique et d'exopolysaccharides. Une des étapes limitant la synthèse d'EPS, en particulier chez Streptococcus thermophilus, bactéries du yaourt, est la réaction glucose-6-phosphate vers le glucose 1-phosphate par la phosphoglucomutase (oPGM). Son amplification est donc souhaitable pour permettre d'augmenter la production des EPS.

Le gène codant pour aPGM, pgm, a été caractérisé pour en obtenir une

surexpression. Aucun gène ccPGM de bactérie gram positive, et en particulier de bactérie lactique, n'avait été encore caractérisé génétiquement. Les Inventeurs ont donc recherché des séquences potentielles codant pour de tels gènes chez L. lactis sur la base de motifs court du site actif des protéines de cette famille comprenant des phosphoglucomutases, des phosphomannomutases, des phosphoNacetylglucosamine-mutases et des gènes de fonction inconnue dont mrsA de E coli (Swissprot p31120). Les Inventeurs ont ensuite réalisé des alignements multiples des protéines homologues aux gènes homologues chez L. lactis et défini pour chacun des régions conservées afin de faire la synthèse d'oligonucléotides dégénérés permettant d'amplifier les régions correspondantes du génome de différente bactéries comme par exemple Streptococcus thermophilus. Une PCR dégénérée a été réalisée avec ces oligonucléotides SEQ ID N° 2570 et SEQ ID N° 2571 sur l'ADN total d'une souche de Streptococcus thermophilus. Il ont permis d'amplifier un fragment de 1. 2 kb dont la séquence a montré qu'il contenait un gène homologue à celui de L. lactis.

Le reste du gène a ensuite été obtenu par PCR inverse (Ochman et al., 1990, Biotechnology, 8,759). L'ADN chromosomique est digérée avec des enzymes de restriction puis les produits de coupure sont circularisés par ligation avec la ligase puis amplifiés par PCR"Long Range"en utilisant des primers complémentaires au brin opposé. Les bandes obtenues sont extraites du gel et séquencées. La taille du gène pgm de Streptococcus thermophilus est de 1350 pb.

Les Inventeurs ont montré par la suite que ce gène correspond bien à l'a-PGM de S. thermophilus bien qu'il ait été isolé à partir de séquence supposée tre codante pour les mannomutases.

Pour montrer que ce gène codait pour l'a-PGM, les Inventeurs ont adopté une stratégie d'inactivation par insertion d'un vecteur dans le gène par recombinaison homologue. Dans un premier temps, des plasmides dont la réplication est thermosensible contenant des fragments internes au gène pgm (Biswas et al., 1993, J Bacteriol., 175,3628) ont été construits. Une souche de Streptococcus

thermophilus contenant le plasmide pG+host contenant l'insert interne a pgm a été mise à pousser à 42°C sur boites M17 lactose contenant l'erythromycine pour détecter les événements d'intégration. L'ADN chromosomique préparée à partir d'une souches ainsi obtenue a été digéré par KpnI puis analysé par Southern en utilisant une sonde PCR couvrant le gène pgm. La bande correspondant à l'hybridation avec le gène pgm du chromosome est transformée en deux bandes correspondant à l'intégration du vecteur dans le gène pgm. Ce plasmide est donc bien intégré par recombinaison homologue. Il est attendu qu'une souche contenant une mutation dans le gène pgm pousse normalement sur milieu contenant du glucose et du galactose mais pas sur milieu contenant du galactose ou glucose seul.

Le clone obtenu après intégration ne pousse pas sur glucose ou galactose seul, mais normalement en lactose ou sur un mélange glucose et galactose. Ceci montre que le métabolisme du glucose et du galactose a bien été découplé dans cette souche et que le gène dont l'activité a été affectée est bien pgm. Le travail réalisé dans la présente invention permet de montrer que le gène inactivé code bien pour l'enzyme connectant la voie des EPS et la glycolyse. Il code donc probablement pour l'a-PGM dont la séquence n'était pas encore caractérisée expérimentalement chez les bactéries lactiques. Ces expériences montrent aussi que l'on peut, en s'appuyant sur les séquences du génome de L. lactis, isoler des gènes d'autres bactéries et notamment des Streptococcus.

6. Résistance au stress L'annotation de IL1403 par comparaison avec d'autres bactéries telles que B. subtilis ou E. coli, permet d'identifier les gènes codant pour des activités répertoriées comme importantes en conditions de stress à la suite d'études biochimiques. Ainsi, l'invention permet l'identification de protéines mises en évidence par analyse protéomique quelle que soit la souche de L. lactis étudiée.

Par exemple, la comparaison de certaines séquences N-terminales rapportées par Kilstrup et al. (1997, Appl Environ Microbiol., 63,1826, souche MG1363)

et Frees et Ingmer (1999, Mol Microbiol., 31,79, souche MG1363) avec les orfs détectées dans la séquence de IL1403 permet de confirmer les fonctions assignées ou d'en attribuer. Ce type d'analyse devrait permettre d'identifier des gènes appartenant aux différents régulons de stress. Il deviendra possible de rechercher des séquences régulatrices communes entre les gènes d'un régulon puis dans l'ensemble de la séquence génomique afin d'en identifier tous les élements. Les gènes codant pour la H-ATPase ou la désimination de l'arginine dont les activités augmentent en condition de stress, sont désormais identifiés chez IL1403. On peut envisager de les modifier pour renforcer ou réduire la résistance des souches aux conditions acides.

Cette annotation comparée permet aussi de bénéficier des connaissances acquises chez d'autres micro-organismes sur les réponses aux stress. En exemple, il peut tre mentionné l'identification chez IL1403 d'un homologue du gène pexB de B. subtilis aussi appelé dps chez B. subtilis et E. coli. Ce gène a chez ces deux bactéries un rôle majeur dans la protection contre des dommages oxydatifs de l'ADN. Il est extrmement probable, au vu de sa conservation, qu'il remplisse la mme fonction chez L. lactis et soit important pour la survie au stress oxydatif et en phase stationnaire. Cette annotation révèle aussi des gènes de métabolisme du glycogène, de polyphosphate et de tréhalose dont il est bien établi qu'ils ont des rôles importants dans la survie en condition de phase stationnaire et de carence. Mais l'annotation révèle aussi des différences majeures entre IL1403 et B. subtilis : le facteur sigma-B contrôle chez B. subtilis une centaine de gènes de stress, la séquence de IL1403 ne révèle aucun homologue de ce facteur sigma.

L'identification des régulateurs de stress doit donc reposer sur d'autres voies que la stricte comparaison. Là encore, la séquence permet d'envisager plusieurs solutions d'une part, elle révèle un certains nombre de régulateurs dont on peut désormais déterminer l'implication dans les phénomènes de résistance aux stress, d'autre part, elle permet le développement d'outils

(notamment des puces à ADN) qui faciliteront cette étude. L'identification des régulateurs est très importante pour le développement d'applications puisque la modification d'un seul gène (le régulateur) affectera l'expression de l'ensemble des gènes appartenant à 1 régulon de stress.

La présente invention permet d'identifier les réseaux de gènes de résistance aux stress de L. lactis, leur régulateurs et leurs interactions. Des applications potentielles sont i) de trouver des marqueurs de stress pertinents, ii) de modifier ces gènes et/ou leur expression pour changer la capacité de résistance/sensibilité aux stress des Lactocoques et iii) de complémenter de façon pertinente l'absence de certains systèmes chez les Lactocoques éventuellement en implémentant de nouvelles fonctions.

Enfin, cette invention constitue un outil de diagnostic i) des stress réellement perçus par les Lactocoques au cours d'un procédé donné, ii) du potentiel de résistance/sensibilité d'une nouvelle souche et de son adéquation à un procédé, iii) pour choisir entre l'utilisation d'OGM ou de mutants naturels ou chimiques plus résistants aux stress et le cas échéant, identifier et contrôler la (es) mutation (s).

7. Cycle des ph L'analyse de la séquence du chromosome de la souche IL1403 a permis d'identifier 6 prophages et de caractériser les régions du génome dans lesquelles ils sont insérés. Au total, 256 orfs ont été identifiées, ainsi que les régions putatives de régulation de leur expression. Sur les 256 protéines codées par ces orfs, 186 sont homologues à des protéines de bactériophages ou de bactéries présentes dans les banques de données, mais 70 sont nouvelles, sans homologie avec des protéines déjà décrites. De plus, l'analyse des Inventeurs a permis d'établir que certaines protéines ont une structure modulaire. Ceci implique que ces protéines, bien qu'homologues sur une partie de leur longueur à des protéines déjà décrites, puissent néanmoins présenter des spécificités

d'action différentes. C'est le cas en particulier des protéines d'initiation de la réplication de l'ADN (Orfl6, Orfl5 et Orfl4 respectivement pour les phages bIL285, bIL286 et bIL309) qui, bien qu'ayant des domaines homologues, reconnaissent vraisemblablement des origines de réplication différentes sur l'ADN.

L'analyse de la séquence du chromosome de la souche IL1403 a permis d'identifier des gènes codant pour des protéines impliquées dans des étapes clé de la multiplication des phages telles que la régulation du choix entre cycle lytique et cycle tempéré, la réplication de l'ADN, la recombinaison, la morphogenèse et la lyse cellulaire. En perturbant l'expression ou la fonction de certaines de ces protéines, il serait possible de développer des systèmes de résistance aux phages. Deux stratégies seraient utilisables : 1) le développement de phages infectants pourrait tre gravement perturbé en changeant la concentration de l'une ou plusieurs des ces protéines ; ceci pourrait tre fait en surproduisant, ou au contraire en titrant ces protéines et/ou leurs régulateurs ; 2) les systèmes de contrôle temporel d'expression des gènes de phages pourraient tre utilisés ; en plaçant des gènes toxiques sous le contrôle de tels systèmes d'expression, il serait possible de développer des « systèmes suicides » dans lesquels l'infection par un phage entraînerait la mort des cellules infectées avant qu'elles ne puissent libérer de nouveaux phages.

La présente invention a également permis de mieux décrire la variété des génomes existant parmi les phages du groupe P335. Cette connaissance pourrait tre utilisée pour développer de meilleurs systèmes de diagnostic des phages présents dans les levains lactiques et les produits laitiers.

8. Expression des ènes et milieu d'identif cation des souches.

L'une des applications directes de l'information découlant de la séquence

génomique est la construction de filtres à haute densité ou de puces, qui peuvent tre utilisés pour étudier l'expression des gènes de la cellule entière ou pour comparer des génomes de souches différentes. La base pour la construction d'une telle expression de gènes et les milieux d'identification de souches est la séquence génomique et son annotation. Ainsi, l'information nécessaire pour la construction de filtres à haute densité et de puces pour L. lactis IL 1403 est la séquence génomique (SEQ ID N° 1) et son annotation présentée dans le Tableau II. La préparation de tels filtres ou puces consiste à synthétiser des oligonucléotides qui correspondent aux parties terminales 5'et 3'des gènes. Ces oligonucléotides sont sélectionnés en utilisant la séquence génomique et son annotation telle que fournie par la présente invention. La température d'annelage des oligonucléotides aux endroits correspondants sur l'ADN doit tre approximativement la mme pour chaque nucléotide. Ceci permet de préparer les fragments correspondants d'ADN pour chaque gène en utilisant des conditions standards de PCR dans des expérimentations par PCR automatisée à haut débit. Les fragments amplifiés sont ensuite immobilisés sur les filtres ou des supports de verre et ces milieux sont utilisés pour l'hybridation.

La disponibilité de tels filtres et la séquence annotée correspondante permet d'étudier l'expression de l'ensemble des gènes dans le microorganisme en préparant l'ADNc correspondant et en l'hybridant à de l'ADN immobilisé sur le filtre. L'hybridation de l'ADN immobilisé sur le filtre avec l'ADN total de différentes souches permet également d'étudier la divergence de l'organisation génomique chez différentes souches.

Les différences des séquences de gènes chez différentes souches peuvent largement influencer l'intensité de l'hybridation et ainsi influencer la précision de l'interprétation des données. Il est donc nécessaire d'avoir exactement l'ADN de la souche qui est étudiée pour l'immobiliser sur le filtre. Dans ce but, la méthode de la détection des gènes telle que fournie par la présente invention est utile. La procédure consiste dans ce cas à amplifier l'ADN de la souche d'intért en utilisant l'information sur la cartographie des régions colinéaires et la méthode de détection

des gènes conformément à l'invention.

L'utilisation de l'expression des gènes et le milieu d'identification de la souche fournira un ensemble de nouvelles connaissances sur la régulation des gènes des souches de L. lactis présentant un intért industriel et dans différentes conditions de croissance. Ceci permettra également l'identification rapide des différences génomiques dans les souches utilisées pour des applications industrielles multiples.

La souche de Lactococcus lactis IL 1403 a été déposée le 7 avril 2000 à la Collection National de Cultures de Microorganismes, Institut Pasteur, 25 rue du Dr Roux, 75724 PARIS Cedex 15, France, selon les provisions du traité de Budapest, et a été enregistrée sous le numéro d'ordre 1-2438.

TABLEAU I Coordonnées des ORF par rapport à SEQ ID N° 1 ORF Début Fin Début de protéine 2 349 1722 358 3 1873 3021 1882 4 3109 6426 3130 5 6407 10030 6422 6 10283 10846 10837 7 11116 12231 11119 8 12334 12666 12346 9 12912 13265 12924 10 13272 15269 13281 11 15262 15906 15274 12 16101 16577 16110 13 16595 17161 16598 14 17165 20647 17165 15 20795 21277 20810 16 21336 21665 21351 17 21634 22068 21697 18 22059 22391 22071 19 22496 23878 22532 20 23839 25146 23878 21 25115 25678 25130 22 25869 27971 25887 23 28996 30860 29041 24 30901 32856 30922 25 32907 33335 32907 26 33416 34630 33476 27 35519 35863 35839 28 35867 36301 36274 29 36274 36774 36714 30 36850 37494 37428 31 37667 39307 39292 32 39306 40100 40097 33 40104 40460 40430 34 40611 40871 40862 35 40862 41110 41098 36 41144 41452 41422 37 41422 41691 41670 38 41670 42191 42188 39 42195 42449 42386 40 42465 43220 43202 41 43680 44072 43689 42 44085 44636 44085 43 44747 44977 44750 44 45035 45244 45053 45 45351 45638 45399 46 45702 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2309227 2309227 2283 2309220 2309957 2309939 2284 2309974 2311215 2311197 2285 2311212 2313092 2313086 2286 2313212 2314591 2314579 2287 2314686 2315213 2315210 2288 2315303 2316217 2316175 2289 2316423 2316905 2316468 2290 2316939 2317634 2317610 2291 2317697 2318380 2318380 2292 2318466 2319722 2319683 2293 2319749 2320198 2320183 2294 2320206 2320421 2320406 2295 2320669 2324985 2324976 2296 2325355 2325996 2325385 2297 2326081 2326932 2326899 2298 2326905 2327630 2327624 2299 2327716 2329113 2327749 2300 2329170 2329916 2329913 2301 2329916 2332012 2331913 2302 2332054 2332413 2332395 2303 2332469 2333506 2333476 2304 2333759 2334343 2334277 2305 2334375 2337095 2334405 2306 2337143 2337691 2337613 2307 2337729 2338808 2337792 2308 2339123 2339815 2339285 2309 2339803 2340294 2339842 2310 2346318 2346731 2346707 2311 2346730 2347203 2347173 2312 2347498 2348610 2347540 2313 2348592 2349290 2348622 2314 2349429 2350313 2349438 2315 2350301 2350951 2350328 2316 2351007 2351819 2351819 2317 2352173 2354308 2354299 2318 2354567 2355037 2355031 2319 2355053 2355496 2355463 2320 2355722 2357095 2355791 2321 2357175 2358092 2358059 2322 2358188 2358775 2358775 2323 2358909 2359853 2359847 TABLEAU II. Classification des protéines de L. lactis (SEQ IDs) en groupes fonctionnels BIOSYNTHESE DES ACIDES AMINES Général SEQ ID : 500 Famille acides aminés Aromatiques SEQ IDs : 120 1291 1507 1508 1511 1512 1513 1514 1515 1690 SEQ IDs : 1793 1794 1795 1796 1803 1807 1808 Famille Aspartate SEQ IDs : 166 361 755 796 1178 1179 1275 1292 1293 1323 SEQ IDs : 1609 1668 1670 1881 1972 1973 2159 2285 Famille Chaîne ramifiée SEQ IDs : 1251 1252 1254 1255 1257 1258 1259 1260 1261 Famille Glutamate SEQ IDs : 128 129 575 683 812 813 814 815 1324 1325 SEQ IDs : 1656 1657 1935 2257 Famille Histidine SEQ IDs : 1238 1240 1241 1243 1245 1246 1247 1248 1249 Famille Pyruvate SEQ IDs : 860 Famille Sérine SEQ IDs : 75 551 613 615 616 617 797 1904 BIOSYNTHESE de COFACTEURS, GROUPES PROSTHETIQUES, et TRANSPORTEURS acide folique SEQ IDs : 871 953 1169 1172 1173 1174 1176 1353 1354 Hème et porphyrine SEQ IDs : 610 1157 1615 Ménaquinone et ubiquinone SEQ IDs : 187 743 744 745 746 747 875 1383 Pantothénate SEQ IDs : 584 585 1362 1487 Riboflavine et cobalamine SEQ IDs : 1011 1012 1013 1014 1123 1145 1871 Thiorédoxine, glutarédoxine, et glutathione SEQ IDs : 398 862 958 1405 1692 1695 Thiamine SEQ IDs : 497 1130 1300 1301 1302 1526 Nucléotides Pyridine SEQ IDs : 1120 ENVELOPPE CELLULAIRE Membranes, lipoprotéines, et porines SEQ IDs : 326 327 328 329 631 978 1105 1193 1481 2025 SEQ IDs : 2185 Muréine sacculus et peptidoglycane SEQ IDs : 280 320 348 350 351 395 552 554 560 885 SEQ IDs : 886 968 1181 1321 1406 1637 1638 1857 1934 1960 SEQ IDs : 2096 2164 2283 2287 2288 2320 Polysaccharides de Surface, lipopolysaccharides et antigènes SEQ IDs : 153 206 207 212 213 217 218 219 220 221 SEQ IDs : 222 223 224 693 695 697 754 894 930 936 SEQ IDs : 937 939 940 942 944 945 973 1296 1297 1298 SEQ IDs : 1299 1304 1380 1499 1500 1618 1845 2218 2279 2280 MACHINERIE CELLULAIRE Division cellulaire SEQ IDs : 20 22 100 681 818 828 902 914 990 991 SEQ IDs : 1267 1384 1636 1704 1898 1920 1921 2207 Mort cellulaire SEQ IDs : 508 Chaperones SEQ IDs : 126 402 403 972 Détoxification SEQ IDs : 417 Sécrétion des Protéines et peptides SEQ IDs : 119 562 959 1015 1664 2134 2161 2315 Transformation SEQ IDs : 1107 1108 1265 1779 1823 1824 1859 2084 2120 2176 SEQ IDs : 2177 2178 2179 2206 METABOLISME INTERMEDIAIRE CENTRAL Sucres aminés SEQ IDs : 434 1024 1162 1376 1537 1621 Dégradation des polysaccharides SEQ IDs : 291 716 1289 1538 1539 1728 1729 1732 2005 Composés phosphorés SEQ IDs : 728 Biosynthèse de la Polyamine SEQ IDs : 1663 Autres SEQ IDs : 155 215 586 712 713 714 715 METABOLISME ENERGETIQUE Aérobique SEQ IDs : 76 136 151 186 242 273 276 342 347 400 SEQ IDs : 643 768 801 843 844 1281 1348 1572 1574 1583 SEQ IDs : 1596 1601 1604 1746 1784 1785 1925 2042 2100 2182 SEQ IDs : 2307 Acides aminés et amines SEQ IDs : 59 290 502 548 742 751 816 845 846 974 SEQ IDs : 1327 1329 1343 1747 1751 1971 1985 2088 2089 2090 SEQ IDs : 2092 2093 Anaérobique SEQ IDs : 254 256 257 1127 1283 1379 Interconversion force motrice ATP-proton SEQ IDs : 1814 1815 1816 1817 1818 1819 1820 Transport d'Electron SEQ IDs : 431 609 620 719 720 732 994 995 1756 2167 Entner-Doudoroff SEQ IDs : 1674 1675 Fermentation SEQ IDs : 677 915 916 918 1125 1142 1205 1207 1262 1290 SEQ IDs : 1707 1858 1864 2068 2069 2211 Gluconéogenèse SEQ IDs : 265 Glycolyse SEQ IDs : 253 284 345 385 439 570 656 682 967 1146 SEQ IDs : 1152 1372 1373 1374 1792 1962 2224 2303 Voie Pentose phosphate SEQ IDs : 634 1673 1723 1979 2277 2290 Pyruvate déhydrogénase SEQ IDs : 61 62 63 64 Sucres SEQ IDs : 26 181 426 440 711 784 834 976 1326 1504 SEQ IDs : 1532 1533 1534 1543 1546 1549 1550 1552 1553 1554 SEQ IDs : 1676 1679 1680 1687 1721 1730 1731 2034 2035 2036 SEQ IDs : 2037 2038 2039 2079 2241 2242 Cycle TCA SEQ IDs : 684 685 1212 1213 1214 1215 1216 METABOLISME DES ACIDES GRAS ET PHOSPHOLIPIDES Général SEQ IDs : 65 72 118 390 413 414 415 576 577 675 SEQ IDs : 786 787 788 789 790 791 792 793 794 795 SEQ IDs : 859 1284 1834 1837 1955 PURINES, PYRIMIDINES, NUCLEOSIDES ET NUCLEOTIDES métabolisme 2'-deoxyribonucleotide SEQ IDs : 182 506 992 993 1159 1177 Interconversions Nucléotide et nucléoside SEQ IDs : 311 1112 1754 2066 Biosynthèse des ribonucléotides Purine SEQ IDs : 226 1164 1531 1556 1557 1558 1563 1564 1568 1569 SEQ IDs : 1573 1575 1576 1578 1689 2007 biosynthèse des ribonucléotides Pyrimidine SEQ IDs : 407 501 1086 1087 1386 1387 1388 1404 1586 1599 SEQ IDs : 1649 1650 Récupération des nucléosides et nucléotides SEQ IDs : 21 281 282 295 605 645 829 854 947 949 SEQ IDs : 1165 1482 1483 1485 1708 1908 1950 1969 2133 biosynthèse Sucre-nucléotide et interconversions SEQ IDs : 200 202 204 205 FONCTIONS DE REGULATION Général SEQ IDs : 6 8 110 131 137 154 167 243 245 261 SEQ IDs : 324 335 421 424 429 445 541 565 622 674 SEQ IDs : 771 832 847 877 905 929 946 982 1084 1151 SEQ IDs : 1186 1197 1233 1263 1294 1310 1331 1349 1490 1494 SEQ IDs : 1521 1524 1559 1566 1624 1639 1652 1654 1717 1745 SEQ IDs : 1753 1766 1830 1831 1846 1852 1853 1928 1956 2001 SEQ IDs : 2032 2041 2043 2059 2095 2216 2243 2258 2262 2270 SEQ IDs : 2291 2296 2306 2316 Systèmes deux-composants SEQ IDs : 405 406 908 909 1020 1022 1477 1478 1641 1642 SEQ IDs : 1724 1725 1752 1797 1798 Régulateurs de la famille LacI SEQ IDs : 740 1545 1688 1696 1726 2200 2205 Régulateurs de la famille LysR SEQ IDs : 24 340 383 386 890 1274 1345 1603 1927 Régulateurs de la famille AraC SEQ IDs : 543 1555 Régulateurs de la famille GntR SEQ IDs : 435 1480 1498 1681 Régulateurs de la famille DeoR SEQ IDs : 804 975 1211 1336 Régulateurs de la famille MarR SEQ IDs : 117 603 723 757 785 926 1344 1517 1527 1585 SEQ IDs : 2172 Régulateurs de la famille BglG SEQ IDs : 1506 Protéines liant le GTP SEQ IDs : 7 227 229 360 770 1171 1333 1635 2071 2299 REPLICATION Dégradation de l'ADN SEQ IDs : 4 5 573 644 806 856 872 873 1089 1360 SEQ IDs : 1361 1869 Réplication, Restriction, modification, recombination, et réparation de l'ADN SEQ IDs : 2 3 101 102 240 349 362 363 401 408 SEQ IDs : 428 507 513 542 563 572 600 657 663 664 SEQ IDs : 665 761 766 767 857 878 898 923 997 1000 SEQ IDs : 1002 1025 1088 1129 1138 1139 1140 1266 1270 1693 SEQ IDs : 1791 1883 1948 2030 2098 2180 2198 2247 2251 2263 SEQ IDs : 2264 2265 2267 2281 2301 TRANSCRIPTION Dégradation de l'ARN SEQ IDs : 817 960 1237 1332 1906 2314 Synthèse, modification de l'ARN, et transcription de l'ADN SEQ IDs : 14 564 619 646 648 709 779 1314 1367 1368 SEQ IDs : 1607 1612 1623 1850 1851 2124 2160 2222 2297 Maturation moléculaire de l'ARN SEQ IDs : 359 419 1613 TRADUCTION synthétases d'ARNt amino acyl SEQ IDs : 68 382 394 807 831 1113 1114 1239 1763 1775 SEQ IDs : 1879 1902 1914 1964 1983 1984 2020 2022 2094 2109 SEQ IDs : 2183 2229 Dégradation des protéines, peptides, et glycopeptides SEQ IDs : 260 303 313 396 624 706 858 1606 1697 1778 SEQ IDs : 1854 1861 1929 2027 2028 2045 2047 2105 2192 Modification des protéines SEQ IDs : 374 571 911 1600 1776 2062 Protéines Ribosomales : synthèse et modification SEQ IDs : 97 98 107 135 198 246 292 301 302 680 SEQ IDs : 748 760 781 805 853 892 906 1097 1099 1307 SEQ IDs : 1308 1617 1644 1790 1893 1894 1937 2056 2057 2123 SEQ IDs : 2125 2126 2127 2135 2136 2137 2138 2139 2140 2142 SEQ IDs : 2143 2144 2145 2146 2147 2148 2149 2150 2151 2152 SEQ IDs : 2153 2154 2155 2156 2162 2209 2246 2248 2310 2311 SEQ IDs : 2318 2319 Modification de l'ARNt SEQ IDs : 13 132 158 168 169 171 496 638 705 852 SEQ IDs : 1144 1923 1944 Facteurs de traduction SEQ IDs : 358 607 707 782 783 989 1126 1895 1912 2065 SEQ IDs : 2128 2208 2317 TRANSPORT ET LIAISON DES PROTEINES Général SEQ IDs : 11 74 104 262 263 269 270 271 285 286 SEQ IDs : 287 318 319 333 334 544 545 579 580 672 SEQ IDs : 673 729 855 881 888 889 917 983 984 1080 SEQ IDs : 1121 1122 1203 1256 1311 1312 1366 1567 1602 1667 SEQ IDs : 1787 1800 1801 1825 1826 1844 1926 2051 2052 2074 SEQ IDs : 2157 2260 2261 2313 2321 Acides aminés, peptides et amines SEQ IDs : 70 115 330 331 352 353 354 355 356 357 SEQ IDs : 364 365 375 550 574 698 699 717 824 863 SEQ IDs : 864 955 956 957 1128 1182 1183 1184 1185 1330 SEQ IDs : 1496 1497 1750 1810 1811 1847 1848 1873 1888 1889 SEQ IDs : 1890 1891 1892 2087 2091 2107 2250 Anions SEQ IDs : 52 308 309 310 1767 1768 1769 1770 1771 1772 Hydrates de Carbone, alcools organiques et acides SEQ IDs : 208 209 259 430 566 919 933 934 1282 1369 SEQ IDs : 1370 1371 1530 1540 1541 1542 1548 1551 1671 1678 SEQ IDs : 1683 1684 1685 1686 1733 1734 1735 2040 2104 2239 Cations SEQ IDs : 99 193 194 316 336 337 338 339 341 392 SEQ IDs : 587 635 636 676 691 848 849 869 932 1194 SEQ IDs : 1195 1295 1341 1355 1356 1357 1407 1528 1640 1655 SEQ IDs : 1970 2058 2169 2170 2171 2305 Nucléosides, purines et pyrimidines SEQ IDs : 896 1166 1651 Système PTS SEQ IDs : 23 25 121 122 180 422 423 425 437 630 SEQ IDs : 833 977 1149 1150 1505 1757 1758 1759 Résistance Multidrogue SEQ IDs : 81 82 127 130 160 244 314 389 621 679 SEQ IDs : 721 722 726 927 1389 1561 1584 1682 2220 2221 SEQ IDs : 2292 AUTRES CATEGORIES Adaptations aux conditions atypiques SEQ IDs : 69 173 174 195 312 346 418 540 568 653 SEQ IDs : 654 686 912 970 971 1102 1170 1414 1570 2085 Sensibilité aux médicaments et analogues SEQ IDs : 1244 1860 2249 Fonctions relatives aux phages et prophages SEQ IDs : 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 SEQ IDs : 37 38 39 40 41 42 43 44 45 46 SEQ IDs : 47 48 49 446 447 448 449 450 451 452 SEQ IDs : 453 454 455 456 457 458 459 460 461 462 SEQ IDs : 463 464 465 466 467 468 469 470 471 472 SEQ IDs : 473 474 475 476 477 478 479 480 481 482 SEQ IDs : 483 484 485 486 487 488 489 490 491 492 SEQ IDs : 493 494 514 515 516 517 518 519 520 521 SEQ IDs : 522 523 524 525 526 527 528 529 531 532 SEQ IDs : 533 534 1026 1027 1028 1029 1030 1031 1032 1033 SEQ IDs : 1034 1035 1036 1037 1038 1039 1040 1041 1042 1043 SEQ IDs : 1044 1045 1046 1047 1048 1049 1050 1051 1052 1053 SEQ IDs : 1054 1055 1056 1057 1058 1059 1060 1061 1062 1063 SEQ IDs : 1064 1065 1066 1067 1068 1069 1070 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Homologies des protéines de L. lactis IL1403 avec des protéines connues SEQID Nom Identité Numéro Meilleur homologue d'accession 2 dnaA 95% 054375 dnaa ; Lactococcus lactis 3 dnaN 97% 054376 dna polymerase iii, beta chain ; Lactococcus lactis 4 rexB 87% 054377 exonuclease rexb ; Lactococcus lactis 5 rexA 88% 054378 exonuclease rexa ; Lactococcus lactis 6 yabA 68% 054379 hypothetical 21. 4 kd protein ; Lactococcus lactis 7 yyaL 99% 054380 putative gtp binding protein ; Lactococcus lactis 8 yabB 39% Q46240 nanh gene & orfl, 2,3 & 4 ; Clostridium perfringens 9 yabC putative 10 yabD putative 11 yabE 36% Q9ZHB1 hypothetical 24. 0 kd protein ; Streptococcus pneumoniae 12 yabF 31% Q47838 copa, copy and copz genes ; Enterococcus hirae 13 pth 52% 085235 hypothetical 19.6 kd protein ; Lactobacillus sake 14 mfd 47% P37474 transcription-repair coupling factor ; Bacillus subtilis 15 yacI putative 16 yacB 62% P37557 hypothetical 9.7 kd protein in mfd-divic intergenic region ; Bacillus subtilis 17 yacC 30% P37471 cell division protein divic ; Bacillus subtilis 18 yacD putative 19 yacG 21% 087489 beta-lactamase cef-1 precursor ; Pseudomonas aeruginosa, and escherichia coli 20 mesJ 99% Q48646 partial orf ; Lactococcus lactis 21 hpt 87% Q02522 hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase ; Lactococcus lactis 22 ftsH 92% P46469 cell division protein ftsh homolog ; Lactococcus lactis 23 mtlA 49% P50852 pts system, mannitol-specific iibc component (ec 2.7. 1.6. Bacillus stearothermophilus 24 mtlR 36% Q02425 hypothetical protein in mtlf 5'region ; Streptococcus mutans 25 mtlF 71% Q02420 pts system, mannitol-specific iia component (eiii-mt. Streptococcus mutans 26 mtlD 61% Q02418 mannitol-1-phosphate 5-dehydrogenase ; Streptococcus mutans 27 pslO1 putative 28 psl02 49% 053060 hypothetical 16.9 kd protein ; Lactococcus lactis 29 psl03 45% 003926 lactobacillus bacteriophage phigle complete genomic dna ; Bacteriophage phigle 30 psl04 putative 31 pslO5 45% Q9XJC9 putative primase ; Streptococcus thermophilus bacteriophage dtl 32 psl06 25% Q38605 orfl ; Streptococcus thermophilus bacteriophage sfil8, and streptococcus thermophilus bacteriophage sfil9 33 psl07 putative 34 psl08 putative 35 psl09 putative 36 ps110 putative 37 pslll putative 38 psll2 25% P33537 probable dna polymerase ; Neurospora crassa 39 psll3 putative 40 psll4 27% 034449 yoqd protein ; Bacillus subtilis 41 psll5 31% AAF12710 repressor protein ; Bacteriophage tpw22 42 psll6 37% AAF12709 hypothetical 21.8 kd protein ; Bacteriophage tpw22 43 psll7 putative 44 psll8 putative 45 psll9 putative 46 psl20 putative 47 psl21 putative 48 psl22 33% Q00561 lactococcin a immunity protein ; Lactococcus lactis, and lactococcus lactis 49 psl23 27% Q38159 integrase ; Bacteriophage t2 50 yafE 34% BAA77903 hypothetical 15.5 kd protein in dinp-rrfh intergenic region ; ; Escherichia coli 51 yafF putative 52 yafB 25% P40877 hypothetical 58.4 kd protein in pth-prsa intergenic region ; Escherichia coli 53 yafG 100% 032786 hypothetical 21.3 kd protein ; Lactococcus lactis 54 tral077A 96% 032787 transposase ; Lactococcus lactis 55 tra904A 99% CAA55220 islO69 gene ; Lactococcus lactis 56 yafI 100% Q48713 dna for the transposon-like element on the lactose plasmid ; Lactococcus lactis 57 yafJ putative 58 yafC 34% CAB62759 putative acetyltransferase ; Streptomyces coelicolor 59 araT 97% AAF06954 aromatic amino acid aminotransferase ; Lactococcus lactis 60 yafD 29% P42095 hypothetical 29.3 kd protein in bex-dnag/dnae intergenic region ; Bacillus subtilis 61 pdhD 50% P11959 dihydrolipoamide dehydrogenase ; Bacillus stearothermophilus 62 pdhC 39% P11961 dihydrolipoamide acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex ; Bacillus stearothermophilus 63 pdhB 58% P21874 pyruvate dehydrogenase el component, beta subunit ; Bacillus stearothermophilus 64 pdhA 51% P21881 pyruvate dehydrogenase el component, alpha subunit ; Bacillus subtilis 65 lplL 38% 007608 hypothetical 38.0 kd protein ; Bacillus subtilis 66 yagA 34% 007592 hypothetical 27.5 kd protein ; Bacillus subtilis 67 yagB 32% P54168 hypothetical 23.1 kd protein in bsaa-ilvd intergenic region ; Bacillus subtilis 68 trpS 66% Q46127 tryptophanyl-trna synthetase ; Clostridium longisporum 69 osmC 49%. P23929 osmotically inducible protein c ; Escherichia coli 70 yagE 24% 026646 cationic amino acid transporter related protein ; Methanobacterium thermoautotrophicum 71 yahC putative 72 plsX 42% P71018 fatty acid/phospholipid synthesis protein plsx homolog ; Bacillus subtilis 73 yahA 30% P75792 hypothetical protein 1 ; Escherichia coli 74 yahG 61% 031716 ykpa protein ; Bacillus subtilis 75 cysD 55% Q9WZY4 o-acetylhomoserine sulfhydrylase ; Thermotoga maritima 76 yahI 33% Q9ZKW1 putative ; Helicobacter pylori j99 77 yahB 32% 026984 conserved protein ; Methanobacterium thermoautotrophicum 78 yahD 32% 034842 yolf ; Bacillus subtilis 79 yaiA 32% 034689 ykca protein ; Bacillus subtilis 80 yaiB 43% 005220 hypothetical protein ywrf ; Bacillus subtilis 81 lcnC 89% Q00564 lactococcin a transport atp-binding protein lcnc ; Lactococcus lactis 82 lcnD 93% Q00565 lactococcin a secretion protein lcnd ; Lactococcus lactis, and lactococcus lactis 83 yaiE putative 84 yaiF 37% Q48724 abortive infection proteins genes, complete cds ; Lactococcus lactis 85 yaiI putative 86 yaiJ putative 87 yaiG 92% Q00565 lactococcin a secretion protein lcnd ; Lactococcus lactis, and lactococcus lactis 88 yaiH 76% Q48724 abortive infection proteins genes, complete cds ; Lactococcus lactis 89 yajA putative 90 tra981A 92% Q48668 insertion sequence is981 ; Lactococcus lactis 91 yajE 100% Q48667 insertion sequence is981 ; Lactococcus lactis 92 yajF 28% Q48724 abortive infection proteins genes, complete cds ; Lactococcus lactis 93 tra981B 92% Q48668 insertion sequence is981 ; Lactococcus lactis 94 yajG 97% Q48667 insertion sequence is981 ; Lactococcus lactis 95 yajB putative 96 yajH putative 97 rpmGB 100% 034102 50s ribosomal protein 133 ; Lactococcus lactis 98 rpmF 100% 034101 50s ribosomal protein 132 ; Lactococcus lactis 99 cadA 36% CAB53131 putative cation-transporting atpase ; Streptomyces coelicolor 100 parA 50% 006671 spspoj ; Streptococcus pneumoniae 101 cshA 59% 034528 yrvn protein ; Bacillus subtilis 102 ybaH 44% CAB51273 putative acetyltransferase ; Streptomyces coelicolor 103 ybaA putative 104 ybaB 58% 034512 yfmm protein ; Bacillus subtilis 105 ybaC putative 106 ybaD putative 107 prmA 44% BAA82791 orf35 protein ; Listeria monocytogenes 108 ybaF 42% P54461 hypothetical 28.8 kd protein in dnaj-rpsu interegenic region ; Bacillus subtilis 109 ybaG 37% P94361 homologous to swissprot : yade ecoli ; Bacillus subtilis 110 relA 67% Q54089 putative gtp pyrophosphokinase ; Streptococcus equisimilis 111 ybaI 37% Q45539 csbb protein ; Bacillus subtilis 112 ybbA 71% Q54088 dexb, abc, lrp, skc, rel genes and orfl ; Streptococcus equisimilis 113 ybbB putative 114 ybbC 27% Q9WZA8 conserved hypothetical protein ; Thermotoga maritima 115 ctrA 29% 007576 hypothetical 49.7 kd protein ; Bacillus subtilis 116 ybbE 35% 007584 hypothetical 21.9 kd protein ; Bacillus subtilis 117 rmaD 26% 034692 yvna ; Bacillus subtilis 118 acpD 42% Q9X4K2 nadh dehydrogenase ; Bacillus stearothermophilus 119 secA 56% P28366 preprotein translocase seca subunit ; Bacillus subtilis 120 aroF 41% 054459 phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, trp-sensitive (3-deoxy-d-arabino-he. Erwinia herbicola 121 ptsH 96% Q9ZAD9 histidine containing protein ; Lactococcus lactis 122 ptsI 96% Q9zad8 phosphoenolpyruvate-protein phosphotransferase ; Lactococcus lactis 123 ybcC putative 124 ybcG 38% Q9XAI3 hypothetical 11.7 kd protein ; Streptomyces coelicolor 125 ybcH 27% CAB49187 hypothetical 2-acetyl-1-alkylglycerophosph ocholine esterase ; Pyrococcus abyssi 126 sugE 46% P30743 suge protein ; Escherichia coli 127 blt 40% P39843 multidrug resistance protein 2 ; Bacillus subtilis 128 argG 64% 034347 argininosuccinate synthase ; Bacillus subtilis 129 argH 59% 034858 arginine succinate lyase ; Bacillus subtilis 130 pmrB 43% BAA35851 probable integral membrane protein ; ; Escherichia coli 131 ybdA 35% P03039 tetracycline repressor protein class c ; Escherichia coli 132 rnpA 48% BAA82683 rnpa protein ; Bacillus sp 133 ybdC 40% 032298 spoiiij protein ; Bacillus subtilis 134 ybdD 31% Q9X1H1 jag protein, putative ; Thermotoga maritima 135 rpmH 77% P45647 50s ribosomal protein 134 ; Coxiella burnetii 136 ybdE 36% P42972 hypothetical oxidoreductase in pbpc-lrpc intergenic region ; Bacillus subtilis 137 ybdG 35% 028481 hypothetical transcriptional regulator afl793 ; Archaeoglobus fulgidus 138 ybdH putative 139 ybdI 31% Q48724 abortive infection proteins genes, complete cds ; Lactococcus lactis 140 ybdJ 33% Q48724 abortive infection proteins genes, complete cds ; Lactococcus lactis 141 ybdK 100% Q48710 span gene encoding nisin and insertion sequence is904 ; Lactococcus lactis 142 tra904B 100% CAA55220 isl069 gene ; Lactococcus lactis 143 ybdL 99% 032786 hypothetical 21.3 kd protein ; Lactococcus lactis 144 tral077B 97% 032787 transposase ; Lactococcus lactis 145 tra904C 100% CAA55220 isl069 gene ; Lactococcus lactis 146 ybeG 100% Q48710 span gene encoding nisin and insertion sequence is904 ; Lactococcus lactis 147 ybeA putative 148 ybeB 53% 034634 hypothetical 15.2 kd protein in udk-alas intergenic region ; Bacillus subtilis 149 ybeC 46% 034828 yrzb protein ; Bacillus subtilis 150 ybeH 17% AAF10767 hypothetical 23.9 kd protein ; Deinococcus radiodurans 151 cbr 28% P48758 carbonyl reductase [nadph] ; Mus musculus 152 ybeI putative 153 ybeE 32% CAB53277 putative oxidoreductase ; Streptomyces coelicolor 154 ybeD 43% 067157 transcriptional regulator ; Aquifex aeolicus 155 glgB 47% P30924 1,4-alpha-glucan branching enzyme ; Solanum tuberosum 156 ybeM putative 157 ybeF 21% Q9X3M7 fibronectin-binding protein i ; Streptococcus pyogenes 158 tgt 71% 032053 queuine trna-ribosyltransferase ; Bacillus subtilis 159 ybfA 29% Q06073 hypothetical 25.7 kd protein in cytochrome p450meg gene 5'region ; Bacillus megaterium 160 ybfD 30% P94577 hypothetical 43. 1 kd protein ; Bacillus subtilis 161 ybfE 47% Q45065 ynet ; Bacillus subtilis 162 ybfB 25% 033735 streptodornase ; Streptococcus pyogenes 163 ybfC putative 164 ybgA putative 165 ybgB putative 166 aspC 63% P71348 probable aminotransferase hi0286 ; Haemophilus influenzae 167 codY 48% P39779 cody protein ; Bacillus subtilis 168 gatC 45% 006492 glutamyl-trna amidotransferase subunit c ; Bacillus subtilis 169 gatA 58% 006491 glutamyl-trna amidotransferase subunit a ; Bacillus subtilis 170 ybgD 43% Q9ZHC2 mutt ; Streptococcus pneumoniae 171 gatB 62% Q45486 petll2-like protein ; Bacillus subtilis 172 ybgE 28% AAF09821 6-aminohexanoate-cyclic-dimer hydrolase ; Deinococcus radiodurans 173 dinF 34% 033729 dinf protein ; Streptococcus pneumoniae 174 cspE 98% Q9ZAG9 cold shock protein e ; Lactococcus lactis 175 ybhA 41% 066124 hypothetical protein ; Streptococcus mutans 176 ybhB 32% 059166 197aa long hypothetical protein ; Pyrococcus horikoshii 177 ybhC putative 178 ybhD putative 179 ybhE 40% 050983 outer surface protein, putative ; Borrelia burgdorferi 180 celB 30% P17334 pts system, cellobiose-specific iic component ; Escherichia coli 181 bglS 59% P42403 probable beta-glucosidase ; Bacillus subtilis 182 dut 52% Q38106 dutpase ; Bacteriophage rlt 183 ybiB 33% 032133 yund protein ; Bacillus subtilis 184 ybiC 53% 032127 yutd protein ; Bacillus subtilis 185 ybiD 54% 034617 hypothetical 41.6 kd protein in fmt-spovm intergenic region ; Bacillus subtilis 186 ybiE 32% Q50261 this orf is homologous to nitroreductase from enterobacter cloacae ; Phytoplasma sp 187 preA 30% P31114 probable heptaprenyl diphosphate synthase component ii ; Bacillus subtilis 188 ybiG 21% P39582 probable 1, 4-dihydroxy-2-naphthoate octaprenyltransferase ; Bacillus subtilis 189 ybiH 46% P71468 plni ; Lactobacillus plantarum 190 ybiI putative 191 ybiJ putative 192 ybiK putative 193 feoB 36% 027414 ferrous iron transport protein b ; Methanobacterium thermoautotrophicum 194 feoA 42% 027415 hypothetical 8.2 kd protein ; Methanobacterium thermoautotrophicum 195 ybjA 65% Q9XB39 csrl4 protein ; Enterococcus faecalis 196 ybjJ 43% 034751 ylov protein ; Bacillus subtilis 197 ybjK 41% 034318 ylou protein ; Bacillus subtilis 198 rpmB 56% P37807 50s ribosomal protein 128 ; Bacillus subtilis 199 ybjB putative 200 rmlA 90% 054574 glucose-1-phosphate thymidyl transferase ; Streptococcus pneumoniae 201 ybjD putative 202 cpsM 88% P97005 dtdp-4-keto-6-deoxyglucose-3, 5-epimerase ; Streptococcus pneumoniae 203 ybjF putative 204 rmlB 75% AAC78676 dtdp-glucose-4,6-dehydratase cpsl9an ; Streptococcus pneumoniae 205 rmlC 72% AAC78677 dtdp-1-rhamnose synthase cpsl9ao ; Streptococcus pneumoniae 206 rgpA 54% 082873 rgpac protein ; Streptococcus mutans 207 rgpB 53% 082874 rhamnosyltransferase ; Streptococcus mutans 208 rgpC 46% 082875 abc-transporter ; Streptococcus mutans 209 rgpD 70% 082876 abc-transporter ; Streptococcus mutans 210 ycaF putative 211 ycaG putative 212 rgpE 34% 006035 epsg protein ; Lactococcus lactis 213 rgpF 52% 082878 rgpfc protein ; Streptococcus mutans 214 ycbA 23% 005375 unnamed protein product ; Actinobacillus actinomycetemcomitans 215 ycbB 52% 088085 putative glycosyl transferase ; Enterococcus faecalis 216 ycbC putative 217 ycbD 40% CAB49227 udp-glucose 4-epimerase ; Pyrococcus abyssi 218 ycbK 18% 032273 tuab protein ; Bacillus subtilis 219 ycbF 25% Q08918 chromosome xvi reading frame orf ypll75w ; Saccharomyces cerevisiae 220 ycbG 32% Q9X4D4 licdl ; Streptococcus pneumoniae 221 ycbH 34% 085000 galactosyl transferase ; Streptococcus pneumoniae 222 ycbI 30% Q57022 putative glycosyl transferase hi0868 ; Haemophilus influenzae 223 ycbJ 30% P37965 glycerophosphoryl diester phosphodiesterase ; Bacillus subtilis 224 tagD1 55% 005155 tagd ; Staphylococcus aureus 225 yccB 40% 066077 putative extracellular protein exp3 precursor ; Lactococcus lactis 226 guaB 83% P50099 inosine-5'-monophosphate dehydrogenase ; Streptococcus pyogenes 227 yqeL 51% P54453 hypothetical 41. 0 kd protein in nucb-arod intergenic region ; Bacillus subtilis 228 yccE putative 229 hflX 54% P94478 ynba ; Bacillus subtilis 230 yccF 44% P54454 hypothetical 10.8 kd protein in arod-comer intergenic region ; Bacillus subtilis 231 yccG 34% P54455 hypothetical 22.2 kd protein in arod-comer intergenic region ; Bacillus subtilis 232 yccH 37% P54456 hypothetical 21.3 kd protein in arod-comer intergenic region ; Bacillus subtilis 233 yccI 29% P16691 phno protein ; Escherichia coli 234 yccJ 41% P54457 hypothetical 13.3 kd protein in arod-comer intergenic region ; Bacillus subtilis 235 yccK 40% P54458 hypothetical 28.3 kd protein in arod-comer intergenic region ; Bacillus subtilis 236 yccL 41% Q58361 hypothetical protein mj0951 ; Methanococcus jannaschii 237 ycdA putative 238 ycdB 94% P76351 hypothetical 25.9 kd protein in amn-cbl intergenic regiion ; Escherichia coli 239 ycdC putative 240 ung 54% Q9XDS8 uracil dna glycosylase ; Streptococcus agalactiae 241 ycdE putative 242 ycdG putative 243 ycdF 36% CAB58281 putative tetr family transcriptional regulator ; Streptomyces coelicolor 244 ycdH 27% 032182 yusp protein ; Bacillus subtilis 245 ycdI 38% P44617 hypothetical transcriptional regulator hi0293 ; Haemophilus influenzae 246 rpsU 83% BAA82793 30s ribosomal protein s21 ; Listeria monocytogenes 247 ycdJ putative 248 yceA putative 249 yceB putative 250 yceC putative 251 yceD putative 252 yceE 29% Q9WZB9 conserved hypothetical protein ; Thermotoga maritima 253 pgk 57% Q9Z5C4 phosphoglycerate kinase ; Staphylococcus aureus 254 dhaK 37% 004059 putative 3, 4-dihydroxy-2-butanone kinase ; Lycopersicon esculentum 255 yceG 41% 053054 hypothetical transcriptional regulator in inlc 3'region ; Listeria ivanovii 256 dhaL 41% P76015 hypothetical 24. Ok protein ; Escherichia coli 257 dhaM 37% P76014 orf o246#1 ; Escherichia coli 258 yceJ 32% AAF12590 conserved hypothetical protein ; Deinococcus radiodurans 259 glpF1 47% P52281 glycerol uptake facilitator protein ; Streptococcus pneumoniae 260 pepDA 55% Q48558 dipeptidase ; Lactobacillus helveticus 261 ycfA 45% 008306 30s ribosomal protein s21 ; Nocardioides simplex 262 ycfB 39% 029256 abc transporter, atp-binding protein ; Archaeoglobus fulgidus 263 ycfC 36% 033188 hypothetical 24.4 kd protein ; Mycobacterium tuberculosis 264 ycfD 44% P39587 hypothetical 44.4 kd protein in epr-galk intergenic region ; Bacillus subtilis 265 fbp 52% Q45597 function unknown ; Bacillus subtilis 266 ycfF 50% 030505 ytfp ; Bacillus subtilis 267 ycfG 43% P96051 hypothetical 29.9 kd protein in fold-pbp2b intergenic region ; Streptococcus thermophilus 268 ycfH 48% Q10845 hypothetical 18.2 kd protein cy39.05c ; Mycobacterium tuberculosis 269 ycfI 34% Q11046 hypothetical abc transporter atp-binding protein rvl273c ; Mycobacterium tuberculosis 270 ycgA 26% Q9WYC4 abc transporter, atp-binding protein ; Thermotoga maritima 271 ycgB 50% Q11047 hypothetical abc transporter atp-binding protein cy50. 10 ; Mycobacterium tuberculosis 272 ycgC 30% Q9ZL99 putative ; Helicobacter pylori j99 273 ycgD 43% P46853 hypothetical oxidoreductase in gntr-ggt intergenic region ; Escherichia coli 274 ycgE 47% AAF11932 conserved hypothetical protein ; Deinococcus radiodurans 275 ycgF putative 276 ycgG 49% P22045 probable reductase ; Leishmania major 277 ycgH 31% Q9ZF59 nicotinamidase/pyrazinamidase ; Mycobacterium smegmatis 278 ycgI 25% 053298 hypothetical 45.8 kd protein ; Mycobacterium tuberculosis 279 ycgJ 90% Q48604 hypothetical 11.3 kd protein ; Lactococcus lactis 280 acmA 65% Q48603 n-acetylmuramidase precursor ; Lactococcus lactis 281 nrdD 95% Q9ZAX6 anaerobic ribonucleotide reductase ; Lactococcus lactis 282 nrdG 87% Q9ZAX5 anaerobic ribonucleotide reductase activator protein ; Lactococcus lactis 283 ychC 45% Q9ZAX4 hypothetical 7.3 kd protein ; Lactococcus lactis 284 enoB 91% 052191 enolase ; Streptococcus thermophilus 285 ychD 57% 087533 abc transporter atp-binding protein ; Streptococcus pyogenes 286 ychE 53% P70970 hypothetical 30.6 kd protein ; Bacillus subtilis 287 ychF 44% P70972 ybaf protein ; Bacillus subtilis 288 ychG putative 289 ychH 43% Q9X1K7 2,3, 4,5-tetrahydropyridine-2-carboxylate n- succinyltransferase-related protein ; Thermotoga maritima 290 yciA 44% 034916 ykur protein ; Bacillus subtilis 291 xynD 40% P04339 chitooligosaccharide deacetylase ; Rhizobium leguminosarum 292 rpsD 66% P21466 30s ribosomal protein s4 ; Bacillus subtilis 293 yciC 44% Q51152 hypothetical 83.1 kd protein in region e ; Neisseria meningitidis 294 yciD 42% P96628 ydck protein ; Bacillus subtilis 295 add 31% Q9X7T2 putative adenosine deaminase ; Streptomyces coelicolor 296 yciF putative 297 yciG putative 298 yciH 60% Q45493 hypothetical 61.5 kd protein in adec-pdha intergenic region ; Bacillus subtilis 299 ycjA 32% 031718 ykzg protein ; Bacillus subtilis 300 ycjB 32% 005516 h. influenzae hypothetical protein ; Bacillus subtilis 301 ycjC 36% 005517 h. influenzae ; Bacillus subtilis 302 ycjD 37% 005517 h. influenzae ; Bacillus subtilis 303 gcp 54% 005518 hypothetical 36.8 kd protein in phob-groes intergenic region ; Bacillus subtilis 304 ycjF putative 305 ycjG putative 306 ycjH putative 307 ycjI putative 308 phnC 40% 069063 atpase component htxd ; Pseudomonas stutzeri 309 phnB 33% 069053 ptxc ; Pseudomonas stutzeri 310 phnE 37% 069053 ptxc ; Pseudomonas stutzeri 311 ycjM 26% P44764 2', 3'-cyclic-nucleotide 2'-phosphodiesterase precursor ; Haemophilus influenzae 312 tpx 40% P80864 probable thiol peroxidase ; Bacillus subtilis 313 pepN 96% P37897 aminopeptidase n ; Lactococcus lactis 314 napC 49% 032603 napc protein ; Enterococcus hirae 315 napB 39% 032602 napb protein ; Enterococcus hirae 316 ydaE 43% P46348 hypothetical 31.8 kd protein in gabp-guaa intergenic region ; Bacillus subtilis 317 ydaF 36% P39044 30s ribosomal protein sl4 homolog ; Bacillus sphaericus 318 ydaG 38% Q9WYC3 abc transporter, atp-binding protein ; Thermotoga maritima 319 ydbA 58% Q9ZIC7 abc transporter homolog z ; Listeria monocytogenes 320 murA1 55% P19670 probable udp-n-acetylglucosamine 1- carboxyvinyltransferase ; Bacillus subtilis 321 ydbC 46% 083371 hypothetical protein tp0352 ; Treponema pallidum 322 ydbD putative 323 ydbE 34% 057898 162aa long hypothetical protein ; Pyrococcus horikoshii 324 ydbF 37% P36922 ebsc protein ; Enterococcus faecalis 325 ydbH 34% 032074 yuaj protein ; Bacillus subtilis 326 pIpA 56% CAB59827 hypothetical 32.0 kd protein ; Lactococcus lactis 327 plpB 61% CAB59827 hypothetical 32.0 kd protein ; Lactococcus lactis 328 plpC 89% CAB59825 hypothetical 31.6 kd protein ; Lactococcus lactis 329 plpD 94% CAB59827 hypothetical 32.0 kd protein ; Lactococcus lactis 330 ydcB 95% CAB59828 hypothetical 41.0 kd protein ; Lactococcus lactis 331 ydcC 65% CAB59829 hypothetical 24.8 kd protein ; Lactococcus lactis 332 ydcD 90% CAB59830 hypothetical 19.4 kd protein ; Lactococcus lactis 333 ydcE 37% 059479 284aa long hypothetical cobalt transport atp- binding protein ; Pyrococcus horikoshii 334 ydcF 24% Q50292 hypothetical protein mgl81 homolog ; Mycoplasma pneumoniae 335 ydcG 50% Q57720 hypothetical transcriptional regulator mj0272 ; Methanococcus jannaschii 336 fhuC 43% Q9X665 fhua ; Staphylococcus aureus 337 fhuB 25% P49936 ferrichrome transport permease protein fhub ; Bacillus subtilis 338 fhuG 32% P49937 ferrichrome transport permease protein fhug ; Bacillus subtilis 339 fhuD 32% P54941 probable abc transporter binding protein in idh- deor intergenic region precursor ; Bacillus subtilis 340 fhuR 31% CAB36982 cpsy protein ; Streptococcus agalactiae 341 yddA 45% 034367 ytbd ; Bacillus subtilis 342 yddB 54% 032210 yvgn protein ; Bacillus subtilis 343 yddC 61% 034533 hypothetical 14.5 kd protein in gapb-mutm intergenic region ; Bacillus subtilis 344 yddD 50% P45871 hypothetical 14.8 kd protein in tdk-prfa intergenic region ; Bacillus subtilis 345 pmg 86% Q9X9S2 phosphoglyceromutase ; Streptococcus pneumoniae 346 aphC 70% P80239 alkyl hydroperoxide reductase c22 protein ; Bacillus subtilis 347 ahpF 61% P42974 nadh dehydrogenase ; Bacillus subtilis 348 pbp2B 45% P10524 penicillin-binding protein 2b ; Streptococcus pneumoniae 349 recM 78% Q9ZHC4 recm ; Streptococcus pneumoniae 350 ddl 63% 054631 d-ala-d-ala ligase ; Streptococcus pneumoniae 351 murF 59% Q9ZHC3 d-ala-d-ala adding enzyme ; Streptococcus pneumoniae 352 optS 42% Q9Z692 hyaluronate-associated protein precursor ; Streptococcus equi 353 optA 45% Q9Z692 hyaluronate-associated protein precursor ; Streptococcus equi 354 optB 41% 031598 oligopeptide abc transporter ; Bacillus subtilis 355 optC 39% P94895 transport system permease homolog ; Listeria monocytogenes 356 optD 62% P24136 oligopeptide transport atp-binding protein oppd ; Bacillus subtilis 357 optF 57% 031599 oligopeptide abc transporter ; Bacillus subtilis 358 prfC 57% 086490 peptide chain release factor 3 ; Staphylococcus aureus 359 rheA 59% Q9Z6C9 autoaggregation-mediating protein ; Lactobacillus reuteri 360 eraL 77% Q9XDG9 gtpase era ; Streptococcus pneumoniae 361 asnB 38% Q61024 asparagine synthetase ; Mus musculus 362 mutM 89% P42371 formamidopyrimidine-dna glycosylase ; Lactococcus lactis 363 recA 93% Q01840 reca protein ; Lactococcus lactis 364 ydgB 39% P96704 hypothetical transport protein in expz-dinb intergenic region ; Bacillus subtilis 365 ydgC 40% 006005 amino acid permease aapa ; Bacillus subtilis 366 ydgD 25% 034412 ylbf protein ; Bacillus subtilis 367 ydgE putative 368 ydgG putative 369 ydgF 29% 031609 yjbk protein ; Bacillus subtilis 370 ydgH 32% 034535 yoat ; Bacillus subtilis 371 ydgI 53% 031611 yjbm protein ; Bacillus subtilis 372 ydgJ 43% 031612 yjbn protein ; Bacillus subtilis 373 ydgK 42% 031613 hypothetical 31.5 kd protein in meca-tena intergenic region ; Bacillus subtilis 374 ppiA 39% 074942 peptidyl prolyl cis/trans isomerase ; Schizosaccharomyces pombe 375 lysQ 47% P25737 lysine-specific permease ; Escherichia coli 376 ydhB 31% P31465 hypothetical 20. 4 kd protein in tnab-bglb intergenic region ; Escherichia coli 377 ydhC 30% 083774 thiamine biosynthesis lipoprotein apbe precursor ; Treponema pallidum 378 ydhD 100% Q48713 dna for the transposon-like element on the lactose plasmid ; Lactococcus lactis 379 tra904D 99% CAA55220 isl069 gene ; Lactococcus lactis 380 ydhE 99% 032786 hypothetical 21.3 kd protein ; Lactococcus lactis 381 tral077C 98% 032787 transposase ; Lactococcus lactis 382 lysS 65% P37477 lysyl-trna synthetase ; Bacillus subtilis 383 rlrG 29% 067145 transcriptional regulator ; Aquifex aeolicus 384 ydhF 27% P33019 hypothetical 36.9 kd protein in lysp-nfo intergenic region ; Escherichia coli 385 ldhB 53% P13714 1-lactate dehydrogenase ; Bacillus subtilis 386 rlrD 29% 067145 transcriptional regulator ; Aquifex aeolicus 387 ydiA 23% Q58172 hypothetical protein mj0762 ; Methanococcus jannaschii 388 ydiB 49% 034595 probable thiamine biosynthesis protein thii ; Bacillus subtilis 389 ydiC 27% Q00538 methylenomycin a resistance protein ; Bacillus subtilis 390 ydiD 39% Q9X4K2 nadh dehydrogenase ; Bacillus stearothermophilus 391 ydiE 56% 031790 ymad protein ; Bacillus subtilis 392 ydiF 29% P32703 putative na/h exchanger yjce ; Escherichia coli 393 ydiG putative 394 tyrS 53% P22326 tyrosyl-trna synthetase 1 ; Bacillus subtilis 395 pbplB 48% 070038 penicillin-binding protein lb ; Streptococcus pneumoniae 396 pepA 93% Q48677 glutamyl-aminopeptidase ; Lactococcus lactis 397 ydjB putative 398 trxH 95% Q48676 pepa gene ; Lactococcus lactis 399 ydjD 45% 034943 ytpr ; Bacillus subtilis 400 noxE 51% 083891 nadh oxidase ; Treponema pallidum 401 ssbA 49% Q9XJE5 putative single stranded binding protein ; Bacteriophage tuc2009 402 groES 84% P37283 10 kd chaperonin ; Lactococcus lactis 403 groEL 94% P37282 60 kd chaperonin ; Lactococcus lactis 404 yeaA 50% Q45611 function unknown ; Bacillus subtilis 405 kinC 88% 007384 histidine kinase ; Lactococcus lactis 406 lrrC 87% 086269 arca protein ; Lactococcus lactis 407 yeaB 49% P37537 thymidylate kinase ; Bacillus subtilis 408 holB 34% 067707 dna polymerase iii gamma subunit ; Aquifex aeolicus 409 yeaC 37% P37541 hypothetical 31.2 kd protein in xpac-abrb intergenic region ; Bacillus subtilis 410 yeaD 29% P37542 hypothetical 14. 1 kd protein in xpac-abrb intergenic region ; Bacillus subtilis 411 yeaE 48% P37544 hypothetical 33.0 kd protein in xpac-abrb intergenic region ; Bacillus subtilis 412 yeaF putative 413 yeaG 32% 059291 335aa long hypothetical protein ; Pyrococcus horikoshii 414 yeaH 28% P32377 diphosphomevalonate decarboxylase ; Saccharomyces cerevisiae 415 yebA 26% 027995 mevalonate kinase ; Archaeoglobus fulgidus 416 yebB 84% Q48601 hypothetical 15.1 kd protein ; Lactococcus lactis 417 sodA 92% P50911 superoxide dismutase [mn] ; Lactococcus lactis 418 cstA 47% P95095 carbon starvation protein a homolog ; Mycobacterium tuberculosis 419 rheB 48% P54475 probable rna helicase in ccca-soda intergenic region ; Bacillus subtilis 420 yebE 32% 007474 gdmh ; Staphylococcus gallinarum 421 yebF 29% Q9XOV5 transcriptional regulator, rpir family ; Thermotoga maritima 422 ptcB 52% P46318 pts system, cellobiose-specific iib component ; Bacillus subtilis 423 ptcA 43% P46319 pts system, cellobiose-specific iia component (eiii-c. Bacillus subtilis 424 yecA 25% Q9ZB19 hypothetical 27.6 kd protein ; Lactococcus lactis 425 ptcC 34% P39584 hypothetical 47. 6 kd protein in epr-galk intergenic region ; Bacillus subtilis 426 bglA 63% P42973 6-phospho-beta-glucosidase ; Bacillus subtilis 427 yecD putative 428 ligA 52% 031498 yerg protein ; Bacillus subtilis 429 yecE 50% 031502 yerq protein ; Bacillus subtilis 430 msmK 73% Q00752 multiple sugar-binding transport atp-binding protein msmk ; Streptococcus mutans 431 nifJ 55% Q9X716 pyruvate ferredoxin oxidoreductase ; Clostridium pasteurianum 432 yedA 48% P47351 hypothetical protein mgl05 ; Mycoplasma genitalium 433 yedB 28% Q9ZAI5 hypothetical 34. 6 kd protein ; Staphylococcus aureus 434 femD 59% 034824 ybbt protein ; Bacillus subtilis 435 rgrA 40% P39796 trehalose operon transcriptional repressor ; Bacillus subtilis 436 yedE 43% P12655 pts system, sucrose-specific iiabc component (e.

Streptococcus mutans 437 yedF 90% Q9ZAG2 hypothetical 35.3 kd protein ; Lactococcus lactis 438 yeeA 99% Q9ZAGO hypothetical 87.3 kd protein ; Lactococcus lactis 439 pgmB 99% P71447 beta-phosphoglucomutase ; Lactococcus lactis 440 yeeB 27% P26223 endo-1, 4-beta-xylanase b ; Butyrivibrio fibrisolvens 441 yeeC putative 442 yeeD putative 443 yeeE 43% 005515 hypothetical 17.9 kd protein in phob-groes intergenic region ; Bacillus subtilis 444 yeeF 31% Q9WZ46 conserved hypothetical protein ; Thermotoga maritima 445 yeeG 27% P96499 putative transcriptional regulator ; Bacillus subtilis 446 pi101 39% Q38325 integrase ; Lactococcus lactis phage bk5-t 447 pil02 66% Q38183 orf 3 ; Bacteriophage tp901-1 448 pi103 97% Q38089 repressor protein ; Bacteriophage rlt 449 pil04 94% Q38328 cro repressor protein ; Lactococcus lactis phage bk5-t 450 pil05 putative 451 pil06 putative 452 pil07 100% Q38090 integrase, repressor protein, dutpase, holin and lysin genes, complete cds ; Bacteriophage rlt 453 pil08 40% P44189 hypothetical protein hil418 ; Haemophilus influenzae 454 pil09 75% Q38092 orf6 ; Bacteriophage rlt 455 pillO 96% Q38094 orf8 ; Bacteriophage rlt 456 pilll 45% CAB53838 putative recombinase ; Bacteriophage all8 457 pill2 putative 458 pill3 52% Q9XJE6 putative replisome organiser protein ; Bacteriophage tuc2009 459 pill4 36% 003914 zinc finger protein ; Bacteriophage phigle 460 pill5 putative 461 pill6 43% Q9XJF1 hypothetical 22.4 kd protein ; Bacteriophage tuc2009 462 pill7 putative 463 pill8 putative 464 pill9 72% Q9XJF3 hypothetical 14.3 kd protein ; Bacteriophage tuc2009 465 pil20 97% Q38106 dutpase ; Bacteriophage rlt 466 pil21 putative 467 pil22 putative 468 pil23 putative 469 pil24 putative 470 pil25 putative 471 pil26 85% 053058 hypothetical 11.0 kd protein ; Lactococcus lactis 472 pil27 41% 034051 orf20 ; Streptococcus thermophilus 473 pil28 32% 053058 hypothetical 11.0 kd protein ; Lactococcus lactis 474 pil29 40% Q05277 gene 64 protein ; Mycobacteriophage 15 475 pil30 putative 476 pil31 68% 053060 hypothetical 16.9 kd protein ; Lactococcus lactis 477 pil32 putative 478 pil33 45% Q9XJ95 hypothetical 17. 4 kd protein ; Streptococcus thermophilus bacteriophage dtl 479 pil34 37% Q9XJ75 orf623 gp ; Streptococcus thermophilus bacteriophage sfi21 480 pil35 31% CAB52519 hypothetical 43.3 kd protein ; Lactobacillus bacteriophage phi adh 481 pil36 36% Q9ZXF7 orf26 ; Bacteriophage phi-105 482 pil37 24% 080046 capsid protein ; Bacteriophage phi pvl 483 pil38 putative 484 pil39 33% 064288 hypothetical 13.5 kd protein ; Streptococcus thermophilus bacteriophage sfil9 485 pil40 42% Q38219 orfa ; Bacteriophage 110 486 pil41 31% Q38220 orfi ; Bacteriophage 110 487 pil42 46% 036159 small major structural protein ; Streptococcus phage phi7201 488 pil43 putative 489 pil44 40% P45931 hypothetical 171.0 kd protein in spoiiic-cwla intergenic region ; Bacillus subtilis 490 pil45 38% Q38318 orf'410 ; Lactococcus lactis phage bk5-t 491 pil46 51% Q38319 orfl904 ; Lactococcus lactis phage bk5-t 492 pil47 putative 493 pil48 98% Q38322 orf95 ; Lactococcus lactis phage bk5-t 494 pil49 97% Q38323 orf259 ; Lactococcus lactis phage bk5-t 495 yeiD putative 496 truA 43% Q9Z9JO trua protein ; Bacillus sp 497 thiD2 37% 023128 probable thiamin biosynthetic enzyme ; Arabidopsis thaliana 498 yeiE 33% P20298 hypothetical protein in gapdh 3'region ; Pyrococcus woesei 499 yeiF 44% P39157 hypothetical 19. 4 kd protein in spoiir-glyc intergenic region ; Bacillus subtilis 500 yeiG 35% Q59569 aspartate aminotransferase ; Methanobacterium thermoformicicum 501 pyrG 94% 087761 ctp synthetase ; Lactococcus lactis 502 hicD 38% P14295 1-2-hydroxyisocaproate dehydrogenase ; Lactobacillus confusus 503 yejC 36% 086314 hypothetical 20. 4 kd protein ; Mycobacterium tuberculosis 504 yejD 27% G1017854 nucleoside 2-deoxyribosyltransferase=ntd product {ec 2.4. 2.6} ; Escherichia coli 505 yejE 29% 006986 hypothetical 21.1 kd protein ; Bacillus subtilis 506 dgk 62% Q59484 bifunctional deoxy-adenosine/guanosine kinase subunit 2 [includes : deoxyguanosine kinase ; deoxyadenosine kinase) ; Lactobacillus acidophilus 507 dnaE 33% 034623 dna polymerase iii, alpha chain ; Bacillus subtilis 508 hly 38% P54176 hemolysin iii ; Bacillus cereus 509 yejH 39% Q53667 hypothetical 21.2 kd protein ; Staphylococcus aureus 510 yejI 44% P96043 hypothetical 31.7 kd protein ; Streptococcus thermophilus 511 yejJ 31% 082840 beta-n-acetylglucosaminidase precursor ; Streptomyces thermoviolaceus 512 yfaA 34% P54179 hypothetical 21.1 kd protein in ilva 3'region ; Bacillus subtilis 513 hslA 78% Q9XB20 histone-like dna-binding protein ; Streptococcus gordonii 514 ps201 33% 054477 integrase ; Staphylococcus aureus 515 ps202 putative 516 ps203 putative 517 ps204 36% AAF12709 hypothetical 21.8 kd protein ; Bacteriophage tpw22 518 ps205 53% AAF12710 repressor protein ; Bacteriophage tpw22 519 ps206 40% CAB52490 hypothetical 7.4 kd protein ; Lactobacillus bacteriophage phi adh 520 ps207 50% Q54879 excisionase ; Streptococcus pneumoniae 521 ps208 putative 522 ps209 putative 523 ps210 putative 524 ps211 putative 525 ps212 putative 526 ps213 putative 527 ps214 putative 528 ps215 32% 054471 orfll ; Staphylococcus aureus 529 ps216 putative 530 yfbB putative 531 ps218 putative 532 ps219 37% Q9ZXB1 gp35 ; Bacteriophage phi-c31 533 ps220 putative 534 ps221 putative 535 yfbG putative 536 yfbH putative 537 yfbI putative 538 yfbJ putative 539 yfbK putative 540 cspD 93% Q9ZAHO cold shock protein d ; Lactococcus lactis 541 yfbM 29% 032075 yuai protein ; Bacillus subtilis 542 ogt 48% Q9ZBT7 putative methylated-dna-protein-cysteine methyltransferase ; Streptomyces coelicolor 543 adaA 42% P19219 methylphosphotriester-dna alkyltransferase ; Bacillus subtilis 544 yfcA 37% P08720 nodulation atp-binding protein i ; Rhizobium leguminosarum 545 yfcB putative 546 yfcC 27% Q9WWI2 alginate biosynthesis regulatory protein ; Pseudomonas syringae 547 yfcD putative 548 yfcE 53% P31672 nifs protein homolog ; Lactobacillus delbrueckii 549 yfcF 38% 006969 hypothetical 51.0 kd protein ; Bacillus subtilis 550 yfcG 93% CAB61245 lipòprotein precursor ; Lactococcus lactis 551 cysM 66% BAA88310 o-acetylserine lyase ; Streptococcus suis 552 yfcH 35% P37710 autolysin ; Enterococcus faecalis 553 yfcI 45% P54501 hypothetical 23.2 kd protein in soda-comga intergenic region ; Bacillus subtilis 554 ponA 53% Q00573 penicillin-binding protein la ; Streptococcus oralis 555 yfdA 72% Q00579 hypothetical 23.1 kd protein in pona 5'region ; Streptococcus oralis 556 yfdB 40% P50838 hypothetical 21.1 kd protein in cotd-kdud intergenic region ; Bacillus subtilis 557 yfdC 57% 031602 yjbd protein ; Bacillus subtilis 558 yfdD 44% Q45497 hypothetical 10.5 kd protein ; Bacillus subtilis 559 yfdE 37% Q45499 extragenic suppressor protein suhb homolog ; Bacillus subtilis 560 murA2 55% P70965 udp-n-acetylglucosamine 1- carboxyvinyltransferase ; Bacillus subtilis 561 yfdG putative 562 tig 63% 085730 ropa ; Streptococcus pyogenes 563 dnaG 96% Q04505 dna primase ; Lactococcus lactis 564 rpoD 96% Q04506 rna polymerase sigma factor rpod ; Lactococcus lactis 565 yfeA 35% Q9ZB19 hypothetical 27.6 kd protein ; Lactococcus lactis 566 glpT 91% Q48705 hexose phosphate transport ; Lactococcus lactis 567 yffA putative 568 clpE 94% AAD01782 clpe ; Lactococcus lactis 569 yffB 96% Q48660 hypothetical 17. 4 kd protein in clpa-gap intergenic region ; Lactococcus lactis 570 gapA 97% P52987 glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase ; Lactococcus lactis 571 def 99% Q98661 orf211 ; Lactococcus lactis 572 yffD 45% Q9ZJZ8 putative dgtp pyrophosphohydrolase ; Helicobacter pylori j99 573 uvrB 80% Q59986 excinuclease abc subunit b ; Streptococcus pneumoniae 574 gltS 39% P54535 probable amino-acid abc transporter binding protein in bmru-ansr intergenic region precursor ; Bacillus subtilis 575 argE 25% Q9ZEYO succinyl-diaminopimelate desuccinylase ; Listeria monocytogenes 576 fabZl 48% P94584 similar to hydroxymyristoyl-dehydratase ; Bacillus subtilis 577 fabI 44% 031621 yjbw protein ; Bacillus subtilis 578 yfgC 31% AAD45617 laca ; Lactococcus lactis 579 yfgE 36% AAD45618 lacf ; Lactococcus lactis 580 yfgF 28% AAD45621 lacg ; Lactococcus lactis 581 yfgG 39% AAF03934 membrane protein homolog ; Listeria monocytogenes 582 yfgH 25% Q9Z2M7 phosphomannomutase ; Mus musculus 583 yfgL 30% Q44655 membrane protein ; Bacillus acidopullulyticus 584 dfpA 64% Q54433 dna/pantothenate metabolism flavoprotein homolog ; Streptococcus mutans 585 dfpB 28% 027284 pantothenate metabolism flavoprotein ; Methanobacterium thermoautotrophicum 586 xylH 35% Q9ZI54 4-oxalocrotonate isomerase ; Pseudomonas stutzeri 587 yfgQ 35% Q9Z4W5 putative integral membrane atpase ; Streptomyces coelicolor 588 yfhA 39% P09163 hypothetical 16. 4 kd protein in rrfe-meta intergenic region ; Escherichia coli 589 yfhB 35% 007859 putative membrane protein ; Staphylococcus epidermidis 590 yfhC putative 591 crtK 33% AAF01195 tspo ; Rhizobium meliloti 592 yfhF 28% 041106 a624r protein ; Paramecium bursaria chlorella virus 1 593 yfhG 30% AAF09965 conserved hypothetical protein ; Deinococcus radiodurans 594 yfhH 30% 053731 hypothetical 28.3 kd protein ; Mycobacterium tuberculosis 595 yfhI putative 596 yfhJ putative 597 yfhK 34% P94425 hypothetical 10.9 kd protein in phrc-gdh intergenic region ; Bacillus subtilis 598 yfhL 30% CAB49143 hypothetical 23.5 kd protein ; Pyrococcus abyssi 599 yfiA 75% 087254 hypothetical 11.0 kd protein ; Lactococcus lactis 600 umuC 89% 087253 conserved hypothetical protein, orfu ; Lactococcus lactis 601 yfiC 32% P13018 streptothricin acetyltransferase ; Escherichia coli 602 yfiD 20% 002244 unc-54 protein ; Caenorhabditis elegans 603 yfiB 45% 034777 ykma ; Bacillus subtilis 604 yfiE 37% 034762 ykla ; Bacillus subtilis 605 yfiG 78% P47848 thymidine kinase ; Streptococcus gordonii challis 606 yfiH putative 607 prfA 56% P45872 peptide chain release factor 1 ; Bacillus subtilis 608 yfiI putative 609 yfiJ 40% P39605 hypothetical 28.3 kd protein in qoxd-vpr intergenic region ; Bacillus subtilis 610 hemK 37% P45873 hemk protein homolog ; Bacillus subtilis 611 yfiL 29% 032248 yvbk protein ; Bacillus subtilis 612 yfjA 36% 073972 340aa long hypothetical protein ; Pyrococcus horikoshii 613 glyA 61% P39148 serine hydroxymethyltransferase ; Bacillus subtilis 614 yfjB 39% AAF13613 pxo2-08 ; Bacillus anthracis 615 serC 50% AAD47359 3-phosphoserine aminotransferase ; Pseudomonas stutzeri 616 serA 35% AAD51415 3-phosphoglycerate dehydrogenase ; Homo sapiens 617 serB 46% CAB50876 putative phosphoserine phosphatase ; Streptomyces coelicolor 618 yfjC 47% 035031 putative acylphosphatase ; Bacillus subtilis 619 yfjD 42% P94538 hypothetical 26.9 kd protein ; Bacillus subtilis 620 yfjE 43% 034589 probable flavodoxin 2 ; Bacillus subtilis 621 yfjF 31% CAB61606 putative export protein ; Streptomyces coelicolor 622 yfjG 36% 050423 transcriptional regulator ; Mycobacterium tuberculosis 623 yfjH putative 624 pepM 51% 088076 methionine aminopeptidase a ; Enterococcus faecalis 625 ygaB 35% 088169 orfde2 ; Enterococcus faecalis 626 ygaC 27% AAD54224 mesh ; Leuconostoc mesenteroides 627 ygaD putative 628 ygaE putative 629 ygaF putative 630 ptsK 65% Q9ZA56 putative hpr kinase ; Streptococcus mutans 631 lgt 65% P72982 prolipoprotein diacylglyceryl transferase ; Streptococcus mutans 632 ygaI 44% Q9ZA55 hypothetical 14. 4 kd protein ; Streptococcus mutans 633 ygaJ 76% P96788 hypothetical 20.6 kd protein ; Lactococcus lactis 634 gnd 98% P96789 6-phosphogluconate dehydrogenase ; Lactococcus lactis 635 kupl 80% P96790 potassium transporter homolog ; Lactococcus lactis 636 kup2 31% P76748 from bases 3920310 to 3930455 of the complete genome ; Escherichia coli 637 ygbB 30% P54478 hypothetical 32.5 kd protein in ccca-soda intergenic region ; Bacillus subtilis 638 miaA 45% 031795 trna delta-isopentenylpyrophosphate transferase ; Bacillus subtilis 639 ygbD putative 640 ygbE 44% AAF03497 t22n4.8 protein ; Arabidopsis thaliana 641 ygbF putative 642 ygbG 50% P54548 hypothetical 34. 0 kd protein in glnq-ansr intergenic region ; Bacillus subtilis 643 ygcA 33% P54554 hypothetical oxidoreductase in ansr-bmru intergenic region ; Bacillus subtilis 644 recJ 36% 032044 yrve protein ; Bacillus subtilis 645 apt 67% 034443 adenine phosphoribosyltransferase ; Bacillus subtilis 646 rpoE 36% P12464 dna-directed rna polymerase delta subunit ; Bacillus subtilis 647 ygcC 36% 034758 yrrl protein ; Bacillus subtilis 648 greA 58% P80240 transcription elongation factor grea ; Bacillus subtilis 649 tra909E 100% CAA55220 is1069 gene ; Lactococcus lactis 650 ygcD 100% Q48713 dna for the transposon-like element on the lactose plasmid ; Lactococcus lactis 651 tral077D 98% 032787 transposase ; Lactococcus lactis 652 ygcE 100% 032786 hypothetical 21.3 kd protein ; Lactococcus lactis 653 ctsR 46% Q48757 clpc atpase ; Listeria monocytogenes 654 clpC 90% Q9ZIL9 clpc ; Lactococcus lactis 655 ygdA 51% P28368 hypothetical 22.0 kd protein in flit-seca intergenic region ; Bacillus subtilis 656 enoA 87% Q9XDS7 enolase ; Streptococcus intermedius 657 xerD 29% 026979 integrase-recombinase protein ; Methanobacterium thermoautotrophicum 658 ygdC putative 659 ygdD putative 660 ygdF putative 661 ygdE putative 662 tra982 92% 087349 putative transposase ; Lactococcus lactis 663 hsdR 98% 068167 hsdr ; Lactococcus lactis 664 hsdM 100% 068168 hsdm ; Lactococcus lactis 665 hsdS 100% 068169 hsds ; Lactococcus lactis 666 ygeA 90% 068170 is982 transposase homolog ; Lactococcus lactis 667 ygeB putative 668 ygeC putative 669 ygeD 27% Q9YVT6 orf msvl56 hypothetical protein ; Melanoplus sanguinipes entomopoxvirus 670 tra981C 86% Q48668 insertion sequence is981 ; Lactococcus lactis 671 ygfF 96% Q48667 insertion sequence is981 ; Lactococcus lactis 672 ygfA 39% Q9WZG4 abc transporter, atp-binding protein ; Thermotoga maritima 673 ygfB 23% AAF12525 hypothetical 37.1 kd protein ; Deinococcus radiodurans 674 ygfC 30% P96701 ydgc protein ; Bacillus subtilis 675 fadD 25% P29212 long-chain-fatty-acid--coa ligase ; Escherichia coli 676 ygfE 96% 032796 orfa protein ; Lactococcus lactis 677 pfl 100% 032797 formate acetyltransferase ; Lactococcus lactis 678 yggA 43% 034932 hypothetical 22.0 kd protein in gapb-mutm intergenic region ; Bacillus subtilis 679 pmrA 48% Q9ZEX9 multi-drug resistance efflux pump ; Streptococcus pneumoniae 680 rpmGA 100% P27167 50s ribosomal protein 133 ; Lactococcus lactis 681 ftsWl 95% P27174 hypothetical protein in rpmg 3'region ; Lactococcus lactis 682 pycA 96% AAF09095 pyruvate carboxylase ; Lactococcus lactis 683 gltA 90% AAF09126 citrate synthase ; Lactococcus lactis 684 citB 86% AAF09127 aconitate hydratase ; Lactococcus lactis 685 icd 56% 006893 isocitrate dehyrogenase ; Bacillus israeli 686 clpP 92% Q9ZABO protease ; Lactococcus lactis 687 yghB putative 688 yghC 54% 031602 yjbd protein ; Bacillus subtilis 689 yghD putative 690 yghE putative 691 yghF 39% 034431 ylob protein ; Bacillus subtilis 692 yghG putative 693 icaA 38% Q54066 icaa ; Staphylococcus epidermidis 694 tra983A 50% 087534 putative transposase ; Streptococcus pyogenes 695 icaB 32% Q54067 icab ; Staphylococcus epidermidis 696 ygiC putative 697 icaC 35% Q53971 fibronectin binding protein ; Streptococcus dysgalactiae 698 ygiE 38% P54104 branched-chain amino acid transport system carrier protein ; Lactobacillus delbrueckii 699 brnQ 99% 069437 homologous to branched chain amino acid transporters of liv-ii class ; Lactococcus lactis 700 ygiG 94% 069438 yjdj-like protein ; Lactococcus lactis 701 ygiH 96% 069439 yjdi-like protein ; Lactococcus lactis 702 ygiI 42% P37545 hypothetical 29.2 kd protein in mets-ksga intergenic region ; Bacillus subtilis 703 ygiJ 40% Q47838 copa, copy and copz genes ; Enterococcus hirae 704 ygiK 42% P37547 hypothetical 20.7 kd protein in mets-ksga intergenic region ; Bacillus subtilis 705 ksgA 52% P37468 dimethyladenosine transferase (s- adenosylmethionine-6-n', n'-adenosyl (high level kasugamycin re. Bacillus subtilis 706 pepP 91% 008316 aminopeptidase p ; Lactococcus lactis 707 efp 40% P49778 elongation factor p ; Bacillus subtilis 708 ygjB 39% P54519 hypothetical 14. 7 kd protein in accc-fold intergenic region ; Bacillus subtilis 709 nusB 45% P54520 n utilization substance protein b homolog ; Bacillus subtilis 710 ygjD 58% 022198 putative 4-alpha-glucanotransferase ; Arabidopsis thaliana 711 malQ 40% 022198 putative 4-alpha-glucanotransferase ; Arabidopsis thaliana 712 glgC 51% 008326 glucose-1-phosphate adenylyltransferase ; Bacillus stearothermophilus 713 glgD 29% 008327 glycogen biosynthesis protein glgd ; Bacillus stearothermophilus 714 glgA 46% P39125 glycogen synthase ; Bacillus subtilis 715 glgP 50% P39123 glycogen phosphorylase ; Bacillus subtilis 716 amyX 34% P36905 T amylopullulanase precursor [includes : alpha- amylase ; pullulanase (1, 4-alpha-d-glucan...

717 dtpT 90% P36574 di-/tripeptide transporter ; Lactococcus lactis 718 tra983B 50% 087534 putative transposase ; Streptococcus pyogenes 719 cydA 46% P94364 cytochrome d ubiquinol oxidase subunit i ; Bacillus subtilis 720 cydB 36% Q9ZBY6 putative cytochrome oxidase subunit ii ; Streptomyces coelicolor 721 cydC 45% P94366 transport atp-binding protein cydc ; Bacillus subtilis 722 cydD 41% P94367 transport atp-binding protein cydd ; Bacillus subtilis 723 rmaB 35% 050574 hypothetical 16.1 kda transcriptional regulator ; Bacillus firmus 724 yhbE putative 725 yhbF 22% 035264 R platelet-activating factor acetylhydrolase ib beta subunit (pl...

726 lmrA 88% P97046 multidrug resistance protein lmra ; Lactococcus lactis 727 yhbH 90% Q48631 hypothetical 13.6 kd protein ; Lactococcus lactis 728 apl 83% Q48630 alkaline phosphatase like protein ; Lactococcus lactis 729 yhcA 38% Q9ZAX8 abc transporter atp binding subunit ; Streptococcus mutans 730 yhcC 41% Q58627 hypothetical protein mjl230 ; Methanococcus jannaschii 731 yhcB putative 732 qor 45% Q9Z3U5 w7. alginate lyase ; Pseudomonas sp 733 yhcE 41% P42319 hypothetical 38.3 kd protein in pept-katb intergenic region ; Bacillus subtilis 734 yhcG 43% 007607 hypothetical 26.5 kd protein ; Bacillus subtilis 735 yhcH 25% 054390 serine/threonine protein phosphatase 1 ; Microcystis aeruginosa 736 yhcI 49% P21335 hypothetical 17.8 kd protein in sers-dnah intergenic region ; Bacillus subtilis 737 tra981D 92% Q48668 insertion sequence is981 ; Lactococcus lactis 738 yhcJ 100% Q48667 insertion sequence is981 ; Lactococcus lactis 739 yhcK 26% 059645 alpha-glucosidase ; Sulfolobus solfataricus 740 rliC 28% Q56201 maltose operon transcriptional repressor ; Staphylococcus xylosus 741 yhdA 45% P14205 coma operon protein 2 ; Bacillus subtilis 742 yhdB 34% 034514 ytfd ; Bacillus subtilis 743 menE 35% 034837 osb-coa synthase ; Bacillus subtilis 744 menB 76% 034567 dihydroxynaphthoate synthase ; Bacillus subtilis 745 menX 34% 034312 ytxm ; Bacillus subtilis 746 menD 40% P23970 B menaquinone biosynthesis protein mend [includes : 2-succinyl-6-hydroxy-2, 4- cyclohexadiene-1-carboxylate synthase ; 2- oxoglutarate decarboxylase (ec...

747 menF 35% P74053 isochorismate synthase ; Synechocystis sp 748 yhdC 31% P94482 ynad ; Bacillus subtilis 749 yheA 35% 034921 ytoi ; Bacillus subtilis 750 yheB 48% 034600 ytqi ; Bacillus subtilis 751 ansB 38% AAF11899 1-asparaginase ; Deinococcus radiodurans 752 yheD 32% Q45494 hypothetical 28.9 kd protein ; Bacillus subtilis 753 yheE putative 754 floL 33% 032076 hypothetical 56.0 kd protein in glgb-gbsb intergenic region ; Bacillus subtilis 755 thrA 50% P94417 probable aspartokinase ; Bacillus subtilis 756 yheG 33% 053410 hypothetical 29.3 kd protein ; Mycobacterium tuberculosis 757 rmaA 33% P96708 ydgj protein ; Bacillus subtilis 758 yhfA 30% Q9XOY1 beta-phosphoglucomutase, putative ; Thermotoga maritima 759 yhfB 31% P37484 hypothetical 74.3 kd protein in rpli-cotf intergenic region ; Bacillus subtilis 760 rplI 44% P02417 50s ribosomal protein 19 ; Bacillus stearothermophilus 761 dnaC 52% P37469 replicative dna helicase ; Bacillus subtilis 762 yhfC putative 763 yhfD 33% 034935 ytmp ; Bacillus subtilis 764 yhfE 54% 034522 ytmq ; Bacillus subtilis 765 yhfF 51% P33661 hypothetical 15.2 kd protein in sigg 3'region ; Clostridium acetobutylicum 766 dnaB 20% P07908 replication initiation and membrane attachment protein ; Bacillus subtilis 767 dnaI 37% P06567 primosomal protein dnai ; Bacillus subtilis 768 yhgA 33% P94424 hypothetical 27.9 kd protein in phrc-gdh intergenic region ; Bacillus subtilis 769 yhgB 31% 006733 yisx protein ; Bacillus subtilis 770 yphL 65% P50743 hypothetical 48.8 kd gtp-binding protein in cmk- gpsa intergenic region ; Bacillus subtilis 771 yhgC 27% 030416 positive regulator gadr ; Lactococcus lactis 772 yhgD 20% P28968 glycoprotein x precursor ; Equine herpesvirus type 1 773 yhgE 27% Q48707 dna for orfl and orf2 ; Lactobacillus leichmannii 774 yhhA 34% 068213 putative fimbria-associated protein ; Actinomyces naeslundii 775 yhhB putative 776 yhhC 29% P39590 hypothetical 25.8 kd protein in epr-galk intergenic region ; Bacillus subtilis 777 yhhD 50% 059465 109aa long hypothetical protein ; Pyrococcus horikoshii 778 yhhE 36% P32726 hypothetical 17.6 kd protein in nusa 5'region ; Bacillus subtilis 779 nusA 50% 031756 nusa protein ; Bacillus subtilis 780 yhhG 47% P32728 hypothetical 10.4 kd protein in nusa-infb intergenic region ; Bacillus subtilis 781 yhhH 51% P55768 probable ribosomal protein in infb 5'region ; Enterococcus faecium 782 infB 79% Q9X764 initiation factor 2 ; Lactococcus lactis 783 rbfA 86% Q9X765 ribosome binding. factor a ; Lactococcus lactis 784 pmi 65% Q59935 mannose-6-phosphate isomerase ; Streptococcus mutans 785 yhiA 34% P70993 hypothetical 15.9 kd protein ; Bacillus subtilis 786 fabH 45% 067185 3-oxoacyl- [acyl-carrier-protein] synthase iii ; Aquifex aeolicus 787 acpA 47% P80643 acyl carrier protein ; Bacillus subtilis 788 fabD 46% 034463 malonyl coa-acyl carrier protein transacylase ; Bacillus subtilis 789 fabGl 47% P51831 3-oxoacyl- [acyl-carrier protein] reductase ; Bacillus subtilis 790 fabF 43% 034340 yjay protein ; Bacillus subtilis 791 accB 50% Q06881 biotin carboxyl carrier protein of acetyl-coa carboxylase ; Anabaena sp 792 fabZ2 58% P94584 similar to hydroxymyristoyl-dehydratase ; Bacillus subtilis 793 accC 57% P49787 biotin carboxylase (a subunit of acetyl-coa carboxylase ; Bacillus subtilis 794 accD 57% 034571 acetyl-coa carboxylase subunit ; Bacillus subtilis 795 accA 54% 034847 acetyl-coenzyme a carboxylase carboxyl transferase subunit alpha ; Bacillus subtilis 796 metB2 100% AAF14693 cystathionine beta-lyase metc ; Lactococcus lactis 797 cysK 89% AAF14694 o-acetylserine sulfhydrylase cysk ; Lactococcus lactis 798 yhjA 32% 016527 ce-lea ; Caenorhabditis elegans 799 yhjB 42% P54510 hypothetical 14.6 kd protein in gcvt-spoiiiaa intergenic region ; Bacillus subtilis 800 yhjC 41% P54510 hypothetical 14.6 kd protein in gcvt-spoiiiaa intergenic region ; Bacillus subtilis 801 noxC 36% 029847 nadh oxidase ; Archaeoglobus fulgidus 802 yhjE 48% BAA86632 hypothetical 9.9 kd protein ; Staphylococcus aureus 803 yhjF 51% 032175 yusi protein ; Bacillus subtilis 804 rdrA 38% P76034 hypothetical transcriptional regulator in osmb- rnb intergenic region ; Escherichia coli 805 yhjG 32% P05332 hypothetical p20 protein ; Bacillus licheniformis 806 exoA 61% P21998 exodeoxyribonuclease ; Streptococcus pneumoniae 807 metS 61% P37465 methionyl-trna synthetase ; Bacillus subtilis 808 yiaA putative 809 yiaB 36% Q9X248 3-oxoacyl-reductase ; Thermotoga maritima 810 yiaC 31% 005109 cara & orf8 partial cds, argc, j, b, d, f & orf7 citrulline biosynthetic operon ; Lactobacillus plantarum 811 yiaD 42% P71037 hypothetical 23.2 kd protein ; Bacillus subtilis 812 argC 41% 008318 n-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase ; Lactobacillus plantarum 813 argJ 48% Q9ZJ14 ornithine acetyltransferase ; Bacillus amyloliquefaciens 814 argD 42% 066442 acetylornithine aminotransferase ; Aquifex aeolicus 815 argB 40% 028988 acetylglutamate kinase ; Archaeoglobus fulgidus 816 argF 62% 053089 ornithine transcarbamoylase ; Lactobacillus sake 817 rnc 45% 031734 ribonuclease iii ; Bacillus subtilis 818 smc 32% 031735 chromosome segregation smc protein homolg ; Bacillus subtilis 819 yibB 49% 031735 chromosome segregation smc protein homolg ; Bacillus subtilis 820 yibC 39% 006487 yfni ; Bacillus subtilis 821 yibD putative 822 yibE putative 823 yibF putative 824 yibG 40% 032257 yvbw protein ; Bacillus subtilis 825 yicA putative 826 yicB 35% P09997 hypothetical 29.7 kd protein in ibpa-gyrb intergenic region ; Escherichia coli 827 yicC 32% Q9WX02 putative membrane protein ; Streptomyces coelicolor 828 ftsY 55% P51835 cell division protein ftsy homolog ; Bacillus subtilis 829 prsA 66% Q48793 tms and prs genes, partial cds ; Listeria monocytogenes 830 yicE 32% 087552 leucine-rich protein transcriptional regulator ; Bacillus firmus 831 leuS 67% P36430 leucyl-trna synthetase ; Bacillus subtilis 832 yidA 26% Q9XOV5 transcriptional regulator, rpir family ; Thermotoga maritima 833 yidB 25% P39584 hypothetical 47.6 kd protein in epr-galk intergenic region ; Bacillus subtilis 834 yidC 39% P42973 6-phospho-beta-glucosidase ; Bacillus subtilis 835 cpo 33% CAB60045 citr protein ; Weissella paramesenteroides 836 yidE putative 837 tra904F 100% CAA55220 isl069 gene ; Lactococcus lactis 838 yidF 98% Q48710 span gene encoding nisin and insertion sequence is904 ; Lactococcus lactis 839 tral077E 98% 032787 transposase ; Lactococcus lactis 840 yidG 99% 032786 hypothetical 21.3 kd protein ; Lactococcus lactis 841 yidH 100% Q48710 span gene encoding nisin and insertion sequence is904 ; Lactococcus lactis 842 tra904G 99% CAA55220 isl069 gene ; Lactococcus lactis 843 noxA 33% 005267 hypothetical 44. 9 kd protein ; Bacillus subtilis 844 noxB 33% P32340 rotenone-insensitive nadh-ubiquinone oxidoreductase precursor ; Saccharomyces cerevisiae 845 sdhB 47% 034635 probable 1-serine dehydratase, beta chain ; Bacillus subtilis 846 sdhA 55% 034607 probable 1-serine dehydratase, alpha chain ; Bacillus subtilis 847 copR 40% Q47839 copab atpases metal-fist type repressor ; Enterococcus hirae 848 yieF 45% AAC33905 mera, mercuric ion reductase ; Escherichia coli 849 copA 45% P32113 copper/potassium-transporting atpase a ; Enterococcus hirae 850 yieH 91% 066090 transmembrane protein tmp5 ; Lactococcus lactis 851 yifA putative 852 trmU 64% 035020 probable trna-methyltransferase ; Bacillus subtilis 853 rpsA 49% P50889 40s ribosomal protein sl ; Leuconostoc lactis 854 udp 35% 083990 uridine phosphorylase ; Treponema pallidum 855 yifD 29% Q9ZJT8 nicotinamide mononucleotide transporter ; Helicobacter pylori j99 856 uvrC 50% Q9ZEH3 excinuclease abc, subunit c ; Staphylococcus aureus 857 mutY 43% 031584 yfhq protein ; Bacillus subtilis 858 pepV 96% 007121 dipeptidase ; Lactococcus lactis 859 acpS 54% 007122 hypothetical 8.0 kd protein ; Lactobacillus plantarum 860 dal 97% CAB56755 alanine racemase ; Lactococcus lactis 861 yigC 50% 031602 yjbd protein ; Bacillus subtilis 862 gshR 30% 054279 orf454 protein ; Staphylococcus sciuri 863 choQ 60% Q9XBN6 choline transporter ; Streptococcus pneumoniae 864 choS 42% Q9XBN5 choline transporter ; Streptococcus pneumoniae 865 yigE 16% AAB82017 microfilarial sheath protein shp3 ; Litomosoides sigmodontis 866 yigF putative 867 yihA putative 868 yihB putative 869 yihC 46% P05425 copper/potassium-transporting atpase b ; Enterococcus hirae 870 yihD 21% 080179 putative minor tail protein ; Streptococcus thermophilus bacteriophage sfill 871 folD 65% P96050 fold bifunctional protein [includes : methylenetetrahydrofolate dehydrogenase ; methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase] ; Streptococcus thermophilus 872 xseA 37% P54521 putative exodeoxyribonuclease large subunit ; Bacillus subtilis 873 xseB 38% Q9ZDH8 exodeoxyribonuclease small subunit ; Rickettsia prowazekii 874 yihF 47% P44507 hypothetical protein hi0091 ; Haemophilus influenzae 875 ispA 49% 066126 geranyltranstransferase ; Micrococcus luteus 876 yiiB 59% P19672 hypothetical 29.7 kd protein in fold-ahrc intergenic region ; Bacillus subtilis 877 ahrC 38% 086130 arginine repressor ; Bacillus licheniformis 878 recN 40% P17894 dna repair protein recn ; Bacillus subtilis 879 yiiD putative 880 yiiE 33% 027534 hypothetical 21.2 kd protein ; Methanobacterium thermoautotrophicum 881 yiiF 35% Q56116 Streptococcus thermophilus 882 yiiG 35% Q9ZI22 membrane protein ; Streptococcus salivarius 883 yiiH 71% AAC95454 yllc ; Streptococcus pneumoniae 884 yiiI 85% 066083 putative transmembrane protein tmp2 ; Lactococcus lactis 885 pbpX 41% P14677 penicillin-binding protein 2x ; Streptococcus pneumoniae 886 mraY 50% Q9zha5 phospho-n-acetylmuramoyl-pentapeptide- transferase ; Streptococcus pneumoniae 887 yijB putative 888 yijC 29% P94412 homologue of hypothetical protein in a rapamycin synthesis gene cluster of streptomyces hygroscopicus ; Bacillus subtilis 889 yijD 48% P94411 homologue of hypothetical protein in a rapamycin synthesis gene cluster of streptomyces hygroscopicus ; Bacillus subtilis 890 mleR 93% P16400 malolactic fermentation system transcriptional activator ; Lactococcus lactis 891 yijE 85% Q48663 positive regulator gene ; Lactococcus lactis 892 rplS 77% 034031 50s ribosomal protein 119 ; Streptococcus thermophilus 893 yijF putative 894 yijG 33% P75905 hypothetical 50.8 kd protein in phoh-csgg intergenic region ; Escherichia coli 895 yijH putative 896 pnuC 26% 025877 nicotinamide mononucleotide transporter ; Helicobacter pylori 897 yjaB 35% Q57951 hypothetical protein mj0531 ; Methanococcus jannaschii 898 hslB 45% Q9XB21 histone-like dna-binding protein ; Streptococcus mutans 899 yjaD 36% CAB55667 putative tetr-family transcriptional regulator ; Streptomyces coelicolor 900 yjaE 82% 066092 transmembrane protein tmp7 ; Lactococcus lactis 901 yjaF 79% 033663 dna for sigma 42 protein, dtdp-4-keto-l-rhamnose reductase, complete cds ; Streptococcus mutans 902 ftsW2 45% P27174 hypothetical protein in rpmg 3'region ; Lactococcus lactis 903 yjaH putative 904 yjal putative 905 yjaJ 38% Q56038 epsa ; Streptococcus thermophilus 906 rpsN2 63% 031587 yhza protein ; Bacillus subtilis 907 yjbB putative 908 kinD 92% 007385 histidine kinase ; Lactococcus lactis 909 lrrD 57% CAB54571 response regulator ; Streptococcus pneumoniae 910 yjbC 41% P21878 hypothetical protein in pdha 5'region ; Bacillus stearothermophilus 911 ppiB 41% P87051 probable peptidyl-prolyl cis-trans isomerase c57alO. 03 ; Schizosaccharomyces pombe 912 yjbE 37% CAB49760 translation initiation factor aif-2, subun it alpha ; Pyrococcus abyssi 913 yjbF 26% 007559 hypothetical 23.3 kd protein ; Bacillus subtilis 914 rodA 28% P39604 hypothetical 43.3 kd protein in qoxd-vpr intergenic region ; Bacillus subtilis 915 butB 42% 034788 dehydrogenase ; Bacillus subtilis 916 butA 67% 002715 acetoin reductase ; Bos taurus 917 yjcA 26% Q9ZE86 abc transporter atp-binding protein ; Rickettsia prowazekii 918 mleS 95% Q48662 malolactic enzyme ; Lactococcus lactis 919 mleP 92% 007032 citrate-sodium symport ; Lactococcus lactis 920 yjcD 32% Q9ZF46 hypothetical 32.6 kd protein ; Bacillus megaterium 921 yjcE putative 922 yjcF 46% Q57064 unidentified ; Streptococcus pneumoniae 923 gyrB 78% Q59957 dna gyrase ; Streptococcus pneumoniae 924 yjdA 35% P44074 hypothetical protein hi0912 ; Haemophilus influenzae 925 yjdB putative 926 yjdD 37% P25150 hypothetical transcriptional regulator in gspa- tyrz intergenic region ; Bacillus subtilis 927 yjdE 33% P94422 homologue of multidrug resistance protein b, emrb, of e. coli ; Bacillus subtilis 928 yjdF putative 929 tagR 38% 006027 epsr protein ; Lactococcus lactis 930 tagL 49% CAB52231 epsl protein ; Streptococcus thermophilus 931 yjdI putative 932 yjdJ 26% Q58752 putative potassium channel protein mjl357 ; Methanococcus jannaschii 933 tagH 48% P42954 teichoic acid translocation atp-binding protein tagh ; Bacillus subtilis 934 tagG 30% P42953 teichoic acid translocation permease protein tagg ; Bacillus subtilis 935 yjeA putative 936 tagZ 33% 006035 epsg protein ; Lactococcus lactis 937 tagY 31% AAD56434 tagf ; Staphylococcus epidermidis 938 yjeD putative 939 tagX 30% AAD56434 tagf ; Staphylococcus epidermidis 940 yjeF 30% P26388 putative colanic acid biosynthesis glycosyl transferase wcal ; Salmonella typhimurium 941 yjeG putative 942 tagD2 50% 067380 glycerol-3-phosphate cytidyltransferase ; Aquifex aeolicus 943 yjfB putative 944 tagF 41% AAD56434 tagf ; Staphylococcus epidermidis 945 tagB 28% P27621 teichoic acid biosynthesis protein b precursor ; Bacillus subtilis 946 yjfE 34% Q9X485 hypothetical 33.8 kd protein ; Lactococcus lactis 947 des 97% 032808 phosphopentomutase ; Lactococcus lactis 948 yjfG 91% 032809 hypothetical 10. 3 kd protein ; Lactococcus lactis 949 deed 93% 032810 purine nucleoside phosphorylase ; Lactococcus lactis 950 tra983C 50% 087534 putative transposase ; Streptococcus pyogenes 951 yjfI 39% 086782 hypothetical 19. 8 kd protein ; Streptomyces coelicolor 952 yjbd 48% Q9X8J2 hypothetical 11. 3 kd protein ; Streptomyces coelicolor 953 fhs 65% Q59925 formate--tetrahydrofolate ligase ; Streptococcus mutans 954 yjgB 44% Q9X7Z4 putative secreted protein ; Streptomyces coelicolor 955 yjgC 29% P54952 probable amino-acid abc transporter binding protein in idh-deor intergenic region precursor ; Bacillus subtilis 956 yjbd 40% P54953 probable amino-acid abc transporter permease protein in idh-deor intergenic region ; Bacillus subtilis 957 yjbd 55% 034900 putative amino acid transporter ; Bacillus subtilis 958 trxBl 58% 032823 thioredoxin reductase ; Listeria monocytogenes 959 sect 32% 032233 probable protein-export membrane protein secg ; Bacillus subtilis 960 vacs 43% 032231 yvaj protein ; Bacillus subtilis 961 yjgF 48% P94573 hypothetical 21. 1 kd protein ; Bacillus subtilis 962 yjhA putative 963 yjbd 23% P39582 probable 1, 4-dihydroxy-2-naphthoate octaprenyltransferase ; Bacillus subtilis 964 yjbd 48% Q58953 hypothetical protein mjl558 ; Methanococcus jannaschii 965 yjhD 59% Q59059 hypothetical protein mjl665 ; Methanococcus jannaschii 966 yjhE putative 967 yjhF 34% P96121 phosphoglycerate mutase ; Treponema pallidum 968 dach 64% Q9ZAT6 putative d, d-carboxypeptidase ; Streptococcus mutans 969 yjhH putative 970 hrcA 97% P42370 heat-inducible transcription repressor hrca ; Lactococcus lactis 971 grpE 81% Q9X4R3 heat shock protein grpe ; Streptococcus pneumoniae 972 dnag 87% P42368 dnak protein ; Lactococcus lactis 973 mycA 61% Q54525 67 kda myosin-crossreactive streptococcal antigen ; Streptococcus pyogenes 974 yjiB 44% 034980 putative hippurate hydrolase ; Bacillus subtilis 975 lack 42% 031713 transcriptional regulator ; Bacillus subtilis 976 lacC 47% 031714 fructose-1-phosphate kinase ; Bacillus subtilis 977 froua 43% P71012 phosphotransferase system fructose-specific enzyme iibc component ; Bacillus subtilis 978 clsA 47% P71040 hypothetical 55. 8 kd protein in spoiiq-mta intergenic region ; Bacillus subtilis 979 yjbd 54% 006973 hypothetical 33. 9 kd protein in crh-trxb intergenic region ; Bacillus subtilis 980 yjiF 42% 006974 hypothetical 34. 7 kd protein in crh-trxb intergenic region ; Bacillus subtilis 981 yjjA 42% 006975 hypothetical 36. 3 kd protein ; Bacillus subtilis 982 yjjB 31% P96222 hypothetical 23. 7 kd protein ; Mycobacterium tuberculosis 983 yjbd 54% Q9Z9N6 yhaq ; Bacillus sp 984 yjjD 26% Q9Z9N5 tnrb3protein ; Bacillus sp 985 yjjE putative 986 yjjF 59% AAF04741 hypothetical 18.7 kd protein ; Listeria monocytogenes 987 yjjG 60% P71081 hypothetical 12.2 kd protein ; Bacillus subtilis 988 yjjH 25% CAB48940 hypothetical 28.0 kd protein ; Pyrococcus abyssi 989 prfB 52% P28367 peptide chain release factor 2 ; Bacillus subtilis 990 ftsE 63% 034814 cell division atp-binding protein ; Bacillus subtilis 991 ftsX 38% 034876 cell division protein ; Bacillus subtilis 992 nrdF 47% 069274 ribonucleotide reductase subunit r2f ; Corynebacterium ammoniagenes 993 nrdE 51% Q9XD63 ribonucleotide reductase alpha-chain ; Corynebacterium glutamicum 994 ndrI 93% Q48709 nrdi protein ; Lactococcus lactis 995 ndrH 98% Q48708 glutaredoxin-like protein nrdh ; Lactococcus lactis 996 ykaC 58% Q9X972 hypothetical 17.9 kd protein ; Streptococcus gordonii 997 parE 79% Q59961 topoisomerase iv subunit b ; Streptococcus pneumoniae 998 ykaE putative 999 ykaF 37% CAB60666 hypothetical 25.4 kd protein ; Bradyrhizobium japonicum 1000 dnaQ 42% Q9zhf6 dna polymerase iii, alpha chain polc-type ; Thermotoga maritima 1001 ykbA 39% P52077 elaa protein ; Escherichia coli 1002 parC 71% Q9X5Y7 parc ; Streptococcus mitis 1003 ykbB 23% Q9WW83 hypothetical 34.5 kd protein ; Lactococcus lactis 1004 ykbC 23% P40889 hypothetical 197.6 kd protein in fsp2 5'region ; Saccharomyces cerevisiae 1005 ykbD putative 1006 ykbE putative 1007 ykbF putative 1008 ykcA putative 1009 ykcB putative 1010 ykcC putative 1011 ribG 45% P50853 riboflavin-specific deaminase ; Actinobacillus pleuropneumoniae 1012 ribB 58% P50854 riboflavin synthase alpha chain ; Actinobacillus pleuropneumoniae 1013 ribA 60% P50855 riboflavin biosynthesis protein riba [includes : gtp cyclohydrolase ii ; 3,4-dihydroxy-2-butanone 4-ph. Actinobacillus pleuropneumoniae 1014 ribH 67% P50856 6, 7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase (riboflavin synthase beta. Actinobacillus pleuropneumoniae 1015 lspA 78% Q48729 signal peptidase type ii ; Lactococcus lactis 1016 ykcD 59% Q45480 hypothetical 33.7 kd protein in lsp-pyrr intergenic region ; Bacillus subtilis 1017 ykcE 47% P73185 hypothetical 16.0 kd protein ; Synechocystis sp 1018 ykcF putative 1019 ykcG 50% 034755 hypothetical 38.5 kd protein in tnra-sspd intergenic region ; Bacillus subtilis 1020 lrrE 41% 034903 ykog ; Bacillus subtilis 1021 ykdA putative 1022 kinE 73% 007386 histidine kinase ; Lactococcus lactis 1023 ykdB 66% 007387 histidine kinase ; Lactococcus lactis 1024 glmS 59% P39754 B glucosamine--fructose-6-phosphate aminotransferase [isomerizing] (1-glutamine...

1025 radC 40% Q02170 dna repair protein radc homolog ; Bacillus subtilis 1026 pi201 99% Q38325 integrase ; Lactococcus lactis phage bk5-t 1027 pi202 91% Q38183 orf 3 ; Bacteriophage tp901-1 1028 pi203 95% Q38182 orf2 ; Bacteriophage tp901-1 1029 pi204 98% 048503 hypothetical 20.8 kd protein ; Bacteriophage tp901-1 1030 pi205 100% 048504 hypothetical 8.3 kd protein ; Bacteriophage tp901-1 1031 pi206 100% 048505 hypothetical 28.3 kd protein ; Bacteriophage tp901-1 1032 pi207 100% Q38331 orflll ; Lactococcus lactis phage bk5-t 1033 pi208 98% Q9XJE0 hypothetical 9.9 kd protein ; Bacteriophage tuc2009 1034 pi209 100% Q38272 orf71 ; Lactococcus bacteriophage 1035 pi210 100% Q9XJE3 hypothetical 20.1 kd protein ; Bacteriophage tuc2009 1036 pi211 94% Q9XJE4 putative topoisomerase i ; Bacteriophage tuc2009 1037 pi212 87% Q9XJE5 putative single stranded binding protein ; Bacteriophage tuc2009 1038 pi213 94% Q9XJE6 putative replisome organiser protein ; Bacteriophage tuc2009 1039 pi214 99% Q9XJE7 hypothetical 27.2 kd protein ; Bacteriophage tuc2009 1040 pi215 88% Q9XJE9 hypothetical 15.8 kd protein ; Bacteriophage tuc2009 1041 pi216 93% Q38101 orfl5 ; Bacteriophage rlt 1042 pi217 putative 1043 pi218 71% Q9XJF1 hypothetical 22. 4 kd protein ; Bacteriophage tuc2009 1044 pi219 putative 1045 pi220 72% Q9XJF3 hypothetical 14. 3 kd protein ; Bacteriophage tuc2009 1046 pi221 99% Q38106 dutpase ; Bacteriophage rlt 1047 pi222 putative 1048 pi223 putative 1049 pi224 putative 1050 pi225 putative 1051 pi226 84% 053058 hypothetical 11.0 kd protein ; Lactococcus lactis 1052 pi227 putative 1053 pi228 31% Q9XJD9 hypothetical 21.5 kd protein ; Streptococcus thermophilus bacteriophage dtl 1054 pi229 putative 1055 pi230 22% Q9XJT6 putative terminase ; Bacteriophage d3 1056 pi231 putative 1057 pi232 30% Q9ZXF7 orf26 ; Bacteriophage phi-105 1058 pi233 31% P25386 intracellular protein transport protein usol ; Saccharomyces cerevisiae 1059 pi234 putative 1060 pi235 putative 1061 pi236 putative 1062 pi237 putative 1063 pi238 putative 1064 pi239 24% Q9ZXE9 orf34 ; Bacteriophage phi-105 1065 pi240 putative 1066 pi241 putative 1067 pi242 22% P26812 hypothetical protein in mcp 3'region ; Lactococcus lactis bacteriophage f4-1 1068 pi243 26% CAB52531 hypothetical 28.9 kd protein ; Lactobacillus bacteriophage phi adh 1069 pi244 41% 051277 conserved hypothetical protein ; Borrelia burgdorferi 1070 pi245 putative 1071 pi246 putative 1072 pi247 putative 1073 pi248 putative 1074 pi249 putative 1075 pi250 95% Q38321 orf75 ; Lactococcus lactis phage bk5-t 1076 pi251 91% Q38322 orf95 ; Lactococcus lactis phage bk5-t 1077 pi252 98% Q38323 orf259 ; Lactococcus lactis phage bk5-t 1078 ykhD 48% 005521 hypothetical 24.1 kd protein ydih ; Bacillus subtilis 1079 ykhE 45% 031602 yjbd protein ; Bacillus subtilis 1080 ykhF 51% 005519 hypothetical abc transporter atp-binding protein ydif ; Bacillus subtilis 1081 ykhG putative 1082 ykhH putative 1083 ykhJ putative 1084 ykhI 27% 030416 positive regulator gadr ; Lactococcus lactis 1085 ykhK putative 1086 pyrE 72% Q9ZHA6 orotate phosphoribosyltransferase pyre ; Streptococcus pneumoniae 1087 pyrC 42% 066990 dihydroorotase ; Aquifex aeolicus 1088 dnaD 41% P95775 orf2 protein ; Streptococcus mutans 1089 nth 49% P39788 probable endonuclease iii (dna- ; Bacillus subtilis 1090 ykiC 49% P95776 orf3 protein ; Streptococcus mutans 1091 ykiD 46% P95777 orf4 protein ; Streptococcus mutans 1092 ykiE 23% Q9X563 hypothetical 14. 2 kd protein ; Enterococcus faecium 1093 ykiF 41% P09997 hypothetical 29.7 kd protein in ibpa-gyrb intergenic region ; Escherichia coli 1094 ykiG 51% P39651 hypothetical 51.0 kd protein in pta 3'region ; Bacillus subtilis 1095 ykiH putative 1096 ykiI putative 1097 rplU 67% P26908 50s ribosomal protein 121 ; Bacillus subtilis 1098 ykjA 35% P26942 hypothetical 12.3 kd protein in rplu-rpma intergenic region ; Bacillus subtilis 1099 rpmA 74% Q44312 ribosomal protein 127 ; Arthrobacter sp 1100 ykjB 41% AAD46619 nramp protein mnth2 ; Pseudomonas aeruginosa 1101 ykjC putative 1102 phoL 62% P46343 phoh-like protein ; Bacillus subtilis 1103 ykjE 40% P46351 hypothetical 45. 4 kd protein in thiaminase i 5'region ; Bacillus subtilis 1104 ykjF 61% 051806 diacyglycerol kinase ; Streptococcus mutans 1105 dgkA 68% Q05888 diacylglycerol kinase ; Streptococcus mutans 1106 ykjH 30% Q45226 signal peptidase sips ; Bradyrhizobium japonicum 1107 comFC 36% P39147 comf operon protein 3 ; Bacillus subtilis 1108 comFA 36% P39145 comf operon protein 1 ; Bacillus subtilis 1109 ykjI 46% P32437 hypothetical 24.8 kd protein in degs-tago intergenic region ; Bacillus subtilis 1110 ykjJ 41% CAB61225 vayz protein ; Bacillus circulans 1111 ykjK 39% 006378 hypothetical 39.3 kd protein ; Mycobacterium tuberculosis 1112 nucA 30% Q9X6T9 5'-nucleotidase nuca precursor ; Haemophilus influenzae 1113 glySa 71% P54380 glycyl-trna synthetase alpha chain ; Bacillus subtilis 1114 glySb 41% P54381 glycyl-trna synthetase beta chain ; Bacillus subtilis 1115 ylaC 32% 031818 ynzc protein ; Bacillus subtilis 1116 ylaD 30% Q9Z9W7 transposase protein ; Bacillus sp 1117 ylaE 45% P54455 hypothetical 22.2 kd protein in arod-comer intergenic region ; Bacillus subtilis 1118 ylaF 61% 032090 yuek protein ; Bacillus subtilis 1119 ylaG 30% P46854 hypothetical 18.8 kd protein in gntr-ggt intergenic region ; Escherichia coli 1120 nadE 65% P18843 nh-dependent nad synthetase ; Escherichia coli 1121 ylbA 53% 028456 abc transporter, atp-binding protein ; Archaeoglobus fulgidus 1122 ylbB 24% 028455 hypothetical 89.0 kd protein ; Archaeoglobus fulgidus 1123 cobQ 43% Q9ZGG8 cobyric acid synthase cobq ; Heliobacillus mobilis 1124 ylbD 33% Q9ZGG7 udp-n-acetylmuramyl tripeptide synthetase murc ; Heliobacillus mobilis 1125 aldC 35% P95676 alpha-acetolactate decarboxylase ; Lactococcus lactis 1126 lepA 74% P37949 gtp-binding protein lepa ; Bacillus subtilis 1127 ylbE 36% 007609 hypothetical 22.8 kd protein ; Bacillus subtilis 1128 ylcA 53% BAA35634 hypothetical 52.1 kd protein in ebgc-uxaa intergenic region ; ; Escherichia coli 1129 gyrA 71% CAA06715 dna gyrase subunit a ; Streptococcus pneumoniae 1130 apbE 30% Q9X1N9 conserved hypothetical protein ; Thermotoga maritima 1131 ylcC 40% P94587 mbl, flh [o, p], rapd, ywp [b, c, d, e, f, g, h, i, j] and ywqa genes ; Bacillus subtilis 1132 ylcD putative 1133 ylcE putative 1134 ylcF putative 1135 ylcG 28% P94974 hypothetical 128.2 kd protein ; Mycobacterium tuberculosis 1136 yldA putative 1137 yldB 30% 006251 hypothetical 26.8 kd protein ; Mycobacterium tuberculosis 1138 pcrA 53% P56255 atp-dependent helicase pcra ; Bacillus stearothermophilus 1139 mutX 32% P41354 mutator mutt protein ; Streptococcus pneumoniae 1140 tag 46% Q9X6Y6 putative dna-3-methyladenine glycosydase i ; Bifidobacterium longum 1141 yldC 66% 032784 hypothetical 16.9 kd protein ; Lactococcus lactis 1142 frdC 43% Q9X969 fumarate reductase flavocytochrome c3 ; Shewanella frigidimarina 1143 yldE putative 1144 truB 73% 032785 hypothetical 19.7 kd protein ; Lactococcus lactis 1145 ribC 48% 034127 macrolide-efflux protein ; Streptococcus agalactiae 1146 ldhX 35% P94885 1-lactate dehydrogenase ; Lactococcus lactis 1147 yleB 29% 050983 outer surface protein, putative ; Borrelia burgdorferi 1148 yleC 52% 031420 ybbi protein ; Bacillus subtilis 1149 yleD 42% Q45579 ybbf ; Bacillus subtilis 1150 yleE 52% P40739 pts system, beta-glucosides-specific iiabc component (ec. Bacillus subtilis 1151 yleF 31% Q45581 hypothetical 33.3 kd protein ; Bacillus subtilis 1152 tpiA 99% P50918 triosephosphate isomerase ; Lactococcus lactis 1153 yleG 29% P12256 penicillin acylase ; Bacillus sphaericus 1154 ylfA putative 1155 ylfB 28% BAA35232 orf-id : ol66#5 ; Escherichia coli 1156 ylfC 47% P77174 hypothetical 23.9 kd protein in csta-dsbg intergenic region ; Escherichia coli 1157 hemN 45% CAB61616 hemn protein ; Bacillus subtilis 1158 ylfD 25% P34020 autolytic lysozyme ; Clostridium acetobutylicum 1159 ylfE 50% CAB49495 dcmp deaminase, putative ; Pyrococcus abyssi 1160 ylfF 25% Q42714 oleoyl-acyl carrier protein thioesterase precursor (s-acyl fatty acid synthase thioeste.

Carthamus tinctorius 1161 ylfG 28% 004792 acyl-acp thioesterase ; Garcinia mangostana 1162 ylfH 45% 032125 yutf protein ; Bacillus subtilis 1163 ylfI putative 1164 guaC 74% 005269 hypothetical 35.8 kd protein ; Bacillus subtilis 1165 xpt 68% CAA13587 xanthine phosphoribosyltransferase ; Streptococcus pneumoniae 1166 pbuX 48% P42086 xanthine permease ; Bacillus subtilis 1167 ylgB putative 1168 ylgC 57% P32813 hypothetical 18.2 kd protein in glda 3'region ; Bacillus stearothermophilus 1169 dfrA 92% Q59487 dihydrofolate reductase ; Lactococcus lactis 1170 clpX 64% P50866 atp-dependent clp protease atp-binding subunit clpx ; Bacillus subtilis 1171 ysxL 66% P38424 hypothetical gtp-binding protein in lona-hema intergenic region ; Bacillus subtilis 1172 folB 32% AAF09757 dihydroneopterin aldolase ; Deinococcus radiodurans 1173 folE 48% AAF09628 gtp cyclohydrolase i ; Deinococcus radiodurans 1174 folP 36% 067448 dihydropteroate synthase ; Aquifex aeolicus 1175 ylgG putative 1176 folC 41% Q05865 folylpolyglutamate synthase ; Bacillus subtilis 1177 ylhA 76% Q9ZB43 hypothetical 24. 8 kd protein ; Streptococcus pyogenes 1178 hom 91% P52985 homoserine dehydrogenase ; Lactococcus lactis 1179 thrB 78% P52991 homoserine kinase ; Lactococcus lactis 1180 ylhB putative 1181 murB 39% AAD53934 udp-n-acetylenolpyruvoylglucosamine reductase ; Zymomonas mobilis 1182 potA 46% 051587 spermidine/putrescine abc transporter, atp- binding protein ; Borrelia burgdorferi 1183 potB 32% 085819 potb ; Actinobacillus actinomycetemcomitans 1184 potC 38% 051585 spermidine/putrescine abc transporter, permease protein ; Borrelia burgdorferi 1185 potD 43% P23861 spermidine/putrescine-binding periplasmic protein precursor ; Escherichia coli 1186 yliA 28% P49330 rgg protein ; Streptococcus gordonii challis 1187 yliB 24% 058549 459aa long hypothetical methyltransferase ; Pyrococcus horikoshii 1188 yliC 25% CAB49999 multidrug resistance protein ; Pyrococcus abyssi 1189 yliD 31% Q9WYH7 permease, putative ; Thermotoga maritima 1190 yliE putative 1191 yliF putative 1192 yliG putative 1193 clsB 41% P71040 hypothetical 55.8 kd protein in spoiiq-mta intergenic region ; Bacillus subtilis 1194 ylii 33% 008365 probable cation-transporting atpase e ; Mycobacterium tuberculosis 1195 yljA 33% Q9Z4W5 putative integral membrane atpase ; Streptomyces coelicolor 1196 yljB 47% 051589 conserved hypothetical protein ; Borrelia burgdorferi 1197 yljC 32% P26833 hypothetical 31.2 kd protein in nagh 5'region ; Clostridium perfringens 1198 yljD putative 1199 yljE 43% 031503 yefa protein ; Bacillus subtilis 1200 yljF 52% Q55555 orfl ; Synechocystis sp 1201 yljG 77% 032813 lactococcus lactis orfa and orfb genes, partial cds ; Lactococcus lactis 1202 yljH 60% 032814 lactococcus lactis orfa and orfb genes, partial cds ; Lactococcus lactis 1203 yljI 79% 032814 lactococcus lactis orfa and orfb genes, partial cds ; Lactococcus lactis 1204 yljJ 96% Q48633 alpha-acetolactate synthase ; Lactococcus lactis 1205 als 97% Q48634 alpha-acetolactate synthase ; Lactococcus lactis 1206 ymaB putative 1207 mae 62% CAB60039 putative malic enzyme ; Weissella paramesenteroides 1208 ymaE 35% Q48797 malate permease ; Oenococcus oeni 1209 ymaF 49% CAA57770 malate permease ; Oenococcus oeni 1210 ymaG putative 1211 cliR 41% 086289 regulatory protein ; Leuconostoc mesenteroides 1212 citC 48% CAB60040 putative citrate lyase ligase ; Weissella paramesenteroides 1213 citD 60% CAB60041 putative gamma subunit of citrate lyase ; Weissella paramesenteroides 1214 citE 67% 053078 citrate lyase beta chain ; Leuconostoc mesenteroides 1215 citF 80% CAB60043 putative alfa subunit of citrate lyase ; Weissella paramesenteroides 1216 citG 46% 053080 citg protein ; Leuconostoc mesenteroides 1217 ymbA 29% Q54877 integrase ; Streptococcus pneumoniae 1218 ymbC putative 1219 ymbD putative 1220 ymbE 26% 005949 dna polymerase i ; Rickettsia prowazekii 1221 ymbF putative 1222 ymbG putative 1223 ymbH 23% Q58437 hypothetical protein mjl031 ; Methanococcus jannaschii 1224 tra981E 91% Q48668 insertion sequence is981 ; Lactococcus lactis 1225 ymbI 98% Q48667 insertion sequence is981 ; Lactococcus lactis 1226 ymbJ 32% 032802 x42 ; Lactococcus lactis 1227 ymbK putative 1228 ymcA putative 1229 ymcB 21% Q9X336 pxol-66 ; Bacillus anthracis 1230 ymcC putative 1231 ymcD 98% Q48667 insertion sequence is981 ; Lactococcus lactis 1232 tra981F 91% Q48668 insertion sequence is981 ; Lactococcus lactis 1233 ymcE 44% 006027 epsr protein ; Lactococcus lactis 1234 ymcF 30% P32653 muramidase-released protein precursor ; Streptococcus suis 1235 ymcG 31% Q9XAS7 r5 protein precursor ; Streptococcus agalactiae 1236 tra905 96% P35881 transposase for insertion sequence element is905 ; Lactococcus lactis 1237 ymcH 93% Q02146 hypothetical protein in hisc 5'region ; Lactococcus lactis 1238 hisC 98% Q02135 histidinol-phosphate aminotransferase ; Lactococcus lactis 1239 hisX 91% Q02147 hypothetical 38.0 kd protein in hisc-hisg intergenic region ; Lactococcus lactis 1240 hisG 98% Q02129 atp phosphoribosyltransferase ; Lactococcus lactis 1241 hisD 93% Q02136 histidinol dehydrogenase ; Lactococcus lactis 1242 ymdA 87% Q02148 hypothetical 30.7 kd protein in hisd-hisb intergenic region ; Lactococcus lactis 1243 hisB 98% Q02134 imidazoleglycerol-phosphate dehydratase ; Lactococcus lactis 1244 ymdC 99% Q02149 probable aminoglycoside 3'-phosphotransferase ; Lactococcus lactis 1245 hisH 98% Q02132 amidotransferase hish ; Lactococcus lactis 1246 hisA 96% Q02131 phosphoribosylformimino-5-aminoimidazole carboxamide ribotide isomerase ; Lactococcus lactis 1247 hisF 89% Q02133 hisf protein ; Lactococcus lactis 1248 hisi 99% Q02130 histidine biosynthesis bifunctional protein hisie [includes : phosphoribosyl-amp cyclohydrolase ; phosphori. Lactococcus lactis 1249 hisK 95% Q02150 hypothetical 31.3 kd protein in hisie 3'region ; Lactococcus lactis 1250 ymdE 99% 034131 hypothetical 36.8 kd protein ; Lactococcus lactis 1251 leuA 93% Q02191 2-isopropylmalate synthase ; Lactococcus lactis 1252 leuB 99% Q02143 3-isopropylmalate dehydrogenase ; Lactococcus lactis 1253 ymeA putative 1254 leuC 93% Q02142 3-isopropylmalate dehydratase large subunit ; Lactococcus lactis 1255 leuD 100% Q02144 3-isopropylmalate dehydratase small subunit ; Lactococcus lactis 1256 ymeB 86% Q02151 hypothetical abc transporter atp-binding protein in leud 3'region ; Lactococcus lactis 1257 ilvD 95% Q02139 dihydroxy-acid dehydratase ; Lactococcus lactis 1258 ilvB 92% Q02137 acetolactate synthase large subunit ; Lactococcus lactis 1259 ilvN 98% Q02140 acetolactate synthase small subunit ; Lactococcus lactis 1260 ilvC 96% Q02138 ketol-acid reductoisomerase (alpha-keto-beta- hydroxylacil reductoiso. Lactococcus lactis 1261 ilvA 96% 034132 ilva ; Lactococcus lactis 1262 aldB 100% P95676 alpha-acetolactate decarboxylase ; Lactococcus lactis 1263 aldR 99% 034133 putative regulator aldr ; Lactococcus lactis 1264 ymfB putative 1265 dprA 43% P39813 smf protein ; Bacillus subtilis 1266 topA 62% P39814 dna topoisomerase i ; Bacillus subtilis 1267 gidC 65% P39815 gid protein ; Bacillus subtilis 1268 ymfD 70% 069155 hypothetical 41. 6 kd protein ; Streptococcus mutans 1269 ymfE putative 1270 ymgA 46% 069155 hypothetical 41. 6 kd protein ; Streptococcus mutans 1271 ymgB putative 1272 ymgD putative 1273 ymgC 30% 005316 hypothetical 62.6 kd protein ; Mycobacterium tuberculosis 1274 rlrA 30% 068014 adpl. lysr-type transcriptional activator ; Acinetobacter sp 1275 ceo 94% P15244 n5-ornithine synthase (n5--l-ornithine : nadp ; Lactococcus lactis 1276 ymgF 62% Q48607 putative 37-kda protein ; Lactococcus lactis 1277 ymgG 92% Q48606 putative 20-kda protein ; Lactococcus lactis 1278 ymgH 43% Q48605 putative 6-kda protein ; Lactococcus lactis 1279 ymgI putative 1280 ymgJ 49% P96594 ydas protein ; Bacillus subtilis 1281 ymgK 53% Q9XBS1 2,5-diketo-d-gluconate reductase ; Zymomonas mobilis 1282 glpF2 55% P52281 glycerol uptake facilitator protein ; Streptococcus pneumoniae 1283 glpD 53% 087017 alpha-glycerophosphate oxidase ; Streptococcus pneumoniae 1284 glpK 74% 034154 glycerol kinase ; Enterococcus faecalis 1285 ymhA putative 1286 tra981G 92% Q48668 insertion sequence is981 ; Lactococcus lactis 1287 ymhB 96% Q48667 insertion sequence is981 ; Lactococcus lactis 1288 ymhC putative 1289 amyL 47% 031193 alpha amylase ; Bacillus stearothermophilus 1290 lctO 45% Q44467 lactate oxidase ; Aerococcus viridans 1291 aroH 41% 054459 phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase, trp-sensitive (3-deoxy-d-arabino-he. Erwinia herbicola 1292 metF 37% 067422 5,10-methylenetetrahydrofolate reductase ; Aquifex aeolicus 1293 metE 45% Q42699 Catharanthus roseus 5- methyltetrahydropteroyltriglutamate-- homocysteine methyltransferase (...

1294 ymiA 44% 033330 transcriptional repressor ; Mycobacterium tuberculosis 1295 mgtA 49% P39168 mg transport atpase, p-type 1 ; Escherichia coli 1296 dltD 90% 032815 d-alanine carrier homolog dltd ; Lactococcus lactis 1297 dltC 41% AAF09203 dltc ; Lactobacillus rhamnosus 1298 dltB 48% CAB51920 integral membrane protein ; Listeria monocytogenes 1299 dltA 41% AAF09201 dlta ; Lactobacillus rhamnosus 1300 thiE 37% P39594 thiamine-phosphate pyrophosphorylase ; Bacillus subtilis 1301 thiDl 43% P44697 phosphomethylpyrimidine kinase ; Haemophilus influenzae 1302 thiM 34% Q57233 hydroxyethylthiazole kinase ; Haemophilus influenzae 1303 ymjE 25% Q54066 icaa ; Staphylococcus epidermidis 1304 epsK 50% P97003 udp-n-acetylglucosamine-2-epimerase ; Streptococcus pneumoniae 1305 ymhG putative 1306 ymhH putative 1307 rplL 50% P02394 50s ribosomal protein 17/112 ; Bacillus subtilis 1308 rplJ 61% P42923 50s ribosomal protein 110 ; Bacillus subtilis 1309 ynaA putative 1310 ynaB 34% P45902 hypothetical transcriptional regulator in spoiiic-cwla intergenic region ; Bacillus subtilis 1311 ynaC 36% 007549 hypothetical 76.3 kd protein ; Bacillus subtilis 1312 ynaD 40% P77265 multidrug resistance-like atp-binding protein mdla ; Escherichia coli 1313 ynaE 24% P50726 hypothetical 20.5 kd protein in sera-fer intergenic region ; Bacillus subtilis 1314 rsuB 55% P35159 ribosomal large subunit pseudouridine synthase b ; Bacillus subtilis 1315 ynaG 42% AAF11414 conserved hypothetical protein ; Deinococcus radiodurans 1316 ynaH 37% P35154 hypothetical 29.6 kd protein in ribt-dacb intergenic region ; Bacillus subtilis 1317 ynbA putative 1318 ynbB 28% 031698 ykul protein ; Bacillus subtilis 1319 ynbC 33% P94559 hypothetical 19.2 kd protein in rph-ilvb intergenic region ; Bacillus subtilis 1320 ynbD 50% P94558 hypothetical 21.9 kd protein ; Bacillus subtilis 1321 mûri 50% 031338 glutamate racemase ; Bacillus cereus 1322 ynbE 37% P45708 hypothetical 8.3 kd protein in ttk-ccda intergenic region ; Bacillus subtilis 1323 lysA 39% P31851 taba protein ; Pseudomonas syringae 1324 gltD 47% Q51584 small subunit of nadh-dependent glutamate synthase ; Plectonema boryanum 1325 gltB 48% P39812 glutamate synthase [nadph] large chain ; Bacillus subtilis 1326 yncA 44% P40892 putative acetyltransferase in hxtll-hxt8 intergenic region ; Saccharomyces cerevisiae 1327 bcaT 69% P54689 branched-chain amino acid aminotransferase ; Haemophilus influenzae 1328 yncB 94% 030419 hypothetical protein in gadb 3'region ; Lactococcus lactis 1329 gadB 97% 030418 glutamate decarboxylase ; Lactococcus lactis 1330 gadC 90% 030417 amino acid antiporter gadc ; Lactococcus lactis 1331 gadR 94% 030416 positive regulator gadr ; Lactococcus lactis 1332 rnhB 88% 030415 ribonuclease hii ; Lactococcus lactis 1333 ylqL 46% 031743 ylqf protein ; Bacillus subtilis 1334 yndA putative 1335 yndB 28% AAF10898 carboxymethylenebutenolidase-related protein ; Deinococcus radiodurans 1336 rdrB 41% P94591 similar to phosphotransferase system regulator ; Bacillus subtilis 1337 yndC putative 1338 yndD putative 1339 yndE putative 1340 yndF 34% P25146 internalin a precursor ; Listeria monocytogenes 1341 yndG 57% 005703 adca protein ; Streptococcus pneumoniae 1342 tra983D 50% 087534 putative transposase ; Streptococcus pyogenes 1343 ipd 42% P71323 indolepyruvate decarboxylase ; Erwinia herbicola 1344 rmaF 32% P31078 petp protein ; Rhodobacter capsulatus 1345 rlrC 27% P73862 rubisco operon transcriptional regulator ; Synechocystis sp 1346 yneB 34% AAF10396 lipase, putative ; Deinococcus radiodurans 1347 yneC putative 1348 yneD 38% Q9ZKW1 putative ; Helicobacter pylori j99 1349 yneE 38% Q06861 possible virulence-regulating 38 kd protein ; Mycobacterium tuberculosis 1350 yneF putative 1351 yneG 36% AAD51848 as4. arsd ; Sinorhizobium sp 1352 yneH 29% 031602 yjbd protein ; Bacillus subtilis 1353 pabB 38% Q9ZV26 similar to streptomyces papa ; Arabidopsis thaliana 1354 pabA 50% P06193 para-aminobenzoate synthase glutamine amidotransferase component ii ; Salmonella typhimurium 1355 mtsA 74% Q53891 scba ; Streptococcus cristatus 1356 mtsC 59% P42361 29 kd membrane protein in psaa 5'region ; Streptococcus gordonii challis 1357 mtsB 61% 068832 putative atp-binding protein ; Streptococcus pneumoniae 1358 ynfC 29% 086747 hypothetical 14. 8 kd protein ; Streptomyces coelicolor 1359 ynfD 38% 050571 hypothetical 10.1 kda protein ; Bacillus firmus 1360 sbcC 22% 067124 hypothetical 115.9 kd protein ; Aquifex aeolicus 1361 sbcD 34% 083634 exonuclease, putative ; Treponema pallidum 1362 panE 31% CAB49673 probable 2-dehydropantoate 2-reductase ; Pyrococcus abyssi 1363 ynfG 44% 031602 yjbd protein ; Bacillus subtilis 1364 ynfH 28% Q9X6M3 proline/threonine-rich protein ; Salmonella typhi 1365 yngA putative 1366 yngB 59% P95752 fibronectin-binding protein-like protein a ; Streptococcus gordonii 1367 yngC 46% P36999 rrna-methyltransferase ; Escherichia coli 1368 yngD 27% P36999 rrna-methyltransferase ; Escherichia coli 1369 yngE 62% 005253 hypothetical 56.3 kd protein ; Bacillus subtilis 1370 yngF 34% 005254 hypothetical 36.8 kd protein ; Bacillus subtilis 1371 yngG 47% 005255 hypothetical 33.7 kd protein ; Bacillus subtilis 1372 ldh 96% P94885 1-lactate dehydrogenase ; Lactococcus lactis 1373 pyk 98% Q07637 pyruvate kinase ; Lactococcus lactis 1374 pfk 90% Q07636 6-phosphofructokinase ; Lactococcus lactis 1375 ynhA putative 1376 nagA 36% P96166 n-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase ; Vibrio furnissii 1377 ynhC 54% P37535 hypothetical 43.8 kd protein in xpac-abrb intergenic region ; Bacillus subtilis 1378 ynhD 18% P37467 xpac protein ; Bacillus subtilis 1379 gpdA 51% P46919 glycerol-3-phosphate dehydrogenase [nad+] (nad ; Bacillus subtilis 1380 hasC 73% 086882 utp-glucose-1-phosphate uridylyltransferase ; Streptococcus pneumoniae 1381 ynhH 77% Q08009 export element bll ; Lactococcus lactis 1382 ynhI 76% 032817 gerca ; Lactococcus lactis 1383 ispB 96% 032818 gercc ; Lactococcus lactis 1384 gidB 55% P25813 glucose inhibited division protein b ; Bacillus subtilis 1385 yniC putative 1386 pyrF 97% P50924 orotidine 5'-phosphate decarboxylase ; Lactococcus lactis 1387 pyrDb 88% P54322 dihydroorotate dehydrogenase b ; Lactococcus lactis 1388 pyrZ 41% P46536 hypothetical 27.6 kd protein in pyrab-pyrd intergenic region ; Bacillus caldolyticus 1389 yniG 31% CAB61253 orfb, orfc and hspl8 gene ; Oenococcus oeni 1390 yniH 68% CAA76860 hypothetical 44.9 kd protein ; Enterococcus faecalis 1391 yniI 51% 086211 hypothetical 43.3 kd protein ; Enterococcus faecalis 1392 yniJ 33% 086210 hypothetical 29.4 kd protein ; Enterococcus faecalis 1393 ynjA 58% BAA35957 hypothetical protein hi0694 ; Escherichia coli 1394 ynjB putative 1395 ynjC 23% Q9X336 pxol-66 ; Bacillus anthracis 1396 ynjD 22% 017893 f55bll. 3 protein ; Caenorhabditis elegans 1397 ynjE putative 1398 ynjF putative 1399 ynjG 22% Q22579 similar to a. faecalis poly depolymerase ; Caenorhabditis elegans 1400 tra983E 50% 087534 putative transposase ; Streptococcus pyogenes 1401 ynjH putative 1402 ynjI putative 1403 ynjJ 20% 094317 serine-rich protein ; Schizosaccharomyces pombe 1404 carB 93% 032771 carbamoylphosphate synthetase ; Lactococcus lactis 1405 gpo 93% 032770 glutathione peroxidase ; Lactococcus lactis 1406 acmC 48% 032083 yube protein ; Bacillus subtilis 1407 yoaB 41% 034431 ylob protein ; Bacillus subtilis 1408 yoaD 39% Q9ZCA9 hypothetical 24. 9 kd protein ; Rickettsia prowazekii 1409 yoaF 30% 006531 hypothetical 21.2 kd protein ; Lactobacillus fermentum 1410 yoaG putative 1411 yoaH 33% 027534 hypothetical 21.2 kd protein ; Methanobacterium thermoautotrophicum 1412 yoaI 27% P17419 possible fimbrial assembly protein fimc ; Bacteroides nodosus 1413 yobA 34% Q57951 hypothetical protein mj0531 ; Methanococcus jannaschii 1414 arsC 58% P45947 putative arsenate reductase ; Bacillus subtilis 1415 yobC putative 1416 pi301 41% Q38326 orf258 ; Lactococcus lactis phage bk5-t 1417 pi302 putative 1418 pi303 putative 1419 pi304 putative 1420 pi305 97% Q38323 orf259 ; Lactococcus lactis phage bk5-t 1421 pi306 65% Q38322 orf95 ; Lactococcus lactis phage bk5-t 1422 pi307 83% Q38133 orf47 ; Bacteriophage rlt 1423 pi308 97% Q38321 orf75 ; Lactococcus lactis phage bk5-t 1424 pi309 78% Q38319 orfl904 ; Lactococcus lactis phage bk5-t 1425 pi310 78% 080183 gp57 ; Streptococcus thermophilus bacteriophage sfill 1426 pi311 78% 080182 gp373 ; Streptococcus thermophilus bacteriophage sfill 1427 pi312 52% Q38319 orfl904 ; Lactococcus lactis phage bk5-t 1428 pi313 38% Q38318 orf'410 ; Lactococcus lactis phage bk5-t 1429 pi314 34% 003937 minor capsid protein ; Bacteriophage phigle 1430 pi315 putative 1431 pi316 putative 1432 pi317 48% 064291 hypothetical 21.8 kd protein ; Streptococcus thermophilus bacteriophage sfil9 1433 pi318 36% Q38220 orfi ; Bacteriophage 110 1434 pi319 36% Q38219 orfa ; Bacteriophage 110 1435 pi320 29% Q9XJA3 putative head-tail joining protein ; Streptococcus thermophilus bacteriophage dtl 1436 pi321 32% 064276 hypothetical 11.8 kd protein ; Streptococcus thermophilus bacteriophage sfi21 1437 pi322 60% Q9XJV7 orf397 gp ; Streptococcus thermophilus bacteriophage sfil9 1438 pi323 49% Q9XJA0 putative scaffolding protein ; Streptococcus thermophilus bacteriophage dtl 1439 pi324 52% Q9XJ81 orf384 gp ; Streptococcus thermophilus bacteriophage sfi21 1440 pi325 46% Q9XJ98 putative head-tail joining protein ; Streptococcus thermophilus bacteriophage dtl 1441 pi326 62% Q9XJW0 orf623 gp ; Streptococcus thermophilus bacteriophage sfil9 1442 pi327 44% Q9XJ95 hypothetical 17. 4 kd protein ; Streptococcus thermophilus bacteriophage dtl 1443 pi328 42% CAB52516 hypothetical 20.6 kd protein ; Lactobacillus bacteriophage phi adh 1444 pi329 putative 1445 pi330 69% 053060 hypothetical 16.9 kd protein ; Lactococcus lactis 1446 pi331 putative 1447 pi332 putative 1448 pi333 86% 021897 hypothetical 12.7 kd protein ; Bacteriophage skl 1449 pi334 46% Q38107 orf21 ; Bacteriophage rlt 1450 pi335 97% Q38106 dutpase ; Bacteriophage rlt 1451 pi336 putative 1452 pi337 37% Q38105 orfl9 ; Bacteriophage rlt 1453 pi338 46% Q38444 orf2 ; Bacteriophage t5 1454 pi339 25% Q90767 atrial-specific myosin heavy-chain ; Gallus gallus 1455 pi340 80% Q9XJF1 hypothetical 22.4 kd protein ; Bacteriophage tuc2009 1456 pi341 93% Q38103 orfl7 ; Bacteriophage rit, and bacteriophage tuc2009 1457 pi342 putative 1458 pi343 88% Q38102 orfl6 ; Bacteriophage rit 1459 pi344 70% Q38101 orfl5 ; Bacteriophage rit 1460 pi345 putative 1461 pi346 37% 003914 zinc finger protein ; Bacteriophage phigle 1462 pi347 35% Q9XJE6 putative replisome organiser protein ; Bacteriophage tuc2009 1463 pi348 66% Q9XJE5 putative single stranded binding protein ; Bacteriophage tuc2009 1464 pi349 31% AAF10011 hypothetical 23.0 kd protein ; Deinococcus radiodurans 1465 pi350 78% 048508 hypothetical 14.7 kd protein ; Bacteriophage tp901-1 1466 pi351 100% Q38272 orf71 ; Lactococcus bacteriophage 1467 pi352 98% Q9XJE0 hypothetical 9.9 kd protein ; Bacteriophage tuc2009 1468 pi353 95% Q38333 orfll3 ; Lactococcus lactis phage bk5-t 1469 pi354 putative 1470 pi355 95% 048505 hypothetical 28.3 kd protein ; Bacteriophage tp901-1 1471 pi356 59% 064369 hypothetical 9.2 kd protein ; Lactobacillus casei bacteriophage a2 1472 pi357 56% 064370 repressor ; Lactobacillus casei bacteriophage a2 1473 pi358 37% AAF12709 hypothetical 21.8 kd protein ; Bacteriophage tpw22 1474 pi359 33% 021991 orf203 protein ; Streptococcus thermophilus bacteriophage sfi21 1475 pi360 54% Q38159 integrase ; Bacteriophage t2 1476 yofM 71% P96468 ylxm ; Streptococcus mutans 1477 lrrB 37% Q9ZI97 putative response regulator ; Lactobacillus sake 1478 kinB 87% 007383 histidine kinase ; Lactococcus lactis 1479 yogA putative 1480 rgrB 34% 034817 yvoa ; Bacillus subtilis 1481 bmpA 48% 005252 hypothetical lipoprotein yufn precursor ; Bacillus subtilis 1482 cdd 55% CAB51906 cytidine deaminase ; Bacillus psychrophilus 1483 deoC 61% P39121 deoxyribose-phosphate aldolase ; Bacillus subtilis 1484 yogE putative 1485 pdp 55% P77836 pyrimidine-nucleoside phosphorylase ; Bacillus stearothermophilus 1486 yogG 44% Q53753 hypothetical 22.7 kd protein ; Staphylococcus aureus 1487 coaA 43% P44793 pantothenate kinase ; Haemophilus influenzae 1488 yogi putative 1489 yogJ 30% 085699 hypothetical 35.5 kd protein ; Streptomyces lividans 1490 yogL 51% 006027 epsr protein ; Lactococcus lactis 1491 yogM 48% P77174 hypothetical 23.9 kd protein in csta-dsbg intergenic region ; Escherichia coli 1492 yohA 27% BAA35232 orf id : ol66#5 ; Escherichia coli 1493 yohB 30% BAA35232 orf-id : ol66#5 ; Escherichia coli 1494 yohC 24% 067157 transcriptional regulator ; Aquifex aeolicus 1495 yohD putative 1496 busAB 90% AAF04259 glycine-betaine binding permease protein ; Lactococcus lactis 1497 busAA 96% AAF04258 busaa ; Lactococcus lactis 1498 busR 36% P13669 fatty acyl responsive regulator ; Escherichia coli 1499 yohH 27% Q56916 trsd ; Yersinia enterocolitica 1500 yohJ 28% Q9WZ90 lipopolysaccharide biosynthesis protein, putative ; Thermotoga maritima 1501 yoiA 20% 096133 hypothetical 237.7 kd protein ; Plasmodium falciparum 1502 yoiB 40% Q9X4V4 cps2j ; Streptococcus suis 1503 yoiC 27% Q02290 xylanase b ; Neocallimastix patriciarum 1504 bglH 64% 086291 beta-glucosidase ; Lactobacillus plantarum 1505 ptbA 49% Q46129 pts-dependent enzyme ii ; Clostridium longisporum 1506 bglR 98% Q48639 bglr ; Lactococcus lactis 1507 trpA 94% Q01997 tryptophan synthase alpha chain ; Lactococcus lactis 1508 trpB 100% Q01998 tryptophan synthase beta chain ; Lactococcus lactis 1509 yojB 39% AAF10375 acetyltransferase, putative ; Deinococcus radiodurans 1510 yojC putative 1511 trpF 100% Q02002 n-anthranilate isomerase ; Lactococcus lactis 1512 trpC 100% Q01999 indole-3-glycerol phosphate synthase ; Lactococcus lactis 1513 trpD 100% Q02000 anthranilate phosphoribosyltransferase ; Lactococcus lactis 1514 trpG 99% Q02003 anthranilate synthase component ii ; Lactococcus lactis 1515 trpE 95% Q02001 anthranilate synthase component i ; Lactococcus lactis 1516 ypaA 70% Q02009 hypothetical 13.3 kd protein in trpe 5'region ; Lactococcus lactis 1517 rmaC 53% P96707 putative nadh nitroreductase ydgi ; Bacillus subtilis 1518 ypaC 29% 087832 methyltransferase ; Streptomyces antibioticus 1519 ypaD 31% AAF13747 hypothetical 24.5 kd protein ; Zymomonas mobilis 1520 ypaE 31% AAF13747 hypothetical 24.5 kd protein ; Zymomonas mobilis 1521 fur 35% AAF00079 ferric uptake regulator homolog ; Staphylococcus aureus 1522 ypaG 37% P54940 hypothetical 13.0 kd protein in idh-deor intergenic region precursor ; Bacillus subtilis 1523 ypaH 32% P96661 hypothetical 35.3 kd protein in cspc-nap intergenic region ; Bacillus subtilis 1524 rmeB 36% P44558 hypothetical transcriptional regulator hi0186 ; Haemophilus influenzae 1525 ypaI 35% 054197 clavulanate-9-aldehyde reducatase ; Streptomyces clavuligerus 1526 dxs 35% P26242 probable l-deoxyxylulose-5-phosphate synthase ; Rhodobacter capsulatus 1527 rmaE 30% 085850 marr family regulator ; Sphingomonas aromaticivorans 1528 ypbB 26% AAF12002 transport protein, putative ; Deinococcus radiodurans 1529 ypbC 23% CAB50319 dinf related ; Pyrococcus abyssi 1530 ypbD 23% P70939 orf protein ; Bacteroides ovatus 1531 guaA 94% Q9Z6H4 gmp synthase ; Lactococcus lactis 1532 scrK 61% CAB09691 fructokinase ; Lactococcus lactis 1533 ypbG 29% 051771 xylose operon regulatory protein ; Borrelia burgdorferi 1534 ypcA 50% 005508 c. thermocellum beta-glucosidase ; Bacillus subtilis 1535 ypcB putative 1536 ypcC 32% Q9XBW4 immunoreactive 92 kda antigen pg2l ; Porphyromonas gingivalis 1537 ypcD 38% Q9ZB22 endo-beta-n-acetylglucosaminidase ; Arthrobacter protophormiae 1538 dexB 55% 084995 alpha, 1-6-glucosidase ; Streptococcus pneumoniae 1539 lnbA 28% Q9Z4I7 lacto-n-biosidase precursor ; Streptomyces sp 1540 ypcG 27% Q9WYP9 sugar abc transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative ; Thermotoga maritima 1541 ypcH 41% Q44421 sugar-binding transport protein ; Anaerocellum thermophilum 1542 ypdA 44% Q44420 sugar-binding transport protein ; Anaerocellum thermophilum 1543 ypdB 26% BAA35398 hypothetical protein in hrsa 3'region ; ; Escherichia coli 1544 ypdC 42% CAB52976 hypothetical 47.8 kd protein ; Streptomyces coelicolor 1545 rliB 31% Q45831 transcription regulatory protein rega ; Clostridium acetobutylicum 1546 ypdD 33% AAD51075 immunoreactive 89kd antigen pg87 ; Porphyromonas gingivalis 1547 ypdE 41% P74690 hypothetical 92.4 kd protein ; Synechocystis sp 1548 xylT 60% 052733 d-xylose-proton symporter ; Lactobacillus brevis 1549 xyaX 26% P77862 galactoside o-acetyltransferase ; Escherichia coli 1550 xynB 51% 052575 xylosidase/arabinosidase ; Selenomonas ruminantium 1551 xynT 97% AAD20246 xyloside transporter ; Lactococcus lactis 1552 xylM 99% Q9X417 mutarotase ; Lactococcus lactis 1553 xylB 95% Q9X419 xylulokinase ; Lactococcus lactis 1554 xylA 93% Q9X416 xylose isomerase ; Lactococcus lactis 1555 xylR 94% AAD20248 xylose regulatory protein ; Lactococcus lactis 1556 purK 100% Q9ZF42 purk protein ; Lactococcus lactis 1557 purE 91% Q9ZF43 pure protein ; Lactococcus lactis 1558 purD 99% Q9ZF44 purd protein ; Lactococcus lactis 1559 ypfD 90% Q9ZF45 hypothetical 14.0 kd protein ; Lactococcus lactis 1560 tra983F 50% 087534 putative transposase ; Streptococcus pyogenes 1561 ypfE 26% 035018 lmrb ; Bacillus subtilis 1562 ypfF 32% 006480 yfnb ; Bacillus subtilis 1563 purH 56% P12048 B bifunctional purine biosynthesis protein purh [includes : phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase ; imp cyclohydrolase (ec 3...

1564 hprT 59% P94303 hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase ; Bacillus firmus 1565 ypgB 29% Q19391 similar to dihydroflavonol-4-reductase ; Caenorhabditis elegans 1566 ypgC putative 1567 ypgD 28% Q48569 abc transporter ; Lactobacillus helveticus 1568 purN 47% AAF08602 phosphoribosylglycinamide formyltransferase homolog ; Streptococcus pyogenes 1569 purM 90% 068186 phosphoribosylformylglycinamide cyclo-ligase ; Lactococcus lactis 1570 clpB 94% 068185 clpb chaperone homolog Lactococcus lactis 1571 ypgH putative 1572 yphA putative 1573 purF 94% Q9ZB05 phosphoribosylpyrophosphate amidotransferase ; Lactococcus lactis 1574 yphC 41% CAB53269 putative oxidoreductase ; Streptomyces coelicolor 1575 purL 94% Q9ZB06 phosphoribosylformylglycinamidine synthetase ii ; Lactococcus lactis 1576 purQ 95% Q9ZB07 phosphoribosylformylglycinamidine synthetase i ; Lactococcus lactis 1577 yphF 71% Q9ZB08 hypothetical 9.9 kd protein ; Lactococcus lactis 1578 purC 92% AAD12623 phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthetase ; Lactococcus lactis 1579 yphH 41% Q9XOA3 hypothetical 15.1 kd protein ; Thermotoga maritima 1580 yphI putative 1581 yphJ 37% Q9XD79 2065.4-carboxymuconolactone decarboxylase/3- oxoadipate enol-lactone hydrolase ; Streptomyces sp 1582 yphK putative 1583 ypiA 73% P25145 hypothetical oxidoreductase in inla 5'region ; Listeria monocytogenes 1584 ypiB 31% CAB61253 orfb, orfc and hspl8 gene ; Oenococcus oeni 1585 ypiC 35% P97247 hypothetical 17.1 kd protein ; Bacillus subtilis 1586 thyA 96% P19368 thymidylate synthase ; Lactococcus lactis 1587 ypiE putative 1588 ypiF putative 1589 ypiG putative 1590 ypiH putative 1591 tra981H 92% Q48668 insertion sequence is981 ; Lactococcus lactis 1592 ypiI 100% Q48667 insertion sequence is981 ; Lactococcus lactis 1593 ypiJ putative 1594 ypiK putative 1595 ypiL 18% 039307 positional counterpart of hsv-1 gene us5 ; Equine herpesvirus 4 1596 ypjA 40% 034179 dehydrogenase ; Halobacterium volcanii 1597 ypjB putative 1598 ypjC putative 1599 pyrDa 92% P54321 dihydroorotate dehydrogenase ai Lactococcus lactis 1600 ypjE 54% P54154 putative peptide methionine sulfoxide reductase (peptide met ; Bacillus subtilis 1601 ypjF 28% CAB61731 putative oxidoreductase ; ; Streptomyces coelicolor 1602 ypjG 41% 006476 yfmr ; Bacillus subtilis 1603 rlrE 51% CAB36982 cpsy protein ; Streptococcus agalactiae 1604 ypjH 32% BAA35229 hypothetical protein in csta 3'region ; ; Escherichia coli 1605 ypjI 80% Q48644 cremoris partial putative open reading frame ; Lactococcus lactis 1606 pepDB 53% Q48558 dipeptidase ; Lactobacillus helveticus 1607 papL 39% P42977 poly polymerase ; Bacillus subtilis 1608 yqaB 29% AAF10345 hypothetical 18.1 kd protein ; Deinococcus radiodurans 1609 dapB 50% P42976 dihydrodipicolinate reductase ; Bacillus subtilis 1610 yqaC 33% P32436 degv protein ; Bacillus subtilis 1611 yqaD putative 1612 trmD 57% 031741 trna-methyltransferase ; Bacillus subtilis 1613 rimM 46% 031740 probable 16s rrna processing protein rimm ; Bacillus subtilis 1614 yqaG 30% 028521 lysophospholipase ; Archaeoglobus fulgidus 1615 hemH 37% P43413 ferrochelatase ; Yersinia enterocolitica 1616 yqbA putative 1617 rpsP 65% P21474 30s ribosomal protein s16 ; Bacillus subtilis 1618 mvaA 38% 028538 3-hydroxy-3-methylglularyl-coenzyme a reauctase ; Archaeoglobus fulgidus 1619 yqbC 47% AAF11511 acetyl-coa acetyltransferase ; Deinococcus radiodurans 1620 yqbD 55% Q9ZB67 similar to condensing-enzymes ; Staphylococcus carnosus 1621 nagB 49% 031458 hypothetical 27.3 kd protein in gltp-cwlj intergenic region ; Bacillus subtilis 1622 yqbF 26% P54567 hypothetical 34. 6 kd protein in glnq-ansr intergenic region ; Bacillus subtilis 1623 queA 63% 032054 s-adenosylmethionine : trna ribosyltransferase- isomerase ; Bacillus subtilis 1624 yqbH 55% 006027 epsr protein ; Lactococcus lactis 1625 yqbI putative 1626 yqbJ 29% Q9X336 pxol-66 ; Bacillus anthracis 1627 yqbK 21% 076602 h02f09. 3 protein ; Caenorhabditis elegans 1628 yqcA 36% Q54942 orf iota ; Streptococcus pyogenes 1629 yqcB putative 1630 yqcC putative 1631 yqcD putative 1632 yqcE putative 1633 yqcF putative 1634 yqcG putative 1635 obgL 59% P20964 spoOb-associated gtp-binding protein ; Bacillus subtilis 1636 ftsQ 30% P16655 division initiation protein ; Bacillus subtilis 1637 murG 50% 007109 undecaprenyl-pp-n-acetylmuramic acid- pentapeptide n-acetylglucosamine transferase ; Enterococcus faecalis 1638 murD 58% Q9ZHBO d-glutamic acid adding enzyme murd ; Streptococcus pneumoniae 1639 glnB 57% 030794 nitrogen regulatory protein p-ii ; Nostoc punctiforme 1640 amtB 38% 026759 putative ammonium transporter mth663 ; Methanobacterium thermoautotrophicum 1641 kinA 87% 007382 histidine kinase llkina ; Lactococcus lactis 1642 lrrA 61% 087527 csrr ; Streptococcus pyogenes 1643 yqdA 28% 034445 ylbn protein ; Bacillus subtilis 1644 rpmE 67% Q9ZH28 ribosomal protein 131 ; Listeria monocytogenes 1645 yqeA putative 1646 yqeB putative 1647 yqeC 68% Q38326 orf258 ; Lactococcus lactis phage bk5-t 1648 yqeD 36% 034870 ykue protein ; Bacillus subtilis 1649 pyrAA 66% P77885 L glutaminase of carbamoyl-phosphate synthase (carbamoyl-phosphate synthase (carbamoyl- phosphate synthetase (gluta...

1650 pyrB 55% P77883 aspartate carbamoyltransferase ; Lactobacillus plantarum 1651 pyrP 51% 052708 putative uracil permease ; Enterococcus faecalis 1652 pyrR 60% 052707 attenuation regulatory protein ; Enterococcus faecalis 1653 yqeH putative 1654 rarA 26% Q55940 transcriptional repressor smtb homolog ; Synechocystis sp 1655 yqeI 29% 007084 cation transport protein yrdo ; Bacillus subtilis 1656 proA 66% P96489 gamma-glutamyl phosphate reductase ; Streptococcus thermophilus 1657 proB 54% P96488 glutamate 5-kinase ; Streptococcus thermophilus 1658 yqfA 32% CAB49904 hypothetical 52.3 kd protein ; Pyrococcus abyssi 1659 yqfB putative 1660 yqfC putative 1661 yqfD 25% 025889 hypothetical protein hpl331 ; Helicobacter pylori 1662 yqfE 34% CAB61933 putative reductase ; Streptomyces coelicolor 1663 yqfF 48% P37354 spermidine nl-acetyltransferase ; Escherichia coli 1664 ffh 65% Q54431 signal recognition particle protein ; Streptococcus mutans 1665 yqfG 29% 068831 surface antigen bspa ; Bacteroides forsythus 1666 yqgA 37% Q45493 hypothetical 61.5 kd protein in adec-pdha intergenic region ; Bacillus subtilis 1667 yqgG 53% P26606 hypothetical 23.2 kd protein in slp-hdeb intergenic region ; Escherichia coli 1668 dapA 47% Q04796 dihydrodipicolinate synthase ; Bacillus subtilis 1669 yqgC 34% AAF10361 mutt/nudix family protein ; Deinococcus radiodurans 1670 asd 69% P10539 aspartate-semialdehyde dehydrogenase ; Streptococcus mutans 1671 yqgE 49% P22094 hypothetical 30.9 kd protein in pepx 5'region.

Lactococcus lactis, and lactococcus lactis 1672 yqgF putative 1673 tkt 55% P45694 transketolase ; Bacillus subtilis 1674 kdgA 42% Q9WXS1 2-dehydro-3-deoxyphosphogluconate aldolase/4- hydroxy-2-oxoglutarate aldolase ; Thermotoga maritima 1675 kdgK 45% P50845 2-dehydro-3-deoxygluconokinase ; Bacillus subtilis 1676 uxaC 47% P42607 uronate isomerase ; Escherichia coli 1677 yqhA 40% P73504 hypothetical 33.0 kd protein ; Synechocystis sp 1678 uxuT 22% AAD20246 xyloside transporter ; Lactococcus lactis 1679 uxuA 57% Q9WXS4 d-mannonate hydrolase ; Thermotoga maritima 1680 uxuB 49% Q9WXS3 d-mannonate oxidoreductase, putative ; Thermotoga maritima 1681 kdgR 36% Q9ZFL9 regulatory protein ; Bacillus stearothermophilus 1682 yqiA 22% Q54806 integral membrane protein ; Streptomyces pristinaespiralis 1683 rbsB 44% P36949 d-ribose-binding protein precursor ; Bacillus subtilis 1684 rbsC 53% P96731 membrane transport protein ; Bacillus subtilis 1685 rbsA 59% P96732 atp-binding transport protein ; Bacillus subtilis 1686 rbsD 56% P36946 high affinity ribose transport protein rbsd ; Bacillus subtilis 1687 rbsK 46% P36945 ribokinase ; Bacillus subtilis 1688 rbsR 41% P36944 ribose operon repressor ; Bacillus subtilis 1689 purB 74% P12047 adenylosuccinate lyase ; Bacillus subtilis 1690 aroD 36% P35146 3-dehydroquinate dehydratase ; Bacillus subtilis 1691 yqjA putative 1692 trxA 59% CAB40815 thioredoxin ; Listeria monocytogenes 1693 mutS 41% P94545 muts2 protein ; Bacillus subtilis 1694 yqjB 30% P94543 hypothetical 19.5 kd protein ; Bacillus subtilis 1695 trxB2 39% 005268 thioredoxine reductase ; Bacillus subtilis 1696 ccpA 98% Q9ZFC9 catabolite control protein ; Lactococcus lactis 1697 pepQ 53% 030666 pepq ; Streptococcus mutans 1698 yqjD 25% Q23915 protein kinase ; Dictyostelium discoideum 1699 yqjE 48% P50840 hypothetical 43.5 kd protein in cotd-kdud intergenic region precursor ; Bacillus subtilis 1700 yraA putative 1701 yraB 32% P50839 hypothetical 11.6 kd protein in cotd-kdud intergenic region ; Bacillus subtilis 1702 yraC 36% 054085 hypothetical 39.7 kd protein ; Streptococcus agalactiae 1703 yraD putative 1704 ftsK 44% P21458 stage iii sporulation protein e ; Bacillus subtilis 1705 yraE 30% Q45494 hypothetical 28.9 kd protein ; Bacillus subtilis 1706 yraF putative 1707 pta 62% P39646 probable phosphate acetyltransferase ; Bacillus subtilis 1708 udk 57% 032033 uridine kinase ; Bacillus subtilis 1709 yrbA 34% P42599 hypothetical 36.2 kd protein in ebgc-uxaa intergenic region ; Escherichia coli 1710 yrbB 46% P19385 lysozyme ; Bacteriophage cp-7 1711 yrbC 20% P39582 probable 1, 4-dihydroxy-2-naphthoate octaprenyltransferase ; Bacillus subtilis 1712 yrbD 28% P73745 hypothetical 48. 4 kd protein ; Synechocystis sp 1713 yrbE putative 1714 yrbF putative 1715 yrbG putative 1716 yrbH putative 1717 yrbI 37% 030416 positive regulator gadr ; Lactococcus lactis 1718 yrbJ 97% P49016 probable menaquinone biosynthesis methyltransferase ; Lactococcus lactis 1719 yrbK 84% P49016 probable menaquinone biosynthesis methyltransferase ; Lactococcus lactis 1720 pip 92% P49022 phage infection protein ; Lactococcus lactis 1721 yrcA 58% P24240 6-phospho-beta-glucosidase ascb ; Escherichia coli 1722 yrcB 55% Q9X1H3 conserved hypothetical protein ; Thermotoga maritima 1723 tktB 34% 067036 hypothetical 69.9 kd protein ; Aquifex aeolicus 1724 kinF 42% CAB54565 histidine kinase ; Streptococcus pneumoniae 1725 lrrF 99% Q9ZI77 putative response regulator ; Lactococcus lactis 1726 rliA 95% Q9ZI78 hypothetical 36.2 kd protein ; Lactococcus lactis 1727 mapA 91% Q9ZI79 hypothetical 68.4 kd protein ; Lactococcus lactis 1728 agl 42% P94451 exo-alpha-1,4-glucosidase ; Bacillus stearothermophilus 1729 amyY 38% P20845 alpha-amylase precursor ; Bacillus megaterium 1730 maa 40% P77862 galactoside o-acetyltransferase ; Escherichia coli 1731 malA 64% 084995 alpha, 1-6-glucosidase ; Streptococcus pneumoniae 1732 dexC 49% P38940 neopullulanase ; Bacillus stearothermophilus 1733 malE 27% 007009 hypothetical 45.5 kd protein ; Bacillus subtilis 1734 malF 34% Q48396 cym a, b, c, d, e, f, g, h, i, j genes ; Klebsiella oxytoca 1735 malG 38% Q48397 cym a, b, c, d, e, f, g, h, i, j genes ; Klebsiella oxytoca 1736 yreA putative 1737 yreB putative 1738 yreC putative 1739 yreD 26% P77262 hypothetical 23.0 kd protein in intf-eaeh intergenic region ; Escherichia coli 1740 yreE putative 1741 tra981I 92% Q48668 insertion sequence is981 ; Lactococcus lactis 1742 yrdA 100% Q48667 insertion sequence is981 ; Lactococcus lactis 1743 yrdB putative 1744 yreF 27% Q9XAS7 r5 protein precursor ; Streptococcus agalactiae 1745 yrfA 36% 031245 orfl protein ; Agrobacterium radiobacter 1746 yrfB 40% P54524 probable nadh-dependent flavin oxidoreductase yqig ; Bacillus subtilis 1747 arcC3 54% 053090 carbamate kinase ; Lactobacillus sake 1748 yrfC 49% AAD47622 bg33r. hypothetical 41.0 kd protein ; Pseudomonas sp 1749 tra983G 50% 087534 putative transposase ; Streptococcus pyogenes 1750 yrfD 19% BAA84897 orf62 protein ; Escherichia coli 1751 otcA 45% 058457 317aa long hypothetical ornithine carbamoyltransferase ; Pyrococcus horikoshii 1752 IrrH 45% 087395 two-component response regulator orra ; Anabaena sp 1753 yrfE 31% Q47828 psr ; Enterococcus hirae 1754 cmk 50% 005386 cytidylate kinase-like protein ; Bacillus cereus 1755 yrgA putative 1756 fer 36% P29604 ferredoxin ; Thermococcus litoralis 1757 ptnAB 74% AAD46485 mannose-specific phosphotransferase system component iiab ; Streptococcus salivarius 1758 ptnC 46% AAD46486 mannose-specific phosphotransferase system component iic ; Streptococcus salivarius 1759 ptnD 70% AAD46487 mannose-specific phosphotransferase system component iid ; Streptococcus salivarius 1760 yrgE 43% AAD46488 hypothetical 13.7 kd protein ; Streptococcus salivarius 1761 yrgF 28% 051049 conserved hypothetical integral membrane protein ; Borrelia burgdorferi 1762 yrgG 85% Q48643 cremoris putative partial open reading frame ; Lactococcus lactis 1763 serS 60% P37464 seryl-trna synthetase ; Bacillus subtilis 1764 yrgH 38% 035046 yocd ; Bacillus subtilis 1765 yrgI 26% P36942 probable phosphoglycerate mutase 2 ; Escherichia coli 1766 phoU 35% Q9X4T4 phou ; Streptococcus pneumoniae 1767 pstA 63% Q58418 probable phosphate transport atp-binding protein pstb ; Methanococcus jannaschii 1768 pstB 58% P46341 hypothetical abc transporter atp-binding protein in soda-comga intergenic region ; Bacillus subtilis 1769 pstC 51% P46340 probable abc transporter permease protein in soda-comga intergenic region ; Bacillus subtilis 1770 pstD 47% P46339 probable abc transporter permease protein in soda-comga intergenic region ; Bacillus subtilis 1771 pstE 97% 066079 lipoprotein nlpl precursor ; Lactococcus lactis 1772 pstF 56% 066079 lipoprotein nlpl precursor ; Lactococcus lactis 1773 yrhG 70% 085201 vacb homolog ; Streptococcus pneumoniae 1774 yrhH 29% 080443 fl6ml4. 11 protein ; Arabidopsis thaliana 1775 alaS 51% 034526 alanyl-trna synthetase ; Bacillus subtilis 1776 pmpA 84% 066088 lipoprotein nlp4 precursor ; Lactococcus lactis 1777 yriA 88% P94877 methyltransferase ; Lactococcus lactis 1778 pepF 96% P54124 oligoendopeptidase f, plasmid ; Lactococcus lactis 1779 coiA 74% P94875 transcription factor ; Lactococcus lactis 1780 yriB 82% P94874 orf, genes homologous to vsf-1 and pepf2 and gene encoding protein homologous to methyltransferase ; Lactococcus lactis 1781 yriC 41% Q9ZB16 hypothetical 34. 5 kd protein ; Lactococcus lactis 1782 yriD 38% AAF12190 conserved hypothetical protein ; Deinococcus radiodurans 1783 yrjA 31% P70947 hypothetical 30.6 kd protein ; Bacillus subtilis 1784 yrjB 57% 007020 hypothetical 26.4 kd protein ; Bacillus subtilis 1785 yrjC 97% 069147 putative iron-binding protein ; Lactococcus lactis 1786 yrjD 77% 069148 hypothetical 25.1 kd protein ; Lactococcus lactis 1787 yrjE 93% 069149 putative membrane spanning protein ; Lactococcus lactis 1788 yrjF 28% P39074 bmru protein ; Bacillus subtilis 1789 yrjG 31% 067622 hypothetical 64.3 kd protein ; Aquifex aeolicus 1790 rpsT 40% BAA01302 ribosomal protein s20 ; Escherichia coli 1791 recD 40% 034481 yrrc protein ; Bacillus subtilis 1792 yrjI 28% Q9X194 phosphoglycerate mutase ; Thermotoga maritima 1793 pheA 86% P43909 prephenate dehydratase ; Lactococcus lactis 1794 aroK 85% P43906 shikimate kinase ; Lactococcus lactis 1795 aroA 89% P43905 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase (epsp synthas. Lactococcus lactis 1796 tyrA 77% P43901 prephenate dehydrogenase ; Lactococcus lactis 1797 kinG 41% CAB54567 histidine kinase ; Streptococcus pneumoniae 1798 IrrG 45% CAB54566 response regulator ; Streptococcus pneumoniae 1799 ysaA putative 1800 ysaB 20% P42424 hypothetical 70.5 kd protein in idh 3'region ; Bacillus subtilis 1801 ysaC 49% P42423 hypothetical abc transporter atp-binding protein in idh 3'region ; Bacillus subtilis 1802 ysaD 37% P54940 hypothetical 13.0 kd protein in idh-deor intergenic region precursor ; Bacillus subtilis 1803 aroC 58% P31104 chorismate synthase ; Bacillus subtilis 1804 ysbA 32% Q57064 unidentified ; Streptococcus pneumoniae 1805 ysbB 32% Q45498 hypothetical 24.6 kd protein ; Bacillus subtilis 1806 ysbC 33% AAF10690 hypothetical 16.7 kd protein ; Deinococcus radiodurans 1807 aroB 42% P73997 3-dehydroquinate synthase ; Synechocystis sp 1808 aroE 37% CAB49372 shikimate 5-dehydrogenase ; Pyrococcus abyssi 1809 ysbD 42% 069601 hypothetical 24. 3 kd protein ; Mycobacterium leprae 1810 glnP 98% AAF16724 putative integral membrane protein ; Lactococcus lactis 1811 glnQ 62% 029577 glutamine abc transporter, atp-binding protein ; Archaeoglobus fulgidus 1812 yscA 21% 076602 h02f09. 3 protein ; Caenorhabditis elegans 1813 yscB putative 1814 atpE 80% AAF02208 h+-atpase cytoplasmic fl-part epsilon-subunit ; Lactococcus lactis 1815 atpD 91% AAF02210 h+-atpase cytoplasmic fl-part beta-subunit ; Lactococcus lactis 1816 atpG 89% AAF02207 h+-atpase cytoplasmic fl-part gamma-subunit ; Lactococcus lactis 1817 atpA 97% AAF02206 h+-atpase cytoplasmic fl-part alpha-subunit ; Lactococcus lactis 1818 atpH 92% AAF02205 h+-atpase cytoplasmic fl-part delta-subunit ; Lactococcus lactis 1819 atpF 99% AAF02204 h+-atpase fO-part b-subunit ; Lactococcus lactis 1820 atpB 94% AAF02203 h+-atpase fO-part a-subunit ; Lactococcus lactis 1821 yscD putative 1822 yscE 94% AAF02201 lipase ; Lactococcus lactis 1823 comEC 40% 085198 competence protein ; Streptococcus pneumoniae 1824 comEA 41% P39694 come operon protein 1 ; Bacillus subtilis 1825 ysdA 25% Q48856 hypothetical 46.8 kd protein ; Lactobacillus sake 1826 ysdB 43% 087564 nata ; Bacillus firmus 1827 ysdC putative 1828 ysdD 30% 068850 hypothetical 19.3 kd protein ; Vibrio cholerae 1829 ysdE 23% Q57898 hypothetical protein mj0456 ; Methanococcus jannaschii 1830 tenA 37% P25052 transcriptional activator tena ; Bacillus subtilis 1831 birA1 31% 030162 biotin operon repressor/biotin-- [acetyl coa carboxylase] ligase ; Archaeoglobus fulgidus 1832 yseA 30% 057898 hypothetical protein ph0159 ; Pyrococcus horikoshii 1833 yseB 27% 007619 hypothetical 52.9 kd protein ; Bacillus subtilis 1834 fadA 35% P44873 acetyl-coa acetyltransferase ; Haemophilus influenzae 1835 yseC putative 1836 yseD putative 1837 fabG2 40% 067610 3-oxoacyl- [acyl-carrier protein] reductase ; Aquifex aeolicus 1838 yseE 37% Q9WZQ7 conserved hypothetical protein ; Thermotoga maritima 1839 yseF 65% 032162 yuru protein ; Bacillus subtilis 1840 yseG 52% 032163 yurv protein ; Bacillus subtilis 1841 yseH putative 1842 yseI 58% 032164 yurw protein ; Bacillus subtilis 1843 ysfA 39% 032165 yurx protein ; Bacillus subtilis 1844 ysfB 73% P80866 vegetative protein 296 ; Bacillus subtilis 1845 ysfC 57% Q9XDW8 rgpg ; Streptococcus mutans 1846 ysfD 27% Q9XDW9 negative regulator of genetic competence ; Streptococcus mutans 1847 gltQ 60% 029577 glutamine abc transporter, atp-binding protein ; Archaeoglobus fulgidus 1848 gltP 42% Q9WZ61 amino acid abc transporter, permease protein ; Thermotoga maritima 1849 ysfG 28% 034799 ytlr ; Bacillus subtilis 1850 rpoC 70% Q9Z9M1 rpoc protein ; Bacillus sp 1851 rpoB 69% CAB56706 dna-dependent rna polymerase subunit beta ; Listeria monocytogenes 1852 codZ 26% P39779 cody protein ; Bacillus subtilis 1853 ysgA 48% 006027 epsr protein ; Lactococcus lactis 1854 pepO 99% Q09145 neutral endopeptidase ; Lactococcus lactis 1855 ysgB 39% Q50855 putative methylguanine-dna methyltransferase ; Myxococcus xanthus 1856 ysgC 31% 034674 ytgp ; Bacillus subtilis 1857 murE 28% 067631 udp-murnac-tripeptide synthetase ; Aquifex aeolicus 1858 adhA 63% P20368 alcohol dehydrogenase i ; Zymomonas mobilis 1859 recQ 49% 034748 recq homolog ; Bacillus subtilis 1860 yshA 53% Q9ZJ11 yjem ; Salmonella typhimurium 1861 pepT 94% P42020 peptidase t ; Lactococcus lactis 1862 yshB 43% 068580 hypothetical 11. 4 kd protein ; Streptococcus mutans 1863 yshC 70% P95765 intrageneric coaggregation-relevant adhesin ; Streptococcus gordonii 1864 pflA 67% 068575 pyruvate formate-lyase activating enzyme ; Streptococcus mutans 1865 ysiA 55% 068574 putative hemolysin ; Streptococcus mutans 1866 ysiB 43% 068573 putative permease ; Streptococcus mutans 1867 ysiC 36% Q9X244 conserved hypothetical protein ; Thermotoga maritima 1868 ysiD 54% 086222 hypothetical 25.1 kd protein ; Haemophilus influenzae rd 1869 uvrA 63% 034863 excinuclease abc subunit a ; Bacillus subtilis 1870 ysiE 24% Q12263 serine/threonine-protein kinase gin4 ; Saccharomyces cerevisiae 1871 cobC 33% P77109 putative cobalamin synthesis protein ; Escherichia coli 1872 ysiG 52% Q51440 d-lactate dehydrogenase Pediococcus acidilactici 1873 ysjA 35% 032257 yvbw protein ; Bacillus subtilis 1874 ysjB 28% BAA35876 mvim protein ; Escherichia coli 1875 ysjC 35% 034664 ylos protein ; Bacillus subtilis 1876 ysjD 47% Q05247 gene 37 protein ; Mycobacteriophage 15 1877 ysjE putative 1878 ysjF putative 1879 asnS 57% P39772 asparaginyl-trna synthetase ; Bacillus subtilis 1880 ysjG putative 1881 aspB 87% AAF12702 aspartate aminotransferase ; Lactococcus lactis 1882 ysjH putative 1883 dinG 31% 066684 atp-dependent helicase ; Aquifex aeolicus 1884 ytaA 33% Q57951 hypothetical protein mj0531 ; Methanococcus jannaschii 1885 ytaB 41% 005241 hypothetical 49. 5 kd protein in tgl-pgi intergenic region ; Bacillus subtilis 1886 ytaC 43% P12256 penicillin acylase ; Bacillus sphaericus 1887 ytaD 27% Q9X7W7 hypothetical 31.4 kd protein ; Streptomyces coelicolor 1888 oppA 87% Q07741 oligopeptide-binding protein oppa precursor ; Lactococcus lactis 1889 oppC 94% Q07743 oligopeptide transport system permease protein oppc ; Lactococcus lactis, and lactococcus lactis 1890 oppB 95% P50989 oligopeptide transport system permease protein oppb ; Lactococcus lactis 1891 oppF 99% Q07734 oligopeptide transport atp-binding protein oppf ; Lactococcus lactis, and lactococcus lactis 1892 oppD 99% P50980 oligopeptide transport atp-binding protein oppd ; Lactococcus lactis 1893 rplT 54% P55873 50s ribosomal protein 120 ; Bacillus subtilis 1894 rpmI 64% P55874 50s ribosomal protein 135 ; Bacillus subtilis 1895 infC 55% 053084 translation initiation factor if-3 ; Listeria monocytogenes 1896 ytbA putative 1897 ytbB 28% 006480 yfnb ; Bacillus subtilis 1898 gidA 96% 032806 glucose inhibited division protein a ; Lactococcus lactis 1899 ytbC putative 1900 ytbD 49% 006665 putative dna binding protein ; Streptococcus gordonii 1901 ytbE 54% 031418 yazc protein ; Bacillus subtilis 1902 cysS 47% Q06752 cysteinyl-trna synthetase ; Bacillus subtilis 1903 ytcA putative 1904 cysE 50% Q06750 serine acetyltransferase ; Bacillus subtilis 1905 ytcB putative 1906 pnpA 60% P50849 polyribonucleotide nucleotidyltransferase ; Bacillus subtilis 1907 ytcC 78% 030413 hypothetical 31.2 kd protein ; Lactococcus lactis 1908 prsB 51% 033924 prpp synthetase ; Corynebacterium ammoniagenes 1909 ytcD 32% 026984 conserved protein ; Methanobacterium thermoautotrophicum 1910 nifS 45% 034599 yrvo protein ; Bacillus subtilis 1911 ytcE putative 1912 tuf 78% P33170 elongation factor tu ; Streptococcus oralis 1913 ytdA putative 1914 ileS 62% Q9ZHB3 isoleucine-trna synthetase ; Streptococcus pneumoniae 1915 ytdB 36% Q9ZHB4 cell division protein diviva ; Streptococcus pneumoniae 1916 ytdC 35% Q9ZHB5 ylmh ; Streptococcus pneumoniae 1917 ytdD 81% Q9ZAI8 hypothetical 10. 9 kd protein ; Lactococcus lactis 1918 ytdE 85% Q9ZAI9 hypothetical 21.9 kd protein ; Lactococcus lactis 1919 ytdF 92% Q9ZAJO hypothetical 25.5 kd protein ; Lactococcus lactis 1920 ftsZ 83% Q9ZAJ1 cell division protein ftsz ; Lactococcus lactis 1921 ftsA 92% Q9ZAJ2 cell division protein ftsa ; Lactococcus lactis 1922 yteA 33% P70945 hypothetical 31.3 kd protein ; Bacillus subtilis 1923 trmH 45% Q06753 hypothetical trna/rrna methyltransferase yaco ; Bacillus subtilis 1924 yteB 32% 032159 hypothetical 39. 4 kd oxidoreductase in hom-mrga intergenic region ; Bacillus subtilis 1925 yteC 41% P22045 probable reductase ; Leishmania major 1926 yteD 26% 069986 transmembrane efflux protein ; Streptomyces coelicolor 1927 rlrB 26% 066882 transcriptional regulator ; Aquifex aeolicus 1928 rmeA 37% 006008 mercuric resistance operon regulatory protein ; Bacillus subtilis 1929 pepC 95% Q04723 aminopeptidase c ; Lactococcus lactis 1930 yteE 87% Q04731 hypothetical protein in pepc 5'region ; Lactococcus lactis 1931 pfs 38% P24247 mta/sah nucleosidase [includes : 5'- methylthioadenosine nucleosidase ; s- adenosylhomocysteine nucleosidase] ; Escherichia coli 1932 ytfA putative 1933 ytfB 49% P54570 hypothetical 21.0 kd protein in glnq-ansr intergenic region ; Bacillus subtilis 1934 glmU 54% P14192 udp-n-acetylglucosamine pyrophosphorylase ; Bacillus subtilis 1935 proC 37% Q04708 pyrroline-5-carboxylate reductase ; Pisum sativum 1936 tra983H 50% 087534 putative transposase ; Streptococcus pyogenes 1937 rpsO 61% P05766 30s ribosomal protein s15 ; Bacillus stearothermophilus 1938 ytfC 86% Q9ZEK3 hypothetical 41. 6 kd protein ; Lactococcus lactis 1939 ytfD 93% Q9ZEK4 pppl protein ; Lactococcus lactis 1940 sunL 92% Q9ZEK5 sunl protein ; Lactococcus lactis 1941 ytgH 74% Q48606 putative 20-kda protein ; Lactococcus lactis 1942 ytgA putative 1943 ytgB 52% P96594 ydas protein ; Bacillus subtilis 1944 fmt 46% P94463 methionyl-trna formyltransferase ; Bacillus subtilis 1945 yteG 42% Q9X7R8 hypothetical 17.7 kd protein ; Streptomyces coelicolor 1946 ytgC 31% Q58549 adp-ribose pyrophosphatase ; Methanococcus jannaschii 1947 ytgD putative 1948 priA 47% P94461 primosomal protein n' ; Bacillus subtilis 1949 ytgE 43% 035011 yloh protein ; Bacillus subtilis 1950 gmk 60% 034328 ylod protein ; Bacillus subtilis 1951 ytgF 54% 031774 ymda protein ; Bacillus subtilis 1952 ytgG 39% P31470 hypothetical 23.3 kd protein in tnab-bglb intergenic region ; Escherichia coli 1953 metK 65% P50307 s-adenosylmethionine synthetase ; Staphylococcus aureus 1954 ythD 43% Q9ZKG8 cyclopocyclopropane fatty acid synthase ; Helicobacter pylori j99 1955 cfa 43% 025171 cyclopropane fatty acid synthase ; Helicobacter pylori 1956 birA2 33% 027938 biotin acetyl-coa carboxylase ligase/biotin operon repressor bifunctional protein ; Methanobacterium thermoautotrophicum 1957 ythA 38% Q9XOPO conserved hypothetical protein ; Thermotoga maritima 1958 ythB 46% Q9XOPO conserved hypothetical protein ; Thermotoga maritima 1959 ythC 23% 034628 yvlb ; Bacillus subtilis 1960 acmB 42% 052362 n-acetylmuramidase precursor ; Lactococcus lactis 1961 tra983I 50% 087534 putative transposase ; Streptococcus pyogenes 1962 fbaA 74% 065944 fructose-bisphosphate aldolase ; Streptococcus pneumoniae 1963 ytiA 32% P37027 hypothetical 22.1 kd protein in heml-pfs intergenic region ; Escherichia coli 1964 thrS 59% P18255 threonyl-trna synthetase 1 ; Bacillus subtilis 1965 ytjA putative 1966 ytjB 25% P96593 hypothetical 45.7 kd protein in mutt-gsib intergenic region ; Bacillus subtilis 1967 ytjC 36% AAD46617 nramp manganese transport protein mnth ; Escherichia coli 1968 ytjD 34% P37261 hypothetical 21.1 kd protein in fusl-agpl intergenic region ; Saccharomyces cerevisiae 1969 upp 99% P50926 uracil phosphoribosyltransferase ; Lactococcus lactis 1970 nah 88% Q48731 na/h antiporter homolog ; Lactococcus lactis 1971 ytjE 37% Q08432 putative aminotransferase b ; Bacillus subtilis 1972 metBl 50% 031631 yjci protein ; Bacillus subtilis 1973 metA 53% Q9WZY3 homoserine o-succinyltransferase ; Thermotoga maritima 1974 ytjF putative 1975 ytjG 26% Q9WY71 conserved hypothetical protein ; Thermotoga maritima 1976 ytjH 37% P42096 lacx protein, chromosomal ; Lactococcus lactis 1977 yuaA 38% Q53606 cmp-binding-factor 1 ; Staphylococcus aureus 1978 yuaB 23% Q9Z6S7 yign family hypothetical protein ; Chlamydia pneumoniae 1979 rpe 55% P51012 ribulose-phosphate 3-epimerase ; Rhodobacter capsulatus 1980 yuaC putative 1981 yuaD 45% 034530 yloq protein ; Bacillus subtilis 1982 yuaE 61% 066078 putative extracellular protein expl precursor ; Lactococcus lactis 1983 pheT 44% P17922 phenylalanyl-trna synthetase beta chain ; Bacillus subtilis 1984 pheS 60% P17921 phenylalanyl-trna synthetase alpha chain ; Bacillus subtilis 1985 pdc 78% P94900 p-coumaric acid decarboxylase ; Lactobacillus plantarum 1986 tra983J 50% 087534 putative transposase ; Streptococcus pyogenes 1987 yubA 25% P71160 intb, rega, gepa, gepb, and gepc genes ; Bacteroides nodosus 1988 yubB putative 1989 yubK putative 1990 yubD 92% AAF12712 hypothetical 9.1 kd protein ; Bacteriophage tpw22 1991 yubE 35% P39909 spermine/spermidine acetyltransferase ; Bacillus subtilis 1992 tra983K 50% 087534 putative transposase ; Streptococcus pyogenes 1993 yubF 32% P53352 inner centromere protein ; Gallus gallus 1994 yubG 27% CAB49281 chromosome segregation protein ; Pyrococcus abyssi 1995 yubH putative 1996 yubI putative 1997 yubJ putative 1998 yucA 49% Q00370 hypothetical 26.8 kd protein ; Bacteriophage 50 1999 yucB putative 2000 yucC 30% P45197 hypothetical protein hil412 ; Haemophilus influenzae 2001 yucD putative 2002 yucE 30% P03035 repressor protein c2 ; Bacteriophage p22, and bacteriophage p21 2003 int5 26% P97010 integrase ; Bacteriophage tl2 2004 yucF 38% P94443 yfio ; Bacillus subtilis 2005 chiA 49% Q9WXD3 chitinase cl ; Serratia marcescens 2006 yucG 46% 083009 cbp21 precursor ; Serratia marcescens 2007 purA 67% P29726 adenylosuccinate synthetase ; Bacillus subtilis 2008 yudA 30% P95773 cadb ; Staphylococcus lugdunensis 2009 yudB putative 2010 yudC putative 2011 yudD 30% Q45146 insertion sequence is1168 and nimb gene for 5- nitroimidazole antibiotic resistance protein ; Bacteroides fragilis 2012 yudE putative 2013 yudF putative 2014 yudG 57% Q9ZB45 hypothetical 30.1 kd protein ; Streptococcus pyogenes 2015 yudH 40% P45862 hypothetical 19.6 kd protein in acda 5'region ; Bacillus subtilis 2016 yudI 59% P37567 hypothetical 37.1 kd protein in folk-lyss intergenic region ; Bacillus subtilis 2017 yudJ 43% P42978 hypothetical 23.6 kd protein in qcrc-dapb intergenic region ; Bacillus subtilis 2018 yudK 43% P42978 hypothetical 23.6 kd protein in qcrc-dapb intergenic region ; Bacillus subtilis 2019 yudL 39% Q48842 gene cluster ; Lactobacillus sake 2020 aspS 53% 032038 aspartyl-trna synthetase ; Bacillus subtilis 2021 yueA 42% CAB49889 hit-like protein ; Pyrococcus abyssi 2022 hisS 63% P30053 histidyl-trna synthetase ; Streptococcus equisimilis 2023 yueB 23% 030416 positive regulator gadr ; Lactococcus lactis 2024 yueC putative 2025 pgsA 58% 087532 phosphotidylglycerophosphate synthase ; Streptococcus pyogenes 2026 yueD 35% P94510 hypothetical 34.7 kd protein ; Bacillus subtilis 2027 yueE 43% 031766 ymfh protein ; Bacillus subtilis 2028 yueF 36% 087529 hypothetical 48. 2 kd protein ; Streptococcus pyogenes 2029 yufA 71% Q48692 dna for orfl21 and recf genes ; Lactococcus lactis 2030 recF 99% P50925 recf protein ; Lactococcus lactis 2031 pcaC 40% 026336 gamma-carboxymuconolactone decarboxylase ; Methanobacterium thermoautotrophicum 2032 yufB 42% AAF11850 transcriptional regulator, merr family ; Deinococcus radiodurans 2033 yufC 69% Q9ZB16 hypothetical 34.5 kd protein ; Lactococcus lactis 2034 galE 99% 087524 udp-galactose-4-epimerase ; Lactococcus lactis 2035 lacZ 98% 087523 beta-galactosidase ; Lactococcus lactis 2036 thgA 99% AAC63019 putative galactoside o-acetyltransferase ; Lactococcus lactis 2037 galT 99% 087522 galactose-1-phosphate uridylyltransferase ; Lactococcus lactis 2038 galK 93% AAD11510 galactokinase ; Lactococcus lactis 2039 galM 99% Q9ZB17 aldose 1-epimerase ; Lactococcus lactis 2040 lacS 91% Q9ZB18 lactose permease ; Lactococcus lactis 2041 yugA 94% Q9ZB19 hypothetical 27.6 kd protein ; Lactococcus lactis 2042 yugB 93% Q9ZB20 hypothetical 37.6 kd protein ; Lactococcus lactis 2043 nadR 28% P27278 transcriptional regulator nadr ; Escherichia coli 2044 yugC 32% Q9X4A4 hypothetical 35. 4 kd protein ; Staphylococcus aureus 2045 yugD 48% 032034 yrro protein ; Bacillus subtilis 2046 yuhA putative 2047 yuhB 32% 032035 yrrn protein ; Bacillus subtilis 2048 yuhC putative 2049 yuhD 36% P42313 hypothetical 31.5 kd protein in katb 3'region ; Bacillus subtilis 2050 yuhE 32% Q9Y321 cgi-32 protein ; Homo sapiens 2051 ecsB 26% P55340 protein ecsb ; Bacillus subtilis 2052 ecsA 60% P55339 abc-type transporter atp-binding protein ecsa ; Bacillus subtilis 2053 yuhH 25% 007592 hypothetical 27.5 kd protein Bacillus subtilis 2054 yuhI 54% 007513 hit protein ; Bacillus subtilis 2055 yuhJ putative 2056 rplA 58% Q06797 50s ribosomal protein 11 ; Bacillus subtilis 2057 rplK 80% P36254 50s ribosomal protein 111 ; Staphylococcus carnosus 2058 yuiA 38% Q60048 probable cadmium-transporting atpase ; Listeria monocytogenes 2059 rcfA 49% CAB53581 fnr-like protein ; Lactococcus lactis 2060 tra983L 50% 087534 putative transposase ; Streptococcus pyogenes 2061 yuiB 41% 031864 yoze protein ; Bacillus subtilis 2062 yuiF 52% P54154 putative peptide methionine sulfoxide reductase (peptide met ; Bacillus subtilis 2063 yuiC 35% 006747 yitl protein ; Bacillus subtilis 2064 yuiD putative 2065 frr 53% P81101 ribosome recycling factor ; Bacillus subtilis 2066 pyrH 94% Q9Z5K8 ump-kinase ; Lactococcus lactis 2067 yuiE putative 2068 ackA2 53% P37877 acetate kinase ; Bacillus subtilis 2069 ackA1 50% P37877 acetate kinase ; Bacillus subtilis 2070 yujA 32% P37876 hypothetical 37. 4 kd protein in acka-sspa intergenic region ; Bacillus subtilis 2071 typA 70% 007631 gtp-binding protein typa/bipa homolog ; Bacillus subtilis 2072 yujB putative 2073 yujC putative 2074 yujD 54% Q9ZHB1 hypothetical 24.0 kd protein ; Streptococcus pneumoniae 2075 yujE 23% Q9ZHB2 hypothetical 55.9 kd protein ; Streptococcus pneumoniae 2076 yujF putative 2077 yujG 24% Q9X474 entr ; Enterococcus faecium 2078 yvaA 35% 031391 orfl protein ; Bacillus megaterium 2079 glk 43% 031392 glucose kinase ; Bacillus megaterium 2080 yvaB 35% P54510 hypothetical 14.6 kd protein in gcvt-spoiiiaa intergenic region ; Bacillus subtilis 2081 yvaC 48% 085254 hypothetical 19.3 kd protein ; Streptococcus pneumoniae 2082 tra981J 92% Q98668 insertion sequence is981 ; Lactococcus lactis 2083 yuiI 100% Q48667 insertion sequence is981 ; Lactococcus lactis 2084 comC 26% P15378 type 4 prepilin-like protein specific leader peptidase ; Bacillus subtilis 2085 dinP 42% Q47155 dna-damage-inducible protein p ; Escherichia coli 2086 yvaD 24% 060155 putative prolyl-trna synthetase ; Schizosaccharomyces pombe 2087 arcD2 62% 032816 arginine/ornithine antiporter homolog arcd ; Lactococcus lactis 2088 arcT 52% 053091 orft ; Lactobacillus sake 2089 arcC2 50% 053090 carbamate kinase ; Lactobacillus sake 2090 arcCl 51% 053090 carbamate kinase ; Lactobacillus sake 2091 arcDl 86% 032816 arginine/ornithine antiporter homolog arcd ; Lactococcus lactis 2092 arcB 72% 053089 ornithine transcarbamoylase ; Lactobacillus sake 2093 arcA 60% 053088 arginine deiminase ; Lactobacillus sake 2094 argS 37% 074781 putative arginyl-trna synthetase, cytoplasmic ; Schizosaccharomyces pombe 2095 argR 37% Q54870 probable arginine repressor ; Streptococcus pneumoniae 2096 murC 56% P40778 udp-n-acetylmuramate--alanine ligase ; Bacillus subtilis 2097 yvcA putative 2098 yvcB 38% P94295 orfl and snf2 gene ; Bacillus cereus 2099 yvcC 28% Q9ZV10 retrotransposon-like protein ; Arabidopsis thaliana 2100 poxL 43% P37063 pyruvate oxidase ; Lactobacillus plantarum 2101 yvdA 27% CAB61729 possible secreted esterase ; Streptomyces coelicolor 2102 yvdB 94% 068177 cypl ; Lactococcus lactis 2103 yvdC 31% Q47774 orf8 ; Enterococcus faecalis 2104 yvdD 92% P22094 hypothetical 30.9 kd protein in pepx 5'region.

Lactococcus lactis, and lactococcus lactis 2105 pepXP 89% P22093 xaa-pro dipeptidyl-peptidase (x-p. Lactococcus lactis 2106 yvdE 90% P22347 hypothetical 18.7 kd protein in pepx 3'region ; Lactococcus lactis 2107 yvdF 29% P54952 probable amino-acid abc transporter binding protein in idh-deor intergenic region precursor ; Bacillus subtilis 2108 yvdG 48% P77212 probable pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase in eaeh-beta intergenic region ; Escherichia coli 2109 gltX 56% 086083 glutamyl-trna synthetase ; Lactobacillus delbrueckii 2110 yveA 32% 028131 isochorismatase ; Archaeoglobus fulgidus 2111 yveB putative 2112 yveC 27% CAB57420 putative arylalkylamine n-acetyltransferase ; Schizosaccharomyces pombe 2113 yveD putative 2114 yveE putative 2115 yveF 38% 087247 conserved hypothetical protein ; Lactococcus lactis 2116 yveG putative 2117 yveH 43% AAF10688 conserved hypothetical protein ; Deinococcus radiodurans 2118 tra983M 50% 087534 putative transposase ; Streptococcus pyogenes 2119 yveI putative 2120 radA 58% 086063 rada homolog ; Listeria monocytogenes 2121 yvfA 36% 067432 cation transporting atpase ; Aquifex aeolicus 2122 yvfB putative 2123 rplQ 72% P20277 50s ribosomal protein 117 ; Bacillus subtilis 2124 rpoA 58% BAA75298 rpoa protein ; Bacillus sp 2125 rpsK 73% P04969 30s ribosomal protein sll ; Bacillus subtilis 2126 rpsM 70% P20282 30s ribosomal protein s13 ; Bacillus subtilis 2127 rpmJ 100% P27146 50s ribosomal protein 136 ; Lactococcus lactis 2128 infA 100% P27149 translation initiation factor if-1 ; Lactococcus lactis 2129 tra904H 99% CAA55220 isl069 gene ; Lactococcus lactis 2130 yvfD 98% Q48710 span gene encoding nisin and insertion sequence is904 ; Lactococcus lactis 2131 tral077F 98% 032787 transposase ; Lactococcus lactis 2132 yvfC 99% 032786 hypothetical 21.3 kd protein ; Lactococcus lactis 2133 adk 98% P27143 adenylate kinase ; Lactococcus lactis 2134 secY 96% P27148 preprotein translocase secy subunit ; Lactococcus lactis 2135 rpl0 58% 006445 50s ribosomal protein 115 ; Staphylococcus aureus 2136 rpmD 62% 006444 50s ribosomal protein 130 ; Staphylococcus aureus 2137 rpsE 58% Q9Z9J7 rpse protein ; Bacillus sp 2138 rplR 49% P46899 50s ribosomal protein 118 ; Bacillus subtilis 2139 rplF 63% P02391 50s ribosomal protein 16 ; Bacillus stearothermophilus 2140 rpsH 71% P12879 30s ribosomal protein s8 ; Bacillus subtilis 2141 yvgA putative 2142 rpsN 81% P54798 30s ribosomal protein sl4 ; Bacillus stearothermophilus 2143 rplE 80% P08895 50s ribosomal protein 15 ; Bacillus stearothermophilus 2144 rplX 75% Q9WVW6 rpl24 ; Streptococcus pneumoniae 2145 rplN 74% Q9WVZ2 rpll4 ; Streptococcus pneumoniae 2146 rpsQ 88% Q9WW03 rpsl7 ; Streptococcus pneumoniae 2147 rpmC 69% Q9WVW8 rpl29 ; Streptococcus pneumoniae 2148 rplP 89% Q9X5K1 rpll6 ; Streptococcus pneumoniae 2149 rpsC 87% Q9WW37 rps3 ; Streptococcus pneumoniae 2150 rplV 84% Q9WVU5 rpl22 ; Streptococcus pneumoniae 2151 rpsS 90% Q9WW12 rpsl9 ; Streptococcus pneumoniae 2152 rplB 76% P42919 50s ribosomal protein 12 ; Bacillus subtilis 2153 rplW 54% P04454 50s ribosomal protein 123 ; Bacillus stearothermophilus 2154 rplD 61% P42921 50s ribosomal protein 14 ; Bacillus subtilis 2155 rplC 69% Q9Z9L4 rplc protein ; Bacillus sp 2156 rpsJ 86% P48853 30s ribosomal protein slO ; Streptococcus mutans 2157 mscL 44% P94585 large-conductance mechanosensitive channel ; Bacillus subtilis 2158 yvhA 27% Q58119 hypothetical protein mj0709 ; Methanococcus jannaschii 2159 thrC 38% Q42598 threonine synthase ; Schizosaccharomyces pombe 2160 nusG 49% Q06795 transcription antitermination protein nusg ; Bacillus subtilis 2161 secE putative 2162 rpmGC 57% P51415 50s ribosomal protein 133 ; Mycoplasma capricolum 2163 yvhB 29% 005402 hypothetical 72.2 kd protein ; Bacillus subtilis 2164 pbp2A 50% 070039 penicillin-binding protein 2a ; Streptococcus pneumoniae 2165 yviA 33% 032050 yrbg protein ; Bacillus subtilis 2166 yviB putative 2167 yviC 39% Q46604 fmn-binding protein ; Desulfovibrio vulgaris 2168 yviD 37% P54604 hypothetical 33.7 kd protein in cspb-glpp intergenic region ; Bacillus subtilis 2169 zitP 57% 033704 adcb protein ; Streptococcus pneumoniae 2170 zitQ 65% 087862 adcc protein ; Streptococcus pneumoniae 2171 zitS 43% 034966 ycdh ; Bacillus subtilis 2172 zitR 48% 033703 adcr protein ; Streptococcus pneumoniae 2173 yviH 57% 086274 hypothetical 9.1 kd protein ; Lactococcus lactis 2174 yviI 76% 086275 orfl50 protein ; Lactococcus lactis 2175 yviJ 52% 086276 hypothetical 14.8 kd protein ; Lactococcus lactis 2176 comGD 31% 085196 competence protein ; Streptococcus pneumoniae 2177 comGC 74% 086277 orfl25 protein ; Lactococcus lactis 2178 comGB 70% 086278 orf348 protein ; Lactococcus lactis 2179 comGA 76% 086279 orf248 protein ; Lactococcus lactis 2180 polC 98% 086280 dna polymerase iii alpha chain-like protein ; Lactococcus lactis 2181 yvjA putative 2182 noxD 33% P37061 nadh oxidase ; Enterococcus faecalis 2183 proS 50% 031755 prolyl-trna synthetase ; Bacillus subtilis 2184 yvjB 52% AAD47948 eep ; Enterococcus faecalis 2185 cdsA 37% Q9ZML7 cdp-diacylglycerol synthase ; Helicobacter pylori j99 2186 ywaA 49% 031751 undecaprenyl pyrophosphate synthetase ; Bacillus subtilis 2187 ywaB 50% Q47777 orfll ; Enterococcus faecalis 2188 ywaC 40% Q9XBL3 dna alkylation repair enzyme ; Bacillus cereus 2189 ywaD 45% Q9XBL3 dna alkylation repair enzyme ; Bacillus cereus 2190 ywaE 54% Q45601 yyda protein ; Bacillus subtilis 2191 tra983N 50% 087534 putative transposase ; Streptococcus pyogenes 2192 htrA 58% 006670 putative serine protease ; Streptococcus pneumoniae 2193 ywaF 26% 006452 dnag, rpod, cpoa genes and orf3 and orf5 ; Streptococcus pneumoniae 2194 ywaG 55% 006453 dnag, rpod, cpoa genes and orf3 and orf5 ; Streptococcus pneumoniae 2195 ywaH putative 2196 ywaI 23% Q26223 rhoptry protein ; Plasmodium berghei yoelii 2197 ywbA 46% P37543 hypothetical 28.3 kd protein in xpac-abrb intergenic region ; Bacillus subtilis 2198 polA 93% 032801 dna polymerase i ; Lactococcus lactis 2199 ywbB 90% 032800 dna polymerase i ; Lactococcus lactis 2200 rliD 43% P37517 hypothetical transcriptional regulator in tetl- exoa intergenic region ; Bacillus subtilis 2201 tra904I 100% CAA55220 is1069 gene ; Lactococcus lactis 2202 yvjF 98% Q48710 span gene encoding nisin and insertion sequence is904 ; Lactococcus lactis 2203 tralO77G 98% 032787 transposase ; Lactococcus lactis 2204 ywbC 99% 032786 hypothetical 21.3 kd protein ; Lactococcus lactis 2205 ywbD 27% P37517 hypothetical transcriptional regulator in tetl- exoa intergenic region ; Bacillus subtilis 2206 ywcA 76% Q48591 n of 16s rrna gene ; Lactococcus lactis 2207 ezrA 21% 034894 ytwp ; Bacillus subtilis 2208 tsf 39% Q9ZJ71 elongation factor ts ; Helicobacter pylori j99 2209 rpsB 71% P49668 30s ribosomal protein s2 ; Pediococcus acidilactici 2210 ywcC 100% 086271 orfb protein ; Lactococcus lactis 2211 adhE 98% 086272 alcohol-acetaldehyde dehydrogenase ; Lactococcus lactis 2212 ywdA 23% CAB49813 hypothetical 22.1 kd protein ; Pyrococcus abyssi 2213 ywdB putative 2214 ywdC 26% 058557 552aa long hypothetical nitrite reductase ; Pyrococcus horikoshii 2215 ywdD 29% P07782 coenzyme pqq synthesis protein e ; Acinetobacter calcoaceticus 2216 ywdE 30% P49330 rgg protein ; Streptococcus gordonii challis 2217 ywdF 34% 034470 ylbl protein ; Bacillus subtilis 2218 kdtB 39% Q9WZKO lipopolysaccharide core biosynthesis protein kdtb ; Thermotoga maritima 2219 ywdG 49% 034331 ylbh protein ; Bacillus subtilis 2220 yweA 35% Q48658 lmrp integral membrane protein ; Lactococcus lactis 2221 lmrP 91% Q48658 lmrp integral membrane protein ; Lactococcus lactis 2222 sigX 30% 007627 putative rna polymerase sigma factor ylac ; Bacillus subtilis 2223 yweB putative 2224 pgiA 79% Q9X670 glucose-6-phosphate isomerase ; Streptococcus mutans 2225 yweC 32% 029764 conserved hypothetical protein ; Archaeoglobus fulgidus 2226 yweD 36% P39315 hypothetical 29.7 kd protein in rpli-cpdb intergenic region ; Escherichia coli 2227 yweE 53% P70885 orflO8 ; Butyrivibrio fibrisolvens 2228 yweF putative 2229 valS 60% Q05873 valyl-trna synthetase ; Bacillus subtilis 2230 ywfA putative 2231 ywfB putative 2232 ywfC 40% P32699 hypothetical 13.5 kd protein in apha-uvra intergenic region ; Escherichia coli 2233 ywfD putative 2234 ywfE 30% CAB57644 hypothetical 25.3 kd protein ; Sulfolobus solfataricus 2235 ywfF 43% 031545 yfjo protein ; Bacillus subtilis 2236 ywfG 27% Q15333 hr44 protein ; Homo sapiens 2237 ywfH 36% CAB61244 secreted protein precursor ; Lactococcus lactis 2238 ywgA 31% 031575 yfhg protein ; Bacillus subtilis 2239 gntP 50% P46832 gluconate permease ; Bacillus licheniformis 2240 tra9830 50% 087534 putative transposase ; Streptococcus pyogenes 2241 gntK 48% P12011 gluconokinase ; Bacillus subtilis 2242 gntZ 56% P54448 hypothetical 32.8 kd protein in nucb-arod intergenic region ; Bacillus subtilis 2243 gntR 29% Q9WYG1 transcriptional regulator, rpir family ; Thermotoga maritima 2244 ywhA putative 2245 ywhB 31% 034870 ykue protein ; Bacillus subtilis 2246 rpsR 70% P10806 30s ribosomal protein s18 ; Bacillus stearothermophilus 2247 ssbD 65% Q9XJE5 putative single stranded binding protein ; Bacteriophage tuc2009 2248 rpsF 59% P21468 30s ribosomal protein s6 ; Bacillus subtilis 2249 bacA 39% AAD50462 baca ; Cytophaga johnsonae 2250 lys ? 45% P25737 lysine-specific permease ; Escherichia coli 2251 dnaH 50% Q9WZF2 dna polymerase iii, gamma and tau subunit ; Thermotoga maritima 2252 ywiA 33% 005841 hypothetical 51.3 kd protein ; Mycobacterium tuberculosis 2253 ywiB 43% P36088 hypothetical 19.7 kd protein in lhsl-nuplOO intergenic region ; Saccharomyces cerevisiae 2254 ywiC 31% P39912 B aroa protein [includes : phospho-2-dehydro-3- deoxyheptonate aldolase (3-deoxy-d-arabino- heptulosona...

2255 ywiD putative 2256 ywiE putative 2257 glnA 66% P95692 glutamine synthetase type 1 ; Streptococcus agalactiae 2258 glnR 45% P37582 regulatory protein glnr ; Bacillus subtilis 2259 ywiF 45% 035016 yfkj protein ; Bacillus subtilis 2260 ywiG 29% Q9WZM4 abc transporter, atp-binding protein ; Thermotoga maritima 2261 ywiH putative 2262 ywiI 23% 030416 positive regulator gadr ; Lactococcus lactis 2263 ruvB 63% 032055 holliday junction dna helicase ruvb ; Bacillus subtilis 2264 ruvA 42% 084509 holliday junction helicase ; Chlamydia trachomatis 2265 hexB 86% 032819 mismatch repair protein homolog ; Lactococcus lactis 2266 ywjA 30% Q17113 80 kda protein ; Babesia bovis 2267 hexA 64% P10564 dna mismatch repair protein hexa ; Streptococcus pneumoniae 2268 ywjB 24% 031779 ymca protein ; Bacillus subtilis 2269 ywjC putative 2270 ywjD 43% 034647 transcription regulator ; Bacillus subtilis 2271 ywjE putative 2272 ywjF 52% 034948 hypothetical 30.7 kd protein in mcpc-kina intergenic region ; Bacillus subtilis 2273 ywjG putative 2274 ywjH putative 2275 yxaA 25% 028711 conserved hypothetical protein ; Archaeoglobus fulgidus 2276 yxaB putative 2277 zwf 49% P54547 glucose-6-phosphate 1-dehydrogenase ; Bacillus subtilis 2278 yxaC 38% P54452 hypothetical 20.1 kd protein in nucb-arod intergenic region ; Bacillus subtilis 2279 pspA 40% 005166 pcpa ; Streptococcus pneumoniae 2280 pspB 40% 005166 pcpa ; Streptococcus pneumoniae 2281 dnaJ 86% P35514 dnaj protein ; Lactococcus lactis 2282 yxaF putative 2283 racD 53% P29079 aspartate racemase ; Streptococcus thermophilus 2284 yxbA putative 2285 asnH 40% 034902 asparagine synthase ; Bacillus subtilis 2286 usp45 63% P22865 secreted 45 kd protein precursor ; Lactococcus lactis 2287 mreD 25% Q01467 rod shape-determining protein mred ; Bacillus subtilis 2288 mreC 95% Q99223 beta-lactamase precursor ; Lactococcus lactis 2289 yxbC 40% P46351 hypothetical 45. 4 kd protein in thiaminase i 5'region ; Bacillus subtilis 2290 rpiA 45% P72012 probable ribose 5-phosphate isomerase ; Methanobacterium thermoautotrophicum 2291 rcfB 27% 086128 fnr protein ; Bacillus licheniformis 2292 yxbD 23% P94577 hypothetical 43.1 kd protein ; Bacillus subtilis 2293 yxbE 33% 027074 conserved protein ; Methanobacterium thermoautotrophicum 2294 yxbF putative 2295 yxcA 29% P11568 activator of-2-hydroxyglutaryl-coa dehydratase ; Acidaminococcus fermentans 2296 yxcB 27% CAB55667 putative tetr-family transcriptional regulator ; Streptomyces coelicolor 2297 rsuA 42% Q9WYA2 16s pseudouridylate synthase ; Thermotoga maritima 2298 yxcD putative 2299 thdF 66% CAB61255 thiophene degradation protein f ; Streptococcus agalactiae 2300 yxcE putative 2301 recG 66% Q54900 atp-dependent dna helicase recg ; Streptococcus pneumoniae 2302 yxdA 44% P16680 phna protein ; Escherichia coli 2303 gapB 78% P50467 glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase ; Streptococcus pyogenes 2304 yxdB 24% 015738 zipa ; Dictyostelium discoideum 2305 yxdC 37% P37278 cation-transporting atpase pacl ; Synechococcus sp 2306 yxdD putative 2307 yxdE 34% AAF12130 oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family ; Deinococcus radiodurans 2308 yxdF 30% Q48724 abortive infection proteins genes, complete cds ; Lactococcus lactis 2309 yxdG putative 2310 rpsI 70% P21470 30s ribosomal protein s9 ; Bacillus subtilis 2311 rplM 63% Q00990 50s ribosomal protein 113 ; Staphylococcus carnosus 2312 yxeA 29% AAF12525 hypothetical 37.1 kd protein ; Deinococcus radiodurans 2313 yxeB 40% 028803 abc transporter, atp-binding protein ; Archaeoglobus fulgidus 2314 rnhA 55% 007874 ribonuclease hii ; Streptococcus pneumoniae 2315 sipL 53% CAA13401 signal peptidase 1 ; Streptococcus pneumoniae 2316 purR 100% 053065 purr ; Lactococcus lactis 2317 fusA 73% P80868 elongation factor g ; Bacillus subtilis 2318 rpsG 72% Q9Z9L8 rpsg protein ; Bacillus sp 2319 rpsL 89% P30891 30s ribosomal protein s12 ; Streptococcus pneumoniae 2320 dacA 84% 066081 extracellular protein exp2 precursor ; Lactococcus lactis 2321 yxfA 55% Q54615 putative multiple membrane domain protein ; Streptococcus pyogenes 2322 yxfB 37% 034614 ytqb ; Bacillus subtilis 2323 yxfC 59% 035008 ytqa ; Bacillus subtilis Tableau IV. Gènes impliqués dans les phénomènes de sécrétion ORF Nom du gène 9 yabC 19 yacG 109 ybaG 116 ybbE 192 ybiK 210 ycaF 225 yccB 266 ycfF 326 plpA 327 plpB 422 ptcB 433 yedB 445 yeeG 506 dgk 515 ps202 552 yfcH 554ponA 561 yfdG 578 yfgC 595 yfhl 611 fiL 627 ygaD 633 ygaj 638 miaA 667 ygeB 696 ygiC 754 floL 801 noxC 843 noxA 865 yigE 879 yid 931 yjdl 944 tagf 954 yjgB 985 yjjE 1007 ykbF 1085 ykhK 1132 ylcD 1133 ylcE 1142 frdC 1177 ylhA 1206 ymaB 1208 ymaE 1228 ymcA 1234 ymcF 1309 ynaA 1335 yndB 1395 ynjC 1396 ynjD 1399 ynjG 1402 ynjl 1403 ynjJ 1416 pi301 1444 pi329 1454 pi339 1495 yohD 1522 ypaG 1626 yqbJ 1627 yqbK 1628 yqcA 1629 yqcB 1631 yqcD 1638 murD 1647 yqeC 1648 yqeD 1710 yrbB 1736 yreA 1802 ysaD 1870 ysiE 1978 yuaB 1980 yuaC 2005 chiA 2024 yueC 2033 foc 2073 yujC 2076 yujF 2175 yviJ 2176 comGD 2207 ezrA 2217 ywdF 2272 ywjF 2279 pspA 2280 pspB