La présente invention concerne le domaine de la microbiologie. Plus précisément, l'invention concerne la caractérisation d'une population d'au moins un microorganisme en utilisant la spectrométrie de masse, et en particulier, la spectrométire de masse utilisant une technique d'ionisation MALDI (pour Matrix Assisted Laser Desorption Ionization)

La technique MALDI associée à un analyseur de masse de type temps de vol, dit TOF (pour Time of Flight), est utilisée depuis quelques années pour réaliser une identification rapide de microorganismes, au moins au niveau de l'espèce. Différents systèmes adaptés à une telle caractérisation sont commercialisés par la demanderesse, et également par les sociétés Bruker Daltonics, ASTA et Bioyang.

L'identification d'un microorganisme est réalisée à partir du spectre de masse MALDI- TOF des protéines les plus abondantes dans le microorganisme, par comparaison avec des données de référence permettant l'identification du genre et le plus souvent de l'espèce du microorganisme. En routine, le protocole mis en œuvre comprend le dépôt d'au moins une portion de colonie du microorganisme sur une plaque d'analyse, l'ajout d'une matrice adaptée à la technique MALDI, l'acquisition du spectre de masse et l'identification de l'espèce par comparaison avec des données de référence stockées dans une base de données (Welker M, Moore ER. Syst. Appl. Microbiol. 2011 Feb;34(l):2-ll, Applications of Whole-Cell Matrix- Assisted Laser-Desorption/lonization Time-Of-FHght Mass Spectrometry in Systematic Microbiology).

La technique MALDI-TOF a également été utilisée pour détecter la résistance d'un microorganisme à un antibiotique. Ainsi, des procédés de détection de la résistance en MALDI- TOF, après mise en contact avec un antibiotique avec ou sans culture, sont connues.

La demanderesse a proposé de fonctionnaliser la surface d'analyse par dépôt préalable de l'agent antimicrobien, ledit agent microbien étant séché après son dépôt. La surface d'analyse, dénommée cible également, peut ainsi comporter un ensemble de zones fonctionnalisées prêtes à recevoir un échantillon contenant potentiellement des microorganismes pour caractériser sa résistance. Cette fonctionnalisation permet de simplifier le mode opératoire de façon avantageuse pour l'utilisateur. Les cibles fonctionnalisées peuvent être préparées à l'avance, par exemple en usine, de façon à disposer d'un consommable prêt à l'emploi. L'échantillon contenant au moins un microorganisme est ensuite simplement déposé sous forme liquide sur l'une des zones fonctionnalisées, incubé, séché et analysé par MALDI-TOF.

Des méthodes de détection de mécanismes de résistance par MALDI-TOF de tout type d'antibiotique sont également connus après mise en culture des microorganismes en présence de l'antibiotique. Ces procédés mesurent, une altération du paterne protéique bactérien, ou une augmentation de la biomasse bactérienne au cours de la culture lorsque le germe est résistant à l'antibiotique. Plus particulièrement, l'augmentation de biomasse peut être déterminée par comparaison de spectres de masse obtenus après croissance avec et sans antibiotique, l'une des conditions de croissance ayant été effectuée en milieu de culture avec isotopes lourds ou encore, par comparaison du signal des pics caractéristiques du microorganisme à analyser par rapport à une substance de référence ajoutée sous forme dosée. Cette dernière méthode est utilisée dans le procédé MBT-ASTRA décrit par Sparbier et al. (Sparbier et al., 2016, Methods, 104 : 48-54, MBT-ASTRA : a suitable tool for fast antibiotic susceptibility testing ?). En pratique, 200pl de microorganismes à 0,5 McFarland sont cultivés à 37°C avec ou sans antibiotique durant un temps prédéterminé. Après incubation, les cellules sont culotées par centrifugation et lavées successivement avec 150pl d'eau pure puis lOOpl d'éthanol 70%. Elles sont ensuite lysées avec lOpl d'acide formique à 70% puis lOpl d'acétonitrile pur contenant la substance de référence. La solution de cellules lysées est déposée sur la plaque d'analyse MALDI-TOF pour acquérir un spectre de masse et comparer l'intensité des pics des protéines du microorganisme à celui de la substance de référence. Un algorithme permet finalement de classer le microorganisme comme résistant ou sensible à l'antibiotique en fonction d'un certain seuil.

Idelevich et al. ont récemment simplifié ce procédé en réalisant l'incubation de la solution de microorganismes avec ou sans antibiotique directement sur la cible. Le nouveau procédé a été dénommé DOT-MGA pour direct-on-target microdroplet growth assay (Idelevich et al., Clin Microbiol Infect. 2018 Jul;24(7):738-743, Rapid Detection of Antibiotic Resistance by MALDI-TOF Mass Spectrometry Using a Novel Direct-On-Target Microdroplet Growth Assay). Il présente néanmoins plusieurs désavantages rédhibitoires, notamment la nécessité d'incuber une goutte de liquide ne devant pas sécher et la nécessité d'éliminer l'excès de liquide par buvardage. L'étape d'incubation de l'échantillon, comportant éventuellement des microorganismes avec ou sans antibiotique, doit impérativement être réalisée en milieu liquide en maîtrisant la composition du milieu. Cette incubation peut durer plusieurs heures. Or une goutte de quelques microlitres sèche d'autant plus rapidement à l'air libre que la température est élevée et que l'air est sec. Lorsque la goutte sèche, la composition du milieu liquide change : la concentration en sels et en nutriments augmente et peut finir par inhiber la croissance du microorganisme à caractériser. Un isolat résistant pourrait ainsi ne pas pousser et donner l'illusion que le microorganisme est sensible à l'antibiotique testé. Il est donc impératif de réaliser l'incubation sous atmosphère humide, et si possible sous atmosphère saturée en humidité, pour limiter au maximum l'évaporation.

La société Bruker a tenté de résoudre cette difficulté en proposant une chambre humide, conservant l'humidité par déliquescence d'une substance appropriée (WO 2019/011746 A2). Néanmoins, maintenir une atmosphère humide présente l'inconvénient de favoriser le développement de moisissures sporulantes qui vont contaminer l'air et toutes les surfaces de la chambre humide ou de l'étuve. Les spores ainsi formées vont contaminer les gouttes pendant leur incubation et fausser le résultat de l'analyse, soit en perturbant la croissance des microorganismes à caractériser, soit en contribuant à l'apparition de pics artefactuels sur le spectre de masse.

L'étape de buvardage de la goutte de liquide présente sur la cible à l'issue de l'étape d'incubation est également une opération délicate. Elle demande une grande application pour ne pas contaminer deux puits adjacents, généralement très proches. Le buvard ne doit pas toucher la surface pour ne pas risquer de retirer pargrattage ou essuyage les microorganismes pouvant s'y trouver. Faute de quoi, le buvard peut entrainer une partie des microorganismes, ce qui fausse l'analyse quantitative de leur taux de croissance. De plus, le buvard peut être contaminé par des microorganismes pathogènes. Il doit donc être manipulé et éliminé comme potentiellement souillé par des microorganismes infectieux, ce qui est potentiellement dangereux pour la sécurité des opérateurs.

Par ailleurs, l'étape de buvardage est actuellement réalisée à la main, sa reproductibilité est donc insuffisante d'un opérateur à l'autre pour généraliser son utilisation en routine dans les laboratoires cliniques. En outre, en cas d'automatisation, les buvards potentiellement infectieux peuvent contaminer le robot, en laissant tomber des gouttelettes ou si leur décharge crée des aérosols. La société Bruker a tâché de résoudre ces difficultés en proposant un procédé d'extraction utilisant un matériaux absorbant comprenant un motif d'indentation ou de trous, dans la demande de brevet EP 3 376 202 Al. La disposition de ceux-ci correspond aux positions prédéfinies des gouttelettes d'échantillons sur la cible. De cette façon les bords des indentations ou des trous sont supposés rentrer en contact avec les gouttelettes de façon à les buvarder progressivement par l'un des côtés des gouttelettes. Ce procédé reste néanmoins délicat à mettre en œuvre. Les gouttelettes ne se positionnent pas nécessairement de façon parfaitement identiques d'une zone de réception à l'autre. Elles peuvent être légèrement décentrées, ce qui rend difficile un contact correct entre le matériau absorbant et la gouttelette. Par conséquent le buvardage peut être inhomogène et peu reproductible.

L'invention a pour but de remédier à tout ou partie des inconvénients précités et notamment à faciliter la caractérisation de microorganismes présents dans des échantillons biologiques en limitant les transferts d'un support à un autre et en fonctionnalisant la plaque d'analyse.

À cet effet, l'invention a pour objet une plaque d'analyse configurée pour permettre une caractérisation de microorganismes par spectrométrie de masse, ladite plaque d'analyse comprenant au moins une zone d'analyse configurée pour un échantillon biologique contenant une population d'au moins un microorganisme, caractérisée en ce que tout ou partie de ladite zone d'analyse est réalisée en un matériau poreux, ladite zone d'analyse comprend au moins un agent antimicrobien.

La plaque d'analyse ainsi configurée permet de s'affranchir d'utiliser des supports différents pour l'incubation et la ionisation. De plus, grâce à sa fonctionnalisation de par le dépôt d'un agent microbien préalable, il est possible de caractériser un microorganisme et d'en connaître sa résistance. Enfin, la au moins une zone d'analyse poreuse permet la filtration de l'excès de liquide tout en retenant les microorganismes au sein de la zone de d'analyse et de maintenir une humidité favorable à l'incubation. En effet, quelques microlitres de liquide contenant éventuellement des microorganismes et au moins un agent antimicrobien peuvent être incubés plusieurs heures sur la plaque d'analyse selon l'invention sans sécher.

De surcroît, l'utilisation d'une plaque d'analyse comportant un ensemble de zones d'analyse en matériau poreux permet de réaliser les étapes d'incubation et de filtration de façon conjointe pour l'ensemble des échantillons analysés sur les zones d'analyse, ce qui est particulièrement avantageux d'un point de vue ergonomique pour assurer une grande cadence d'analyse.

Selon une caractéristique de l'invention, la plaque d'analyse selon l'invention comprend plusieurs zones d'analyse.

Avantageusement, chaque zone d'analyse forme un « spot » ou une cible, préférentiellement forme circulaire. selon une caractéristique de l'invention, la surface de la plaque d'analyse est conductrice, afin de favoriser l'ionisation ultérieure, au moins au niveau de la ou des zones d'analyse.

Par exemple, la plaque d'analyse selon l'invention, est formée d'un polymère tel que le polypropylène, ledit polymère étant recouvert d'une couche d'acier inoxydable. En outre, le polymère peut contenir un matériau conducteur tel que le noir de charbon.

Selon une caractéristique de l'invention, la plaque d'analyse selon l'invention comprend entre 48 et 96 zones d'analyse.

Selon une caractéristique de l'invention, la plaque d'analyse selon l'invention comprend en outre au moins une, voire deux ou trois zones d'analyse de référence, qui peuvent être de taille différente par rapport à des zones d'analyse. Ces zones d'analyse de référence servent de zone de calibration et/ou de zone de validation des analyses.

Dans le cadre de l'invention, on nomme « zone d'analyse » une zone destinée à recevoir un échantillon biologique à analyser, ladite zone étant réalisée en un matériau poreux et comprend au moins un agent antimicrobien.

Par « matériau poreux », on entend une matrice renfermant des pores ou des cavités de petite taille et pouvant contenir un ou plusieurs fluides (liquide ou gaz).

Selon une caractéristique de l'invention, le matériau poreux peut être « ouvert » c'est- à-dire que les pores sont reliés entre eux, formant des canaux très fins.

Selon une caractéristique de l'invention, le matériau poreux de la ou les zones d'analyse est un matériau capillo-poreux, hygroscopique et perméable à l'air, qui permet de filtrer au moins partiellement les substances déposées sur la zone d'analyse. Avantageusement, Le matériau poreux selon l'invention rend ainsi possible l'absorption d'eau ou de vapeur d'eau et le passage de l'air.

Selon une caractéristique de l'invention, le matériau poreux de l'au moins une zone d'analyse est un matériau filtrant. Selon une caractéristique de l'invention, la taille des pores du matériaux poreux de la zone d'analyse est inférieure à la taille dudit au moins un microorganisme à caractériser. Ainsi, ledit au moins un microorganisme ne risque pas de passer à travers les pores de la zone d'analyse et reste donc dans la zone d'analyse afin d'être caractériser. En effet, grâce au choix de la porosité de chaque zone d'analyse, les microorganismes se trouvent naturellement retenus à la surface, sans pouvoir la traverser, le dessous de la plaque d'analyse restant ainsi dépourvu de tout microorganisme potentiellement infectieux.

Dans le cadre de la présente invention par « taille » de pore on entend le diamètre du pore. Tous les pores d'une même zone d'analyse peuvent être de même taille ou de taille différente. Ainsi, dans le cadre de l'invention, le pore dont la taille est la plus élevée dans une zone d'analyse est inférieure à la taille du microorganisme à caractériser.

Selon l'invention, Lorsqu'un agent antimicrobien est déposé sur ladite zone d'analyse de la plaque d'analyse, la zone d'analyse est dite « fonctionnalisée ».

Par « agent antimicrobien », on entend un composé capable de diminuer la viabilité d'un microorganisme et/ou d'en diminuer la croissance ou la reproduction. De tels agents antimicrobiens peuvent être des antibiotiques, lorsqu'ils sont dirigés contre des bactéries. Néanmoins, l'invention est applicable à tout type de microorganisme du type bactéries, levures, moisissures ou parasites et donc, aux agents antimicrobiens correspondants.

Dans le cadre de l'invention, l'agent antimicrobien peut être sélectionné de manière à permettre l'identification de la résistance à tout agent antimicrobien, par exemple un antibiotique ou un antifongique.

Selon une caractéristique de l'invention, lorsque la plaque d'analyse comporte plusieurs zones d'analyse, au moins deux zones, voire plus, seront porteuses d'un agent antimicrobien différent. Il est ainsi possible de caractériser plusieurs populations de microorganisme(s) avec une même plaque d'analyse lors d'une seule analyse.

Avantageusement, selon l'invention, chacune des zones d'analyse pourra être porteuse d'un agent antimicrobien différent.

Selon une caractéristique de l'invention, un même agent antimicrobien peut être présent sur au moins deux zones d'analyse distinctes, afin d'effectuer les caractérisations en duplicata.

Avantageusement, les plaques d'analyse selon l'invention, pourront être directement fournies à l'utilisateur, qui n'aura donc plus qu'à y déposer la population de microorganisme(s) à analyser, puis après une étape d'incubation, d'y déposer une matrice. Lesdites plaques d'analyse pourront être commercialisées, dans un emballage individuel ou comprenant plusieurs plaques.

La présente invention a également pour objet un système comprenant : une plaque d'analyse selon l'invention, sur laquelle une population d'au moins un microorganisme et un milieu de culture sont déposés sur au moins une zone d'analyse et un élément d'incubation configuré pour maintenir l'humidité la au moins une zone d'analyse, ledit élément d'incubation étant positionné sous la plaque d'analyse.

Grace à cette configuration, l'élément d'incubation permet d'éviter que la ou les gouttes de liquide de milieu de culture, de population de microorganisme et d'agent antimicrobien ne sèchent ou ne soient aspirées par capillarité par le matériau poreux de la au moins zone d'analyse et on évite également d'avoir recours à une chambre humide qui complexifie le procédé.

Selon une caractéristique de l'invention, l'élément d'incubation est un gaz saturé en humidité ou un liquide par exemple de l'eau ultra-pure ou de l'eau physiologique, c'est-à-dire de l'eau contenant des sels pour assurer une pression osmotique et un pH adaptés à la physiologie du microorganisme à caractériser.

Selon une caractéristique de l'invention, le système comprend un support formé d'un matériaux poreux, ledit support étant positionné sous la plaque d'analyse.

Selon une caractéristique de l'invention, l'élément d'incubation est contenu dans le support et est configuré pour humidifier ledit support. Alternativement ou en complément, le support est humidifié par le milieu de culture, tel que le milieu de culture Muller-Hinton ou de tout autre milieu de culture bien connu de l'homme du métier. Cette humidification par un milieu de culture permettra de favoriser la croissance microbienne lors de l'incubation de la plaque d'analyse selon l'invention.

Selon l'invention, le matériau poreux du support d'incubation peut avoir un porosité équivalente ou différente de celle du matériau poreux de la au moins une zone d'analyse.

Dans le cadre de la présente invention, le support réalisé en un matériau poreux est capable d'absorber par capillarité une certaine quantité de liquide. A titre d'exemple de support réalisé en un matériau poreux, nous pouvons citer une éponge naturelle ou synthétique, un papier buvard, de la mousse synthétique, de la fibre de verre, du coton, du sable, de la sciure. Ainsi parmi les matériaux synthétiques nous pouvons citer, à titre d'exemple, les polyéthylènes, les polyesters, tel que le polytéréphtalate d'éthylène (PET), ou encore les polyamides. Il peut s'agir également de copolymères, tels que des polymères de polyéthylène/polyester, tel qu'un copolymère de polyéthylène/ PET. Lorsqu'il s'agit d'un matériau fibreux, les fibres peuvent être constituées d'un matériau mono-composant ou bi- composant. Une fibre bi-composant peut être par exemple constituée d'un cœur en PET et d'une gaine en polyéthylène. Des matériaux poreux naturels peuvent également être utilisés comme par exemple des fibres de coton, des fibres de papier.

Selon un mode de réalisation de la présente invention, le support d'incubation est un papier buvard.

Dans la présente invention, on entend par « papier buvard », un matériau fibreux constitué en partie ou en totalité de fibres. Ces fibres peuvent être assemblées de manière ordonnée ou aléatoire (c'est-à-dire un tissé ou un non-tissé). Ce matériau qui a la capacité d'absorber les liquides aqueux peut être composé d'un seul type de fibre, d'un mélange de fibres appartenant ou non à la même classe. Les fibres peuvent être classées selon leur composition chimique (minérale ou organique) et leur origine (naturelle ou artificielle). A titre d'exemple on peut citer la fibre de verre comme fibre minérale artificielle ou encore la fibre cellulosique (issue de coton ou encore de bois) comme fibres organiques naturelles d'origine végétale.

Selon une caractéristique de l'invention, le système comprend une chambre d'incubation. Dans la présente invention, par « chambre d'incubation », on entend une enceinte fermée dans laquelle l'étape d'incubation peut avoir lieu sans que les dépôts d'échantillon ou population de microorganisme ne sèchent de façon néfaste à l'analyse. L'enceinte fermée est configurée pour maintenir un taux d'humidité suffisant pour que les au moins une population de microorganisme puisse se développer, c'est-à-dire se diviser et croître, sans se déshydrater.

Avantageusement, l'enceinte fermée est thermostatée.

Selon une caractéristique de l'invention, l'enceinte fermée peut également être disposée à l'intérieur d'une autre enceinte, elle-même thermostatée.

Selon une caractéristique de l'invention, l'enceinte fermée peut se présenter sous forme de cassette, dans laquelle la plaque d'analyse vient s'insérer. Selon une caractéristique de l'invention, le système comprend un dispositif d'aspiration configuré pour permettre l'élimination de l'excédent de liquide à la surface de la zone d'analyse.

Selon une caractéristique de l'invention, Le dispositif d'aspiration 50, 51 pouvant se présenter soit sous la forme d'un dispositif d'aspiration sous vide 50 (figure 3) ou bien sous la forme d'un support poreux tel qu'un papier buvard par exemple.

Selon une caractéristique de l'invention, le dispositif d'aspiration lorsqu'il est sous forme de support en matériau poreux peut être identique au support d'incubation.

L'invention a également pour objet un procédé de caractérisation d'une population d'au moins un microorganisme, la caractérisation comprenant au moins la détermination de la présence éventuelle d'une résistance dudit microorganisme à au moins un agent antimicrobien agencé la plaque d'analyse selon l'invention.

Selon l'invention, le procédé de caractérisation d'une population d'au moins un microorganisme, la caractérisation comprenant au moins la détermination de la résistance éventuelle d'une population d'un microorganisme à au moins un agent antimicrobien, est caractérisé en ce qu'il comprend les étapes successives suivantes : une étape consistant à fournir une plaque d'analyse ou un système selon l'invention, pour une caractérisation de ladite population d'au moins un microorganisme, une étape de dépose de la population dudit au moins un microorganisme sous forme liquide sur ladite au moins une zone d'analyse au contact de l'agent antimicrobien préalablement déposé sur ladite zone d'analyse, une étape d'incubation, consistant à conserver ladite plaque d'analyse, dans des conditions et pendant une période suffisante, pour permettre l'interaction dudit au moins un agent antimicrobien et dudit au moins un microorganisme présent, une étape d'élimination du liquide contenant la population dudit au moins un microorganisme par aspiration à travers les pores de la zone d'analyse, une étape de dépose sur ladite au moins une zone d'analyse, d'une matrice adaptée à la technique d'ionisation MALDI, par exemple de type HCCA, connue pour tuer les microorganismes présents sur la surface de la cible, une étape d'analyse par spectrométrie de masse utilisant une technique d'ionisation MALDI, d'une population dudit au moins un microorganisme déposée sur ladite zone d'analyse permettant de conclure si une population d'un microorganisme résistant à l'agent antimicrobien est présente sur la zone d'analyse.

Dans le cadre de ce procédé, la population de microorganisme(s) est déposée sur une zone d'analyse d'une plaque d'analyse selon la présente invention, pour ensuite procéder à sa caractérisation.

Selon une caractéristique de l'invention, le dépôt est réalisé de manière à ce que la population de microorganisme(s) soit déposée de manière homogène sur la zone d'analyse. Pour cela, on pourra utiliser les procédures décrites pour la réalisation de l'identification standard de microorganismes, dans les manuels d'utilisation de systèmes ou d'instruments utilisant la technologie MALDI-TOF. La vérification qu'une population d'au moins un microorganisme soit bien déposée peut se faire au préalable par un test adapté, notamment sur gélose. De manière préférée, on déposera sur la zone d'analyse une seule population d'un seul microorganisme.

Avantageusement, la population de microorganisme(s) pourra provenir de différentes sources. A titre d'exemple de source de microorganisme(s), on peut citer les échantillons d'origine biologique, notamment animale ou humaine. Un tel échantillon peut correspondre à un prélèvement de fluide biologique, du type sang total, sérum, plasma, urine, liquide céphalo-rachidien, sécrétion organique, à un prélèvement tissulaire ou à des cellules isolées. Ce prélèvement pourra être déposé tel quel, ou sera, de préférence, soumis préalablement au dépôt sur la zone d'analyse concernée, à une préparation de type enrichissement ou culture, à une concentration et/ou à une étape d'extraction ou de purification selon des méthodes connues de l'homme du métier. Néanmoins, une telle préparation ne peut pas correspondre à une étape de lyse qui entraine la désintégration des microorganismes et une perte de leur contenu avant le dépôt sur la zone d'analyse. La population de microorganisme(s) pourra être déposée sous la forme d'un inoculum. Dans le cadre de l'invention, la population de microorganisme(s) déposée sur la zone d'analyse sera, de préférence, une population de microorganisme(s) vivant(s), bien qu'il ne soit pas exclu de réaliser une extraction de la population de microorganisme(s) à partir d'un échantillon biologique, en utilisant un détergent ce qui pourra affecter la viabilité. Dans un tel cas, il pourra être judicieux d'allonger l'étape d'incubation. En outre, la source de la population de microorganisme(s) peut également être un produit de l'agro-alimentaire tel que la viande, le lait, le yaourt et tout autre produit consommable susceptible d'être contaminé, ou encore un produit cosmétique ou pharmaceutique. Là encore, un tel produit pourra être soumis à une préparation de type enrichissement ou culture, à une concentration et/ou à une étape d'extraction ou de purification, afin d'obtenir la population de microorganisme(s) à déposer.

Avantageusement, la source de microorganisme(s) pourra au préalable avoir été mise en culture dans un bouillon ou sur une gélose de manière à l'enrichir en microorganismes. De tels milieux, gélosés ou en bouillon, sont bien connus de l'homme de l'art. L'enrichissement sur gélose est particulièrement favorable puisqu'il permet d'obtenir des colonies de microorganismes qui pourront directement être déposées sur la zone d'analyse. Dans le cadre de l'invention, on pourra déposer sur la zone d'analyse, de préférence, un milieu cellulaire comprenant une population bactérienne. De préférence, la population de microorganismes déposée contient au moins 10 ⁵ UFC de microorganismes. A titre d'exemple, on pourra déposer de 10 ⁵ à 10 ⁹ UFC d'un microorganisme. Il est, par exemple, possible de procéder directement au dépôt d'une biomasse, d'une goutte d'une suspension de microorganismes, dans de l'eau ultra-pure, ou un tampon, ou un milieu de culture. On pourra déposer une colonie ou une fraction de colonie d'un microorganisme.

La population déposée, comprendra, de préférence, une seule espèce de microorganisme. Il n'est cependant pas exclu de déposer sur la zone d'analyse une population comprenant différents microorganismes. Dans ce cas, il sera préférable que les microorganismes soient connus pour être susceptibles de développer des mécanismes de résistance différents, de manière à savoir lequel présenterait la résistance qui serait identifiée.

Dans le cadre de l'invention, il n'est pas utile de procéder à une préparation particulière d'une population de microorganisme(s) qui serait déposé. En particulier, la population de microorganisme(s) est déposée, sans avoir été préalablement mise en contact avec un agent antimicrobien. En effet, dans le cadre de l'invention, il n'est pas nécessaire de procéder à une préparation longue et fastidieuse d'un échantillon à déposer, la population de microorganisme(s) déposée pouvant être préparée sans étape de centrifugation.

Préférentiellement, le dépôt est de l'agent antimicrobien est réalisé à partir d'une solution aqueuse de l'agent antimicrobien. On obtient ainsi une zone d'analyse porteuse d'un agent antimicrobien, dite fonctionnalisée. Selon l'invention, un tampon adapté à la solubilité de l'agent antimicrobien, ainsi qu'à une activité optimale du mécanisme à l'origine de la résistance ciblée, pourra également être utilisé pour préparer la solution de l'agent antimicrobien.

Selon l'invention, une goutte, par exemple d'environ 1 à 2 microlitres, de la solution antimicrobienne pourra être déposée, de telle sorte que toute la zone d'analyse soit recouverte.

Selon une caractéristique de l'invention, le dépôt de l'agent microbien est suivi d'une opération de séchage. Par exemple, l'eau contenue dans la solution est ensuite évaporée, par exemple par simple séchage à l'air ambiant et à température ambiante. La plaque d'analyse peut être laissée à une température appartenant, par exemple, à la gamme allant de 17 à 40°C, et notamment à température ambiante (22°C). Il est également possible de la transférer dans une enceinte thermostatée, par exemple à 37°C, pour accélérer le séchage.

Selon une caractéristique de l'invention, il est également possible que l'agent antimicrobien soit immobilisé sur la zone d'analyse par des liaisons covalentes ou des liaisons de forte affinité.

Selon une caractéristique de l'invention, l'agent antimicrobien est lié à la zone d'analyse par des liaisons électrostatiques, ioniques, covalentes, avec ou non l'utilisation d'un bras ou d'un partenaire de liaison spécifique (anticorps, protéines recombinantes de phage) ou non, par l'utilisation d'interaction biotine/streptavidine préalablement greffée à la surface de la zone d'analyse et à l'antibiotique, ou par tout type de liaison adaptée à la nature de l'agent antimicrobien et à la surface de la zone d'analyse.

Selon l'invention, le mode de liaison ou de dépôt de l'agent antimicrobien sera néanmoins choisi de manière à ne pas gêner l'éventuelle interaction de l'agent antimicrobien avec un microorganisme. En particulier, on préférera réaliser l'immobilisation de l'agent antimicrobien par utilisation d'un agent adhésif, plutôt que par liaison covalente ou d'affinité pour éviter des changements de conformation de l'agent antimicrobien et assurer une bonne accessibilité de ce dernier au site actif de l'enzyme qui serait générée par le microorganisme. Dans le cas de l'utilisation d'un agent adhésif, c'est-à-dire d'un agent qui va adhérer à la plaque d'analyse et donc améliorer l'immobilisation de l'agent antimicrobien sur cette dernière, on déposera alors un mélange de l'agent adhésif et de l'agent antimicrobien en solution aqueuse. L'agent adhésif sera, notamment, un polymère soluble dans l'eau. A titre d'exemple d'agent adhésif pouvant être utilisé pour l'immobilisation de l'agent antimicrobien sur la ou les zones d'analyse, on peut citer l'heptakis(2,6-di-O-méthyl)-|3- cyclodextrine. L'agent adhésif sera choisi en fonction de l'agent antimicrobien à immobiliser sur la zone d'analyse. En particulier, il sera sélectionné en fonction de sa masse, de manière à ce que sa présence ne fausse pas la détection ultérieure par spectrométrie de masse MALDI-TOF visant à déterminer la présence ou l'absence du microorganisme. L'homme du métier ajustera la quantité d'agent adhésif utilisé pour assurer l'accessibilité de l'agent antimicrobien par la population de microorganisme(s) lorsque celle-ci aura été déposée. Par exemple, dans le cas de l'heptakis(2,6-di-O-méthyl)-|3-cyclodextrine, on pourra choisir un rapport massique heptakis(2,6-di-O-méthyl)-|3-cyclodextrine/agent antimicrobien de 1/20 à 1/2, de préférence de 1/10 à 1/5.

Selon l'invention, la quantité d'agent antimicrobien déposée sur une zone d'analyse sera adaptée par l'homme du métier, en fonction de l'agent antimicrobien en question. En effet, l'agent antimicrobien est testé à une concentration, ou avec une gamme de concentrations, adaptée à son usage thérapeutique. Cette concentration, ou cette gamme de concentration, est propre à chaque agent antimicrobien et est généralement choisie selon les recommandations de l'European Commitee on Antimicrobial Suceptibility Testing (EUCAST, cf. https://www.eucast.org/clinical_breakpoints/) ou du Clinical & Laboratory Standards Institute (CLSI, cf. https://clsi.org/meetings/microbiology/clsi-and-ast/).

Selon une caractéristique de l'invention, le procédé comprend une étape supplémentaire de dépôt d'un composé différent de l'agent antimicrobien.

Selon une caractéristique de l'invention, le composé peut être configuré pour accélérer la croissance des microorganismes. Ce composé peut par exemple être un milieu nutritif contenant des peptones. Ce composé peut être déposé au préalable sur la zone d'analyse en combinaison avec l'agent antimicrobien ou à tout autre moment dans la préparation de la zone d'analyse.

Par exemple, dans le cas des bêta-lactamines, il peut être déposé un inhibiteur des bêta- lactamases, afin de caractériser un phénomène BLSE (bêta-lactamase à spectre étendu). En particulier, on pourra déposer une combinaison d'une bêta-lactamine avec un inhibiteur de bêta-lactamase tel que l'acide clavulanique, le sulbactam ou le tazobactam.

Après dépôt de la population de microorganisme(s), la zone d'analyse porteuse à la fois de l'agent antimicrobien et de la population d'un microorganisme à caractériser, est soumise à une étape d'incubation pour permettre l'interaction entre le microorganisme et l'agent antimicrobien et donc dans le cas de la présence d'une population de microorganismes, résistants à l'agent antimicrobien, permettre au phénomène à l'origine de la résistance de se produire. En particulier, le phénomène de résistance permettra la croissance du microorganisme, c'est-à-dire sa division et sa multiplication. Il en résultera un accroissement de la biomasse du microorganisme, ce qui après une période d'incubation approprié permettra sa détection par analyse en spectrométrie de masse avec une source d'ionisation MALDI-TOF.

Dans le cadre de l'invention, le phénomène responsable de la résistance à un agent antimicrobien a donc lieu directement sur la plaque d'analyse. Le phénomène responsable de la résistance à un agent antimicrobien se produit dans un volume minimal correspondant à la zone de caractérisation.

Les conditions et la période d'incubation seront adaptées par l'homme du métier en fonction du phénomène de résistance à caractériser. La plaque d'analyse peut être laissée à une température appartenant, par exemple, à la gamme allant de 17 à 40°C, et notamment à température ambiante (22°C). Il est également possible de mettre à incuber la plaque d'analyse, par exemple à 37°C, pour favoriser la croissance et les phénomènes à l'origine de la résistance.

Dans les conditions sélectionnées, la période d'incubation devra être suffisant pour permettre la détection ultérieure par spectrométrie de masse du phénomène de résistance à détecter. L'incubation est, le plus souvent, réalisée pendant au moins 2 heures, plus préférentiellement pendant au moins 4 heures, et encore plus préférentiellement pendant une durée de 4 à 12 heures.

Il a été constaté, dans le cadre de l'invention, que la réalisation d'une telle étape d'incubation ne gênait en rien une identification du microorganisme. Une telle caractérisation est même particulièrement avantageuse lorsqu'elle est associée à la détection du phénomène de résistance. En effet, dans le cadre d'une population composée de plusieurs espèces de microorganismes, il est possible qu'une partie de la population, par exemple l'espèce A, soit résistante à l'antibiotique X, alors qu'une autre partie de la population, par exemple l'espèce B, soit résistante à l'antibiotique Y. La réalisation du procédé selon l'invention permettra d'identifier la dite espèce A sur les zones d'analyse contenant l'antibiotique X et la dite espèce B sur celles contenant l'antibiotique Y. Il sera ainsi possible de conclure que l'échantillon contient une population hétérogène de microorganismes formée de sous-populations appartenant à plusieurs espèces dont au moins une espèce est résistante à l'antibiotique X et au moins une autre espèce est résistante à l'antibiotique Y. Selon le contexte clinique, le microbiologiste pourra alors décider s'il s'agit d'un échantillon d'origine polymicrobienne ou d'un échantillon contaminé, par exemple lors de son prélèvement. Dans ce dernier cas les résultats ne sont pas fiables et le prélèvement doit être répété.

Selon une caractéristique de l'invention, l'étape d'incubation est réalisée dans une chambre d'incubation.

Selon une caractéristique de l'invention, suite à l'étape d'incubation une étape d'élimination du liquide excédant contenant la population dudit au moins un microorganisme est réalisée.

Avantageusement, l'étape d'élimination du liquide excédant est réalisée par aspiration à travers les pores de la zone d'analyse, un dispositif d'aspiration étant positionné sous la plaque d'analyse.

Selon une caractéristique de l'invention, le procédé comprend une étape de séchage de la zone d'analyse. Avantageusement, l'élimination de liquide excédent participe au séchage.

Selon une caractéristique de l'invention, le procédé comprend en outre une étape de dépôt d'une matrice adaptée à la technique d'ionisation MALDI est nécessaire pour l'analyse Ladite étape de dépôt étant réalisée sur ladite au moins une zone d'analyse,.

Généralement, les matrices utilisées dans la technique MALDI sont photosensibles et cristallisent en présence de la population de micro- organisme(s), tout en préservant l'intégrité des molécules et micro- organismes présents. De telles matrices, notamment adaptées à la technique spectrométrie de masse MALDI, sont bien connues et, par exemple, constituées à partir d'un composé choisi parmi : l'acide 3,5-diméthoxy-4-hydroxycinnamique; l'acide a-cyano-4-hydroxycinnamique, l'acide férulique et l'acide 2,5- dihydroxybenzoîque. De nombreux autres composés sont connus de l'homme du métier. Il existe également des matrices liquides qui ne cristallisent ni à pression atmosphérique, ni même sous vide. Tout autre composé qui permettra d'ioniser les molécules présentes dans la zone d'analyse sous l'effet d'un rayon laser pourra être utilisé.

Pour la constitution de la matrice, un tel composé est mis en solution, le plus souvent dans l'eau, de préférence de qualité « ultra-pure », ou dans un mélange eau/solvant(s) organique(s). A titre d'exemple de solvants organiques classiquement utilisés, on peut citer, l'acétone, l'acétonitrile, le méthanol ou l'éthanol. L'acide formique, l'acide acétique, l'acide trifluoroacétique (TFA) peut parfois être ajouté. Un exemple de matrice est, par exemple, constituée de 20 mg/mL d'acide sinapique dans un mélange acétonitrile/eau/TFA de 50/50/0,1 (v/v). Le solvant organique permet aux molécules hydrophobes présentes de se dissoudre dans la solution, alors que l'eau permet la dissolution des molécules hydrophiles. La présence d'acide, tel que le TFA, favorise l'ionisation des molécules par captation d'un proton (H ⁺ ).

La solution constitutive de la matrice est directement déposée sur la zone d'analyse et recouvre alors la population de microorganisme(s) et l'agent antimicrobien présents sur cette dernière.

De façon optionnelle, le procédé selon l'invention comprend en outre, avant l'étape d'ionisation de la zone de caractérisation, une étape de cristallisation de la matrice présente. Le plus souvent, la cristallisation de la matrice est obtenue en laissant sécher la matrice à l'air ambiant le solvant présent dans la matrice est ainsi évaporé, parexemple, en laissant la plaque d'analyse à une température appartenant, par exemple, à la gamme allant de 17 à 30°C, et notamment à température ambiante (22°C) pendant quelques minutes, par exemple de 5 minutes à 2 heures. Cette évaporation du solvant permet la cristallisation de la matrice dans laquelle la population de micro- organisme(s) et l'agent antimicrobien sont répartis. La plaque d'analyse ainsi préparée est ainsi suffisamment sèche pour ne pas provoquer d'éclaboussure ou de projection de gouttelettes lors de sa mise sous vide au sein de la source d'ionisation MALDI.

La population de microorganisme(s) et l'agent antimicrobien, placés au sein de la matrice MALDI, formant la zone de caractérisation, sont soumis à une ionisation douce. Le rayon laser utilisé pour l'ionisation pourra avoir tout type de longueur d'onde favorable à la sublimation ou à la vaporisation de la matrice. De préférence, une longueur d'onde ultraviolette ou même infrarouge sera utilisée. Cette ionisation pourra, par exemple, être réalisée avec un laser à azote émettant un rayon UV à 337.1 nm.

Lors de l'ionisation, la population de microorganisme(s) et l'agent antimicrobien sont soumis à une excitation par laser. La matrice absorbe alors l'énergie photonique et la restitution de cette énergie entraîne la sublimation de la matrice, la désorption des molécules présentes dans la population de microorganisme(s) et de l'agent antimicrobien et l'apparition de matière dans un état qualifié de plasma. Au sein de ce plasma, il se produit des échanges de charges entre molécules de matrice, des micro- organismes et d'agent antimicrobien. Par exemple, des protons peuvent être arrachés à la matrice et transférés aux protéines, peptides et composés organiques présents au niveau de la zone de caractérisation. Cette étape permet une ionisation douce des molécules présentes sans induire leur destruction. La population de microorganisme(s) et l'agent antimicrobien libèrent ainsi des ions de différentes tailles. Ces derniers sont alors analysés dans un analyseur de masse. Cet analyseur peut être, par exemple, un analyseur de type « temps de vol » (ou TOF pour « Time Of flight» en anglais). Dans un TOF, les ions sont accélérés par un champ électrique et volent librement dans un tube sous pression réduite, nommé tube de vol. La pression appliquée lors de l'ionisation et lors de l'accélération des ions générés appartient le plus souvent à la gamme allant de 10-6 à 10-9 millibars [mbar]. Les ions les plus petits vont alors « voyager » plus rapidement que les ions plus gros permettant ainsi leur séparation. A l'extrémité terminale du tube de vol est situé un détecteur. Le temps de parcours (ou temps de vol) des ions est utilisé pour calculer leur masse. Ainsi, un spectre de masse est obtenu, représentant l'intensité du signal correspondant au nombre de molécules ionisées d'une même masse sur charge [m/z], en fonction du rapport m/z des molécules qui frappent le détecteur. Le rapport masse sur charge [m/z] est exprimé en Thomson [Th], Une fois la cible introduite dans le spectromètre de masse, le spectre d'une zone de caractérisation est obtenu très rapidement, le plus souvent en moins d'une minute.

Un procédé de spectrométrie de masse MALDI-TOF selon l'invention peut notamment comprendre les étapes successives suivantes pour l'obtention du spectre de masse : disposer d'une zone de caractérisation comprenant la population de microorganisme(s) à étudier et au moins un agent antimicrobien dans une matrice adaptée à la spectrométrie MALDI, éventuellement obtenir la cristallisation de la matrice dans laquelle la population de microorganisme(s) et l'agent antimicrobien sont disposés, ioniser le mélange population de microorganisme(s)/agent antimicrobien/matrice, grâce à un rayon laser, accélérer les molécules ionisées obtenues grâce à une différence de potentiel, laisser se déplacer librement les molécules ionisées et accélérées dans un tube sous pression réduite, détecter au moins une partie des molécules ionisées en sortie du tube, de manière à mesurer le temps qu'elles ont mis pour parcourir le tube sous pression réduite et à obtenir un signal correspondant au nombre de molécules ionisées atteignant le détecteur à un instant donné, calculer le rapport masse sur charge [m/z] des molécules détectées, de manière à obtenir un signal correspondant au nombre de molécules ionisées d'une même masse sur charge [m/z], en fonction du rapport m/z des molécules détectées.

En général, le calcul du rapport m/z est obtenu, en tenant compte d'une calibration préalable du spectromètre de masse utilisé, sous la forme d'une équation liant le rapport masse sur charge [m/z] et le temps de parcours dans le tube sous pression réduite des molécules ionisées.

La calibration consiste à utiliser un ensemble de molécules ou un microorganisme qui va fournir des molécules ionisées couvrant la gamme de masse correspondant à la caractérisation envisagée. Les rapports m/z de ces molécules ionisées vont servir de standards, afin de permettre à l'appareillage de mesurer les masses de manière adéquate.

Pour l'identification du microorganisme, la calibration pourra être réalisée à partir d'une souche de bactéries possédant des molécules ionisées ayant des rapports m/z couvrant la gamme de masses utilisées pour l'identification (typiquement dans la gamme allant de 2000 à 20000 Da dans le cas des levures, moisissures, bactéries ou parasites).

Tout type de spectromètre de masse MALDI-TOF peut être utilisé pour l'élaboration du spectre de masse. De tels spectromètres comprennent : i) une source d'ionisation (en générai, un laser UV) destinée à ioniser le mélange population de microorganisme(s)/agent antimicrobien/matrice ; ii) un accélérateur des molécules ionisées par application d'une différence de potentiel ; iii) un tube sous pression réduite dans lequel se déplacent les molécules ionisées et accélérées ; iv) un analyseur de masse destiné à séparer les ions moléculaires formés, en fonction de leur ratio masse sur charge (m /z) ; v) un détecteur destiné à mesurer le signai produit directement par les ions moléculaires.

Dans le cadre de l'invention, l'analyse par MALDI-TOF est, de préférence, une analyse par MALDI-TOF linéaire, bien qu'une analyse par MALDI-TOF-TOF, MALDI-TOF avec réflectron, ou tout type d'analyseur de masse lié à une source MALDI ne soit pas exclue. Atitre d'exemple, l'invention est compatible avec l'usage d'instruments à source MALDI liés à une trappe ionique (MALDI-IT) ou à des analyseurs multiples de type quadripoles (Q), trappes ioniques (IT), orbitrapes (O), tube de mobilité ionique (IM)... De tels instruments peuvent ainsi présenter des configurations hybrides de type MALDI-Q-IT-TOF, MALDI-QQQ, MALDI-Q-TOF, MALDI-IT- Q-TOF, MALDI-Q-IT-O... Une analyse par MALDI TOF-TOF, bien que plus complexe, pourra par exemple être envisagée dans certains cas, notamment pour fragmenter les ions produits et apporter une information sur la nature des dites molécules ionisées. Elle mettra en œuvre un appareillage adapté à une telle analyse.

L'étape d'analyse par spectrométrie de masse permet de conclure si la population d'un microorganisme résistant à l'agent antimicrobien est présente sur la zone d'analyse.

Par « résistance », on entend un phénomène selon lequel un microorganisme ne présente pas une diminution de sa viabilité, ou une stagnation ou une diminution de sa croissance ou de sa reproduction, quand il est exposé à une concentration d'un agent antimicrobien qui est reconnue comme étant cliniquement efficace vis-à-vis dudit microorganisme en l'absence de résistance.

L'identification de la résistance, à partir du spectre de masse obtenu pour une zone de caractérisation considérée, peut se faire par la détection, sur le spectre de masse obtenu, d'un pic de masse donné, ou d'un changement de pic de masse par rapport à un spectre de masse de référence, notamment, grâce au spectre de masse de l'échantillon incubé sur la zone de référence ne comportant pas d'antimicrobien.

Elle peut également se faire par détection de la croissance du microorganisme en présence de l'agent antimicrobien. Cette croissance peut être caractérisée par une augmentation de la biomasse bactérienne au cours de la culture. Plus particulièrement, l'augmentation de biomasse peut être déterminée par comparaison du signal des pics caractéristiques du microorganisme à analyser par rapport à une substance de référence ajoutée sous forme dosée comme dans le procédé de Idelevich ét al, cité précédemment. Préférentiellement, la quantité de microorganismes déposée avant l'étape d'incubation peut être ajustée de façon à générer un signal insuffisant pour identifier avec confiance le microorganisme. La durée de l'étape d'incubation peut ensuite être optimisée pour que la croissance des microorganismes sensibles en absence d'antimicrobien ou de microorganismes résistants en présence ou en absence d'antimicrobien génère un signal suffisant pour identifier avec confiance ledit microorganisme. Un tel procédé a été utilisé par T. Horseman et al. qui ont montré, à l'aide d'un instrument commercialisé par la demanderesse, la possibilité de caractériser comme non-sensibles à un antibiotique les microorganismes identifiés avec une probabilité supérieure ou égale à 90% et comme sensibles les microorganismes non-identifiés (Horseman ét al. Diagn. Microbiol. Infect. Dis., 2020, 97(4):115093, Rapid Qualitative Antibiotic Resistance Characterization using VITEK MS).

Ainsi avantageusement, pour obtenir une classification robuste selon le procédé de l'invention, plusieurs dépôts par conditions peuvent être réalisés. En particulier, lorsque 4 dépôts par condition sont utilisés, une probabilité d'identification supérieure ou égale à 90%, pour au moins 3 dépôts sur 4, permet de caractériser l'isolat comme résistant et comme sensible dans le cas contraire.

Dans un mode réalisation particulier de la présente invention, le procédé comprend une étape de détermination de la résistance dudit microorganisme audit agent antimicrobien par observation de la présence de protéines du microorganisme en quantité telle qu'il est possible de conclure à la croissance du microorganisme malgré la présence dudit agent antimicrobien durant l'étape d'incubation.

Alternativement le procédé selon l'invention pourra notamment être mis en œuvre pour déterminer la concentration minimale inhibitrice pour la population d'au moins un microorganisme à caractériser en utilisant une gamme croissante d'antimicrobien déposé sur différentes zones d'échantillon de la plaque d'analyse.

Dans le cadre de la présente invention, la concentration minimale inhibitrice, ou CMI, est la plus faible concentration d'agent antimicrobien capable d'inhiber in vitro toute croissance visible de la population de microorganisme étudiée à une température donnée et pendant une période de temps définie. Cette valeur caractérise l'effet bactériostatique d'un antibiotique sur une bactérie et plus généralement d'un antimicrobien sur un microorganisme. La CMI est spécifique d'un couple agent antimicrobien/microorganisme, chaque souche ayant sa propre valeur, en fonction des résistances naturelles et/ou acquises pour la molécule testée.

Dans un mode de réalisation particulier de l'invention, le procédé de caractérisation permet l'indentification du genre, ou, de préférence, de l'espèce d'une population d'un microorganisme déposée sur la zone d'analyse. Les microorganismes qui peuvent être identifiés par le procédé de l'invention sont tout type de microorganismes, pathogènes ou non, rencontrés tant dans l'industrie que dans la clinique, qui peuvent connaître des phénomènes de résistance aux agents antimicrobiens. Ce peut être, de préférence, des bactéries, des moisissures, des levures ou des parasites. L'invention est particulièrement adaptée à l'étude des bactéries. A titre d'exemple de tels microorganismes, on peut citer les bactéries Gram- positives, Gram-négatives et les Mycobacteria. A titre d'exemple de bactéries Gram-négatives, on peut citer celles des genres : Pseudomonas, Escherichia, Salmonella, Shigella, Enterobacter, Klebsiella, Serratia, Proteus, Acinetobacter, Citrobacter, Aeromonas, Stenotrophomonas, Morganella et Providencia, et notamment Escherichia coli, Enterobacter cloacae, Enterobacter aerogenes, Citrobacter sp., Klebsiella pneumoniae, Klebsiella oxytoca, Pseudomonas aeruginosa, Providencia rettgeri, Pseudomonas putida, Stenotrophomonas maltophilia, Acinetobacter baumannii, Comamonas sp., Aeromonas sp., Morganella morganii, Proteus mirabilis, Salmonella senftenberg, Serratia marcescens, Salmonella typhimurium etc.. A titre d'exemple de bactéries Gram-positives, on peut citer celles des genres : Enterococcus, Streptococcus, Staphylococcus, Bacillus, Listeria et Clostridium.

Des spectres de référence obtenus par MALDI-TOF pour de tels micro- organismes correspondant à leurs protéines majoritaires, sont disponibles et enregistrés dans des bases de données disponibles avec les appareils MALDI-TOF commerciaux, et permettent, par comparaison, l'identification de la présence de tels microorganismes.

L'identification d'une population d'un microorganisme présent pourra donc comprendre les étapes suivantes : a) disposer d'un spectre de masse de référence, pour au moins un microorganisme et le plus souvent pour une série de micro- organismes, b) soumettre la population de microorganisme(s) et l'agent antimicrobien déposés sur la zone d'analyse et mis en présence de la matrice (correspondant à une zone de caractérisation selon l'invention), à une ionisation, c) acquérir un spectre de masse obtenu suite à cette ionisation, dans la gamme de masse d'intérêt pour l'identification du micro- organisme, d) comparer le spectre de masse obtenu à l'étape c) avec le spectre de référence et en déduire le genre, ou, de préférence, l'espèce d'au moins un microorganisme. Dans le cas de l'identification de microorganismes, une calibration est réalisée dans une gamme de masse correspondant à des masses élevées, typiquement dans la gamme allant de 2000 à 20000 Da, et de préférence dans la gamme allant de 3000 à 17000 Da. Le spectre de masse obtenu à l'étape c) est également compris dans cette gamme de masse.

La calibration pourra être effectuée en plaçant une population d'un microorganisme de référence dans une zone d'analyse de référence présente sur la plaque d'analyse et en procédant à son analyse par spectrométrie de masse MALDI-TOF. Un tel microorganisme de référence pourra être, par exemple, une bactérie E. coli. Pour cette calibration, on pourra utiliser les procédures décrites pour la réalisation de l'identification standard de microorganismes, dans les manuels d'utilisation des instruments MALDI-TOF commerciaux, tels que l'appareillage VITEK MS commercialisé par la société bioMérieux.

Dans un mode de réalisation du procédé selon l'invention, le procédé met en œuvre une seule analyse par spectrométrie de masse utilisant une technique d'ionisation MALDI par une seule ionisation d'une zone d'analyse, et utilisant pour l'analyse une seule calibration.

La description ci-après, en référence aux figures annexées permet de mieux comprendre l'invention sans caractère limitatif sur l'objet de l'invention.

La Figure 1 est une vue schématique de dessus d'une plaque d'analyse selon l'invention.

La Figure 2 est une coupe transversale selon l'axe B-B de la plaque d'analyse selon l'invention pendant l'étape d'incubation.

La figure 3 est une vue en coupe transversale selon l'axe B-B de la plaque d'analyse selon l'invention pendant l'étape d'élimination de liquide excédant selon un premier mode de réalisation,

La figure 4 est une vue en coupe transversale selon l'axe B-B de la plaque d'analyse selon l'invention pendant l'étape d'élimination de liquide excédant selon un deuxième mode de réalisation,

La figure 5 est une vue en coupe transversale selon l'axe B-B de la plaque d'analyse selon l'invention après l'étape d'élimination de liquide excédant quel que soit le mode de réalisation,

La Figure 6 est une vue perspective éclatée d'un système selon l'invention comprenant une cassette renfermant une plaque d'analyse selon l'invention

La Figure 7 est une coupe transversale selon l'axe A-A du système selon l'invention représenté en figure 6. Dans un premier temps, la plaque d'analyse selon l'invention va être décrite en référence à la figure 1. La figure 1 représente un modèle de plaque d'analyse 10 selon l'invention adaptée à l'analyse par spectrométrie de masse. Ladite plaque d'analyse 10 comprenant 48 zones d'analyse 11 et trois zones d'analyse de référence 12. Les zones d'analyse 11 sont espacées et sont agencées de manière à ce qu'elles soient distinctes les unes des autres. Les zones d'analyse de référence 12 sont positionnées entre les rangées de zones d'analyse 11. Plus particulièrement dans l'exemple illustré en figure 1, la plaque d'analyse 10 comprend quatre colonnes (1-4) de douze rangées (A-L) de zones d'analyse 11. Chaque zone d'analyse 11 est de forme circulaire et est configurée pour circonscrire une ou plusieurs gouttes de populations de microorganisme préalablement prélevées. Selon l'invention, la plaque d'analyse 10 selon l'invention est réalisée au moins en deux matériaux distincts : un pour les zones d'analyse 11, 12 et un adapté à l'ionisation MALDI et formant la plaque d'analyse 10.

Dans un deuxième temps, en référence aux figures 2 à 5, nous allons décrire certaines étapes du procédé de caractérisation selon l'invention par la description de la plaque d'analyse 10 selon l'invention.

Plus particulièrement, en Figure 2, la plaque d'analyse 10 selon l'invention est disposée sur un support d'incubation 40 humidifié soit par un élément d'incubation 42 soit par le milieu de culture 41 permettant la croissance des microorganismes et disposé sur chaque zone d'analyse 11, 12. Comme on peut le voir, le milieu de culture 41 est déposé sur une zone d'analyse 11 sur laquelle un agent microbien (non représenté) et une population de microorganismes 20 sont déjà déposés. Le milieu de culture 41 ainsi que les dépôts précédents sont circonscrits à la zone d'analyse 11 grâce au matériau poreux de ladite zone d'analyse 11. Cette configuration illustrée en figure 2 illustre donc le système 1 selon l'invention pendant l'étape d' incubation.

En figures 3 et 4, le support d'incubation 40 ou l'élément d'incubation 42 est retiré et on positionne à la place, en dessous de la plaque d'analyse 10, un dispositif d'aspiration 50, 51 permettant l'élimination de liquide excédant. Le dispositif d'aspiration 50, 51 pouvant se présenter soit sous la forme d'un dispositif d'aspiration sous vide 50 (figure 3) ou bien sous la forme d'un papier buvard 51 (figure 4). En figure 5 est illustré la plaque d'analyse 10 selon l'invention une fois l'excédent de liquide éliminé : les microorganismes 20 se trouvent naturellement retenus à la surface de la zone d'analyse 11, sans pouvoir la traverser grâce à la taille des pores la surface. Le dessous de la plaque d'analyse 10 reste ainsi vierge de tout microorganisme potentiellement infectieux.

En référence aux figures 6 et 7, est décrite une cassette 100 dans laquelle est intégrée la plaque d'analyse 10 selon l'invention. La cassette 100 comprend un couvercle 101, un joint 102 ajouré sur lequel la plaque d'analyse 10 vient se positionner et un récipient 103 présentant un volume interne 104 de réception ouvert sur le dessous de la plaque d'analyse 10. Ledit volume interne 104 du récipient 103 est conformé pour recevoir totalement ou partiellement un support d'incubation 40 ou un élément d'incubation 42 ou encore un dispositif d'aspiration 50, 51.

Le protocole d'utilisation de cette cassette peut être décrit par les étapes suivantes : enlever le couvercle de la cassette, positionner un matériau poreux humide à l'intérieur du récipient placer le joint ajouré au-dessus du récipient, positionner une plaque d'analyse sur le joint ajouré, déposer 2 pl d'un inocula comprenant au moins une population de microorganisme sur chaque zone d'analyse porteuse de l'antibiotique, remettre le couvercle en le clipsant sur le joint ajouré incuber la cassette à 37°C pendant 2h (ou plus), retirer l'ensemble formé par le couvercle, le joint ajouré et la plaque d'analyse et le poser sur un deuxième récipient contenant un matériau poreux absorbant sec, tel qu'un papier buvard absorbant, laisser le papier buvard aspirer par capillarité l'ensemble des gouttes de liquides présentes sur la plaque d'analyse, enlevé le couvercle, ajouter 1 pl d'une matrice d'HCCA sur les zones d'analyse porteuses, à la fois, de l'antibiotique et des bactéries, retirer la plaque d'analyse et finaliser son séchage à l'air libre introduire la plaque d'analyse dans une source d'ionisation MALDI pour une analyse par spectrométrie de masse. Les exemples ci-après permettent d'illustrer l'invention mais n'ont aucun caractère limitatif. Les analyses ont été effectuées avec l'appareillage VITEK MS commercialisé par la société bioMérieux. Les analyses ont été réalisées, dans chacun des exemples ci-après, à la fin de l'acquisition. Les spectres ont été acquis sur toutes les zones de caractérisation et ensuite analysés : pour l'identification, l'analyse du spectre a été réalisée à l'aide du moteur de calcul VITEK MS et de la base de données V3.2.0.

Exemple 1 : Isolement de microorganismes bactériens et identification à l'aide de VITEKMS

L'expérience a été réalisée en mettant en œuvre les étapes ci-dessous :

12 microorganismes ont été isolés sur gélose Columbia au sang (référence 43041, bioMérieux) après culture d'une nuit à 37°C,

Ces microorganismes ont été déposés sur les zones d'analyse d'une plaque d'analyse VITEK MS (référence 410893, bioMérieux) lpl de matrice HCCA, acide alpha-cyano 4 hydroxycinnamique (VITEK MS - CHCA, référence bioMérieux 411071) a été déposé sur les zones d'analyse comprenant déjà les microorganismes.

Les plaques d'analyse sont laissées sécher selon les recommandations du fournisseur.

Une analyse par spectromètre de masse MALDI-TOF a été réalisée avec un appareillage VITEK MS (référence 4700563, bioMérieux).

Les résultats ont été relevés dans Myla (bioMérieux) et reportés dans le TABLEAU 1.

TABLEAU 1 : Microorganismes identifiés

Exemple 2 : Préparation de plaques d'analyse selon l'invention avec des antibiotiques à différentes concentrations

Différentes solutions d'antibiotique ont été déposées sur des plaques d'analyse ayant la même géométrie que les cibles VITEK MS (référence 410893, bioMérieux), mais ayant des zones d'analyse réalisées en un matériau poreux. Plus précisément, 48 zones d'analyse, réalisées en matériau poreux, réparties en 3 groupes de 16 zones. Ces zones sont disposées en 4 colonnes de 12 lignes. Chaque colonne est identifiée par un chiffre de 1 à 4. Chaque ligne est identifiée par une lettre de A à L. Ainsi la zone d'analyse 13 se trouve à l'intersection de la 9ème ligne et de la 3ème colonne. La plaque d'analyse comporte également 3 positions de calibration, respectivement au centre des 3 groupes de 16 zones d'analyse. Contrairement aux zones destinées aux échantillons, ces zones de calibration ne sont pas réalisées en matériau poreux.

Les solutions suivantes d'antibiotique ont été préparées dans de l'eau : solution d'Oxacilline (référence Sigma 28221) à 0.125 pg/ml, 0.25 pg/ml, 0.5 pg/ml, 1 pg/ml, 2 pg/ml, 4 pg/ml, 8 pg/ml, 16 pg/ml, 32 pg/ml, 64 pg/ml, 128 pg/ml et 256 pg/ml ; solution d'Amoxicilline (référence Sigma A8523) à 2 pg/ml ; solution de Ceftriaxone (référence Sigma C5793) à 24 pg/ml ; solution de Méropénème (référence Sigma M2574) à 2 pg/ml.

2 pi de chaque solution d'antibiotique ont été déposés sous la forme d'une goutte, sur les zones d'analyse de plaques d'analyse. Les plaques d'analyse ont été incubées à 37°C en atmosphère sèche, jusqu'à ce que les gouttes soient complètement sèches. Ces plaques d'analyse ainsi fonctionnalisées ont été conservée à 4°C dans un blister plastique à l'abris de l'humidité et de la lumière jusqu'à utilisation.

Certaines plaques d'analyse ont été entièrement fonctionnalisées uniquement avec de l'Oxacilline à 2 pg/ml.

D'autres plaques d'analyse ont été fonctionnalisées avec 4 dépôts d'Oxacilline à 0.125 pg/ml, 4 dépôts d'Oxacilline à 0.25 pg/ml, 4 dépôts d'Oxacilline à 0.5 pg/ml, 4 dépôts d'Oxacilline à 1 pg/ml, 4 dépôts d'Oxacilline à 2 pg/ml, 4 dépôts d'Oxacilline à 4 pg/ml, 4 dépôts d'Oxacilline à 8 pg/ml, 4 dépôts d'Oxacilline à 16 pg/ml, 4 dépôts d'Oxacilline à 32 pg/ml, 4 dépôts d'Oxacilline à 64 pg/ml, 4 dépôts d'Oxacilline à 128 pg/ml, 4 dépôts d'Oxacilline à 256 pg/ml.

Enfin certains plaques d'analyse ont été fonctionnalisées avec 16 dépôts d'Amoxicilline à 2 pg/ml, 16 dépôts de Ceftriaxone à 24 pg/ml, 16 dépôts de Méropénème à 2 pg/ml.

Cette fonctionnalisation préalable des plaques d'analyse est ainsi particulièrement avantageux puisqu'elle permet de disposer d'une cible prête à l'emploi, préférablement fabriquée de façon industrielle.

Il est également possible de fabriquer à l'avance des plaques d'analyse comportant 48 zones activées avec le même antibiotique afin de tester plusieurs microorganismes simultanément. Il est même possible de fabriquer des plaques d'analyse fonctionnalisées avec des combinaisons et des concentrations d'antibiotique adaptées à la nature des microorganismes et/ou au contexte réglementaire et épidémique d'une région, voire d'un laboratoire donné, comme cela est classiquement pratiqué pour les cartes VITEK"^ de la demanderesse. Une plaque d'analyse avec une combinaison de différents antibiotiques permet ainsi de caractériser simultanément les propriétés de résistance/sensibilité d'un microorganisme à une pluralité d'antibiotique. De façon analogue, la présence de zones d'analyse avec différentes concentrations d'antibiotique permet de prédire la concentration minimale inhibitrice (CMI) d'un microorganisme.

Exemple 3 : optimisation de la caractérisation de la résistance aux antibiotiques selon l'invention

Des plaques d'analyse, fonctionnalisées selon l'exemple 2, ont été placées dans une cassette, telle qu'illustrée aux figures 3 à 5, pour permettre leur manipulation. Cette cassette comprend un joint ajourée de façon à pouvoir disposer la plaque d'analyse sur une éponge imbibée à saturation de milieu de culture Muller-Hinton. L'éponge imbibée d'un milieu de culture fait office de support, elle est en matériau poreux tel que décrit dans la description.

La concentration minimale inhibitrice (CMI en pg/ml) a été déterminée par microdilution en bouillon, technique très largement utilisée par l'homme du métier.

5 Les souches de référence figurant dans le Tableau 2 ont été analysées.

[TABLEAU 2] : Caractéristiques des souches de référence utilisées.

Dans la colonne Phénotype, RA signifie résistance à 'Amoxiciline, RC signifie résistance à la Ceftriaxone, RM signifie résistance à la Méropénème, RO résistance à l'Oxacilline, SA signifie sensible à l' Amoxiciline, SC signifie sensible à la Ceftriaxone, SM signifie sensible à la Méropénème, SO sensible 0 à l'Oxacilline.

Les souches de référence N°1 à 7 ont été diluées à 0.5 McFarland (McF) en milieu Muller- Hinton (référence bioMérieux AEB 110699), puis rediluées au 1/10°, 1/50° et 1/100°, toujours en milieu Muller-Hinton. 5 Pour chaque dilution de microorganismes, des gouttes de 2pl ont été déposées sur 4 zones d'analyse d'une plaque d'analyse selon l'invention. Les dilutions d'E. coli et de K. pneumoniae ont été analysées sur des plaques d'analyse avec 16 dépôts d'Amoxicilline, 16 dépôts de Ceftriaxone et 16 dépôts de Méropénème. Les dilutions de S. aureus ont été analysées sur des plaques d'analyse avec 2 pg/ml d'Oxacilline. 0 Des plaques d'analyse témoins, c'est-à-dire non fonctionnalisées (sans antibiotique), ont également été préparées. Les témoins négatifs ont été traités comme expliqué ci-dessous en supprimant l'étape d'incubation à l'étuve. Autrement dit, les gouttes ont été aspirées aussitôt après le dépôt. Les témoins positifs ont été traités en tout point comme expliqué ci-dessous.

Un couvercle a été placé sur la cassette contenant la plaque d'analyse de façon à se 5 clipser sur la cassette et à fermer le dispositif sans toucher le haut des gouttes. Les cassettes d'analyse ainsi préparées ont été mises à incuber à l'étuve à 37°C pendant 2, 3, 4 ou 5 heures.

A l'issue de l'étape d'incubation, les plaques d'analyse sont placées sur un papier buvard très absorbant sec, ayant une capacité d'absorption de 25 pL.cm ^-2 . De telle sorte que les gouttes présentes sur la plaque d'analyse soient aspirées par capillarité à travers les zones d'analyse réalisées en matériau poreux.

Le couvercle est ensuite déclipsé.

Un calibrant (souche d'E. coli ATCC 8739 cultivée sur gélose Columbia au sang, référence 43041, bioMérieux) a été déposé sur les zones de calibration. lpl de matrice HCCA, acide alpha-cyano 4 hydroxycinnamique (VITEK MS -CHCA, référence bioMérieux 411071) a été déposé sur les zones d'analyse, comprenant les microorganismes et l'agent antimicrobien, et sur les zones de calibration comprenant le calibrant.

La plaque d'analyse est ensuite séchée et analysée avec le VITEK MS comme décrit dans l'exemple 1.

La dilution des microorganismes a été choisie pour conduire à une probabilité d'identification inférieure ou égale à 60% sur les plaques témoins négatifs, voir même, le plus souvent, à une absence d'identification (quelle qu'en soit la raison indiquée par VITEK MS). Aucune identification à une autre espèce que celles étudiées n'a été observée, sinon elle aurait été considérée comme un résultat invalide. Des dilutions au 1/100° et au 1/10° ont été retenues respectivement pour les souches à Gram négatif et pour les souches à Gram positif.

La période d'incubation a été choisie pour conduire à une probabilité d'identification supérieure à 80% sur les cibles témoins positif. En général, une telle probabilité a été observée après 2 heures d'incubation pour les souches à Gram négatif et après 4 h pour les souches à Gram positif. Cependant des résultats conformes ont été obtenus pour toutes les souches après 4h d'incubation et il a semblé plus simple d'utiliser la même période d'incubation pour tous les microorganismes.

Dans ces conditions, à savoir 4h d'incubation pour respectivement une dilution au 1/100° et au 1/10° des souches à Gram négatif et positif, des identifications avec une probabilité supérieure ou égale à 90% ont été observées pour au moins 3 dépôts sur 4 lorsque le microorganisme de référence était résistant à l'antibiotique. A l'inverse, des absences d'identification ou des identifications avec une probabilité inférieure à 90% ont été observées pour au moins 3 dépôts sur 4 lorsque le microorganisme de référence était sensible à l'antibiotique testé. Ces résultats indiquent que de façon avantageuse, une probabilité d'identification supérieure ou égale à 90% pour au moins 3 dépôts sur 4 peut être utilisé comme seuil pour différencier les souches résistantes des souches sensibles.

Il est cependant possible que certaines espèces aient un comportement différent et nécessitent une optimisation des conditions d'analyses (dilutions, période d'incubation) ou d'interprétation (probabilité d'identification) différentes de celles observées pour les espèces étudiées ici.

Exemple 4 : Caractérisation de la résistance aux antibiotiques selon l'invention

Les isolats identifiés dans l'exemple 1 ont été dilués à 0.5 McFarland (McF) en milieu Muller-Hinton (référence bioMérieux AEB 110699), puis redilués au 1/100° pour les bactéries à Gram négatif et au 1/10° pour les bactéries à Gram positifs, toujours en milieu Muller- Hinton.

Des gouttes de 2pl des dilutions finales ont été déposées sur les zones d'analyse des plaques d'analyse selon l'invention tel que décrit dans l'exemple 2. Comme précédemment, les dilutions d'E. coli et de K. pneumoniae ont été analysés sur les cibles avec 16 dépôts d'Amoxicilline, 16 dépôts de Ceftriaxone et 16 dépôts de Méropénème. Les dilutions de Staphylocoques ont été analysés sur les cibles avec 2 pg/ml d'Oxacilline.

Lorsque aucun dépôt d'échantillon n'a été prévu sur une zone d'analyse, cette zone est recouverte par un film plastique Parafilm M (Bemis North America) avant de placer la plaque d'analyse dans la cassette. De cette façon, la zone d'analyse n'a pas été mise en contact avec le milieu de culture contenu dans l'éponge imbibée à saturation. Les positions non utilisées dans la première analyse sont ainsi restées utilisables pour une analyse ultérieure.

L'analyse a été conduite selon le même mode opératoire que dans l'exemple 3 avec une incubation de 4h pour tous les microorganismes. De même, les résultats ont été interprétés comme dans l'exemple 3, c'est-à-dire avec un seuil de probabilité d'identification supérieure ou égale à 90% pour au moins 3 dépôts sur 4.

Les résultats sont reportés dans les TABLEAUX 3 à 6 ci-dessus. Ces résultats montrent, qu'une identification correcte des bactéries par MALDI-TOF a pu être obtenue à partir de la première série d'acquisitions pour toutes les zones d'analyse, avec un niveau de confiance de 99,9%, montrant que les conditions expérimentales permettent encore de discriminer les différentes espèces.

[TABLEAU 3] : Analyse des isolats 1 à 4 avec une cible Amoxicilline, Ceftriaxone et Méropénème

Les résultats du Tableau 3 montrent que l'isolat 1 est caractérisé comme résistant à l'Amoxicilline, mais sensible au Ceftriaxone et au Méropénème. L'isolat 2 est, quant à lui, sensible aux trois antibiotiques. L'isolat 3 est résistant à l'Amoxicilline et au Ceftriaxone mais sensible au Méropénème. Enfin l'isolat 4 est résistant aux trois antibiotiques.

Ces résultats démontrent qu'il est possible de caractériser la résistance de plusieurs microorganismes, vis-à-vis de plusieurs antibiotiques, sur une même plaque d'analyse de l'invention.

[TABLEAU 4] : Analyse des isolats 5 à 8 avec une cible Amoxicilline, Ceftriaxone et Méropénème

L'isolat 5 est ainsi caractérisé comme un isolat d’E. coli résistant à l'Amoxicilline, mais sensible au Ceftriaxone et au Méropénème. L'isolat 6 est un isolat de K. pneumoniae résistant aux 3 antibiotiques. L'isolat 7 est un isolat de K. pneumoniae résistant à l'Amoxicilline, mais sensible au Ceftriaxone et au Méropénème. L'isolat 8 est un isolat de K. pneumoniae résistant à l'Amoxicilline et au Ceftriaxone, mais sensible au Méropénème.

Là encore, les inventeurs ont caractérisé la résistance de plusieurs microorganismes, y compris d'espèce différentes, vis-à-vis de plusieurs antibiotiques, sur une même plaque d'analyse. II est également possible de caractériser plusieurs microorganismes sur une cible partiellement utilisée, comme présenté dans le Tableau 5 ci-dessous.

[TABLEAU 5] : Analyse des isolats 9 à 12 avec une cible Oxacilline

L'isolat 9 est ainsi caractérisé comme un isolat de S. aureus résistant à l'Oxacilline, alors que les isolats 10 et 11 de S. aureus et l'isolat 12 de S. epidermidis y sont sensibles.

A noter que les positions El à L4 n'ont pas été utilisées dans cette analyse. Elles ont été protégées par un film plastique Parafilm M et sont utilisables pour une nouvelle analyse (cf. TABLEAU 6).

[TABLEAU 6] : Deuxième analyse des isolats 9 à 12 avec la même plaque d'analyse que pour le

TABLEAU 4.

Les mêmes résu tats ont été obtenus dans les Tableaux 5 et 6 dans deux analyses successives avec les mêmes isolats sur la même plaque d'analyse, ce qui prouve la possibilité de réutiliser une deuxième fois une zone d'analyse partiellement utilisée une première fois, ce qui est avantageux pour éviter de gaspillage les plaques d'analyse. Par la même occasion, cette expérience démontre la reproductibilité de la technique.

Exemple 5 : Détermination de la concentration minimale inhibitrice (CMI) selon l'invention Les dilutions de Staphylocoques des souches de référence et des isolats ont été analysées sur les plaques d'analyse selon l'invention avec 4 dépôts d'Oxacilline à 0.125 pg/ml, 4 dépôts d'Oxacilline à 0.25 pg/ml, 4 dépôts d'Oxacilline à 0.5 pg/ml, 4 dépôts d'Oxacilline à 1 pg/ml, 4 dépôts d'Oxacilline à 2 pg/ml, 4 dépôts d'Oxacilline à 4 pg/ml, 4 dépôts d'Oxacilline à 8 pg/ml, 4 dépôts d'Oxacilline à 16 pg/ml, 4 dépôts d'Oxacilline à 32 pg/ml, 4 dépôts d'Oxacilline à 64 pg/ml, 4 dépôts d'Oxacilline à 128 pg/ml, 4 dépôts d'Oxacilline à 256 pg/ml.

La souche de référence N°6 a été identifiée avec une probabilité de plus de 99.9% comme S. aureus dans 3 dépôts sur 4 avec une concentration d'Oxacilline de 0.125 pg/ml, pour un dépôt sur 4 pour une concentration de 0.25 pg/ml mais n'a pas été identifiée pour les concentrations supérieures d'Oxacilline. Cette souche a une CMI de 0.25 pg/ml (cf. TABLEAU 2), ce qui correspond à la plus faible concentration inhibitrice de croissance observée par le procédé de la présente invention.

De façon surprenante, un phénomène similaire a été observé avec la souche de référence N° 7. S. aureus a été identifié avec une probabilité de 99.9% de 0.125 à 64 pg/ml d'Oxacilline mais n'a pas été identifié pour les concentrations de 128 et 256 pg/ml. Une CMI de 128, conforme à celle du TABLEAU 2, est ainsi mise en évidence.

Les isolats 9 à 12 ont été analysés de la même façon et une CMI de 16 pg/ml a été observée pour l'isolat 9, de 0.25, 0.5 et 0.125 respectivement pour les isolats 10 à 12. Ces observations sont conformes aux prédictions de résistance à l'Oxacilline de l'Exemple 4, l'isolat 9 est résistant contrairement aux isolats 10 à 12. Elles permettent de surcroit une caractérisation plus fine des propriétés de résistance ou de sensibilité des microorganismes en estimant la concentration minimale inhibitrice (CMI).

Bien entendu, l'invention n'est pas limitée aux modes de réalisation décrits et représentés aux figures annexées. Des modifications restent possibles, notamment du point de vue de la constitution des divers éléments ou par substitution d'équivalents techniques, sans sortir pour autant du domaine de protection de l'invention.