La présente demande de brevet revendique la priorité de la demande de brevet

EP 08305500.4 déposée le 25 août 2008 laquelle est ici incorporée par référence.

La présente invention concerne la différenciation et la sélection d'animaux dans une population, en particulier des poulets, en fonction de la coloration de leur viande et en particulier présentant une viande la plus ou la moins colorée et l'obtention d'animaux présentant une viande plus colorée. Plus précisément la présente invention concerne un procédé de sélection d'animaux dans une population présentant une viande la plus ou la moins colorée et un procédé d'obtention d'animaux présentant une viande plus colorée par la mise en évidence de marqueurs génétiques de la coloration de la viande.

L'apparence des produits alimentaires joue un rôle important dans la décision du consommateur entre acheter et ne pas acheter un aliment. Des études ont montré que notamment pour les viandes blanches (volailles, canard, porc, lapin, veau) le consommateur préfère soit les viandes les plus colorées c'est-à-dire celles présentant une couleur jaune, et dans une moindre mesure rouge, la plus importante, soit les viandes les moins colorées. Le choix d'une viande blanche plus ou moins colorée par le consommateur est fonction notamment du pays et du type de viande : ainsi par exemple, les études de consommateurs ont pu noter que le consommateur français recherche une viande de volaille la plus colorée et une viande de veau la moins colorée. Le consommateur Italien recherche quant à lui une viande de veau la plus colorée. En outre, ces dernières années, les animaux à viande blanche à destination de l'alimentation humaine, et en particulier les poulets, ont été sélectionnés de manière intensive sur la base de leur vitesse de croissance, ce qui a permis de réduire l'âge de mise sur le marché de l'animal.

Ces efforts de sélection ont permis d'améliorer la composition corporelle (c'est- à-dire augmenter la taille des filets et diminuer le taux de matière grasse de la viande).

Toutefois, ces améliorations ont également conduit indirectement à des effets nuisibles sur la qualité de la viande (c'est-à-dire, la couleur de la viande, le pH et la capacité de rétention d'eau). L'importance de ces effets nuisibles a augmenté suite à la mise au point de produits alimentaires obtenus par une transformation plus poussée de la viande, en particulier les volailles.

Il existe donc aujourd'hui un besoin 1. d'identifier et de sélectionner les animaux parmi une population ayant la viande la plus ou la moins colorée, et ce si possible sans les sacrifier afin de pouvoir effectuer des croisements avec lesdits animaux ;

L. d'augmenter ou de diminuer la couleur de la viande d'animaux, en particulier à viande blanche, en fonction des attentes du consommateur ; 3. d'améliorer la qualité de la viande, notamment des animaux à viande blanche, en particulier des poulets, issus de la sélection intensive, et en particulier d'augmenter la couleur de la viande (c'est-à-dire augmenter la couleur jaune, et dans une moindre mesure rouge,) tout en conservant les améliorations de la composition corporelle et la bonne vitesse de croissance des animaux. La sélection classique, par mesure directe de la couleur, reste difficile à mettre en œuvre, car elle implique une sélection sur collatéraux, qui reste coûteuse et moins efficace.

La présente invention répond au problème de différenciation, sélection et d'obtention d'animaux, en particulier des poulets, présentant une viande plus ou moins colorée grâce à la mise en évidence du gène BCMOl codant pour la beta-carotène monooxygénase 1 comme marqueur génétique de la coloration de la viande et de l'association entre la sous-expression du gène BCMOl et une viande plus colorée.

Ainsi, la présente invention concerne dans un premier aspect un procédé pour différencier dans une population les animaux en fonction de la coloration de leur viande, caractérisé en ce qu'il comprend, pour un animal de ladite population les étapes suivantes: a. Identification d'au moins une mutation associée à la sous-expression ou à la surexpression du gène BCMOl, ou à une modification de l'activité de la protéine BCMOl, dans un échantillon biologique dudit animal ; et/ou b. Analyse de l'expression du gène BCMOl ou de l'activité de la protéine BCMOl dans un échantillon biologique dudit animal ; où une mutation associée à la sous-expression du gène BCMOl, une mutation associée à la diminution de l'activité de la protéine BCMOl, une sous-expression du gène BCMOl, ou une diminution de l'activité de la protéine BCMOl permet de différencier les animaux présentant la viande la plus colorée dans une population et inversement, une mutation associée à la sur-expression du gène BCMOl, une mutation associée à l'augmentation de l'activité de la protéine BCMOl, une surexpression du gène BCMOl, ou une augmentation de l'activité de la protéine BCMOl permet de différencier les animaux présentant la viande la moins colorée dans une population.

Selon un autre aspect, la présente invention concerne un procédé de sélection d'animaux présentant une viande la plus colorée dans une population, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes : a. Identification d'au moins une mutation associée à la sous-expression du gène BCMOl ou à une diminution de l'activité de la protéine BCMOl dans un échantillon biologique dudit animal ; et/ou b. Analyse de l'expression du gène BCM01 ou de l'activité de la protéine BCMOl dans un échantillon biologique dudit animal ; et c. Sélection des animaux dont l'échantillon biologique présente une mutation associée à la sous-expression du gène BCMOl et/ou une mutation associée à la diminution de l'activité de la protéine BCM01, et/ou une sous-expression du gène BCMOl, et/ou une diminution de l'activité de la protéine BCMOl.

Par animaux, on entend, selon la présente invention, tout animal non-humain, destiné à l'alimentation. De manière préférée selon la présente invention, les animaux sont à viande blanche, choisis parmi les volailles, le porc, le lapin et le veau. De manière encore préférée selon la présente invention, les animaux sont des volailles, de préférence des poules (communément appelés poulets).

La couleur de la viande peut être mesurée par toute technique connue de l'Homme du métier, par exemple en utilisant un spectrocolorimètre avec le système CIE L*a*b*, où L* correspond à la luminosité, a* correspond à la teinte rouge et b* à la teinte jaune. Des valeurs plus importantes des valeurs de L*, a* et b* correspondent à des viandes respectivement plus pâles, plus rouges et plus jaunes. De ce fait, lorsqu'il est recherché les viandes les plus colorées, les valeurs de a*et b* les plus importantes et la valeur de L* la moins importante sont recherchées. A l'inverse, lorsqu'il est - A -

recherché les viandes les moins colorées, les valeurs de a*et b* les moins importantes et la valeur de L* la plus importante sont recherchées.

Les valeurs de L*, a* et b* des témoins sont susceptibles d'être différentes selon les espèces animales et l'homme du métier saura déterminer facilement pour chaque espèce les valeurs de L*, a* et b* au-dessus ou en-dessous desquelles il souhaite différencier ou sélectionner les animaux, grâce à la littérature ou tout simplement en testant le témoin négatif (chair pas assez colorée ou trop colorée) avec un spectrocolorimètre avec le système CIE L*a*b*.

Le tableau ci-après présente des exemples de valeurs de L*a*b* d'animaux témoins :

Tableau 1 : Couleur de la viande : paramètres L*, a*, b*

Ainsi par exemple pour le poulet, le témoin est une viande avec une valeur du b* voisine de 10, une valeur du a* voisine de 0 et une valeur du L* voisine de 49.

De ce fait, un procédé de sélection de poulets présentant une viande la plus colorée dans une population correspondra à une sélection de poulets présentant une viande qui, mesurée à l'aide d'un spectrocolorimètre avec le système CIE L*a*b*, aura une valeur du b* supérieure à 10, une valeur du a* supérieure à 0 et une valeur du L* inférieure à 49.

A l'inverse, un procédé de sélection de poulets présentant une viande la moins colorée dans une population correspondra à une sélection de poulets présentant une viande qui, mesurée à l'aide d'un spectrocolorimètre avec le système CIE L*a*b*, aura une valeur du b* inférieure à 10, une valeur du a* inférieure à 0 et une valeur du L* supérieure à 49. Par échantillon biologique, on entend selon la présente invention des tissus solides tels que par exemple un morceau de viande, un morceau de peau, des fluides ou excrétions tels que par exemple du sang, du sérum, du plasma. De préférence, ledit échantillon biologique est un échantillon de fluide et de manière encore plus préférée un échantillon de sang. De préférence ledit échantillon biologique comprend des cellules.

Par gène BCMOl, on entend selon la présente invention le gène codant pour la Béta-carotène 15,15'-monooxygénase, anciennement BCDOl (Béta, béta-carotène dioxygénase 1) de séquence SEQ ID N° 1 (Numéro d'accession GO : 0003834 ; GenBank : AJ271386). Le gène BCMOl est présent sur la séquence du génome de la poule sur l'assemblage du chromosome 11 entre les bases 17 085 000 et 17 105 000 (assemblage version 2.1, Ensembl Génome Browser, http://www.ensembl.org/index.html). Le transcrit a une taille de 3 046 paires de bases (pb), pour une protéine de 526 acides aminés (1). Les informations disponibles sur la fonction du gène indiquent que BCMOl code pour l'enzyme β, β-carotène 15,15' - monooxygénase.

Par mutation associée à la sous-expression du gène BCMOl, on entend de préférence selon la présente invention un polymorphisme nucléotidique (ou SNP, en anglais Single Nucleotide Polymorphism). De préférence, ladite au moins une mutation a la même localisation chromosomale que le gène BCMOl .

De manière encore préférée ladite au moins une mutation est située dans la région promotrice du gène BCMO 1.

De manière encore plus préférée ladite au moins une mutation est la mutation A/G à la position 139 de SEQ ID N°2 et/ou la mutation A/G à la position 197 de SEQ ID N°2 (Figure 6).

Par mutation associée à une diminution de l'activité de la protéine BCMOl, on entend selon la présente invention une mutation, de préférence l'insertion d'un codon stop ou une substitution, entraînant l'expression d'une protéine BCMOl non-active ou moins active. De préférence une telle mutation n'est pas localisée dans le promoteur. L'homme du métier appréciera immédiatement que les informations présentées ci-avant concernant le gène BCMOl de la poule sont facilement associées ou corrélées à une mutation similaire à une localisation correspondante pour le gène BCMOl d'autres espèces. L'activité de l'enzyme béta-carotène 15,15'-dioxygénase (BCMOl) est déterminée dans un échantillon biologique par tout moyen connu de l'Homme du métier, par exemple grâce à une méthode in vitro de mesure de l'efficacité de conversion du tout-trans béta-carotène en rétinal en présence de fractions protéiques tissulaires purifiées. Ces fractions protéiques sont préparées par la combinaison de centrifugations, permettant d'obtenir un surnageant exempt de mitochondries, et de lavages sur colonnes afin d'éliminer des composés pouvant potentiellement interférer dans le dosage. La réaction enzymatique est réalisée au cours d'une incubation en conditions contrôlées (teneur en protéines tissulaires, concentrations de substrat, de cofacteurs, d'agents antioxydants et solubilisants, température, durée). Le tout-trans béta-carotène résiduel et le rétinal néo formé à l'issue de l'incubation sont quantifiés par chromato graphie liquide ultra-haute pression. L'activité enzymatique est exprimée en nombre de moles de tout-trans béta-carotène biotransformé ou en nombre de moles de rétinal produites par minute et par milligramme de protéines tissulaires. Selon un aspect de la présente invention, le procédé comprend une étape préalable à l'étape a. de transformation des cellules dudit animal pour qu'elles présentent une mutation associée à la sous-expression du gène BCMOl et/ou une sous- expression du gène BCMOl.

Des techniques pour détecter une telle mutation pouvant être de manière préférée un SNP, incluent par exemple les techniques de polymorphisme de longueurs des fragments de restriction (RFLP: Restriction Fragment Length Polymorphism) ou de conformation en simple brin (SSCP: Single Strand Conformation Polymorphism), la technique de fusion haute-résolution (HRM: Hi gh Resolution Melting), les techniques de séquençage d'ADN, de résistance à l'exonucléase, de micro-séquençage, la technique de ligature d'oligonucléotides, les techniques d'hybridation, comme par exemple la technique d'hybridation allèle spécifique dynamique, les puces à ADN, la technique d'hybridation allèle spécifique avec simple ou double sondes marquées associé à une PCR ou un phare moléculaire ou autres.

L'analyse de l'expression du gène BCMOl peut être effectuée par tout type de techniques bien connues de l'homme du métier pour détecter l'expression d'un acide nucléique transcrit ou une protéine traduite.

De manière préférée, l'expression du gène BCMOl est analysée par la détection de l'expression des ARNm transcrits du gène BCMOl ou des précurseurs des ARNm, tel que les ARN naissants, dudit gène. De telles analyses peuvent être effectuées par la préparation d'ARNm/ADNc à partir de cellules dans un échantillon biologique d'un animal, et l'hybridation dudit ARNnVADNc avec un polynucléotide de référence. L'ARNm/ADNc préparé peut être utilisé dans des méthodes d'hybridation ou d'amplification qui incluent, mais ne sont pas limitées à, des analyses de type Southern ou Northern, PCR telles que la PCR quantitative, et des puces à acides nucléiques.

De manière avantageuse, l'analyse de l'expression de la quantité d'ARNm transcrits à partir du gène BCMOl implique un procédé d'amplification d'acide nucléique, par exemple par RT-PCR (tel que décrit dans le brevet US 4,683,202), réaction de ligature en chaîne (BARANY, Proc, Natl. Acad. Sci USA vol.88 p : 189-193, 1991), système d'amplification transcriptionel (KWOH et al., 1989, Proc Natl. Acad. Sci USA vol.86 p :l 173-1177, 1989), Replicase Q-Beta (LIZARDI et al. Biol. Technology, Vol.6, p :1197, 1988) ou tout autre type de procédé d'amplification d'acides nucléiques, suivie par la détection des molécules amplifiées, en utilisant des techniques bien connues de l'Homme du métier. Ces schémas de détection sont particulièrement utiles pour la détection d'acides nucléiques lorsque ceux-ci sont présents en faibles quantités. Tels que décrits ici, les amorces d'amplification sont définies comme étant une paire d'acides nucléiques pouvant s'hybrider à la région 5' ou 3' d'un gène (brin plus ou brin moins, respectivement ou vice versa) et contenant une région courte au milieu. De manière générale, les amorces d'hybridation contiennent 10 à 30 nucléotides de longueur et encadrent une région d'environ 50 à environ 200 nucléotides de longueur. Sous conditions appropriées, et avec les réactifs appropriés, de telles amorces permettent l'amplification d'un acide nucléique comprenant la séquence nucléotidique encadrée par les amorces.

Selon un autre aspect préféré de l'invention, l'expression du gène BCMOl peut être déterminée par la quantification de la protéine BCMOl. Une telle analyse peut être effectuée en utilisant un anticorps (par exemple un anticorps radio-marqué, marqué par un chromophore, marqué par un fluorophore ou marqué par une enzyme), un dérivé d'anticorps (par exemple un conjugué d'anticorps avec un substrat ou avec la protéine ou le ligand d'une protéine d'un couple protéine/ligand (par exemple le couple biotine/streptavidine) ou un fragment d'anticorps (par exemple un anticorps simple chaîne, un domaine hypervariable d'anticorps isolé) qui se lie spécifiquement à la protéine traduite à partir du gène BCMO 1.

Une telle analyse peut être effectuée par une multitude de techniques bien connues de l'Homme du métier, incluant, sans être limitées à, un test immunoenzymatique (EIA), un test radio-immunologique (RIA) ou un test ELISA. Des anticorps polyclonaux peuvent être préparés par l'immunisation d'un animal adéquat tel que la souris ou le lapin, avec la protéine codée par le gène BCMOl ou un fragment. Le titre d'anticorps dans l'animal immunisé peut être surveillé dans le temps par des techniques standard telles qu'un ELISA utilisant un polypeptide immobilisé. A un moment approprié après l'immunisation, c'est-à-dire quand le titre de l'anticorps spécifique est au plus haut, les cellules productrices de l'anticorps peuvent être obtenues à partir de l'animal et utilisées pour préparer des anticorps monoclonaux par des techniques standards, telles que la technique de l'hybridome décrite par KOHLER et MILSTEIN (Nature, vol. 256, p :495-497, 1975), la technique de l'hybridome EBV (CoIe et al. In monoclonal antibodies and cancer therapy, Alan R. Liss, Inc., p77-96, 1985) ou la techniques des triomes. La technologie pour produire des hybridomes est bien connue (voir par exemple Current protocols in Immunology, Coligan et al. éd., John Wiley & Sons, New York, 1994). Les cellules d'hybridomes produisant l'anticorps monoclonal désiré sont détectées par recherche, dans les surnageants de culture des hybridomes, d'anticorps qui se lient au polypeptide d'intérêt, par exemple en utilisant le test standard d'ELISA.

Le procédé selon l'invention peut également comprendre une étape supplémentaire b'), après l'étape b), de comparaison du niveau d'expression du gène BCMOl de l'échantillon biologique avec le niveau d'expression de référence du gène BCMOl d'un témoin.

Un niveau signifïcativement moins élevé d'expression du gène BCMOl dans l'échantillon biologique comparé au niveau d'expression de référence du témoin est une indication que l'animal dont est issu l'échantillon biologique possède une viande plus colorée que le témoin. A l'inverse, un niveau signifïcativement plus élevé d'expression du gène

BCMOl dans l'échantillon biologique comparé au niveau d'expression de référence du témoin est une indication que l'animal dont est issu l'échantillon biologique possède une viande moins colorée que le témoin.

Par sous-expression du gène BCMOl, on entend selon la présente invention un niveau d'expression dans un échantillon biologique qui est moins important que l'erreur standard du test employé pour mesurer cette expression, et qui est de préférence au moins 1,25 fois moins important que le niveau d'expression de référence dudit gène, de préférence au moins 1,5 fois moins important que le niveau d'expression de référence dudit gène, plus préférentiellement au moins 1,75 fois moins important que le niveau d'expression de référence dudit gène et encore plus préférentiellement au moins 2 fois moins important que le niveau d'expression de référence dudit gène. Par niveau d'expression « de référence » du gène BCMOl, on entend selon la présente invention, le niveau d'expression dudit gène dans un échantillon biologique d'un animal d'une même espèce servant de témoin pour la couleur de la viande. Il est rappelé que les valeurs de L*, a* et b* des témoins sont susceptibles d'être différentes selon les espèces animales, mais également en fonction de l'âge ou de l'origine génétique de l'animal ; L'homme du métier saura déterminer facilement pour chaque espèce les valeurs de L*, a* et b* au-dessus ou en-dessous desquelles il souhaite différencier ou sélectionner les animaux, grâce à la littérature ou tout simplement en testant le témoin avec un spectrocolorimètre avec le système CIE L*a*b*. Le tableau 1 présenté ci avant donne des exemples de valeurs de L*a*b* d'animaux témoins.

De préférence, le niveau d'expression «de référence» est déterminé à partir d'un échantillon témoin (un échantillon biologique d'un animal d'une même espèce présentant une couleur de la viande au-dessus ou en-dessous desquelles l'Homme du métier souhaite différencier ou sélectionner les animaux). Le niveau d'expression « moyen » du gène BCMOl est déterminé à partir de différents échantillons témoins.

Ainsi par exemple pour le poulet, le témoin est une viande avec une valeur du b* voisine de 10, une valeur du a* voisine de 0 et une valeur du L* voisine de 49. Par valeur « voisine », on entend selon la présente invention, pour b* une valeur de plus ou moins 5 points (soit entre 5 et 15 pour le poulet), avantageusement plus ou moins 2 points (soit entre 8 et 12), avantageusement plus ou moins 1 point (soit entre 9 et 11) ; pour a* une valeur de plus ou moins 3 points (soit entre -3 et 3 pour le poulet), avantageusement plus ou moins 2 point (soit entre -2 et 2), avantageusement plus ou moins 1 point (soit entre -1 et 1) ; - pour L* une valeur de plus ou moins 7 points (soit entre 42 et 56 pour le poulet), avantageusement plus ou moins 5 points (soit entre 44 et 54), avantageusement plus ou moins 2 points (soit entre 47 et 51), avantageusement plus ou moins 1 point (soit entre 48 et 50) ;

Selon un autre aspect, la présente invention concerne un animal transgénique non-humain obtenu par le procédé selon la présente invention comprenant une étape préalable à l'étape a. de transformation des cellules dudit animal pour qu'elles présentent une mutation associée à la sous-expression du gène BCMOl et/ou une sous- expression du gène BCMOl. Par animal transgénique, on entend selon la présente invention tout animal non- humain, destiné à l'alimentation, modifié génétiquement de manière à sous exprimer la protéine traduite du gène BCMOl . De manière préférée selon la présente invention les animaux sont à viande blanche, choisis parmi les volailles, le porc, le lapin et le veau. De manière encore préférée selon la présente invention les animaux sont des volailles, de préférence des poules (communément appelés poulets). Selon un autre aspect, la présente invention concerne un procédé d'obtention d'animaux présentant une viande plus colorée caractérisé en ce qu'il comprend, en outre des étapes du procédé de sélection selon la présente invention une étape d) de croisement de deux animaux de sexe opposés sélectionnés à l'étape c).

Par animal, on entend, selon la présente invention, tout animal non-humain, destiné à l'alimentation. De manière préférée selon la présente invention les animaux sont à viande blanche, choisis parmi les volailles, le porc, le lapin et le veau. De manière encore préférée selon la présente invention les animaux sont des volailles, de préférence des poules (communément appelés poulets).

Selon un autre aspect, la présente invention concerne l'utilisation d'un composé qui inhibe spécifiquement l'expression du gène BCMOl pour l'obtention d'animaux présentant une viande plus colorée.

De manière préférée selon la présente invention, ledit composé est un oligonucléotide, sélectionné dans le groupe comprenant des molécules d'ADN et d'ARN anti-sens, des ribozymes, des SiRNA et des aptamères. Concernant les ADN anti-sens, les oligodeoxyribonucleotides dérivés du site d'initiation de la traduction sont préférés.

Les molécules d'ADN et d'ARN anti-sens, et les ribozymes selon la présente invention peuvent être obtenus par tout procédé connu de l'Homme du métier pour la synthèse des molécules d'ARN. Ceci inclut les techniques de synthèse chimique d'oligodeoxyribonucleotides bien connues de l'Homme du métier telles que par exemple la synthèse chimique sur phase solide phosphoramidite. De manière alternative, les molécules d'ARN peuvent être générées par transcription in vitro et in vivo de séquences d'ADN codant pour l'ARN anti-sens.

De telles séquences d'ARN peuvent être incorporées dans une grande variété de vecteurs qui incorporent des promoteurs de polymérase ARN appropriés tels que les promoteurs de polymérase T7 ou SP6. De manière alternative, les constructions d'ADNc anti-sens qui synthétisent les ARN anti-sens, de manière constitutive ou inductible, selon le promoteur utilisé, peuvent être introduites de manière stable dans des lignées cellulaires. De manière encore préférée, ledit oligonucléotide est un SiRNA (ARN interfèrent de petite taille). Ledit SiRNA peut être généré à partir de la séquence génétique du gène BCMOl . De préférence la longueur dudit SiRNA est comprise entre 15 et 25 paires de bases et plus préférentiellement entre 19 et 24 paires de bases. A titre d'exemple on peut citer les SiRNA sélectionnés dans le groupe comprenant SEQ ID N°3 : 5'-CUAUCGCCCCAUCACAUAAGA(séquence sens) et SEQ ID N°4 : AUGAUAGCGGGGUAGUGUAUU-5' (séquence antisens).

Ledit oligonucléotide peut être administré seul ou en association avec un vecteur. Dans sa définition la plus large, un « vecteur » est tout type de véhicule capable de faciliter le transfert du SiRNA aux cellules.

A titre d'exemple, ledit oligonucléotide peut être associé à un polymère cationique non lipidique (WU and WU, J. Biol. Chem., vol. 263, p : 14621-4, 1988) ou des liposomes (BRIGHMAN et al. Am. J. Med. ScL, vol. 298, p : 278-81, 1989) afin de former des complexes améliorant l'absorption par les cellules. LEGENDE DES FIGURES

Figure 1 : Profils de vraisemblance du QTL (estimé par le logiciel QTLMAP) pour a* et b* sur GGAl 1, dans la phase de primo-localisation (courbes pointillées Nadaf et al, 2007) et après raffinement (courbes pleines).

Figure 2 : Profil de vraisemblance du QTL (estimé par QTLExpress) pour la mesure du jaune (b*), avec ou sans le pH ultime en covariable.

Figure 3 : Position du gène BCMOl et des marqueurs flanquants sur les cartes physiques et génétiques.

Figure 4 : Profils de vraisemblance du QTL pour les valeurs de rouge (a*) et jaune (b*) (courbes inférieures) et du eQTL pour l'expression brute ou relative par rapport au 18S (courbes supérieures) de BCMOl sur GGAl 1

Figure 5 : Statistique de test du QTL (F) pour la mesure de b* et celle de b* corrigée pour la variation d'expression de BCMOl sur GGAl 1.

Figure 6 : Fragments contenant les mutations candidates (région promotrice :SEQ ID N°2 ; exon 9 :SEQ ID N°5 ; exon 11 SEQ ID N°6) : en italique : SNP observés dans la population entre crochets : insertion/délétion observée dans la population en gras : mutations candidates (à l'état hétérozygote chez les 5 mâles Fl) en grisé : couple d'amorces permettant l'amplification du fragment porteur des deux mutations candidates

Figure 7 : Courbes de fusion du fragment amplifié sur plusieurs individus de génotypes différents :

- individu homozygote A/ A (mésappariement avec la sonde) : pic de fluorescence à 56

⁰ C

- individu homozygote G/G (appartement parfait avec la sonde) : pic de fluorescence à 63 ⁰ C

- individu hétérozygote A/G : pics de fluorescence à 56 ⁰ C et 63°C.

Figure 8 : Courbes de fusion du fragment amplifié sur plusieurs individus de génotypes différents : - individus homozygotes A/A (mésappariement avec la sonde) : pic de fluorescence à 63 ⁰ C

- individus homozygotes G/G (appariement parfait avec la sonde) : pic de fluorescence à 68 ⁰ C

- individus hétérozygotes A/G : pics de fluorescence à 63 ⁰ C et 68°C.

Figure 9 (a et b): Distribution du niveau absolu d'ARNm de BCMOl (a) et de la coloration jaune de la viande (b) dans l'ensemble de la population F2 ou en fonction du génotype des animaux pour les 2 SNP.

Figure 10 : Effet des haplotypes AN57A et GN57G sur l'activité luciférase de pGL2- BCMOl -Luc dans les deux types cellulaires LMH et HuH-7. Les cellules ont été transfectées transitoirement avec 800 ng de plasmide contenant la région -734 à +97 pb du promoteur du gène BCMOl poulet contrôlant le gène rapporteur luciférase et 20 ng d'un plasmide de référence contenant le gène de référence β-galactosidase. L'activité de la luciférase est normalisée par l'activité β-galactosidase et est relative à la condition AN57A. **: P < 0.01.

EXEMPLES EXEMPLE 1 : mise en évidence du gène BCMOl 1. RAFFINEMENT DE LA REGION QTL A L'AIDE DE NOUVEAUX MARQUEURS.

En 2007 a été identifiée une région QTL localisée sur le chromosome 11 (GGAl 1) du poulet, contrôlant la coloration jaune (estimée par la mesure du b*) et dans une moindre mesure rouge (estimée par la mesure du a*) de la viande du filet (Nadaf et al., BMC Genomics 2007, 8 : 155). Cette région a été mise en évidence grâce à l'analyse d'un croisement de seconde génération (F2) entre deux lignées divergentes sélectionnées à PINRA (Institut National de la Recherche Agronomique - Unité de Recherches Avicoles) sur la vitesse de croissance. Comme rapporté par Nadaf et al. (2007), ces deux lignées diffèrent pour la croissance et la composition corporelle, mais aussi pour les caractéristiques du filet. Ainsi la lignée à croissance rapide (CR) présente une viande moins colorée (valeurs du b* et du a* plus faibles) que la lignée à croissance lente (CL). Les premières analyses sur ce croisement F2 ont permis d'identifier deux QTLs significatifs pour les mesures b* et a*, aux positions respectives de 62 et 68 cM sur GGAI l . Ces deux QTLs étant proches et les mesures de a* et b* corrélées dans la population étudiée (corrélation phénotypique de 0.48 et génétique de 0.74), il est vraisemblable qu'il s'agisse d'un même QTL (et donc gène) contrôlant ces deux caractères. Cette région était largement significative, mais peu précise au niveau de la localisation, avec une taille de 32 CM si bien qu'elle comprenait un nombre de gènes trop important (au total 146) pour permettre l'identification d'un gène candidat particulier.

De nouveaux marqueurs ont donc été typés sur GGAI l, permettant de mieux couvrir la partie distale du chromosome (Tableau 2) et préciser la position du QTL.

Tableau 2 : Ensemble des marqueurs types sur GGAl 1

Marqueur Position (cM)

MCW097 18

ADL210 54

SEQALL0528 * 56

ADL308 69

SEQALL0529 * 70

MCW230 * 88 marqueurs développés pour la phase de raffinement

Par rapport aux premières analyses, l'ajout de nouveaux marqueurs a augmenté le degré de signification du QTL pour la mesure du rouge (a*) (LRT de 127 vs 115) et surtout du jaune (b*) (205 vs 153) (Figure 1). L'intervalle de confiance a également été diminué, principalement pour la mesure b* en passant de 32 à 14 cM (52-88cM versus 62-76cM selon la méthode de 2 LOD).

Les résultats de profils de vraisemblance du QTL (estimé par le logiciel QTLMAP) pour a* et b* sur GGAI l, dans la phase de primo-localisation (courbes pointillées Nadaf et al. , 2007) et après raffinement (courbes pleines) sont présentés à la Figure 1.

Les mesures de couleur, et en particulier le b*, peuvent être influencées par l'acidité de la viande. Ainsi au niveau du croisement F2, la corrélation entre b* et pH ultime (pHu) est de -0.32 au niveau phénotypique et de -0.48 au niveau génétique. Afin de mieux caractériser l'effet du QTL, le pHu a été introduit en covariable dans le modèle d'analyse. Comme rapporté sur la Figure 2, le niveau de signification est alors augmenté. Ce résultat montre que le QTL a un effet indépendant du pH ultime sur la coloration jaune de la viande, ce qui oriente la recherche des gènes candidats sous- jacents.

Le profil de vraisemblance du QTL (estimé par QTLExpress) pour la mesure du jaune (b*), avec ou sans le pH ultime en covariable est présenté à la Figure 2.

Les effets estimés avec QTLMAP (Tableau 3) montrent que toutes les familles de père semblent hétérozygotes au QTL pour la coloration jaune. Pour ce caractère, les effets du QTL sont très homogènes entre familles, et expliquent en moyenne 32% de la variance phénotypique. Pour la couleur rouge, même si les différents pères apparaissent hétérozygotes, les effets sont moins prononcés et expliquent en moyenne environ 17% de la variance. Ces analyses confirment également que sur l'ensemble des familles étudiées, les allèles augmentant la coloration jaune ou rouge proviennent de la lignée

CL, qui en effet présente une viande plus colorée.

Tableau 3 : Effets du QTL dans chaque famille de père

Effet du QTL intra père*

Père a* ( 127 66 cM**) b* (205 68 cM**)

634 0,219 0,336

657 0,125 0,247

687 0,105 0,343

780 0,233 0,316

805 0,15 0,342 * Un signe positif signifie que l'allèle augmentant la couleur vient de la lignée CL

** LRT statistique Position

Afin de préciser l'effet du QTL chez les animaux F2, 3 groupes ont été constitués selon leur génotype estimé au QTL (soit QQ, qQ et qq). Ce dernier a été estimé sur la base des probabilités de transmission des haplotypes calculées par QTLExpress, qui permettent de reconstituer l'origine grand-parentale des allèles reçus par le descendant F2 à la position du QTL. Le génotype (QQ, Qq ou qq) a été estimé en faisant l'hypothèse d'une fixation complète des allèles au QTL dans les souches grand- parentales, celle à croissance rapide (CR) transmettant l'allèle q (effet négatif sur la couleur) et celle à croissance lente (CL) l'allèle Q (effet positif sur la couleur). Au total, le génotype au QTL a pu être reconstitué avec une bonne précision (p>0.99) sur un total de 602 animaux. Un effet significatif du génotype au QTL sur les mesures de b* et a* a été mis en évidence : la différence entre les groupes QQ et qq est d'environ 1 et 0.5 écart-type phénotypique, respectivement pour les valeurs de b* et de a*. Cette différence est légèrement plus marquée pour la mesure du b* corrigée pour le pH ultime (Tableau 4). Ces analyses montrent que le génotype hétérozygote est intermédiaire entre les deux homozygotes (qq et QQ), ce qui indique un effet additif des allèles au QTL.

Tableau 4 : Valeurs moyennes des mesures de couleur (centrées sur les effets lot et sexe) en fonction du génotype au QTL

Génotype* Caractère N Moyenne écart-type qq b* 144 -0.75 1.35 a* 146 -0.35 0.83

Qq b* 275 0.03 1.45 a* 276 0.08 0.98

QQ b* 137 0.78 1.32 a* 139 0.22 0.82 *q est l'allèle transmis par la lignée CR et Q celui transmis par la lignée CL.

2. ETUDE DE LA VARIATION D'EXPRESSION D'UN GENE CANDIDAT BCMOl L'ajout de nouveaux marqueurs a permis de réduire l'intervalle de confiance du QTL, qui comprend après raffinement environ 27 gènes. Un des gènes candidats identifié au proche voisinage du pic de vraisemblance pour le QTL (obtenu à environ 68 cM, Figure 3) est le gène BCMOl (Numéro d'accession GO : 0003834 ; GenBank : AJ271386). Le gène BCMOl (Béta,béta-carotène 15,15'-monooxygénase), anciennement BCDOl (Béta-carotène dioxygénase 1), est présent sur la séquence du génome de la poule sur l'assemblage du chromosome 11 entre les bases 17 085 000 et 17 105 000. Le transcrit a une taille de 3 046 paires de bases (pb), pour une protéine de 526 acides aminés.

2.1 Caractérisation du niveau d'expression de BCMOl dans le muscle Pectoralis major (filet) des lignées parentales CL et CR

2.1.1 Dispositifs et prélèvement des échantillons Les animaux étudiés étaient issus de deux dispositifs distincts :

- Les populations pures correspondant aux deux lignées divergentes pour la croissance (CL et CR) abattues à 1, 3, 5, 7, 9 et 11 semaines (n = 6 animaux par âge et par lignée),

- L'ensemble des descendants d'un père Fl du dispositif de détection de QTL (soit 134 animaux, tous abattus à 9 semaines).

Pour chaque individu, un échantillon de muscle Pectoralis major du filet a été prélevé quelques minutes après la mort de l'animal, congelé immédiatement dans l'azote liquide, puis conservé à -8O ⁰ C.

2.1.2 Préparation des ARN

L'extraction des ARN totaux a été réalisée à l'aide de la solution RNA Now (Ozyme, France) selon le principe de Chomzynski and Sacchi (1987). Cent milligrammes de tissu broyé ont été homogénéisés en présence de RNA Now (1 ml) à l'aide d'un broyeur à bille (Rescht MM 301). Après addition de 200 μl de chloroforme pur, les homogénats ont été agités manuellement pendant 1 minute puis placés 5 minutes dans la glace. Après centrifugation (10 minutes, 12 000g), la phase supérieure contenant les ARN a été prélevée et mélangée à un volume égal d'isopropanol. Après 5 minutes de précipitation dans la glace, les ARN ont été centrifugés (10 min, 12 000g) et les culots d'ARN obtenus ont été lavés successivement deux fois à l'éthanol 70% (1 ml) puis centrifugés à 5000 g (5 minutes). Enfin, ils ont été séchés à l'air libre pendant 10 minutes et les ARN ont été remis en suspension dans 30 μl d'eau stérile. Les échantillons d'ARN ont été dosés par spectrophotométrie à 260 nm et leur contamination éventuelle par des protéines estimée à 280 nm. L'intégrité des ARN a par ailleurs été vérifiée par electrophorèse sur gel d'agarose 1% (préparé dans du tampon TBE 0,5X en présence de bromure d'éthidium). Les solutions d'ARN (1 μg/μl) ont été stockées à -80 ⁰ C

Afin d'éliminer toute trace d'ADN génomique, les solutions d'ARN ont été traitées à la DNAse (kit DNA- free, Ambion) Dix microlitres d'ARN (1 μg/μl) ont été incubés à 37 ⁰ C pendant 20 minutes en présence de 1 μl de Tampon DNase et 1 μl de l'enzyme DNase. Puis 1 μl d'inhibiteur de l'activité DNase a été ajouté afin d'arrêter la réaction Après 2 minutes à température ambiante, les échantillons ont été centrifugés (1 mm, 10 000g) afin de précipiter l'inhibiteur de l'enzyme Le surnageant a été prélevé et stocké à -8O ⁰ C.

2.1.3 Transcription inverse Les ADN complémentaires (ADNc) ont été obtenus par transcπption inverse à partir de 5 μl d'ARN traités à la DNase mélangés à 5 μl d'H^O ultra pure, 1 μl d'hexamères nucléotidiques (Random primers 0,5 μg/μl, Promega) et 1 μl de désoxynucléotides (dNTP mix 10 mM, Sigma) Une solution contenant 2 μl de DTT (0,1 M), 1 μl de RNase out (inhibiteur de RNase), 1 μl d'enzyme SuperScript II (SuperScript ™ Reverse transcriptase II, Invitrogen 40 units/μl) et 4 μl de tampon (5X) de la reverse transcriptase (nécessaire pour établir les conditions optimales à la réaction) a été ajoutée à chaque échantillon et la réaction de transcription inverse effectuée pendant 50 minutes à 42 ⁰ C. Dix microlitres d'E^O ultrapure ont ensuite été ajoutés. Les ADNc ainsi obtenus ont été stockés à -20 ⁰ C

2.1.4 Détermination des niveaux d'expression d'ARNm par RT-PCR quantitative

Les réactifs utilisés sont respectivement le qPCR™ Mastermix Plus pour la réaction SYBR Green I et le qPCR™ Mastermix Plus pour la réaction TaqMan (Eurogentec S.A., Angers, France) Le SYBR green est utilisé pour visualiser l'amplification de l'ADNc du gène BCMOl et la sonde TaqMan pour l'ARN ribosomal 18S Ces mélanges sont constitués de dNTPs, d'une ADN polymérase Hot Start activée à 95 ⁰ C, d'une Uracile-N Glycosylase, de 5 mM de MgCi ₂ , d'un stabilisateur, d'une référence passive, le ROX, et du SYBR green ou de la sonde TaqMan. Les produits (ADNc) issus de la transcription inverse ont été dilués au l/50 ^eme pour BCMOl et au l/5000 ^eme pour l'ARNrl8S. Les échantillons ont été déposés en triple sur des plaques de 96 puits. Chaque plaque contenait un contrôle négatif (eau) déposé en double ainsi qu'une référence (mélange réalisé à partir de 30μg d'ARN de 20 échantillons) permettant la comparaison des différentes plaques de PCR. La réaction de PCR en temps réel a été réalisée à partir de 5 μl d'ADNc en présence de 5,5 μl d'H ₂ O ultra pure, 12,5 μl de Mix, 1 μl d'amorce sens (5 '-AACAAAGAAGAGCATCCAGAGCC-S ' , SEQ ID N°34), 1 μl d'amorce anti-sens (5 '-GCCAAGCCATCAAACCAGTG-S ', SEQ ID N°35) pour la réaction SYBR green d'amplification de BCMOl et de 6,5 μl d'eau ultra pure, 12,5 μl de Mix et de 1 μl d'amorces sens et antisens et de sonde (Human 18S rRNA, Applied Biosystems, Warrington, UK) pour la réaction TaqMan d'amplification de l'ARNr 18S. La réaction de PCR est réalisée dans un thermocycleur (ABI Prism 7000, Applied Biosystems), dans les conditions suivantes : une dénaturation initiale (95°C pendant 10 minutes), puis 40 cycles d'amplification comprenant une étape de dénaturation (95°C, 15 secondes) suivi par une phase d'hybridation et d'élongation (1 minute à 62 ⁰ C ou 6O ⁰ C pour BCMOl et ARNr 18S, respectivement). Afin de prouver la spécificité et l'unicité du fragment d'ADNc de BCMOl amplifié, une étape supplémentaire de dissociation a été réalisée à la fin des 40 cycles (95°C, 15 secondes ; 62°C ou 60 ⁰ C, 20 secondes ; 95°C, 15 secondes). L'efficacité (E) de la PCR pour le gène d'intérêt a été déterminée en réalisant des courbes de dilution standard. Elle était proche de 100 %. Une analyse automatique est alors réalisée par le logiciel 7000 System Software et chaque réaction est caractérisé par un Ct correspondant au nombre de cycles nécessaires pour que la fluorescence émise franchisse un seuil de détection prédéfini. Le Ct est inversement proportionnel au nombre de copies du fragment amplifié. Pour chaque échantillon un Ct moyen a été calculé à partir des 3 réplicats mesurés.

Les niveaux d'expression de BCMOl ont ensuite été calculés selon l'équation de Pfaffl (2001) :

Quantité d'ARNm BCMOl dans l'échantillon = ΔCT _BCMθ i(Référence -

Echantillon) ou exprimés en écart à la quantité d'ARNrl8S dans chaque échantillon :

Quantité d'ARNm BCMO1/18S = ΔCT _BCMθ i(Référence-Echantillon) - ΔCTi _8s (Référence-Echantillon)

2.1.5 Résultats Comme attendu, l'expression de l'ARNr 18S n'est affecté ni par la lignée ni par l'âge d'abattage des poulets (Tableau 5). Par contre, quel que soit l'âge d'abattage, l'expression de BCMOl (en niveau absolu ou relatif par rapport à l'ARNr 18S) est supérieure chez les animaux issus de la lignée CR par rapport à CL (P < 0.001). Ceci est cohérent avec la diminution de coloration jaune (et rouge) de la viande observée dans la lignée CR par rapport à la lignée CL (Nadaf et al., 2007).

Tableau 5 : Niveaux d'expression en ARN dans le muscle P. major pour 18S et BCMOl (niveaux absolus et relatifs) pour chaque lignée à chaque âge (n = 6).

ARNr 18S ARNm BCMOl BCMO1/18S

Lignée CR ( :L CR CL CR CL

1 semaine 0.21 ± 0.28 0.30 ± 0 .15 -0.71 ± 0 .53 -2.06 ± 1.38 -0 .92 ± 0.76 -2.35 ± 1.32

3 semaines 0.12 ± 0.51 0.21 ± 0 .18 -0.96 ± 1 .39 -2.25 ± 0.79 -1 .09 ± 1.38 -2.46 ± 0.75

5 semaines 0.24 ± 0.33 0.09 ± 0 .28 0.33 ± 0. 52 -0.89 ± 0.29 0 08 ± 0.48 -0.98 ± 0.31

7 semaines 0.04 ± 0.14 0.14 ± 0 .26 -0.18 ± 1 .15 -1.67 ± 0.52 -0 .23 ± 1.16 -1.81 ± 0.61

9 semaines 0.02 ± 0.10 0.28 0 .14 0.26 ± 0. 30 -1.44 0.80 0 24 ± 0.36 -1.73 ± 0.67

11 semaines -0.06 ± 0.41 0.12 ± 0 .34 -0.34 ± 0 .55 -1.30 ± 0.76 -0 .28 ± 0.54 -1.42 ± 0.86

Effet lignée NS *** ***

Lignée x âge NS NS NS

2.2 Détection d'un e-QTL pour la variation d'expression génique de BCMOl

La quantité d'ARNm a été mesurée dans le muscle Pectoralis major chez les 134 descendants du père Fl 780, dont le statut hétérozygote au QTL de couleur a été confirmé par les nouvelles analyses. Les corrélations phénotypiques entre niveaux d'expression de BCMOl (estimés en valeur brute ou en valeur relative par rapport à l'expression du 18S) ont confirmé un lien entre niveau d'expression du gène et indicateurs de couleur, avec des corrélations négatives de -0.47 et -0.46 (p<0.0001) entre quantité d'ARN et valeurs de a* et de b*, respectivement. Ces corrélations étaient toujours négatives mais moins fortes avec l'expression relative de BCMOl par rapport au 18S (corrélations de -0.25 et -0.28 respectivement, p<0.003). Ces résultats indiquent, qu'au sein des descendants de cette famille, une augmentation de l'activité du gène BCMOl est associée à une diminution de la coloration rouge et jaune du muscle du filet.

La recherche de QTL contrôlant la mesure d'expression de BCMOl a été faite par une analyse F2 avec le logiciel QTLExpress. Un QTL contrôlant le niveau d'expression « brute » du gène a été identifié sur le chromosome 11 en position 67 cM (Figure 4), c'est-à-dire à la « même » position que celui détecté pour la mesure du jaune. La valeur de la statistique F est extrêmement significative (égale à 79, pour une valeur limite à 1% au niveau du chromosome de 9.5). Pour l'expression relative par rapport au 18S, les résultats sont très proches mais le niveau de signification du QTL est moins marqué. L'allèle transmis par la lignée CR augmente le niveau d'expression du gène, avec un effet additif estimé à 0.93 ± 0.1 pour l'expression brute et 1.05 ± 0.14 pour l'expression relative. Ces effets correspondent à une différence du niveau d'expression de BCMOl entre les 2 groupes d'homozygotes QQ et qq de l'ordre de 2 écart-types phénotypiques.

De nouvelles analyses de détection de QTLs ont aussi été faites sur les variations des mesures de a* et b* indépendantes de la variation d'expression de BCMOl (c'est-à- dire en introduisant l'expression de BCMOl en co variable dans le modèle). Dans ce cas, aucun QTL significatif pour la couleur jaune (ou rouge) n'est retrouvé sur le chromosome 11 (Figure 5). Ce résultat montre que l'effet du QTL contrôlant la couleur passe par une variation de l'expression de BCMOl.

3. RECHERCHE DE POLYMORPHISME AU SEIN DE BCMOl

D'après les analyses QTL, les 5 pères du dispositif F2 sont hétérozygotes au QTL. La mutation causale doit donc être présente à l'état hétérozygote chez tous ces individus. De plus, nos résultats montrent que l'effet du QTL passe par une variation du niveau d'expression de BCMOl, ce qui suggère que la (ou les) mutation causale est située dans la région promotrice du gène. L'ensemble de la région codante du gène, ainsi que la zone en 5' du gène dans laquelle se situe la région promotrice, a donc été séquence sur les 5 mâles pour rechercher une mutation répondant au critère d'hétérozygotie. Nous avons amplifié par PCR l'ensemble de la région codante du gène grâce à des amorces spécifiques choisies sur la séquence de la poule, puis nous avons séquence les fragments obtenus.

3.1 Définition des couples d'amorces

Des couples d'amorces ont été définis à partir de la séquence génomique de la poule (2) avec le logiciel LightCycler Probe Design2 (Roche), pour amplifier chacun des exons. Neuf couples ont été choisis dans les introns, un couple a été dessiné pour amplifier les exons 5 et 6 et l'intron 5, qui est court, et un couple a été défini dans la région promotrice (Tableau 6). Tableau 6 : Amorces et conditions d'amplifications utilisées pour le séquençage du gène BCMOl .

3.2 Amplification PCR

Les 11 fragments couvrant la totalité de la région codante du gène BCMO 1 et de sa région promotrice ont été amplifiés à partir de IADN des 5 mâles du dispositif. Les amplifications PCR ont été réalisées pour chaque fragment dans un mélange réactionnel (15 μl final) contenant 25 ng d'ADN génomique, 0.4 μM d'amorces, 0.25 unités de Taq polymerase (Go Taq, Promega), 2 mM de MgC12 et 0.2 mM de dNTP (Promega) sur

10 des thermocycleurs 9700 (Applied Biosystems). La première dénaturation de 5 minutes était suivie de 38 cycles composés de 30 s de dénaturation à 94°C, 30 s d'hybridation à 55°C ou 52°C, et 30 s d'élongation à 72°C, puis de 10 minutes d'élongation finale à 72°C.

15 3.3 Séquençage

Les réactions de séquence ont été réalisées pour chaque sens en utilisant chacune des amorces ayant servi à l'amplification et le kit diChloro Rhodamine Prism AmpliTaq

FS Big Dye Terminator V3.1 (Applied Biosystems). Les séquences ont été analysées sur un séquenceur ABI 3100 (Applied Biosystems). L'analyse des chromatogrammes a

20 ensuite été réalisée avec le logiciel Chromas (Technelysium Pty Ltd).

3.4 Résultats

Les séquences obtenues sur les 5 mâles Fl ont permis d'observer 23 SNP, dont 4 SNP dans la région codante, et 4 insertions/délétions. Six de ces 23 mutations sont

25 observées à l'état hétérozygote chez les 5 pères, caractéristique indispensable pour obtenir le statut de candidate. Elles sont décrites sur la figure 6 : une de ces mutations est située dans l'exon 11, 2 dans l'intron 8 et 1 dans l'intron 9, et 2 dans la région promotrice. Ces dernières sont les candidates les plus fortes, sachant que la mutation causale est associée à des différences de niveau d'expression du gène. Ces 2 mutations candidates dans le promoteur SEQ ID N°2 (- CCT*A/G*CCA et - CGT*A/G*GGA) ont également été séquencées chez 1 animal FO de la lignée CL et 2 animaux FO de la lignée CR qui sont, comme attendu, homozygotes à ces 2 mutations et de type AN ₅₇ A pour la lignée CR et GN ₅₇ G pour la lignée CL. Par ailleurs, quelques séquençages ont aussi été réalisés sur des animaux F2 dont le statut au QTL avait été préalablement estimé par le logiciel QTLMAP. Il y a sur les 6 animaux F2 testés parfaite adéquation entre le statut supposé au QTL et le génotype défini par ces 2 mutations : les animaux ayant reçu 2 allèles grand-parentaux d'origine CR sont bien de génotype homozygote AN ₅₇ A alors que ceux ayant reçu 2 allèles grand-parentaux d'origine CL sont homozygotes de type GN57G.

Conclusion

Via leur effet sur l'expression de BCMOl les 2 mutations identifiées dans le promoteur modulent la couleur de la viande dans les teintes jaune et rouge

EXEMPLE 2 : Procédé de sélection de poulets présentant une viande plus colorée selon la présente invention.

Afin de sélectionner des poulets présentant une viande plus colorée que le standard, les étapes suivantes du procédé selon l'invention sont mises en œuvres :

1. Génotypage des mutations candidates.

1.1 - Génotypage de la mutation A/G à la position 139 de SEQ ID N°2

Parmi les méthodes utilisables pour déterminer le génotype des animaux à cette mutation (polymorphisme de longueur des fragments de restriction, conformation en simple brin, hybridation allèle-spécifique...), on peut mettre en œuvre la technique de HRM (High-Resolution Melting) selon le protocole suivant :

Un couple d'amorces est choisi de manière à amplifier le fragment contenant la mutation à tester : Upper : 5'- GAACTCAGTTAAGTACCTTATCT -3', (SEQ ID N°29) Lower : 5'- AGC AGC AC AC CTTTGAATT AAAC A -3'. (SEQ ID N°30) Un troisième oligonucléotide est utilisé en tant que sonde allèle-spécifîque :

5'- GCGAAAGTATGGCAGGAATAATTAA-P -3' (SEQ ID N°31). Les amplifications PCR sont réalisées dans un mélange réactionnel (15 μl final) contenant 25 ng d'ADN génomique, 0.5 μM de l'amorce upper, 0.1 μM de l'amorce lower, 0.25 unités de Taq polymerase et IX de tampon associé (Go Taq, Promega par exemple), 2 mM de MgC12 et 0.2 mM de dNTP (Promega par exemple) sur un thermocycleur (9700 Applied-Biosystems, par exemple). La première dénaturation de 5 minutes est suivie de 45 cycles composés de 20 s de dénaturation à 95°C, 20 s d'hybridation à 58°C, et 20 s d'élongation à 72°C, puis de 10 min d'élongation finale à 72°C. Sont ajoutés à 8 μL du mélange 0.4 μM de la sonde allèle-spécifique et IX d'un agent de marquage (LC Green, Idaho Technology, par exemple). La courbe de fusion est obtenue par une augmentation de la température à 95°C pendant 10 min, puis par diminution de la température à 40 ⁰ C, par paliers (10s à 85, 80, 75, 70, 65, 60, 50 ⁰ C, 2,2°C/s), et chauffage (0.02°C/s ) jusqu'à 95 ⁰ C sur un thermocycleur LC-480 (Roche) par exemple.

Les résultats sont lisibles de la manière indiquée sur la Figure 7.

- individu homozygote A/A (mésappariement avec la sonde) : pic de fluorescence à 56 ⁰ C

- individu homozygote G/G (appariement parfait avec la sonde) : pic de fluorescence à 63 ⁰ C

- individu hétérozygote A/G : pics de fluorescence à 56 ⁰ C et 63°C.

1.2 - Génotypage de la mutation A/G à la position 197 de SEQ ID N°2

Parmi les méthodes utilisables pour déterminer le génotype des animaux à cette mutation (polymorphisme de longueur des fragments de restriction, conformation en simple brin, hybridation allèle-spécifique...), la technique de HRM (High-Resolution Melting) est choisie et mise en œuvre selon le protocole suivant : Un couple d'amorces est choisi de manière à amplifier le fragment contenant la mutation à tester :

Upper 5' -AGGCTTCGAGTTGCTGATAACC -3', (SEQ ID N°32) Lower 5'- AGCAGCACACCTTTGAATTAAACA -3' (SEQ ID N°30). Un troisième oligonucléotide est utilisé en tant que sonde allèle-spécifîque :

5'-CTATTCTACATTCTCCCACGTGTGATCTGATT-P-S' (SEQ ID N°33).

Les amplifications PCR sont réalisées dans un mélange réactionnel (15 μl final) contenant 25 ng d'ADN génomique, 0.5 μM de l'amorce upper, 0.1 μM de l'amorce lower et 0.4 μM de la sonde, 0.25 unités de Taq polymerase et IX de tampon associé (Go Taq, Promega par exemple), 2 mM de MgC12, IX d'agent de marquage (LC Green, Idaho Technology, par exemple) et 0.2 mM de dNTP (Promega par exemple) sur un thermocycleur (LC-480, Roche par exemple). La première dénaturation de 10 minutes est suivie de 50 cycles composés de 1 s de dénaturation à 95°C, 1 s d'hybridation à 58°C, et 10 s d'élongation à 72°C. La courbe de fusion est obtenue par une augmentation de la température à 95°C pendant Is, puis par diminution de la température à 40 ⁰ C et chauffage (0.02°C/s ) jusqu'à 95 ⁰ C sur le même appareil.

Les résultats sont lisibles de la manière indiquée sur la Figure 8.

- individu homozygote A/A (mésappariement avec la sonde) : pic de fluorescence à 63 ⁰ C - individu homozygote G/G (appariement parfait avec la sonde) : pic de fluorescence à 68 ⁰ C

- individu hétérozygote A/G : pics de fluorescence à 63 ⁰ C et 68 ⁰ C.

2. Analyse de l'expression du gène BCMOl dans un échantillon biologique de poulets

Parmi les méthodes utilisables pour déterminer l'expression du gène BCMOl dans un échantillon biologique, la technique de RTPCR quantitative est choisie et mise en œuvre selon le protocole suivant :

La réaction de PCR en temps réel est réalisée à partir de 5 μl d'ADNc (issus de la transcription inverse d'ARNm) en présence de 5,5 μl d'FtO ultra pure, 12,5 μl de Mix (qPCR™ Mastermix Plus), 1 μl d'amorce sens SEQ ID N°34 (5 '- AACAAAGAAGAGCATCCAGAGCC-3'), 1 μl d'amorce anti-sens SEQ ID N°35 (5'- GCCAAGCCATCAAACCAGTG-3') pour la réaction SYBR green d'amplification de BCMOl et de 6,5 μl d'eau ultra pure, 12,5 μl de Mix (qPCR™ Mastermix Plus) et de 1 μl d'amorces sens et antisens et de sonde (Human 18S rRNA, Applied Biosystems, Warrington, UK) pour la réaction TaqMan d'amplification de l'ARNr 18S.

La réaction de PCR est réalisée dans un thermocycleur dans les conditions suivantes : une dénaturation initiale (95 ⁰ C pendant 10 minutes), puis 40 cycles d'amplification comprenant une étape de dénaturation (95°C, 15 secondes) suivie par une phase d'hybridation et d'élongation (1 minute à 62°C ou 60 ⁰ C pour BCMOl et

ARNr 18S, respectivement).

3. Analyse de l'expression de la protéine BCMOl dans un échantillon biologique de poulets Parmi les méthodes utilisables pour déterminer l'expression de la protéine

BCMOl dans un échantillon biologique, un test de dosage d'immuno logique, incluant un test ELISA utilisant un anticorps spécifique de BCMOl chez le poulet est choisi et mis en œuvre.

La production d'un tel anticorps se fait dans le cadre d'un protocole d'immunisation utilisant deux peptides de synthèse distincts spécifiques du gène, les séquences en acides aminés suivantes : METIFNRNKEEHPEP (SEQ ID N°36) et DKDFEVNNKLTSIPTC (SEQ ID N°37).

EXEMPLE 3 : Effet des deux mutations candidates (positions 139 et 197 de SEQ ID N°2) sur le niveau d'expression du gène et la coloration jaune de la viande du filet dans le croisement F2 entre lignées CL et CR.

Les deux mutations candidates ont été typées sur l'ensemble des animaux FO, Fl et F2 du dispositif de détection des QTL. Les résultats montrent, qu'au moins dans cette population expérimentale, les deux mutations sont totalement liées: seuls les haplotypes AN ₅₇ A et GN ₅₇ G sont observés alors qu'on observe aucun recombinant AN ₅₇ G ou GN ₅₇ A chez les animaux FO, Fl ou F2 du dispositif. Le génotypage des animaux FO révèle des différences de fréquence allélique entre les lignées CL et CR: l'haplotype GN ₅₇ G est fixé chez les animaux FO de la lignée CL (n=20), alors que l'haplotype AN57A est plus fréquent mais pas totalement fixé chez les animaux FO de la lignée CR (parmi les 13 animaux génotypes, 9 sont de type AN57A et 4 de type GN57G). Le génotypage des deux mutations candidates sur la population F2 montre un effet significatif sur le niveau d'expression musculaire de BCMOl (Fig. 9a) : le niveau d'ARN messagers est estimé à 1.17 (n=63) et -0.48 (n=101) chez les homozygotes de type AN57A et GN57G, soit une différence d'environ 2 écart-types entre ces groupes extrêmes (P<0.0001). Les animaux hétérozygotes, de type AN ₅₇ A/GN ₅₇ G, présentent un niveau d'expression intermédiaire (0.56, n=203) suggérant un effet additive des mutations. De façon cohérente avec la fonction connue du gène, les résultats confirment un effet significatif des 2 SNP sur le niveau de coloration jaune de la viande du filet (Fig. 9b). Une différence de 1.5 unité de couleur jaune (environ 1 écart-type) est observée entre les homozygotes, alors que les hétérozygotes présentent une valeur intermédiaire (b*=10.9, 11.6 et 12.4 chez les homozygotes AN57A (n=128), les hétérozygotes AN ₅₇ AZGN ₅₇ G (n=318) et les homozygotes GN ₅₇ G (n=188), respectivement). Un effet significatif du génotype est aussi mis en évidence sur la coloration rouge du filet avec des valeurs moyennes de a* estimées à 1.3 pour les homozygotes GN ₅₇ G (n=190), 1.1 pour les hétérozygotes AN ₅₇ A/GN ₅₇ G (n=320) et 0.7 pour les homozygotes AN57A (n=129), soit une différence de 0.7 écart-type entre les groupes extrêmes (P<0.0001)

EXEMPLE 4 : Validation fonctionnelle des 2 SNP liés sur l'activité du promoteur.

Après avoir confirmé l'association entre les deux mutations et le niveau d'expression du gène et la couleur jaune de la viande du filet, l'objectif de cette nouvelle étude était de prouver leur effet fonctionnel sur le niveau d'activité du promoteur. Les effets fonctionnels des deux haplotypes (AN ₅₇ A et GN ₅₇ G) sur l'activité du promoteur ont été étudiés par une stratégie de type gène rapporteur.

Réalisation des constructions plasmidiques :

Le promoteur du gène BCM01 du poulet a été amplifié par PCR des bases -734 à

+97 en utilisant les amorces suivantes : BCMOlF: 5'-AGCCTGTGATTTCCTCTGC-3' (SEQ ID N°38) et BCMOlR: 5'-TCGCTCTCCTGTGTCCTCTA-3' (SEQ ID N°39).

Dans un premier temps, l'amplicon a été sous clone dans un plasmide PCR3.1 selon la procédure de « TA cloning » (Invitrogen, Carlsbad, CA). Dans un second temps, le fragment clone dans le plasmide PCR3.1 a été transféré dans un plasmide pGL2 basic (Promega, Madison, WI), en amont du gène rapporteur de la luciférase, pour créer le plasmide pGL2-BCM01-Luc. Des lignées d'hépatome de poulet (LMH) et humaines (HuH-7) ont été transfectées par un vecteur portant le gène rapporteur luciférase gouverné par la région promotrice -734 à +97 du gène BCMOl composée soit de Fhaplotype GN ₅₇ G ou AN ₅₇ A.

Culture cellulaire et dosage de l 'activité transcriptionnelle

Les cellules hépatiques de poulet (LMH) ont été achetées à ATCC (cat# CRL- 2117). Ces cellules ont été cultivées dans un milieu Waymouth's (Invitrogen, Carlsbad, CA) complémenté par 10% de sérum de veau fœtal (SVF, Invitrogen, Carlsbad, CA), 100 IU/ml de pénicilline (Invitrogen, Carlsbad, CA) et 100 mg/ml de streptomycine (Invitrogen, Carlsbad, CA). Les cellules hépatiques humaines (HuH-7) ont été cultivées dans du milieu William's (Invitrogen, Carlsbad, CA), avec 10% de SVF, 1,6 ml de BSA 30%, 500 nM d'hydroxy-cholesterol (GE Healthcare, Piscataway, NJ) et 1 μg/ml d'insuline (SIGMA, St. Louis, MO). Toutes les cultures ont été incubées à 37 ⁰ C dans une atmosphère humide avec 5% de CO ₂ .

Pour les dosages d'activité transcriptionnelle, des transfections transitoires des cellules LMH ont été réalisées en triple dans des plaques six puits à l'aide du protocole de lipofection FuGENE (Roche, Neuilly sur Seine, France). Dans chaque puits, les cellules ont été transfectées par 800 ng du plasmide rapporteur pGL2-BCM01-Luc et 20 ng du plasmide contrôle pCMV-bgal qui contient le gène bactérien β-galactosidase. Les cellules ont été rincées avec du PBS et incubées avec du milieu frais 24h après la transfection. Après 48h de transfection les cellules ont été lysées (lysis buffer - Promega, Madison, WI) et stockées à -8O ⁰ C. Après 5 minutes de centrifugation à 12000 x g, les surnageants (lOμl) ont été incubés 5s avec 40 μl du tampon de réaction luciférase (Promega, Madison, WI) incluant la luciférine (470 μM). L'activité de la luciférase est mesurée par un luminomètre (Veritas Turner Biosystems, Sunnyvale, XA). L'activité de la β-galactosidase est mesurée par hydrolysation de l'Ortho Nitro Phenyl Galactopyranoside (ONPG, SIGMA, St. Louis, MO) et utilisée pour normaliser l'activité de la luciférase. Résultats :

Dans les deux modèles cellulaires, la construction portant l'haplotype AN57A est associée à une plus forte activité de luciférase que la construction GN ₅₇ G (P < 0.01) (Fig. 10). Ce résultat démontre clairement que l'haplotype GN57G réduit l'activité du promoteur de BCM01 et en conséquence le niveau d'ARNm de ce gène.

EXEMPLE 5 : Caractérisation du niveau d'expression de BCMOl dans le muscle Pectoralis Major d'animaux homozygotes AN57A et GN57G de la lignée à croissance rapide

L'objectif de cette étude était de valider, au sein d'une même lignée, l'effet des mutations sur le niveau d'expression de BCMOl.

Dispositifs et prélèvement des échantillons

Les animaux étudiés appartenaient à la lignée expérimentale CR et étaient issus du croisement entre des parents hétérozygotes aux 2 mutations. L'étude a porté sur un total de 7 descendants femelles homozygotes AN57A et 7 autres femelles homozygotes GN57G. Ces animaux ont reçu un aliment standard distribué ad libitum jusqu'à l'abattage à 9 semaines. Pour chaque individu, un échantillon de muscle Pectoralis

Major a été prélevé après la mort de l'animal, congelé immédiatement dans l'azote liquide et conservé à -8O ⁰ C.

Préparation des ARN, Transcription inverse et RT-PCR quantitative

La préparation des ARN, la transcription inverse et la détermination des niveaux d'expression des ARNm par RT-PCR quantitative sont effectuées comme décrit précédemment au point 2. de l'Exemple 2.

Résultats

Comme attendu, l'expression de l'ARNr 18S n'est pas affectée par le génotype (Tableau 7). Cependant, les niveaux relatifs d'ARNm de BCMOl par rapport à l'ARNr 18S sont supérieurs d'un facteur 2.8 chez les animaux homozygotes AN ₅₇ A comparé à ceux observés chez les homozygotes GN57G (p<0.001). Cette augmentation du niveau d'ARNm de BCMOl est associée à une diminution de la couleur jaune (b*) du muscle P. major (p<0.001) chez les animaux homozygotes AN57A par rapport aux homozygotes GN ₅₇ G. Au sein de ce dispositif, la différence entre les femelles homozygotes AN ₅₇ A et GN57G n'est pas significative pour la coloration rouge de la viande (a*= -1.2 et a*=-1.5, respectivement ; P=O.6).

Tableau 7 : Niveaux d'expression en ARN dans le muscle pour 18S et BCMOl (niveau absolu) en fonction du génotype (n=7 par génotype) et couleur jaune (b*) de la viande.

Cette étude confirme donc sur un second fond génétique (la lignée à croissance rapide) l'effet significatif des 2 mutations sur le niveau d'expression de BCMOl et la coloration jaune de la viande du filet.

Conclusion : Via leur effet sur le niveau d'expression du gène BCMOl, les deux mutations liées dans le promoteur modulent la coloration jaune de la viande du filet de poulet.

Bibliographie

o Apple J.K., Roberts W.J., Maxwell C.V., Rakes L.K., Friesen K.G., Fakler T.M.

(2007). Méat Science, 75, 640-647. o E. Baéza, M.R. Salichon, G. Marché, H. Juin (1998a) : Effect of sex on growth, technological and organoleptic characteristics of the Muscovy duck breast muscle. British Poultry Science 39, 398 - 403. o E. Baéza, G. Guy, M.R. Salichon, H. Juin, D. Rousselot-Pailley, D. Klosowska,

G. Elminowska-Wenda, M. Srutek, A. Rosinski (1998b) : Influence of feeding Systems, intensive vs extensive, on fatty liver and méat production in geese.

Archiv fur Geflùgelkunde 62 (4), 169-175. o E. Baéza, M.R. Salichon, G. Marche, N. Wacrenier, B. Dominguez, J. Culioli

(2000) : Effects of âge and sex on the structural, chemical and technological characteristics of mule duck méat. British Poultry Science 41, 300-307. o P. Chartrin, K. Meteau, H. Juin, M.D. Bernadet, G. Guy, C. Larzul, H.

Rémignon, J. Mourot, MJ. Duclos, E. Baéza (2006) : Effects of intramuscular levels on sensory characteristics of duck breast méat. Poultry Science, 85, 914-

922. o X. Fernandez, V. Santé, E. Baéza, E. Lebihan-Duval, C. Berri, H. Rémignon, R. Babilé, G. Le Pottier, T. Astruc (2002) : Effects of the rate of muscle post- mortem pH fall on the technological quality of turkey méat. British Poultry

Science 43, 245-252. o Lebret B., Meusnier-Salaun M. C, Foury A., Mormède P., Dransfïeld E.,

Dourmad J.Y. (2007). Influence of rearing conditions on performance, behavioral and physiological responses of pigs to preslaughter handling, carcass traits and méat quality. Journal of Animal Science, 84 (9), 2436-2447. o Moloney A.P., Keane M.G., Dunne P.G., Mooney M.T., Troy DJ. (2008).

Effect of concentrate feeding pattern in a grass silage/concentrate beef fmishing

System on performance, selected carcass and méat quality characteristics. Méat Science, 79 (2), 355-364. o Seyfert M., Mancini R.A., Hunt M.C., Tang J., Faustman C, Garcia M. (2006).

Color stability, reducing activity and cytochrome C oxidase activity of fïve bovine muscles. Journal of Agriculture and Food Chemistry, 54 (23), 8919-

8925. o Skrlep M., Candek-Potokar M. (2007). Pork color measurement as affected by bloom time and measurement location. Journal of Muscle Foods, 18 (1), 78-87. o Vestegaard M., Madsen N.T., Bligaard H.B., Bredhal L., Rasmussen P.T.,

Andersen H.R. (2007). Conséquences of two or four months of fmishing feeding of culled dry dairy cows on carcass characteristics and technological and sensory méat quality. Méat Science, 76 (4), 635-643. o KWOH et al, 1989, Proc Natl. Acad. Sci USA vol.86 p : 1173-1177, 1989 o LIZARDI et al. Biol. Technology, Vol.6, p : 1197, 1988 o CoIe et al. In monoclonal antibodies and cancer therapy, Alan R. Liss, Inc., p77-

96, 1985 o Current protocols in Immunology, Coligan et al. éd., John Wiley & Sons, New

York, 1994 o (BRIGHMAN et al. Am. J. Med. Sci., vol. 298, p : 278-81, 1989 o Nadaf et al., BMC Genomics 2007, 8 :155 o Sibut et al., 2008. Journal of Animal Science, JuI 3. [Epub ahead of print] o Berri et al., 2001. Poultry Science, 80 : 833-838. o Le Bihan-Duval et al., 2008. BMC Genetics, 9 : 53 o Gigaud et al., 2007. Septièmes Journées de la Recherche Avicole, Tours, 28-29 Mars 2007, 480-484.