Souche bactérienne dans la prévention et/ou le traitement de pathologies inflammatoires

[0001] Domaine technique

[0002] L'invention concerne une nouvelle souche bactérienne appartenant au genre Christensenella, une composition la comprenant et ses utilisations, notamment comme médicament dans le traitement et/ou la prévention de maladies telles que les maladies métaboliques et/ou les maladies inflammatoires.

[0003] Etat de l'art

[0004] Notre microbiote intestinal ou « flore intestinale » est constitué d'un ensemble de bactéries, virus, parasites et champignons non pathogènes, soit 10 ¹² à 10 ¹⁴ micro-organismes présents dans le tube digestif de chaque individu, ce qui représente 2 à 10 fois plus que le nombre de cellules présent dans notre corps. Dès lors, son rôle est de plus en plus étudié ces dernières années. En 2012, un microbiologiste a identifié et cultivé à partir de fèces humaines une nouvelle espèce : Christensenella minuta, appartenant aux Clostridiales gram-négatifs. (Morotomi et al., Description of Christensenella minuta gen. nov., sp. nov, isolated from human faeces, which forms a distinct branch in the order Clostridiales, and proposal of Christensenellaceae fam. nov., International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (2012), 62, 144-149).

[0005] Il est dorénavant admis par la communauté scientifique que le microbiote intestinal humain est lié à l'apparition de certaines pathologies dites « non transmissibles » et associées à une dysbiose du microbiote, telles que l'obésité, le diabète, les maladies métaboliques, les maladies inflammatoires intestinales, ou encore la dépression. Or, la prévalence de ces maladies ne cesse d'augmenter, sans aucun traitement satisfaisant.

[0006] Les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin (MICI) ou Inflammatory Bowel Disease (IBD) en Anglais regroupent les maladies liées à l'inflammation de l'intestin à caractère chronique. La maladie de Crohn et la rectocolite hémorragique en sont les principales. Il s'agit de maladies récentes, multifactorielles dont l'origine est inconnue. Dans un certain nombre de cas, l'apparition de ces maladies pourrait être liée à une prédisposition génétique, à l'environnement, mais encore au microbiote. Ces maladies ont toutes la particularité de présenter une inflammation de l'intestin ce qui induit une modification du microbiote et entretient alors l'inflammation.

[0007] Dans le cadre de la maladie de Crohn, l'inflammation est le plus souvent regroupée au niveau de l'iléon et du côlon. La rectocolite hémorragique (RCH) ou colite ulcéreuse affecte quant à elle plus particulièrement l'extrémité distale du tube digestif, c'est-à-dire le côlon et le rectum. Son incidence est restée stable, à 4,4 cas pour 100 000 habitants en France alors que celle de la maladie de Crohn a augmenté de 5,3 à 7,6 cas pour 100 000 habitants en France entre 1988 et 2014.

[0008] Ce sont des pathologies handicapantes pour lesquels aucun traitement curatif n'est disponible et dont la prévalence augmente fortement dans les pays occidentaux. Ces maladies ont la particularité d'agir par poussée dont la période de rémission est plus ou moins longue. L'objectif des traitements actuels est de prolonger la durée des rémissions le plus possible et donc d'améliorer la qualité de vie des patients malgré des traitements à vie.

[0009] Malgré des progrès dans la compréhension, et le diagnostic de ces pathologies, la médecine moderne n'a pas de solution curative satisfaisante, ce qui cause des problèmes de santé publique majeurs, notamment chez les adolescents dont la prévalence a fortement augmenté ces dernières années.

[0010] Il existe donc un besoin médical fort pour un produit capable d'agir sur le microbiote intestinal, en particulier dans la prévention et le traitement des maladies inflammatoires chroniques de l'intestin.

[0011] Un objectif de la présente invention est donc d'apporter une solution qui soit simple, efficace et économique pour restaurer un microbiote intestinal sain et donc traiter la dysbiose du microbiote intestinal, en particulier traiter les maladies inflammatoires chroniques, préférentiellement en évitant l'administration d'un traitement à vie et ainsi faire reculer la prévalence de ces maladies.

[0012] Résumé de l'invention

[0013] Pour répondre à cet objectif, les inventeurs ont identifié, parmi la multitude de bactéries présentes dans le microbiote intestinal et parmi les souches déjà connues appartenant à l'espèce Christensenella minuta, une nouvelle souche bactérienne de Christensenella minuta spécifique déposée auprès de l'institut Leibniz DSMZ (Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH, en français Collection allemande de micro-organismes et de cultures cellulaires GmbH) sous le numéro DSM 33715, particulièrement adaptée dans la prévention et/ou le traitement d'une dysbiose intestinale, préférentiellement les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin.

[0014] Ainsi, l'invention concerne une souche bactérienne de Christensenella minuta déposée sous le numéro DSM 33715 et ayant pour séquence d'ADNr 16S, la séquence SEQ ID NO :1, ainsi que toute souche comprenant une séquence nucléotidique ayant au moins 99,90% d'identité d'ANI (Average Nucleotide Identity - Identité Nucléotidique Moyenne) avec la séquence nucléotidique du génome de la souche bactérienne DSM 33715.

[0015] L'invention vise aussi le surnageant de la culture de la souche bactérienne selon l'invention mais également à une composition comprenant (i) au moins la souche bactérienne selon l'invention et/ou (ii) le surnageant de la culture selon l'invention et (iii) au moins un excipient acceptable. Ledit excipient acceptable étant préférentiellement un excipient pharmaceutiquement acceptable lorsqu'il s'agit d'un produit destiné à être utilisé comme médicament pour un usage humain ou un usage vétérinaire.

[0016] Enfin, l'invention est particulièrement adaptée pour utiliser ladite souche bactérienne, ledit surnageant ou ladite composition selon l'invention comme médicament. En effet, la présente invention est particulièrement adaptée dans la prévention et/ou le traitement de pathologies dites « non transmissibles » et associées à une dysbiose du microbiote intestinal ou maladies associées à une dysbiose du microbiote intestinal, en particulier les maladies telles que les maladies métaboliques, les maladies inflammatoires et d'autres qui seront détaillées ci-après.

[0017] Préférentiellement, l'invention vise à prévenir et/ou traiter les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin, plus préférentiellement la maladie de Crohn, ou la colite ulcéreuse.

[0018] Enfin, l'invention concerne également l'utilisation non thérapeutique de la souche bactérienne selon l'invention, et/ou du surnageant selon l'invention ou de la composition selon l'invention pour maintenir et/ou renforcer le microbiote intestinal et/ou soutenir la diversité du microbiote intestinal et/ou promouvoir l'augmentation de bactéries bénéfiques dans le microbiote intestinal chez un sujet sain.

[0019] D'autres caractéristiques et avantages ressortiront de la description détaillée de l'invention, des exemples et des figures qui vont suivre.

[0020] Brève description des Figures

[0021] La Figure IA représente une image d'une bactérie Christensenella minuta selon l'invention réalisée en microscopie électronique à transmission en coloration négative (grossissement : 36kX). [0022] La Figure IB représente un spectre MALDI caractéristique d'une culture pure d'une souche Christensenella minuta selon l'invention.

[0023] La Figure 2A représente l'effet immunomodulateur de la bactérie DSM 33715 sur des cellules PBMCs (3 donneurs sains testés)

[0024] La Figure 2B représente l'effet anti-inflammatoire de la bactérie DSM 33715 sur une lignée THP-1 différenciées en macrophages de type MO par traitement à la PMA (Phorbol 12- myristate 13-acetate).

[0025] La Figure 3 représente l'effet immunomodulateur de la bactérie DSM 33715 et de son surnageant sur la lignée d'adénocarcinome du côlon HT-29 productrice d'IL-8 après stimulation au TNF-a.

[0026] La Figure 4A représente l'effet anti-inflammatoire de DSM 33715 sur la voie de signalisation de l'inflammation NF-0B. Activation de la voie NF-0B par DSM 33715 dans les cellules HT-29 transfectées avec un système rapporteur et stimulées par le TNF-a, mesurée par l'activité luciférase et normalisée par la luminescence de la Renilla.

[0027] La Figure 4B représente l'effet anti-inflammatoire de DSM 33715 sur la voie de signalisation de l'inflammation JAK/STAT. Activation de la voie JAK/STAT par DSM 33715 dans les cellules HT-29 transfectées avec un système rapporteur et stimulées par l'IFN-y, mesurée par l'activité luciférase et normalisée par la luminescence de la Renilla.

[0028] La Figure 5 représente l'effet immunomodulateur du surnageant de DSM 33715 sur la lignée d'adénocarcinome du côlon HT-29 productrice d'IL-8 après stimulation au TNF-a, en présence d'un agent anti-inflammatoire utilisé en thérapeutique, le 5-ASA ou le Budésonide.

[0029] La Figure 6 représente l'effet anti-inflammatoire de DSM 33715 associé ou non au Tofacitinib sur la modulation de la voie de signalisation de l'inflammation JAK/STAT induite par l'IFN-y- La voie JAK/STAT est activée dans les cellules HT-29 transfectées avec un système rapporteur et stimulées par l'IFN-y, mesurée par l'activité luciférase et normalisée par la luminescence de la Renilla.

[0030] La Figure 7 représente l'effet de la souche DSM 33715 sur l'intégrité de la barrière intestinale par mesure de la résistance électrique transépithéliale. La condition PBS-Glycérol +/- TNF-a (contrôle) correspond au milieu de resuspension des bactéries.

[0031] La Figure 8A est un histogramme représentant la longueur moyenne des côlons, en fin d'expérimentation. Les données sont représentées par la moyenne +/- SEM en centimètre pour la longueur et en gramme pour le poids du côlon. [0032] La Figure 8B représente l'inflammation du côlon au niveau macroscopique calculé par le score de Wallace.

[0033] La Figure 8C représente l'inflammation au niveau histologique calculé par le score Ameho. Les données représentées sont les moyennes +/-SEM. Coloration MGG des coupes de colon pour l'évaluation du score histologique (Ameho)

[0034] La Figure 8D représente les niveaux d' I L-ip (panel A) et de Lipocaline-2 (panel B) dans le côlon. Les données représentées correspondent à la moyenne +/- SEM en ng/mg de protéines.

[0035] La Figure 9 représente l'intensité de l'inflammation et les lésions du côlon qui ont été évaluées au niveau macroscopique selon le score de Wallace (panel A) et l'intensité des lésions inflammatoires au niveau tissulaire évaluée selon le score histologique (panel B).

[0036] Description détaillée de l'invention

[0037] Définition

[0038] Par « bactérie » au sens de l'invention, on entend un microorganisme unicellulaire capable de se reproduire par division cellulaire. Les bactéries sont classées par famille, genre, espèce. Chaque espèce bactérienne comprend une diversité de souches bactériennes. La souche bactérienne selon l'invention appartient à la famille Christensenellaceae, le genre Christensenella et l'espèce minuta. Par « souche bactérienne » ou « souche » au sens de l'invention, on entend donc une souche bactérienne spécifique mais également toutes les bactéries issues de la souche ou obtenues à partir de la souche ou correspondant à la souche bactérienne et ayant les mêmes fonctions métaboliques, par exemple, au moins une bactérie prélevée d'une colonie issue de la souche. Par « bactérie(s) selon l'invention », au sens de l'invention, on entend donc également une souche bactérienne selon l'invention.

[0039] Par « souche bactérienne dérivée » ou « souche mutante » ou « souche dérivée » au sens de l'invention, on entend une souche bactérienne ayant une forte similarité avec la souche bactérienne déposée sous le numéro DSM 33715. Préférentiellement, la souche comprend une séquence nucléotidique ayant au moins 99,90% d'identité d'ANI avec la séquence nucléotidique de la souche bactérienne DSM 33715, plus préférentiellement au moins 99,91%, au moins 99,92%, au moins 99,93%, au moins 99,94%, au moins 99,95%, au moins 99,96%, au moins 99,97%, au moins 99,98%, ou au moins 99,99% d'identité d'ANL [0040] Par « surnageant » au sens de l'invention, on entend, le surnageant de culture de la souche bactérienne selon l'invention comprenant éventuellement des composés cellulaires de ladite souche et/ou débris cellulaires de ladite souche, et/ou des métabolites et/ou des molécules sécrétées par ladite souche.

[0041] Par « prévention » au sens de l'invention, on entend la réduction à un degré moindre du risque ou de la probabilité d'occurrence d'un phénomène donné, c'est-à-dire, dans le contexte de la présente invention, une dysbiose du microbiote intestinal et les maladies associées, plus préférentiellement les maladies inflammatoires chroniques, par exemple la maladie de Crohn ou la colite ulcéreuse.

[0042] Par « traitement » au sens de l'invention, on entend une diminution de la progression de la maladie, une stabilisation, une inversion ou régression, voire une interruption ou inhibition de la progression d'une dysbiose du microbiote intestinal et les maladies associées, plus préférentiellement les maladies inflammatoires chroniques, par exemple la maladie de Crohn ou la colite ulcéreuse. Dans le contexte de l'invention, ces termes s'appliquent également sur un ou plusieurs symptômes desdites maladies de la présente invention.

[0043] Par « milieu physiologiquement acceptable » au sens de l'invention on entend un milieu qui est compatible avec l'organisme de l'individu auquel ladite composition doit être administrée. Il peut s'agir, par exemple, d'un solvant non toxique tel que l'eau, de tampon, solutions salines. En particulier, ledit milieu est compatible avec une administration orale.

[0044] Par « excipient acceptable » au sens de l'invention on entend tout composé permettant de faciliter la mise en forme de la composition et ne modifiant pas la nature de l'activité biologique du principe actif. Un excipient acceptable peut être un solvant, tampon, solution saline, plastifiant, lubrifiant, milieu de dispersion, agents retardant l'absorption, agent d'écoulement, agent isotonique. Préférentiellement, il s'agit d'excipients pharmaceutiquement acceptables qui sont choisis selon la forme pharmaceutique et le mode d'administration souhaité, parmi les excipients habituels et connus de l'homme du métier et apte à un usage humain et/ou vétérinaire. L'excipient sera ainsi choisi en fonction de la voie d'administration, par exemple approprié pour une administration orale, intraveineuse, intramusculaire, topique etc.

[0045] Par « maladie associée à une dysbiose du microbiote intestinal » au sens de l'invention, on entend les maladies associées à une dysbiose du microbiote intestinal telles que certaines maladies métaboliques, par exemple les maladies liées à l'obésité dont l'obésité, le diabète, la NASH, la stéatose hépatique ou pancréatique ; des maladies inflammatoires, en particulier les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin, par exemple la maladie de Crohn, la colite ulcéreuse, les diverticulites, les gastrites, les pancréatites, ou le syndrome du côlon irritable ; mais également des maladies chroniques associées à une dysbiose, des maladies cardiaques et vasculaires, des cancers, par exemple les cancers liés au métabolisme.

[0046] Par « dysbiose du microbiote intestinal » on entend au sens de l'invention un déséquilibre de ce microbiote qui pourrait favoriser l'initiation, le maintien ou la sévérité de l'inflammation. A titre d'exemple, chez environ 5% des patients atteints de la maladie de Crohn, on trouve par exemple une famille d' Escherichia coli (AIEC), plus adhérentes aux cellules de la paroi intestinale et plus invasives que les souches habituelles, qui facilitent une réaction inflammatoire locale. Les causes potentielles de la dysbiose pourraient être d'origine alimentaire (régime gras et sucré, sans fibre, qui limite les bactéries productrices d'acides gras à courtes chaînes bénéfiques), infectieuse (épisodes aigus de gastroentérite infectieuse), ou environnementale (traitements antibiotiques répétés, exposition insuffisante aux pathogènes pendant l'enfance).

[0047] Par « agent anti-inflammatoire » on entend au sens de l'invention une molécule, un principe actif, un médicament, une composition pharmaceutique destinée à combattre une inflammation. En particulier, on entend un groupe de médicaments destinés à traiter une réaction inflammatoire et les maladies qui en résultent telles que les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin. A titre d'exemple, on peut citer comme médicaments antiinflammatoires, les corticoïdes (ou glucocorticoïdes ou anti-inflammatoires stéroïdiens) et les anti-inflammatoires non stéroïdiens.

[0048] Par « sujet sain », au sens de l'invention on entend un sujet non malade et ne souffrant pas de maladie, en particulier ne souffrant pas d'une maladie choisie parmi les maladies chroniques et/ou l'obésité et/ou les maladies métaboliques et/ou les maladies inflammatoires et/ou les cancers.

[0049] Souche bactérienne ou surnageant selon l'invention

[0050] Les inventeurs ont découvert la souche bactérienne de Christensenella minuta déposée sous le numéro DSM 33715, puis l'ont isolée à partir de fèces d'un donneur humain sain et ont démontré, dans des modèles in vitro, des effets anti-inflammatoires, en particulier un effet immunomodulateur tel que l'induction d'une production d'IL-10, une cytokine antiinflammatoire, supérieure ; et une diminution de certaines voies de signalisation telles que la voie NF-0B ou la voie JAK/STAT. Des résultats sur un modèle pré-clinique de colite induite par du TNBS chez le rat permettent de confirmer les effets anti-inflammatoires de la souche, en particulier sur les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin.

[0051] Les inventeurs ont également démontré que ladite souche bactérienne DSM 33715 permettait de restaurer ou renforcer et donc préserver l'intégrité de la barrière intestinale. Enfin, une synergie d'action a été établie lorsque la souche est utilisée en combinaison avec des agents anti-inflammatoires utilisés en clinique tel que le Pentasa (5-ASA), le Tofacitinib ou le Budésonide, permettant ainsi d'envisager l'administration de doses moins importantes de tels agents anti-inflammatoires connus pour leur toxicité et leurs effets indésirables auprès des patients.

[0052] La présente invention a donc pour objet une souche bactérienne de Christensenella minuta déposée sous le numéro DSM 33715 ci-après dénommée souche DSM 33715 ayant pour séquence d'ADNr 16S, la séquence SEQ ID NO :1.

[0053] L'ARN ribosomique 16S (ARNr 16S) est l'ARN ribosomique constituant la petite sous- unité des ribosomes des procaryotes. Les gènes codant cet ARN sont appelés ADNr 16S (16S rDNA en anglais). La séquence ADNr 16S est très utilisée en phylogénie du fait de sa structure très conservée qui permet de reconstruire l'histoire évolutive des organismes et en particulier des procaryotes et bactéries.

[0054] Le pourcentage d'identité de la séquence d'ADNr 16S entre deux souches bactériennes, plus particulièrement entre deux souches de Christensenella minuta peut être déterminé par la méthode dite BLAST qui est une méthode de recherche heuristique bien connu de l'homme de l'art. Il permet de trouver les régions similaires entre deux ou plusieurs séquences de nucléotides ou d'acides aminés, et de réaliser un alignement de ces régions homologues.

[0055] Or, la séquence d'ADNr 16S ne permet pas toujours de différencier deux souches d'une même espèce ayant pour autant des propriétés différentes, par exemple des propriétés antiinflammatoires. Par conséquent, l'Homme du métier de par ses connaissances générales est en mesure de caractériser une souche bactérienne selon d'autres paramètres tels que le calcul de distance phylogénétique basé sur le génome complet (ANI), la taille du génome, le nombre de CDS (Coding DNA Sequence ou en Français Séquence d'ADN Codante), mais également l'identification de gènes spécifiques à ladite souche d'intérêt.

[0056] Par « ANI », on entend au sens de l'invention le pourcentage d'identité moyen des nucléotides calculé à partir de la comparaison deux-à-deux de toutes les séquences de génome partagées entre les deux souches bactériennes. Selon les connaissances générales bien connues de l'Homme du métier, à partir de ladite souche d'intérêt déposée auprès de la DSMZ, l'ADN génomique peut être extrait à partir d'une culture bactérienne pure issue de ladite souche d'intérêt, suivi du séquençage de l'ADN selon différentes méthodes bien connues, par exemple Sanger, Roche 454, Illumina, Oxford Nanopore puis le génome séquencé est assemblé par bio-informatique et les séquences obtenues sont analysées. Enfin, les génomes d'intérêt sont comparés deux à deux pour calculer l'ANI.

[0057] Selon une variante, l'invention se rapporte également à une souche bactérienne dérivée de Christensenella minuta, caractérisée en ce qu'elle comprend une séquence nucléotidique ayant au moins 99,90% d'identité d'ANI avec la séquence nucléotidique de la souche bactérienne DSM 33715.

[0058] Préférentiellement ladite souche selon l'invention comprend une séquence nucléotidique ayant au moins 99,91%, au moins 99,92%, au moins 99,93%, au moins 99,94%, au moins 99,95%, au moins 99,96%, au moins 99,97%, au moins 99,98%, au moins 99,99% d'identité d'ANI avec la séquence nucléotidique de la souche bactérienne DSM 33715.

[0059] Une telle souche est donc une souche bactérienne de Christensenella minuta dérivée de la souche bactérienne déposée sous le numéro DSM 33715 permettant de maintenir ou d'améliorer les capacités décrites de la souche DSM 33715 dans le cadre de la présente invention.

[0060] Ladite souche dérivée peut ainsi être produite naturellement ou intentionnellement, par des méthodes de mutagénèse connues dans l'état de la technique. A titre d'exemple les méthodes de mutagénèse pouvant être mises en œuvre dans le cadre de la présente invention sont la croissance du micro-organisme original en présence d'agents mutagènes ou producteurs de stress, ou par le génie génétique visant à modifier des gènes spécifiques ou non telle que la mutagénèse dirigée ou la mutagénèse aléatoire. Selon un objet de l'invention, la souche dérivée de la souche DSM 33715 de C. minuta est un mutant génétiquement modifié. [0061] Selon un mode de réalisation particulièrement préféré, l'invention concerne la souche de Christensenella minuta déposée sous le numéro DSM 33715 auprès de l'institut Leibniz DSMZ (Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH, en français Collection allemande de micro-organismes et de cultures cellulaires GmbH). Ladite souche a pour séquence d'ADNr 16S, la séquence SEQ ID NO :1.

[0062] Un autre objet de l'invention se rapporte au surnageant de culture obtenu depuis la souche bactérienne DSM 33715 et/ou la souche dérivée. Préférentiellement, le surnageant de culture comprend au moins un des constituants choisis parmi un composé cellulaire bactérien, un débris cellulaire bactérien, un métabolite et/ou une(des) molécule(s) sécrété(s) par la souche et/ou la souche dérivée, ou leurs combinaisons.

[0063] Ainsi, les composés cellulaires et/ou débris cellulaires peuvent être des composants de la paroi, des acides nucléiques, des composants membranaires, des protéines, des lipides etc. Les métabolites ou molécules sécrété(s) peuvent être toute molécule produite ou modifiée par la bactérie en raison de son activité métabolique au cours de sa croissance, de son utilisation dans des procédés technologiques (par exemple, mais sans s'y limiter, des procédés de production d'aliments ou de médicaments). A titre d'exemple, les métabolites ou molécules peuvent être des protéines, acides aminées, enzymes, lipides, acides nucléiques etc. Par « métabolite et/ou une(des) molécule(s) sécrété(s) par la souche et/ou la souche dérivée », on entend une molécule produite et exportée ou libérée à l'extérieur de la bactérie par la bactérie.

[0064] Ainsi l'invention se rapporte également au surnageant de culture obtenu depuis la souche bactérienne selon l'invention.

[0065] Composition

[0066] La ou les souches selon l'invention ou souche(s) dérivée(s) et/ou le surnageant de culture précédemment décrit et les bactéries issues desdites souches, sont avantageusement administrées dans une composition.

[0067] Ainsi, l'invention concerne une composition comprenant : (i) au moins une souche bactérienne selon l'invention et/ou (ii) un surnageant selon l'invention et (iii) au moins un excipient acceptable.

[0068] En particulier, la composition comprend au moins une souche bactérienne déposée sous le numéro DSM 33715 et/ou au moins une souche ayant au moins 99,5% d'identité avec la séquence d'ADNr 16S de la souche DSM 33715 et/ou le surnageant de culture obtenu depuis lesdites souches et au moins un excipient acceptable et/ou un milieu physiologiquement acceptable.

[0069] Selon un mode de réalisation, la composition peut comprendre la souche bactérienne selon l'invention sous toute forme produisant les effets escomptés et l'efficacité décrite dans la présente demande. En particulier, la souche peut être sous forme vivante (cultivable ou non), morte, semi-vivante, atténuée ou inactivée. La forme morte, semi-vivante, atténuée ou inactivée peut être obtenue par différentes techniques connues de l'homme du métier. On citera par exemple les techniques suivantes : irradiation, inactivation thermique ou lyophilisation, en particulier par la chaleur, l'exposition à un pH approprié, aux UV, aux rayons gamma, aux rayons X ou à la mise sous haute pression.

[0070] Par « semi-vivante » on entend une bactérie à faible activité physiologique dont la capacité à proliférer est réduite, temporairement ou définitivement. Le terme « inactivé » désigne une bactérie qui n'est plus capable, temporairement ou définitivement, de proliférer. Le terme « morte » désigne une bactérie qui n'est plus capable, définitivement, de proliférer. Les bactéries mortes ou inactivées peuvent avoir les membranes cellulaires intactes ou rompues. Ainsi le terme « inactivé » désigne également les extraits et lysats de bactéries obtenues.

[0071] La composition selon l'invention peut également comprendre au moins un composé additionnel. Un composé additionnel peut être en particulier un ingrédient, une molécule, un principe actif, un microorganisme, une bactérie ou un mélange de bactéries.

[0072] Préférentiellement, le composé additionnel est un microorganisme différent de la souche bactérienne selon l'invention ou de la souche dérivée. Plus préférentiellement, le microorganisme est une bactérie du genre Christensenella. A titre d'exemple on peut citer une bactérie appartenant à l'espèce C. minuta, C. timonensis, C. massiliensis et leurs mélanges.

[0073] Selon une variante, le composé additionnel est un probiotique et/ou un prébiotique. Le prébiotique peut-être, par exemple au moins un prébiotique choisi parmi les galactooligosaccharides, les fructooligosaccharides, les inulines, les arabinoxylanes, les béta- glucanes, les lactoglobulines et/ou les béta-caséines.

[0074] Selon une autre variante, le composé additionnel peut être :

- au moins une bactérie produisant de l'acide lactique qui permet de créer un environnement anaérobique favorable aux Christensenellacées telle qu'au moins une bactérie choisie parmi les bactéries du genre Lactobacillus spp., Bifidobacterium spp., Streptococcus spp. et/ou

- au moins une bactérie produisant de l'acide butyrique qui permet de créer un environnement favorable aux Christensenellacées telle qu'une bactérie des genres Ruminococcaceae et Lachnospiraceae,

- au moins un autre organisme favorisant les conditions anaérobiques nécessaires à la survie des Christensenellacées telle qu'au moins une levure choisie parmi des Saccharomyces spp. ou des micro-organismes de la famille des Methanobacteriaceae, et/ou - au moins une bactérie associée à l'écosystème des Christensenellacées car elles facilitent leur survie dans l'intestin telle qu'au moins une bactérie choisie parmi les bactéries du phylum Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria, Tenericutes, et Verrucomicrobia, et/ou

- au moins un polyphénol tel que par exemple au moins un polyphénol choisi parmi la quercetin, le kaempférol, le resvératrol, les flavones (comme la lutéoline), les flavan-3-ols ou les catéchines, les flavanones (comme la naringinine), les isoflavones, les anthocyanidines, les oligo-proanthocyanidines, et/ou

- au moins un minéral et/ou au moins une vitamine et/ou au moins un agent nutritionnel, et/ou

- au moins un principe actif pharmaceutique préférentiellement choisi parmi les antiinflammatoires non stéroïdien, les anticorps dirigés contre des cibles proinflammatoires (tel que anti-TNF-alpha ou anti-IL6), les antirhumatismaux, les analgésiques, les antimicrobiens, les corticostéroïdes, les anaboliques stéroïdiens, les antidiabétiques, les agents thyroïdiens, les antidiarrhéiques, les antitussifs, les antiémétiques, les anti ulcères, les laxatifs, les anticoagulants, l'érythropoïétine, les immunoglobulines, les immunosuppresseurs, les hormones de croissance, les médicaments hormonaux, les modulateurs des récepteurs aux oestrogènes, les agents alkylant, les antimétabolites, les inhibiteurs mitotiques, les radiopharmaceutiques, les anti-dépresseurs, les antipsychotiques, les anxiolytiques, les hypnotiques, les sympathomimétiques, les stimulants, le donepezil, la tacrine, les médicaments pour l'asthme, les bêta-agonistes, les stéroïdes inhalés, les inhibiteurs de leucotriène, les cromoglycates ou acides cromoglycidiques, l'épinéphrine, la dornase alpha, les cytokines, les antagonistes de cytokines, les inhibiteurs de la Janus Kinase, les immunomodulateurs, les hypolipémiants, les hypocholestérolémiant, les anti-hypertenseurs.

[0075] Lorsque le composé additionnel est un microorganisme différent de la souche selon l'invention, le microorganisme est préférentiellement choisi parmi Akkermansia muciniphila, Faecalibacterium prausnitzii, Anaerobutiryricum hallii, Hafnia alvei, Roseburia intestinalis, Roseburia hominis, Roseburia faecis, Roseburia inulinivorans, Dysosmobacter welbionis, Oscillospira guillermondii, Lactiplantibacillus plantarum, Lacticaseibacillus casei, Latilactobacillus sakei, Ligilactobacillus salivarius, Limosilactobacillus fermentum, Limosilactobacillus reuteri, Levilactobacillus brevis, Bifidobacterium pseudoIongum, Bifidobacterium longum, Bifidobacterium infantis, Bifidobacterium animalis, Bifidobacterium adolescentis, Bifidobacterium bifidum, Bifidobacterium breve, Bifidobacterium lactis, Bifidobacterium stercoris et Bifidobacterium thermophilum.

[0076] Lorsque le composé additionnel est un principe actif pharmaceutique, il s'agit préférentiellement d'un principe actif choisi parmi le 5-ASA, la mesalamine, l'olsalazine, le budésonide, le Tofacitinib, le filgotinib, l'upadacitinib, l'infliximab, l'adalimumab, le golimumab, le certolizumab, le vedolizumab et l'ustekinumab.

[0077] Préférentiellement, la composition selon l'invention se présente sous toute forme acceptable pour être administrée à un sujet, préférentiellement un sujet humain ou animal non-humain. Ainsi, la composition selon l'invention vise également les usages vétérinaires.

[0078] De façon préférée, la composition selon l'invention se présente sous forme solide, liquide ou lyophilisée.

[0079] Lorsque la composition se présente sous forme liquide, elle peut notamment comprendre des souches bactériennes selon l'invention et/ou de la souche dérivée et/ou un milieu de culture physiologiquement acceptable pour lesdites bactéries qui permet de les conserver, comme, par exemple, préférentiellement le milieu Columbia agar anaérobique enrichi en sang de mouton, ou un milieu équivalent ne contenant pas de produit dérivé d'origine animale.

[0080] Lorsque la composition selon l'invention se présente sous forme solide, les souches bactériennes selon l'invention et/ou de la souche dérivée peuvent être présentes sous forme lyophilisée, et peuvent comprendre également des excipients tels que par exemple la cellulose microcrystalline, le lactose, le saccharose, le fructose, le lévulose, les amidons, le stachyose, le raffinose, l'amylum, le lactate de calcium, le sulfate de magnésium, le citrate de sodium, le calcium stearate, la polyvinylpyrrolidone, la maltodextrine, les galactooligosaccharides, les fructooligosaccharides, les pectines, les béta-glucans, les lactoglobulines, les isomaltooligosaccharides, les polydextroses, le mannitol, le sorbitol et/ou le glycérol.

[0081] Selon un autre mode de réalisation préféré, la composition selon l'invention est sous une forme adaptée à une administration par voie orale, nasale, parentérale, rectale, sublinguale, oculaire, auriculaire, intramusculaire, intraveineuse, inhalée ou cutanée.

[0082] La composition peut se présenter sous toute forme adaptée. Ainsi, la composition selon l'invention peut se présenter sous une forme choisie parmi une poudre, poudre microencapsulée, gélule, capsule, comprimé, pastille, granulés, émulsion, suspension, suppositoire, inhalateur et un sirop.

[0083] Selon un mode de réalisation particulièrement adapté, la composition selon l'invention peut se présenter sous une forme gastro-résistante, par exemple un comprimé enrobé contenant des bactéries microencapsulées. Ladite composition peut ainsi être pourvue d'un enrobage gastro-résistant soit résistant au suc gastrique, afin d'assurer que la ou les bacté rie(s) comprise(s) dans ladite composition puisse traverser l'estomac. La libération de(s) la bacté rie(s) peut ainsi se produire pour la première fois dans le tractus intestinal supérieur.

[0084] De façon particulièrement préférée, la composition comprend 10 ⁴ à 10 ¹² unités formant des colonies (CFU) de bactéries par dose quotidienne de composition à administrer préférentiellement 10 ⁶ à 10 ¹² unités formant des colonies (CFU) de bactéries par dose quotidienne de composition à administrer.

[0085] Préférentiellement cela correspond à une dose quotidienne de bactéries à administrer, quel que soit le poids de la personne ou de l'animal. De façon préférée, cette dose est administrée en une seule fois. Plus préférentiellement, la composition utile comprend 10 ⁵ à 10 ¹¹ CFU ou 10 ⁷ à 10 ¹¹ CFU de bactéries par dose quotidienne à administrer, encore plus préférentiellement 10 ⁹ CFU.

[0086] Lesdites bactéries sont un mélange de bactéries correspondant à ou issues de la souche bactérienne DSM 33715 et/ou correspondant à la souche dérivée.

[0087] Le terme CFU (Colony Forming Unit) ou UFC (Unité Formant Colonie) est une unité permettant de dénombrer le nombre de bactéries capables de donner naissance à une colonie lors de la propagation, c'est-à-dire des bactéries viables. Il faut comprendre que des bactéries non viables peuvent également être présentes dans les compositions et qu'en général, elles ne devraient pas avoir d'effet négatif sur les propriétés des bactéries vivantes de la composition, et au contraire, elles peuvent exercer un effet sur elles-mêmes.

[0088] Préférentiellement, la dose quotidienne est mesurée par gramme ou millilitre de la composition selon l'invention finale.

[0089] Selon un autre objet préféré, lorsque la composition selon l'invention comprend un mélange de bactéries, ledit mélange comprenant au moins des bactéries vivantes, la composition comprend préférentiellement, au moins 1% de bactéries vivantes (en nombre), plus préférentiellement au moins 10% de bactéries vivantes (en nombre), encore plus préférentiellement au moins 50% de bactéries vivantes (en nombre). [0090] Les bactéries vivantes sont préférentiellement un mélange de bactéries correspondant à la souche bactérienne DSM 33715 et/ou correspondant à la souche dérivée ayant au moins 99,90% d'identité d'ANI avec la séquence nucléotidique de la souche bactérienne DSM 33715. [0091] Dans le cas de la mise en oeuvre d'un surnageant de l'une des quelconques souches bactériennes susmentionnées, la composition selon l'invention l'incluant peut notamment en comprendre une teneur comprise entre 0,1 et 99 % en poids, notamment de 5 à 95 % en poids, en particulier de 10 à 90 % en poids et plus particulièrement de 15 à 85 % en poids, par rapport au poids total de la composition.

[0092] Ainsi, une composition selon l'invention peut comprendre une teneur comprise entre 0,1 et 99 % en poids, notamment de 5 à 95 %, en particulier de 10 à 90 % en poids, plus particulièrement de 15 à 85 % en poids, de surnageant par rapport au poids total de la composition.

[0093] Lorsque la composition est destinée à un usage thérapeutique, la composition peut comprendre au moins un excipient pharmaceutiquement acceptable.

[0094] Lorsque la composition comprend un tel excipient pharmaceutique ment acceptable, la composition selon l'invention est préférentiellement une composition pharmaceutique.

[0095] L'invention concerne donc également une composition pharmaceutique comprenant un ou des ingrédients inclus dans la composition selon l'invention et selon l'un des quelconques modes de réalisation décrits précédemment.

[0096] Ladite composition pharmaceutique selon l'invention a au moins une application dans l'amélioration du bien-être physique, physiologique ou psychologique d'un sujet malade, qui se traduit par une amélioration de l'état général de santé dudit sujet ou une réduction du risque de maladie. Ladite composition pharmaceutique est un médicament.

[0097] Selon un autre aspect, la composition selon l'invention peut se présenter sous la forme d'un produit alimentaire, d'une boisson, d'un nutraceutique, d'un additif alimentaire, d'un complément alimentaire ou d'un produit laitier.

[0098] Lorsque, la composition selon l'invention est comprise dans un complément alimentaire pour une administration par voie orale, celle-ci peut être sous forme de capsules, de gélules, de capsules molles, de comprimés, de comprimés dragéifiés, de pilules, de pâtes, de pastilles, de gommes, de solutions ou émulsions buvables, de sirop ou de gel.

[0099] Un complément alimentaire selon la présente invention peut comprendre en outre un édulcorant, un stabilisant, un antioxydant, un additif, un agent aromatisant et/ou un colorant. La formulation de celui-ci est effectuée au moyen des procédés usuels pour produire des comprimés dragéifiés, des gélules, des gels, des hydrogels pour libération contrôlée, des émulsions, des comprimés ou des capsules.

[0100] Une composition selon la présente invention peut également être sous la forme d'une composition nutritionnelle. Une telle composition nutritionnelle selon la présente invention peut être sous la forme d'un yaourt, une barre de céréale, des céréales pour le petit-déjeuner, un dessert, un aliment congelé, une soupe, un aliment pour animaux de compagnie, une suspension liquide, une poudre, un comprimé, une gomme ou un bonbon.

[0101] Une composition nutritionnelle selon la présente invention peut comprendre en outre au moins un ingrédient choisi parmi : des antioxydants, des huiles de poisson, DHA, EPA, des vitamines, des minéraux, des phytonutriments, une protéine, un lipide, des probiotiques, des prébiotiques et des combinaisons de ceux-ci.

[0102] Utilisation

[0103] L'invention concerne donc la souche bactérienne selon l'invention et/ou la souche dérivée, le surnageant selon l'invention, plus particulièrement la composition selon l'invention pour son utilisation comme médicament.

[0104] En particulier, l'invention permet de fournir une quantité efficace de souches bactériennes selon l'invention ou de la souche dérivée, pour son utilisation comme médicament.

[0105] L'utilisation comme médicament dans le contexte de la présente invention se réfère à une utilisation humaine ou vétérinaire, ledit médicament est alors administré à un sujet humain ou un sujet animal non-humain. Par sujet humain, on entend également un adulte ou un enfant ou un bébé, y compris un nouveau-né ou un nourrisson.

[0106] Préférentiellement, la composition selon l'invention est destinée à être utilisée dans la prévention et/ou le traitement d'une dysbiose du microbiote, en particulier du microbiote intestinal et/ou des maladies associées à une dysbiose du microbiote intestinal et/ou des maladies chroniques et/ou de l'obésité et/ou des maladies métaboliques et/ou des maladies inflammatoires et/ou des cancers.

[0107] De façon plus préférée, la composition selon l'invention est destinée à être utilisée dans la prévention et/ou le traitement de maladies inflammatoires chroniques de l'intestin, en particulier d'une maladie choisie parmi la maladie de Crohn, la colite ulcéreuse, la recto-colite ulcéro-hémorragique, la diverticulite, l'cesophagite, les gastrites, les pancréatites, l'ulcère gastro-duodénal, le syndrome du côlon irritable.

[0108] Selon une variante, l'invention se rapporte également à la composition selon l'invention pour son utilisation comme médicament, dans la prévention et/ou le traitement d'au moins une maladie choisie parmi :

- Les maladies métaboliques, choisies parmi le diabète non-insulinodépendant, le diabète gestationnel, la NASH, la stéatose hépatique, la stéatose pancréatique, les hyperlipidémies, les hypercholestérolémie, l'infertilité liée au surpoids, l'incontinence urinaire liée au surpoids,

- Les autres maladies métaboliques chroniques, dont les thyroïdites,

- les maladies cardiaques et vasculaires, choisies parmi l'athérosclérose, les thrombopathies, les péricardites aiguës et la péricardite chronique constrictive, l'hypertension artérielle, les vascularites

- les maladies du foie et des canaux biliaires, choisies parmi les hépatites, la cirrhose biliaire primitive, la cholangite sclérosante primitive, la cirrhose, l'encéphalopathie hépatique, les lithiases vésiculaires

- les maladies articulaires liées au surpoids, choisies parmi l'ostéopénie, l'ostéoporose, l'arthrose, l'inflammation des disques vertébraux

- les maladies neurodégénératives, choisies parmi la maladie d'Alzheimer, la maladie de Parkinson, les maladies du motoneurone telles que la sclérose latérale amyotrophique, la sclérose latérale primitive et la maladie de Kennedy

- les cancers liés au métabolisme et/ou à une dysbiose du microbiote, choisies parmi les hépatocarcinomes, les cancers du tube digestif tel que de l'œsophage, de l'estomac et cancer colorectal, carcinome pancréatique, les tumeurs neuroendocrines (TNE) du système gastro-entéro-pancréatique, les tumeurs hépatiques, les tumeurs de la vésicule biliaire et des voies biliaires, les tumeurs rénales, les glioblastomes, les lymphomes, les myélomes multiples, la leucémie myéloïde chronique, les maladies myéloprolifératives chroniques, les carcinomes pulmonaires

- les maladies auto-immunes, choisies parmi le diabète insulino-dépendant, la polyarthrite rhumatoïde, la spondylarthrite ankylosante, le rhumatisme psoriasique, le lupus érythémateux disséminé, le syndrome auto-immun polyendocrinien

- les maladies dermatologiques atopiques, choisies parmi l'eczéma, le psoriasis - les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin, choisies parmi la maladie de Crohn, la recto-colite ulcéro-hémorragique, la diverticulite, l'cesophagite, les gastrites, les pancréatites, l'ulcère gastro-duodénal, le syndrome du côlon irritable

- les troubles de la fonction respiratoire, choisies parmi l'asthme, la mucoviscidose, les maladies pulmonaires chroniques obstructives et la bronchite chronique, les maladies pulmonaires interstitielles et fibroses pulmonaires, le syndrome d'apnée du sommeil (SAOS)

- les pneumonies, choisies parmi les pneumonies infectieuses, la pneumonie à influenza et la grippe aviaire, le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), la pneumonie à Pneumocystis

- Les diarrhées infectieuses, choisies parmi l'infection par Clostridium difficile, l'infection par EHEC, la gastro-entérite à salmonelles, l'entérite à Campylobacter, les toxiinfections alimentaires par bactéries productrices d'entérotoxines, le choléra, la yersiniose, la shigellose, la cryptosporidiose, la listériose

- Les allergies alimentaires, choisies parmi la maladie cœliaque, l'intolérance au lactose, le syndrome de malabsorption des sels biliaires

- Les néphrologies inflammatoires ou en lien avec une dysbiose du microbiote, choisies parmi l'urétrite, l'insuffisance rénale chronique, les urolithiases

- Autres désordres inflammatoires, choisies parmi la sclérose en plaque, la lymphangite

- Les maladies neurologiques en lien avec une dysbiose du microbiote, choisies parmi l'anorexie, la boulimie, la dépression, le syndrome bipolaire, l'autisme, la schizophrénie, le syndrome de Tourette.

[0109] Selon un dernier objet, l'invention concerne également une utilisation non thérapeutique de la composition selon l'invention pour maintenir et/ou renforcer le microbiote intestinal et/ou soutenir la diversité du microbiote intestinal et/ou promouvoir l'augmentation de bactéries bénéfiques dans le microbiote intestinal et/ou promouvoir la perte de poids chez un sujet sain.

[0110] Préférentiellement, lorsque la composition vise à renforcer le microbiote intestinal et/ou soutenir la diversité du microbiote intestinal et/ou promouvoir l'augmentation de bactéries bénéfiques dans le microbiote intestinal et/ou promouvoir la perte de poids chez un sujet sain, alors la composition est sous la forme d'un produit alimentaire, d'une boisson, d'un nutraceutique, d'un additif alimentaire, d'un complément alimentaire ou d'un produit laitier. [0111] L'invention est à présent illustrée par des exemples de bactéries utiles selon l'invention, de procédés de cultures de ces bactéries, des exemples de compositions les contenant et des résultats d'essais démontrant leur efficacité, présentés uniquement à titre d'illustration.

[0112] Exemples

[0113] Exemple 1 : Caractérisation de C. minuta selon l'invention déposée sous le numéro DSM 33715.

[0114] La souche bactérienne C. minuta DSM 33715 peut être caractérisée selon les méthodes suivantes.

[0115] Les bactéries natives de la souche DSM 33715 (10 pL de milieu de culture dosé à 10 ⁹ CFU/mL) ont été déposées sur des grilles en carbone ionisé (Delta Microscopy, Toulouse, France) et une coloration négative a été réalisée avec du Nano-Tungsten (Nano-W, Nanoprobes, LFG Distribution, France).

[0116] L'observation des bactéries montées sur grille a été réalisée avec un microscope électronique à transmission (Talos F200S G2 - Thermofisher - Eindhoven) à 200kV, équipé d'une camera 4K*4K One View (Gatan, Paris, France). La préparation des échantillons, ainsi que les acquisitions ont été réalisées au Bordeaux Imaging Center (membre de France- Biolmaging, ANR-10-INBS-04).

[0117] L'activité oxidase a été déterminée par l'utilisation de bandelettes de test oxidase (Sigma-Aldrich) par évaluation du changement de couleur après ajout d'une goutte de culture bactérienne liquide.

[0118] L'activité catalase a été déterminée à deux concentrations d'FbCh (3 et 15%), ajoutées sur une colonie de DSM 33715, le statut catalase étant évalué visuellement par la formation de bulles.

[0119] La coloration de gram a été réalisée suivant la procédure classique.

[0120] La tolérance à la bile et au pH ont été évaluées en milieu GAM modifié (HyServe) liquide. Pour la tolérance à la bile, des milieux contenant 0-2-4-6 et 8% d'Oxgall (Difco Laboratories) ont été utilisés, correspondant respectivement à 0-20-40-60 et 80% de bile. Pour la tolérance au pH, des milieux à pH 4-5-6-7 et 8 ont été utilisés. L'ensemble des milieux a été dégazés dans la chambre anaérobiques avant inoculation avec 10 pl d'une suspension bactérienne au 0,5 de McFarland. La densité optique à 600 nm a été prise à Oh, 24h, 48h, 72h et 96h.

[0121] Les tests d'antibiorésistance ont été réalisé par l'utilisation de concentration minimale inhibitrice (CMI) selon la méthode de référence de dilution en milieu gélosé du CLSI (Clinical and laboratory Standards Institute). Les solutions stock de chaque antibiotique ont été préparées et stérilisées par filtration à 0,2 p : ampicilline (Sigma-Aldrich), tétracycline (Sigma- Aldrich, Chloramphénicol (Sigma-Aldrich), clindamycine (Sigma-Aldrich), méropénème (USP), pipéracilline (USP), tazobactam (USP), et ceftriaxone (USP). Le milieu Brucella agar (BD BBL) supplémenté avec 5 pg/ml d'hémine (Sigma-Aldrich), 1 pg/ml de vitamine Kl (Sigma-Aldrich) et 5% (v/v) de sang de mouton hémolysé (laked) (Hemostat) a été utilisé comme milieu de test. Les boîtes agar avec différentes dilutions d'antibiotique ont été préparées et dégazées dans la chambre anaérobique avant inoculation. L'inoculum de DSM 33715 a été resuspendu au standard 0,5 de McFarland en eau peptonée. 2 pl de l'inoculum ont été déposés à la surface de l'agar (chaque spot correspondant approximativement à 10 ⁵ CFU/ml). Un triplicat est réalisé par concentration d'antibiotique. Les boîtes ont ensuite été incubées pendant 6 jours à 37°C en condition anaérobique. Les valeurs de CMI ont été déterminées selon les directives du CLSI et ont été interprétées comme sensible, intermédiaire ou résistante, basées sur les points de rupture des anaérobes du CLSI.

[0122] Résultats de caractérisation

[0123] La souche DSM 33715 est strictement anaérobique avec une phase exponentielle de croissance entre 20 et 40h et une phase stationnaire commençant à 40h, non motile, non sporulante, négative pour l'activité oxydase et catalase et est gram négative. DSM 33715 est négative pour la majorité des enzymes testées, à l'exception de l'acidification du glucose, du xylose, du rhamnose et de l'arabinose, ce qui est cohérent avec la description des Christensenella minuta faite par Morotomi et al. Elle présente les activités enzymatiques suivantes : 0-Glucosidase, 0-Arabinosidase, Glutamic Acid Décarboxylase, ainsi qu'Estérase, Acid Phosphatase et Napthol-AS-BI-Phosphatase. Une résistance aux acides biliaires a été observée jusqu'à 80g/l d'Oxgall, correspondant à 80% de bile. DSM 33715 présente également une croissance en milieu avec un pH allant de 6 à 9. Enfin, la souche DSM 33715 montre une résistance à l'ampicilline et la tétracycline.

[0124] La Figure IA représente l'image d'une bactérie Christensenella minuta selon l'invention réalisée en microscopie électronique à transmission en coloration négative (grossissement : 36kX). Les dimensions moyennes d'une bactérie de la souche DSM 33715 sont : longueur 1,27 +- 0,28 mm ; largeur= 0,507 +- 0,04 mm ; avec une épaisseur de membrane= 29,4 nm (moyenne réalisée à partir de 41 bactéries). La souche a une forme courte avec les extrémités effilées, se présentant en singulet, paires ou rosaces.

[0125] La souche selon l'invention peut également être caractérisée par l'analyse d'un spectre MALDI.

[0126] Ainsi, une culture pure de la souche DSM 33715 est incubé dans un milieu gélosé et soumis à une analyse de désorption-ionisation laser assistée par matrice (MALDI) en utilisant un instrument MALDI Biotyper (Bruker) et en employant la méthode standard recommandée par le fabriquant.

[0127] L'identification par MALDI est une méthode connue permettant d'identifier une colonie bactérienne au niveau du genre et de l'espèce. Celui-ci est caractéristique de la composition moléculaire de la surface de ladite bactérie. Ainsi, la Figure IB représente le spectre MALDI caractéristique d'une culture pure de Christensenella minuta selon l'invention (DSM 33715). Celui-ci permet de confirmer l'appartenance de ladite souche à l'espèce C. minuta et ainsi de valider la pureté de la culture. [0128] Exemple 2 : Comparaison entre la souche selon l'invention (DSM 33715) et des souches de C. minuta de l'art antérieur.

[0129] Les inventeurs ont également comparé la souche selon l'invention (DSM 33715) à des souches connues de C. minuta telles que la souche de référence déposée sous le numéro DSM 22607, la souche déposée sous le numéro DSM 32891 et la souche déposée sous le numéro DSM 33407 selon plusieurs paramètres tels que la séquence de l'ADNr 16S, la taille du génome en paire de base (bp), la distance phylogénétique basée sur le génome complet (ANI), le nombre de séquence codante (CDS) et des exemples de gènes spécifiques à la souche.

[0130] Les résultats sont présentés dans les tableaux 1 à 3 ci-après.

[0131] [Tableau 1]

[0132] [Tableau 2]

[0133] [Tableau 3]

[0134] Ainsi, la souche selon l'invention (DSM 33715) possède la même séquence d'ADNr 16S que les trois autres souches de C. minuta déjà connues et ce malgré des propriétés métaboliques et un potentiel anti-inflammatoire différent. Toutefois, la taille du génome, l'ensemble du génome, le nombre de séquences codantes et certains gènes spécifiques de ladite souche permettent de caractériser et de différencier les souches entre-elles. Notamment, la souche selon l'invention possède le génome le plus grand et un nombre de séquence codante plus important que les souches déjà connues.

[0135] Exemple 2 : Effet anti-inflammatoire de la souche selon l'invention. [0136] Dans la présente étude, les inventeurs ont étudié l'effet immunomodulateur pro- et anti-inflammatoire de la souche DSM 33715.

[0137] Le protocole d'étude est le suivant.

[0138] Des PBMCs issues de 3 donneurs sains (Lonza) ont été ensemencées en plaques 24 puits à lxlO ⁶ ce 11 u les/puits en milieu RPMI (Gibco) supplémenté de 2% de sérum de veau foetal (SVF, Gibco) et incubées à 37°C/5% CO2 pendant 24h en présence de la bactérie DSM 33715 à une MOI de 50 ou de milieu bactérien-Glycérol comme contrôle. Après 24h, les surnageants de culture cellulaire ont été collectés et stockés à - 80°C jusqu'à la quantification de l'IL-10 par ELISA. Le dosage de l'IL-10 a été effectué par ELISA spécifique de BioLegend, selon les instructions du fabricant. L'absorbance à 460 nm a été lue en utilisant le lecteur de microplaques FluoStar Omega, BMG Labtech.

[0139] Les cellules THP-1 (ECACC) ont été ensemencées à 5xl0 ⁵ cellu les/puits en plaques 24 puits en milieu RPMI (Gibco) supplémenté de 10% de SVF (Gibco) en présence de 100 ng/ml de PMA (Enzo Life Sciences) pendant 48h, afin de différencier les cellules monocytaires en macrophages de type MO. Les cellules ont ensuite été lavées au PBS-1X (Gibco) et cultivées pendant 24h supplémentaires en milieu RPMI à 2% de SVF. Les cellules ont ensuite été stimulées pendant 24h avec la bactérie DSM 33715 à une MOI de 50 ou du PBSIX-Glycérol comme contrôle. Après 24h, les surnageants de culture cellulaire ont été collectés et stockés à - 80°C jusqu'à la quantification de l'IL-10 par ELISA. Le dosage de l'IL-10 a été effectué par ELISA spécifique de BioLegend, selon les instructions du fabricant. L'absorbance à 460 nm a été lue en utilisant le lecteur de microplaques FluoStar Omega, BMG Labtech.

[0140] Statististiques: one-way ANOVA suivi par Dunett's multiple comparisons, * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, **** p < 0.0001.

[0141] Résultats

[0142] Pour évaluer l'effet immunomodulateur de la souche DSM 33715, les cellules PBMCs ont été incubées 24h en présence de la bactérie DSM 33715 à une MOI de 50. La chimiokine IL-10 est une cytokine anti-inflammatoire. Les valeurs représentent la sécrétion d'IL-10 induite par la souche selon l'invention (DSM 33715). Pour 2 des 3 donneurs DSM 33715 induit une production d'IL-10 supérieur à une souche de référence de C. minuta DSM 22607 (Figure 2A). [0143] L'induction de production d'IL-10, une cytokine anti-inflammatoire, par DSM 33715 a également été mise en évidence par le modèle cellulaire THP-1 différencié en macrophage type MO par traitement à la PMA (Figure 2B).

[0144] La souche DSM 33715 présente ainsi un effet immunomodulateur anti-inflammatoire plus important que la souche de référence de C. minuta et possède donc un fort potentiel thérapeutique dans les maladies inflammatoires.

[0145] Exemple 3 : Effet anti-inflammatoire de la souche selon l'invention.

[0146] Dans la présente étude, les inventeurs ont étudié l'effet anti-inflammatoire de la souche DSM 33715 sur une lignée d'adénocarcinome du côlon HT-29 productrice d'IL-8 après stimulation au TNF-a.

[0147] Les cellules HT-29 (ECACC) ont été ensemencées en plaques 24 puits à 3xl0 ⁵ cellules/ puits en milieu McCoy's 5A (Gibco) supplémenté de 10% de sérum de veau foetal (SVF, Gibco) et incubées à 37°C/5% CO2 pendant 24h. Les cellules ont été lavées au PBS-1X (Gibco) et cultivées pendant 24h supplémentaires en milieu McCoy's 5A à 2% de SVF. Les cellules ont ensuite été stimulées pendant 6 heures avec 5 ng/ml de TNF-a en présence de 50 bactéries pour 1 cellule HT-29 (MOI 50) de DSM 33715 ou 10% de surnageant ou de PBSIX-Glycérol ou milieu de culture bactérien comme contrôles (ctrl). DSM 22607 est la souche de référence. Le 5-ASA (20 mM) est un agent anti-inflammatoire utilisé en contrôle. Après 6h, les surnageants de culture cellulaire ont été collectés et stockés à - 80°C jusqu'à la quantification de l'IL-8 par ELISA. Le dosage de l'IL-8 a été effectué par ELISA spécifique de BioLegend, selon les instructions du fabricant. L'absorbance à 460 nm a été lue en utilisant le lecteur de microplaques FluoStar Omega, BMG Labtech. 6 expériences indépendantes ont été réalisées en duplicat. Statististiques: one-way ANOVA suivi par Dunett's multiple comparisons, * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, **** p < 0.0001.

[0148] Résultats

[0149] Pour évaluer l'effet immunomodulateur de la souche DSM 33715, les cellules HT-29 ont été stimulées avec la cytokine pro-inflammatoire TNF-a et la bactérie DSM 33715 à une MOI de 50 en début de phase stationnaire de croissance ou de son surnageant, pendant 6H. La chimiokine IL-8 est sécrétée par les HT-29 dans un état inflammatoire induit par le TNF-a (Ctrl). Les valeurs représentent la moyenne normalisée en pourcentage par rapport au contrôle + TNF-a (PBS-Glycérol pour la bactérie et le milieu de culture bactérien pour le surnageant), représentant la sécrétion d'IL-8 induite par stimulation au TNF-a, soit 100%. En présence de DSM 33715 ou de son surnageant, la sécrétion de l'IL-8 est diminuée de 50% par rapport au contrôle (p<0.0001, Dunnett's multiple comparisons test). Ainsi, la souche DSM 33715 et son surnageant présente un effet immunomodulateur anti-inflammatoire.

[0150] Exemple 4 : Effet anti-inflammatoire de la souche selon l'invention.

[0151] Dans la présente étude, les inventeurs ont étudié l'effet anti-inflammatoire de la souche DSM 33715 sur les voies de signalisation de l'inflammation NF-0B et JAK/STAT.

[0152] Les cellules HT-29 à une densité de 3xl0 ⁵ cellules/puits, en plaque 24 puits, ont été transfectées selon un protocole de reverse-transfection, avec 200 ng de vecteur pRelA-luc (voie de signalisation NF-0B) ou pGL4 luc2P GAS-RE (voie de signalisation JAK/STAT dépendante de l'IFN-y) et 10 ng de vecteur pRL-TK (Promega), utilisant le réactif de transfection X-tremeGENE HP DNA avec un ration 3:1 (Roche). Brièvement, les complexes de transfection réactif/ADN ont été préparés dans un volume final de 50 pl de milieu McCoy's 5A sans sérum et sans antibiotique, la quantité appropriée de chaque plasmide a été ajoutée et homogénéisée, puis l'agent de transfection a été ajouté (3:1). Les complexes de transfection ont été mélangés délicatement et incubés à température ambiante pendant 15 minutes. Après incubation, les complexes de transfection ont été ajoutés aux cellules HT-29 fraîchement resuspendue à la densité appropriée en milieu McCoy's 5A supplémenté de 10 % de SVF, puis les mélanges cellules/complexe de transfection ont été délicatement homogénéisés et mis en plaque. Les plaques ont été incubées pendant 24h en atmosphère humide à 5% de CO2 et le milieu a ensuite été remplacé par du milieu à 2% de SVF pendant 12h, après lavage en PBS IX. Après 12h de privation de sérum, le milieu a été retiré et remplacé par du milieu 2% SVF +/- 5 ng/ml de TNF-a (système rapporteur NF-0B) ou 100 pg/ml d'IFN-y (système rapporteur JAK/STAT) et 10% de surnageant de DSM 33715 ou de milieu de culture bactérien comme contrôle ou l'inhibiteur spécifique de la voie de signalisation (5 pM BAY11-7082 pour la voie NF-0B et 1 pM Tofacitinib pour la voie JAK/STAT). Après 6h de co-incubation, les cellules ont été lavées au PBS IX et lysées dans 50 pl de tampon lyse passif (Promega) pendant 15 min à température ambiante avec agitation orbitale, les lysats protéiques ont ensuite été transférés en microtubes. Un test rapporteur Luciférase (Dual-Luciferase reporter assay, Promega) a été réalisé avec des modifications mineures des instructions du fabricant. Brièvement, 2x20 pl de lysat ont été transférés en plaque 96 puits blanche, et 50 pl de réactif LAR II ont été ajoutés. L'activité de la luciférase Firefly a été lue. Puis 50 pl de réactif Stop&GIo ont été ajoutés et la mesure de l'activité Renilla a été lue avec le lecteur de plaque FLUOstar Omega (BMG Labtech). Les résultats ont été reportés comme le ratio Firefly/Renilla. Statistiques : Sidak's multiple comparisons test. * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, **** p < 0.0001

[0153] Résultats

[0154] Le surnageant de DSM 33715 conduit à une diminution de l'activation de la voie NF-0B induite par le TNF-a de 25% et une diminution de l'activation de la voie JAK/STAT induite par l'IFN-y de 40%. Or, ces voies sont particulièrement pertinentes car hyperactives chez les patients atteints d'inflammation chroniques comme dans la maladie de Crohn, mais également certains cancers. La voie N F-KB est impliquée dans les cancers d'origine épithéliale, tels que le cancer du sein ; dans les cancers gastro-intestinaux, tels que le cancer colorectal. La voie Jak/STAT est suractivée dans les cancers solides principalement, tels que le cancer du sein, du poumon, du foie, de la tête, du cou et de l'estomac.

[0155] Exemple 5 : Effet anti-inflammatoire de la souche selon l'invention en combinaison avec un agent anti-inflammatoire.

[0156] Dans la présente étude, les inventeurs ont étudié l'effet anti-inflammatoire de la souche DSM 33715 en combinaison avec le 5-ASA ou le Budésonide.

[0157] Les cellules HT-29 (ECACC) ont été ensemencées en plaque 24 puits à 3xl0 ⁵ cellules/ puits en milieu McCoy's 5A (Gibco) supplémenté de 10% de sérum de veau foetal (SVF, Gibco) et incubées à 37°C/5% CO2 pendant 24h. Les cellules ont été lavées au PBS-1X (Gibco) et cultivées pendant 24h supplémentaires en milieu McCoy's 5A à 2% de SVF. Les cellules ont ensuite été stimulées pendant 6 heures avec 5 ng/ml de TNF-a en présence de 10% de surnageant en phase stationnaire de DSM 33715 ou de milieu de culture bactérien comme contrôle (ctrl), en présence ou non d'agents anti-inflammatoires. Le 5-ASA (10 mM) et le budésonide (20 pM) sont des molécules utilisées dans le traitement de maladies inflammatoires, comme la rectocolite et la maladie de Crohn. Après 6h, les surnageants de culture cellulaire ont été collectés et stockés à - 80°C jusqu'à la quantification de l'IL-8 par ELISA. Le dosage de l'IL-8 a été effectué par ELISA spécifique de BioLegend, selon les instructions du fabricant. L'absorbance à 460 nm a été lue utilisant le lecteur de microplaques FluoStar Omega, BMG Labtech. Statistiques: Sidak's multiple comparisons test. * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, **** p < 0.0001.

[0158] Résultats

[0159] Pour évaluer l'effet immunomodulateur de la souche DSM 33715 en combinaison avec un agent anti-inflammatoire utilisé en thérapeutique, les cellules HT-29 ont été stimulées avec la cytokine pro-inflammatoire TNF-a et 10% du surnageant de DSM 33715 en présence ou non de 5-ASA ou de Budésonide, pendant 6H. La chimiokine IL-8 est sécrétée par les HT-29 dans un état inflammatoire induit par le TNF-a (Ctrl). Les valeurs représentent la moyenne normalisée en pourcentage par rapport au contrôle + TNF-a, représentant la sécrétion d'IL-8 induite par stimulation au TNF-a, soit 100%.

[0160] En présence de DSM 33715, la sécrétion de ITL-8 est diminuée de 28% par rapport au contrôle, et de 38% en présence de 5-ASA. La combinaison du surnageant et du 5-ASA conduit à une diminution de 64% (Panel A). Il y a donc un effet amélioré du surnageant et du 5-ASA dans la modulation de l'inflammation. [0161] En présence de DSM 33715, la sécrétion de l'IL-8 est diminuée de 32% par rapport au contrôle, et de 38% en présence de Budésonide. La combinaison du surnageant et du budésonide conduit à une diminution de 67% (Panel B). Il y a donc un effet amélioré du surnageant et du budésonide dans la modulation de l'inflammation induite par le TNF-a.

[0162] Exemple 6 : Effet anti-inflammatoire de la souche selon l'invention en combinaison avec un inhibiteur JAK.

[0163] Dans la présente étude, les inventeurs ont étudié l'effet anti-inflammatoire de DSM 33715 associé ou non au Tofacitinib sur la modulation de la voie de signalisation de l'inflammation JAK/STAT induite par l'IFN-y.

[0164] Les cellules HT-29 à une densité de 3xl0 ⁵ cellules/puits, en plaque 24 puits, ont été transfectées selon un protocole de reverse-transfection, avec 200 ng de vecteur pGL4 luc2P GAS-RE (voie de signalisation JAK/STAT dépendante de l'IFN-y) et 10 ng de vecteur pRL-TK (Promega), utilisant le réactif de transfection X-tremeGENE HP DNA avec un ration 3:1 (Roche). Brièvement, les complexes de transfection réactif/ADN ont été préparés dans un volume final de 50 pl de milieu McCoy's 5A sans sérum et sans antibiotique, la quantité appropriée de chaque plasmide a été ajoutée et homogénéisée, puis l'agent de transfection a été ajouté (3:1). Les complexes de transfection ont été mélangés délicatement et incubés à température ambiante pendant 15 minutes. Après incubation, les complexes de transfection ont été ajoutés aux cellules HT-29 fraîchement resuspendue à la densité appropriée en milieu McCoy's 5A supplémenté de 10 % de SVF, puis les mélanges cellules/complexe de transfection ont été délicatement homogénéisés et mis en plaque. Les plaques ont été incubées pendant 24h en atmosphère humide à 5% de CO2 et le milieu a ensuite été remplacé par du milieu à 2% de SVF pendant 12h, après lavage en PBS IX. Après 12h de privation de sérum, le milieu a été retiré et remplacé par du milieu 2% SVF +/- 100 pg/ml d'IFN-y (système rapporteur JAK/STAT) et 10% de surnageant de DSM 33715 ou de milieu de culture bactérien comme contrôle ou l'inhibiteur spécifique de la voie de signalisation (5 pM BAY11-7082 pour la voie NF-0B et 1 pM Tofacitinib pour la voie JAK/STAT). Après 6h de co-incubation, les cellules ont été lavées au PBS IX et lysées dans 50 pl de tampon lyse passif (Promega) pendant 15 min à température ambiante avec agitation orbitale, les lysats protéiques ont ensuite été transférés en microtubes. Un test rapporteur Luciférase (Dual-Luciferase reporter assay, Promega) a été réalisé avec des modifications mineures des instructions du fabricant. Brièvement, 2x20 pl de lysat ont été transférés en plaque 96 puits blanche, et 50 pl de réactif LAR II ont été ajoutés. L'activité de la luciférase Firefly a été lue. Puis 50 ni de réactif Stop&GIo ont été ajoutés et la mesure de l'activité Renilla a été lue avec le lecteur de plaque FLUOstar Omega (BMG Labtech). Les résultats ont été reportés comme le ratio Firefly/Renilla. Statistiques : Sidak's multiple comparisons test. * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001, **** p < 0.0001 [0165] Résultats

[0166] Le surnageant de DSM 33715 conduit à une diminution de l'activation de la voie JAK/STAT induite par l'IFN-y de 40%, le Tofacitinib à une diminution de 49% et l'association du surnageant avec le Tofacitinib conduit à une diminution de l'activation de la voie JAK/STAT induite par l'IFN-y, de 64%. Il y a donc un effet amélioré du surnageant et du Tofacitinib dans la modulation de l'inflammation médiée par l'IFN-y.

[0167] Exemple 7 : Effet de la souche selon l'invention dans la protection de l'épithélium intestinal.

[0168] Dans la présente étude, les inventeurs ont étudié l'effet de la souche DSM 33715 sur l'intégrité de la barrière intestinale par mesure de la résistance transépithéliale.

[0169] Les cellules Caco-2 (ECACC) ont été ensemencées à 2xl0 ⁴ cellules par puits en plaques 24 puits contenant des inserts avec une membrane perméable en polyesterTranswell (Corning Life Science). Les cellules ont été cultivées en milieu DMEM supplémenté de 20% de sérum de veau foetal (SVF, Gibco) et incubées à 37°C / 5% CO2. La résistance électrique transépithéliale a été vérifiée tous les jours à partir du septième jour de culture à l'aide d'un ohmmètre EVOM3 (WPI). Le milieu a été remplacé tous les 2 jours durant 8 à 10 jours, jusqu'à ce que la TEER optimale ait été atteinte (2000 Q.cm ² ). A l'atteinte de la TEER de référence, les cellules ont été traitées dans le compartiment apical avec DSM 33715 ou DSM 22607 à une MOI de 50 ou du PBS IX / Glycérol 10% (contrôle) pendant 3h, puis 100 ng/ml de TNF-a a été ajouté ou non dans le compartiment basal. La TEER a été mesurée juste avant l'addition de TNF-a (T0) et 6h (T6H) après l'ajout de TNF-a.

[0170] Résultats

[0171] Pour évaluer la capacité de la souche DSM 33715 à restaurer ou renforcer la barrière intestinale, les cellules Caco-2 en monocouche polarisées ont été prétraitées avec DSM 33715, puis sensibilisées au TNF-a. La TEER a été comparée à T0 (avant ajout du TNF) et T6H. Les valeurs représentent la moyenne normalisée par rapport au contrôle - TNF-a, représentant la TEER basale. Comme attendu, le traitement des Caco-2 avec le TNF-a induit une augmentation de la perméabilité (Ctrl + TNF-a). La souche DSM33715 est capable de restaurer la barrière épithéliale, avec un retour au niveau basal.

[0172] Exemple 8 : Effet de la souche selon l'invention dans un modèle in vivo de colite.

[0173] Dans la présente étude, les inventeurs ont étudié l'effet in vivo de colite induite par le TNBS chez le rat. L'essai a été réalisé par un prestataire accrédité (Intestinal Biotech Development, Lille) selon les directives gouvernementales.

[0174] Pour l'induction de la colite, des rats Sprague Dawley ont été anesthésiés pendant 2h et ont reçu une injection intra rectale de TNBS (Trinitrobenzene sulfonic acid, 80 mg/kg dissous en éthanol 40%).

[0175] Les animaux ont été sacrifiés 4 jours après l'injection de TNBS. DSM 33715 a été administrée par voie orale à une dose de 10 ⁹ CFU/ml, gavage débutant 14 jours avant l'induction de la colite et jusqu'au jour de l'euthanasie. Les animaux du groupe "contrôle positif" ont reçu le Pentasa mixé dans leur alimentation, à une dose de 150 mg/kg. L'effet antiinflammatoire des produits testés a été évalué au sacrifice, suite à une période totale de traitement de 18 jours.

[0176] Les variations de poids ont été suivies durant la totalité de la période de l'expérience. La longueur du côlon a été évaluée le jour de l'autopsie. Les scores macroscopique et microscopique ont été réalisés par deux opérateurs différents pour valider les scores. Le côlon de chaque rat a été examiné pour évaluer les lésions macroscopiques selon le score de Wallace. Le score de Wallace est une évaluation des lésions macroscopiques sur une échelle de 0 à 10, et ce score est basé sur des caractéristiques reflétant l'inflammation, telles que l'hyperémie, l'épaisseur de l'intestin et l'étendue des ulcérations.

[0177] La méthode est décrite par Wallace JL et al. Gastroenterology. 1992 Jan;102(l):18-27. PMID: 1309357 ou Wallace JL et al. Inhibition of leukotriene synthesis markedly accelerates healing in a rat model of inflammatory bowel disease. Gastroenterology. 1989 Jan;96(l):29- 36. PMID: 2535830.

[0178] Pour l'évaluation histologique, basée sur les critères d'Ameho, une coupe à 2 cm au- dessus du canal anal a été réalisée. Les coupes obtenues ont été colorées selon la technique de coloration MGG (May-Grünwald Giemsa). Ce classement sur une échelle de 0 à 6 prend en compte le degré de l'infiltrat inflammatoire, la présence d'érosion, d'ulcération ou de nécrose, ainsi que la profondeur et l'étendue des lésions. La méthode est décrite par Ameho et al., 1997, Gut.

[0179] L'inflammation a été évaluée dans le côlon par mesure de la production d'IL-ip (cytokine pro-inflammatoire) (kit eBioscience), ainsi que le niveau de la Lipocaline-2 (Lcn-2), marqueur de l'infiltration par les neutrophiles (Clinisciences) par quantification ELISA. Brièvement, un centimètre de côlon distal a été collecté et homogénéisé dans une solution de Tris-HCI contenant un cocktail d'inhibiteurs de protéases (Sigma-Aldrich) par l'utilisation de l'homogénéisateur Precellys utilisant des billes de céramique (1,4 et 2,8 mm). Les échantillons obtenus ont été centrifugés pendant 20 min et les surnageants collectés et conservés à -80°C, jusqu'à leur utilisation pour les ELISAs.

[0180] Résultats

[0181] Figure 8A : Les inventeurs ont observé une diminution significative de la longueur du côlon dans le groupe de rats traité au TNBS et ayant reçu le véhicule en traitement par rapport au groupe contrôle ayant reçu le véhicule, comme attendue. Une augmentation significative de la longueur du côlon a été constatée dans le groupe de rats traités au TNBS ayant reçu la souche DSM 33715 par rapport au groupe TNBS-Véhicule. La souche DSM 33715 a un effet protecteur sur le côlon dans le modèle de colite induite par le TNBS.

[0182] Figure 8B : L'intensité de l'inflammation et des lésions du côlon a été évaluée au niveau macroscopique selon le score de Wallace. Une augmentation significative du score de Wallace a été observée dans les rats du groupe TNBS-Véhicule par rapport au groupe de rats "sains", avec respectivement un score de 7,00+/-0,41 vs 0,0+/-0,0, p<0,0001. Ce résultat indique que les rats présentaient une colite sévère 4 jours après l'induction avec un site ulcératif ou inflammatoire supérieur à 3 cm de colon (correspondant au score de 7, sur une échelle allant de 0 à 10). Une diminution significative du score a été observée dans le groupe TNBS-Pentasa et le groupe TNBS-DSM 33715. DSM 33715 améliore de 38% les lésions inflammatoires observées au niveau macroscopique par rapport au groupe TNBS-véhicule, avec un score de Wallace respectivement de 4,33+/-0,33 vs 7,00+/-0,41, p=0,049. Il en résulte que le traitement induit un effet anti-inflammatoire important.

[0183] Figure 8C : Une amélioration significative du score histologique - intensité des lésions inflammatoires- est observée dans le groupe de rats TNBS ayant reçu le Pentasa, contrôle positif, et la souche DSM 33715, par rapport aux rats TNBS ayant reçu le véhicule. Le Pentasa améliore le score de 13% et DSM 33715 de 36%.

[0184] Figure 8D : Le niveau de lipocaline-2, marqueur de l'infiltration des neutrophiles, est significativement augmenté chez les rats colitiques (TNBS-Véhicule) par rapport au contrôle sain, confirmant le développement d'une colite sévère. Une tendance à la diminution est observée pour le Pentasa et une diminution significative de la LCN-2 est observée dans le groupe de rats TNBS traités par la souche DSM 33715.

[0185] Comme attendu, une augmentation significative de l'IL-1 a été mesurée dans le côlon des rats du groupe TNBS-Véhicule, corrigée en partie par le traitement avec le Pentasa, validant le modèle. L'administration de DSM 33715 chez les rats colitiques a montré une diminution significative des niveaux d'IL-1 , indiquant un effet anti-inflammatoire de DSM 33715 dans le modèle de colite aigue induite par le TNBS chez le rat.

[0186] L'ensemble de ces résultats est en corrélation pour mettre en évidence des propriétés anti-inflammatoire de la souche DSM 33715, en particulier par rapport au traitement de référence sur ce type de pathologies mais également en comparaison avec la souche de référence de C. minuta. Ainsi, la souche selon l'invention possède un potentiel thérapeutique certain dans la dysbiose intestinales et en particulier dans la prévention et/ou le traitement des maladies inflammatoires.

[0187] Exemple 9 : Essai comparatif dans un modèle in vivo de colite

[0188] Dans la présente étude, les inventeurs ont étudié l'effet in vivo de la souche selon l'invention et de la souche de référence C. minuta (DSM22607) dans un modèle de colite induite par le TNBS chez le rat. L'essai a été réalisé selon le même protocole que celui décrit dans l'exemple 8.

[0189] Une induction de TNBS ayant eu lieu après 2 semaines de prétraitement avec C. minuta ou le contrôle chez le rat, les scores macroscopiques et microscopiques ont été évalués.

[0190] Les scores macroscopiques (évaluations physiologiques reflétant l'inflammation sur la base de l'hyperémie, de l'épaississement de l'intestin, de la diarrhée et de l'étendue de l'ulcération), l'évolution du poids corporel et le poids du côlon ont été analysés 4 jours après l'induction au TNBS.

[0191] Résultats

[0192] Les résultats sont présentés en Figure 9. Les résultats présentés dans le panel A démontrent l'intensité de l'inflammation et des lésions du côlon qui ont été évaluées au niveau macroscopique selon le score de Wallace dans un modèle de colite aiguë induite par TNBS chez le rat. Ce résultat indique que les rats non traités présentaient une colite sévère 4 jours après l'induction. Un effet anti-inflammatoire a également été observé dans le groupe TNBS- DSM 22607 et plus encore dans le groupe TNBS-DSM 33715 (Invention). Ainsi, la souche DSM 22607 diminue de 27% l'apparition des lésions alors que la souche selon l'invention (DSM 33715) les décroît de 38% par rapport au groupe TNBS-véhicule. (Statistiques : p=0,02 et p= 0,0001 respectivement).

[0193] Les résultats présentés dans le panel B démontrent, dans ce même modèle de colite aiguë chez le rat, une diminution significative de 36% du score histologique des coupes de côlon dans le groupe de rats TNBS ayant reçu la souche selon l'invention (DSM 33715) alors que ce n'est pas le cas chez les animaux ayant reçu le traitement avec DSM 22607. Le score histologique étant le reflet de l'intensité des lésions inflammatoires au niveau tissulaire, ce résultat met en évidence une supériorité de la souche DSM 33715 par rapport à DSM 22607 dans le traitement de l'inflammation gastro-intestinale. [0194] Ainsi, l'ensemble de ces résultats indique des propriétés anti-inflammatoires importantes de la souche DSM 33715 et un effet supérieur par rapport à la souche de référence DSM 22607 dans le modèle de colite aiguë induite par le TNBS chez le rat.

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