Description

Titre : Polypeptides neutralisants et leurs applications

Domaine technique

La présente description concerne de nouveaux polypeptides artificiels, en particulier de nouvelles protéines répétées alpha-hélicoïdales de type HEAT (aRep). La présente description concerne également l’utilisation de ces nouveaux polypeptides en tant que médicament, en particulier pour le traitement et/ou la prévention de maladies et/ou conditions provoquées par une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS- CoV-2.

Technique antérieure

Les virus sont l'une des principales causes de maladies dans le monde. Les virus sont généralement définis comme de petits agents infectieux non vivants qui ne se répliquent qu'au sein de cellules vivantes, car ils ne possèdent pas de mécanisme de réplication complètement autonome. Bien que de formes et de tailles diverses, ils consistent généralement en une particule virale (appelée "virion"), constituée d'une enveloppe protéique qui comprend au moins une molécule d'acide nucléique et éventuellement, selon le type de virus, une ou plusieurs protéines ou nucléoprotéines.

Même si leur cycle de réplication varie fortement d'une espèce à l'autre, il est généralement admis que le cycle de vie des virus comprend six étapes fondamentales : l'attachement, la pénétration, le désenrobage, la réplication, l'assemblage et la libération.

En fonction de la nature du virus ciblé, des solutions thérapeutiques ont été conçues pour interférer avec un ou plusieurs de ces mécanismes.

Les virus sont classés en fonction de leur type de génome. La classification actuelle des virus, en 2018, comprend sept groupes différents :

- Groupe I : virus à ADN double brin (ADNdb) ;

- Groupe II : virus à ADN simple brin (ADNs) ;

- Groupe III : virus à ARN double brin (ARNdb) ;

- Groupe IV : virus à ARN (+) brin ou sens ((+)ssRNA) ;

- Groupe V : virus à ARN (-) brin ou antisens ((-)ssRNA) ; - Groupe VI : virus à ARN simple brin ayant des intermédiaires d'ADN (ARNs-TR)

; et

- Groupe VII : virus à ADN double brin ayant des intermédiaires d'ARN (ADNdb- TR).

Il existe peu de remèdes pour les maladies causées par des infections par des virus à ARN, en particulier les virus à ARN monocaténaires, et plus spécifiquement les infections par des virus à ARN appartenant au groupe IV de la classification de Baltimore.

En décembre 2019, un nouveau coronavirus (SARS-CoV-2), également appelé coronavirus 2019 (COVID-19), a récemment été découvert. Ce nouveau coronavirus appartient à la famille des Coronaviridae, de l’espèce SARS-CoV et fait partie du groupe IV de la classification de Baltimore.

L'Organisation mondiale de la santé (OMS) a officiellement déclaré la pandémie de COVID-19 comme une urgence de santé publique de portée internationale. Ce nouveau coronavirus se propage principalement par les voies respiratoires et provoque des maladies respiratoires aiguës. Les personnes âgées et les personnes souffrant de maladies sous-jacentes sont sensibles à l'infection et sujettes à des issues graves, qui peuvent être associées à un syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA). L'infection par le virus du SARS-CoV-2 débute dans les cavités nasales, le virus se répliquant à des titres élevés dans les épithéliums olfactifs avant d'atteindre les voies respiratoires inférieures. L'infection de l'épithélium olfactif entraîne des lésions massives qui peuvent expliquer la forte prévalence de la perte de l'odorat (anosmie).

Ce coronavirus est un virus à ARN monocaténaire, de polarité positive, d'approximativement 30 kilobases qui se réplique dans le cytoplasme des cellules hôtes. Ce virus est enveloppé et comprend, à sa surface, des structures péplomériques dénommées spicules constitués de la protéine Spike (S).

La protéine Spike ou S est une glycoprotéine membranaire (200-220 kDa) qui se présente sous la forme de spicules ou "Spike" émergeant de la surface de l'enveloppe virale. Cette protéine S de surface se lie au récepteur cellulaire ACE2 qui est exprimé dans de nombreux tissus. Elle contient 2 sous-unités (SI et S2), SI incluant le domaine de liaison au récepteur (RBD, receptor binding domain) contenant le motif de liaison au récepteur (RBM, receptor binding motif) et S2 contenant le peptide de fusion permettant l’induction de la fusion de l'enveloppe virale avec la membrane cellulaire. La protéine S est la principale cible de la réponse anticorps neutralisante. Plusieurs stratégies thérapeutiques sont actuellement explorées, notamment la limitation de la propagation de l'infection par les virus de l’espèce SARS-CoV en bloquant la réplication du virus. Cela peut se faire en empêchant l'entrée du virus dans les cellules cibles des poumons et des autres tissus en ciblant la protéine S et principalement son domaine RBD (domaine de liaison au récepteur de la sous unité SI de la protéine Spike).

Cette neutralisation de la protéine S peut se faire, notamment, grâce à des protéines naturelles ou artificielles, telles que :

- les anticorps monoclonaux humains dont le coût est conséquent et réservés à des cas très particuliers,

- les dérivés de VHH (Recombinant Llama Antibodies) qui devraient être utilisés en chimérisant les VHH pour faire des VHH-Fc pouvant être reconnus par le système immunitaire du patient,

- les DARPins (Designed Ankyrin Repeat Proteins), et

- les miniprotéines développées par le groupe de David Baker (University of Washington, Seattle).

La mise en œuvre de ces solutions thérapeutiques est très incertaine à l'heure actuelle et nécessite l'exploration d'autres options. Ainsi, il existe un besoin de nouveaux composés pour traiter ou prévenir une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, notamment le SARS-CoV- 2.

Il existe un besoin de nouvelles protéines ayant une forte activité neutralisante contre un virus de l’espèce SARS-CoV, notamment le SARS-CoV-2.

Il existe un besoin de nouvelles protéines ayant une forte activité protectrice contre une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV chez un individu, notamment une infection avec un virus SARS-CoV-2.

Il existe un besoin de nouvelles protéines ayant une forte activité protectrice contre une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV chez un individu, notamment une infection avec un virus SARS-CoV-2, dont le coût de production est faible.

Il existe un besoin de nouvelles protéines ayant une forte activité protectrice contre une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV chez un individu, notamment une infection avec un virus SARS-CoV-2, avec un meilleur rendement de production.

Il existe un besoin de nouvelles protéines ayant une forte activité neutralisante contre un virus de l’espèce SARS-CoV, notamment une infection avec un virus SARS-CoV-2, provoquant peu, voire aucune, réaction immunitaire chez un individu. Il existe un besoin de nouveaux composés thérapeutiques permettant la neutralisation de la multiplication d’un virus de l’espèce SARS-CoV.

Il existe un besoin de nouvelles compositions pharmaceutiques afin de traiter et/ou prévenir une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, notamment le SARS-CoV-2.

La présente invention a pour but de répondre à tout ou une partie de ces besoins.

Exposé de la présente description

Les inventeurs ont développé de nouveaux polypeptides pour traiter et/ou prévenir une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier une infection avec un virus SARS-CoV-2. De manière inattendue, les inventeurs ont observé qu’une pluralité de polypeptides artificiels, appelés aReps, tels que définis dans la présente description présentaient une activité neutralisante pour le virus SARS-CoV-2. De manière surprenante, et contrairement à l’enseignement de l’art antérieur concernant des anticorps monoclonaux humains (Barnes et al. Nature 588, 682-687, 2020 ; Baum et al. Science 370, 1110-1115, 2020 ; Chen et al. N. Engl. J. Med, 2020 ; Fagre et al. Front Immunol 11:614256, 2020 ; Hansen et al. Science 369, 1010- 1014, 2020 ; Li et al. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 117, 29832-29838, 2020 ; Li et al. Cell 183, 429-441.e416, 2020 ; Raybould et al. . Bioinformatics, btaa739, 2020), des nanobodies/VHH (Custodio et al. Nat Commun, 2020 ; Czajka et al. Trends in Microbiology 29, 195-203 ; Güttler et al. EMBO J. el07985, 2021 ; Hanke et al. Nat. Struct. Mol. Biol. 27, 846-854, 2020 ; Ma et al. J Virol. 95:e02438-20, 2021 ; Schoof et al. Science 370, 1473-1479, 2020 ; Wrapp et al. Cell 181, 1004-1015.el015, 2020 ; Xiang et al. Science, 2020), des petites protéines inhibitrices (Cao et al. Science 370:426-431, 2020) ou des DARPINs (Walser et al. 2020), ces polypeptides ont une forte affinité au domaine RBD de la sous-unité SI de la protéine S des virus de l’espèce SARS-CoV, notamment les polypeptides aReps C2, H12, C7 et F9.

En outre, ces polypeptides artificiels présentent l’avantage d’avoir un faible coût de production et une production facilitée dans des bactéries E. coli.

De plus, du fait de leur petite taille (par exemple, 170 acides aminés pour le polypeptide C2) les polypeptides artificiels de la présente description sont peu immunogènes, voire non immunogènes.

Ces nouveaux composés sont des protéines répétées alpha-hélicoïdales de type HEAT (aReps) qui ont la capacité de reconnaître et de se lier spécifiquement au domaine RBD de la protéine S des virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier du virus SARS-CoV-2, afin de neutraliser et bloquer l’attachement du virus à sa cellule cible. Les polypeptides selon la présente description présenteraient également une meilleure activité de neutralisation du virus lorsque ces polypeptides sont sous une forme de multimérisation homologue ou hétérologue. Ces polypeptides sont ainsi appelés polypeptides composites dans la présente description.

Les polypeptides décrits ici présentent aussi l’avantage d’être hautement solubles dans l’eau.

Ainsi la présente invention vise à proposer de nouveaux polypeptides et compositions pharmaceutiques comprenant de tels polypeptides.

Ces nouveaux polypeptides ou compositions pharmaceutiques pouvant être mis en œuvre en tant que médicament pour traiter et/ou prévenir des maladies ou conditions provoquées par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le virus SARS-CoV-2.

Le temps de demi-vie de ces polypeptides dans la cavité nasale serait augmenté lorsque les polypeptides seraient combinés à un domaine protéique de la protéine StcE de la bactérie E. coli entérohémorragiques (EHEC). Les polypeptides peuvent également être associés à des nanoparticules biodégradables avant d’être administrés à un individu.

Par ailleurs, les polypeptides tels que décrits ici présenteraient également l’avantage d’être administrés par la voie nasale et empêcheraient la multiplication du virus, permettant ainsi un bénéfice thérapeutique et une protection prophylactique.

Résumé de la présente description

Selon l’un de ses objets, la présente description concerne un polypeptide de formule (I)

NH2-[Nt]-[SBP]z-[Ct]-COOH (I), dans laquelle :

- z est un nombre entier de 1 à 10 ;

- Nt consiste en un peptide choisi parmi SEQ ID NO. 20, SEQ ID NO. 21, SEQ ID NO. 22, SEQ ID NO. 23, SEQ ID NO. 24, SEQ ID NO. 25, SEQ ID NO. 26, SEQ ID NO. 27, SEQ ID NO. 28, SEQ ID NO. 29 SEQ ID NO. 42, SEQ ID NO. 43, SEQ ID NO. 44, SEQ ID NO. 45, SEQ ID NO. 46, SEQ ID NO. 47, SEQ ID NO. 48, SEQ ID NO. 49, SEQ ID NO. 50, SEQ ID NO. 51, SEQ ID NO. 52 et SEQ ID NO. 53 ;

- Ct consiste en un peptide ayant une longueur de 1 à 100 acides aminés ; et

- SBP consiste en un peptide, dont les acides aminés variables sont identiques ou différents d’un SBP à un autre, de formule (II) NH2 - [SEQ ID NO. 16] - X1-X2-V-R-X3-X4-A-A-X5-A-L-G-X6-I - COOH (II) dans laquelle :

- XI est un acide aminé choisi parmi A (Alanine), E (Acide Glutamique), T (Thréonine), S (Sérine), P (Proline), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), K (Lysine), R (Arginine), W (Tryptophane), Y (Tyrosine) ;

- X2 est un acide aminé choisi parmi N (Asparagine), A (Alanine), D (Acide aspartique), T (Thréonine), R (Arginine), S (Sérine), Q (Glutamine), Y (Tyrosine), G (Glycine), E (Acide Glutamique), L (Leucine), F (Phénylalanine), W (Tryptophane), N (Asparagine), ;

- X3 est un acide aminé choisi parmi I (Isoleucine), Q (Glutamine), R (Arginine), Y (Tyrosine), K (Lysine), T (Thréonine), V (Valine), L (Leucine), A (Alanine), F (Phénylalanine), E (Acide Glutamique), S (Sérine), M (Méthionine), W (Tryptophane) ;

- X4 est un acide aminé choisi parmi S (Sérine), E (Acide Glutamique), T (Thréonine), A (Alanine), R (Arginine), G (Glycine), L (Leucine), V (Valine), N (Asparagine) ;

- X5 est un acide aminé choisi parmi A (Alanine), S (Sérine), R (Arginine), T (Thréonine), N (Asparagine), F (Phénylalanine), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), D (Acide aspartique), Y (Tyrosine), K (Lysine), R (Arginine), E (Acide Glutamique), W (Tryptophane), N (Asparagine), Q (Glutamine), I (Isoleucine) ; et

- X6 est un acide aminé choisi parmi K (Lysine), Q (Glutamine), E (Acide Glutamique).

Selon certains modes de réalisation, le SBP de formule (II) tel que décrit ici peut comprendre :

- XI, celui-ci étant un acide aminé choisi parmi A (Alanine), E (Acide Glutamique), T (Thréonine), S (Sérine), P (Proline), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), K (Lysine), R (Arginine), W (Tryptophane) ;

- X2, celui-ci étant un acide aminé choisi parmi N (Asparagine), A (Alanine), D (Acide aspartique), T (Thréonine), R (Arginine), S (Sérine), Q (Glutamine), Y (Tyrosine), G (Glycine), E (Acide Glutamique), L (Leucine), F (Phénylalanine), W (Tryptophane) ;

- X3, celui-ci étant un acide aminé choisi parmi I (Isoleucine), Q (Glutamine), R (Arginine), Y (Tyrosine), K (Lysine), T (Thréonine), V (Valine), L (Leucine), A (Alanine), F (Phénylalanine) ;

- X4, celui-ci étant un acide aminé choisi parmi S (Sérine), E (Acide Glutamique), T (Thréonine), A (Alanine), R (Arginine), G (Glycine), L (Leucine), V (Valine), N (Asparagine);

- X5, celui-ci étant un acide aminé choisi parmi A (Alanine), S (Sérine), R (Arginine), T (Thréonine), N (Asparagine), F (Phénylalanine), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), D (Acide aspartique), Y (Tyrosine), K (Lysine), R (Arginine), E (Acide Glutamique), W (Tryptophane), N (Asparagine), Q (Glutamine) ; et

- X6, celui-ci étant un acide aminé choisi parmi K (Lysine), Q (Glutamine), E (Acide Glutamique).

Selon certains modes de réalisation, le nombre entier z, du polypeptide de formule (I), peut être un nombre entier de 3 à 8.

Selon certains modes de réalisation, Nt, du polypeptide de formule (I), peut être choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID NO. 20, SEQ ID NO. 21, SEQ ID NO. 22, SEQ ID NO. 23, SEQ ID NO. 24, SEQ ID NO. 25, SEQ ID NO. 26, SEQ ID NO. 27, SEQ ID NO. 28 et SEQ ID NO. 29.

Selon certains modes de réalisation, Ct, du polypeptide de formule (I), peut consister en un polypeptide ayant une longueur de 1 à 50 acides aminés.

Selon certains modes préférés de réalisation, Ct, du polypeptide de formule (I), peut consister en un polypeptide ayant une longueur de 1 à 36 acides aminés, de manière plus préférée en un polypeptide de 36 acides aminés.

Selon certains modes de réalisation, Ct, du polypeptide de formule (I), peut consister en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 18.

Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide de formule (I) peut être choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 3, SEQ ID NO. 4, SEQ ID NO. 5, SEQ ID NO. 6, SEQ ID NO. 7, SEQ ID NO. 8, SEQ ID NO. 9, SEQ ID NO. 10, SEQ ID NO. 30, SEQ ID NO. 31, SEQ ID NO. 32, SEQ ID NO. 33, SEQ ID NO. 34, SEQ ID NO. 35, SEQ ID NO. 36, SEQ ID NO. 37, SEQ ID NO. 38, SEQ ID NO. 39, SEQ ID NO. 40 et SEQ ID NO. 4L

Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide de formule (I) peut être choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 7, et SEQ ID NO. 10.

Selon un autre de ses objets, la présente description concerne également un polypeptide composite comprenant une pluralité de polypeptide de formule (I) selon la présente description ou un polypeptide de formule (I) lié de façon covalente par son résidu d’acide aminé à l’extrémité N-terminale à un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.

Selon certains modes de réalisation, un polypeptide composite selon la description peut consister en un dimère ou un trimère de polypeptide de formule (I) tel que décrit dans la présente description. Selon certains modes de réalisation, un dimère de polypeptide peut être un polypeptide composite de construction NH2-[SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO.

7 ou SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO. 7 ou

SEQ ID NO. 10]-COOH.

Selon certains modes particuliers de réalisation, un dimère de polypeptide peut être un polypeptide composite de séquence en acides aminés SEQ ID NO. 12 ou SEQ ID NO. 13.

Selon certains modes particuliers de réalisation, un trimère de polypeptide peut être un polypeptide composite de construction NH2-[SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO. 7 ou SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO. 7 ou SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO. 7 ou SEQ ID NO. 10]-COOH.

Selon certains modes de réalisation d’un polypeptide composite sous la forme d’un dimère ou d’un trimère du polypeptide de formule (I) tel que décrit ici, le polypeptide de formule (I) peuvent être lié par un peptide de liaison, de préférence un peptide de liaison de séquence SEQ ID NO. 19.

Selon certains modes de réalisation d’un polypeptide composite, un polypeptide de formule (I) peut être choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 7 et SEQ ID NO. 10.

Selon certains autres modes de réalisation d’un polypeptide composite selon la présente description, le polypeptide composite peut être choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID NO 11, SEQ ID NO. 12, SEQ ID NO. 13, SEQ ID NO. 14 et SEQ ID NO. 15.

Selon certains modes de réalisation, un polypeptide de formule (I) selon la présente description ou un polypeptide composite selon la présente description peut être conjugué à une protéine d’adhérence ayant au moins environ 90 % d’identité en acides aminés avec une séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.

Selon certains modes de réalisation, un polypeptide de formule (I) selon la présente description ou un polypeptide composite selon la présente description peut être conjugué à une protéine d’adhérence ayant une séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.

Selon certains modes de réalisation, un polypeptide de formule (I) selon la présente description ou un polypeptide composite selon la présente description peut être associé à une nanoparticule biodégradable telle que décrite dans la présente description.

Selon un autre de ses objets, la présente description concerne également une composition pharmaceutique comprenant un polypeptide de formule (I) ou un polypeptide composite tels que décrits dans la présente description, en combinaison avec au moins un véhicule pharmaceutiquement ou physiologiquement acceptable.

Selon un autre de ses objets, la présente description concerne également un polypeptide de formule (I), un polypeptide composite ou une composition pharmaceutique tels que décrits dans la présente description, pour utilisation en tant que médicament.

Selon un autre de ses objets, la présente description concerne également un polypeptide de formule (I), un polypeptide composite ou une composition pharmaceutique tels que décrits dans la présente description, pour utilisation dans le traitement et/ou la prévention chez un individu d’une condition provoquée par une infection par un virus de l’espèce SARS- CoV, en particulier le SARS-CoV-2.

Selon un autre de ses objets, la présente description concerne également une méthode de traitement et/ou de prévention d’une condition provoquée par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, chez individu en ayant besoin, comprenant une étape d’administration à l’individu d’un polypeptide de formule (I), d’un polypeptide composite ou d’une composition pharmaceutique tels que décrits dans la présente description.

Selon un autre de ses objets, la présente description concerne également l’utilisation d’un polypeptide de formule (I), d’un polypeptide composite ou d’une composition pharmaceutique tels que décrits dans la présente description pour l'obtention d'un médicament destiné à traiter et/ou prévenir une condition provoquée par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, chez individu en ayant besoin.

Brève description des dessins

La figure 1 montre que les aReps C2, C12, F9, Gl, H10 et H12 ont de faibles vitesses de dissociation contrairement aux aReps C7, D7 et F7. La Figure 1 représente la fixation des aReps H7 (contrôle négatif), C7, H10, C12, F9, F7, D7, Gl et C2 concentrées à 1 pM sur le domaine RBD du virus SARS-CoV-2 par interférométrie bi-couche. Abscisse : Le temps en secondes. Ordonnée : Epaisseur de la bi-couche sur le capteur (exprimée en nm)

La figure 2 (figures 2A, 2B, 2C, 2D, 2E) montre que les aReps C2 et F9 ont une affinité de liaison élevée pour le domaine RBD et la sous-unité SI (le domaine N-ter de la protéine S) du SARS-CoV-2. Les [Fig 2A-2B-2C-2D] et [Fig 2E] représentent la fixation des aReps C2, F9 et du dimère F9-C2 sur le domaine RBD de la sous-unité SI analysée par interférométrie bi-couche. La 2A représente la fixation de l'aRep C2 sur le domaine RBD. La 2B représente la fixation de l'aRep C2 sur la sous-unité SI. La 2C représente la fixation de l'aRep F9 sur le domaine RBD. La 2D représente la fixation de l'aRep F9 sur la sous-unité SL La [Fig 2E] représente la fixation de l'aRep composite F9-C2 sur la sous-unité SL Abscisse : Le temps en secondes. Ordonnée : Epaisseur de la bi-couche sur le capteur (exprimée en nm).

La figure 3 (figures 3A, 3B) montre que les aReps C2, C7, F9 et H12 neutralisent des particules pseudo-typées de la protéine S et du virus SARS-CoV-2 et protègent de l’infection en fonction de leurs concentrations. Trois réplicats biologiques par concentration ont été réalisés. Les barres d’erreur représentent la déviation standard par rapport à la moyenne.

La 3A représente le taux d’infection de cellules HEK-293T exprimant ACE2 par des particules pseudo-typées du virus de la leucémie murine (MLV) porteuses de la protéine S du SARS-CoV- 2 en présence des aReps H12, C2, Gl, F9, C7 et H7 (contrôle négatif) après 24 h de mise en contact. Abscisse : aReps testées aux concentrations de (a) 3 pM (noir), (b) 600 nM (gris moyen) ou (c) 60 nM (gris foncé) dans le milieu de culture cellulaire et (d) VS VG (témoin de spécificité de l’inhibition de l’infection) : cellules infectées par des pseudo-particules du MLV porteuses de la protéine G du virus de la stomatite vésiculeuse (VSVG) avec les aReps testées à la concentration de 3 pM (de gauche à droite) H12, C2, Gl, F9, C7, H7 ou du tampon phosphate salin (PBS). Ordonnée : Taux d’infection en pourcentage des cellules HEK 293T par des particules pseudo-typés avec la protéine S (SARS-CoV-2) ou G (VSVG).

La 3B représente le taux d’infection de cellules Vero-E6 par le virus SARS-CoV-2 en présence ou non d’ aReps dans du milieu DMEM (n=3). Abscisse : Concentration des aReps C2, C7, F9, Gl, H12 et H7 dans le milieu de culture cellulaire en loglO (nM). Des cellules ont été infectées sans aRep (virus seul) ou non infectées (milieu seul). Ordonnée : Viabilité des cellules Vero-E6 infectées par le virus SARS-CoV-2 en présence des aReps (en Unité de luminescence arbitraire).

La figure 4 (figures 4A, 4B) montre que l’aRep composite F9-C2 neutralise l’infection des cellules HEK 293T par des particules pseudo-typés du MLV porteuses de la protéine S ou par le virus SARS-CoV-2. Trois réplicats biologiques par concentration. Les barres d’erreur représentent la déviation standard à la moyenne.

La 4A représente l’inhibition de l’infection de cellules HEK-293T exprimant ACE2 par des particules pseudo-typés du MLV avec la protéine S du SARS-CoV-2 en présence de l’aRep composite F9-C2 et des aReps F9, C2 et H7 (témoin négatif). Abscisse : Cellules HEK-293T en présence de mélanges de (a) 100 nM (noir), (b) 10 nM (gris foncé), (c) 1 nM (gris moyen) d’aRep avec des particules pseudo-typés avec la protéine S du SARS-CoV-2 ou (d) par des cellules infectées par des pseudo-particules du MLV porteuses de la protéine G du virus de la stomatite vésiculeuse (VSVG - gris clair) avec les aReps à la concentration de 3 pM (témoin de spécificité de l’inhibition de l’infection). Ordonnée : Taux d’infection en pourcentage des cellules HEK 293T par les particules pseudo-typés avec la protéine S (SARS-CoV-2) ou G (VSVG).

La 4B représente l’inhibition de l’infection de cellules Vero-E6 par des virus du SARS-CoV-2.

Abscisse Concentration en pM des aReps C2, F9-C2, F9 + C2 et H7 dans le milieu de culture de cellules infectées. Des cellules ont été infectées sans aRep (virus seuls) ou non infectées

(cellules seules). Ordonnée : Viabilité des cellules Vero-E6 infectées par le virus SARS-CoV-2 en présence des aReps (en Unité de luminescence arbitraire).

La figure 5 montre que les aReps composites C2-foldon et F9-foldon ont une activité neutralisante similaire, voire supérieure, sur l’infection par la SARS-CoV-2 comparé aux aReps F9 et C2 seuls et F9-C2. Trois réplicats biologiques par concentration ont été réalisés. Les barres d’erreur représentent la déviation standard à la moyenne Abscisse : Concentration en pM des aReps C2-foldon (■), F9-foldon (étoile), F9-C2 ( A), F9 (▼), C2 (•) et H7 (o) dans le milieu de culture de cellules infectées par le SARS-CoV-2. Ordonnée : Viabilité des cellules Vero-E6 infectées par le virus SARS-CoV-2 en présence des aReps (en Unité de luminescence arbitraire).

La figure 6 (figures 6a, 6b, 6c, 6d, 6e) montre que les aReps F9, C2 et F9-C2 ont une activité neutralisante sur des mutants de la protéine S du SARS- CoV-2. Les quatre variants analysés (alpha, beta, gamma et kappa) sont tous plus sensibles à la neutralisation de l’aRep composite F9-C2 que les aReps F9 et C2 seuls, soulignant l’effet coopératif associé à la fusion du F9 et du C2. La 6a représente l’inhibition de l’infection de cellules HEK-293T exprimant ACE2 par des rétrovirus pseudo-typés avec la protéine S du SARS-CoV-2 (de l’isolat Wuhan- Hu-1). Il est également représenté l’inhibition de l’infection de cellules HEK-293T exprimant ACE2 par des rétrovirus pseudo-typés avec des mutants de la protéine S : N501Y (6b), K417N, E484K, N501Y (6c), K417T, E484K, N501Y (6d) et L452R, E484Q (6e). Trois réplicats biologiques par concentration ont été réalisés. Les barres d’erreur représentent la déviation standard à la moyenne. Abscisse : Cellules HEK-293T en présence de mélanges de (haut en bas) 500 nM, 250 nM, 100 nM, 50 nM ou 10 nM d’aRep avec des particules pseudo-typés avec la protéine S du SARS-CoV-2, et VSVG (témoin de spécificité de l’inhibition de l’infection) : Cellules infectées par des pseudo-particules du MLV porteuses de la protéine G du virus de la stomatite vésiculeuse (VSVG) avec les aReps à la concentration de 3 mM. Ordonnée : Taux d’infection en pourcentage des cellules HEK 293 T par les particules pseudo -typés avec la protéine S (SARS-CoV-2) ou G (VSVG). La figure 7 (figures 7A, 7B) montre que 1’aRep composite F9-C2 permet une diminution de l’infection par le SARS-CoV-2 in vivo en comparaison à l’aRep contrôle H7 sur un modèle d’hamster.

La 7A représente l’expression relative de la protéine E du SARS-CoV-2 reflétant la présence du virus en présence de l’aRep H7 (point blanc) ou F9-C2 (point noir) dans la muqueuse olfactive et les poumons à jour 1 (J 1 ) ou jour 3 (J3) post infection. Abscisse : Prélèvement à J1 et J3 postinfection de la muqueuse olfactive et des poumons des hamsters ayant reçus par inoculation nasale de l’aRep H7 ou F9-C2 1 h avant infection avec le virus SARS-CoV-2. Ordonnée : Expression relative en log de la protéine E du virus SARS-CoV-2.

La 7B représente le titre viral des frottis nasaux reflétant la production du virus SARS-CoV-2 par la cavité nasale des hamsters infectés sur 3 jours post infection. Abscisse : Jours postinfection par le SARS-CoV-2 (jpi). Ordonnée : Titre viral des frottis nasaux (log TCID50) des hamsters ayant reçus par inoculation nasale de l’aRep H7 ou F9-C2 1 h avant infection avec le virus SARS-CoV-2.

La figure 8 représente quatre photos prises par microscopie optique à fluorescence dans la cavité nasale de souris 1 h et 6 h après l’administration par instillation de polypeptides aRep C2 ou de polypeptides aRep C2 conjugués à la protéine d’adhérence X409 (C2-X409). Photo en haut à gauche : Le polypeptide aRep C2 est présent à la surface de l’épithélium (OE) dans la cavité nasale 1 h post-administration. Photo en bas à gauche : Le polypeptide aRep C2 est présent dans la lamina propria (LP) de la cavité nasale 6 h post-administration. Photo en haut à droite : Le polypeptide aRep C2-X409 est présent à la surface de l’épithélium (OE) dans la cavité nasale 1 h post-administration. Photo en bas à droite : Le polypeptide aRep C2-X409 est présent à la surface de l’épithélium (OE) dans la cavité nasale 6 h post-administration.

Description détaillée

Définitions

Les termes utilisés dans la présente description sont utilisés avec leur signification habituelle dans le domaine technique considéré, et au regard du contexte de la description dans lesquelles les termes sont utilisés. Certains termes sont davantage discutés ci-dessous, ou ailleurs dans la description, pour fournir des indications supplémentaires au regard de la présente description et de sa mise en œuvre. Les définitions qui suivent sont fournies pour la description et les revendications. Par protéine « alphaRep » ou « aRep », on entend un polypeptide ou protéine artificielle comprenant n répétitions d’un motif de 31 acides aminés dérivé des protéines HEAT dans lequel seulement 6 d’entre eux sont variables et forment la surface concave du polypeptide. Ces polypeptides sont capables de lier un ligand d’intérêt ou de neutraliser des virus, en particulier des virus de l’espèce SARS-CoV, notamment le SARS-CoV-2. Dans le contexte de la présente description, une protéine aRep correspond à un polypeptide de formule (I) tel que décrit et illustré dans la présente description. Par exemple, un polypeptide de formule (I) tel que décrit et illustré ici peut correspondre à un polypeptide aRep C2, un polypeptide aRep C7, un polypeptide aRep F9 ou un polypeptide aRep H12. Les expressions comme « polypeptide C2 », « aRep C2 » ou « C2 » peuvent être utilisées dans la présente description pour désigner un « polypeptide aRep Cl ». Ces expressions s’appliquent également à tous les polypeptides aRep décrits ici.

Par "cellule cible", on entend ici une cellule qui exprime un antigène cible capable d’être reconnu par un polypeptide selon la présente description, notamment une cellule qui exprime le récepteur cellulaire ACE2 capable d’être reconnu par la protéine S, notamment le domaine RBD, des virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV- 2, et de conférer la susceptibilité au virus. Par exemple, une cellule cible peut être une cellule pulmonaire, une cellule artérielle, une cellule cardiaque, une cellule rénale ou une cellule de l’appareil digestif.

La description des différents modes de réalisation de la présente description comprend les modes de réalisation incluant « comprenant », « ayant » et « consistant en ». Les mots « avoir » et « comprendre », ou des variantes telles que « a », « ont », « comprend » ou « comprenant » doivent être compris comme impliquant l’inclusion du ou des éléments indiqués (comme un élément d’une composition ou une étape de méthode) mais pas l’exclusion d’autres éléments. Le terme « consistant en » implique l’inclusion du ou des éléments indiqués, à l’exclusion de tout élément supplémentaire.

Tel qu'utilisé dans la présente description, une « condition provoquée par une infection » par un virus de l’espèce SARS-CoV, peut être choisi dans une liste comprenant ou consistant en : un syndrome de détresse respiratoire sévère, un état cardiovasculaire, un état vasculaire, un état gastro-intestinal ou un état neurologique. Avantageusement, les patients présentant, ou risquant de présenter, une affection liée à une infection à un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, peuvent également être pris en compte.

Par exemple, les conditions provoquées par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, notamment le SARS-CoV-2, qui sont particulièrement prises en compte comprennent : la fibrose pulmonaire, la vascularite, la maladie de Kawasaki et les lésions ou la destruction des tissus, en particulier les lésions et la destruction des tissus pulmonaires et des endothéliums.

Le terme « individu » tel qu’utilisé dans la présente description désigne en particulier un mammifère. Les mammifères considérés incluent les, mais ne sont pas limités aux, animaux domestiques (par exemple, bovins, ovins, chats, chiens, et chevaux), les primates (par exemple humains et non-humains), les lapins et les rongeurs (par exemple, les souris et les rats). Selon un mode de réalisation particulier, un individu est un être humain.

Par « pharmaceutiquement acceptable » ou « physiologiquement acceptable » on entend signifier que le véhicule (support, diluant, ou excipient) doit être compatible avec les autres ingrédients de la formulation, et non nocif pour l’individu à qui la composition le comprenant est administrée. Un véhicule pharmaceutiquement ou physiologiquement acceptable est un véhicule reconnu comme satisfaisant, notamment, aux critères d’innocuité, de compatibilité, et d’inertie requis pour une mise en œuvre dans le domaine pharmaceutique. En particulier, un véhicule physiologiquement acceptable est une substance ou composition dont l’administration à un individu ne s’accompagne pas d’effets délétères significatifs. En particulier, un tel véhicule est compatible avec une administration orale ou rectale, et de préférence est adapté à une administration par la voie orale. A titre d’exemples de véhicule pharmaceutiquement ou physiologiquement acceptable, il est possible de citer l’eau stérile, les saccharides tels que le sucrose ou le saccharose, les amidons, les sucres alcools tels que le sorbitol, les polymères tels que le PVP ou le PEG, les agents lubrifiants, tels que le stéarate de magnésium, les conservateurs, les agents colorants ou de saveurs.

La liste des sources, ingrédients et composants indiqués ci-après sont compris comme étant décrits de telle sorte que toutes combinaisons et mélanges de ceux-ci sont également envisagés dans le cadre de la présente invention. Les termes « prévenir » et « prévention » (et les variantes de ces expressions) au regard d’un désordre physiologique ou d’une maladie provoquée par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, concerne le traitement prophylactique de la maladie ou du désordre, par exemple chez un individu infecté par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, et à risque de développer une maladie ou un désordre lié à cette infection. Prévenir inclut, mais n’est pas limité à, la prévention ou le ralentissement du développement de la maladie, et/ou le maintien d’un ou plusieurs symptômes de maladie à un niveau désiré ou un niveau moindre. Le terme « prévenir » ne requiert pas l’élimination à 100 % de la possibilité ou de la probabilité de survenue de la maladie ou du désordre. Ce terme désigne plutôt la réduction à un degré moindre du risque ou de la probabilité d’occurrence d’un phénomène donné lié à une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier SARS-CoV-2. Comme indiqué, la prévention peut être complète, c’est-à-dire l’absence de symptômes ou de maladie détectable, ou partielle, de telle sorte qu’il y ait moins de symptômes ou que les symptômes soient d’intensité moindre bien que le virus reste détectable chez l’individu infecté.

Dans le contexte de la présente invention, le terme « SARS-CoV » désigne un virus appartenant à l'espèce virale Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus et est membre du genre Betacoronavirus et du sous-genre Sarbecovirus (sous-groupe B) dans la famille Coronaviridae et la sous-famille Orthocoronavirinae. Le terme SARS-CoV comprend, de manière non exhaustive, les souches SARS-CoV (ou SARS-CoV- 1), le SARSr-CoV WIV1, le SARSr-CoV HKU3, le SARSr-CoV RP3, le SARS-CoV-2 ; y compris les souches responsables de la COVID-19, leurs mutants et variants. Les virus de 1‘espèce SARS-CoV sont de préférence des virus SARS-CoV-2. Comme cela est connu, les virus de l’espèce SARS-CoV comprennent un domaine RBD sur la protéine S, conservé entre chaque souche de l’espèce (Jaimes et al. Journal of Molecular Biology (2020) 432, 3309-3325). Selon certains modes de réalisation, un virus de l’espèce SARS-CoV est caractérisé par au moins un domaine RBD ayant au moins 72% d’identité en acides aminés avec la protéine de séquence SEQ ID NO. 56. Selon certains modes de réalisation préférés, un virus de l’espèce SARS-CoV est caractérisé par au moins une protéine de séquence SEQ ID NO. 56 (domaine RBD). Selon certains modes de réalisation, un virus de l’espèce SARS- CoV peut être un SARS-CoV-2. Par « SARS-CoV-2 » on entend un virus appartenant à l’espèce SARS-CoV, à la famille des Coronaviridae et faisant partie du groupe IV de la classification de Baltimore. SARS-CoV-2 est également appelé coronavirus 2019 (COVID-19) et signifie « severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 ” en anglais. SARS-CoV-2 est un virus qui se propage principalement par les voies respiratoires et provoque des maladies respiratoires aiguës. Le virus SARS-CoV-2 désigne collectivement toutes les souches responsables de la COVID-19 et ses mutants, tels que la forme sauvage Wuhan-Hu-1 (NCBI Reference Sequence : NC_045512.2), le variant alpha portant la substitution N501 Y selon la numérotation EU, par rapport à la protéine S du SARS-CoV-2 (B.l.1.7), le variant beta portant les substitutions K417H, E484K, N501Y dans le domaine RBD selon la numérotation EU, par rapport à la protéine S du SARS-CoV-2 (B.1.351), le variant gamma portant les substitutions K417T, E484K et N501Y dans le domaine RBD selon la numérotation EU, par rapport à la protéine S du SARS-CoV-2 (P.l), le variant delta (B.1.617.2) portant les substitutions L452R et T478K dans le domaine RBD selon la numérotation EU, et le variant kappa (B.l.617.1) portant les substitutions L452R et E484Q dans le domaine RBD selon la numérotation EU, par rapport à la protéine S du SARS-CoV-2.

Le SARS-CoV-2 est notamment décrit dans le document Dhama K, Khan S, Tiwari R, et al. Coronavirus Disease 2019-COVID-19. Clin Microbiol Rev. 2020;33(4):e00028-20. Published 2020 Jun 24. Doi:10.1128/CMR.00028-20.

Dans le contexte de la présente description, on entend par « protéine S » ou « protéine Spike » une glycoprotéine membranaire (200-220 kDa) présente à la surface de l'enveloppe virale des virus de l’espèce SARS-CoV qui se lie au récepteur cellulaire ACE2. La protéine S contient 2 sous-unités (S 1 et S2), S 1 incluant le domaine de liaison au récepteur (RBD, receptor binding domain) contenant le motif de liaison au récepteur (RBM, receptor binding motif) et S2 contenant le peptide de fusion permettant l’induction de la fusion de l'enveloppe virale avec la membrane cellulaire. La protéine S du SARS-CoV-2 est enregistré sous la référence Gene ID : 43740568.

Dans le contexte de la présente description, on entend par « protéine E » ou « protéine d’enveloppe » un polypeptide de 100 résidus qui contient au moins un domaine transmembranaire hélicoïdal a et un groupe de 2-3 cystéines juxtamembranaires. La protéine E intervient dans plusieurs processus du cycle de vie du virus, tels que l'assemblage, le bourgeonnement, la formation de l'enveloppe et la pathogénèse. La protéine E contribue à l’assemblage et à la libération du virion hors de la cellule infectée, en suivant la voie de sécrétion ce qui en fait un bon indicateur de la présence du virus dans les tissus. La protéine E du SARS-CoV-2 est référencée sous la référence Gene ID : 43740570.

Par « domaine RBD » ou « domaine récepteur-grippant » ou « domaine de liaison au récepteur » ou « motif de liaison au récepteur » on entend une région immunogène d’une séquence peptidique d’un virus qui se lie à une séquence peptidique endogène spécifique du récepteur membranaire ACE2 d’une cellule cible pour permettre l’entrée du virus dans ladite cellule cible. Particulièrement, le domaine RBD est présent dans la sous- unité SI de la protéine S et localisé entre les résidus Arg319 et Phe541 de la protéine S des virus de l’espèce SARS-CoV, plus particulièrement SARS CoV-1 et SARS-CoV-2. Un exemple de domaine RBD est représenté par la séquence en acides aminés SEQ ID NO. 56.

Dans le contexte de la présente invention, les termes « quantité thérapeutiquement efficace » et « quantité prophylactiquement efficace » se réfèrent à une quantité de principe actif, tel que le polypeptide de formule (I), qui fournit un avantage thérapeutique dans le traitement, la prévention ou la gestion des processus pathologiques considérés. La quantité spécifique qui est thérapeutiquement efficace peut être facilement déterminée par un médecin et peut varier en fonction de facteurs tels que le type et le stade des processus pathologiques considérés, les antécédents médicaux, le sexe, le poids et l’âge du patient, son régime alimentaire, et l’administration d’autres agents thérapeutiques.

Dans le contexte de la présente invention, les termes « traiter », « traitement », « thérapie » ou « thérapeutique » se réfèrent à l’administration ou la consommation d’un actif, c’est-à-dire un polypeptide selon la présente description, ou d’une composition pharmaceutique comprenant un tel polypeptide à des fins curatives, de soulagement, de réduction, d’atténuation, ou d’amélioration d’une maladie ou d’un désordre pathologique, ou d’un ou plusieurs symptômes associés, ou pour prévenir ou ralentir la progression de ce ou ces symptômes ou de cette maladie, ou pour arrêter le développement de ce ou ces symptômes, ou de cette maladie ou de ce désordre pathologique d’une manière statistiquement significative. Plus particulièrement, « traiter » ou « traitement » incluent toute approche pour obtenir un effet bénéfique ou un résultat désiré à l’égard d’une maladie ou d’une condition provoquée par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier SARS-CoV-2, chez un individu. Les résultats cliniques bénéfiques ou souhaités peuvent inclure, mais sans s’y limiter, l’atténuation ou l’amélioration de la condition ou maladie provoquée par une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, ou d’un ou de plusieurs symptômes provoqués par une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2 ; la diminution ou la réduction de l’étendue de la maladie, la stabilisation, c’est-à-dire l’absence d’aggravation d’une maladie ou condition provoquée par une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, ou d’un ou de plusieurs symptômes provoqués par une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2 ; la prévention d’une maladie ou condition provoquée par une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, ou d’un ou de plusieurs symptômes d’une telle maladie ; la prévention de la propagation d’une maladie ou condition provoquée par une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, ou d’un ou de plusieurs symptômes d’une telle maladie ; le ralentissement d’une maladie ou condition provoquée par une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, ou d’un ou de plusieurs symptômes d’une telle maladie ; la diminution de la réapparition d’une maladie ou condition provoquée par une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, ou d’un ou de plusieurs symptômes d’une telle maladie ; et l’interruption d’une maladie ou condition provoquée par une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, ou d’un ou de plusieurs symptômes d’une telle maladie. En d’autres termes, le « traitement » tel qu’utilisé ici comprend toute guérison, amélioration, réduction ou interruption d’une maladie ou condition provoquée par une infection avec un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, ou d’un ou de plusieurs symptômes d’une telle maladie. Une « réduction » d’un symptôme ou d’une maladie signifie une diminution de la gravité ou de la fréquence de la maladie ou du symptôme, ou l’élimination de la maladie ou du symptôme.

Tel qu’utilisé dans la présente description et les revendications, les formes singulières « un », « une », « le » et « la » incluent la pluralité, sauf indication contraire et explicite du contexte.

Un polypeptide comprenant « l à 100 acides aminés » inclut un polypeptide comprenant 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99 et 100 acides aminés.

On entend par "pourcentage d'identité" entre deux séquences d'acides aminés le pourcentage de résidus identiques entre les deux séquences à comparer, obtenu après alignement optimal, ce pourcentage étant purement statistique et les différences entre les deux séquences étant réparties aléatoirement sur leur longueur. L'alignement optimal des séquences à comparer peut être réalisé, en plus de la comparaison manuelle, au moyen de BLAST P.

Tel qu'utilisé ici, le préfixe "nano" fait référence à un état spécial de subdivision impliquant qu'une particule a une dimension moyenne inférieure à environ 1000 nano mètres (1000 x 10’ ⁹ mètres).

Chaque limitation numérique minimale donnée dans cette description comprend toute limitation numérique supérieure, comme si ces limitations numériques supérieures étaient expressément écrites ici. Par exemple, l’expression « au moins 72 % » comprend toutes les valeurs numériques à compter de 72, au-delà de 72 et jusqu’à 100.

Chaque plage numérique donnée tout au long de la description comprend chaque plage numérique plus étroite incluse dans une telle plage numérique plus large, comme si ces plages numériques plus étroites étaient toutes expressément écrites. Par exemple, l’expression « entre 2 et 5 » comprend toutes les valeurs de 2 à 5, notamment 2, 3, 4 et 5.

Toutes les listes indiquées dans la description, telles que, par exemple, les listes d’ingrédients, sont destinées et doivent être interprétées comme des groupes Markush. Ainsi, toutes les listes peuvent être lues et interprétées comme des éléments « sélectionnés dans le groupe constitué de » ... liste des éléments ... « et leurs combinaisons et mélanges ».

Il peut être fait référence ci-après à des noms commerciaux de composants comprenant divers ingrédients utilisés dans la présente description. Les inventeurs n’ont pas l’intention d’être limités à des matériaux sous un nom commercial particulier. Des matériaux équivalents (par exemple, ceux obtenus d’une source différente sous un nom ou un numéro de référence différent) à ceux indiqués ici par un nom commercial peuvent être substitués et utilisés dans la description ci-après. Polypeptide (Protéines répétées alpha-hélicoïdales de type HEAT (aReps))

La présente invention fourni un polypeptide ou protéine artificielle, isolé ou recombinant. Ce polypeptide étant capable de se lier au domaine RBD de la protéine S des virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier du SARS-CoV-2, et d’affecter l’entrée du virus dans la cellule cible.

La présente description concerne ainsi un polypeptide de formule (I)

NH ₂ -[Nt]-[SBP] _z -[Ct]-COOH (I), dans laquelle :

- z est un nombre entier de 1 à 10 ;

- Nt consiste en un peptide choisi parmi SEQ ID NO. 20, SEQ ID NO. 21, SEQ ID NO. 22, SEQ ID NO. 23, SEQ ID NO. 24, SEQ ID NO. 25, SEQ ID NO. 26, SEQ ID NO. 27, SEQ ID NO. 28, SEQ ID NO. 29 SEQ ID NO. 42, SEQ ID NO. 43, SEQ ID NO. 44, SEQ ID NO. 45, SEQ ID NO. 46, SEQ ID NO. 47, SEQ ID NO. 48, SEQ ID NO. 49, SEQ ID NO. 50, SEQ ID NO. 51, SEQ ID NO. 52 et SEQ ID NO. 53 ;

- Ct consiste en un peptide ayant une longueur de 1 à 100 acides aminés ; et

- SBP consiste en un peptide, dont les acides aminés variables sont identiques ou différents d’un SBP à un autre, de formule (II)

NH ₂ - [SEQ ID NO. 16] - X1-X2-V-R-X3-X4-A-A-X5-A-L-G-X6-I - COOH (II) dans laquelle :

- Xi est un acide aminé choisi parmi A (Alanine), E (Acide Glutamique), T (Thréonine), S (Sérine), P (Proline), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), K (Lysine), R (Arginine), W (Tryptophane), Y (Tyrosine) ;

- X ₂ est un acide aminé choisi parmi N (Asparagine), A (Alanine), D (Acide aspartique), T (Thréonine), R (Arginine), S (Sérine), Q (Glutamine), Y (Tyrosine), G (Glycine), E (Acide Glutamique), L (Leucine), F (Phénylalanine), W (Tryptophane), N (Asparagine) ;

- X3 est un acide aminé choisi parmi I (Isoleucine), Q (Glutamine), R (Arginine), Y (Tyrosine), K (Lysine), T (Thréonine), V (Valine), L (Leucine), A (Alanine), F (Phénylalanine), E (Acide Glutamique), S (Sérine), M (Méthionine), W (Tryptophane) ;

- X4 est un acide aminé choisi parmi S (Sérine), E (Acide Glutamique), T (Thréonine), A (Alanine), R (Arginine), G (Glycine), L (Leucine), V (Valine), N (Asparagine) ;

- X5 est un acide aminé choisi parmi A (Alanine), S (Sérine), R (Arginine), T (Thréonine), N (Asparagine), F (Phénylalanine), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), D (Acide aspartique), Y (Tyrosine), K (Lysine), R (Arginine), E (Acide Glutamique), W (Tryptophane), N (Asparagine), Q (Glutamine), I (Isoleucine) ; et

- XÔ est un acide aminé choisi parmi K (Lysine), Q (Glutamine), E (Acide Glutamique).

Selon certains autres modes de réalisation, le SBP de formule (II), compris dans le polypeptide de formule (I), consiste en :

- Xi est un acide aminé choisi parmi A (Alanine), E (Acide Glutamique), T (Thréonine), S (Sérine), P (Proline), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), K (Lysine), R (Arginine), W (Tryptophane) ;

- X2 est un acide aminé choisi parmi N (Asparagine), A (Alanine), D (Acide aspartique), T (Thréonine), R (Arginine), S (Sérine), Q (Glutamine), Y (Tyrosine), G (Glycine), E (Acide Glutamique), L (Leucine), F (Phénylalanine), W (Tryptophane) ;

- X3 est un acide aminé choisi parmi I (Isoleucine), Q (Glutamine), R (Arginine), Y (Tyrosine), K (Lysine), T (Thréonine), V (Valine), L (Leucine), A (Alanine), F (Phénylalanine) ;

- X4 est un acide aminé choisi parmi S (Sérine), E (Acide Glutamique), T (Thréonine), A (Alanine), R (Arginine), G (Glycine), L (Leucine), V (Valine) ;

- X5 est un acide aminé choisi parmi A (Alanine), S (Sérine), R (Arginine), T (Thréonine), N (Asparagine), F (Phénylalanine), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), D (Acide aspartique), Y (Tyrosine), K (Lysine), R (Arginine), E (Acide Glutamique), W (Tryptophane), N (Asparagine), Q (Glutamine) ; et

- XÔ est un acide aminé choisi parmi K (Lysine), Q (Glutamine), E (Acide Glutamique).

Selon certains modes de réalisation, z peut être un nombre entier de 3 à 8.

Selon certains modes de réalisation, Nt peut être choisi parmi les séquences en acides aminés SEQ ID NO. 20, SEQ ID NO. 21, SEQ ID NO. 22, SEQ ID NO. 23, SEQ ID NO. 24, SEQ ID NO. 25, SEQ ID NO. 26, SEQ ID NO. 27, SEQ ID NO. 28 et SEQ ID NO. 29.

Selon certains modes de réalisation préférés, Nt peut être choisi parmi les séquences en acides aminés SEQ ID NO. 20, SEQ ID NO. 26, et SEQ ID NO. 29.

En particulier, Nt consiste en une séquence en acides aminés SEQ ID NO. 20.

Dans certains modes de réalisation, Ct comprend l ; 2 ; 3 ; 4 ; 5 ; 6 ; 7 ; 8 ; 9 ; 10 ; 11 ; 12 ; 13 ; 14 ; 15 ; 16 ; 17 ; 18 ; 19 ; 20 ; 21 ; 22 ; 23 ; 24 ; 25 ; 26 ; 27 ; 28 ; 29 ; 30 ; 31 ;

32 ; 33 ; 34 ; 35 ; 36 ; 37 ; 38 ; 39 ; 40 ; 41 ; 42 ; 43 ; 44 ; 45 ; 46 ; 47 ; 48 ; 49 ; 50 ; 51 ; 52 ;

53 ; 54 ; 55 ; 56 ; 57 ; 58 ; 59 ; 60 ; 61 ; 62 ; 63 ; 64 ; 65 ; 66 ; 67 ; 68 ; 69 ; 70 ; 71 ; 72 ; 73 ;

74 ; 75 ; 76 ; 77 ; 78 ; 79 ; 80 ; 81 ; 82 ; 83 ; 84 ; 85 ; 86 ; 87 ; 88 ; 89 ; 90 ; 91 ; 92 ; 93 ; 94 ;

95 ; 96 ; 97 ; 98 ; 99 ; ou 100 acides aminés. Dans certains modes de réalisation, la partie Ct du polypeptide de la présente description comprend moins de 70 acides aminés. Dans certains modes de réalisation, la partie Ct du polypeptide de la présente description comprend moins de 50 acides aminés.

Dans certains modes de réalisation, la partir Ct du polypeptide de la présente description comprend moins de 40 acides aminés.

Dans certains modes de réalisation, la partie Ct du polypeptide de la présente description comprend 36 acides aminés.

Selon certains modes de réalisation préférés, Ct consiste en un peptide ayant une longueur de 1 à 50 acides aminés.

Selon certains modes de réalisation préférés, Ct consiste en un peptide ayant une longueur de 1 à 36 acides aminés.

En particulier, Ct consiste en une séquence en acides aminés SEQ ID NO. 18.

Selon certains modes de réalisation préférés, le SBP de formule (II), compris dans le polypeptide de formule (I), comprend :

- Xi est un acide aminé choisi parmi A (Alanine), E (Acide Glutamique), S (Sérine), P (Proline), G (Glycine), R (Arginine), W (Tryptophane) ;

- X2 est un acide aminé choisi parmi N (Asparagine), A (Alanine), D (Acide aspartique), R (Arginine), S (Sérine), Y (Tyrosine), E (Acide Glutamique), L (Leucine), F (Phénylalanine) ;

- X3 est un acide aminé choisi parmi I (Isoleucine), Q (Glutamine), R (Arginine), K (Lysine), V (Valine), L (Leucine), A (Alanine), F (Phénylalanine) ;

- X4 est un acide aminé choisi parmi S (Sérine), E (Acide Glutamique), A (Alanine), R (Arginine), N (Asparagine) ;

- X5 est un acide aminé choisi parmi A (Alanine), S (Sérine), R (Arginine), T (Thréonine), N (Asparagine), G (Glycine), L (Leucine), K (Lysine), W (Tryptophane) ; et

- XÔ est un acide aminé choisi parmi K (Lysine), Q (Glutamine), E (Acide Glutamique).

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide de formule (I) peut être choisi parmi SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 3, SEQ ID NO. 4, SEQ ID NO. 5, SEQ ID

NO. 6, SEQ ID NO. 7, SEQ ID NO. 8, SEQ ID NO. 9, SEQ ID NO. 10, SEQ ID NO. 30, SEQ

ID NO. 31, SEQ ID NO. 32, SEQ ID NO. 33, SEQ ID NO. 34, SEQ ID NO. 35, SEQ ID NO. 36, SEQ ID NO. 37, SEQ ID NO. 38, SEQ ID NO. 39, SEQ ID NO. 40 et SEQ ID NO. 41.

Selon certains modes de réalisation préférés, le polypeptide de formule (I) peut être choisi parmi SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 3, SEQ ID NO. 4, SEQ ID NO. 5, SEQ ID NO. 6, SEQ ID NO. 7, SEQ ID NO. 8, SEQ ID NO. 9 et SEQ ID NO. 10.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide de formule (I) ne consiste pas en un polypeptide de SEQ ID NO. 8. Selon certains autres modes préférés de réalisation, le polypeptide de formule (I) peut être choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 7 et SEQ ID NO. 10.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide de formule (I) peut être choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 7 et SEQ ID NO. 10.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide de formule (I) peut être le polypeptides de séquence SEQ ID NO. 1 (C2).

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide de formule (I) peut être le polypeptides de séquence SEQ ID NO. 2 (C7).

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide de formule (I) peut être le polypeptides de séquence SEQ ID NO. 7 (F9).

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide de formule (I) peut être le polypeptides de séquence SEQ ID NO. 10 (H12).

Polypeptide composite

Selon un autre de ses objets, la présente description concerne un polypeptide composite comprenant une pluralité de polypeptide de formule (I) tel que décrit ici ou un polypeptide de formule (I) lié de façon covalente à un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.

Il est ainsi entendu dans la présente description que le polypeptide de formule (I) désigne également le polypeptide composite puisque celui-ci comprend au moins un polypeptide de formule (I).

Selon certains modes de réalisation, un polypeptide composite selon la présente description peut consister en un dimère ou un trimère d’un polypeptide de formule (I) de la présente description.

On entend par « dimère » une protéine composée de deux polypeptides de formule (I) qui peuvent être soit identiques dans le cas d’un homodimère, soit différents dans le cas d’un hétérodimère. Les deux polypeptides de formule (I) pouvant être liés par un peptide de liaison.

On entend par « trimère » une protéine composée de trois polypeptides de formule (I) qui peuvent être soit identiques dans le cas d’un homotrimère, soit différents dans le cas d’un hétérotrimère. Les trois polypeptides de formule (I) pouvant être liés par un peptide de liaison. Les inventeurs ont mis en évidence que la multimérisation homologue ou hétérologue d’un polypeptide de formule (I) permet, sans vouloir être lié par aucune théorie, d’augmenter l’activité neutralisante du polypeptide de formule (I).

Selon certains modes de réalisation, plusieurs polypeptides de formule (I) consécutifs compris dans un polypeptide composite selon la présente description, sont liés indirectement les uns aux autres par l’intermédiaire d’un peptide de liaison, c’est-à-dire que les polypeptides de formule (I) consécutifs sont séparés les uns des autres par un peptide de liaison.

Selon certains autres modes de réalisation, plusieurs polypeptides de formule (I) consécutifs compris dans un polypeptide composite selon la présente description, son liés directement les uns des autres, donc en l’absence d’un peptide de liaison.

Selon certains modes de réalisation d’un polypeptide composite, les polypeptides de formule (I) sont liés de façon non-covalente ou de façon covalente.

Selon certains modes de réalisation d’un polypeptide composite, les polypeptides de formule (I) sont liés par un peptide de liaison de façon covalente.

En particulier, un polypeptide composite comprenant un dimère de polypeptide de formule (I) consiste en un polypeptide composite de construction (Chem 1) tel que :

[Chem 1]

[polypeptide de formule (l)] _a - [peptide de I iaisonjx - [polypeptide de formule (I)] b dans laquelle :

- le [polypeptide de formule (I)] _a et le [polypeptide de formule (I)]t>, identiques ou différents, sont choisis parmi les différents modes de réalisation du polypeptide de formule (I), tel que défini dans la présente description,

- - X est un entier égal à 0 ou 1 ; et

- le [peptide de liaison] comprend une séquence polypeptidique de 1 à 100 acides aminés, de préférence de 1 à 50 acides aminés, plus préférentiellement le [peptide de liaison] consiste en un peptide de SEQ ID NO. 19, où, de préférence, le [polypeptide de formule (I)] _a , le [peptide de liaison] et le [polypeptide de formule (I)]b sont liés de façon covalente.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel le [polypeptide de formule (I)] _a et le [polypeptide de formule (I)]b sont identiques ou différents.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10. Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10. Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9. Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite consiste en un polypeptide de construction (Chem 1), dans lequel quand le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de SEQ ID NO. 10, le [polypeptide de formule (I)]b consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.

Selon certains modes de réalisation, le [polypeptide de formule (I)] _a et le [polypeptide de formule (I)]b, d’un polypeptide composite consistant en un polypeptide de construction (Chem 1) ne consistent pas en des polypeptides de séquence SEQ ID NO. 8.

Selon certains modes de réalisation, un dimère de polypeptide tel que décrit ici peut être un polypeptide composite de construction NH2-[SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO. 7 ou SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[ SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO. 7 ou SEQ ID NO. 10]-COOH.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite peut être choisi parmi les dimères de polypeptide de formule (I) suivants : NH2-[SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]- [SEQ ID NO. 1]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 7]-COOH, NH2- [SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 10]-COOH, NH2- [SEQ ID NO. 2]- [SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 2]-COOH, NH2- [SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 7]-COOH, NH2- [SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1]-COOH, NH2- [SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 10]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 2]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 2]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 10]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 7]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 2]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 2]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 7]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]- [SEQ ID NO. 2]-COOH et NH2-[SEQ ID NO. 2]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 10]-COOH.

Autrement dit, le polypeptide composite tel que décrit ici peut être choisi parmi les dimères de polypeptide de formule (I) suivants C2-C2, F9-F9, H12-H12, C7-C7, C2-F9, F9-C2, C2-H12, H12-C2, C2-C7, C7-C2, F9-H12, H12-F9, F9-C7, C7-F9, H12-C7 et C7-H12. Selon certains modes de réalisation préférés, un dimère de polypeptide peut être un polypeptide composite de séquence en acides aminés SEQ ID NO. 12 ou SEQ ID NO. 13.

Autrement dit, le polypeptide composite peut être le dimère F9-C2 ou le dimère C2- F9.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite peut comprendre un polypeptide de formule (I) lié, de préférence, de façon non-covalente par son résidu d’acide aminé à l’extrémité N-terminale à un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54 peut également être lié, de préférence de façon non-covalente, au résidu d’acide aminé situé à l’extrémité C-terminale du polypeptide de formule (I).

Le polypeptide de séquence SEQ ID NO. 54 est nommé « foldon » dans la présente description.

Les inventeurs ont mis en évidence que la multimérisation homologue d’un polypeptide de formule (I) avec une séquence « foldon » permet, sans vouloir être lié par aucune théorie, d’augmenter l’activité neutralisante du polypeptide de formule (I) en permettant une meilleure multimérisation du polypeptide de formule (I).

En particulier, un polypeptide composite peut consister en un polypeptide composite de construction (Chem 2) tel que :

[Chem 2]

[polypeptide de formule (l)] _a - [SEQ ID NO. 54]b dans laquelle :

- le [polypeptide de formule (I)] _a est choisi parmi les différents modes de réalisation du polypeptide de formule (I), tel que défini dans la présente description, où, de préférence, le [polypeptide de formule (I)] _a et le polypeptide [SEQ ID NO. 54] sont liés de façon non-covalente.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite comprend un polypeptide de construction (Chem 2), dans lequel le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite comprend un polypeptide de construction (Chem 2), dans lequel le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2. Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite comprend un polypeptide de construction (Chem 2), dans lequel le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite comprend un polypeptide de construction (Chem 2), dans lequel le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite comprend un polypeptide de construction (Chem 2), dans lequel le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite comprend un polypeptide de construction (Chem 2), dans lequel le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite comprend un polypeptide de construction (Chem 2), dans lequel le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite comprend un polypeptide de construction (Chem 2), dans lequel le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite comprend un polypeptide de construction (Chem 2), dans lequel le [polypeptide de formule (I)] _a consiste en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite tel que décrit ici peut également être choisi parmi les polypeptides composites de construction NH2-[SEQ ID NO. 1]- [SEQ ID NO. 54]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 2]-[SEQ ID NO. 54]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 54]-COOH et NH2-[SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 54]-COOH.

Autrement dit, le polypeptide composite peut être choisi parmi les polypeptides composites C2-foldon, C7-foldon, F9-foldon et H12-foldon.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite peut être un polypeptide composite de construction NH2-[SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 54]-COOH ou NH2- [SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 54]-COOH.

Autrement dit, le polypeptide composite peut être choisi parmi le polypeptide composite C2-foldon ou F9-foldon. Le polypeptide composite, lorsqu’il est sous une forme dimérisée, peut être de préférence choisi parmi les polypeptides composites de séquence SEQ ID NO. 12, SEQ ID NO. 13, SEQ ID NO. 14 et SEQ ID NO. 15.

Selon certains modes particuliers de réalisation, un polypeptide composite peut comprendre un trimère de polypeptide de formule (I) consistant en un polypeptide composite de construction (Chem 3) tel que :

[Chem 3]

[polypeptide de formule (l)l ₉ - [peptide de liaison_l] - [polypeptide de formule (!)]>>- [peptide de liaison_2J - [polypeptide de formule (l)] _t dans laquelle :

- le [polypeptide de formule (I)] _a , [polypeptide de formule (I)]t>, et le [polypeptide de formule (I)]c sont choisis parmi les différents modes de réalisation du polypeptide de formule (I), tel que défini dans la présente description, et

- [peptide de liaison_l] et [peptide de liaison_2], identiques ou différents, comprennent chacun un peptide de 1 à 100 acides aminés, de préférence de 1 à 50 acides aminés.

Dans certains modes de réalisation, le [peptide de liaison_l] et/ou le [peptide de liaison_2] consiste en un peptide de séquence SEQ ID NO. 19, où, de préférence, le [polypeptide de formule (I)] _a , le [peptide de liaison_l], le [polypeptide de formule (I)]t>, le [peptide de liaison_2], et le [polypeptide de formule (I)] _c sont liés de façon covalente.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite de la présente description peut consister en un polypeptide de construction (Chem 2), dans lequel le [polypeptide de formule (I)] _a , le [polypeptide de formule (I)]bet le [polypeptide de formule (I)] _c sont identiques ou différents.

Dans certains modes de réalisation, le [polypeptide de formule (I)] _a , le [polypeptide de formule (I)]bet le [polypeptide de formule (I)] _c sont identiques.

Dans certains modes de réalisation, le [polypeptide de formule (I)] _a , le [polypeptide de formule (I)]bet le [polypeptide de formule (I)] _c sont tous différents, l’un par rapport aux deux autres.

Dans certains modes de réalisation, deux polypeptides parmi le [polypeptide de formule (I)] _a , le [polypeptide de formule (I)]bet le [polypeptide de formule (I)] _c sont identiques, le troisième polypeptide de formule (I) étant différent des deux autres. Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite peut consister en un polypeptide de construction (Chem 3), dans lequel le [polypeptide de formule (I)] _a , le [polypeptide de formule (I)]b et le [polypeptide de formule (I)] _c consistent en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 1.

Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite peut consister en un polypeptide de construction (Chem 3), dans lequel le [polypeptide de formule (I)] _a , le [polypeptide de formule (I)]b et le [polypeptide de formule (I)] _c consistent en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 2.

Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite peut consister en un polypeptide de construction (Chem 3), dans lequel le [polypeptide de formule (I)] _a , le [polypeptide de formule (I)]b et le [polypeptide de formule (I)] _c consistent en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3.

Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite peut consister en un polypeptide de construction (Chem 3), dans lequel le [polypeptide de formule (I)] _a , le [polypeptide de formule (I)]b et le [polypeptide de formule (I)] _c consistent en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 4.

Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite peut consister en un polypeptide de construction (Chem 3), dans lequel le [polypeptide de formule (I)] _a , le [polypeptide de formule (I)]b et le [polypeptide de formule (I)] _c consistent en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 5.

Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite peut consister en un polypeptide de construction (Chem 3), dans lequel le [polypeptide de formule (I)] _a , le [polypeptide de formule (I)]b et le [polypeptide de formule (I)] _c consistent en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 6.

Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide peut consister consiste en un polypeptide de construction (Chem 3), dans lequel le [polypeptide de formule (I)] _a , le [polypeptide de formule (I)]b et le [polypeptide de formule (I)] _c consistent en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 7.

Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite peut consister en un polypeptide de construction (Chem 3), dans lequel le [polypeptide de formule (I)] _a , le [polypeptide de formule (I)]b et le [polypeptide de formule (I)] _c consistent en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 9.

Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite peut consister en un polypeptide de construction (Chem 3), dans lequel le [polypeptide de formule (I)] _a , le [polypeptide de formule (I)]b et le [polypeptide de formule (I)] _c consistent en un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 10.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite sous une forme trimérisée peut consister en un polypeptide de construction NH2-[SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO. 7 ou SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[ SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO. 7 ou SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO.l ou SEQ ID NO. 2 ou SEQ ID NO. 7 ou SEQ ID NO. 10]-COOH.

Selon certains modes de réalisation, le polypeptide composite sous une forme trimérisée peut consister en un polypeptide de construction NH2-[SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 2]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 2]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 2]-COOH, NH2-[SEQ ID NO. 7]- [SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 7]-COOH ou NH2-[SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 10]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 10]-COOH.

Autrement dit, le polypeptide composite sous une forme trimérisée peut consister en un polypeptide C2-C2-C2, C7-C7-C7, F9-F9-F9 ou H12-H12-H12.

Selon certains autre modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite sous une forme trimérisée peut consister en un polypeptide de construction [SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1] ou de construction [SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 7]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 7],

Autrement dit, le polypeptide composite sous une forme trimérisée peut consister en un polypeptide C2-C2-C2 ou F9-F9-F9.

Selon certains autre modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite sous une forme trimérisée peut consister en un polypeptide de construction [SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1]-[SEQ ID NO. 19]-[SEQ ID NO. 1].

Selon certains autre modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite sous une forme trimérisée peut consister en un polypeptide de séquence en acides aminés SEQ ID NO. 11.

Autrement dit, le polypeptide composite sous une forme trimérisée peut consister en un polypeptide C2-C2-C2.

Selon certains modes particuliers de réalisation, le polypeptide composite de la présente description peut être choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID NO. 11, SEQ ID NO. 12, SEQ ID NO. 13, SEQ ID NO. 14 et SEQ ID NO. 15. Selon certains modes de réalisation, un polypeptide de formule (I) ou un polypeptide composite tel que décrit ici peut être couplé à une protéine d’adhérence.

Un tel couplage à une protéine d’adhérence permet d’augmenter l’efficacité thérapeutique du polypeptide de formule (I), ou du polypeptide composite, une fois administré par voie nasale ou orale à un individu.

Les inventeurs ont découvert que la conjugaison d’un polypeptide de formule (I) ou un polypeptide composite tel que décrit ici avec une protéine d’adhérence permettait la fixation du polypeptide à des mucines et augmenterait ainsi le temps de demi -vie du polypeptide et son effet thérapeutique ou de prévention contre une infection d’un virus de l’espèce SARS-CoV chez un individu.

Plus particulièrement, cette protéine d’adhérence est codée par une section du gène codant pour la protéine StcE (secreted protease of Cl esterase inhibitor from EHEC) de la bactérie E. coli.

La protéine StcE est une protéine de 898 acides aminés (SEQ ID NO.65) codée par le gène ZL7031 (transcript AAC70099 du plasmide pO157), présent sur le plasmide pO157 (GenBank accession no. #AF074613, position 23016-25712 sur le plasmide pO157) de la bactérie Escherichia coli 0157 :H7 (Lathem et al. Molecular Microbiology, 45 : 277-288 ; Grys et al. Infect Immun. 2005 Mar ;73(3) : 1295-303).

Une protéine d’adhérence selon la présente description capable de se lier à des mucines est notamment décrite dans le document Nason et al. Nature communications (2021) 12 :4070 et est désignée comme le module X409.

Selon certains modes de réalisation, une protéine d’adhérence selon la présente description présente au moins environ 90 % d’identité en acides aminés avec la séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.

Selon certains modes de réalisation, une protéine d’adhérence selon la présente description présente au moins environ 90 %, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 %, 99 % ou 100 % d’identité en acides aminés avec une séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.

Selon certains modes de réalisation, une protéine d’adhérence selon la présente description consiste en une séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.

Une mucine sur laquelle une protéine d’adhérence peut se lier est bien connue par l’homme de l’art et désigne une glycoprotéine composant le mucus. Le mucus est une substance visqueuse recouvrant les cellules d’un organisme en contact avec le milieu extérieur, en particulier il peut s’agir du mucus recouvrant la cavité nasale ou buccale d’un individu (Nason et al. Nature communications (2021) 12 :4070).

Selon certains modes de réalisation, un polypeptide de formule (I) tel que décrit ici ou un polypeptide composite tel que décrit ici peut être conjugué, de façon covalente ou non- covalente, à une protéine d’adhérence ayant au moins 90 % d’identité en acides aminés avec la séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.

Selon certains modes de réalisation, un polypeptide de formule (I) tel que décrit ici ou un polypeptide composite tel que décrit ici peut être conjugué, de façon covalente ou non- covalente, à une protéine d’adhérence ayant au moins environ 90%, 91 %, 92 %, 93 %, 94 %, 95 %, 96 %, 97 %, 98 % ou 99% d’identité en acides aminés avec la séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.

Selon certains modes de réalisation, un polypeptide de formule (I) tel que décrit ici ou un polypeptide composite tel que décrit ici peut être conjugué, de façon covalente ou non- covalente, à une protéine d’adhérence de séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.

Selon certains modes particuliers de réalisation, un polypeptide de séquence en acides aminés SEQ ID NO.l, SEQ ID NO. 2, SEQID NO. 7 ou SEQ ID NO.10 peut être conjugué, de façon covalente ou non-covalente, à une protéine d’adhérence de séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.

Selon certains modes particuliers de réalisation, un polypeptide composite de séquence en acides aminés SEQ ID NO.l l, SEQ ID NO. 12, SEQ ID NO. 13, SEQID NO. 14 ou SEQ ID NO.15 peut être conjugué, de façon covalente ou non-covalente, à une protéine d’adhérence de séquence en acides aminés SEQ ID NO. 66.

Selon certains modes de réalisation, la protéine d’adhérence peut être conjuguée à l’extrémité N-terminal du polypeptide ou du polypeptide composite,

Selon certains autres modes de réalisation, la protéine d’adhérence peut être conjuguée à l’extrémité C-terminal du polypeptide ou du polypeptide composite.

Pour produire un polypeptide couplé à une protéine d’adhérence tel que défini ci- dessus, toute réaction de conjugaison appropriée peut être utilisée, avec, si nécessaire, tout lieur approprié, bien connu de l’homme du métier. A titre d’exemple, il pourra ainsi être construit une séquence d’ADN recombinant codant pour une protéine de fusion constituée d’un polypeptide aRep de formule (I) lié à une protéine d’adhérence grâce à une séquence protéique de liaison (linker) plus ou moins longue. L’ADN recombinant codant pour la protéine de fusion peut être préparé par l’utilisation d’une technologie de clonage, et inséré dans un vecteur réplicable de manière autonome pour préparer un ADN recombinant. Une séquence protéique de liaison peut en générale être fixée entre l’extrémité C- terminale d’une partie de la protéine de fusion et l’extrémité N-terminale de l’autre partie. Les séquences protéiques de liaison appropriées sont connues dans l’art et par exemple décrits dans Chen et al. Adv Drug Deliv Rev ; 65(10) : 1357-69 (2013). La séquence protéique de liaison peut donc être toute séquence protéique de liaison connue dans l’art, tant que la séquence protéique de liaison n’interfère pas avec la fonction de l’une ou des deux parties de la protéine de fusion. Une séquence protéique de liaison adaptée à la protéine de fusion peut comprendre deux ou plus, cinq ou plus, 10 ou plus, 15 ou plus, ou 20 ou plus de résidus d’acides aminés.

Compositions pharmaceutiques

Il est également prévu des compositions pharmaceutiques, comprenant un polypeptide de formule (I) selon la présente description et/ou un polypeptide composite de formule (I) sous une forme dimérisée ou trimérisée, formulées avec un excipient ou un véhicule pharmacologiquement ou pharmaceutiquement acceptable.

Ces compositions pharmaceutiques peuvent comprendre une ou plusieurs combinaisons de polypeptide de formule (I) selon la présente description (par exemple, deux ou plusieurs différents). Par exemple, une composition pharmaceutique décrite ici peut comprendre une combinaison de polypeptides de formule (I) qui se lient à différents épitopes d’un virus cible.

Dans certains cas, la composition pharmaceutique comporte au moins environ 1 mg / ml, 5 mg / ml, 10 mg / ml, 50 mg / ml, 100 mg / ml, 150 mg / ml, 200 mg / ml, 1 -300 mg / ml ou environ 100-300 mg / ml de polypeptide de formule (I) et/ou de polypeptide composite de formule (I) sous une forme dimérisé ou trimérisé.

Les compositions pharmaceutiques décrites ici peuvent également être administrées en thérapie combinée, c’est-à-dire en combinaison avec d’autres agents. Par exemple, la thérapie combinée peut inclure un polypeptide de formule (I) décrit ici en combinaison avec au moins un agent antiviral et/ou un agent antipathogène.

Les compositions pharmaceutiques décrites ici peuvent comprendre un ou plusieurs sels pharmaceutiquement acceptables. Par « sel pharmaceutiquement acceptable », on entend un sel qui conserve l’activité biologique souhaitée du composé d’origine et qui ne communique pas d’effets toxiques indésirables. Les sels d’addition d’acide et les sels d’addition de base sont des exemples de tels sels. Les sels d’addition d’acide comprennent les acides inorganiques non toxiques tels que l’acide chlorhydrique, l’acide nitrique, l’acide phosphorique, l’acide sulfurique, l’acide bromhydrique, l’acide iodhydrique, l’acide phosphorique, et les acides mono- et dicarboxyliques aliphatiques, les acides alcanoïques substitués par un phényle, les hydroxyalcanes. Les sels dérivés d’acides organiques non toxiques tels que les acides, les acides aromatiques, les acides sulfoniques aliphatiques et aromatiques sont inclus. Les sels d’addition aux bases comprennent, par exemple, les métaux alcalino-terreux tels que le sodium, le potassium, le magnésium et le calcium, ainsi que le N,N'-dibenzyléthylènediamine, N-méthylglucamine, chloroprocaïne, choline, diéthanolamine, éthylènediamine, procaïne et autres. Les sels dérivés d’amines organiques toxiques sont inclus.

Les compositions pharmaceutiques décrites ici peuvent également inclure un antioxydant pharmaceutiquement acceptable. Les exemples d’antioxydants pharmaceutiquement acceptables comprennent (1) les antioxydants hydrosolubles tels que l’acide ascorbique, le chlorhydrate de cystéine, le bisulfate de sodium, le métabisulfite de sodium, le sulfite de sodium, etc. (2) les antioxydants solubles dans l’huile, les agents oxydants tels que le palmitate d’ascorbyle, l’hydroxyanisole butylé (BHA), 1’ hydroxy toluène butylé (BHT), la lécithine, le gallate de propyle, l’alpha-tocophérol et autres ; et (3) les chélateurs de métaux tels que l’acide citrique, l’acide éthylènediaminetétra- acétique (EDTA), le sorbitol, l’acide tartrique, l’acide phosphorique et autres sont inclus.

Les exemples de supports aqueux ou non aqueux appropriés qui peuvent être utilisés dans les compositions pharmaceutiques décrites ici comprennent l’eau, l’éthanol, les polyols (par exemple, glycérol, propylène glycol, polyéthylène glycol, etc.) et leurs mélanges appropriés, les huiles végétales telles que l’huile d’olive et les esters organiques injectables tels que l’oléate d’éthyle. La fluidité appropriée peut être maintenue, par exemple, en conservant la taille de particules requise dans le cas d’une dispersion et en utilisant des agents de surface.

Ces compositions pharmaceutiques peuvent également contenir des adjuvants tels que des conservateurs, des agents mouillants, des agents émulsifiants et des agents dispersants. La prévention de la présence de micro-organismes peut être assurée à la fois par les méthodes de stérilisation décrites ci-dessus et par l’inclusion de divers agents antibactériens et antifongiques tels que les parabènes, le chlorobutanol, le phénol, l’acide sorbique et autres. Il peut également être souhaitable d’inclure dans la composition pharmaceutiques des agents isotoniques tels que les sucres, le chlorure de sodium. En outre, l’inclusion d’agents qui retardent l’absorption, tels que le monostéarate d’aluminium et la gélatine, peut retarder l’absorption de formes pharmaceutiques injectables.

Les supports pharmaceutiquement acceptables comprennent les solutions ou dispersions aqueuses stériles et les poudres stériles pour la préparation extemporanée de solutions ou dispersions injectables stériles. L’utilisation de tels supports et agents pour les substances pharmaceutiquement actives est bien connue dans le domaine. Sauf dans la mesure où un milieu ou agent conventionnel est incompatible avec le principe actif, son utilisation dans les compositions pharmaceutiques décrites ici est envisagée. Des substances actives supplémentaires peuvent également être incorporées dans les compositions.

Une composition pharmaceutique doit généralement être stérile et stable dans les conditions de fabrication et de stockage. La composition peut être formulée sous forme de solution, microémulsion, solution, microémulsion, liposome ou autre structure ordonnée adaptée à une concentration élevée de médicament. Le support peut être un solvant ou un milieu de dispersion contenant, par exemple, de l’eau, de l’éthanol, du polyol (par exemple, du glycérol, du propylène glycol et du polyéthylène glycol liquide, et autres), et des mélanges appropriés de ceux-ci. La fluidité appropriée peut être maintenue, par exemple, par l’utilisation d’un revêtement tel que la lécithine, par le maintien de la taille de particules requise dans le cas d’une dispersion et par l’utilisation d’agents de surface. Dans de nombreux cas, il sera préférable d’inclure des agents isotoniques, par exemple des sucres, des polyalcools tels que le mannitol et le sorbitol, ou du chlorure de sodium dans la composition. L’absorption retardée des compositions injectables peut être provoquée par l’inclusion dans la composition d’un agent qui retarde l’absorption, par exemple, les sels de monostéarate et la gélatine.

Les solutions injectables stériles peuvent être préparées en incluant le composé actif, c’est-à-dire des polypeptides de formule (I) et/ou des polypeptides composites décrits ici, en quantité requise dans un solvant approprié, éventuellement avec un ou une combinaison des ingrédients énumérés ci-dessus, puis en stérilisant par microfiltration. En général, les dispersions sont préparées en incorporant le composé actif dans un véhicule stérile qui contient un milieu de dispersion de base et les autres ingrédients nécessaires parmi ceux énumérés ci-dessus. Dans le cas des poudres stériles pour la préparation de solutions injectables stériles, la méthode de préparation préférée est une méthode de séchage sous vide, dans laquelle une poudre du principe actif plus tout autre ingrédient souhaité est produite à partir de la solution filtrée préalablement stérilisée, et la lyophilisation.

La quantité de principe actif qui peut être combinée avec les matériaux de support pour produire une forme de dosage unique peut varier selon le sujet traité et le mode d’administration particulier. La quantité de principe actif, c’est à dire des polypeptides de formule (I) décrits ici, qui peut être combinée avec un matériau de support pour produire une forme de dosage unique sera généralement la quantité de la composition qui produit un effet thérapeutique.

Selon certains modes de réalisation, la quantité de principe actif, c’est à dire des polypeptides de formule (I) et/ou des polypeptides composites décrits ici, est d’environ 0,01 % à environ 99 % par rapport à la quantité de composition finale, de préférence d’environ 0,1 % à environ 70 % par rapport à la quantité de composition finale, la plupart du temps combinée avec un support pharmaceutiquement acceptable.

Les schémas posologiques sont ajustés pour obtenir la réponse optimale souhaitée (par exemple, une réponse thérapeutique). Selon certains modes de réalisation, une seule administration en bolus est possible et plusieurs doses divisées peuvent être administrées sur une longue période, ou la dose peut être réduite ou augmentée proportionnellement comme indiqué dans une situation de traitement imminent. De préférence, la formulation de compositions parentérales est sous forme de doses unitaires, notamment pour faciliter l’administration et l’uniformité du dosage.

Le terme "administration parentérale" désigne les modes d’administration autres que l’administration entérale et topique, généralement par injection, intraveineuse, intramusculaire, intra-artérielle, intrathécale, intracapsulaire, intra-orbitale, intracardiaque, intradermique, intrapéritonéale, transtrachéale, intranasale, sous-cutanée, épidermique, intra-articulaire, sous-capsulaire, sous-arachnoïdienne, intraspinale, épidurale et intrastemale, y compris, mais sans s’y limiter, les injections et perfusions.

Selon certains modes de réalisation, une forme de dosage unitaire désigne une unité physiquement qui convient comme dose unique pour l’individu à traiter ; chaque unité, associée au support pharmaceutique requis, produit l’effet thérapeutique souhaité.

Selon certains modes de réalisation, pour l’administration de polypeptides de formule (I) et/ou des polypeptides composites, le dosage varie entre environ 0,0001 et 100 mg, plus généralement entre 0,01 et 5 mg par kg de poids corporel de l’hôte. Par exemple, la posologie est comprise entre 0,3 mg/kg de poids corporel, 1 mg/kg de poids corporel, 3 mg/kg de poids corporel, 5 mg/kg de poids corporel ou 10 mg/kg de poids corporel, ou 1-10 mg/kg.

Selon certains modes de réalisation, un régime de traitement peut être une administration une fois par jour, deux fois par jour, trois fois par jour ou quatre fois par jour sur une période de 7 jours.

Selon certains modes de réalisation, les schémas posologiques pour l’administration d’une composition pharmaceutique selon la présente description comprennent 1 mg/kg de poids corporel ou 3 mg/kg de poids corporel par administration intranasale, intrapéritonéale ou intraveineuse. Notamment, la composition est administrée (i) 3 fois par jour pendant 7 jours, suivies de (ii) 1 fois par jour pendant 7 jours.

Selon certains modes de réalisation, les schémas posologiques pour l’administration d’une composition pharmaceutique selon la présente description comprennent 15 mg/0,1 ml ou 20 mg/0.1 ml par administration par voie nasale. Notamment, la composition est administrée (i) 3 fois par jour dans chaque narine pendant 7 jours, suivies de (ii) 1 fois par jour dans chaque narine pendant 7 jours.

Selon certains modes de réalisation, la composition pharmaceutique est utilisée pour un traitement prophylactique ou thérapeutique. Le dosage et la fréquence d’administration peuvent varier selon que le traitement est prophylactique ou thérapeutique. Dans les applications prophylactiques, des doses relativement faibles sont administrées sur de longues périodes à des intervalles relativement peu fréquents. Certains patients continuent à recevoir un traitement pour le reste de leur vie. Dans les applications thérapeutiques, des doses relativement élevées à des intervalles relativement courts peuvent être nécessaires jusqu’à ce que la progression de la maladie soit réduite ou interrompue, de préférence jusqu’à ce que le patient présente une amélioration partielle ou complète des symptômes de la maladie. Par la suite, le patient peut se voir administrer un régime prophylactique.

Les niveaux de dosage réels des principes actifs des compositions pharmaceutiques selon la présente description ne sont pas toxiques pour le patient afin d’obtenir la réponse thérapeutique souhaitée pour l’individu, en particulier la composition et le mode d’administration. Il est possible de les faire varier pour obtenir une quantité efficace de principe actif. Le niveau de dosage sélectionné dépend de la composition particulière utilisée, ou de l’activité de son ester, sel ou amide, de la voie d’administration, du temps d’administration, du taux d’élimination du composé particulier utilisé, de la durée du traitement, des autres médicaments, composés et/ou substances utilisés en combinaison avec une composition particulière, de l’âge, du sexe, du poids, de l’état, de la santé générale et des antécédents médicaux de l’individu à traiter, ainsi que de facteurs similaires bien connus dans le domaine médical. Le niveau de dosage peut également varier en fonction de divers facteurs pharmacocinétiques.

Selon certains modes de réalisation, une dose thérapeutiquement efficace peut prévenir ou retarder l’apparition d’une maladie ou condition liée à une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier du SARS-CoV-2. Par exemple, les tests de laboratoire utilisés pour diagnostiquer une maladie comprennent la chimie, l’hématologie, la sérologie et la radiologie. En conséquence, les essais cliniques ou biochimiques qui surveillent l’un des éléments ci-dessus peuvent être utilisés pour déterminer si un traitement particulier est une dose thérapeutiquement efficace pour traiter la maladie. Un homme de l’art peut déterminer de telles quantités en fonction de facteurs tels que la taille de l’individu, la gravité des symptômes de l’individu, et la composition particulière ou la voie d’administration choisie.

Selon certains modes de réalisation, un polypeptide de formule (I) ou un polypeptide composite tel que décrit ici peut être associé à une nanoparticule biodégradable afin de contrôler la libération du polypeptide une fois administrée à un individu.

En particulier, une nanoparticule biodégradable associée à un polypeptide de formule (I) ou un polypeptide composite peut être incorporée dans une composition pharmaceutique telle que décrite ici pour fournir un système de délivrance contrôlé du polypeptide une fois administrée à un individu.

Une nanoparticule biodégradable adaptée à la présente description peut être constituée de polymères biodégradables non-toxiques. Une telle nanoparticule est notamment décrite, par exemple, dans le document Soppimath et al. J Control Release. 2001 Jan 29;70(l-2):l-20 ou le document Al-Halifa et al. Frontiers in Immunology. Vol. 10. 2019.

Selon certains modes de réalisation, une nanoparticule biodégradable peut être utilisée comme véhicule d'administration basé sur l’attachement d’un polypeptide de formule (I) ou un polypeptide composite à la surface de la nanoparticule. Selon certains modes de réalisation, une nanoparticule biodégradable peut être composée de polymères biodégradables.

Selon certains modes de réalisation, un polymère biodégradable constituant une nanoparticule peut être choisi parmi les acides poly-lactiques-co-glycoliques (PLGA), l’acide poly-lactique (PLA), le poly-caprolactone (PCL), le polyglycolide (PGA), le poly(cyanoacrylate d’alkyle) (PACA), le poly(acide aminé) et un mélange de ceux-ci.

En particulier, l’utilisation d’une nanoparticule biodégradable peut présenter l’avantage de protéger le polypeptide d’une dégradation précoce après administration in vivo mais également de contrôler la libération du polypeptide en termes de localisation mais aussi de durée. La nanoparticule est naturellement dégradée et permet ainsi le relargage du polypeptide dans l’organisme où celui-ci a été administré.

Une nanoparticule biodégradable possède un ensemble de caractéristiques physicochimiques, notamment la taille, la charge de surface, la réactivité, la forme, la porosité ou encore l’hydrophobicité. Comme l’appréciera l’homme du métier, ces propriétés physicochimiques seront déterminées et adaptées selon le type d’administration choisi et les caractéristiques de polypeptide choisi. Ainsi, l’homme du métier peut, à l’aide de ses connaissances générales, adapter les propriétés physicochimiques de la nanoparticule biodégradable afin que la nanoparticule soit adaptée pour une association et un relargage efficace d’un polypeptide tel que décrit ici. L’homme du métier peut notamment modifier la concentration en polymère et/ou la méthode de synthèse à cette fin.

Les nanoparticules biodégradables peuvent être synthétisées par nano précipitation. Une telle méthode de synthèse de nanoparticule est notamment décrite dans le document Claudia et al., International Journal of Pharmaceutics, Volume 532, Issue 1, 2017, Pages 66-81, le document Megy, S. et al. Nanomater. Basel Switz. 10, E2209 (2020) ou le document Lamrayah, M. et al. Int. J. Pharm. 568, 118569 (2019).

Une fois les nanoparticules synthétisées, les polypeptides sont ensuite adsorbés à la surface de la nanoparticule avant d’être introduit dans une composition pharmaceutique appropriée et administrée à un individu. En particulier, le polypeptide se retrouve ainsi à la surface de la nanoparticule pour ensuite être libéré dans l’organisme une fois que la nanoparticule se sera biodégradée.

Les compositions pharmaceutiques selon la présente description peuvent être administrées selon une ou plusieurs méthodes connues dans le domaine, par une ou plusieurs voies d’administration. Comme l’appréciera l’homme du métier, la voie d’administration et/ou le mode d’administration variera en fonction du résultat souhaité.

Selon certains modes de réalisation préférées, les compositions pharmaceutiques selon la présente description ou des polypeptides de formule (I) selon la présente description peuvent être administrés par voie orale, parentérale, par inhalation, en aérosol, par pulvérisation, par voie topique, par voie rectale, nasale, buccale, vaginale, ophtalmologique ou via un réservoir implanté.

De préférence, les compositions pharmaceutiques selon la présente description ou les polypeptides de formule (I) selon la présente description sont administrées par voie orale, intrapéritonéale, intraveineuse, intranasale ou par inhalation. Les formes injectables stériles des compositions de cette invention peuvent être des suspensions aqueuses ou oléagineuses. Ces suspensions peuvent être formulées selon les techniques connues dans l'art en utilisant des agents dispersants ou mouillants et des agents de mise en suspension appropriés.

Selon certains modes particuliers de réalisation, les compositions pharmaceutiques selon la présente description peuvent être administrées par voie intranasale.

Sans vouloir être lié par une quelconque théorie, l'infection par le virus du SARS- CoV-2 débutant dans les cavités nasales et se répliquant dans les voies aériennes supérieures avant d'atteindre les voies respiratoires inférieures, l’administration d’une composition pharmaceutique telle que décrite ci-dessus par voie intranasale et/ou par voie orale présente l’avantage de bloquer et neutraliser la multiplication du virus avant sa progression et l’infection des cellules dans les voies aériennes à l'intérieur des poumons, notamment les bronches, les bronchioles et les alvéoles.

L’administration par voie nasale ou par voie orale présente ainsi l’avantage de faciliter la prise de la composition pharmaceutique par l’individu et de procurer une protection prophylactique de l’individu.

Selon certains modes particuliers de réalisation, les compositions pharmaceutiques selon la présente description peuvent également être administrées par aérosol nasal ou par inhalation.

Une composition pharmaceutique telle que décrite ici peut comprendre un polypeptide de formule (I) ou un polypeptide composite couplé à une protéine d’adhérence telle que définie ici. L’ensemble des caractéristiques et modes particuliers relatifs au polypeptide de formule (I), au polypeptide composite et à la composition pharmaceutique le comprenant, s’applique également aux utilisations et méthodes visés selon la présente description.

Utilisations

Comme indiqué précédemment, ledit polypeptide de formule (I), ledit polypeptide composite selon la présente description ou ladite composition pharmaceutique comprenant ledit polypeptide de formule (I) ou polypeptide composite peut être mis en œuvre comme médicament.

Selon certains modes de réalisation, les utilisations et méthodes telles que décrites ici peuvent être réalisées in vitro, in vivo ou ex vivo.

Ainsi, selon certains modes de réalisation, la présente description concerne un polypeptide de formule (I), un polypeptide composite ou une composition pharmaceutique selon la présente description pour utilisation en tant que médicament.

Selon un mode particulier de réalisation, la présente description concerne un polypeptide de formule (I) ou une composition pharmaceutique comprenant un polypeptide de formule (I) :

NH ₂ -[Nt]-[SBP] _z -[Ct]-COOH (I), dans laquelle :

- z est un nombre entier de 1 à 10 ;

- Nt consiste en un peptide choisi parmi SEQ ID NO. 20, SEQ ID NO. 21, SEQ ID NO. 22, SEQ ID NO. 23, SEQ ID NO. 24, SEQ ID NO. 25, SEQ ID NO. 26, SEQ ID NO. 27, SEQ ID NO. 28, SEQ ID NO. 29 SEQ ID NO. 42, SEQ ID NO. 43, SEQ ID NO. 44, SEQ ID NO. 45, SEQ ID NO. 46, SEQ ID NO. 47, SEQ ID NO. 48, SEQ ID NO. 49, SEQ ID NO. 50, SEQ ID NO. 51, SEQ ID NO. 52 et SEQ ID NO. 53 ;

- Ct consiste en un peptide ayant une longueur de 1 à 100 acides aminés ; et

- SBP consiste en un peptide, dont les acides aminés variables sont identiques ou différents d’un SBP à un autre, de formule (II)

NH ₂ - [SEQ ID NO. 16] - X1-X2-V-R-X3-X4-A-A-X5-A-L-G-X6-I - COOH (II) dans laquelle :

- Xi est un acide aminé choisi parmi A (Alanine), E (Acide Glutamique), T (Thréonine), S (Sérine), P (Proline), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), K (Lysine), R (Arginine), W (Tryptophane), Y (Tyrosine) ;

- X2 est un acide aminé choisi parmi N (Asparagine), A (Alanine), D (Acide aspartique), T (Thréonine), R (Arginine), S (Sérine), Q (Glutamine), Y (Tyrosine), G (Glycine), E (Acide Glutamique), L (Leucine), F (Phénylalanine), W (Tryptophane), N (Asparagine), ;

- X3 est un acide aminé choisi parmi I (Isoleucine), Q (Glutamine), R (Arginine), Y (Tyrosine), K (Lysine), T (Thréonine), V (Valine), L (Leucine), A (Alanine), F (Phénylalanine), E (Acide Glutamique), S (Sérine), M (Méthionine), W (Tryptophane) ;

- X4 est un acide aminé choisi parmi S (Sérine), E (Acide Glutamique), T (Thréonine), A (Alanine), R (Arginine), G (Glycine), L (Leucine), V (Valine), N (Asparagine) ;

- Xs est un acide aminé choisi parmi A (Alanine), S (Sérine), R (Arginine), T (Thréonine), N (Asparagine), F (Phénylalanine), V (Valine), G (Glycine), L (Leucine), D (Acide aspartique), Y (Tyrosine), K (Lysine), R (Arginine), E (Acide Glutamique), W (Tryptophane), N (Asparagine), Q (Glutamine), I (Isoleucine) ; et

- XÔ est un acide aminé choisi parmi K (Lysine), Q (Glutamine), E (Acide Glutamique), pour son utilisation en tant que médicament.

En particulier, la présente description concerne un polypeptide de formule (I) choisi parmi les polypeptides de séquence SEQ ID NO. 1, SEQ ID NO. 2, SEQ ID NO. 7, et SEQ ID NO. 10 ou un polypeptide composite comprenant un tel polypeptide de formule (I), pour son utilisation en tant que médicament.

Selon un autre objet de la présente invention, une composition pharmaceutique selon la présente description, un polypeptide de formule (I) selon la présente description ou un polypeptide composite selon la présente description peut notamment être utilisé(e) dans une méthode thérapeutique pour traiter et/ou prévenir une maladie ou une condition provoquée par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS- CoV-2, chez un individu en ayant besoin.

Selon certains modes de réalisation préférés, une composition pharmaceutique selon la présente description, un polypeptide de formule (I) ou un polypeptide composite selon la présente description peut être utilisé(e) dans une méthode thérapeutique pour traiter et/ou prévenir une maladie ou une condition provoquée par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier SARS-CoV-2 chez un individu en ayant besoin. Selon certains modes de réalisation, une condition provoquée par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2 peut être un syndrome de détresse respiratoire sévère, un état cardiovasculaire, un état vasculaire, un état gastrointestinal ou un état neurologique.

Selon certains modes de réalisation, une maladie provoquée par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, peut-être la COVID- 19.

Selon certains modes de réalisation préférés, une composition pharmaceutique selon la présente description, un polypeptide de formule (I) ou un polypeptide composite selon la présente description pour une utilisation dans une méthode de traitement ou de prévention d'une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV- 2, est destiné(e) à réduire l'inflammation associée à l’infection par le virus.

Selon certains modes de réalisation préférés, une composition pharmaceutique selon la présente description, un polypeptide de formule (I) ou un polypeptide composite selon la présente description pour une utilisation dans une méthode de traitement ou de prévention d'une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV- 2, est destiné(e) à réduire la charge virale du virus.

Selon certains modes de réalisation préférés, une composition pharmaceutique selon la présente description, un polypeptide de formule (I) ou un polypeptide composite selon la présente description peut convenir en particulier pour une utilisation dans une méthode de traitement ou de prévention d’une maladie infectieuse, notamment pour inhiber ou détruire les cellules infectées par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS- CoV-2, infectieux.

Selon un mode de réalisation, une maladie infectieuse peut être une maladie infectieuse respiratoire appelée COVID-19.

Il est également prévu une méthode de traitement et/ou de prévention d’une maladie ou condition provoquée par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, chez un individu en ayant besoin, comprenant l’administration à l’individu d’un polypeptide selon la présente description ou d’une composition pharmaceutique selon la présente description.

En plus des thérapies selon la présente description, le polypeptide de formule (I), le polypeptide composite ou la composition pharmaceutique tels que décrits ici peuvent également être utilisés en combinaison avec une autre thérapie utilisant des antiviraux ou anti pathogènes. A titre d’exemple, un polypeptide de formule (I) peut être administré en combinaison avec une ou plusieurs molécules ciblant des enzymes, comme les protéases, codées par le génome du SARS-CoV-2 ou l’ARN-polymérase virale.

Il est également prévu l’utilisation d’un polypeptide de formule (I) ou polypeptide composite selon la présente description pour l’obtention d'un médicament destiné à traiter et/ou prévenir une maladie ou condition provoquée par une infection par un virus de l’espèce SARS-CoV, en particulier le SARS-CoV-2, chez un individu en ayant besoin.

Selon certains modes de réalisation, un virus de l’espèce SARS-CoV est caractérisé par au moins un domaine RBD ayant au moins 72% d’identité en acides aminés avec la protéine de séquence SEQ ID NO. 56.

Selon certains modes de réalisation préférés, un virus de l’espèce SARS-CoV est caractérisé par au moins une protéine de séquence SEQ ID NO. 56.

Selon certains modes de réalisation, un virus de l’espèce SARS-CoV peut être un virus SARS-CoV-2.

Selon certains modes de réalisation, un virus SARS-CoV-2 comprend la souche sauvage du SARS-CoV-2 et/ou l’un de ses variants.

La souche sauvage du SARS-CoV-2 consiste en la forme Wuhan-Hu-1 (NCBI Reference Sequence : NC_045512.2).

Selon certains modes de réalisation, un variant du SARS-CoV-2 peut être choisi parmi le variant alpha, le variant beta, le variant gamma, le variant delta, et le variant kappa.

Le variant alpha porte la substitution N501Y dans le domaine RBD selon la numérotation EU, par rapport à la protéine S du SARS-CoV-2 sauvage.

Le variant beta porte les substitutions K417H, E484K et N501Y dans le domaine RBD selon la numérotation EU, par rapport à la protéine S du SARS-CoV-2 sauvage.

Le variant gamma porte les substitutions K417T, E484K et N501Y dans le domaine RBD selon la numérotation EU, par rapport à la protéine S du SARS-CoV-2 sauvage.

Le variant delta porte les substitutions L452R et T478K dans le domaine RBD selon la numérotation EU, par rapport à la protéine S du SARS-CoV-2 sauvage. Le variant kappa porte les substitutions L452R et E484Q dans le domaine RBD selon la numérotation EU, par rapport à la protéine S du SARS-CoV-2 sauvage.

Exemples

Exemple 1 : Matériel et méthodes

1. Production recombinante des domaines SI et RBD du spicule du SARS-CoV- 2

La sous-unité SI constituée des 681 premiers acides aminés de la protéine S a été fusionnée à son extrémité C-terminale à un tag histidine (8xHis) pour expression en cellules HEK-293T et purification (fourni par CreativeDiagnostics). Un segment d’ADN codant pour le domaine RBD (en exergue en gras dans SEQ ID NO. 55) placé en aval d’un segment codant pour un peptide signal et en amont d’une séquence codant pour un His-Tag a été exprimé par transfection transitoire de cellules HEK-293T en utilisant le vecteur d’expression pCI.

Le domaine RBD (SEQ ID NO. 56, en exergue en gras dans SEQ ID NO. 57) est positionné entre un peptide signal pour assurer sa translocation et un tag histidine (SEQ ID NO. 57).

La purification du domaine RBD a été réalisée par chromatographie d’affinité Ni- NTA suivie d’une filtration sur gel et concentration. Ensuite, 0,3 mg de SI and 5 mg de domaine RBD ont été utilisés pour criblage des aReps.

2. Expression et purification des protéines aReps

Les gènes aRep correspondant à des protéines ayant une forte affinité de liaison à la sous-unité SI et du domaine RBD ont été sous-clonés en utilisant les sites de restriction BamHI-HindlII dans le plasmide pQE81 pour l'amplification. Les dérivés pQE81 ont été utilisés pour la transformation des cellules Rosetta E. coli et les clones résultants ont été cultivés à 37 °C dans un bouillon 2XYT complété par de l'ampicilline (100 pg/ml) et du chloramphénicol (40 pg/ml) sous agitation. Lorsque l'absorbance à 600 nm a atteint 0,8 à 1, l'expression de la protéine aRep a été induite par l'ajout de 0,5 à 1 mM d'IPTG, et les cellules ont ensuite été incubées pendant 4 à 12 heures à 28°C ou 37°C sous agitation.

Ensuite, les bactéries ont été culottées par centrifugation (5 000 x g pendant 30 minutes à 4°C), et les culots cellulaires bactériens ont été remis en suspension dans 200 mM NaCl, 20 mM Tris pH 7,4 à 8, selon le point isoélectrique de la protéine, contenant un cocktail d'inhibiteurs de protéase (Roche Diagnostics GmbH), puis lysés par sonication dans la glace (5 fois x (30 s de repos et 30 s de sonication à environ 40 % d'amplitude) en utilisant un sonicateur Q700 QSONICA). Les lysats de cellules bactériennes ont été clarifiés par centrifugation à 10 000 x g pendant 30 minutes à 4 °C.

Les protéines aReps recombinantes solubles, étiquetées 6xHis, ont été purifiées par chromatographie d'affinité sur des colonnes HisTrap (GE Healthcare Life Sciences) et éluées par un gradient de tampon imidazole (tampon d'équilibrage : 40 mM Imidazole, 300 mM NaCl, 20 mM Tris pH8, Tampon d'élution : Imidazole IM, NaCl 300 mM, Tris 20 mM pH 8). Les fractions d'intérêt ont été regroupées et injectées dans une filtration sur gel Superdex S200 préalablement équilibrée avec du PB S.

Les fractions résultantes ont été analysées par SDS-PAGE et les fractions contenant les aReps purifiés ont été regroupées et congelées à -20°C.

3. Détermination des affinités de liaison des aReps

Les expériences de cinétique de liaison ont été réalisées sur un système Octet (Octet RED96) (ForteBio, Molecular Devices) en mode 8 canaux.

La protéine RBD ou SI étiquetée His du SARS-CoV-2 a été chargée sur des biocapteurs HislK (Pali ForteBio) jusqu'à un seuil de charge de 1 nm. Après une étape de base dans un tampon d'essai (PBS [pH 7,4], 0,1 % d'albumine sérique bovine, 0,05 % de Tween 20), les capteurs chargés de ligands ont été plongés dans des concentrations connues d'aReps pour une phase d'association suivie d'une phase de dissociation induite par le remplacement des solutions contenant les aReps par le tampon seul. Les courbes d'association et de dissociation ont été globalement ajustées à un modèle de liaison 1:1. Les courbes de liaison ont été ajustées en utilisant l'équation "association puis dissociation" dans GraphPad Prism pour calculer la constante de dissociation (KD). Plus la valeur KD est faible, plus l'affinité de liaison entre l’aReps et sa cible, RBD ou SI, est élevée.

4. Tests de neutralisation de pseudotypes du SARS-CoV-2 par les aReps Les particules MLV pseudo-typées avec la protéine S du SARS-CoV-2 (SARS- CoV-2PP) et protéine G du VSV (contrôle) et conduisant l'expression du gène de la luciférase Firefly ont été produites comme décrit précédemment (Millet et Whittaker, 2016, Bio Protoc. 6:e2035), avec un plasmide codant pour une séquence optimisée en codon humain du gène S (numéro d'accession Genebank : MN908947) ou gène G (contrôle) du VS VG (Sun et al. J Biol Chem. 2008 Mar 7; 283(10):6418-27). Les surnageants contenant les particules pseudo-typées ont été récoltés à 48 h, 72 h et 96 h après la transfection, regroupés et filtrés à travers des membranes à pores de 0,45 pm. La veille de la transduction, 50000 cellules HEK293T exprimant l'ACE2 ont été placées dans chaque puits d'une plaque à 24 puits. La quantité de particules pseudo-typées utilisées par puits est préalablement établie pour obtenir un signal d’environ 10 ⁵ (en unités de fluorescence arbitraire) trois jours après transduction. Des dilutions de 10 en 10 des alphaReps ont été réalisées dans un milieu complet (DMEM + 2% FBS + PSG) et ont été préincubées pendant 1 h à température ambiante avec les SARS-CoV-2PP dans un volume final de 200 pL. Ces mélanges ont été déposés dans chacun des puits contenant les cellules HEK293T - ACE2 pour effectuer la transduction. Trois jours après la transduction, les cellules ont été trypsinées et l'activité luciférase a été mesurée comme indiqué par le fabricant (Promega) sur un appareil TECAN Infinite M200Pro. Les titres de neutralisation ont été définis comme la dilution d'aRep qui entraîne une diminution de 50% de l'infectivité. Des particules rétro virales pseudo - typées avec la glycoprotéine G du virus de la stomatite vésiculaire (VSVpp) ont été utilisées pour contrôler la spécificité de la neutralisation.

5. Test de neutralisation du SARS-CoV-2 et ses mutants par les aReps

Le SARS-CoV-2, isolat France/IDF0372/2020, a été fourni par le Centre national de référence des virus respiratoires hébergé par l'institut Pasteur (Paris, France) Les expériences de neutralisation sur les mutants ont été effectuées avec des pseudo-types de mutants de la protéine S représentatifs du RBD des différents variants testés. Les stocks viraux ont été préparés par propagation dans des cellules Vero E6 dans du milieu d'Eagle modifié de Dulbecco (DMEM) complété par 2% (v/v) de sérum bovin fœtal (FBS, Invitrogen). Les titres viraux ont été déterminés par le test des plaques. Tous les essais de plaque impliquant le SARS-CoV-2 vivant ont été réalisés dans un laboratoire agréé, dans un confinement de niveau de biosécurité 3 (BSL- 3). Toutes les expériences ont été réalisées dans au moins trois répétitions biologiquement indépendantes. Les essais de neutralisation du SARS-CoV-2 infectieux ont été réalisés sur des cellules Vero E6 (CRL-1586, ATCC) comme suit. Brièvement, les aReps ont été diluées en série trois fois ou dix fois dans du DMEM contenant 2 % (v/v) de FBS (Invitrogen) et mélangées avec 104 unités formatrices de plaques (PFU) de SARS-CoV-2 pendant une heure à 37 °C, 5 % de CO2. Le mélange a ensuite été utilisé pour inoculer des cellules Vero E6 ensemencées dans des plaques à puits P96, pendant une heure à 37 °C, 5 % de CO2. Des conditions contrôles ont été testés avec les cellules seules (milieu seul) et virus seul dans le milieu. Les cellules ont été incubées pendant 3 jours supplémentaires. La viabilité cellulaire a été mesurée en prélevant 100 pl de surnageant dans tous les puits et en ajoutant 100 pl de réactif CellTiter-Glo comme décrit dans le protocole du fabricant (CellTiter-Glo Luminescent Cell Viability Assay). La luminescence a été lue après 2 minutes d'agitation sur un agitateur orbital et quantifiée en utilisant l'appareil Infinite M200Pro TECAN.

6. Etude de l’efficacité antivirale des aReps in vivo sur le modèle hamster Virus

L’isolat de SARS-CoV-2 (BetaCoV/IdF0372/2020) a été fourni par le Pr. Manuguerra (Institut Pasteur). Après deux passages d’amplification sur la lignée VeroEô (ATCC) le stock de semences a été titré dans des cellules VeroEô à une concentration de 6,0 loglO TCID50/ml. Le stock de semences a été décongelé et dilué dans une solution saline tamponnée au phosphate (PBS) froide avant l'infection.

Infection et traitement des hamsters

Animaux

Les expériences ont été réalisées sur 16 hamsters dorés Syriens mâles Mesocricetus auratus) âgés de 10 semaines et fournis par la société Janvier Labs. Les animaux ont été hébergés seul par cage au sein d’une animalerie de niveau de sécurité BSL-III.

Les animaux ont été élevés selon les directives de l’INRAE dans le respect de la résolution n° 493 relative à la protection du bien-être animal au sein de l’Union européenne. Les animaux ont été contrôlés quotidiennement pour détecter les signes manifestes de maladie.

Design de l ’étude

Deux groupes de huit hamsters ont été instillés en intranasal avec 0.8 mg d’aRep composite F9-C2 ou 0.8 mg d’aRep H7 (aReps contrôle reconnaissant une protéine du virus de la grippe. SEQ ID NO. 63) dans un volume de 80 pL de PBS. Après 1 h, les animaux ont été infectés en intranasale avec 5.10 ³ TCID50 de SARS- CoV-2 (dilué dans 80pL de DMEM. Les animaux ont été pesés chaque jour et des frottis nasaux quotidiens ont permis de mesurer le taux de production de particules virales durant l’infection. Par la suite, les animaux ont été euthanasiés au bout de 1 ou 3 jours post infection (J1/J3, soit 4 hamsters par groupes). Sur chaque animal, la muqueuse olfactive (site majeur de réplication du virus dans la sphère respiratoire) et une partie des poumons ont été prélevés pour des analyses moléculaires.

Tests virologiques

Les frottis nasaux quotidiens ont été effectués sont le protocole décrit dans le document Montrache -Leroy et al., 2021. J Gen Virol. Mar; 102(3).

Une fois les animaux euthanasiés à J1 ou J3, une partie des poumons et l’épithélium olfactif ont été broyés en trizol pour extraire l’ARNm et la quantité de virus a été mesurée par RT-qPCR en se focalisant sur le gène codant pour la protéine E (protéine d’enveloppe du SARS- CoV-2) et en normalisant sur l’expression de l’actine.

Exemple 2 : Résultats

1. Les alphaReps

Vingt-deux clones positifs (Bl, B4, B12, Cl, C2, C4, C7, C12, D3, D7, D10, E6, E12, F2, F7, F9, Gl, G3, G5, H6, H10 et H12) ont été sélectionnés comme étant spécifiques du domaine RBD. Le séquençage des clones a révélé des aReps de différentes tailles, constituées essentiellement de 3 à 8 répétitions du motif de 31 acides aminés. Les huit clones C2, C7, C12, D7, F7, F9, Gl, H10 et H12 ont été identifiés comme ayant le plus fort signal dans le test ELISA et ont été retenus pour caractérisation plus approfondie. Mesure d’affinité des aReps pour le RBD du SARS-CoV-2

Un premier essai a été réalisé en mesurant la vitesse de fixation et de dissociation des aReps concentrées à 1 pM sur le domaine RBD (Fig. 1). A cette concentration, les aReps C2, C12, F9, Gl, H10 et H12 ont de faibles vitesses de dissociation contrairement aux C7, D7 et F7.

La constante de dissociation (KD) a été calculée pour les aReps C2 et F9 sur le domaine RBD et sous-unité SI (Fig. 2A-2B-2C-2D). Elles sont de 0.29 nM pour C2 et F9 (Figs 2A et 2C) sur RBD et de 0,31 nM pour le C2 (Fig. 2B) et de 1,16 nM pour le F9 (Fig. 2D) sur domaine SI, ce qui en fait des ligands monovalents d’intérêt.

L’avidité de l’aRep composite F9-C2 est de 0,091 nM, apportant une efficacité accrue en comparaison à F9 ou C2 seules (Fig. 2E).

Pouvoir neutralisant des aReps sur des particules pseudotypées du SARS-CoV-2 et le virus lui-même

Dans un premier temps, le pouvoir neutralisant des aReps a été mesuré en pré incubant des dilutions d’aRep avec des particules pseudo-typés exprimant la protéine S du SARS-CoV-2 avant dépôt du mélange sur cellules cibles, comme décrit précédemment. La capacité des virions à infecter des cellules cibles est mesurée par l’expression d’un gène reporter, celui de la luciférase de la luciole, présent dans les virions. Les particules pseudo-typées contiennent un gène reporteur (la luciférase de la luciole) qui permet de quantifier la capacité des alphaReps à bloquer l’infection. L’infection est préalablement calibrée en absence d’alphaRep pour obtenir un rapport signal / bruit de fond supérieur à 1000. La Fig. 3A montre que les aReps C2, C7, F9 et H12 neutralisent le lentivirus pseudo-typé de la protéine S avec une efficacité dépendante de leurs concentrations. L’aRep Gl, qui a été sélectionné pour se fixer sur le RBD, et l’aRep H7, qui ne reconnaît pas la protéine S, ne neutralisent pas la protéine. Ces résultats suggèrent que l’aRep Gl ne soit pas capable de bloquer l’interaction S-ACE2 en se fixant sur un domaine éloigné du domaine d’interaction à ACE2. Aucun des aReps ne neutralise un pseudo type porteur de la protéine G du virus de la stomatite vésiculaire (VSVG).

Dans un second temps, des dilutions d’ aReps ont été co-incubés avec du SARS- CoV-2 avant dépôt sur cellules sensibles (Fig. 3B). La survie des cellules à l’infection est quantifiée par meure de la quantité d’ATP intracellulaire dans les puits infectés. Les quatre aReps C2, C7, F9 et H12 protègent de l’infection en fonction de leurs concentrations, 1’aRep C2 possédant le plus fort pouvoir neutralisant avec un IC50 de 0,27 pM. L’aRep H7 ne neutralise pas le virus.

Rationnel pour augmenter la spécificité de liaison des aReps neutralisants

Deux stratégies ont prévalu à la génération d’assemblages covalent ou non-covalent d’aRep afin d’en augmenter l’avidité pour la protéine S, et donc leur pouvoir neutralisant. Une première a constitué à construire des dimères associant de façon covalente les aReps C2 et F9, à savoir les constructions C2-F9 (SEQ ID NO. 13) et F9-C2 (SEQ ID NO. 12) dans lesquelles les deux aReps sont séparées par un domaine espaceur de 25 acides aminés constitué de sérines et de glycines (SEQ ID NO. 19). Une seconde stratégie a constitué à multimériser une séquence permettant la trimérisation, appelée ici Foldon (SEQ ID NO. 54), à l’extrémité C-terminale des aReps. La protéine aRep-foldon se trimérisant de façon non covalente. Les constructions composites F9-C2 et C2-foldon (SEQ ID NO. 14) ont été exprimées efficacement. Les constructions composites F9-C2 et C2-foldon sont hautement solubles dans l’eau. Cela permet, notamment, un meilleur rendement de production.

Pouvoir neutralisant de la construction aRep composite F9-C2

Le pouvoir neutralisant de F aRep composite F9-C2 a été quantifié comme précédemment par mélange de dilutions de F aRep composite F9-C2 avec des quantités fixes de particules pseudo-typés avec la protéine S ou de virus SARS-CoV-2 (Fig. 4A-AB). De la même manière, les particules pseudo-typées contiennent un gène reporteur (la luciférase de la luciole) qui permet de quantifier le pouvoir inhibiteur des alphaReps. L’infection est préalablement calibrée pour obtenir un rapport signal / bruit de fond supérieur à 1000. La construction F9-C2 neutralise très efficacement les particules pseudo-typées avec la protéine S ainsi que le virus SARS-CoV-2 et plus efficacement que C2 seul ainsi que F9 et C2 ensemble (F9+C2). LTC50 du F9-C2 sur le SARS-CoV-2 est de 8 nM alors que ceux de C2 et F9 sont de l’ordre d’environ 250 nM (Tableau 1).

Tableau 1 aREP [ ^C ®°

(pM)

C2 0 27

C2 +F9 0 28

F9-C2 0 008

Pouvoir neutralisant des constructions composites aRep C2-C2-C2, C2-foldon et

F9-foldon.

Les fusions des cadres de lecture de l’aRep F9, de trois aRep C2 (SEQ ID NO. 11) ou avec le polypeptide Foldon (C2-foldon) permettent d’accroitre leur activité neutralisante. La Fig. 5 montre que le C2-foldon neutralise le SARS-CoV-2 plus efficacement que le C2 seul, et que son activité neutralisante est du même ordre de grandeur, voire supérieure, à celle de l’aRep composite F9-C2. L’aRep composite C2-C2-C2 a également une activité neutralisante supérieure au C2 seul (non illustré). Ces couplages augmentent l’avidité pour la protéine S du SARS-CoV-2.

Activité neutralisante de l’aRep composite F9-C2 sur les variants du SARS-CoV- 2

Des MLV pseudo-typés portant les mutations spécifiques du domaine RBD des variants alpha, béta, gamma et delta/kappa ont été produits pour réaliser des infections de cellules HEK-293T-ACE2. Les protéines S produites portent la mutation N501Y (représentative du variant alpha), les mutations K417N, E484K, N501Y (représentatives du variant béta), K417T, E484K, N501Y (représentatives du variant gamma) et L452R, E484Q (représentatives des variants delta/kappa). Les Figs 6a-6b et Figs 6c-6d-6e montrent que le pouvoir neutralisant du F9-C2 n’est pas ou peu affecté sur les mutants représentatifs des variants alpha et béta si on les compare à la souche type Wuhan-Hu-1. Le pouvoir neutralisant du F9-C2 est modérément affecté sur le mutant représentatif du variant gamma. Le mutant représentatif des variants delta et kappa est moins bien neutralisé par le F9-C2 que ses homologues. Les quatre variants analysés sont tous plus sensibles à la neutralisation du F9-C2 que les F9 et C2 seuls, soulignant l’effet coopératif associé à la multimérisation du F9 et du C2. Activité antivirale de l’aRep composite F9-C2 in vivo chez un modèle de hamster L’activité antivirale de l’aRep composite F9-C2 a été mesurée sur le modèle du hamster doré Syrien qui reflète les syndromes non sévères des infections humaines en termes de tropisme cellulaire, perte de poids et cinétique de présence du SARS-CoV-2. L’inoculation nasale de l’aRep composite F9-C2 1 h avant l’infection au SARS-CoV-2 limite la présence du virus dans la muqueuse olfactive d’un facteur 30 à J1 et d’un facteur 2,3 à J3 post infection par rapport à l’inoculation nasale d’une aRep (H7) sans lien avec le SARS-CoV-2 (Fig. 7A). Au niveau des poumons, elle est limitée d’un facteur 5 et 2,5 à J1 et J3 , respectivement.

L’efficacité antiviral des aReps a aussi été évaluée en mesurant la production de particules virales infectieuses produites au niveau de la cavité nasale des animaux infectés. Elle est réduite d’un facteur 50 à J2 au pic de la production (Fig. 7B).

En conclusion, les aReps de la présente divulgation présentent une activité hautement spécifiques de la protéine S du SARS-CoV-2 et permettent une forte neutralisation du virus SARS-CoV-2 in vitro et in vivo.

Parmi ces aReps identifiés, C2, F9 et H12 ont un forte activité neutralisante et protectrice, plus particulièrement C2. La multimérisation homologue (C2-C2-C2 ou C2-foldon) ou hétérologue (F9-C2) des aRep permet d’augmenter l’activité neutralisante. L’aRep composite F9-C2 a une activité protectrice dans un modèle d’infection hamster.

Ainsi, un polypeptide formule (I) ou un polypeptide composite selon la présente description est capable de traiter et/ou prévenir une condition provoquée par une infection au SARS-CoV-2.

Augmentation du temps de demi-vie d’un polypeptide aRep dans la cavité nasale et ainsi son efficacité in vivo

La comparaison des photos en figure 8 révèle que le polypeptide aRep C2 reste présent dans la cavité nasale dans la couche de mucus située au-dessus de l’épithélium (OE) 6 h post-administration lorsqu’il est conjugué à la protéine d’adhérence X409 (photo en bas à droite). A l’inverse le polypeptide aRep C2 non conjugué n’est plus présent à la surface de l’épithélium dans la cavité nasale 6 h post-administration et est seulement révélé dans la lamina propria (LP) (photo en bas à gauche). La conjugaison d’un polypeptide, tel que le polypeptide aRep C2, avec une protéine d’adhérence X409 permet la fixation du polypeptide à des mucines dans la cavité nasale et d’augmenter ainsi le temps de demi-vie du polypeptide in vivo.

Ainsi, le polypeptide aRep est présent plus longtemps à la surface de la cavité nasale et reste au contact des antigènes, notamment des virus, améliorant son efficacité thérapeutique ou de prévention contre une infection à un virus.

Référence à des séquences

SEQ ID NO. 1 - aRep C2 :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSVKVRFFAAYALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDANVRISAAAALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDAAVRQSAASALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDENVRREAARALGQI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 2 - aRep C7 :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSKIVRFFAAVALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDTDVRQTAATALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDSTVRQAAANALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDENVRYSAASALGKI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 3 - aRep C12 :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSGTIEDR I

GDERAVEPLIKALKDEDSAVRQSAASALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDSRVRKTAAFALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDSDVRTSAAVALGKI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 4 - aRep D7 :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSGLVRIIAASALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDTNVRVAAAGALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDPSVRQSAASALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDVNVRQAAASALGKI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 5 - aRep E12 : MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSSNVRFSAAFALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDVNVRLRAALALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDSDVRVAAAVALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDAQVRLSAADALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDGAVRASAAYALGEI

GDERAVEPLIKALKDEDGYVRARAAFALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDSDVRLTAAKALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDLGVRYGAATALGEI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 6 - aRep F7 :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSLIVRDDAADALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDGEVRLSAARALGEI

GDERAVEPLIKALKDEDGAVRRLAADALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDAAVRLRAALALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDKNVRRVAAEALGQI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 7 - aRep F9 :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSVLVRYNAAFALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDRYVRFSAALALGEI

GDERAVEPLIKALKDEDGYVRASAAWALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDWRVRLSAAKALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDGEVRVRAANALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDGYVRRAAAGALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDWLVRQSAATALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDPSVRFSAAAALGEI

GDERAVEPLIKALKDEDGFVRLSAASALGQI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 8 - aRep G1 : MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSGTIEDR I

GDERAVEPLIKALKDEDGAVRQSAASALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDGYVRQRAAD ALGKI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHGSLIS

SEQ ID NO. 9 - aRep H10 :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSMLVRSYAANALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDLAVRRAAATALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDSAVRQSAARALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDPWVRRAAAYALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDPWVRKTAAEALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDTNVRYRAAQALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDAEVRRVAAVALGEI

GDERAVEPLIKALKDEDSDVRYGAAVALGQI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 10 - aRep H12 :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDS GH VRVFAAY ALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDSDVRISAAN ALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDSAVRQSAAEALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDSNVRRNAARALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDAAVRKAAAL ALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDSYVRQSAAEALGKI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 11 - aRep C2-C2-C2 :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSVKVRFFAAY ALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDANVRISAAAALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDAAVRQSAASALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDENVRREAARALGQI GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS

TDPEKVEMYIKNLQDDSVKVRFFAAYALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDANVRISAAAALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDAAVRQSAASALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDENVRREAARALGQI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS

TDPEKVEMYIKNLQDDSVKVRFFAAYALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDANVRISAAAALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDAAVRQSAASALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDENVRREAARALGQI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 12 - aRep F9-C2 :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSVLVRYNAAFALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDRYVRFSAALALGEI

GDERAVEPLIKALKDEDGYVRASAAWALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDWRVRLSAAKALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDGEVRVRAANALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDGYVRRAAAGALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDWLVRQSAATALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDPSVRFSAAAALGEI

GDERAVEPLIKALKDEDGFVRLSAASALGQI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS

TDPEKVEMYIKNLQDDSVKVRFFAAYALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDANVRISAAAALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDAAVRQSAASALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDENVRREAARALGQI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 13 - aRep C2-F9 : MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSVKVRFFAAYALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDANVRISAAAALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDAAVRQSAASALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDENVRREAARALGQI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS

TDPEKVEMYIKNLQDDSVLVRYNAAFALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDRYVRFSAALALGEI

GDERAVEPLIKALKDEDGYVRASAAWALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDWRVRLSAAKALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDGEVRVRAANALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDGYVRRAAAGALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDWLVRQSAATALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDPSVRFSAAAALGEI

GDERAVEPLIKALKDEDGFVRLSAASALGQI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 14 - aRep C2-foldon :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSVKVRFFAAYALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDANVRISAAAALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDAAVRQSAASALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDENVRREAARALGQI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

GSAGSAGGSGGAGGSGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFL

SEQ ID NO. 15 - aRep F9-foldon :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSVLVRYNAAFALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDRYVRFSAALALGEI

GDERAVEPLIKALKDEDGYVRASAAWALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDWRVRLSAAKALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDGEVRVRAANALGKI GDERAVEPLIKALKDEDGYVRRAAAGALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDWLVRQSAATALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDPSVRFSAAAALGEI

GDERAVEPLIKALKDEDGFVRLSAASALGQI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

GSAGSAGGSGGAGGSGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFL

SEQ ID NO. 16 : GDERAVEPLIKALKDED

SEQ ID NO. 17 : MRGSHHHHHH

SEQ ID NO. 18 (Ct) : GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHXSLIS X étant K ou G

SEQ ID NO. 19 - peptide de liaison : GGGGSGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS

SEQ ID NO. 20 (Nt de C2) :

MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSVKVRFFAAYALGKI

SEQ ID NO. 21 (Nt de C7) :

MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSKIVRFFAAVALGKI

SEQ ID NO. 22 (Nt de C12) :

MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSGTIEDRI

SEQ ID NO. 23 (Nt de D7) :

MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSGLVRIIAASALGKI

SEQ ID NO. 24 (Nt de E12) :

MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSSNVRFSAAFALGKI

SEQ ID NO. 25 (Nt de F7) :

MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSLIVRDDAADALGKI SEQ ID NO. 26 (Nt de F9) :

MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSVLVRYNAAFALGKI

SEQ ID NO. 27 (Nt de Gl)

MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSGTIEDRI

SEQ ID NO. 28 (Nt de H10) :

MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSMLVRSYAANALGKI

SEQ ID NO. 29 (Nt de H12) :

MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSGHVRVFAAYALGKI

SEQ ID NO. 30 : aRep Bl :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSMGVRASAAFALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDWLVRQTAARALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDSDVRLSAAAALGEI

GDERAVEPLIKALKDEDPDVRFSAAQALGEI

GDERAVEPLIKALKDEDPWVRSSAASALGEI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 31 : aRep B4 :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSTQVRIDAAAALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDPAVRQSAAYALGQI GDERAVEPLIKALKDEDSNVRIEAARALGQI GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 32 : aRep B12 :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSLLVRVIAAYALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDPDVRIRAAFALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDSAVRQSAAEALGEI

GDERAVEPLIKALKDEDGAVRETAASALGKI GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 33 : aRep Cl :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDS QT VRIV AANALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDPAVRQSAAGALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDKNVRLNAATALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDGYVRIRAARALGEI

GDERAVEPLIKALKDEDGYVRTAAAYALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDRAVREAAAEALGKI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 34 : aRep C4 :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSVPVRDNAAVALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDSRVRQRAAKALGKI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 35 : aRep D3 :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDS GLVRIIAASALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDTNVRVAAAGALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDPSVRQSAASALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDVNVRQAAASALGKI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 36 : aRep DIO :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSNSVRSSAADALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDPWVRETAAFALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDRYVRISAAFALGKI

GDERAVKPLIKALKDEDYSVRQSAAEALGEI

GDERAVEPLIKALKDEDAEVRIAAARALGEI

GDERAVEPLIKALKDEDGYVRLSAAKALGKI GDERAVEPLIKALKDEDWRVRFSAAEALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDYEVRRAAATALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDVNVRYSAAIALGKI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 37 : aRep E6 :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSLLVRTYAAAALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDPDVRIAAANALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDPAVRQSAAAALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDVNVRLAAAEALGKI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 38 : aRep F2 :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSKQVRYVAADALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDTDVRLTAARALGKI

GDEHAVEPLIKALKDEDAAVRQSAAAALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDKNVRSEAAQALGEI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 39 : aRep G3 :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSGTIEDRI

GDERAVEPLIKALKDEDSAVRMAAAVALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDGFVRQRAAAALGKI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 40 : aRep G5 :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSAHVRNVAATALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDWLVRWSAAVALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDTDVRSRAALALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDVFVRWRAAEALGKI GDERAVEPLIKALKDEDRYVRYAAALALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDGYVRIAAASALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDPTVRFSAARALGEI

GDERAVEPLIKALKDEDAEVRREAAEALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDPWVRYAAAEALGEI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 41 : aRep H6 :

MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSQMVRFIAASALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDARVRQSAARALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDVEVRMSAARALGQI

GDERAVEPLIKALKDEDAAVRQSAALALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDENVRQEAAKALGKI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 42 (Nt de Bl) :

MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSMGVRASAAFALGKI

SEQ ID NO. 43 (Nt de B4) :

MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSTQVRIDAAAALGKI

SEQ ID NO. 44 (Nt de B12) :

MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSLLVRVIAAYALGKI

SEQ ID NO. 45 (Nt de Cl) :

MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSQTVRIVAANALGKI

SEQ ID NO. 46 (Nt de C4) :

MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSVPVRDNAAVALGKI

SEQ ID NO. 47 (Nt de D3) :

MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSGLVRIIAASALGKI SEQ ID NO. 48 (NT de DIO) :

MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSNSVRSSAADALGKI

SEQ ID NO. 49 (Nt de E6) :

MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSLLVRTYAAAALGKI

SEQ ID NO. 50 (Nt de F2) :

MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSKQVRYVAADALGKI

SEQ ID NO. 51 (Nt de G3) : MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSGTIEDRI

SEQ ID NO. 52 (Nt de G5) :

MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSAHVRNVAATALGKI

SEQ ID NO. 53 (Nt de H6) :

MRGSHHHHHHTDPEKVEMYIKNLQDDSQMVRFIAASALGKI

SEQ ID NO. 54 (foldon) :

GSAGSAGGSGGAGGSGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFL

SEQ ID NO. 55 : segment d’ADN codant pour « peptide signal-RBD-His tag » ctcgagATGGGCATCCTGCCCAGCCCCGGAATGCCCGCTCTGCTGTCCCTGGTGTCCC TGCTGTCCGTGCTGCTGATGGGCTGCGTGGCCGAGACCGGCACCAGAGTGCAGCC CACCGAGTCCATCGTGCGCTTTCCCAACATCACAAACCTGTGCCCCTTCGGC GAGGTGTTCAACGCCACCAGGTTCGCCAGCGTGTACGCTTGGAATAGAAAGA GAATCTCTAACTGCGTGGCCGACTACTCCGTGCTGTACAACAGCGCCAGCTT CAGCACCTTCAAGTGCTATGGCGTGAGCCCCACAAAGCTGAACGATCTGTGT TTCACCAACGTGTACGCCGACTCCTTCGTGATTAGAGGCGACGAGGTGAGGC AGATTGCCCCAGGCCAGACCGGCAAGATCGCCGACTATAACTACAAACTGCC CGACGACTTCACCGGCTGCGTGATCGCCTGGAACTCTAACAATCTGGACAGT AAGGTGGGGGGAAACTACAACTACCTGTACAGACTGTTCAGAAAGAGCAACC TGAAGCCCTTCGAAAGAGACATCAGCACAGAGATCTACCAGGCCGGCAGCAC CCCCTGCAACGGAGTGGAGGGATTCAACTGCTACTTCCCCCTGCAGAGCTAC GGCTTCCAGCCCACCAACGGCGTGGGCTACCAGCCCTACCGCGTGGTGGTGC TGTCTTTTGAGCTGCTGCACGCCCCCGCCACCGTGTGTGGACCTAAGAAGTC CACCAACCTGGTGAAAAACAAATGCGTGAACTTCGGGAGCGGCAGAGAGAACC

TGTATTTTCAGGGCGGCGGCCACCACCACCACCATCACCACCACTAAgcggccgc

SEQ ID NO. 56 : (Domaine RBD)

RVQPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLY NSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPD DFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEG FNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNF

SEQ ID NO. 57 : Peptide signal-RBD-His tag

MGILPSPGMPALLSLVSLLSVLLMGCVAETGTRVQPTESIVRFPNITNLCPF GEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNV YADSFVIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYL YRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPCNGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVV VLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFGSGRENLYFQGGGHHHHHHHH

SEQ ID NO. 58 (Amorce sens Protéine E) : ACAGGTACGTTAATAGTTAATAGCGT

SEQ ID NO. 59 (Amorce antisens Protéine E): ATATTGCAGCAGTACGCACACA

SEQ ID NO. 60 : ACTGCCGCATCCTCTTCCT

SEQ ID NO. 61 : TCGTTGCCAATGGTGATGAC

SEQ ID NO. 62 : X1X2VRX3X4AAX5ALGX6I

De Nter à Cter: 1er X étant A, E, T, S, P, V, G, L, K, R, W ou Y; 2nd X étant N, A, D, T, R, S, Q, Y, G, E, L, F, W ou N; 3e X étant I, Q, R, Y, K, T, V, L, A, F, E, S, M ou W; 4e X étant S, E, T, A, R, G, L, V ou N; 5e X étant A, S, R, T, N, F, V, G, L, D, Y, K, R, E, W, N ou Q ; 6e X étant K, Q ou E

SEQ ID NO. 63 : alpha Rep H7 MRGSHHHHHH

TDPEKVEMYIKNLQDDSNAVRYSAATALGKI

RDERAVEPLIKALKDEDGYVRYAAAEALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDGYVRRAAAQALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDENVRWSAALALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDYAVRRNAAKALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDRFVRTAAAKALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDTLVREDAARALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDTDVRRAAARALGKI

GDERAVEPLIKALKDEDWLVRLSAARALGKI

GGERVRAAMEKLAETGTGFARKVAVNYLETHKSLIS

SEQ ID NO. 64 : Gène du domaine RBD du SARS-CoV-2

AGAGTGCAGCCCACCGAGTCCATCGTGCGCTTTCCCAACATCACAAAC

CTGTGCCCCTTCGGCGAGGTGTTCAACGCCACCAGGTTCGCCAGCGTGTACGCTTG

GAATAGAAAGAGAATCTCTAACTGCGTGGCCGACTACTCCGTGCTGTACAACAGC

GCCAGCTTCAGCACCTTCAAGTGCTATGGCGTGAGCCCCACAAAGCTGAACGATC

TGTGTTTCACCAACGTGTACGCCGACTCCTTCGTGATTAGAGGCGACGAGGTGAGG

CAGATTGCCCCAGGCCAGACCGGCAAGATCGCCGACTATAACTACAAACTGCCCG

ACGACTTCACCGGCTGCGTGATCGCCTGGAACTCTAACAATCTGGACAGTAAGGT

GGGGGGAAACTACAACTACCTGTACAGACTGTTCAGAAAGAGCAACCTGAAGCCC

TTCGAAAGAGACATCAGCACAGAGATCTACCAGGCCGGCAGCACCCCCTGCAACG

GAGTGGAGGGATTCAACTGCTACTTCCCCCTGCAGAGCTACGGCTTCCAGCCCACC

AACGGCGTGGGCTACCAGCCCTACCGCGTGGTGGTGCTGTCTTTTGAGCTGCTGCA

CGCCCCCGCCACCGTGTGTGGACCTAAGAAGTCCACCAACCTGGTGAAAAACAAA TGCGTGAACTTCGG

SEQ ID NO. 65 : Protéine StcE

MNTKMNERWRTPMKLKYLSCTILAPLAIGVFSATAADNNSAIYFNTSQPIN

DLQGSLAAEVKFAQSQILPAHPKEGDSQPHLTSLRKSLLLVRPVKADDKTPVQVEAR D

DNNKILGTLTLYPPSSLPDTIYHLDGVPEGGIDFTPHNGTKKIINTVAEVNKLSDAS GSSI

HSHLTNNALVEIHTANGRWVRDIYLPQGPDLEGKMVRFVSSAGYSSTVFYGDRKVTL

S VGNTLLFKYVNGQWFRS GELENNRIT YAQHIWS AELPAHWIVPGLNLVIKQGNLS GR LNDIKIGAPGELLLHTIDIGMLTTPRDRFDFAKDKEAHREYFQTIPVSRMIVNNYAPLH LKEVMLPTGELLTDMDPGNGGWHSGTMRQRIGKELVSHGIDNANYGLNSTAGLGEN

SHPYVVAQLAAHNSRGNYANGIQVHGGSGGGGIVTLDSTLGNEFSHEVGHNYGLGH

YVDGFKGSVHRSAENNNSTWGWDGDKKRFIPNFYPSQTNEKSCLNNQCQEPFDGHKF

GFDAMAGGSPFSAANRFTMYTPNSSAIIQRFFENKAVFDSRSSTGFSKWNADTQEME P YEHTIDRAEQITASVNEESESKMAEEMAEYAVVKVHMWNGNWTRNIYIPTASADNR

GSIETINHEAGYNSYEFINGDEKVVSQGYKKSFVSDGQFWKERDVVDTREARKPEQF G

VPVTTEVGYYDPEGTESSYIYPAMYGAYGFTYSDDSQNESDNDCQEQVDTKEGQERF

REANHRANNTVMNKFHINVPTESQPTQATEVCNNKIEDTKSETPAPEGETYTVNGQA

LPAKENEGCIVSVNSGKRYCLPVGQRSGYSLPDWIVGQEVYVDSGAKAKVLLSD WDNLSYNRIGEFVGNVNPADMKKVKA WNGQ YLDFSKPRSMRV VYK

SEQ ID NO. 66 : Protéine d’adhérence (X409)

GQ AEPAKENEGCIVS VNS GKRYCEPVGQRS GYSEPDWIVGQE VYVDS GA

KAKVEESDWDNESYNRIGEFVGNVNPADMKKVKAWNGQYEDFSKPRSMRVVYK

Liste des documents cités

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