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Patent Searching and Data


Title:
NUCLEIC ACID SEQUENCES OF HYPERPLASIA AND TUMOURS OF THE THYROID
Document Type and Number:
WIPO Patent Application WO/2001/027265
Kind Code:
A1
Abstract:
The invention relates to a nucleic acid which codes for a polypeptide. Said polypeptide comprises a KRAB domain and/or at least one zinc finger motif, whereby the KRAB domain contains the amino acid sequence of SEQ ID NO: 1 and the zinc finger motif is of the type contained in the zinc finger domain with the amino acid sequence of SEQ ID NO: 2.

Inventors:
BULLERDIEK JOERN (DE)
RIPPE VOLKHARD (DE)
MEIBOOM MAREN (DE)
BELGE GAZANFER (DE)
Application Number:
PCT/DE2000/003600
Publication Date:
April 19, 2001
Filing Date:
October 11, 2000
Export Citation:
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Assignee:
UNIV BREMEN (DE)
BULLERDIEK JOERN (DE)
RIPPE VOLKHARD (DE)
MEIBOOM MAREN (DE)
BELGE GAZANFER (DE)
International Classes:
C12N15/09; A61K31/7088; A61K38/00; A61K39/395; A61K45/00; A61K48/00; A61P5/00; A61P35/00; A61P43/00; C07K14/47; C07K16/18; C12N1/15; C12N1/19; C12N1/21; C12N5/10; C12N9/00; C12N15/12; C12Q1/02; C12Q1/68; (IPC1-7): C12N15/12; C12N15/11; C07K14/47; C07K16/18; C12Q1/68; G01N33/53
Other References:
DATABASE EMBL [online] 8 October 1999 (1999-10-08), "Homo sapiens chromosome 19 clone CTB-167G5, WORKING DRAFT SEQUENCE, 9", XP002161621, retrieved from EBI Database accession no. ac011487
GOLDWURM S ET AL: "Identification of a novel Krueppel-related zinc finger gene (ZNF184) mapping to 6p21.3.", GENOMICS, vol. 40, no. 3, 1997, pages 486 - 489, XP000982502, ISSN: 0888-7543
N TOMMERUP ET AL: "Isolation and fine mapping of 16 novel human zinc finger-encoding cDNAs identify putative candidate genes for developmental and malignant disorders", GENOMICS,US,ACADEMIC PRESS, SAN DIEGO, vol. 27, no. 2, 20 May 1995 (1995-05-20), pages 259 - 264, XP002117526, ISSN: 0888-7543
DATABASE SWALL [online] 1 November 1998 (1998-11-01), SHANNON M. ET AL.: "ZINC FINGER PROTEIN 54.", XP002161622, retrieved from EBI Database accession no. O88631
DATABASE SWALL [online] 1 May 1999 (1999-05-01), AGATA Y. ET AL.: "KRAB-CONTAINING ZINC-FINGER PROTEIN KRAZ1.", XP002161623, retrieved from EBI Database accession no. Q9Z117
RIPPE VOLKHARD ET AL: "A KRAB zinc finger protein gene is the potential target of 19q13 translocation in benign thyroid tumors.", GENES CHROMOSOMES & CANCER, vol. 26, no. 3, November 1999 (1999-11-01), pages 229 - 236, XP000982498, ISSN: 1045-2257
Attorney, Agent or Firm:
Bohmann, Armin (Bohmann & Loosen Sonnenstrasse 8 München, DE)
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Claims:
Ansprüche
1. Nukleinsäure, die für ein Polypeptid codiert, wobei das Polypeptid eine KRABDomäne und/oder mindestens ein ZinkfingerMotiv umfaßt und die KRABDomäne die Aminosäure sequenz ovn SEQ ID NO: 1 umfaßt und das ZinkfingerMotiv ein solches ist, wei es in der ZinkfingerDomäne mit der Aminosäuresequenz von SEQ ID NO: 2 umfaßt ist.
2. Nukleinsäure nach Anspruch 1, dadurch gekennzeichnet, daß sie die Nukleinsäuresequenz von SEQ ID NO : 3 umfaßt.
3. Nukleinsäure, die mit einer Nukleinsäure nach Anspruch I oder Anspruch 2 hybridisieren kann.
4. Nukleinsäure nach einem der vorangehenden Ansprüche, dadurch gekennzeichnet, daß sie mindestens eine Mutation aufweist.
5. Vektor, dadurch gekennzeichnet, daß er eine Nukleinsäuresequenz nach einem der voran gehenden Ansprüche umfaßt.
6. Vektor nach Anspruch 5, dadurch gekennzeichnet, daß er weiterhin mindestens ein Element umfaBt, das ausgewählt ist aus der Gruppe, die Promotoren, Terminatoren und Enhancer um faßt.
7. Vektor nach Anspruch 5 oder Anspruch 6, dadurch gekennzeichnet, daß er ein Expressi onsvektor ist.
8. Vektor nach einem der Ansprüche 57, dadurch gekennzeichnet, daß mindestens ein Pro motor im Leserahmen mit mindestens einem für ein Polypeptid codierenden Teil einer Nu kleinsäuresequenz nach einem der Ansprüche 14 ist.
9. Polypeptid, das eine KRABDomäne und/oder eine ZinkfingerDomäne umfaßt, wobei das Polypeptid durch eine Nukleinsäuresequenz nach einem der Ansprüche 14 codiert wird.
10. Polypeptid nach Anspruch 9, dadurch gekennzeichnet, daß es modifiziert ist.
11. Zelle, die einen Vektor nach einem der ansprüche 58 umfaßt.
12. Antikörper, dadurch gekennzeichnet, daß er gegen ein Polypeptid nach einem der Ansprü che 910 gerichtet ist.
13. Antikörper, dadurch gekennzeichnet, daß er gegen eine Nukleinsäure nach einem der An sprüche 14 gerichtet ist.
14. Ribozym, dadurch gekennzeichnet, daß es gegen eine Nukleinsäure nach einem der An sprüche 14 gerichtet ist.
15. Ribozym nach Anspruch 14, dadurch gekennzeichnet, daß es zumindest einen Teil einer Nukleinsäure nach einem der Ansprüche l4 umfaßt.
16. Verwendung einer Nukleinsäure nach einem der Ansprüche 14 zur Diagnose und/oder Therapie von Funktionsstörungen der Schilddrüse und/oder Hyperplasien der Schilddrüse und/oder Schilddrüsentumoren.
17. Verwendung einer Nukleinsäure nach einem der Ansprüche 14 zur Herstellung eines Medikaments.
18. Verwendung eines Polypeptids nach einem der Ansprüche 910 zur Diagnose und/oder Therapie von Funktionsstörungen der Schilddrüse und/oder Hyperplasien der Schilddrüse und/oder Schilddrüsentumoren.
19. Verwendung eines Polypeptids nach einem der Ansprüche 910 zur Herstellung eines Medikaments.
20. Verwendung eines Antikörpers nach einem der Ansprüche 1213 zur Diagnose und/oder Therapie von Funktionsstörungen der Schilddrüse und/oder Hyperplasien der Schilddrüse und/oder Schilddrüsentumoren.
21. Verwendung eines Antikörpers nach einem der Ansprüche 1213 zur Herstellung eines Medikaments.
22. Kit zur Diagnose von Funktionsstörungen der Schilddrüse und/oder Hyperplasien der Schilddrüse und/oder Schilddrüsentumoren, dadurch gekennzeichnet, daß der Kit mindestens ein Element umfaßt, das ausgewählt ist aus der Gruppe, die eine Nukleinsäure, einen Vektor, ein Polypeptid, eine Zelle, einen Antikörper und ein Ribozym, jeweils nach einem der voran gehenden Ansprüche, umfaßt.
23. Verfahren zum Nachweis von Funktionsstörungen der Schilddrüse und/oder Hyperplasien der Schilddrüse und/oder Tumoren der Schilddrüse, gekennzeichnet durch die Schritte : Kontaktieren von Schilddrüsenmaterial mit einem Agens, das ausgewählt ist aus der Gruppe, die eine Nukleinsäure, einen Vektor, ein Polypeptid, einen Antikörper, ein Ribozym und eine Zelle, jeweils nach einem der vorangehenden Ansprüche, uinfabt, und Bestimmen, ob Funktionsstörungen der Schilddrüse und/oder Hyperplasien der Schilddrüse und/oder Tumore der Schilddrüse vorliegen.
24. Verfahren nach Anspruch 23, dadurch gekennzeichnet, daß das Schilddrüsenmaterial ex vivo vorliegt.
25. Verwendung einer Nukleinsäure nach einem der Ansprüche 14 als Primer.
26. Primer zum Darstellen und/oder Screenen und/oder Detektieren einer Nukleinsäure, da durch gekennzeichnet, daß er zu einem Teil einer Nukleinsäuresequenz nach einem der An sprüche 14 komplementär ist.
27. Verfahren zum Darstellen einer Nukleinsäure, die eine Sequenz umfaßt, welche in Schild driisentumoren oder Strumen nachgewiesen werden kann, bei denen eine Translokation mit Bruchstelle in der chromosomalen Bande 19ql3 vorliegt, wobei die Sequenz innerhalb der chromosomalen Bande 19ql3 liegt, dadurch gekennzeichnet, daß das Verfahren die Schritte aufweist : Bereitstellen von Primem nach Anspruch 26, zum Durchführen einer Polymerase Kettenreaktion, Bereitstellen einer der Bande 19ql3 des humanen Chromosoms 19 entnommenen Nu kleinsäuresequenz oder einer Nukleinsäure nach einem der Ansprüche 14, Mischen der Nukleinsäuresequenz bzw. der Nukleinsäure mit den Primem, Durchfuhren einer PolymeraseKettenreaktion.
28. Pharmazeutische Zusammensetzung, dadurch gekennzeichnet, daß sie umfaßt : mindestens ein Agens, das ausgewählt ist aus der Gruppe, die eine Nukleinsäure, einen Vek tor, ein Polypeptid, eine Zelle, einen Antikörper, ein Ribozym, jeweils gemäß einem der vor angehenden Ansprüche, sowie Kombinationen davon umfaßt, und mindestens einen pharmazeutisch akzeptablen Träger.
Description:
Nukleinsäuresequenzen von Hyperplasien und Tumoren der Schilddrüse Dle vorliegende Erfindung beinffi eine Nukleins iure die für cin Polypeptid codiert wobei das Polypeptid eine KRAb-Domäne und/oder mindestens ein Zinkfinger-Motiv umfaßt.

Weiterhin betrifft die Erfindung Verktoren, Polypeptide, Zellen, Antikörper, Ribozyme, deren Verwendungen zur Diagnose und/oder Therapie von Funktionsstorungen der Schilddrüse und/oder Hyperplasien der Schifddrüse und/oder Schilddrüsennlrnoren sowie ihre Verwen- <BR> <BR> <BR> dungen zur. Hersteffung eines Medikaments, pharmazeutische Zusammensetzungen ; Kits so- wie Verfahren zum Nachweis von Funktionsstörungen der Schifddrüse. Hyperptasien der Schilddrüse und/oder Tumoren der Schilddrüse, Primer zur Darstellung der Nukleinsäure, Verfahren zur Darstellung der Nukleinsäure sowie eine pharmazeutische Zusammensetzung.

Die Bedeutung der Schilddrüse infolge ihrer Hormonproduktion für die Kontrolle des Wachstums und der Entwicklung des Körpers ist in der Medizin ebenso wie die mit einer Funktionsstörung dieser Drüse zumindest in einigen Fällen im wahrsten Sinne des Wortes augenfälligen Veränderungen seit langem bekannt.

Hinsichtlich der Pathogenese von Strumen und Schilddrüsentumoren allgemein ist es insbe- sondere auf molekulare Ebene noch nicht gelungen, eine umfassende Vorstellung zu ent- wickeln. Derzeit werden zwei Konzepte diskutiert, wobei eines davon ausgeht, daß das hy- perplastische Gewebe als infolge chronischer Stimulation durch ein trophisches Hormon, was letztendlich das Wachstum polyklonaler Knoten zur Folge hat, bedingt betrachtet wird. Dieses Konzept wird als nicht-neoplastische endokrine Hyperplasie (NNEH) bezeichnet. Das zweite Konzept geht davon aus, daß die Knoten echte klonale Tumoren darstellen.

Im Falle der Schilddrüse hat sich gezeigt, daß das auf andere Drüsen anwendbare einfache Konzept der nicht-neoplastischen endokrinen Hyperplasie nicht anzuwenden ist. Eine Über- sicht über die derzeit auf diesem Gebiet angestellten Überlegungen findet sich bei Studer, H.

(1995) ; Endocrine Reviews, Vol. 16, No. 4, Seiten 411-426.

Für die Behandlung von Strumen und Schilddrüsentumoren ist somit eine frühzeitige Diagno- se erforderlich, um geeignete therapeutische Konzepte zur Anwendung gelangen zu lassen.

Der vorliegenden Erfindung liegt die Aufgabe zugrunde, Mittel zur Diagnose und Therapie von Funktionsstörungen der Schilddrüse, Hyperplasien der Schilddrüse und Tumoren der Schilddrüse auf der molekularen Ebene bereitzustellen, insbesondere sollten Nuklein- säuresequenzen bereitgestellt werden, die an den Pathogenitätsmechanismen beteiligt und geeignet sind, diese weitergehend zu untersuchen sowie solche, die auf die Pat- hogenitätsmechanismen einwirken oder diese beeinflussen können.

Darüber hinaus sollen darauf aufbauende Medikamente sowie allgemein pharmazeutische Zusammensetzungen bereitgestellt werden.

Gleiches gilt für die aus den Nukleinsäuresequenzen abgeleiteten Polypeptide sowie darauf gerichtete Antikörper, Ribozyme und diese enthaltende pharmazeutische Zusammen- setzungen.

Desweiteren sollen Kits zur Diagnose und/oder Therapie von Funktionsstörungen der Schild- drüse, Hyperplasien der Schilddrüse und Tumoren der Schilddrüse ebenso wie Verfahren zum Nachweisen dieser zur Verfügung gestellt werden.

Erfindungsgemäß wird die Aufgabe durch eine Nukleinsäure gelöst, die für ein Polypeptid codiert, wobei das Polypeptid eine KRAB-Domäne und/oder mindestens ein Zinkfinger- Motiv umfaßt und die KRAB-Domäne die Aminosäuresequenz von SEQ ID NO : 1 umfaßt und das Zinkfinger-Motiv ein solches ist, wie es in der Zinkfinger-Domäne mit der Ami- nosäuresequenz von SEQ ID NO : 2 umfaßt ist.

Weiterhin wird die Aufgabe gelöst durch einen Vektor, der eine erfindungsgemäße Nuklein- säuresequenz enthält.

Schließlich wird die Aufgabe gelöst durch ein Polypeptid, das eine KRAB-Domäne und/oder eine Zinkfinger-Domäne umfaßt und das durch eine erfindungsgemäße Nukleinsäuresequenz codiert wird.

Darüber hinaus wird die Aufgabe geöst, durch eine Zelle, die einen erfindungsgemäßen Vektor enthält.

Weiterhin wird die Aufgabe gelöst durch einen Antikörper, der gegen ein erfindungsgemäßes Polypeptid gerichtet ist.

Desweiteren wird die Aufgabe erfindungsgemäß gelöst durch einen Antikörper, der gegen eine erfindungsgemäße Nukleinsäuresequenz gerichtet ist.

Die Aufgabe wird desweiteren erfindungsgemäß durch ein Ribozym gelöst, das gegen eine erfindungsgemäße Nukleinsäuresequenz gerichtet ist.

Außerdem wird die der Erfindung zugrundeliegende Aufgabe, Medikamente und pharmazeu- tische Zusammensetzungen, einschließlich derartiger Mittel, und insbesondere zur Diagnose und/oder Therapie von Funktionsstörungen der Schilddrüse, Hyperplasien der Schilddrüse und/oder Tumoren der Schilddrüse, bereitzustellen durch eine erfindungsgemäße Nuklein- säure, bzw. deren Verwendung, durch einen erfindungsgemäßen Vektor, bzw. dessen Ver- wendung, durch ein erfindungsgemäßes Polypeptid, bzw. dessen Verwendung, durch eine erfindungsgemäße Zelle, bzw. deren Verwendung, durch einen erfindungsgemäßen Anti- körper, bzw. dessen Verwendung, durch ein erfindungsgemäßes Ribozym, bzw. dessen Ver- wendung, und eine pharmazeutische Zusammensetzung gelöst, die ein Agens, das ausgewählt ist aus der Gruppe, die eine Nukleinsäure, einen Vektor, ein Polypeptid, eine Zelle, einen An- tikörper, ein Ribozym, jeweils gemäß der vorliegenden Erfindung, sowie Kombinationen da- von umfaßt, und einen pharmazeutisch akzeptablen träger umfaßt, gelöst.

Desweiteren wird die Aufgabe gelöst durch einen erfindungsgemäßen Kit zur Diagnose von funktioinsstörungen, Hyperplasien und Tumoren der Schilddrüse, wobei der Kit mindestens ein Element umfaßt, das ausgewählt ist aus der Gruppe, die eine Nukleinsäure, einen Vektor, ein Polypeptid, eine Zelle, einen Antikörper und ein Ribozym, jeweils gemäß der vorliegen- den Erfindung, umfaßt.

Das erfindungsgemäße Verfahren zum Nachweis von Funktionsstörungen, Hyperplasien und/oder Tumoren der Schilddrüse, welches die Schritte Kontaktieren des Schilddrü- senmaterials mit einem Agens, das ausgewählt ist aus der Gruppe, die eine Nukleinsäurese- quenz, einen Vektor, ein Polypeptid, einen Antikörper und ein Ribozym, jeweils gemäß der vorliegenden Erfindung, umfaßt, und Bestimmen, ob Funktionsstörungen, Hyperplasie und/oder Tumoren vorliegen, löst ebenfalls die der Erfindung zugrundeliegende Aufgabe.

Darüber hinaus wird die Aufgabe gelöst durch die Verwendung einer erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenz als Primer.

Außerdem wird die erfindungsgemäße Aufgabe gelöst durch einen Primer zum Darstellen und/oder Screenen und/oder Detektieren einer Nukleinsäure, der zu einem Teil einer erfin- dungsgemäßen Nukleinsäuresequenz komplementär ist. Die Sequenz dieses Primers kann auch durch Mutation oder Markierung einer erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenz her- vorgegangen sein.

Erfindungsgemäß wird die Aufgabe auch durch ein Verfahren zur Darstellung einer Nuklein- saure gelöst, die eine Sequenz umfaßt, welche in Schilddrüsentumoren nachgewiesen werden kann, bei denen eine Translokation mit Bruchstelle in der chromosomalen Bande 19q13 vor- liegt, wobei die Sequenz innerhalb der chromosomalen Bande 19q13 liegt, dadurch gekenn- zeichnet, daß das Verfahren die Schritte aufweist : -Bereitstellen von erfindungsgemäßen Primern zum Durchführen einer Polymerase- Kettenreaktion, -Bereitstellen einer der Bande 19ql3 des humanen Chromosoms 19 entnommenen Nu- kleinsäuresequenz oder einer erfindungsgemäßen Nukleinsäure, -Mischen der Nukleinsäuresequenz bzw. der Nukleinsäure mit den Primern, -Durchführen einer Polymerase-Kettenreaktion.

In einer Ausführungsform ist vorgesehen, daß die erfindungsgemäße Nukleinsäure die Nu- kleinsäuresequenz von SEQ ID NO : 3 umfaßt.

In einer weiteren Ausführungsform ist vorgesehen, daß die erfindungsgemäße Nukleinsäure an die Nukleinsäuresequenz von SEQ ID NO : 3 und/oder die Nukleinsäuresequenz hybridisie- ren kann, die für ein Polypeptid codiert, wobei das Polypeptid eine KRAB-Domäne und/oder eine Zinkfinger-Domäne umfaßt und die KRAB-Domäne die Aminosäuresequenz von SEQ ID NO : 1 umfaßt und die Zinkfinger-Domäne die Aminosäuresequenz von SEQ ID NO : 2 umfaßt.

In einer ausführungsform ist vorgesehen, daß die erfindungsgemäße Nukleinsäure minde- stens eine Mutation aufweist.

In einer Ausfiihrungsform ist vorgesehen, daß die erfindungsgemäße Nukleinsäure als anti- sense-Nukleinsäure für eine der erfindungsgemäßen Sequenzen ausgebildet ist.

Desweiteren kann vorgesehen sein, daß die erfindungsgemäße Nukleinsäure modifiziert ist.

Bei dem erfindungsgemäßen Vektor kann vorgesehen sein, daß dieser weiterhin mindestens ein Element umfaßt, das ausgewählt ist aus der Gruppe, die Promotoren, Terminatoren und Enhancer umfaßt.

In einer bevorzugten Ausführungsform ist vorgesehen, daß der Vektor ein Expressionsvektor ist.

In einer weiteren bevorzugten Ausführungsform ist vorgesehen, daß mindestens ein Promotor im Leserahmen mit einem für ein Polypeptid codierenden Teil einer (von) erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenz (en) ist.

In einer ganz besonders bevorzugten Ausführungsform ist vorgesehen, daß der Promotor ein eukaryontischer Promotor ist.

Desweiteren kann vorgesehen sein, daß der Vektor weiterhin eine zusätzliche Nukleinsäure- sequenz umfaßt, die im Leserahmen mit einem für ein Polypeptid codierenden Teil einer er- findungsgemäßen Nukleinsäuresequenz ist, wobei die zusätzliche Nukleinsäuresequenz aus der Gruppe von Nukleinsäuresequenzen ausgewählt ist, die Signalsequenzen und Sequenzen, die für Domänen von Proteinen codieren, umfaßt.

Bei den erfindungsgemäßen Polypeptiden kann vorgesehen sein, daß diese modifiziert sind.

Ebenso kann vorgesehen sein, daß das erfindungsgemäße Polypeptid durch konservative oder stille Aminosäuremutation einer erfindungsgemäßen Aminosäuresequenz hervorgegangen ist.

Bei der erfindungsgemäßen Zelle kann vorgesehen sein, daß eine erfindungsgemäße Nuklein- säuresequenz im Genom der Zelle integriert vorliegt.

In einer weiteren Ausführungsform der erfindungsgemäßen Zelle kann vorgesehen sein, daß eine erfindungsgemäße Nukleinsäuresequenz im humanen Chromosom 19 und insbesondere in Bande 19ql3 integriert vorliegt.

Desweiteren kann vorgesehen sein, daß die hinsichtlich humanem Chromosom 19 mindestens diploide Zelle nur ein Chromosom mit einer erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenz auf- weist.

In einer besonders bevorzugten Ausführungsform ist vorgesehen, daß die erfindungsgemäße Zelle eine eukaryontische Zelle ist.

Bei den erfindungsgemäßen Antikörpem kann vorgesehen sein, daß diese monoklonale Anti- körper sind.

In einer weiteren Ausführungsform kann vorgesehen sein, daß die erfindungsgemäßen Anti- körper modifiziert sind.

In einer Ausführungsform umfaßt das erfindungsgemäße Ribozym zumindest einen Teil einer erfindungsgemäßenNukleinsäuresequenz.

Es kann vorgesehen sein, daß ein erfindungsgemäßer Vektor und/oder eine erfindungsgemäße Zelle und/oder ein erfindungsgemäßes Ribozym zur Diagnose und/oder Therapie von Funkti- onsstörungen der Schilddrüse und/oder Hyperplasien der Schilddrüse und/oder Schilddrüsen- tumoren verwendet wird.

Es kann auch vorgesehen sein, daß ein erfindungsgemäßer Vektor und/oder eine erfindungs- gemäße Zelle und/oder ein erfindungsgemäßes Ribozym zur Herstellung eines Medikaments verwendet wird.

Bei dem erfindungsgemäßen Kit zur Diagnose und/oder Therapie von Funktionsstörungen, Hyperplasien und Tumoren der Schilddrüse kann insbesondere bei diagnostischer Anwen- dung des Kits vorgesehen sein, daß dieser eine der erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequen- zen und/oder einen der erfindungsgemäßen Antikörper, insbesondere einen solchen, der auf die erfindungsgemäßen Polypeptide gerichtet ist, zur Verwendung umfaßt.

In einer weiteren Ausfiihrungsform ist vorgesehen, daß der Kit mindestens eine erfindungs- gemäße Zelle umfaßt.

Weiterhin schlägt die Erfindung vor, daß bei therapeutischer Anwendung des erfindungsge- mäßên Kits dieser eine Nukleinsäuresequenz, ein Polypeptid, einen Antikörper und/oder ein Ribozym, jeweils entsprechend der vorliegenden Erfindung, umfaßt.

Bei dem erfindungsgemäßen Verfahren zum Nachweis von Funktionsstörungen, Hyperplasien und/oder Tumoren der Schilddrüse kann vorgesehen sein, daß das Schilddrüsenmaterial ex vivo vorliegt.

In einer Ausfiihrungsform der erfindungsgemäßen Verwendung einer erfindungsgemäßen Nukleinsäure kann vorgesehen sein, daß diese als Primer verwendet wird. Dabei kann bevor- zugt vorgesehen sein, daß, ausgehend von einem Strang einer erfindungsgemäßen Nuklein- säure, eine Nukleinsäuresequenz bestimmt wird, die mit einem Teil der erfindungsgemäßen Nukleinsäure hybridisieren kann, und daß diese Nukleinsäuresequenz synthetisiert wird.

Desweiteren kann bevorzugt vorgesehen sein, daß, ausgehend von dem anderen Strang, der zu dem zuvor verwendeten komplementär ist, eine Nukleinsäuresequenz ausgewählt wird, die mit einem Teil dieses komplementären Stranges hybridisieren kann, und daß diese Nuklein- säuresequenz synthetisiert wird.

Im folgenden soll hierin unter Tumoren sowohl maligne als auch benigne Tumoren verstan- den werden.

Der Erfindung liegt die überraschende Erkenntnis zugrunde, daß die in Gewebeproben von follikulären Schilddrüsentumoren, einschließlich Schilddrüsenkarzinomen, und Strumen be- obachteten Chromosomentranslokationen auf dem menschlichen Chromosom 19 die chromo- somale Bande 19ql3 einbeziehen, und daß insbesondere alle Bruchpunkte sich einer be- stimmten Nukleinsäuresequenz innerhalb der Bande 19ql3 zuordnen lassen, wie hierin offen- bart wird. Insbesondere scheinen die hierin offenbarten erfindungsgemäßen Nukleinsäuren Target-Nukleinsäuren für die Aberrationen 19ql3, insbesondere bei epithelialen Tumoren, zu sein. Target-Nukleinsäure bedeutet dabei, daß die beobachteten chromosomalen Aberrationen in der erfindungsgemäßen Nukleinsäure erfolgen oder in deren unmittelbaren Nachbarschaft.

In diesem Zusammenhang bedeutet umnittelbare Nachbarschaft in einer Entfernung von etwa 200 kbp. Als Bezugspunkt kann dabei sowohl das 3'-Ende der erfindungsgemäßen Nuklein- saure als auch das 3'-Ende der in Fig. 3 dargestellten cDNA (SEQ ID NO : 3) sein.

Weiterhin wurde überraschend gefunden, daß es möglich ist, Zellen zu erzeugen, die die Chromosomenveränderung, d. h. die Chromosomentranslokationen in der Bande 19ql3, auf- weisen, wie in Beispiel 2 gezeigt wird.

Schließlich wurde überraschenderweise noch festgestellt, daß die Sequenz, innerhalb der die Bruchpunkte der Chromosomentranslokationen liegen, im Schilddrüsengewebe und insbeson- dere im Schilddrüsentumorgewebe exprimiert wird.

Im Zusammenhang mit der vorliegenden Erfindung wird unter Zinkfinger-Domäne minde- stens ein Zinkfinger-Motiv und insbesondere eine Ansammlung von mindestens zwei Zink- finger-Motiven verstanden, obgleich ein jedes Zinkfinger-Motiv bereits für sich genommen dem Kriterium einer Domäne genügt, d. h. die Aminosäuresequenz des Zinkfinger-Motivs kann sich bereits als solches in eine stabil Tertiärstruktur falten. Insbesondere gilt es festzu- stellen, daß im Zusammenhang mit der vorliegenden Erfindung die als Zinkfinger-Domäne bezeichnete Struktur 12 Zinkfinger-Motive umfaßt. Die genaue Lokalisation dieser Zinkfin- ger-Motive ergibt sich auch aus Fig. 3 (dort werden die einzelnen Zinkfinger-Motive mit "ZF"bezeichnet). Des weiteren finden sich in Beispiel 12 die genauen Nucleotidgrenzen für die einzelnen Zinkfinger-Motive.

Gemäß der vorliegenden Erfindung können die erfindungsgemäße Nukleinsäure in verschie- denen Ausführungsformen verschieden ausgebildet sein. Ausschließlich zu Illustrationszwek- ken seien die folgenden Nukleinsäuren angeführt. Eine Ausfiihrungsform umfaßt die Nuklein- saure, die für die in SEQ ID NO : 1 dargestellte Aminosäure einer KRAB-Domäne kodiert.

Eine andere Ausführungsform der erfindungsgemäßen Nukleinsäure codiert für ein Zinkfin- ger-Motiv, wie es in der Aminosäuresequenz nach SEQ ID NO : 2 umfaßt ist. Genauer gesagt kann eine derartige Nukleinsäuresequenz eine oder mehrere der Nukleinsäuresequenzen um- fassen, wie sie für eine Aminosäuresequenz kodieren, die durch eine Nukleinsäuresequenz der Nukleotidpositionen 577-660,661-744,745-828,829-912,913-996,997-1080, 1081-1164,1165-1248,1249-1332,1333-1416,1417-1500 oder 1501-1575 (wie auch dargestellt in Beispiel 12) von Fig. 3 kodiert wird. Mit anderen Worten, die erfindungs- gemäße Nukleinsäure kann die Nukleinsäure von Position 577-660 umfassen oder weitere der durch die vorstehenden Nukleotidpositionen definierten Sequenzen. Weiterhin sind auch jene Sequenzen umfaßt, die die durch die oben genannten Nukleinsäurepositionen definierten Aminosäuresequenzen kodieren und von der in Fig. 3 angegebenen Nukleinsäuresequenz ab- weichen in Folge der Degeneriertheit des genetischen Codes. Schließlich sollen erfindungs- gemäß auch jene Nukleinsäuresequenzen umfaßt sein, die, bspw., die für die KRAB-Sequenz nach SEQ ID NO : 1 codierende Nukleinsäure und die Nukleinsäure entsprechend den Se- quenzpositionen 577 bis 660 (das erste Zinkfinger-Motiv der in Fig. 3 dargestellten cDNA und damit des Gens RITA) umfaßt. Bezeichnet man die für die KRAB-Domäne nach SEQ ID NO : 1 codierende Nukleinsäure mit A und die die in Fig. 3 dargestellten 12 Zinkfinger- Motive kodierenden Nukleinsäuren mit B 1, B2, etc. bis B 12, so umfaßt die erfindungsgemäße Nukleinsäure insbesondere jegliche Kombination von A mit mindestens einem Element der aus B 1 bis B 12 gebildeten Gruppe. Dabei kann auch vorgesehen sein, daß die aus den Ele- menten B 1 bis B 12 gebildete Gruppe auch solche Elemente umfaßt, die wiederum Kombina- tionen mindestens zweier der Elemente B 1 bis B 12 sind.

Mit den vorliegenden Nukleinsäuresequenzen eröffnen sich somit neue Möglichkeiten sowohl der Diagnose als auch der Therapie sowie der Untersuchung der mit dem Auftreten von Stru- men und Schilddrüsentumoren bzw. Schilddrüsenkarzinomen verbundenen Mechanismen.

Insbesondere wird durch Kenntnis der Sequenz die Möglichkeit gegeben, auf molekularer Ebene geeignete diagnostische bzw. therapeutische Mittel i. S. von-pharmazeutischen-Zu- sammensetzungen sowie Medikamenten mittelbar oder unmittelbar einzusetzen.

Die erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen können in für den Fachmann auf diesem Ge- biet bekannter Art und Weise für die Gestaltung geeigneter diagnostisch und therapeutisch einsetzbarer Mittel im obigen Sinne sowie Kits und Verfahren verwendet werden.

Unter Nukleinsäure sollen dabei sowohl DNA-Sequenzen als auch RNA-Sequenzen, ein- schließlich Hybriden davon, verstanden werden, einschließlich hiervon abgeleiteter Derivate mit geändertem Rückgrat. Dies schließt auch ein, daß die Nukleinsäuren einzelsträngig, dop- pelsträngig oder als Tripelstruktur vorliegen.

Es kann dabei ebenfalls vorgesehen sein, daß sich die Strängigkeit der DNA, d. h. ob diese beispielsweise einzelsträngig oder doppelsträngig vorliegt, über die Länge der Nuklein- säuresequenzändert.

Insbesondere kann auch vorgesehen sein, daß die erfindungsgemäße Nukleinsäuresequenz nicht vollständig, sondern als Fragment vorliegt.

Desweiteren ist es innerhalb des Umfangs der hierin vorliegenden Offenbarung, daß die Nu- kleinsäuresequenzen in mutierter Form vorliegen können. Unter Mutation sollen hierin alle dem Fachmann bekannten Mutationen, die innerhalb einer Nukleinsäuresequenz auftreten können, verstanden werden, einschließlich Punktmutationen sowie Nichtpunktmutationen, d. h. Inversionen, Insertionen und Deletionen.

Insbesondere unter dem Aspekt der Interaktion der erfindungsgemäßen Nukleinsäure mit an- deren Nukleinsäuren soll hierin das Kriterium der Hybridisierung herangezogen werden, wel- ches in der Technik allgemein anerkannt ist. Es wird anerkannt werden, daß durch Wahl ge- eigneter Hybridisierungsbedingungen die Stringenz der Hybridisierung innerhalb eines be- stimmten Bereiches verändert werden kann und somit eine Hybridisierung der erfindungsge- mäßen Nukleinsäuresequenzen an Nukleinsäuresequenzen möglich wird, deren Grad der Ab- weichung von der vollständig korrespondierenden, d. h. komplementären Sequenz schwanken kann.

Unter Nukleinsäuresequenz im erfindungsgemäßen Sinne soll auch jene Sequenz verstanden werden, die mit einer der erfindungsgemäßen Sequenzen hybridisieren würde, wenn nicht die Degeneration des genetischen Codes wäre. Dies bedeutet, daß mit Blick auf den in der erfin- dungsgemäßen Nukleinsäuresequenz vorhandenen offenen Leserahmen, bzw. die offenen Leserahmen, diese (r) unter Verwendung des genetischen Codes in eine Aminosäuresequenz translatiert werden kann/können. Infolge der Degeneration des genetischen Codes ist es je- doch möglich, ausgehend von der solchermaßen erhaltenen Aminosäuresequenz, wieder unter Verwendung des genetischen Codes eine Nukleinsäuresequenz zu gewinnen, die so ver- schieden ist, daß sie für sich genommen, mit der für die Bestimmung der Aminosäuresequenz herangezogenen Nukleinsäuresequenz möglicherweise nicht mehr hybridisieren kann.

Ausgehend von den hierin offenbarten Nukleinsäuren ist es für den Fachmann möglich, eine geeignete antisense-Nukleinsäure, inbesondere antisense-RNA zu erzeugen, die mit den erfin- dungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen interagieren kann. Aufgrund dieser Interaktion ist eine direkte Beeinflussung der die Nukleinsäuresequenzen involvierenden Vorgänge möglich. Die- se Interaktion kann beispielsweise auf der Ebene der Transkription ebenso wie auf der Ebene der Translation erfolgen.

Unter Nukleinsäuresequenzen sollen hierin allgemein Nukleinsäuresequenzen verstanden werden, die durch Isolierung aus dem genannten Gewebe in situ oder ex vivo, beispielsweise aus entsprechenden Zell-, Gewebe-oder Organkulturen, gewonnen werden können. Es sollen hierin jedoch auch entsprechende Nukleinsäuresequenzen verstanden werden, die aus Gen- banken, insbesondere menschlichen Genbanken und noch bevorzugter Genbanken des menschlichen Chromosoms 19, isolierbar sind. Desweiteren soll hierin der Begriff Nuklein- säuresequenzen auch solche umfassen, die mittels geeigneter Synthesetechniken herstellbar sind, einschließlich der Polymerasekettenreaktion, und anderen im Stand der Technik be- kannten, biochemischen und chemischen Syntheseverfahren.

Die erfindungsgemäßen Sequenzen können darüber hinaus modifiziert vorliegen.

Unter Modifikation soll hierin unter anderem Fragmentierung, Insertion, Deletion und Rever- sion von (Teil-) Sequenzen der erfinderischen Nukleinsäuresequenzen verstanden werden.

Dies schließt auch die Insertion anderer Nukleinsäuresequenzen ein. Diese Nukleinsäurese- quenzen können beispielsweise für bestimmte Domänen codieren, als Spacer dienen sowie Elemente zur Translations-und Transkriptionsregulierung dienen.

Weiterhin können die erfindungsgemäßen Nukleinsäuren dergestalt modifiziert sein, daß sie Sequenzen oder Moleküle umfassen, die eine Interaktion mit anderen Molekülen erlauben.

Dies kann beispielsweise in Form einer Bindungsstelle an einen festen Träger oder einer Se- quenz, die die Bindung an ein Nukleinsäure-bindendes Protein vermittelt, erfolgen.

Weiterhin können die erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen markiert sein. Hierin soll unter Markierung grundsätzlich sowohl direkte als auch indirekte Markierung verstanden werden. Eine Markierung kann unter Verwendung der im Stand der Technik bekannten Mar- kierungen sowie Markierungsverfahren erfolgen und schließt radioaktive, nicht-radioaktive und Fluoreszenzmarkierung ein. Nicht-radioaktive Markierungen umfassen, unter anderem, die Verwendung von Digoxygenin, Avidin, Streptavidin und Biotin.

Unter Vektor sollen hierin insbesondere rekombinante Vektoren, wie sie in der Technik be- kannt sind, verstanden werden. Derartige Vektoren schließen, unter anderem, virale Vektoren, wie beispielsweise adenovirale oder retrovirale Vektoren und Phagensysteme, sowie Plasmid- vektoren, einschließlich Cosmidvektoren, und künstliche Chromosomen, die in prokaryonti- schen und/oder eukaryontischen Systemen verwendet werden können, ein.

Neben den erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen können die erfindungsgemäßen Vek- toren weitergehende Elemente umfassen, die im Stand der Technik bekannt sind. Die jewei- ligen Elemente, wie, beispielsweise, Promotoren, Terminatoren und Enhancer, werden ent- sprechend dem jeweiligen Wirtszellsystem in für den Fachmann bekannter Art und Weise ausgewählt. Insbesondere ist hierbei an die Auswahl eines geeigneten eukaryontischen Pro- motors und eines induzierbaren Promotors gedacht. Neben den genannten Elementen ist es auch noch möglich, daß in derartigen Vektoren solche Elemente enthalten sind, die dazu füh- ren, daß zumindest die erfindungsgemäße Nukleinsäuresequenz, oder ein Teil davon, in das Genom des Wirtszellsystems integriert wird.

Es ist auch möglich, daß mindestens eines der genannten Elemente im Leserahmen ("in- frame") mit mindestens einem offenen Leserahmen der erfindungsgemäßen Nukleinsäurese- quenzen verbunden ist, und ganz besonders vorteilhaft ist es, wenn mittels eines zusätzlich eingeführten Promotors die Transkriptionsrate des speziellen offenen Leserahmens kontrol- liert wird, wobei der Promotor dann typischerweise in geeignetem Abstand und"in-frame" mit dem offenen Leserahmen ist.

Dabei kann weiterhin vorgesehen sein, daß ein offener Leserahmen der erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen, bevorzugt unter den vorgenannten Bedingungen, eine Signalsequenz aufweist, die eine Translokation des vom offenen Leserahmen codierten Genproduktes über eine Membran, und ggf. infolgedessen eine weitergehende Modifikation des Genprodukts erlaubt. Derlei Signalsequenzen schließen solche für den Transport des synthetisierten Pro- teins zum Endoplasmatischen Retikulum, Golgi-Apparat, zu Lysosomen, zu Zellorganellen, wie Mitochondrien und Chloroplasten, sowie zum Zellkern ein. Das solchermaßen mögliche Durchlaufen verschiedener zellulärer Kompartimente erlaubt eine posttranslationale Modifi- kation und damit ggf. eine weitergehende vorteilhafte Ausbildung des Genproduktes.

Neben Signalsequenzen kann ein derartiges Konstrukt auch zusätzliche Nukleinsäuresequen- zen enthalten, die dazu fiihren, daß das Genprodukt eines offenen Leserahmens der erfin- dungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen ein Fusionsprotein ausbildet, wobei der anfusionierte Teil einer Domäne eines anderen Proteins entsprechen kann und z. B. der Detektion des Gen- produktes des offenen Leserahmens der erfindungsgemäßen Sequenzen dient, oder der Inter- aktion mit anderen Molekülen bzw. Strukturen im biologischen System, wobei das biologi- sche System bevorzugt die Zelle ist.

Neben den vorgenannten und den weiteren sich für den Fachmann aus der Beschreibung er- gebenden Vorteile der erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen sind diese auch den aus den genannten Nukleinsäuresequenzen ableitbaren Polypeptiden inhärent. Diese Polypeptide können zum einen direkt aus einem offenen Leserahmen der erfindungsgemäßen Nu- kleinsäuresequenz abgeleitet werden, oder sind durch einen in einem Wirtsorganismus expri- mierten erfindungsgemäßen Vektor in für den Fachmann bekannter Weise herstellbar. Dabei wird typischerweise der Wirtsorganismus zunächst mit dem erfindungsgemäßen Vektor trans- formiert, der Wirtsorganismus vermehrt und das Polypeptid aus dem Wirtsorganismus, bzw. im Falle einer Sekretion desselben in das Medium, aus diesem gewonnen.

Neben einer direkten Verwendung der erfindungsgemäßen Polypeptide zur Beeinflussung des -zellulären-Geschehens in Schilddrüsengewebe kann dieses auch in der Reinigung, bei- spielsweise über Affinitätschromatographie, von am zellulären Geschehen beteiligten anderen Komponenten, oder zur Herstellung geeigneter Antikörper verwendet werden, die dann, u. a., ihrerseits zu therapeutischen und/oder diagnostischen Zwecken verwendbar sind.

In Abhängigkeit von den jeweils bestehenden Erfordernissen, wie posttranslationeller Modi- fikation oder erwünschtem Reinheitsgrad und dergleichen, kann bei Herstellung der erfin- dungsgemäßen Polypeptide in einem Wirtsorganismus entweder ein prokaryontischer oder ein eukaryontischer Wirtsorganismus von Vorteil sein.

Das erfindungsgemäße Polypeptid kann in geeigneter Weise modifiziert werden. Unter Modi- fikation soll, unter anderem, eine Fragmentierung, insbesondere Verkürzung, des Moleküls verstanden werden. Modifikation im hierin verwendeten Sinne beinhaltet auch die Markie- rung des Polypeptids. Letzteres kann mittels sowohl hochmolekularer als auch nieder- molekularer Verbindungen erfolgen und schließt die radioaktive, nicht-radioaktive und Fluo- reszenzmarkierung ein. Eine Markierung kann auch beispielsweise in Form einer Phosphory- lierung oder Glycosylierung des Proteins vorliegen. Entsprechende Markierungsverfahren bzw. Modifikationsverfahren sind in der Technik bekannt (siehe z. B. Protein Methods, 2"d ed., D. M. Bollag et al., Wiley Liss, Inc., New York, NY, 1996) und werden hierin vollum- fänglich aufgenommen.

Unter Modifikation wird erfindungsgemäß auch jede Form von posttranslationaler Modifika- tion, wie unter Fachleuten bekannt, verstanden, insbesondere proteolytische Verarbeitung des Polypeptids, Anhängen oder Abtrennen von Resten am N-Terminus, Acetylierung des N- Terminus, Myristoylierung des N-Terminus, Anhängen von Glycosyl-Phosphatidyl-Resten, Farnesyl-Resten oder Geranylgeranyl-Resten an den C-Terminus, N-Glycosylierung, O- Glycosylierung, Anhängen von Glycosaminoglycan, Hydroxylierung, Phosphorylierung, ADP-Ribosylierung und Bildung von Disulfidbrücken.

Ebenso ist daran gedacht, daß das erfindungsgemäße Polypeptid durch Aminosäuremutation aus einem erfindungsgemäßen Polypeptid hervorgegangen ist. Unter Aminosäuremutation wird sowohl eine Mutation verstanden, bei der eine Aminosäure durch eine in ihrer Seiten- kette ähnliche Aminosäure ausgetauscht wird (konservative Mutation), beispielsweise I zu L oder D zu E, sowie eine Mutation, bei der eine Aminosäure durch eine andere Aminosäure ausgetauscht wird, ohne daß dieser Austausch sich nachteilig auf die Funktion des codierten Polypeptids auswirkt (stille Mutation). Die Funktion des codierten Polypeptids kann durch einen geeigneten Assay überprüft werden. Ein solcher funktionaler Assay für die KRAB- Domäne bzw. die Zinkfinger-Domäne ist z. B. als Bandshift-Assay denkbar. Nützliche funk- tionale Assays sind in Margolin et al., 1994, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91 : 4509-4513 ; Witz- gall et al., 1994, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91 : 4514-4518, Andrews, N. C. and Faller, D. V.

1991, Nucleic Acids Res 19 (9) : 2499, Elser, B. et al, 1997 J Biol Chem 272 (44) : 27908-12, Fan, C. M. and Maniatis, T., 1989, Embo J 8 (1) : 101-110, Garner, M. M. and Revzin, A. 1981, Nucleic Acids Res 9 (13) : 3047-3060, Kadonaga, J. T. et al, 1987, Cell 51 (6) : 1079-1090, Pier- rou, S. et al., 1995, Anal Biochem, 229 (1) : 99-105, Singh, H. et al, 1986, Nature 319 (6049) : 154-158, Thiesen, H. J. and Bach, C., 1993, Ann N Y Acad Sci 684 : 246-249 sowie Vissing et al., 1995, FEBS 369 : 153-157 offenbart und werden hierin durch Bezugnahme mit einbezo- gen.

Ein erfindungsgemäßes Polypeptid kann eine KRAB-Domäne oder eine Zinkfinger-Domäne oder eine Kombination beider Domänen umfassen.

Ein erfindungsgemäßes Polypeptid kann insbesondere die in SEQ ID NO : 4 gezeigte Sequenz umfassen.

Mit den erfindungsgemäßen Zellen lassen sich weitergehende Vorteile realisieren. Diese um- fassen unter anderem die Herstellung entsprechender Nukleinsäuresequenzen bzw. daraus abgeleiteter Genprodukte.

Insbesondere die Insertion der erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen im Genom einer Zelle ist von besonderer Bedeutung, beispielsweise für das weitere Studium des Einflusses derartiger Sequenzen, insbesondere im zellulären Umfeld. Dabei können Gendosiseffekte und dergleichen untersucht bzw. zu diagnostischen und/oder therapeutischen Zwecken ausgenutzt werden. Ganz besonders vorteilhaft scheint dabei ein Zustand, bei dem ausgehend von diploi- den Zellen lediglich ein Chromosom die erfindungsgemäße Nukleinsäuresequenz, und bevor- zugt in der ihrer Position in Bande 19ql3 entsprechenden Position inseriert, enthält und das zweite Chromosom keine Chromosomentranslokation unter Einbeziehung der chromosoma- len Bande 19ql3 aufweist. Derartige Zellen können beispielsweise als Positiv-und/oder Ne- gativkontrolle in einem diagnostischen Ansatz dienen.

Im Lichte der hierin offenbarten technischen Lehre können sodann auch Antikörper gegen ein Genprodukt der erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen, aber auch gegen die Nu- kleinsäuresequenz selbst, hergestellt werden. Damit ergeben sich auch in diesem Falle die dem Fachmann allgemein aus dem Vorhandensein von Antikörpem gegen chemische Verbin- dungen bekannten Vorteile. Insbesondere ist damit beispielsweise eine Reinigung der ge- nannten Verbindungen möglich, deren Detektion, aber auch die Beeinflussung der biologi- schen Aktivität, auch der biologischen Verfügbarkeit, der Verbindungen, auf die der Antikör- per gerichtet ist, sowohl in situ, als auch ex vivo bzw. in vitro. Genauer gesagt können insbe- sondere unter Verwendung der monoklonalen Antikörper die Genprodukte spezifisch detek- tiert werden bzw. auf zellulärer Ebene eine Interaktion der Genprodukte bzw. Nukleinsäure- sequenz mit anderen zellulären Komponenten beeinflußt und somit spezifisch in das zelluläre Geschehen eingegriffen werden. In Abhängigkeit von der Wirkung der jeweiligen Verbindun- gen, auf die der Antikörper gerichtet ist und auf die er im betrachteten System seine Wirkung entfaltet, können prinzipiell stimulierende wie inhibierende Effekte erzielt werden.

Unter Antikörper werden hierin sowohl polyklonale Antikörper als auch monoklonale Anti- körper verstanden. Besonders bevorzugt jedoch sind monoklonale Antikörper aufgrund der erhöhten Spezifität. Es sind jedoch Anwendungsfälle denkbar, in denen zum einen die Rein- heit bzw. Spezifität von polyklonalen Antikörpern ausreichend bzw. die Vielzahl der bei po- lyklonalen Antikörpem realisierten Spezifitäten und anderen Eigenschaften in vorteilhafter Weise genutzt werden können. Die Herstellung u. Verwendung von Antikörpem ist in Anti- bodies : A Laboratory Manual (E. Harlow & D. Lane, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, 1988) beschrieben und wird hierin mit einbezogen.

Weiterhin ist es im Rahmen dieser Erfindung, daß der Antikörper auch ein einzelkettiger An- tikörper sein kann.

Es ist auch im Rahmen der vorliegenden Erfindung, daß der Antikörper fragmentiert, insbe- sondere verkürzt ist. Dies schließt ein, daß der Antikörper weitestgehend trunkiert ist, solange noch die Antikörper spezifische Eigenschaft, d. h. Bindung an ein definiertes Epitop, gegeben ist. Trunkierung ist besonders dann von Vorteil, wenn der entsprechende Antikörper auf zel- lulärer Ebene verwendet werden soll, da er gegenüber einem vollständigen Antikörper ver- besserte Permeations-und Diffusionseigenschaften aufweist.

Darüber hinaus sind auch noch andere Formen der Modifikation vorgesehen, die dem Fach- mann auf dem Gebiet bekannt sind und beispielsweise beschrieben sind in Antibodies : A La- boratory Manual (E. Harlow & D. Lane, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, 1988). Allge- mein kann festgehalten werden, daß die Modifizierung von Antikörpern prinzipiell in ähnli- cher Weise erfolgen kann, wie die von Polypeptiden und, in bestimmten Umfang, von Nu- kleinsäuren, und das hierzu oben Gesagte gilt sinngemäß auch für den erfindungsgemäßen Antikörper.

Mit Blick auf eine pharmazeutische Zusammensetzung, welche ein Ribozym neben dem pharmazeutisch akzeptablen Träger umfaßt bzw. die Verwendung des erfindungsgemäßen Ribozyms als Medikament, und insbesondere zur Behandlung von Funktionsstörungen, Hy- perplasien und Tumoren der Schilddrüse, ist es auch möglich, daß das Ribozym so konstruiert wird, das es spezifisch auf die erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen einwirkt und somit auch hier die Expression bzw. Translation auf zellulärer Ebene kontrolliert, was insbesondere unter therapeutischem aber auch diagnostischem Aspekt von Bedeutung ist. Dabei kann auf- grund der Tatsache, daß Ribozyme sowohl intra-als auch intermolekulare katalytische Wir- kungen zeigen, auch vorgesehen sein, daß die erfindungsgemaßen Nukleinsäuresequenzen dergestalt geändert werden, daß Bereiche ihrer selbst durch die Ribozymaktivität des geän- derten Bereiches gespalten werden. Auch hierin eröffnet sich eine insbesondere thera- peutische Möglichkeit, deren Ausgestaltung dem Fachmann im Lichte der nun vorhandenden Sequenzeninformation möglich ist.

Ribozyme sind, ähnlich den erfindungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen selbst, besonders dann von Vorteil, aber nicht nur dann, wenn sie, beispielsweise mittels Gentherapie, in die Effektorzelle eingebracht werden. Jedoch ist auch denkbar, daß entsprechende Modifikationen ex vivo vorgenommen werden und solchermaßen modifizierte Zellen dann zur Reim- plantation, entweder allogen oder autogen, zur Verfügung stehen. Die Herstellung und Ver- wendung von Ribozymen ist in Ribozyme Protocols (Philip C. Turner, Ed., Humana Press, Totowa, NY, 1997) offenbart und wird hierin mit einbezogen.

Hinsichtlich der Gestaltung des Kits zur Diagnose und/oder Therapie von Funktionsstörun- gen, Hyperplasie und Tumoren der Schilddrüse ist anzumerken, daß die genaue Gestaltung eines derartigen Kits, d. h. welche Komponenten explizit darin aufgenommen werden, dem Fachmann auf diesem Gebiet bekannt, und insbesondere möglich sind im Lichte der oben gemachten Ausführungen hinsichtlich der Wirkung bzw. Verwendbarkeit der hierin offen- barten Nukleinsäuresequenzen. Der erfindungsgemäße Kit wird in jedem Fall mindestens ei- nes der erfindungsgemaßen Elemente umfassen, das aus der Gruppe ausgewählt ist, die die Nukleinsäuresequenz, den Vektor, das Polypeptid, die Zelle, den Antikörper und das Ribo- zym, jeweils in ihrer erfindungsgemäßen Ausprägung, umfaßt. Hinsichtlich der Verwendung der erfindungsgemaßen Zellen ist insbesondere deren Verwendung als Reimplantat bzw. als Positiv-und/oder Negativkontrolle in entsprechenden diagnostischen bzw. therapeutischen Ansätzen möglich.

Bei dem erfindungsgemäßen Verfahren zum Nachweis von Funktionsstörungen und Hyper- plasien und/oder Tumoren der Schilddrüse, auch i. S. von Karzinomen und Strumen, ist es möglich, daß das Schilddrüsenmaterial in situ, ex vivo oder in vitro vorliegt Der Begriff "Schilddrüsenmaterial", wie hierin verwendet, bezeichnet Material, insbesondere zelluläres Material der Schilddrüse sowohl in deren normalem als auch pathogenem Zustand. Der Be- griff des Schilddrüsenmaterials umfaßt damit auch Material von Schilddrüsen mit einer Funktionsstörung, von Hyperplasien der Schilddrüse, von Tumoren der Schilddrüse, ein- schließlich Karzinomen und Strumen. Die Bestimmung, ob eine Funktionsstörung, Hyper- plasie und/oder Tumor vorliegt, erfolgt letztenende durch Vergleich der Wirkung des einge- setzten erfindungsgemäßen Agens bzw. Agenzien auf das zu untersuchende Schilddrüsenma- terial mit dessen/deren Wirkung auf"normales"Schilddrüsengewebe. Weitere Ausgestal- tungsformen des erfindunsgemäßen Verfahrens ergeben sich für den Fachmann auf der Grundlage der hierin enthaltenen Offenbarung.

Die oben gemachten Ausführungen hinsichtlich der verschiedenen Ausfiihrungsfoimen sowie den damit realisierbaren Vorteilen gelten sinngemäß auch für die erfindungsgemäßen Medi- kamente, und insbesondere für solche zur Diagnose und/oder Therapie von Funktionsstörun- gen, Hyperplasien und/oder Tumoren der Schilddrüse in Form der erfindungsgemäßen Se- quenz, bzw. deren Verwendung, in Form des erfindungsgemäßen Vektors, bzw. dessen Ver- wendung, in Form des erfindungsgemäßen Polypeptids bzw. dessen Verwendung, in Form der erfindungsgemäßen Zelle, bzw. deren Verwendung, in Form des erfindungsgemäßen Antikör- pers, bzw. dessen Verwendung und in Form des Ribozyms, bzw. dessen Verwendung, die hierin offenbart werden. Die entsprechenden Medikamente können einen Gehalt an einem oder mehreren der vorgenannten Agenzien aufweisen.

Gleiches gilt auch für die erfindungsgemäßen pharmazeutischen Zusammensetzungen. Dabei ist es möglich, daß eine pharmazeutische Zusammensetzung neben dem pharmazeutisch ak- zeptablen Träger nur eine der aufgeführten Verbindungen umfaßt. Alternativ ist es auch im Rahmen der Erfindung, daß die pharmazeutische Zusammensetzung mehrere der genannten Verbindungen neben dem pharmazeutisch akzeptablen Träger aufweist.

Unter pharmazeutisch akzeptablem Träger sollen hierin alle dem Fachmann bekannten Träger verstanden werden, die typischerweise in Abhängigkeit von der Applikationsform ausgewählt werden. Ein pharmazeutisch akzeptabler Träger kann, unter anderem, Wasser, Pufferlösun- gen, alkoholische Lösungen und dergleichen sein.

Hinsichtlich des erfindungsgemäßen Verfahrens zur Herstellung von Primern, sei darauf hin- gewiesen, daß es sich dabei um solche handelt, die eine spezifische Darstellung der erfin- dungsgemäßen Nukleinsäuresequenzen, bzw. Teilen davon, erlauben.

Bei dem erfindungsgemäßen Verfahren zur Darstellung einer erfindungsgemäßen Nukleinsäu- resequenz können, aus welcher Quelle auch immer, die erfindungsgemäßen Nukleinsäurese- quenzen bzw. diesen entsprechende Sequenzen unter Verwendung von erfindungsgemäßen Primern als Primer für eine Polymerasekettenreaktion, in all ihren verschiedenen Ausführun- gen, verwendet werden. Das Design geeigneter Primer sowie die Durchführung von Polyme- rase-Kettenreaktionen ist in PCR & PCR 2 : A practical approach (M. J. McPherson, P. Quirke und G. R. Taylor, Eds., IRL Press, Oxford, England 1991, & M. J. McPherson und B. D. Ha- mes, Eds., IRL Press, Oxford, England 1995) offenbart und wird hierin mit einbezogen.

Weitere Merkmale und Vorteile der Erfindung ergeben sich aus den Figuren, dem Sequenz- protokoll sowie den nachfolgenden Beispielen.

Dabei zeigt : Figur la : eine Metaphase der Zellinie S-121T/SV40 mit t (5 ; 19) (ql3 ; ql3) nach G- Bandenfärbung ; Chromosom 19, Derivat-Chromosom 19 (=, der (19)") und Derivat-Chromosom 5 (=,, der (5)") sind mit Pfeilen markiert ; Figur lb : dieselbe Metaphase nach FISH mit dem PAC-Klon 19/B ; die Hybridisierungs- signale sind auf Chromosom 19, der (19) und der (5) lokalisiert ; Figur 2 : die genomische Struktur eines Gens, das im folgenden als RITA bezeichnet (Rearranged in thyroid adenomas), dem Gen, das an spezifischen 19ql3- Translokationen in Schilddrusentumoren beteiligt ist. Graue Boxen repräsentie- ren die codierenden Regionen, die zu einem offenen Leserahmen von Exon 3 bis Exon 5 gehören, während 5'-oder 3'-nicht-translatierte Regionen als weiße Boxen wiedergegeben sind. Die unter der Exon-Intron-Struktur gezeigten Pfeile repräsentieren cDNA-Klone aus den Datenbanken. Die Pfeilspitzen zei- gen die Sequenzierungsrichtung für diese Klone an. Die Quelle der RNA/cDNA ist durch einen einzelnen Buchstaben in Klammern hinter der Genbank-Zugangsnummer jedes Klons angezeigt (a : Gesamtfötus, b : fötales Herz, c : fötale Leber/Milz, d : Lunge, e : Augen-Retina, f : Epiphyse, g : Brust, h : Eierstock-Cortical-Stroma, i : Milchgang-Brusttumore, j : Jurkat-T-Zellen, k : Keimzelltumor, 1 : neuroendocrines Lungenkarzinom, m : Testis). Ausgefüllte Balken im unteren Teil der Figur repräsentieren die Position von Teilen von Cosmid 15841 und PAC19/B in Bezug auf RITA ; die Abkürzungen"cen"bzw.

"tel"betreffen die Lage des Centromers bzw. des Telomers in Bezug auf RITA ; die Orientierung des Gens ist von links nach rechts in der Figur telo- merwärts.

Figur 3 : cDNA-Sequenz von RITA, die ebenso die Größe der Exons einschließt, den offenen Leserahmen und die daraus abgeleitete Aminsäuresequenz des offenen Leserahmens. Die Regionen, die der KRAB-Domäne und den Zinkfinger- Motiven (ZF) entsprechen, sind durch schwarz umrandete Balken aufgezeigt ; Figur 4 : Expressionsstudien von RITA : Northemblot-Analyse von Poly (A) +-RNA, die aus Myometrium, Testis, Schilddrüse, Zellinie S40.2T/SV40 und Zellinie S121T/SV40 isoliert worden ist, die zwei Transkripte von ungefähr 4,7 kbp und 5 kbp verschiedener Intensität in Myometrium, Testis und Schilddrüse (Spuren 1-3) offenbart. Ein zusätzliches Transkript von ungefähr 2,1 kbp wird ausschließlich in Testis gefunden (Spur 2). Zellinien S40.2T/SV40 und S121T/SV40 (Spuren 4-5) exprimieren zwei unterschiedliche Transkripte von näherungsweise 5,5 kbp bzw. 6,2 kbp. Auf die Expressionsstudien wird unter anderem in Beispiel 15 eingegangen.

Beispiel 1 Von Gewebeproben follikulärer Schilddrüsenturnoren (n=33), Strumen (n=236) und von nor- malem, d. h. histologisch unauffälligem Schilddrüsengewebe (n=20) wurden Zellkulturen an- gesetzt und diese Zellkulturen für eine Chromosomenanalyse aufgearbeitet. Zellkultur und Chromosomenpräparation und-darstellung erfolgten wie bei Belge et al. (Belge, G., Thode, B., Bullerdiek, J., Bartnitzke, S., 1992 ; Cancer Genet. Cytogenet. 60,23-26) beschrieben. 4 von 33 Adenomen und 5 von 236 Strumen wiesen Chromosomentranslokationen unter Einbe- ziehung der chromosomalen Bande 19ql3 auf, während sich eine entsprechende Chromoso- menveränderung bei keiner Probe des normalen Schilddrüsengewebes fand.

Beispiel 2 Zellkulturen von Tumoren mit Aberrationen der Bande 19ql3 wurden benutzt, um daraus Zellinien für weiterführende Experimente herzustellen. Als Methode dazu wurde ein Teil des SV40 Genoms mit der Calcium-Phosphat-Präzipitationsmethode in die Zellen transfiziert wie von Kazmierczak et al. (Kazmierczak, B., Bartnitzke, S., Hartl, M., Bullerdiek, J., 1990 ; Cytogenet. Cell Genet. 53,37-39) beschrieben. Es konnten 3 Zellinien etabliert werden, die jeweils das normale Chromosom 19 und die aus der Translokation resultierenden Derivat- Chromosomen enthielten (Tab. 1).

Tabelle l : Übersicht über die von Primärtumoren abgeleiteten Zellinien Lab.Code Material Karyotyp S-121 Adenom 46, XX, t (5 ; 19) (ql3 ; ql3) S141.2 Struma 46,XX,t(2;19)(p13;q13) S40.2 Struma 46,XX,t(1;19)(p35 oder p36, 1;q13) Beispiel 3 Zellinien mit t (5 ; 19) (ql3 ; ql3) und t (1 ; 19 (p35-p36.1 ; ql3) wurden durch Transfektion mit ei- nem Konstrukt erhalten, das das SV40 large-T-Antigen enthält, wie zuvor berichtet (Kazmierczak et al., 1990 ; Cytogenet Cell Genet 53 : 37-39) ; Belge et al., 1992, Cell Biol. Int.

Rep., 16 : 339-347).

Beispiel 4 Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (FISH)-Analysen wurden nach GTG-Bandenfarbung der- selben Metaphasenpräparationen durchgeführt. Die Behandlung der Metaphasen und darauf- folgende FISH-Experimente wurden unter Verwendung des Protokolls von Kievits et al., (1990, Cytogenet. Cell Genet. 53 : 134-136) durchgeführt. Cosmid-und PAC-DNA wurde mit Biotin-14-dATP durch Nick-Translation markiert (Gibco BRL, Life Technology GmbH, Eg- genstein, Deutschland). Für jede Cosmid-oder PAC-Sonde wurden 20 Metaphasen unter- sucht. Chromosomen wurden mit Propidiumiodid gegengefarbt, auf einem Zeiss-Axiophot- Fluoreszenzmikroskop, unter Verwendung eines FITC-Filters (Zeiss) analysiert und mit dem Power Gene Karyotyping System aufgenommen (PSI, Halladale, U. K.).

Beispiel 5 Um PAC-Klone zu erhalten, die Cosmid 15841 entsprechen, das aus der Chromosom-19- spezifischen Cosmid-Bibliothek von Lawrence Livermore National Laboratory isoliert wor- den war (Trask et al., 1992, Genomics 14 : 162-167 ; Ashworth et al., 1995, Nat. Genet. 11 : 422- 427), wurde das Cosmid subkloniert und unter Verwendung der Primer M13universal und M13reverse auf einen 373 DNA-Sequencer (Applied Biosystems, Weiterstadt, Deutschland) sequenziert. PAC-Klone wurden dann durch Screenen einer humanen PAC-Bibliothek (Ge- nome Systems, St. Louis, USA) erhalten unter Verwendung eines Satzes Primer, die der Se- quenz von Cosmid 15841 entsprachen. PAC19/B wurde in drei Klon-Anordnungen subklo- niert. Als erstes wurden EcoRI-verdaute DNA-Fragmente in den pGEMl lzf (+)-Vektor (Pro- mega, Madison, USA) kloniert. Zwei weitere Klon-Anordnungen wurden hergestellt durch Scherung der DNA, um Zufallsfragmente mit einer durchschnittlichen Größe von 1 kbp bzw.

3 kbp zu produzieren, und durch Klonierung in den pTZ19R-Vektor (MBI Fermentas, Am- herst, USA). EcoRI-und BamHI-verdaute DNA-Fragmente von Cosmid 15841 (Trask et al., 1991, Somat. Cell Mol. Genet. 17 : 117-36) f ; Trask et al., 1992, aaO ; Ashworth et al., 1995, aaO) wurden ebenso in den pGEMl lzf (+)-Vektor kloniert. Sequenzierung wurde mit Stan- dard-und internen Primem durchgeführt unter Verwendung eines ABI 373A-Sequenzers.

Beispiel 6 Alignment der Sequenzen und PCR-Primem wurde mit dem Lasergene-Softwarepaket (DNA- star, Madison, USA) durchgeführt. Analysen auf Sequenzhomologien wurden unter Verwen- dung des BLAST-Programms von NCBI durchgeführt (Altschul et al., 1997, Nucl. Acids Res.

25 : 3389-3402). Zur Genvorhersage und-zusammenbau wurde GENSCAN verwendet (Burge und Karlin, 1997, J. Mol. Biol. 268 : 78-94).

Beispiel 7 Gesamt-RNA wurde aus den zwei Zellinien und normalen Erwachsenengeweben unter Ver- wendung von TRIzoI-Reagen isoliert (Gibco BRL, Life Technologies GmbH, Eggenstein, Deutschland), auf der Grundlage des Einschritt-Säure-Phenol-RNA-Isolierungsverfahrens (Chomczynski und Sacchi, 1987, Anal. Biochem. 162 : 15-159). Poly (A) +-RNAs wurden mit Oligotex dC, 0T30-Adsorption aufgereinigt (QIAGEN, Hilden, Deutschland). Annähernd 5 gg der Poly (A) +-RNAs wurden denaturiert und auf einem 1 %-Agarose/6 % Formaldehydgel fraktioniert und auf eine Hybond-N+-Nylonmembran übertragen (Amersham Pharmacia, Frei- burg, Deutschland). Als eine molekulare Sonde wurde ein partieller cDNA-Klon (bp 17-1108) des vermuteten Gens (RITA) (Rearranged in thyroid adenomas) verwendet. Die Sonde war mit 32p markiert unter Verwendung eines Random-Primer-Extensions-Protokolls (Feinberg und Vogelstein, 1983, Anal. Biochem. 132 : 6-13). Für sowohl Prähybridisierung als auch Hy- bridisierung wurde die ExpressHyb-Hybridisierungslösung (Clontech Laboratories, Palo Alto, USA) verwendet. Prähybridisierung wurde finir 30 Minuten und Hybridisierung für eine Stun- de bei 68°C durchgeführt. Die Membranen wurden zweimal für 20 Minuten bei Zimmertem- peratur in 2 x SSC/0,05 % SDS und zweimal für 20 Minuten bei 68°C in 0,1 x SSC/0, 1 % SDS gewaschen. Signale wurden sichtbar gemacht unter Verwendung eines STORM- Phosphorimager (Molecular Dynamics, Sunnyvale, USA) oder durch Autoradiographie.

Beispiel 8 Standard-PCR-Amplifizierung wurde in einem Endvolumen von 50 ul durchgeführt. Unge- fähr 60 ng Matrize wurde amplifiziert in einer Standard-PCR-Reaktion mit 400 nM jedes Primers, 300 uM dNTPs, 1 x PCR-Puffer (enthaltend 1,5 mM MgC12) und 2,5 U AmpliTaq (Perkin Elmer Applied Biosystems, Weiterstadt, Deutschland).

Alu-PCR wurde verwendet, um genomische Sequenzen oder eng überlappende Fragmente (close sequencing contigs) zu erhalten. Genspezifische Primer wurden designed unter Ver- wendung von Teilsequenzen von RITA und Sequenzen von PAC19/B oder Cosmid 15841- Subklonen. 400 nM des genspezifischen Primers wurden verwendet für eine Alu-PCR- Reaktion zusammen mit 100 nM-Primer TCCCAAAGTGCTGGGATTACAG bzw.

CTGCACTCCAGCCTGG. PCR-Produkte wurden auf einem 1,5 % Agarosegel aufgetrennt, die interessierenden Banden ausgeschnitten, aus den Gelschnitten aufgereinigt mit Glass- Bead-Techniken (QIAExII Gel Isolation Kit, QIAGEN, Hilden, Deutschland), in den pCR2.1- Vektor kloniert (Invitrogen, San Diego, USA) und DNA-Sequenzanalyse unterworfen.

Beispiel 9 Um eine RITA-spezifische cDNA-Sonde, erzeugt durch RT-PCR, zu erhalten, wurde Gesamt- RNA aus normalen Fibroblasten-Primärkulturen unter Verwendung von TRIzol-Reagent (Gibco BRL, Life Technologies GmbH, Eggenstein, Deutschland) isoliert. Gesamt-RNA wurde denaturiert und auf einem 1 % Agarose/6 % Formaldehyd-Gel zur Qualitätskontrolle fraktioniert. 5 ug der Gesamt-RNA wurde revers-transkribiert in einen ersten Strang cDNA mit M-MLV-Reverse Transcriptase (Gibco BRL, Life Technologies, Eggenstein, Deutsch- land) unter Verwendung von Primer AAGGATCCGTCGACATCT (17) als Start für die Tran- skription. Extension wurde durchgeführt für 45 Minuten bei 42°C in einem Volumen von 20 pi 1 des Reaktionsgemischs wurde verwendet als Matrize in einer Standard-PCR-Reaktion unter Verwendung von Primern ACGCAACCGCTGTGTCTCC und AGGCCTTCCCACATTCTTGAC zur Amplifizierung von Exon 1 bis Exon 5 von RITA. Als Kontrolle für die cDNA-Qualität wurde GAPDH-Expression mit einer Standard-RT-PCR- Reaktion überprüft, unter Verwendung von Primern GGTGAAGACGCCAGTGGACTC und GTGAAGGTCGGAGTCAACG.

Beispiel 10 Mit Hilfe der Fluoreszenz in situ Hybridisierung (FISH) wurde die Lage von Cosmid-Klonen der Chromosom-19-spezifischen Cosmid Library des Lawrence Livermore National Labora- tory, Livermore, Kalifomien, USA, in ihrer Lage relativ zum Bruchpunkt der chromosomalen Translokation bestimmt.

In zwei Zellinien mit den Translokationen t (5 ; 19) (ql3 ; ql3) bzw. t (1 ; 19) (p35-p36.1 ; ql3) wurde die Chromosom-19-Bruchstelle mit FISH-Analyse zwischen Cosmid-Klonen 15841 & 29573 lokalisiert. Diese Klone sind aus der Chromosom-19-spezifischen Cosmid-Bibliothek des Lawrence Livermore National Laboratory (Trask et al. 1992, Genomics 14 : 162-167 ; As- hworth et al. 1995, Nat. Genet. 11 : 422-427) isoliert.

Beispiel 11 Aus der unter Beispiel 1 genannten Tumorserie wurden weitere Tumoren mit Aberrationen der chromosomalen Bande 19q13 ausgesucht (Tab. 2). Metaphasenpräparationen dieser Tu- moren wurden für die Fluoreszenz in situ Hybridisierung verwendet. Auch hier zeigte sich, daß alle Bruchpunkte innerhalb des zuvor definierten Segmentes lagen.

Tabelle 2 : Übersicht über die in die FISH eingesetzten Primärtumoren Lab. Code Material Karyotyp S-172 Struma 46, XX, t (2 ; 19)(q13 ; q13) S-216 Adenom 46, XX, t (10 ; 19) (q24 ; q13) Beispiel 12 Um PAC-Klone zu erhalten, die die Region der chromosomalen Bruchstellen abdecken, wur- de ein Satz Primer designed, der der Sequenz von Cosmid 15841 entspricht. Dieser Satz Pri- mer wurde verwendet, um eine humane PAC-Bibliothek (Genome Systems, St. Louis, USA) zu screenen. Das Screenen führte zu zwei PAC-Klonen, die hierin als PAC19/A bzw. PAC19/B bezeichnet werden. Diese Klone wurden zunächst für FISH-Studien an der Zellinie S-121T/SV40 verwendet, die eine Translokation t (5 ; 19) (ql3 ; ql3) zeigte. Mit dem PAC-Klon 19/A wurden Signale auf dem normalen Chromosom 19 und dem der (19)-Chromosom nach- gewiesen. Im Gegensatz hierzu zeigt PAC-Klon 19/B Signale auf dem normalen Chromosom 19, auf dem der (19)-Chromosom und auf dem der (5)-Chromosom. Somit überspannt PAC19/B die Bruchstelle dieser Zellinie. Weitere FISH-Studien mit PAC19/B an Zellen der zweiten Zellinie mit Translokation t (1 ; 19) (p35 oder p36.1 ; ql3) offenbarte Hybridisierungs- signale, die sich sowohl auf das normale Chromosom 19 als auch auf beide Derivatchromo- somen kartieren ließen, was andeutet, daß dieselbe Bruchstellenregion bei dieser Translokati- on beteiligt war.

Die DNA-Sequenzanalyse von einem der Subklone, die von dem PAC-Klon PAC19/B abge- leitet waren, offenbarte eine Sequenzhomologie mit mehreren cDNA-Klonen aus den Daten- banken. Ein Vergleich von EST-Sequenzen mit der genomischen Sequenz des PAC-Klons ermöglichte die Rekonstruktion der Struktur des Gens, einschließlich der Bestimmung seiner Exon-Intron-Grenzen. Die Gesamtgröße der soweit klonierten cDNA ist 2015 bp, jedoch stellt dies u. U. noch nicht die cDNA in ihrer gesamten Länge dar.

Was die genomische Struktur anbetrifft, hat das Gen 5 Exons. Ein Teil von Exon 5 entspricht der 3'-nicht-translatierten Region, während sein verbleibender Teil eine Krüppel-artige Zink- fingerregion (engl. :"Kriippel-like zinc finger region") codiert (Schuh et al., 1986, Cell, 47 : 1025-1032 ; Bellefroid et al., 1989, DNA, 8 : 377-387). Wegen der hohen Homologie von Exon 4 mit Teilen von ZNF 140 (Vissing et al., 1995, FEBS, 369 : 153-157) und ZNF 91 (Bellefroid et al., 1993, EMBO J., 12 : 1363-1374) kann geschlossen werden, daß dieser Teil des Gens für eine KRAB-A-Domäne codiert (Bellefroid et al., 1991, Proc. Nacl. Acad. Sci., USA, 88 : 3608-3612 ; Rosati et al., 1991, Nucl. Acids. Res., 19 : 5661-5667). Exon 3 enthält ein mutmaßliches Initiationscodon, das auf die Konsensussequenz A/GCCATGG paßt (Kozak M. 1987, J. Mol. Biol. 196 : 947-950), weshalb Exon 1-3 die 5'-nicht-translatierte Region darstellen könnten. Die genannten Literaturstellen werden durch Bezugnahme mit einbezo- gen.

Die Lage der einzelnen Exons ist wie folgt : Exon 1 : Nukleotide 1-49 ; Exon 2 : Nukleotide 50-113 ; Exon 3 : Nukleotide 114-195 ; Exon 4 : Nukleotide 196-322 ; Exon 5 : Nukleotide 323-2014.

Die für RITA codierende Sequenz erstreckt sich von Nukleotid 187-1575. Zwischen Nu- kleotid 1683 und Nukleotid 1689 befindet sich ein Poly (A)-Signal. Die KRAB-Domäne wird durch Nukleotide 196-322 codiert.

Hier wird unter Motiv ein Sequenzabschnitt auf DNA und/oder Proteinebene verstanden, der sich unter Abwandlungen oder identisch innerhalb der Sequenz wiederholt. Unter Proteindo- mäne wird eine Polypeptidkette oder der Teil einer Polypeptidkette verstanden, der sich unab- hängig in eine stabile Tertiärstruktur falten kann. Zinkfinger-Motive sind, wie auch in Figur 3 zu sehen ist, bei folgenden Nukleotiden zu finden : 1. Nukleotide 577-660 ; 2. Nukleotide 661-744 ; 3. Nukleotide 745-828 ; 4. Nukleotide 829-912 ; 5. Nukleotide 913-996 ; 6. Nukleotide 997-1080 ; 7. Nukleotide 1081-1164 ; 8. Nukleotide 1165-1248 ; 9. Nukleotide 1249-1332 ; 10. Nukleotide 1333-1416 ; 11. Nukleotide 1417-1500 ; 12. Nukleotide 1501-1575.

Die genannten Zinkfinger-Motive werden von der Zinkfinger-Domäne umfaßt.

Das in SEQ ID NO : 4 dargestellte Polypeptid, das durch die in SEQ ID NO : 3 dargestellte cDNA codiert wird, hat eine relative Molekülmassee von 53.737,79 Daltons, umfaßt 436 Aminosäuren, von denen 81 K bzw. R sind (basische Aminosäuren), 54 Aminosäuren D bzw.

E sind (saure Aminosäuren), 96 A bzw. I bzw. L bzw. F bzw. W bzw. V sind (hydrophobe Aminosäuren) und 144 Aminosäuren N bzw. C bzw. Q bzw. S bzw. T bzw. Y (polare Ami- nosäuren) sind. Der isoelektrische Punkt beträgt 8,9.

Die transkriptionelle Orientierung des Gens ist in Richtung auf das Telomer, wie aus den fol- genden Resultaten abgeleitet werden kann : Mit Hilfe von FISH wurde Cosmid 15841 nur auf das der (19)-Chromosom kartiert, aber in beiden Zellinien wurden Signale von PAC 19B dem der (19)-Chromosom sowie dem der (5)-Chromosom oder dem der (l)-Chromosom zugewie- sen. Andererseits konnte mit Hilfe von PCR unter Verwendung von für einzelne Exons spezi- fischen Primem gezeigt werden, daß Cosmid 15841 nur die Exons 3-5 des Gens enthält, wäh- rend PAC19/B alle soweit identifizierten Exons enthält. Deshalb erfolgt die Überlappung zwi- schen den beiden Klonen im 3'-Teil des Gens.

Ein typisches Poly (A)-Signal liegt bei bp 1684. Eine alternative Poly (A)-Stelle AAATGAAAA liegt 30 bp stromaufwärts vom 3'-Ende.

Northernblot-Hybridisierung einer Sonde, die für das Gen spezifisch ist (bp 17-1108), auf Poly (A) +-Northernblots offenbarte eine Hybridisierung an zwei Transkripte von näherungs- weise 4,7 kbp bzw. 5 kbp in normalem Schilddrüsengewebe und in Myometrium. In RNA aus Testis wurde eine zusätzliche starke Bande von 2,1 kbp nachgewiesen. Keines dieser Tran- skripte konnte in den zwei Zellinien mit 19 q-Aberrationen gefunden werden, die statt dessen zwei unterschiedliche Transkripte von ungefähr 5,5 kbp und 6,2 kbp exprimierten.

Beispiel 13 Von den oben genannten Zellinien und von in flüssigem Stickstoff konserviertem Material der zwei Primärtumoren mit den 19ql3-Aberrationen wurde nach Standardverfahren RNA isoliert und diese RNA für Northern-Blots benutzt. Nach Hybridisierung mit der cDNA des Gens RITA zeigten sich deutliche Banden, die den Schluß zulassen, daß Sequenzen dieses PAC- Klons einem Gen zugehören, das in follikulären Schilddrüsentumoren exprimiert wird.

Beispiel 14 Mittels der unter den Beispielen 1 und 5 beschriebenen Methoden wurden Chromosomena- nalysen und molekular-zytogenetische Untersuchungen an 5 follikulären Schilddrüsencar- cinomen durchgeführt. Bei zwei dieser Tumoren zeigten sich bei komplexen Karyotypverän- derungen u. a. ebenfalls Translokationen mit Bruchpunkten in 19ql3. Die ebenfalls durch- geführte FISH ergab eine Lokalisation der Bruchpunkte innerhalb des von PAC (PAC19/B) abgedeckten Bereiches.

Beispiel 15 Daß das hierin offenbarte Gen bzw. die hierin offenbarten Nukleinsäuresequenzen das Target- Gen der 19ql3-Aberrationen, und insbesondere von 19ql3-Translokationen in Schilddrüsen- tumoren, ist, wird durch drei experimentelle Befunde nahegelegt.

1. Die Bruchstellen sind intragenisch oder nicht mehr als 200 kbp außerhalb der 5'-und 3'- Enden des Gens, was entweder die Bildung eines Fusionsgens oder die transkriptionale Dere- gulierung des Gens nahelegt.

2. Hinsichtlich des Expressionsmusters des Gens scheint es, daß das Gen in einer Vielzahl normaler Gewebe exprimiert wird wie von Datenbank-Eintragungen und den oben beschrie- benen Northernblot-Resultaten gezeigt wird. Nichtsdestotrotz sind in normalem Gewebe drei verschiedene Transkripte gefunden worden, von denen das kleinste nur in testikularem Gewe- be nachgewiesen werden konnte, während die zwei größeren Transkripte ubiquitär exprimiert werden. Im Gegensatz ist ein einzigartiges, ungewöhnliches Expressionsmuster für das Gen RITA nur in den zwei Zellinien mit den Translokationen t (5 ; 19) (ql3 ; ql3) bzw. t (1 ; 19) (p35- p36.1 ; ql3) nachgewiesen worden.

3. Die Struktur des Gens legt seine Beteiligung an Transkriptionsregulierungen nahe. Sein Genprodukt, das RITA-Protein, gehört zu der Klasse der KRUPPEL-assoziierten Box (KRAB)-Zinkfinger-Proteinen (Bellefroid et al., 1991, aaO ; Rosati et al., 1991, aaO).

Diese Proteine bilden eine große Unterfamilie, bei der die KRAB-A-Domäne als eine potente Transkriptionsrepressor-Domane identifiziert worden ist (Margolin et al., 1994, Proc. Natl.

Acad. Sci. USA 91 : 4509-4513). Es ist geschätzt worden, daß mehrere hundert Gene, die für Krüppel-artige Proteine codieren, im Säugetiergenom existieren (Bellefroid et al., 1991, aaO).

Gene, die für KRAB-Zinkfinger-Proteine codieren, machen ungefähr ein Drittel dieser aus.

Die Bindung des Transkriptionsrepressor-Proteins Kid-l, einem weiteren KRAB-Zinkfinger- Protein, an eine individuelle DNA-Struktur, ist vor kurzem demonstriert worden (Elser et al., 1997, J. Bio. Chem. 272 : 279908-27912). Auf den ersten Blick legt die mögliche Funktion von RITA als Transkriptionsregulator die Vermutung nahe, daß die 19ql3-Translokationen über einen Verlust an Funktion wirken (loss-of-function). Andererseits legt der Mangel an Deletio- nen dieser Region in Schilddrüsentumoren sowie die Spezifität einiger dieser Aberrationen einen Zugewinn von Funktion nahe (gain-of-function). Das Wilms'-Tumorgen WT1 codiert für ein klassisches Zinkfmger-Protein (Call et al., 1990, Cell 60 : 509-520 ; Gessler et al., 1990, Nature 343 : 774-778 ; Haber et al., 1990, Cell 61 : 1257-1269) und teilt einige gemeinsame Ei- genschaften mit den KRAB-Zinkfinger-Proteinen im Hinblick auf seine DNA- Bindungscharakteristik dar (Elser et al., 1997, aaO). Es gibt eine Vielzahl von experimentel- len Befunden, daß WTl-Mutationen im Hinblick auf die Entwicklung von Wilms'-Tumoren rezessiv wirken. Im Gegensatz hierzu führt eine spezifische Translokation t (ll ; 22) (pl3 ; ql2), die in desmoplastischen Rundzell-Tumoren beobachtet wird, zur Bildung von chimären Tran- skripten des Gens EWS und WT1 (Ladanyi und Gerald, 1994, Cancer Res. 54 : 2837-2840 ; Rauscher et al., 1994, Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 59 : 137-146). In dem daraus re- sultierenden Protein wird die RNA-Bindungsdomäne von EWS durch das Zinkfinger-Motiv von WT1 ersetzt. Es gibt starke Hinweise darauf, daß dieses Fusionstranskript bei der Ent- wicklung von desmoplastischen Rundzell-Tumoren essentiell ist, was ein Beispiel dafür bie- tet, wie das Gen auch durch einen dominanten Zugewinn von Funktion (gain-of-function) beeinträchtigt werden kann.

Obwohl die Ergebnisse der Northernblot-Analysen nahelegen, daß die Struktur von RITA sowie seine Expressionsmuster, vermutlich wegen seiner großen Nähe zur Bruchstellenregion noch nicht vollkommen aufgeklärt sind, wird durch die vorliegende Anmeldung dennoch of- fenbart, daß RITA ein Target-Gen von spezifischen 19q-Aberrationen in Schilddrüsentumo- ren ist, das als solches für Diagnose, Prävention und Behandlung von Funktionsstörungen der Schilddrüse, Hyperplasien der Schilddrüse und Tumoren der Schilddrüse genutzt werden kann.

Die in der vorstehenden Beschreibung, einschließlich des Sequenzprotokolls sowie den Figu- ren, und in den Ansprüchen offenbarten Merkmale der Erfindung können sowohl einzeln als auch in beliebiger Kombination für die Verwirklichung der Erfindung in ihren verschiedenen Ausfiihrungsformen wesentlich sein.