1.CGH法
 本発明において、CGH法とは、原理的には、( a)検査対象となる細胞由来のゲノムDNA断片で� ��る被験ゲノムDNA断片と当該被験ゲノムDNA断� ��との違いを検出するための基準となる対照� ��ノムDNA断片とを、それぞれ異なる波長の2種 の標識物質で標識し、(b)標識された被験ゲノ ムDNA断片と標識された対照ゲノムDNA断片とを 、被験ゲノムDNA断片と対照ゲノムDNA断片との 違いを検出するための核酸配列を含む標本核 酸に競合的にハイブリダイズさせ、(c)得られ る蛍光強度を指標として、被験ゲノムDNAのコ ピー数異常(即ち、被験ゲノムDNA断片中の増� �または欠失)を検出する方法である。
 この際、コピー数異常の検出は、通常、被� ��ゲノムDNA断片と対照ゲノムDNA断片との競合� ��ハイブリダイジーション後に標本核酸上の� ��光強度を測定し、被験ゲノムDNA断片由来の� ��識物質と対照ゲノムDNA断片由来の標識物質� ��の蛍光強度比を求め、これを解析すること� ��よって行われる。即ち、対照ゲノムDNA断片� ��来の標識物質に対する被験ゲノムDNA断片由� ��の標識物質の蛍光強度比が高い場合には、� ��本核酸上の当該部分(領域)は、対照ゲノムDN A断片に比較して被験ゲノムDNA断片とより強� �ハイブリダイズしたことを示し、被験ゲノ� �DNAにおける、標本核酸上の当該部分(領域)に 相当する領域が増幅している(コピー数が増� �している)と判断され、逆に、対照ゲノムDNA� ��片由来の標識物質に対する被験ゲノムDNA断� ��由来の標識物質の蛍光強度比が低い場合(或 いは被験ゲノムDNA断片由来の標識物質の蛍光 が認められない場合)には、標本核酸上の当� �部分(領域)は、被験ゲノムDNA断片に比較して 対照ゲノムDNA断片とより強くハイブリダイズ したこと(或いは対照ゲノムDNA断片のみがハ� �ブリダイズしたこと)を示し、被験ゲノムDNA� ��おける、標本核酸上の当該部分(領域)に相� �する領域が欠失している(コピー数が減少或� ��はコピーされていない)と判断される。尚、 本発明においては、上記したような被験ゲノ ムDNA中のコピー数異常(または染色体異常)を� ��断すること、言い換えれば、被験ゲノムDNA� ��のコピー数異常の有無(または染色体異常の 有無)或いはコピー数の増加量または減少量� �定量(または半定量)することをも含む。

2.本発明の方法
 本発明は、前述した如きCGH法において使用� ��れる異なる波長の2種の標識物質として、一 般式(1)及び(2)で示される蛍光物質を用いるこ とを特徴とする。

 (1)被験ゲノムDNA断片および対照ゲノムDNA断� ��
 本発明において、「被験ゲノムDNA断片」と� ��、検査対象となる(コピー数異常或いは染色 体異常を検出・調査したい)細胞に由来する� �ノムDNAを、また、「対照ゲノムDNA断片」と� �、当該被験ゲノムDNA断片との違い(即ち、被� ��ゲノムDNAのコピー数異常)を検出するための 基準となるゲノムDNA断片を意味する。

 また、被験ゲノムDNA断片および対照ゲノムD NA断片はそれぞれ異なる試料から得られたそ� ��ぞれ異なるゲノムDNAに由来するものである� ��異なる試料としては、例えば(1)試料の種類� ��異なるが、試料の由来〔生体(個体・集団)� �場所等〕は同一である場合、(2)試料の種類� �同一であるが、試料の由来が異なる場合、(3 )試料の種類及び試料の由来が異なる場合、(4 )試料の種類及び試料の由来が同一である場� �である。
 より具体的には、例えば、(1)同一個体(生体 、生物種)における異なる種類の細胞、細胞� �団、体液等、(2)異なる個体(生体、生物種)間 〔例えば特定個体と標準(正常)個体間〕又は� ��定の個体(生体、生物種)と集団間〔例えば� �定個体と標準(正常)集団間〕における、同じ 種類の細胞、細胞集団、体液等、(3)異なる個 体(生体、生物種)間〔例えば罹患個体と標準( 正常)個体間〕又は特定個体(生体、生物種)と 集団間〔罹患個体と標準(正常)集団間〕にお� ��る、異なる種類の細胞、細胞集団、体液等� ��例えば異常細胞(組織、器官、体液)と正常� �胞(組織、器官、体液)等〕、(4)環境、状態等 が異なる場合(例えば薬剤投与前後、ストレ� �付加前後、病態の異なるステージ、培養前� �等)の同一個体(生体、生物種)における、同� �種類の細胞、細胞集団、体液等が挙げられ� �。
 尚、被験ゲノムDNA断片および対照ゲノムDNA� ��片は、実質的に同一の核酸(DNA)配列を含む� �のであるが、一般的には、対照ゲノムDNA断� �はゲノムDNAのコピー数に変化がない(ゲノムD NAのコピー数に異常をきたしていない)試料〔 例えば標準(正常)個体または集団、正常細胞( 組織、器官、体液)等〕から得られるゲノムDN A断片であり、また、被験ゲノムDNA断片はこ� �以外のゲノムDNAのコピー数に変化が生じて� �る(ゲノムDNAのコピー数に異常をきたしてい� ��)か或いは当該変化が生じている疑いがある (当該異常をきたしている疑いがある)試料〔� ��えば特定個体、罹患個体、異常(組織、器官 、体液)等〕から得られるゲノムDNA断片であ� �が、このような組合せに限定されない。

 被験ゲノムDNA断片および対照ゲノムDNA断片� ��は、例えば全ての染色体に相当する配列を� ��質的に有するゲノムDNA断片、例えば特定の� ��色体に相当する配列を実質的に有するゲノ� ��DNA断片、これら染色体(全ての染色体または 特定の染色体)の一部に相当する配列を有す� �ゲノムDNA断片等が含まれる。また、ゲノムDN Aクローン断片、これらゲノムDNA断片やゲノ� �DNAクローン断片を制限酵素により断片化或� �は化学的に断片化したDNAフラグメント、こ� �らゲノムDNA断片、ゲノムDNAクローン断片ま� �はDNAフラグメントを増幅した増幅産物等も� �用可能である。更に、cDNA、そのDNAフラグメ� ��トまたはこれらの増幅産物も使用可能であ� ��。
 尚、一般的には、例えば両者のうち一方が� ��ての染色体(または特定の染色体)に相当す� �配列を実質的に有するものである場合には� �方も同様に全ての染色体(または特定の染色� ��)に相当する配列を実質的に有するものであ り、また、両者のうち一方が染色体(全ての� �色体または特定の染色体)の一部に相当する� ��列を有するものである場合には他方は当該� ��部分と同じ部分の染色体(全ての染色体また は特定の染色体)に相当する配列を有するも� �である。

 本発明が適用される試料の種類としては� ��この分野で用いられているものであれば良� ��、特に限定されない。このような試料とし� ��は、例えば細胞、組織、器官、体液(血液、 血清、血漿、髄液、滑液、膵液、リンパ液等 )、排泄物(尿、唾液、糞便等)、喀たん、膿、 皮膚由来物等の生体由来試料;微生物(菌類、� ��菌類、ウイルス等);例えば環境試料(食品、� ��料、水道水、海水、湖沼水、河川水、工場� ��液、半導体用洗浄水、医療器具等を洗浄し� ��後の洗浄液等);これらから得られる抽出液;� ��びこれらを水や通常この分野で用いられて� ��る緩衝液等(トリス緩衝液、グリシン緩衝液 、りん酸緩衝液、ベロナール緩衝液、ホウ酸 緩衝液、グッド緩衝液等)に適宜溶解させて� �構成して得られた処理物等が挙げられる。

 このような被験ゲノムDNA断片および対照ゲ� ��ムDNA断片は、上記した如き試料から自体公� ��の抽出法或いは市販の抽出キットを使用し� ��調製することができる。また、目的によっ� ��は、市販品等の入手可能なゲノムDNA断片〔� ��えば標準(正常)試料由来のゲノムDNA断片(対� ��ゲノムDNA断片)やある種の癌患者由来のゲノ ムDNA断片(被験ゲノムDNA断片)〕を使用するこ� ��も可能である。
 また、ゲノムDNAクローン断片の調製法、cDNA の調製法、制限酵素による断片化法、化学的 断片化法、増幅方法(例えばGenomics 87(2006)298-3 06に記載されたDOPPCR、roling Cycle Amprification、 GenomePlex等の増幅法、ICAN法、LAMP法、その他ゲ ノムを増幅できる方法等)等も自体公知の方� �や市販のキット等に従えばよい。

 (2)標識物質
 本発明において、上記した如き被験ゲノムD NA断片および対照ゲノムDNA断片を標識するた� ��の標識物質は下記一般式(1)で示される蛍光� ��識物質(以下、本発明に係る標識物質(1)と略 記する。)と下記一般式(2)で示される蛍光標� �物質(以下、本発明に係る標識物質(2)と略記� ��る。)の2種である。

〔式中、R ¹ ~R ⁴ およびR ⁸ ~R ¹¹ はそれぞれ独立して水素原子または-SO ₃ R ¹⁵ (式中、R ¹⁵ は水素原子、アルカリ金属原子、有機アンモ ニウムイオンまたはアンモニウムイオンを表 す。)を表し、R ⁵ およびR ¹² はそれぞれ独立してアルキル基またはスルホ アルキル基を表し、R ⁶ 、R ⁷ およびR ¹⁴ はそれぞれ独立してアルキル基を表し、R ¹³ はカルボキシアルキル基を表す。〕
 尚、一般式(1)においてR ¹ ~R ⁴ およびR ⁸ ~R ¹¹ のうちの少なくとも1つは-SO ₃ R ¹⁵ (R ¹⁵ は前記と同じ。)であるのが好ましく、N ⁺ と分子内塩を形成していても良い。

〔式中、R ²¹ ~R ²⁴ およびR ²⁸ ~R ³¹ はそれぞれ独立して水素原子または-SO ₃ R ³⁵ (式中、R ³⁵ は水素原子、アルカリ金属原子、有機アンモ ニウムイオンまたはアンモニウムイオンを表 す。)を表し、R ²⁵ およびR ³² はそれぞれ独立してアルキル基またはスルホ アルキル基を表し、R ²⁶ 、R ²⁷ およびR ³⁴ はそれぞれ独立してアルキル基を表し、R ³³ はカルボキシアルキル基を表す。〕
 尚、一般式(2)においてR ²¹ ~R ²⁴ およびR ²⁸ ~R ³¹ のうちの少なくとも1つは-SO ₃ R ³⁵ (R ³⁵ は前記と同じ。)であるのが好ましく、N ⁺ と分子内塩を形成していても良い。

 上記一般式(1)および(2)において、R ¹ 、R ² 、R ³ 、R ⁴ 、R ⁸ 、R ⁹ 、R ¹⁰ 、R ¹¹ 、R ²¹ 、R ²² 、R ²³ 、R ²⁴ 、R ²⁸ 、R ²⁹ 、R ³⁰ およびR ³¹ で示される-SO ₃ R ¹⁵ および-SO ₃ R ³⁵ において、R ¹⁵ およびR ³⁵ で示されるアルカリ金属原子としては、例え ばナトリウム、カリウム、リチウムなどが挙 げられ、中でもリチウム、ナトリウムが好ま しい。
 有機アンモニウムイオンとしては、例えば� ��リアルキルアンモニウムイオン等が挙げら� ��る。また、当該トリアルキルアンモニウム� ��オンとしては、直鎖状、分枝状或いは環状� ��何れでもよく、通常炭素数1~10のもの、好ま しくは1~6のものが挙げられ、具体的には、例 えばトリメチルアンモニウムイオン、トリエ チルアンモニウムイオン、トリn-プロピルア� ��モニウムイオン、トリイソプロピルアンモ� ��ウムイオン、トリブチルアンモニウムイオ� ��、トリヘキシルアンモニウムイオン、トリ� ��クチルアンモニウムイオン、トリノニルア� ��モニウムイオン、トリデシルアンモニウム� ��オン、トリシクロペンチルアンモニウムイ� ��ン、トリシクロヘキシルアンモニウムイオ� ��、トリシクロヘプチルアンモニウムイオン� ��トリシクロオクチルアンモニウムイオン等� ��挙げられる。中でもトリメチルアンモニウ� ��イオン又はトリエチルアンモニウムイオン� ��好ましく、トリエチルアンモニウムイオン� ��より好ましい。

 R ⁵ 、R ⁶ 、R ⁷ 、R ¹² 、R ¹⁴ 、R ²⁵ 、R ²⁶ 、R ²⁷ 、R ³² およびR ³⁴ で示されるアルキル基としては、直鎖状、分 枝状或いは環状の何れでもよく、通常炭素数 1~6、好ましくは1~3のものが挙げられ、具体的 には、例えばメチル基、エチル基、n-プロピ� ��基、イソプロピル基、n-ブチル基、イソブ� �ル基、sec-ブチル基、tert-ブチル基、n-ペンチ ル基、イソペンチル基、sec-ペンチル基、tert- ペンチル基、ネオペンチル基、n-ヘキシル基� ��イソヘキシル基、sec-ヘキシル基、tert-ヘキ� ��ル基、ネオヘキシル基、シクロプロピル基� ��シクロブチル基、シクロペンチル基、シク� ��ヘキシル基等が挙げられる。中でもメチル� ��、エチル基、n-プロピル基等の直鎖状のア� �キル基が好ましい。

 R ⁵ 、R ¹² 、R ²⁵ およびR ³² で示されるスルホアルキル基としては、スル ホ基を有する、通常炭素数1~10、好ましくは1~ 6のアルキル基である。このようなアルキル� �としては、直鎖状、分枝状或いは環状の何� �でもよく、例えばエチル基、n-プロピル基、 イソプロピル基、n-ブチル基、イソブチル基� ��sec-ブチル基、tert-ブチル基等が挙げられる� ��
 また、スルホアルキル基の具体例としては� ��例えばスルホエチル基、スルホプロピル基� ��スルホブチル基、スルホペンチル基、スル� ��ヘキシル基等が挙げられ、好ましくは2-ス� �ホエチル基、3-スルホプロピル基、4-スルホ� ��チル基である。

 R ¹³ およびR ³³ で示されるカルボキシアルキル基としては、 通常1~3個、好ましくは1個のカルボキシ基を� �する、通常炭素数1~10、好ましくは1~6のアル� ��ル基である。このようなアルキル基として� ��、直鎖状、分枝状或いは環状の何れでもよ� ��、例えばメチル基、エチル基、n-プロピル� �、イソプロピル基、n-ブチル基、イソブチル 基、sec-ブチル基、tert-ブチル基、n-ペンチル� ��、イソペンチル基、sec-ペンチル基、tert-ペ� ��チル基、ネオペンチル基、n-ヘキシル基、� �ソヘキシル基、sec-ヘキシル基、tert-ヘキシ� �基、ネオヘキシル基、シクロプロピル基、� �クロブチル基、シクロペンチル基、シクロ� �キシル基等が挙げられる。なかでも直鎖状� �ものが好ましい。
 また、カルボキシアルキル基の具体例とし� ��は、例えばカルボキシメチル基、カルボキ� ��エチル基、カルボキシプロピル基、カルボ� ��シブチル基、カルボキシペンチル基、カル� ��キシヘキシル基、1,2-ジカルボキシエチル基 、1,3-ジカルボキシプロピル基、3,5-ジカルボ� ��シフェニル基、3,4-ジカルボキシフェニル基 、2,4-ジカルボキシフェニル基、4-(1,2-ジカル� ��キシエチル)-フェニル基等が挙げられ、好� �しくは、カルボキシメチル基、2-カルボキシ エチル基、3-カルボキぷろぴる基、4-カルボ� �シブチル基、5-カルボキシヘキシル基等が挙 げられる。好ましくは2-カルボキシエチル基� ��3-カルボキプロピル基、4-カルボキシブチル 基である。

 本発明に係る標識物質(1)の好ましい具体� ��としては、例えば下記で示されるものが挙� ��られる。

 本発明に係る標識物質(2)の好ましい具体� ��としては、例えば下記で示されるものが挙� ��られる。

 本発明に係る標識物質(1)と標識物質(2)の� ��合せとしては、同じ置換基を有するものが� ��ましく、具体的には、例えば上表の(1)-1と(2 )-1との組合せ、(1)-2と(2)-2との組合せ、(1)-3と (2)-3との組合せ、(1)-4と(2)-4との組合せ等がよ り好ましく、(1)-1と(2)-1との組合せが特に好� �しい。

 尚、本発明に係る標識物質(1)および(2)は、� ��えばWO96/17628号パンフレット(特開2002-12782号� ��報)、米国特許第6974873号等に記載された自� �公知の合成方法により合成することができ� �。
 また、市販品〔例えば、DYOMICS社(Dyomics GmbH) 製、DY-647およびDY-547等〕を使用することもで きる。

 (3)標識被験ゲノムDNA断片、標識対照ゲノムD NA断片および標識方法
 前述したように、本発明の方法は、CGH法に� ��いて、本発明に係る標識物質(1)または標識� ��質(2)の何れか一方の標識物質で標識された� ��験ゲノムDNA断片(以下、標識被験ゲノムDNA断 片と略記する。)と残りの一方の標識物質で� �識された対照ゲノムDNA断片(以下、標識対照� ��ノムDNA断片と略記する。)とを用いるもので ある。
 本発明において、標識被験ゲノムDNA断片は� ��発明に係る標識物質(1)または標識物質(2)の� ��れか一方の標識物質を上記した如き被験ゲ� ��ムDNA断片に直接またはリンカー等を介して� ��接的に結合させたものであり、また、標識� ��照ゲノムDNA断片は本発明に係る標識物質(1)� ��たは標識物質(2)の残りの一方の標識物質(即 ち、本発明に係る標識物質(1)および(2)のうち 、被験ゲノムDNA断片に結合させたもの以外の 残りの一方)を上記した如き対照ゲノムDNA断� �に直接またはリンカー等を介して間接的に� �合させたものである。
 具体的には、これら標識被験ゲノムDNA断片� ��よび標識対照ゲノムDNA断片は、本発明に係� ��標識物質(1)中のカルボキシアルキル基〔一� ��式(1)におけるR ¹³ 〕または本発明に係る標識物質(2)中のカルボ キシアルキル基〔一般式(1)におけるR ³³ 〕が被験ゲノムDNA断片または対照ゲノムDNA断 片と直接またはリンカー等を介して間接的に 結合したものである。
 なかでも、本発明において用いられる標識� ��験ゲノムDNA断片および標識対照ゲノムDNA断� ��としては、本発明に係る標識物質(1)中のカ� ��ボキシアルキル基〔一般式(1)におけるR ¹³ 〕または本発明に係る標識物質(2)中のカルボ キシアルキル基〔一般式(1)におけるR ³³ 〕が被験ゲノムDNA断片または対照ゲノムDNA断 片とリンカー等を介して間接的に結合したも のが好ましい。

 上記において、リンカーとしては、通常� ��の分野で用いられるものが全て使用できる� ��、具体的には、下記一般式(A)で示される構� ��のリンカーが挙げられる。

(式中、Eは-CH=CH-または-C≡C-を表し、Xおよ� ��Yはそれぞれ独立してアルキレン基を表し、 Tは-O-または-NH-CO-を表す。)

 上記一般式(A)において、Xで示されるアル キレン基としては、直鎖状、分枝状或いは環 状でもよく、通常炭素数1~10、好ましくは1~6� �より好ましくは1~3のものが挙げられ、具体� �には、例えばメチレン基,エチレン基,トリメ チレン基,テトラメチレン基,ペンタメチレン� ��,ヘキサメチレン基,ヘプタメチレン基,オク� ��メチレン基,ノナメチレン基,デカメチレン� �等の直鎖状アルキレン基、例えばエチリデ� �基,プロピレン基,イソプロピリデン基,1-メチ ルトリメチレン基,2-メチルトリメチレン基,1, 1-ジメチルエチレン基,1,2-ジメチルエチレン� �,エチルエチレン基,1-メチルテトラメチレン� ��,1,1-ジメチルトリメチレン基,2,2-ジメチルト リメチレン基,2-エチルトリメチレン基,1-メチ ルペンタメチレン基,1-メチルヘキサメチレン 基,1-メチルヘプタメチレン基,1,4-ジエチルテ� ��ラメチレン基,2,4-ジメチルヘプタメチレン� �,1-メチルオクタメチレン基,1-メチルノナメ� �レン基等の分枝状アルキレン基、例えばシ� �ロプロピレン基,1,3-シクロブチレン基,1,3-シ� ��ロペンチレン基,1,4-シクロへキシレン基,1,5- シクロヘプチレン基,1,5-シクロオクチレン基, 1,5-シクロノニレン基,1,6-シクロデカレン基等 の環状アルキレン基等が挙げられる。なかで も直鎖状のものが好ましい。

 Yで示されるアルキレン基としては、直鎖 状、分枝状或いは環状でもよく、通常炭素数 1~10、好ましくは2~8、より好ましくは2~6のも� �が挙げられ、具体的には、例えばメチレン� �,エチレン基,トリメチレン基,テトラメチレ� �基,ペンタメチレン基,ヘキサメチレン基,ヘ� �タメチレン基,オクタメチレン基,ノナメチレ ン基,デカメチレン基等の直鎖状アルキレン� �、例えばエチリデン基,プロピレン基,イソプ ロピリデン基,1-メチルトリメチレン基,2-メチ ルトリメチレン基,1,1-ジメチルエチレン基,1,2 -ジメチルエチレン基,エチルエチレン基,1-メ� ��ルテトラメチレン基,1,1-ジメチルトリメチ� �ン基,2,2-ジメチルトリメチレン基,2-エチルト リメチレン基,1-メチルペンタメチレン基,1-メ チルヘキサメチレン基,1-メチルヘプタメチレ ン基,1,4-ジエチルテトラメチレン基,2,4-ジメ� �ルヘプタメチレン基,1-メチルオクタメチレ� �基,1-メチルノナメチレン基等の分枝状アル� �レン基、例えばシクロプロピレン基,1,3-シク ロブチレン基,1,3-シクロペンチレン基,1,4-シ� �ロへキシレン基,1,5-シクロヘプチレン基,1,5-� ��クロオクチレン基,1,5-シクロノニレン基,1,6- シクロデカレン基等の環状アルキレン基等が 挙げられる。なかでも直鎖状のものが好まし い。

 本発明において用いられる標識被験ゲノムD NA断片および標識対照ゲノムDNA断片は上記し� ��通りであるが、言い換えれば、標識被験ゲ� ��ムDNA断片は、本発明に係る標識物質(1)で直� ��またはリンカー等を介して間接的に標識さ� ��たヌクレオチド残基、または本発明に係る� ��識物質(2)で直接またはリンカー等を介して� ��接的に標識されたヌクレオチド残基の何れ� ��一方のヌクレオチド残基を含むものであり� ��また、標識対照ゲノムDNA断片としては、残� ��の一方のヌクレオチド残基を含むものであ� ��。
 なかでも、これら標識被験ゲノムDNA断片お� ��び標識対照ゲノムDNA断片としては、本発明� ��係る標識物質(1)または(2)でリンカー等を介� ��て間接的に標識されたヌクレオチド残基を� ��むものが好ましい。
 より具体的には、標識被験ゲノムDNA断片と� ��ては、下記一般式(3)で示されるヌクレオチ� ��残基または一般式(4)で示されるヌクレオチ� ��残基の何れか一方のヌクレオチド残基を含� ��ものが好ましく、また、標識対照ゲノムDNA� ��片としては、残りの一方のヌクレオチド残� ��を含むものが好ましい。

〔式中、Q1はヌクレオチド残基を表し、V1� �リンカーを表し、W1は下記一般式(1')を表す� �

(式中、Z ¹ はV1と結合する結合手を、R ¹³ 'はアルキル基を表し、R ¹ ~R ¹² およびR ¹⁴ は前記と同じ。)〕、

〔式中、Q2はヌクレオチド残基を表し、V2� �リンカーを表し、W2は下記一般式(2')を表す� �

(式中、Z ² はV2と結合する結合手を、R ³³ 'はアルキル基を表し、R ²¹ ~R ³² およびR ³⁴ は前記と同じ。)〕。

 一般式(3)および(4)においてQ1およびQ2で示さ れるヌクレオチド残基としては、例えばリボ ヌクレオチド残基、2’-デオキシリボヌクレ� ��チド残基、3’-デオキシリボヌクレオチド� �基、5’-デオキシリボヌクレオチド残基、2� �、3’-ジデオキシリボヌクレオチド残基等が 挙げられる。
 具体的には、このようなヌクレオチド残基� ��しては、例えば一般式(i)、(ii)、(v)、(vi)、(v ii)、(viii)、(xii)および(xiii)で示されるプリン� ��クレオチド残基、または一般式(iii)、(iv)、( x)および(xi)で示されるピリミジンヌクレオチ ド残基が挙げられる。

 上記一般式において、Z ³ はV1またはV2と結合する結合手を、R ⁵¹ およびR ⁵² はそれぞれ独立してH、OHまたはO-を表し、R ⁵³ は-PO ₂ H-、-PO ₃ H ₂ 、-P ₂ O ₆ H ₃ 、-P ₃ O ₉ H ₄ またはその塩を表す。尚、塩の具体例として は、例えばナトリウム塩、カリウム塩、リチ ウム塩等のアルカリ金属塩、例えばアンモニ ウム塩、トリエチルアンモニウム塩、ピリジ ン塩等の有機アミン塩等が挙げられる。
 尚、R ⁵¹ とR ⁵² は、R ⁵¹ がHでありR ⁵² がOHまたはO-の組合せ、R ⁵¹ およびR ⁵² がともにHの組合せ、R ⁵¹ がOHでありR ⁵² がH、OHまたはO-の組合せ、が好ましく、R ⁵¹ がHでありR ⁵² がOHまたはO-の組合せがより好ましい。
 また、R ⁵³ は-PO ₂ H-または-PO ₃ H ₂ が好ましい。
 尚、一般式(3)および(4)のヌクレオチド残基� ��、後述する標識モノヌクレオチドを用いて� ��素的にDNA断片を標識する方法で使用するた� ��の標識モノヌクレオチドとして使用する場� ��には、Q1およびQ2で示されるヌクレオチド残 基は一般式(i)~(vi)から選ばれるものが好まし� ��。また、一般式(i)~(vi)のR ⁵¹ とR ⁵² は、R ⁵¹ がHでありR ⁵² がOHの組合せ、R ⁵¹ およびR ⁵² がともにOHの組合せが好ましく、R ⁵¹ がHでありR ⁵² がOHの組合せがより好ましい。更に、R ⁵³ は-P ₃ O ₉ H ₄ が好ましい。

 一般式(3)および(4)においてV1およびV2で示さ れるリンカーは、Q1およびQ2で示されるヌク� �オチド残基と、W1〔一般式(1')〕およびW2〔一 般式(2')〕で示される蛍光標識とを結合する� �めのリンカーである。
 即ち、当該リンカーの一方の末端が、前述� ��たQ1およびQ2で示されるヌクレオチド残基の うち、ピリミジンヌクレオチド残基について はそのピリミジン環の5位〔一般式(iii)、(iv)� �場合〕またはそのりん酸残基のりん原子〔� �般式(x)、(xi)の場合〕に結合し、また、プリ� ��ヌクレオチド残基についてはその7-デアザ� �リン環の7位〔一般式(i)、(ii)、(v)、(vi)の場� �〕またはそのプリン環(又は7-デアザプリン� �)のりん酸残基のりん原子〔一般式(vii)、(viii )、(ix)、(xii)、(xiii)の場合〕に結合している� �
 更に、当該リンカーの他方の末端が、W1〔� �般式(1')〕およびW2〔一般式(2')〕で示される� ��識物質のカルボニル基〔一般式(1')における R ¹³ 'に結合するカルボニル基、一般式(2')におけ� ��R ³³ 'に結合するカルボニル基〕に結合している� �

 このようなリンカーとしては、W1〔一般式(1 ')〕およびW2〔一般式(2')〕で示される標識物� ��のカルボニル基〔一般式(1')におけるR ¹³ 'に結合するカルボニル基、一般式(2')におけ� ��R ³³ 'に結合するカルボニル基〕とQ1およびQ2で示� ��れるヌクレオチド残基とを結合し得るもの� ��あれば全て使用でき、具体的には、下記一� ��式(A)で示される構造のリンカーが挙げられ� ��。

 式中、E、X、TおよびYは前記と同じであり 、また、これらの具体例、好ましい例等も前 述の通りである。

 従って、一般式(3)および一般式(4)で示さ� ��るヌクレオチド残基としては、それぞれ下� ��一般式(3')および(4')で示されるものが好ま� �く、下記一般式(3”)および(4”)で示される� �のがより好ましい。

(式中、E1およびE2はそれぞれ独立して-CH=CH-ま たは-C≡C-を表し、X1、X2、Y1およびY2はそれぞ れ独立してアルキレン基を表し、T1およびT2� �それぞれ独立して-O-または-NH-CO-を表す。ま� ��、Q1、Q2、W1およびY2は前記と同じ。)
 尚、上記において、X1およびX2で示されるア ルキレン基は前述のXで示されるアルキレン� �と同じであり、その具体例、好ましい例等� �同様である。また、Y1およびY2で示されるア� ��キレン基は前述のYで示されるアルキレン基 と同じであり、その具体例、好ましい例等も 同様である。

(式中、nは1~10、好ましくは1~6、より好まし くは1~4の整数を、mは1~10、好ましくは2~8、よ� ��好ましくは2~4の整数を表す。また、Q1、Q2、 W1、Y2、E1、E2、T1およびT2は前記と同じ。)

 一般式(1')および(2')においてR ¹³ 'およびR ³³ 'で示されるアルキル基としては、通常炭素� �1~9、好ましくは1~5のアルキル基である。こ� �ようなアルキル基としては、直鎖状、分枝� �或いは環状の何れでもよく、例えばメチル� �、エチル基、n-プロピル基、イソプロピル基 、n-ブチル基、イソブチル基、sec-ブチル基、 tert-ブチル基、n-ペンチル基、イソペンチル� �、sec-ペンチル基、tert-ペンチル基、ネオペ� �チル基、n-ヘキシル基、イソヘキシル基、sec -ヘキシル基、tert-ヘキシル基、ネオヘキシル 基、シクロプロピル基、シクロブチル基、シ クロペンチル基、シクロヘキシル基等が挙げ られる。なかでも直鎖状のものが好ましい。
 また、R ¹ ~R ¹² 、R ¹⁴ 、R ²¹ ~R ³² およびR ³⁴ は前記と同じであり、その具体例、好ましい 例等も前記した通りである。

 このようなW1〔一般式(1')〕およびW2〔一� �式(2')〕で示される標識物質としては、前記� ��た如き本発明に係る標識物質(1)〔一般式(1)� ��および標識物質(2)〔一般式(2)〕にそれぞれ� ��来するものであり、これらの好ましい具体� ��も前記した如き本発明に係る標識物質(1)お� ��び標識物質(2)と同様である。

 上記した如き被験ゲノムDNA断片および対照� ��ノムDNA断片を本発明に係る標識物質(1)また� ��(2)で標識する方法としては、最終的に、本� ��明に係る標識物質(1)で直接またはリンカー� ��を介して間接的に標識されたヌクレオチド� ��基、または本発明に係る標識物質(2)で直接� ��たはリンカー等を介して間接的に標識され� ��ヌクレオチド残基の何れか一方のヌクレオ� ��ド残基を含む被験ゲノムDNA断片、および残� ��の一方のヌクレオチド残基を含む対照ゲノ� ��DNA断片を得ることができるものであれば全� ��使用できる。
 このような標識方法としては、自体公知の� ��接標識法や間接標識法〔例えばWO96/17628号パ ンフレット(特開2002-12782号公報)、米国特許第 6974873号、特開2002-193991号公報、WO99/12544号パ� �フレット、特開平11-80189号公報等に記載され た方法等〕が挙げられる。
 また、(1)標識物質が結合した標識モノヌク� ��オチドを用いて酵素的にDNA断片を標識する� ��法〔例えばプライマーエクステンション法( ランダムプライマー法、プライマー法等)、� �ックトランスレーション法、末端付加反応� �(ターミナルデオキシトランスフェラーゼ法� ��)、PCR法、Degenerate Oligonucleotide Primer PCR (DO P-PCR)法等〕等、(2)標識物質が結合した標識オ リゴヌクレオチドをプライマーとして用いて 酵素的にDNA断片を標識する方法〔例えばプラ イマーエクステンション法(ランダムプライ� �ー法、プライマー法等)、PCR法、Degenerate Olig onucleotide Primer PCR (DOP-PCR)法等〕、および(3)� ��識物質が結合した標識オリゴ又はポリヌク� ��オチドを酵素的にDNA断片に結合させて標識� ��る方法〔末端付加反応法(ライゲーション法 )等〕を使用することもできる。
 更に、DNA断片に反応性基(例えばアミノアリ ル基、スルフヒドリル基等)を導入した後に� �の反応性基と標識物質とを結合させる方法� �、DNA断片に生理活性物質〔例えばビオチン� �DIG(ジゴシキゲニン)、糖鎖等〕を導入した後 に、当該生理活性物質に標識物質が結合した 当該生理活性物質と結合し得る物質(例えば� �ビジン、特異的抗体、レクチン等)を結合さ� ��る方法等によって標識を行なっても良い。
 尚、上記した方法は、例えばWO93/018186号パ� �フレット(特表平07-505053号公報)、特開2006-1158 44号公報、特開2005-304481号公報、特開2006-94726� ��公報、特開平11-258233号公報、特許2595201、nuc leic Acids Research vol 14 number 19 1986年 p7617� �に記載されている。
 また、被験ゲノムDNA断片および対照ゲノムD NA断片を本発明に係る標識物質(1)または(2)で� ��識するに際しては、本発明に係る標識物質( 1)および(2)を用いる以外は、上記した如き標� ��法に基づく市販の標識キットを使用すれば� ��り簡便である。

 上記した標識方法のなかでも、標識モノヌ� ��レオチドを用いて酵素的にDNA断片を標識す� ��方法が好ましく、ランダムプライマー法、� ��ックトランスレーション法、末端付加反応� ��がより好ましい。
 尚、本発明において、これらの方法を利用� ��るには、本発明に係る標識物質(1)が結合し� ��標識モノヌクレオチドおよび本発明に係る� ��識物質(2)が結合した標識モノヌクレオチド� ��必要であるが、これら標識ヌクレオチドは� ��体公知の方法(例えば上記の標識方法等)に� �り調製することができる。
 具体的には、例えば特開2002-193991号公報([010 2]~[0121]段落)に記載の方法に準じて、例えば� �下のように調製することができる。

 即ち、例えば下記一般式(a)で示されるヌ� ��レオチド誘導体と下記一般式(b)で示される� ��発明に係る標識物質(1)または(2)のスクシン� ��ミジルエステル体とを反応させることによ� ��容易に得られる。

(式中、QはQ1またはQ2を示す。Q1、Q2、E、X、 TおよびYは前記と同じ。)

(式中、WはW1またはW2を示し、Suはスクシン� ��ミド基を示す。W1およびW2は前記と同じ。)

 また、前述した如き一般式で示されるリ� ��カー部分のT(即ち、T1およびT2)が-NH-CO-であ� �場合には、例えば以下のように調製するこ� �もできる。

 即ち、例えば、先ず下記一般式(c)で示さ� ��るリンカーの一部分(部分リンカーA)を導入� ��、更に残りのリンカー部分(部分リンカーB)� ��スクシンイミジルエステル体とを反応させ� ��、リンカーが導入された下記一般式(d)で示� ��れるヌクレオチド誘導体を調製する。更に� ��この下記一般式(d)で示されるヌクレオチド� ��導体と下記一般式(e)で示される本発明に係� ��標識物質(1)または(2)のスクシンイミジルエ� ��テル体とを反応させることにより容易に得� ��れる。

(式中、EおよびXは前記と同じ。)

(式中、Q、E、XおよびYは前記と同じ。)

(式中、WおよびSuは前記と同じ。)

 より具体的には、上記した如き本発明に� ��る標識物質(1)または標識物質(2)が結合した� ��識モノヌクレオチドのうち、蛍光標識2'-デ� ��キシシチジン-5'-トリホスフェート誘導体お よび蛍光標識2'-デオキシウリジン-5'-トリホ� �フェート誘導体は、例えば以下の如き合成� �路に準じて合成することができる。

 尚、下記合成経路において使用される略称� ��式名は下記の通りである。
・MeOTfa:トリフルオロ酢酸メチル
・-Tfa:トリフルオロアセチル基
・Bu ₃ SnH:水素化トリ(n-ブチル)すず
・AIBN:アゾイソブチロニトリル
・Et ₃ N:トリエチルアミン
・HO-Su:N-ヒドロキシこはく酸イミド
・DMF:N,N-ジメチルホルムアミド
・TMS-Acetamide:N,O-ビス(トリメチルシリル)アセ� ��アミド
・PdCl ₂ (CH ₃ CN) ₂ :ビス(アセトニトリル)ジクロロパラジウム(II )
・tris(TBAPP):トリス(トリ-n-ブチルアンモニウ� �)ピロホスフェート
・(EtO) ₃ PO:りん酸トリエチル
・TFP:トリ-2-フリルホスフィン
・Pd ₂ (dba) ₃ :トリス(ジベンジリデンアセトン)ジパラジウ ム(0)

 (1)部分リンカーAの合成。
 尚、この化合物は、上記一般式(A)で示され� ��リンカー(-E-X-T-Y-NH-)において、Tが-NH-CO-であ る場合の、-E-X-NH-に相当する化合物であって� ��Eが-CH=CH-およびXがメチレン基である化合物� ��ある。

 (2)部分リンカーBの合成。
 尚、この化合物は、上記一般式(A)で示され� ��リンカー(-E-X-T-Y-NH-)において、Tが-NH-CO-であ る場合の、-CO-Y-NH-に相当する化合物であって 、Yがペンタメチレン基である化合物である� �

 (3)2'-デオキシシチジン-5'-トリホスフェート 誘導体〔一般式(d)の化合物〕の合成。
 尚、この化合物は、一般式(3')(Q1-E1-X1-T1-Y1-NH -W1)のQ1-E1-X1-T1-Y1-NH-または一般式(4')(Q2-E2-X2-T2- Y2-NH-W2)のQ2-E2-X2-T2-Y2-NH-に相当する化合物であ って、Q1又はQ2が2'-デオキシシチジン、E1又は E2が-CH=CH-、X1又はX2がメチレン基、T1又はT2が- NH-CO-、Y1又はY2がペンタメチレン基である化� �物である。

 (4)蛍光標識2'-デオキシシチジン-5'-トリホス フェート誘導体〔本発明に係る標識物質(1)ま たは(2)で標識されたモノヌクレオチド〕の合 成。
 尚、当該化合物は、一般式(3')(Q1-E1-X1-T1-Y1-NH -W1)または一般式(4')(Q2-E2-X2-T2-Y2-NH-W2)における Q1及びQ2が2'-デオキシシチジン、E1及びE2が-CH= CH-、X1及びX2がメチレン基、T1及びT2が-NH-CO-、 Y1及びY2がペンタメチレン基であって、W1とW2� ��一方が下記化合物(12a)、残りの一方が下記� �合物(12b)である化合物である。

 (3)2'-デオキシウリジン-5'-トリホスフェート 誘導体〔一般式(d)の化合物〕の合成。
 尚、この化合物は、一般式(3')(Q1-E1-X1-T1-Y1-NH -W1)のQ1-E1-X1-T1-Y1-NH-または一般式(4')(Q2-E2-X2-T2- Y2-NH-W2)のQ2-E2-X2-T2-Y2-NH-に相当する化合物であ って、Q1又はQ2が2'-デオキシウリジン、E1又は E2が-CH=CH-、X1又はX2がメチレン基、T1又はT2が- NH-CO-、Y1又はY2がペンタメチレン基である化� �物である。

 (6)蛍光標識2'-デオキシウリジン-5'-トリホス フェート誘導体〔本発明に係る標識物質(1)ま たは(2)で標識されたモノヌクレオチド〕の合 成。
 尚、当該化合物は、一般式(3')(Q1-E1-X1-T1-Y1-NH -W1)または一般式(4')(Q2-E2-X2-T2-Y2-NH-W2)における Q1及びQ2が2'-デオキシウリジン、E1及びE2が-CH= CH-、X1及びX2がメチレン基、T1及びT2が-NH-CO-、 Y1及びY2がペンタメチレン基であって、W1とW2� ��一方が下記化合物(12a)、残りの一方が下記� �合物(12b)である化合物である。

 尚、上記以外の標識ヌクレオチドについ� ��も同様に、対応する原料を用いて上記に準� ��て適宜合成することができる。

 標識物質が結合した標識モノヌクレオチド� ��用いて酵素的にDNA断片を標識する方法を利� ��する場合には、上記した如き、本発明に係� ��標識物質(1)が結合した標識モノヌクレオチ� ��および本発明に係る標識物質(2)が結合した� ��識モノヌクレオチドを用いる以外は、これ� ��の方法で使用される酵素類や試薬類は全て� ��用可能であり、例えば以下のようなものが� ��げられる。
 (a)ランダムプライマー法の場合:
 i)ランダムプライマー法用のプライマー(ラ� ��ダムな塩基配列を持つプライマー)、ii) dATP 、dGTP、dCTPおよびdTTP(又はdUTP)から選ばれる上 記した如き標識モノヌクレオチド以外の少な くとも3種、好ましくはdATP、dGTP、dCTP、dTTP又� ��/及びdUTP、iii) DNA Polymerase(例えばKlenow Fragm ent、phi 29 DNA Polymerase、Bca BEST DNA Polymerase� ��)、好ましくはKlenow Fragment、iv)要すれば反� �緩衝液、反応停止液等。
 (b)プライマー法の場合:
 i)プライマー法用のプライマー(特定の塩基� ��列を持つプライマー)、ii) dATP、dGTP、dCTPお� ��びdTTP(又はdUTP)から選ばれる上記した如き標 識モノヌクレオチド以外の少なくとも3種、� �ましくはdATP、dGTP、dCTP、dTTP又は/及びdUTP、ii i) DNA Polymerase(例えばKlenow Fragment、phi 29 DNA  Polymerase、Bca BEST DNA Polymerase等)、好ましく はKlenow Fragment、iv)要すれば反応緩衝液、反� �停止液等。
 (c)ニックトランスレーション法の場合:
 i) dATP、dGTP、dCTPおよびdTTP(又はdUTP)から選� �れる上記した如き標識モノヌクレオチド以� �の少なくとも3種、好ましくはdATP、dGTP、dCTP� ��dTTP又は/及びdUTP、ii) DNase IおよびDNA Polymer ase I、iii)要すれば反応緩衝液、反応停止液� �。
 (d)末端付加反応法(ターミナルデオキシトラ ンスフェラーゼを用いた方法)の場合:
 i)ターミナルデオキシトランスフェラーゼ� �ii)要すればdATP、dGTP、dCTPおよびdTTP(又はdUTP)� ��ら選ばれる上記した如き標識モノヌクレオ� ��ド以外の少なくとも3種、好ましくはdATP、dG TP、dCTP、dTTP又は/及びdUTP、iii)更に要すれば� �応緩衝液等。
 (e)PCR法の場合:
 i) PCR法用のプライマー(特定の塩基配列を� �つプライマー)、ii) dATP、dGTP、dCTPおよびdTTP( 又はdUTP)から選ばれる上記した如き標識モノ� ��クレオチド以外の少なくとも3種、好ましく はdATP、dGTP、dCTP、dTTP又は/及びdUTP、iii)耐熱� �DNA Polymerase、iv)要すれば反応緩衝液等。
 (f)DOP-PCR法の場合:
 i)DOP-PCR法用のプライマー(ランダムな塩基配 列を持つプライマー)、ii) dATP、dGTP、dCTPおよ びdTTP(又はdUTP)から選ばれる上記した如き標� �モノヌクレオチド以外の少なくとも3種、好� ��しくはdATP、dGTP、dCTP、dTTP又は/及びdUTP、iii)  耐熱性DNA Polymerase、iv)要すれば反応緩衝液� ��。

 また、標識物質が結合した標識オリゴヌク� ��オチドをプライマーとして用いて酵素的にD NA断片を標識する方法を利用する場合には、� ��記した如き、本発明に係る標識物質(1)が結� ��した標識ヌクレオチド残基を含むオリゴヌ� ��レオチド(プライマー)および本発明に係る� �識物質(2)が結合した標識ヌクレオチド残基� �含むオリゴヌクレオチド(プライマー)を用い る以外は、これらの方法で使用される酵素類 や試薬類は全て使用可能であり、例えば以下 のようなものが挙げられる。
 尚、このようなプライマーとしては、例え� ��ランダムプライマー法の場合はランダムな� ��基配列を持つプライマー(ランダムプライマ ー法用のプライマー)であり、プライマー法� �場合は特定の塩基配列を持つプライマー(プ� ��イマー法用のプライマー)である。また、PCR 法の場合は特定の塩基配列を持つプライマー (PCR法用プライマー)であり、DOP-PCR法の場合は ランダムな塩基配列を持つプライマー(DOP-PCR� ��用のプライマー)である。
 (a)ランダムプライマー法の場合:
 i) dATP、dGTP、dCTP、dTTP又は/及びdUTP、ii) DNA� �Polymerase(例えばKlenow Fragment、phi 29 DNA Polyme rase、Bca BEST DNA Polymerase等)、好ましくはKleno w Fragment、iii)要すれば反応緩衝液、反応停止 液等。
 (b)プライマー法の場合:
 i) dATP、dGTP、dCTP、dTTP又は/及びdUTP、ii) DNA� �Polymerase(例えばKlenow Fragment、phi 29 DNA Polyme rase、Bca BEST DNA Polymerase等)、好ましくはKleno w Fragment、iii)要すれば反応緩衝液、反応停止 液等。
 (c)PCR法の場合:
 i) dATP、dGTP、dCTP、dTTP又は/及びdUTP、ii)耐熱 性DNA Polymerase、iii)要すれば反応緩衝液等。
 (d)DOP-PCR法の場合:
 i) dATP、dGTP、dCTP、dTTP又は/及びdUTP、ii) 耐� ��性DNA Polymerase、iii)要すれば反応緩衝液等。

 更に、標識物質が結合した標識オリゴ又は� ��リヌクレオチドを酵素的にDNA断片に結合さ� ��て標識する方法を利用する場合には、上記� ��た如き、本発明に係る標識物質(1)が結合し� ��標識ヌクレオチド残基を含むオリゴ又はポ� ��ヌクレオチドおよび本発明に係る標識物質( 2)が結合した標識ヌクレオチド残基を含むオ� ��ゴ又はポリヌクレオチドを用いる以外は、� ��れらの方法で使用される酵素類や試薬類は� ��て使用可能であり、例えば以下のようなも� ��が挙げられる。
 (a)ライゲーション法の場合:
 i)リガーゼ、ii) ATP、iii)要すれば反応緩衝� �、反応停止液等。

 尚、上記のようにして被験ゲノムDNA断片� ��よび対照ゲノムDNA断片を標識した後、自体� ��知の精製方法(例えばエタノール沈澱法等)� �より遊離の標識物質(または遊離の標識モノ� ��クレオチド)を除去するのが好ましい。また 、得られた標識被験ゲノムDNA断片および標識 対照ゲノムDNA断片を後述するハイブリゼーシ ョン工程に使用するに際しては、これらゲノ ムDNA断片中に存在する非特異的な繰り返し配 列をブロックするためにCot-1 DNA等で処理し� �おくのが好ましい。尚、得られた標識被験� �ノムDNA断片および標識対照ゲノムDNA断片が� �本鎖DNAである場合には、加熱処理等により� �本鎖化した後にハイブリダイゼーション工� �に供するのが一般的である。

 (4)標本核酸
 本発明において、「標本核酸」とは、前述� ��た如き被験ゲノムDNA断片と対照ゲノムDNA断� ��との違い(即ち、被験ゲノムDNAのコピー数異 常)を検出するための核酸配列を含むもので� �る。
 即ち、「標本核酸」は、検査対象となる(コ ピー数異常或いは染色体異常を検出・調査し たい)細胞(生物)の全ゲノム(全染色体に実質� �に相当するゲノム)に相当する核酸配列また� ��上記のような違い(コピー数異常)を検出し� �うとする特定のゲノム〔特定の染色体、染� �体の特定領域(特定部位)または特定の遺伝子 等に対応するゲノム〕に相当する核酸配列を 含むものであればよい。
 このような「標本核酸」としては、例えば� ��染色体、特定の染色体、これらの特定領域� ��ゲノムDNA断片(例えば全染色体に実質的に相 当するDNA配列を有するもの等)、ゲノムDNA断� �の一部(例えば特定の染色体や染色体の特定� ��域に実質的に相当するDNA配列を有するもの� ��特定の遺伝子に対応するDNA配列を有するも� ��等)、mRNA(全部または一部)、cDNA(全部または� ��部、これらの増幅産物)等が挙げられる。
 具体的には、染色体(全染色体、特定の染色 体、これらの特定領域)としては、通常正常� �ンパ球のメタフェーズ(分裂中期染色体)また はその一部が使用されるが、これに限定され るものではない。
 また、ゲノムDNA断片としては、細胞または� ��胞集団等から自体公知の方法により抽出さ� ��たゲノムDNA断片、クローニングされたゲノ� ��DNA断片、これらゲノムDNA断片の一部等が挙� ��られ、これらゲノムDNA断片の特定領域の配� ��を有する合成オリゴDNAフラグメント、これ� ��ゲノムDNA断片を制限酵素により断片化或い� ��化学的に断片化したDNAフラグメント、これ� ��を増幅した増幅産物等も使用可能である。
 上記において、クローニングされたゲノムD NA断片とは、適当なベクターにクローニング� ��れたゲノムDNA断片を意味し、例えばBAC(Bacter ial Artificial Chromosome)、YAC(Yeast Artificial Chromo some)、PAC(P1-derived Artificial chromosome)、HAC(Human� �Artificial Chromosome)、MAC(Mammalian Artificial Chromo some)、TAC(Transformation competent Artificial Chromosom e)等の人工染色体にクローニングされたゲノ� ��DNA断片、例えばプラスミドベクター、コス� ��ドベクター、ウイルスベクター等にクロー� ��ングされたゲノムDNA断片等が挙げられる。
 このような標本核酸は、自体公知の抽出法� ��いは市販の抽出キットを使用して調製する� ��とができる。また、市販品を使用すること� ��可能である。

 (5)アレイCGH
 本発明は、上記した標本核酸が定着(固定化 )された基板を用いる、所謂 アレイCGH法に有 効である。
 アレイCGH法は、上記した如き標本核酸を基� ��(例えばスライドグラス、ガラスや金属、樹 脂性の板状チップ、マイクロビーズ、繊維状 担体等)に共有結合や非共有結合等により体� �(固定化)したものを用いてCGH法(解析)を行う� ��法である。
 なかでも、本発明は、前記した如きゲノムD NA断片、ゲノムDNA断片の一部、cDNA等を定着(� �定)させた基板を用いる場合に有効であり、� ��にクローニングされたゲノムDNA断片を定着( 固定)させた基板を用いる場合に有効である� �
 また、クローニングされたゲノムDNA断片を� ��着(固定)させた基板としては、BACにクロー� �ングされたゲノムDNA断片を定着(固定)させた 基板(BACアレイ)を用いるのが好ましい。
 尚、クローニングされたゲノムDNA断片を定� ��(固定)させた基板は、検査対象となる(コピ� ��数異常或いは染色体異常を検出・調査した� ��)細胞(生物)の全ゲノムに全て対応できる個� ��のゲノムDNA断片を含むか、上記のような違� ��(コピー数異常)を検出しようとする染色体� �特定領域(特定部位)または目的遺伝子に対応 するゲノムDNA断片を含むものであればよい。 即ち、複数のDNA断片が組み合わさって総合的 に、実質的に全染色体(または特定の染色体)� ��いは染色体の特定領域に相当するDNA配列を� ��バーするように、これら複数のDNA断片が定� ��(固定化)されたものでも、1または2種以上の 特定の遺伝子(またはmRNA、cDNA等)に対応する1� ��または2種以上のDNA配列を有する核酸断片(DN A断片、RNA断片)が定着(固定化)されたもので� �ってもよい。
 また、これらクローニングされたゲノムDNA� ��片は、染色体上の位置が確認されている(マ ッピングされている)ことが好ましい。

 標本核酸が定着(固定)させた基板は、自体� �知の方法〔例えば特開2006-115844号公報、特開 2005-304481号公報、特開2006-94726号公報、特開200 5-500023号公報、特開2005-525786号公報、特開2005- 304497号公報等に記載された方法等〕等により 製造することができる。
 また、市販品を使用することも可能である� ��例えばMacrogen社製「MacArray」、米国Spectral Ge nomics社製「SpectralChip」、Affymetrix社製「GeneChip 」、GE Healthcare社製「CodeLink」、DNAチップ研� �所製「AceGene」等〕。

 (6)具体的方法
 本発明の方法は、前述した如き原理に基づ� ��CGH法に準じて実施することができる。
 即ち、(a)前述した如き標本核酸に、(b)本発� ��に係る標識物質(1)または標識物質(2)の何れ� ��一方の標識物質で標識された被験ゲノムDNA� ��片と残りの一方の標識物質で標識された対� ��ゲノムDNA断片とを競合的にハイブリダイズ� ��せ(ハイブリダイゼーション工程)、得られ� �蛍光強度を指標として、被験ゲノムDNA中の� �幅または欠失(即ち、被験ゲノムDNAのコピー� ��異常)を検出する(分析工程)。

 上記において、ハイブリダイゼーション工� ��は、標本核酸に標識被験ゲノムDNA断片およ� ��標識対照ゲノムDNA断片とを競合的にハイブ� ��ダイズさせるのもであり、例えば標識被験� ��ノムDNA断片と標識対照ゲノムDNA断片とを含� ��混合液を用いる等して、これら標識被験ゲ� ��ムDNA断片と標識対照ゲノムDNA断片とを同時� ��標本核酸に接触させればよい。
 ここで使用される標識被験ゲノムDNA断片と� ��識対照ゲノムDNA断片との総量は、通常0.001~1 000μg、好ましくは0.01~100μg、より好ましくは1 ~32μgである。
 また、標識被験ゲノムDNA断片と標識対照ゲ� ��ムDNA断片との使用比率は、混合液中の重量� ��として、被験ゲノムDNA1重量に対して対照ゲ ノムDNAの重量が、通常0.01倍~100倍、好ましく� ��0.1倍~10倍、より好ましくは0.5倍~2倍である� �
 ハイブリダイゼーションの温度は通常0℃~95 ℃、好ましくは30℃~70℃、より好ましくは35� �~46℃であり、ハイブリダイゼーションの時� �は通常1~480時間、好ましくは4時間~240時間、� ��り好ましくは24~120時間、更に好ましくは36~7 2時間である。
 また、ハイブリダイゼーションは、ゲノムD NA断片中に存在する非特異的な繰り返し配列� ��ブロックするためにCot-1 DNA等のブロック剤 の存在下(例えば上記混合液中にCot-1 DNA等の� ��ロック剤を共存させて)で行うことが好まし い。また、標識被験ゲノムDNA断片および標識 対照ゲノムDNA断片の基板への非特異的な結合 を防止するためにサケ精子DNAの存在下で行う こともできる。
 尚、非特異的なシグナルをできるだけなく� ��ために、ハイブリダイゼーション後に、得� ��れた標本核酸を適当な洗浄液で洗浄するの� ��好ましい。

 上記ハイブリダイゼーション工程は、「� ��トリンジェントな条件」で行うのが好まし� ��。「ストリンジェントな条件」は、自体公� ��のCGH法において使用される条件から適宜選� ��して設定すればよく、特に限定されないが� ��具体的には例えば「50%ホルムアミド、2×SSC� ��び4%SDS、10%デキストラン硫酸を含むハイブ� �ダイゼーション緩衝液(pH7)中又はこれと同等 のストリンジェントな条件を得られるハイブ リダイゼーション緩衝液中、35~42℃の温度で3 6時間~72時間ハイブリダイゼーションを行い� �50%ホルムアミド含有2×SSC(pH7)、0.1%SDS含有2×SS C(pH7)および0.1% NP-40含有0.1M りん酸緩衝液(pH8 )、又はこれらと同等のストリンジェントな� �件を得られる緩衝液等で必要に応じて予備� �浄を行った後、2×SSC又はこれと同等の塩濃� �の溶液等で洗浄」という条件である。尚、� �似のストリンジェンシー条件を得るために� �程度だが異なるハイブリダイゼーション及� �洗浄条件が利用できることは言うまでもな� �。

 上記において、分析工程は、ハイブリダイ� ��ーション工程を実施した後、標本核酸上の� ��光強度を測定し、得られる蛍光強度を指標� ��して、被験ゲノムDNA中の増幅または欠失(即 ち、被験ゲノムDNAのコピー数異常)を検出す� �ものである。
 標本核酸上の蛍光強度は、例えばレーザー� ��キャナーやCCDカメラ等の画像解析装置によ� ��標本核酸上の蛍光イメージを取得し、取得� ��た蛍光イメージを画像解析ソフト等を使用� ��て求めることができる。
 また、得られた蛍光強度を指標として、被� ��ゲノムDNA中の増幅または欠失(即ち、被験ゲ ノムDNAのコピー数異常)を検出するには、例� �ば得られた蛍光強度から、画像解析ソフト� �を使用して被験ゲノムDNA断片由来の標識物� �と対照ゲノムDNA断片由来の標識物質との蛍� �強度比を求め、これを解析すればよい。
 即ち、対照ゲノムDNA断片由来の標識物質に� ��する被験ゲノムDNA断片由来の標識物質の蛍� ��強度比が高い場合には、標本核酸上の当該� ��分(領域)は、対照ゲノムDNA断片に比較して� �験ゲノムDNA断片とより強くハイブリダイズ� �たことを示し、被験ゲノムDNAにおける、標� �核酸上の当該部分(領域)に相当する領域の増 幅(コピー数の増加)が検出され、逆に、対照� ��ノムDNA断片由来の標識物質に対する被験ゲ� ��ムDNA断片由来の標識物質の蛍光強度比が低� ��場合(或いは被験ゲノムDNA断片由来の標識物 質の蛍光が認められない場合)には、標本核� �上の当該部分(領域)は、被験ゲノムDNA断片に 比較して対照ゲノムDNA断片とより強くハイブ リダイズしたこと(或いは対照ゲノムDNA断片� �みがハイブリダイズしたこと)を示し、被験� ��ノムDNAにおける、標本核酸上の当該部分(領 域)に相当する領域の欠失(コピー数の減少或� ��はコピーされていないこと)が検出される。 尚、上記において蛍光強度比を求めるにあた っては、被験ゲノムDNA断片由来の標識物質の 蛍光強度の平均と対照ゲノムDNA断片由来の標 識物質の蛍光強度の平均〔言い換えれば、本 発明に係る標識物質(1)に由来する蛍光強度の 平均と本発明に係る標識物質(2)に由来する蛍 光強度の平均〕を同じ値に補正した後に、当 該補正値に基づいて蛍光強度比を求めるのが 好ましい。
 尚、本発明においては、上記したような被� ��ゲノムDNA中のコピー数異常(或いは染色体異 常)を判断する工程〔言い換えれば、被験ゲ� �ムDNA中のコピー数異常の有無(または染色体� ��常の有無)或いはコピー数の増加量または減 少量を定量(または半定量)する工程〕や上記� ��た如き標識被験ゲノムDNA断片および標識対� ��ゲノムDNA断片を調製する工程を含んでいて� ��よい。

 本発明の方法は、上記した通りであるが� ��具体的には、例えばWO93/018186号パンフレッ� �(特表平07-505053号公報)、特開2006-115844号公報� ��特開2005-304481号公報、特開2006-94726号公報、� ��開2005-500023号公報、特開2005-525786号公報、特 開2005-304497号公報、特開平11-258233号公報等に� ��載された方法等に準じて実施することがで� ��、これらに記載された試薬類、条件(例えば ハイブリダイゼーション条件等)は全て使用� �きる。

 以下に、本発明方法の一例として、BACア� ��イを用いた場合についてより具体的に述べ� ��。

 (a)標識被験ゲノムDNA断片および標識対照ゲ� ��ムDNA断片の調製
 例えば、前述のようにして細胞または細胞� ��団から抽出した被験ゲノムDNA断片および対� ��ゲノムDNA断片をそれぞれ鋳型として、ラン� ��ムプライマー法を利用して、本発明に係る� ��識物質(1)〔または本発明に係る標識物質(2)� ��で標識された標識被験ゲノムDNA断片および� ��発明に係る用いて標識物質(2)〔または本発� ��に係る標識物質(1)〕で標識された標識対照� ��ノムDNA断片をそれぞれ合成する。これによ� ��、鎖長100~5000bp程度の標識被験ゲノムDNA断片 および標識対照ゲノムDNA断片を得ることがで きる。尚、必要により、自体公知の精製法や 市販の精製キットにより、得られた標識被験 ゲノムDNA断片または標識対照ゲノムDNA断片を 含有する溶液から標識ゲノムDNA断片に取り込 まれなかった標識物質等を除去して、標識ゲ ノムDNA断片を精製する。
 得られた標識被験ゲノムDNA断片および標識� ��照ゲノムDNA断片を含有する溶液に、繰り返� ��配列をブロックするためCot-1 DNA(50~100μg)等� ��加え、これをエタノール沈殿法などによっ� ��沈殿させ、沈殿した精製された標識被験ゲ� ��ムDNA断片、標識対照ゲノムDNA断片およびCot- 1 DNAの混合物をハイブリダイゼーション溶液 〔例えば50%ホルムアミド/2xSSC(2xSSC: 2倍濃度� �標準クエン酸緩衝液)/10%硫酸デキストラン/4%  SDS (SDS: ドデシル硫酸ナトリウム)/100mg/ml � ��母tRNA, pH 7.0等〕に溶解する。標識被験ゲ� �ムDNA断片および標識対照ゲノムDNA断片を溶� �したハイブリダイゼーション溶液を、例え� �70℃で10分間加熱処理して標識被験ゲノムDNA� ��片および標識対照ゲノムDNA断片を一本鎖化� ��、その後37℃で60分間インキュベートするこ とで、標識被験ゲノムDNA断片および標識対照 ゲノムDNA断片中の非特異的な繰り返し配列を Cot-1 DNAでブロックする。

 (b)BACアレイの前処理
 例えば前述のようにして得られたBACアレイ� ��るいは市販のBACアレイにおいては、アレイ� ��に定着(固定化)されている標本核酸(DNA)が一 本鎖である場合はそのままハイブリダイゼー ションに供し、当該標本核酸(DNA)が二本鎖の� ��態であれば、例えば沸騰水中に1分程度加熱 するなどにより二本鎖標本核酸(DNA)を一本鎖� ��した後、これを乾燥させてからハイブリダ� ��ゼーションに供する。
 尚、アレイ担体への標識被験ゲノムDNA断片� ��よび標識対照ゲノムDNA断片中の吸着を抑制� ��るために、サケ精子由来DNA(10mg/ml)を含むハ� ��ブリダイゼーション溶液に30分程度浸漬し� �後、精製水で洗浄し、直ちに乾燥させてお� �とよい。

 (c)ハイブリダイゼーション
 BACアレイ上に定着(固定化)されている標本� �酸(DNA)断片(BAC クローンDNA断片)と、得られ� �標識被験ゲノムDNA断片および標識対照ゲノ� �DNA断片を接触させて、標本核酸(DNA)と標識被 験ゲノムDNA断片および標識対照ゲノムDNA断片 との競合的ハイブリダイゼーション反応を前 述した如き条件下で行う。尚、BACアレイ上の 標本核酸と標識被験ゲノムDNA断片および標識 対照ゲノムDNA断片との接触は、上記のように して得られた標識被験ゲノムDNA断片および標 識対照ゲノムDNA断片を溶解したハイブリダイ ゼーション溶液をBACアレイ上に滴下して行い 、また、滴下後、アレイ上にカバーグラス等 をかけて、湿潤条件下でハイブリダイゼーシ ョンを行う。尚、接触・ハイブリダイゼーシ ョンは、アレイでのハイブリダイゼーション 用の市販装置を用いて行ってもよい。
 ハイブリダイゼーション反応が完了した後� ��得られたBACアレイを洗浄し、特異的な標本� ��酸(DNA)と標識被験ゲノムDNA断片および標識� �照ゲノムDNA断片との結合を残し、非特異的� �ハイブリダイゼーション、あるいは吸着し� �いる標識被験ゲノムDNA断片および標識対照� �ノムDNA断片を標本核酸(DNA)から除く。BACアレ イの洗浄は、例えば46℃に加温した50%ホルム� ��ミド/2xSSC, pH7に15分、0.1%SDS/2xSSC, pH7に30分� �漬し、続いて室温の0.1%NP40/0.1Mりん酸緩衝液,  pH7に15分、2xSSC, pH7に5分浸漬することによ� �行い、洗浄後は得られたBACアレイをエタノ� �ルで濯いで乾燥させるとよい。

 (d)蛍光強度の測定
 BACアレイ上に定着(固定化)されている各標� �核酸(DNA)にハイブリダイズした被験ゲノムDNA 断片由来の蛍光強度(シグナル)と対照ゲノムD NA断片由来の蛍光強度(シグナル)の測定を行� �。蛍光強度は、例えばレーザースキャナー� �CCDカメラ等の画像解析装置により各標本核� �(DNA)の蛍光画像(イメージ)を取得し、取得し� ��蛍光画像(イメージ)を画像解析ソフト等を� �用して求める。

 (e)増幅または欠失の検出
 被験ゲノムDNA中の増幅または欠失(即ち、被 験ゲノムDNAのコピー数異常)の検出は、例え� �画像解析ソフト等を使用して得られた蛍光� �度から被験ゲノムDNA断片由来の標識物質と� �照ゲノムDNA断片由来の標識物質との蛍光強� �比を求め、これを解析して行う。
 即ち、標本核酸(DNA)断片(BAC クローンDNA断� �)に相当するゲノム領域において、被験ゲノ� ��DNA断片を抽出したもとの細胞(例えば異常細 胞等)でコピー数増加(増幅)が生じていれば被 験ゲノムDNA断片が対照ゲノムDNA断片に比べ相 対的に多くハイブリダイズし、一方、被験ゲ ノムDNA断片を抽出したもとの細胞(例えば異� �細胞等)でコピー数減少(欠失)が生じていれ� �、対照ゲノムDNA断片が被験ゲノムDNA断片に� �べ相対的に多くハイブリダイズすることに� �る。従って、BACアレイ上の各標本核酸(DNA断� ��)毎に、被験ゲノムDNA断片由来の蛍光強度(� �グナル)と対照ゲノムDNA断片由来の蛍光強度( シグナル)を比較することにより(即ち、これ� ��の蛍光強度比を算出し、これを解析するこ� ��により)、各標本核酸(DNA断片)に相当するゲ� ��ム領域において、被験ゲノムDNA断片を抽出� ��たもとの細胞(例えば異常細胞等)でコピー� �増加が生じているか、減少しているか、正� �レベルであるのかを判定することができる� �

 (7)本発明のキット
 本発明のキットは、上記した如き本発明の� ��法を実施するために使用されるものである� ��
このようなキットとしては、(i)少なくとも、 被験ゲノムDNA断片および対照ゲノムDNA断片を 標識するために用いられる、本発明の標識物 質(1)で標識されたヌクレオチド残基と本発明 に係る標識物質(2)で標識されたヌクレオチド 残基、好ましくは上記した如き一般式(3)で示 される標識ヌクレオチド残基と一般式(4)で示 される標識ヌクレオチド残基、より好ましく は一般式(3')で示される標識ヌクレオチド残� �と一般式(4')で示される標識ヌクレオチド残� ��を含んでなるものであり、(ii)好ましくは、 更に、前述した如きプライマー、酵素類、試 薬類等から選ばれる少なくとも1種を含んで� �るものである。
 このようなキットとしては、例えば以下の� ��うな構成要件を含むものが挙げられる。
 尚、構成要件の好ましい態様と具体例は前� ��した通りである。

 (a)標識モノヌクレオチドを用いるランダム� ��ライマー法用のキットの場合:
 i)本発明の標識物質(1)で標識されたモノヌ� �レオチドと本発明に係る標識物質(2)で標識� �れたモノヌクレオチド、ii)ランダムプライ� �ー法用のプライマー(ランダムな塩基配列を� ��つプライマー)、iii) dATP、dGTP、dCTPおよびdTT P(又はdUTP)から選ばれる上記した如き標識モ� �ヌクレオチド以外の少なくとも3種、好まし� ��はdATP、dGTP、dCTP、dTTP又は/及びdUTP、iv) DNA  Polymerase(例えばKlenow Fragment、phi 29 DNA Polymer ase、Bca BEST DNA Polymerase等)、好ましくはKlenow  Fragment、v)要すれば反応緩衝液、反応停止液 等。
 (b)標識モノヌクレオチドを用いるプライマ� ��法用のキットの場合:
 i)本発明の標識物質(1)で標識されたモノヌ� �レオチドと本発明に係る標識物質(2)で標識� �れたモノヌクレオチド、ii)プライマー法用� �プライマー(特定の塩基配列を持つプライマ� ��)、iii) dATP、dGTP、dCTPおよびdTTP(又はdUTP)か� �選ばれる上記した如き標識モノヌクレオチ� �以外の少なくとも3種、好ましくはdATP、dGTP� �dCTP、dTTP又は/及びdUTP、iv) DNA Polymerase(例え� ��Klenow Fragment、phi 29 DNA Polymerase、Bca BEST D NA Polymerase等)、好ましくはKlenow Fragment、v)要 すれば反応緩衝液、反応停止液等。
 (c)標識モノヌクレオチドを用いるニックト� ��ンスレーション法用のキットの場合:
 i)本発明の標識物質(1)で標識されたモノヌ� �レオチドと本発明に係る標識物質(2)で標識� �れたモノヌクレオチド、ii) dATP、dGTP、dCTPお よびdTTP(又はdUTP)から選ばれる上記した如き� �識モノヌクレオチド以外の少なくとも3種、� ��ましくはdATP、dGTP、dCTP、dTTP又は/及びdUTP、i ii) DNase IおよびDNA Polymerase I、iv)要すれば� �応緩衝液、反応停止液等。
 (d)標識モノヌクレオチドを用いる末端付加� ��応法(ターミナルデオキシトランスフェラー ゼを用いた方法)の場合:
 i)本発明の標識物質(1)で標識されたモノヌ� �レオチドと本発明に係る標識物質(2)で標識� �れたモノヌクレオチド、ii)ターミナルデオ� �シトランスフェラーゼ、iii)要すればdATP、dGT P、dCTPおよびdTTP(又はdUTP)から選ばれる上記し た如き標識モノヌクレオチド以外の少なくと も3種、好ましくはdATP、dGTP、dCTP、dTTP又は/及 びdUTP、iv)更に要すれば反応緩衝液等。
 (e)標識モノヌクレオチドを用いるPCR法の場� ��:
 i)本発明の標識物質(1)で標識されたモノヌ� �レオチドと本発明に係る標識物質(2)で標識� �れたモノヌクレオチド、ii) PCR法用のプライ マー(特定の塩基配列を持つプライマー)、iii)  dATP、dGTP、dCTPおよびdTTP(又はdUTP)から選ばれ る上記した如き標識モノヌクレオチド以外の 少なくとも3種、好ましくはdATP、dGTP、dCTP、dT TP又は/及びdUTP、iv)耐熱性DNA Polymerase、v)要す れば反応緩衝液等。
 (f)標識モノヌクレオチドを用いるDOP-PCR法の 場合:
 i)本発明の標識物質(1)で標識されたモノヌ� �レオチドと本発明に係る標識物質(2)で標識� �れたモノヌクレオチド、ii)DOP-PCR法用のプラ� ��マー(ランダムな塩基配列を持つプライマー )、iii) dATP、dGTP、dCTPおよびdTTP(又はdUTP)から� ��ばれる上記した如き標識モノヌクレオチド� ��外の少なくとも3種、好ましくはdATP、dGTP、d CTP、dTTP又は/及びdUTP、iv) 耐熱性DNA Polymerase� ��v)要すれば反応緩衝液等。

 (g)標識オリゴヌクレオチドをプライマーと� ��て用いるランダムプライマー法の場合:
 i)本発明に係る標識物質(1)が結合した標識� �クレオチド残基を含むオリゴヌクレオチド(� ��ンダムな塩基配列を持つランダムプライマ� ��法用のプライマー)および本発明に係る標識 物質(2)が結合した標識ヌクレオチド残基を含 むオリゴヌクレオチド(ランダムな塩基配列� �持つランダムプライマー法用のプライマー)� ��ii) dATP、dGTP、dCTP、dTTP又は/及びdUTP、iii) DN A Polymerase(例えばKlenow Fragment、phi 29 DNA Poly merase、Bca BEST DNA Polymerase等)、好ましくはKle now Fragment、iv)要すれば反応緩衝液、反応停� �液等。
 (h)標識オリゴヌクレオチドをプライマーと� ��て用いるプライマー法の場合:
 i)本発明に係る標識物質(1)が結合した標識� �クレオチド残基を含むオリゴヌクレオチド(� ��定な塩基配列を持つプライマー法用のプラ� ��マー)および本発明に係る標識物質(2)が結合 した標識ヌクレオチド残基を含むオリゴヌク レオチド(特定な塩基配列を持つプライマー� �用のプライマー)、ii) dATP、dGTP、dCTP、dTTP又� ��/及びdUTP、iii) DNA Polymerase(例えばKlenow Fragm ent、phi 29 DNA Polymerase、Bca BEST DNA Polymerase� ��)、好ましくはKlenow Fragment、iv)要すれば反� �緩衝液、反応停止液等。
 (i)標識オリゴヌクレオチドをプライマーと� ��て用いるPCR法の場合:
 i)本発明に係る標識物質(1)が結合した標識� �クレオチド残基を含むオリゴヌクレオチド(� ��定な塩基配列を持つPCR法用のプライマー)お よび本発明に係る標識物質(2)が結合した標識 ヌクレオチド残基を含むオリゴヌクレオチド (特定な塩基配列を持つPCR法用のプライマー)� ��ii) dATP、dGTP、dCTP、dTTP又は/及びdUTP、iii)耐� ��性DNA Polymerase、iv)要すれば反応緩衝液等。
 (j)標識オリゴヌクレオチドをプライマーと� ��て用いるDOP-PCR法の場合:
 i)本発明に係る標識物質(1)が結合した標識� �クレオチド残基を含むオリゴヌクレオチド(� ��ンダムな塩基配列を持つDOP-PCR法用のプライ マー)および本発明に係る標識物質(2)が結合� �た標識ヌクレオチド残基を含むオリゴヌク� �オチド(ランダムな塩基配列を持つDOP-PCR法用 のプライマー)、ii) dATP、dGTP、dCTP、dTTP又は/� ��びdUTP、iii) 耐熱性DNA Polymerase、iv)要すれば 反応緩衝液等。

 (k)ライゲーション法用のキットの場合:
 i)本発明に係る標識物質(1)が結合した標識� �クレオチド残基を含むオリゴ又はポリヌク� �オチドおよび本発明に係る標識物質(2)が結� �した標識ヌクレオチド残基を含むオリゴ又� �ポリヌクレオチド、ii)リガーゼ、iii) ATP、iv )要すれば反応緩衝液、反応停止液等。

更に、上記以外の酵素や試薬類を加えて、本 発明のキットとすることもできる。このよう な試薬類としては、例えば以下の如きa)~k)か� ��選ばれる少なくとも1種が挙げられるが、こ れらに限定されない。
 a)DNA断片を標識するための酵素類用の反応� �衝液(例えばマグネシウム塩等の塩類、メル� ��プトエタノールまたはジチオスレイトール� ��を含有するグッド緩衝液等)、
 b)DNA断片を標識するための酵素類の反応を� �止するための反応停止液(例えばキレート剤� ��の反応停止剤を含有する例えば水やグッド� ��衝液等)、
 c)標識モノヌクレオチドや標識ゲノムDNA断� �(被験ゲノムDNA断片、対照ゲノムDNA断片)を精 製するための試薬類、
 d)標本核酸及び標本核酸を定着(固定化)させ るための基板、または標本核酸が定着(固定� �)された基板、
 e)ハイブリダイゼーション用の緩衝液〔例� �ば50%ホルムアミド、2×SSC、4%SDS及び10%デキス トラン硫酸を含む緩衝液(pH7)等〕、
 f)ハイブリダイゼーション時の非特異吸着� �止用の試薬(例えばサケ精巣由来DNA、t-RNA、Co t-1DNA等)、
 g)ハイブリダゼーション後の洗浄液(例えば5 0%ホルムアミド含有2×SSC、0.1%SDS含有2×SSC、0.1 %NP-40含有0.1Mりん酸緩衝液、2×SSC、エタノー� �、イソプロパノール等)、
 h)被験ゲノムDNA断片又は/及び対照ゲノムDNA� ��片を抽出するための抽出用試薬(例えば粉砕 用緩衝液、DNA精製のためのRNase、蛋白除去用� ��プロテアーゼ、フェノール、クロロホルム� ��SDS、β-メルカプトエタノール、精製用のカ� ��ム等)、
 i)被験ゲノムDNA断片又は/及び対照ゲノムDNA� ��片を断片化するための断片化試薬(例えば制 限酵素等)、
 j)例えば抽出、標識、断片化、精製等を行� �た後に、得られた被験ゲノムDNA断片又は/及� ��対照ゲノムDNA断片を確認するための電気泳� ��用試薬(アガロース又はポリアクリルアミド ゲル、ローディング緩衝液、臭化エチジウム 染色用試薬等)、
 k)アルコール沈澱用試薬(例えばエタノール� ��液、イソプロパノール溶液、高分子キャリ� ��ー、酢酸ナトリウム溶液等)等。

また、前述した如き本発明の方法での使用 のための説明書等を含ませておいても良い。 当該「説明書」とは、本発明の方法における 特徴・原理・操作手順等が文章又は図表等に より実質的に記載されている当該キットの取 り扱い説明書、添付文書、或いはパンフレッ ト(リーフレット)等を意味する。

 以下に合成例、実施例等を挙げて、本発� ��を更に具体的に説明するが、本発明はこれ� ��により何等限定されるものではない。