thetaiotaomicron

La présente invention relève du domaine de la médecine et plus spécifiquement du domaine des infections, en particulier les infections intestinales.

A IE E-PLAN TECHNOLOGIQUE DE L'INVENTION

Une infection désigne l'envahissement puis la multiplication de microorganismes au sein d'un organe du corps vivant. Ces microorganismes peuvent être des virus, des bactéries, des parasites ou des levures. L'organisme va mettre en place des procédés de défense pour éradiquer le microorganisme indésirable.

Les infections intestinales sont des infections affectant un ou plusieurs des segments qui constituent l'intestin (intestin grêle, caecum, colon, rectum). Ces infections peuvent être causées par un virus (par exemple le Rotavirus), une bactérie (comme les salmonelles, les staphylocoques, ou les shigelles), un parasite (comme les amibes, les lamblias, ou les vers) ou une levure (par exemple, candida albicans). Suivant la partie de l'intestin touchée, le nom donné à l'infection diffère, on parle ainsi d'entérite lorsque l'intestin grêle est touché, de colite pour le côlon, de sigmoïdite pour la partie basse du côlon, ou encore de rectite pour le rectum. Ces infections se manifestent, en général, par des diarrhées et des vomissements, qui peuvent s'accompagner de nausées, de douleurs abdominales et de fièvre. L'une des principales complications des infections intestinales est la déshydratation, surtout chez les jeunes enfants et les personnes âgées. Certaines de ces infections sont particulièrement graves. On peut ainsi citer le cas du Choléra, infection intestinale aiguë très contagieuse et mortelle qui touche actuellement l'Afrique Centrale et de l'Ouest, ou encore la tuberculose intestinale.

Les infections intestinales causent pas moins de 1,7 milliard de cas de diarrhée chaque année dans le monde et sont la deuxième cause de mortalité chez l'enfant de moins de cinq ans (760 000 décès d'enfants par an). Dans les pays en développement, les enfants de moins de trois ans souffrent en moyenne de trois épisodes diarrhéiques par an, chacun de ces épisodes les prive d'éléments nutritifs indispensables à leur croissance. Ainsi, les infections intestinales sont également une des causes majeures de malnutrition chez l'enfant (OMS, voir le site de l'OMS au lien suivant : http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs330/fr/). Au-delà de ces aspects purement médicaux, les infections intestinales ont également un coût économique et social très important.

La lutte contre les infections, et en particulier les infections intestinales, représente donc un enjeu de santé publique majeur et il existe encore aujourd'hui un grand besoin de développer de nouveaux traitements pour prévenir ou guérir ces infections.

Même si les mammifères naissent stériles (leur tube digestif est exempte de microorganisme), aussitôt après leur naissance, leurs muqueuses sont colonisées par toute une variété de microorganismes. Ainsi, la colonisation de la surface des muqueuses intestinales croit rapidement après la naissance pour former une micro flore intestinale contenant approximativement 10 ¹⁴ microorganismes. Une relation mutuellement bénéfique s'établit alors entre l'hôte et les microorganismes qui occupent son intestin. Cependant, la muqueuse intestinale constitue un environnement à l'équilibre fragile, elle peut en effet être envahie par des microorganismes pathogènes qui utilisent cette muqueuse comme une voie d'entrée dans l'organisme et provoquent par la même des infections. C'est le rôle du système immunitaire que de mettre en place des réponses différenciées vis-à-vis des microorganismes commensaux (bénéfiques) et pathogènes.

La flore intestinale de l'adulte constitue ainsi un premier rideau de défense contre les infections en offrant, de par sa simple présence, une résistance à toute colonisation par des microorganismes pathogènes. La flore intestinale participe également à la digestion des aliments et au métabolisme énergétique.

Lorsque des traitements antibiotiques sont utilisés contre des pathogènes afin de lutter contre des infections, la flore intestinale se retrouve partiellement détruite, les antibiotiques n'étant en général pas assez sélectifs. Cette destruction a paradoxalement pour effet de favoriser le développement de nouvelles infections intestinales. Par ailleurs, le développement de résistances aux antibiotiques rend l'utilisation de ces derniers de moins en moins efficace.

Il est donc urgent de proposer et de développer de nouvelles méthodes de prévention et de traitement des infections intestinales qui permettront de lutter efficacement contre les microorganismes pathogènes, responsables des infections, tout en préservant l'intégrité de la microflore intestinale. RESUME DE L'INVENTION

L'objectif de la présente invention est de proposer une nouvelle composition permettant de lutter efficacement contre les infections tout en préservant la microflore intestinale. Les inventeurs ont découvert que l'administration de Bacteroides thetaiotaomicron (B. thetaiotaomicron) permet de maturer le système immunitaire et ainsi de lutter contre les infections. Par ailleurs, la bactérie B. thetaiotaomicron étant une des espèces de bactérie naturellement présente dans la microflore intestinale, son administration ne va pas altérer la microflore mais aura, au contraire, pour effet de renforcer les défenses de la microflore intestinale contre les bactéries pathogènes.

Ainsi, la présente invention concerne, dans un premier aspect, une composition comprenant B. thetaiotaomicron et/ou un extrait de celle-ci, pour son utilisation dans la prévention ou le traitement d'une infection chez un sujet immunodéprimé, immunosupprimé, présentant un système immunitaire immature, et/ou présentant une fragilité, et dans lequel la composition comprend au plus six espèces de bactéries et/ou des extraits de celles-ci.

Dans un mode de réalisation particulier, la composition comprend B. thetaiotaomicron et/ou un extrait de celle-ci comme seule bactérie ou extrait bactérien.

De préférence, le sujet est atteint d'une infection.

De préférence, l'infection selon la présente invention est une infection intestinale, de manière encore préférée une infection sélectionnée dans le groupe constituée de l'œsophagite, la gastrite, l'entérite, la colite, la sigmoïdite, la rectite, la péritonite, ou une combinaison de celles-ci.

L'infection selon la présente invention peut être une infection bactérienne, virale, parasitaire, causée par une levure, ou une combinaison de celles-ci.

En particulier, l'infection peut être une infection bactérienne, de préférence sélectionnée dans le groupe constituée de Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Shigella flexnerii, Shigella dysenteriae, Clostridium difficile, Clostridium perfringens, Clostridium botulinum, Salmonella enteritidis, Salmonella typhi, Salmonella paratyphi, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Campylobacter fétus, Helicobacter pylori, Listeria monocytogenes, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Aewmonas, Mycobacterium tuberculosis ou d'une combinaison de celles-ci.

L'infection peut également être une infection virale, de préférence sélectionnée dans le groupe constituée du Rotavirus, du Virus de Norwalk, de l'Adénovirus, du Calicivirus, des Coronavirus, de l'Enterovirus, de l'Astrovirus, ou d'une combinaison de ceux-ci.

L'infection peut encore être causée par un parasite, de préférence sélectionné dans le groupe constituée d' ' Entamoeba histolytica, Ascaris lumbricoides, Strongyloides stercoralis, Ancylostoma duodenale, Cyclospora cayetanensis, Cryptosporidium parvum, Microsporidium, Enterobius vermicularis, Giardia lamblia, Ancylostoma duodenale, Necator americanus, Taenia solium , Taenia saginata, Diphyllobothrium latum, Coccidie et Trichinella spiralis, ou d'une combinaison de ceux-ci.

L'infection peut enfin être causée par une levure, de préférence sélectionnée dans le groupe constituée de Candida albicans, Candida parapsilosis, Candida tropicalis, Candida krusei, Candida guillermondii, Torulopsis glabrata, ou de combinaisons de celles-ci.

La composition selon l'invention peut en outre être administrée par voie orale.

Le sujet de l'invention est un animal, de préférence un mammifère non humain, de manière encore préférée un mammifère sélectionné dans le groupe constitué des chiens, chats, chevaux, vaches, cochons, moutons, chèvres, lapins, hamsters, cochons d'inde, poules, poulets, et primates non-humains. De manière tout particulièrement préférée, le sujet de l'invention est un animal nouveau-né.

Alternativement, le sujet de l'invention est un humain, de préférence un humain sélectionné dans le groupe constitué d'un nouveau-né, d'un enfant et d'une personne âgée.

La composition selon l'invention peut en outre être un alicament ou un complément alimentaire.

La composition selon l'invention peut être administrée en combinaison avec un prébiotique, de préférence sélectionné dans le groupe constitué de oligofructose, de l'inuline, des galacto-oligosaccharides, du lactulose, des oligosaccharides du lait maternel, des dérivés ou des combinaisons de ceux-ci.

La composition selon l'invention peut également être administrée en combinaison avec un antibiotique, de préférence sélectionné dans le groupe constitué de 1'Amoxicilline, de l'Ampicilline, de la Vancomycine, de la Neomycine sulfate, de la Metronidazole, de l'Alatrofloxacine, de la Tetracycline, de la Moxifloxacine, de l'Azithromycine, de la Bacampicilline, de l'Oxacilline, de la Benzylpenicilline, de la Clarithromycine, de la Carbenicilline, de la Cefadroxile, de la Cephalexine, de la Cefditorene, de la Cefepime, de la Cefmetazole, de la Cefoperazone, de la Cefprozile, de la Cephalexine, de la Ciprofloxacine, de la Clarithromycine, de la Clindamycine, de la Daptomycine, de la Dicloxacilline, de l'Erythromycine, de la Fidaxomycine, de la Gemifloxacine, de la Sulfamethoxazole, de la Kanamycine, de la Levofloxacine, de la Lincomycine, de la Lomefloxacine, de l'Ofloxacine, de la Vancomycine, de la Meropeneme, du Metronidazole, de la Nafcilline, de la Nalidixice acide, de la Tobramycine, de la Piperacilline, de la Polymyxine, de la Trimethoprime, de la Rifampine, de la Streptomycine, de la Trovafloxacine, de dérivés ou de combinaisons de ceux-ci.

La composition selon l'invention peut enfin comprendre en outre au moins une autre bactérie et/ou un extrait de celle-ci, de préférence une bactérie sélectionnée dans le groupe constitué de Bacteroides ovatus, Bacteroides fragilis, Bacteroides intestinalis, Bacteroides vulgatus, Bacteroides caccae, Bacteroides massiliensis, Parabacteroides diastasonis, Odoribacter splanchnicus, Faecalibacterium prausnitzii, Escherichia coli, Ruminococcus gnavus, Roseburia intestinalis, Fusobacterium necrogenes, Bifidobacterium infantis, Bifidobacterium animalis, Bifidobacterium brève, Bifidobacterium lactis, Bifidobacterium longum, Bifidobacterium bifidum, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus helveticus, Lactobacillus casei, Lactobacillus bulgaricus, Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus johnsonii, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus reuteri, Lactobacillus salivarius, Streptococcus thermophilus, Bacillus clausii, Enterococcus faecium, et des combinaisons de celles-ci.

BREVE DESCRIPTION DES DESSINS

Figure 1. Etude de l'expression des gènes dans le colon de souris monocolonisées par une technique de puce à ADN.

L'expression des gènes dans le colon de souris monocolonisées (monoxénique), stériles (groupe axénique), et conventionnalisées a été analysée par microarray et représentés en utilisant une analyse en composantes principales. Les ellipses délimitent les groupes de souris étudiés : souris monocolonisées (groupe monoxénique, en vert), stériles (groupe axénique, en noir), et conventionnalisées (groupe conventionnel, en rouge). Les axes correspondent aux composantes principales 1 (axe des x) et 2 (axe des y). Les souris ont été monocolonisées par Escherichia coli, Ruminococcus gnavus, Bacteroides thetaiotaomicron, Roseburia intestinalis, Saccharomyces boulardii ou Candida albicans.

Figure 2. Etude de l'expression de gènes clefs du système immunitaire dans le colon de souris monocolonisées.

Pour confirmer les résultats de puces à ADN, les gènes de 8 protéines du système immunitaire ont été sélectionnés : T-bet, Gata3, IFNy, TLR4, FoxP3, RORyt, IL-Ιβ, et CCL2. L'expression de ces gènes a été déterminée dans le colon par RT-qPCR à partir de leurs ARNs. La méthode du AACt a été utilisée pour les quantifier en utilisant GAPDH comme gène de référence et le groupe de souris stériles pour calibrer le système. Les résultats sont exprimés sous forme de moyennes ± SEM (n=5 par groupe). Une comparaison statistique a été réalisée avec le groupe des souris stériles en utilisant un test de Mann-Whitney (*/**/***. _p < 0.05/0.01/0.001).

Figure 3. Etude de la mise en place du système immunitaire dans le colon de souris monocolonisées.

Des échantillons de colon ont été fixés à l'acide de paraformaldéhyde, puis inclus dans de la paraffine avant d'être découpés en quatre sections micrométriques. Ces sections ont ensuite été incubées pour une analyse immuno-histochimique avec des anticorps polyclonaux de lapin anti-CD3 (cellules T, FIG 3A), des anticorps monoclonaux de rat anti-CD45R (cellules B, FIG 3B), et des anticorps monoclonaux de rat anti-F4/80 (macrophages, FIG 3C); La production d'Immunoglobulines A (IgA) a été déterminée par un test d' ELIS A réalisé sur des échantillons de fèces (FIG 3D). Les résultats sont exprimés sous forme de moyennes ± SEM (n=5 par groupe). Une comparaison statistique a été réalisée avec le groupe des souris stériles en utilisant un test de Mann-Whitney (*/**/***: p < 0.05/0.01/0.001). Des photos représentatives ont été prises (grossissement X100). DESCRIPTION DÉTAILLÉE DE L'INVENTION

De façon surprenante, les inventeurs ont découvert que l'administration de B. thetaiotaomicron dans l'intestin de souris axéniques, c'est-à-dire des souris stériles (dépourvues de tout microorganisme), entraîne une maturation du système immunitaire de leur hôte qui est tout à fait comparable à celle observée chez des souris conventionnalisées, c'est-à-dire des souris axéniques auxquelles une microflore intestinale complète a été transférée. En particulier, les inventeurs ont noté une infiltration de la muqueuse intestinale de l'hôte par des lymphocytes T, des lymphocytes B et des macrophages mais également une maturation du système des Immunoglobulines A (IgA). Cette maturation du système immunitaire est indispensable à une lutte efficace contre les infections.

La bactérie B. thetaiotaomicron est une des espèces les plus représentées du phylum Bacteroidetes, aussi bien chez l'homme que chez la souris, le phylum Bacteroidetes étant l'un des trois phyla majeurs de la microflore intestinale (Qin J et al, 2010, Nature, 464, pp. 59-65). Etant naturellement présente dans la microflore intestinale, son administration n'aura pas d'effet délétère sur la microflore mais aura, au contraire, pour effet de renforcer la stimulation du système immunitaire et les défenses de la microflore intestinale contre les bactéries pathogènes et ainsi de renforcer la lutte contre une infection ou de prévenir une nouvelle infection.

Ainsi, la présente invention concerne, dans un premier aspect, une composition comprenant B. thetaiotaomicron et/ou un extrait de celle-ci, pour son utilisation dans la prévention ou le traitement d'une infection chez un sujet. De préférence, le sujet est immunodéprimé, immunosupprimé, présente un système immunitaire immature, et/ou présente une fragilité. De préférence, ladite composition comprend au plus six, cinq, quatre, trois ou deux espèces de bactéries et/ou des extraits de celles-ci. Dans un mode de réalisation particulier, la composition comprend B. thetaiotaomicron et/ou un extrait de celle-ci comme seule bactérie ou extrait bactérien.

La présente invention concerne également l'utilisation de B. thetaiotaomicron ou d'un extrait de celle-ci pour prévenir ou traiter une infection chez un sujet, de préférence un sujet immunodéprimé, immunosupprimé, présentant un système immunitaire immature, et/ou présentant une fragilité. De préférence, B. thetaiotaomicron ou un extrait de celle-ci est utilisée en combinaison avec au plus cinq, quatre, trois, deux ou une espèces de bactéries et/ou des extraits de celles-ci. Dans un mode de réalisation particulier, B. thetaiotaomicron et/ou un extrait de celle-ci est utilisée comme seule bactérie ou extrait bactérien.

La présente invention concerne également l'utilisation de Bacteroides thetaiotaomicron et/ou d'un extrait de celle-ci pour la préparation d'un médicament destiné à la prévention ou au traitement d'une infection chez un sujet, de préférence un sujet immunodéprimé, immunosupprimé, présentant un système immunitaire immature, et/ou présentant une fragilité. De préférence, B. thetaiotaomicron ou d'un extrait de celle- ci est utilisée en combinaison avec au plus cinq, quatre, trois, deux ou une espèces de bactéries et/ou des extraits de celles-ci. Dans un mode de réalisation particulier, B. thetaiotaomicron et/ou un extrait de celle-ci est utilisée comme seule bactérie ou extrait bactérien.

Enfin, la présente invention concerne encore une méthode de prévention ou de traitement d'une infection chez un sujet, de préférence un sujet immunodéprimé, immunosupprimé, présentant un système immunitaire immature, et/ou présentant une fragilité, comprenant une étape d'administration de Bacteroides thetaiotaomicron et/ou d'un extrait de celle-ci audit sujet. De préférence, B. thetaiotaomicron ou d'un extrait de celle-ci est utilisée en combinaison avec au plus cinq, quatre, trois, deux ou une espèces de bactéries et/ou des extraits de celles-ci. Dans un mode de réalisation particulier, B. thetaiotaomicron et/ou un extrait de celle-ci est utilisée comme seule bactérie ou extrait bactérien.

La composition selon l'invention comprend B. thetaiotaomicron et/ou un extrait de celle-ci.

Tel qu'utilisé ici, le terme « Bacteroides thetaiotaomicron » se réfère à toute souche de bactérie appartenant à l'espèce Bacteroides thetaiotaomicron, en particulier la souche VPI-5482 (ATCC 29149).

Tel qu'utilisé ici, le terme « extrait » ou « extrait cellulaire » se réfère à toute fraction obtenue à partir de la cellule bactérienne, notamment un surnageant cellulaire ou un de ses composants, un débris cellulaire, une paroi cellulaire ou un de ses composants, en particulier un peptidoglycane, un polysaccharide, ou une protéine de la paroi, un extrait d'ADN, le cytoplasme ou un de ses composants, une molécule ou un complexe moléculaire produit par la bactérie, des enzymes ou une préparation d'enzymes obtenues à partir des cellules bactériennes par traitement chimique, physique et/ou enzymatique, et qui est substantiellement sans cellules vivantes. De préférence, lorsqu'il s'agit d'un extrait de B. thetaiotaomicron, ce terme se réfère à un extrait capable de reproduire tous ou une partie des effets de Bacteroides thetaiotaomicron.

La composition selon l'invention peut également comprendre un mélange de Bacteroides thetaiotaomicron et d'extraits de Bacteroides thetaiotaomicron, l'ajout d'extraits permettant de renforcer l'effet de Bacteroides thetaiotaomicron sans augmenter la quantité de bactérie administrée au sujet.

La composition selon l'invention comprend au plus six espèces de bactéries et/ou des extraits de celles-ci. Ainsi, la composition selon l'invention comprend Bacteroides thetaiotaomicron et/ou un extrait de celle-ci et au plus cinq autres espèces de bactéries et/ou extraits de celles-ci.

De préférence, la composition selon l'invention comprend au plus cinq espèces de bactéries et/ou extraits de celles-ci. Alternativement, la composition selon l'invention comprend au plus quatre, au plus trois, ou au plus deux, espèces de bactéries et/ou extraits de celles-ci.

Dans un mode de réalisation alternatif, la composition selon l'invention comprend exactement six, exactement cinq, exactement quatre, exactement trois, exactement deux espèces de bactéries et/ou extraits de celles-ci.

Dans un mode de réalisation particulièrement préféré, la composition selon l'invention comprend une seule espèce de bactérie et/ou un extrait de celle-ci. Il s'agit alors de B. thetaiotaomicron.

Dans un autre mode de réalisation particulier, ladite composition est administrée en combinaison avec un autre microorganisme, un extrait de microorganisme ou des combinaisons de ceux-ci. De préférence, les espèces de bactéries pouvant être présentes dans la composition selon l'invention en plus de B. thetaiotaomicron sont compatible avec la microflore intestinale du sujet, de manière encore préférée ce sont des bactéries commensales.

Tel qu'utilisé ici, le terme de «microflore intestinale » se réfère à l'ensemble des microorganismes qui se trouvent naturellement présents dans les organes composants le tube digestif. Les termes de « microflore intestinale », de « flore intestinale » et de « microbiote intestinal » sont équivalents dans le cadre de la présente invention et peuvent s'employer indifféremment l'un pour l'autre.

Tel qu'utilisé ici, le terme de « microorganisme » se réfère à des êtres vivants microscopiques tel que les bactéries, les virus, les champignons unicellulaires (levures), et les protistes. Les termes de « microbe », et de « microorganisme » sont équivalents et peuvent être employés indifféremment l'un pour l'autre dans le cadre de la présente invention.

Tel qu'utilisé ici, le terme de « microorganisme commensal », par exemple des bactéries commensales, se réfère à des microorganismes naturellement présents dans la microflore intestinale du sujet et sont, en général, bénéfique à leur hôte.

Il se distingue du microorganisme pathogène qui a, en général, un effet néfaste sur son hôte. Les microorganismes pathogènes sont, en particulier, responsables des infections.

De préférence, les espèces de bactéries pouvant être présentes dans la composition selon l'invention en plus de B. thetaiotaomicron sont sélectionnées dans le groupe constitué des bactéries appartenant aux phyla Bacteroidetes, Firmicutes, Actinobacteria, et Proteobacteria. De manière encore préféré, les espèces de bactéries pouvant être présentes dans la composition selon l'invention en plus de B. thetaiotaomicron appartiennent à un genre sélectionné dans le groupe constituée de Bacteroides, Parabacteroides, Clostridium, Fusobacterium, Eubacterium, Faecalibacterium, Ruminococcus, Peptococcus, Peptostreptococcus, Bifidobacterium, Escherichia, Lactobacillus, Odoribacter, Roseburia, Streptococcus, Bacillus, et Enterococcus. De manière toujours préférée, les espèces de bactéries pouvant être présentes dans la composition selon l'invention en plus de B. thetaiotaomicron sont sélectionnées dans le groupe constitué de Bacteroides ovatus, Bacteroides fragilis, Bacteroides intestinalis, Bacteroides vulgatus, Bacteroides infantis, Bacteroides caccae, Bacteroides massiliensis, Bacteroides distasonis, Parabacteroides diastasonis, Odoribacter splanchnicus, Faecalibacterium prausnitzii, Escherichia coli, Ruminococcus gnavus, Roseburia intestinalis, Fusobacterium necrogenes, Bifidobacterium infantis, Bifidobacterium animalis, Bifidobacterium brève, Bifidobacterium lactis, Bifidobacterium longum, Bifidobacterium bifidum, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus helveticus, Lactobacillus casei, Lactobacillus bulgaricus, Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus johnsonii, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus reuteri, Lactobacillus salivarius, Streptococcus thermophilus, Streptococcus faecalis, Streptococcus bovis, Bacillus clausii, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Clostridium bifementans, Clostridium clostridiforme, Clostridium symbosium, Clostridium innocuum, Clostridium ramosum, et des combinaisons de celles-ci. De manière tout particulièrement préférée, les espèces de bactéries pouvant être présentes dans la composition selon l'invention en plus de B. thetaiotaomicron sont sélectionnées dans le groupe constitué de Bacteroides ovatus, Bacteroides fragilis, Bacteroides intestinalis, Bacteroides vulgatus, Bacteroides caccae, Bacteroides massiliensis, Parabacteroides diastasonis, Odoribacter splanchnicus, Faecalibacterium prausnitzii, Escherichia coli, Ruminococcus gnavus, Roseburia intestinalis, Fusobacterium necrogenes, Bifidobacterium infantis, Bifidobacterium animalis, Bifidobacterium brève, Bifidobacterium lactis, Bifidobacterium longum, Bifidobacterium bifidum, Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus helveticus, Lactobacillus casei, Lactobacillus bulgaricus, Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus johnsonii, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus reuteri, Lactobacillus salivarius, Streptococcus thermophilus, Bacillus clausii, Enterococcus faecium, et des combinaisons de celles-ci. Alternativement, les espèces de bactéries pouvant être présentes dans la composition selon l'invention en plus de B. thetaiotaomicron sont sélectionnées dans le groupe constitué de Bacteroides intestinalis, Bacteroides massiliensis, Parabacteroides diastasonis, Odoribacter splanchnicus, Faecalibacterium prausnitzii, Ruminococcus gnavus, Roseburia intestinalis, Bifidobacterium infantis, Bifidobacterium animalis, Bifidobacterium brève, Bifidobacterium lactis, Bifidobacterium longum, Bifidobacterium bifidum, Lactobacillus helveticus, Lactobacillus bulgaricus, Lactobacillus johnsonii, Lactobacillus plantarum, Lactobacillus reuteri, Lactobacillus salivarius, Streptococcus thermophilus, Bacillus clausii, Enterococcus faecium, et des combinaisons de celles-ci.

La composition selon l'invention peut en outre comprendre au moins un autre microorganisme et/ou un extrait de microorganisme. Ledit microorganisme est de préférence compatible avec la microflore intestinale du sujet, de manière encore préférée, c'est un microorganisme commensal. De préférence, le microorganisme commensal est une levure, de manière encore préférée le microorganisme commensal est une levure sélectionnée dans le groupe constitué de Saccharomyces boulardii, Saccharomyces cerevisiae, Candida albicans, et/ou des extraits de celles-ci. Dans un mode de réalisation particulier, la composition selon l'invention consiste essentiellement en B. thetaiotaomicron et/ou en un extrait de celle-ci. Le terme « consiste essentiellement en », tel qu'utilisé ici, se réfère à une composition selon l'invention ne comprenant pas d'autre microorganisme, en particulier commensal. Plus particulièrement, ladite composition ne comprend aucune autre bactérie et ne comprend pas de levure.

La composition selon l'invention peut en outre être administrée en combinaison avec un autre agent thérapeutique, de préférence sélectionné dans le groupe constitué d'un prébiotique, d'un antibiotique, ou d'une combinaison de ceux-ci. La composition selon l'invention et l'agent thérapeutique additionnel peuvent être administrés simultanément ou séquentiellement. Lorsqu'ils sont administrés séquentiellement, l'agent thérapeutique additionnel peut être administré avant ou après administration de la composition selon l'invention.

Dans un mode de réalisation particulier, ladite composition est administrée en combinaison avec un prébiotique. Tel qu'utilisé ici, le terme de « prébiotique » se réfère à toute molécule ayant un effet prébiotique, c'est à dire favorisant la croissance ou l'activité des microorganismes intestinaux bénéfiques à la santé de leur hôte. Les prébiotiques sont généralement des oligosaccharides ou des polysaccharides à courtes chaînes constitués approximativement de deux à vingt unités de monosaccharides. Ils échappent à la digestion dans l'intestin grêle et sont des substrats potentiels pour l'hydrolyse et la fermentation par les bactéries intestinales. Le prébiotique employé dans l'invention peut spécifiquement cibler une espèce ou un genre de microorganismes intestinaux comme plusieurs espèces ou genres de microorganismes, ce qui permet de moduler le nombre total ou la proportion relative d'un ou de plusieurs microorganismes intestinaux. Les prébiotiques selon l'invention peuvent en particulier être des substrats de Bacteroides thetaiotaomicron. De préférence, les prébiotiques selon l'invention sont sélectionnés dans le groupe constitué de oligofructose, de l'inuline, de galacto- oligosaccharides, de le lactulose, d' oligosaccharides du lait maternel, de dérivés ou de combinaisons de ceux-ci.

Dans un autre mode de réalisation particulier, ladite composition est administrée en combinaison avec un antibiotique. L'antibiotique employé peut spécifiquement cibler une espèce ou un genre de microorganismes intestinaux comme plusieurs espèces ou genres de microorganismes, afin de moduler le nombre total ou la proportion relative d'un ou de plusieurs microorganismes intestinaux. De préférence, les antibiotiques selon l'invention sont sélectionnés dans le groupe constitué de Γ Amoxicilline, de l'Ampicilline, de la Vancomycine, de la Neomycine sulfate, de la Metronidazole, de l'Alatrofloxacine, de la Tetracycline, de la Moxifloxacine, de l'Azithromycine, de la Bacampicilline, de l'Oxacilline, de la Benzylpenicilline, de la Clarithromycine, de la Carbenicilline, de la Cefadroxile, de la Cephalexine, de la Cefditorene, de la Cefepime, de la Cefmetazole, de la Cefoperazone, de la Cefprozile, de la Cephalexine, de la Ciprofloxacine, de la Clarithromycine, de la Clindamycine, de la Daptomycine, de la Dicloxacilline, de l'Erythromycine, de la Fidaxomycine, de la Gemifloxacine, de la Sulfamethoxazole, de la Kanamycine, de la Levofloxacine, de la Lincomycine, de la Lomefloxacine, de l'Ofloxacine, de la Vancomycine, de la Meropeneme, du Metronidazole, de la Nafcilline, de la Nalidixice acide, de la Tobramycine, de la Piperacilline, de la Polymyxine, de la Trimethoprime, de la Rifampine, de la Streptomycine, de la Trovafloxacine, de dérivés ou de combinaisons de ceux-ci.

Dans un autre mode de réalisation particulier, la composition selon l'invention consiste en B. thetaiotaomicron et/ou en un extrait de celle-ci. En particulier, la composition selon l'invention ne comprend pas d'autre microorganisme et n'est pas administrée en combinaison avec un autre agent thérapeutique.

De préférence, B. thetaiotaomicron est présent en une quantité thérapeutiquement efficace.

Tel qu'utilisé ici, le terme « quantité thérapeutiquement efficace » se réfère à une quantité de Bacteroides thetaiotaomicron et/ou d'extraits de celle-ci capable de prévenir ou de retarder l'apparition d'une infection, ou de guérir ou de réduire les effets d'une infection. Il est évident que la quantité à administrer peut être adaptée par l'homme du métier, en fonction du sujet à traiter, de la nature de l'infection, etc. En particulier, les doses et régimes d'administration dépendent de la nature, du stade de développement et de la sévérité de l'infection à traiter, ainsi que du poids, de l'âge et de l'état de santé général du sujet à traiter, ou encore du jugement du médecin prescripteur.

Tel qu'utilisé ici, le terme de « traitement » se réfère à tout acte visant à améliorer le statut médical d'une personne atteinte d'une infection. Le traitement peut viser aussi bien à une amélioration de l'état du patient, c'est-à-dire à une régression de l'infection ou de certains de ses symptômes, qu'à une éradication de l'infection ou de certains de ses symptômes. Le traitement peut également avoir pour effet d'empêcher ou de ralentir la progression d'une infection.

Tel qu'utilisé ici, le terme de « prévention » se réfère à tout acte visant à prévenir ou à retarder l'apparition d'une infection. Les termes de « prévention » et de « traitement prophylactique » sont équivalents et peuvent s'employer l'un pour l'autre dans le cadre de la présente invention. La prévention peut viser aussi bien des sujets présentant une prédisposition à des infections, de préférence à des infections intestinales, que des sujets non prédisposés.

Afin d'assurer une prévention et/ou un traitement efficace des infections, la composition selon l'invention peut être délivrée au niveau de son site d'action intestinal soit sous forme d'un suppositoire, soit sous forme d'un lavement, soit par voie orale, de préférence par voie orale. L'homme du métier est capable de sélectionner toute formulation, véhicule, excipient, diluent ou stabilisateur approprié. En particulier, des formulations de la composition incluent, sans y être limité, des formulations solides comme des cachets, des pilules, des capsules ou des gélules, des formulations liquides comme des boissons, ainsi que des suspensions. De préférence, la composition est délivrée oralement et parvient à son site d'action intestinal sans être endommagée par l'acidité de l'estomac, par exemple grâce à un enrobage gastro-résistant. Alternativement, la composition peut être administrée sous la forme d'un alicament, d'un complément alimentaire, d'un nutraceutique, d'un yaourt, d'une barre diététique, ou d'autres produits du même genre.

La composition selon l'invention peut être administrée à raison d'une dose unique, ou à raison de plusieurs doses en fonction de la formulation, du sujet, de son état de santé et de l'infection à traiter. Lorsque plusieurs doses de la composition sont administrées, celles-ci peuvent être réparties sur un ou plusieurs jours. De préférence, la composition selon l'invention est administrée à raison d'une dose unique par jour d'administration. Alternativement, le sujet reçoit plusieurs doses de la composition par jour de traitement.

La composition selon l'invention peut être administrée tous les jours, tous les deux jours, une fois par semaine, une fois par mois, ou une fois par an, de préférence une fois par jour. La périodicité de prise de la composition dépend de nombreux paramètres tels que la durée globale prévue de prise de la composition, l'âge du sujet et/ou la gravité de l'infection à prévenir ou à traiter. La périodicité de prise de la composition peut également évoluer au cours du temps, chez un sujet donné, notamment en fonction de l'évolution de son infection, de son risque d'infection, et/ou de son état de santé global.

La composition selon l'invention peut être administrée pendant une durée maximale d'environ 31 jours, pendant une période d'environ 1 à environ 24 mois ou pendant au moins deux ans.

Dans un premier mode de réalisation, la composition selon l'invention peut être administrée au sujet pendant une période de 1 à environ 31 jours, de préférence pendant une période d'environ 2 à environ 21 jours, de manière encore préférée pendant une période d'environ 7 à environ 14 jours. Une durée d'administration de la composition inférieure ou égale à un mois est particulièrement adaptée au traitement aigu d'une infection ou à la prévention d'un risque immédiat d'infection. Alternativement, la composition selon l'invention peut être administrée pendant toute la durée de l'infection ou toute la durée du risque d'infection.

Dans un deuxième mode de réalisation, la composition selon l'invention peut également être administrée au sujet pendant une période d'environ 1 à environ 24 mois, de préférence pendant une période d'environ 2 à environ 12 mois, de manière encore préférée pendant une période d'environ 3 à environ 6 mois. Une durée d'administration de la composition d'environ 1 à environ 24 mois est particulièrement adaptée à la prévention d'une infection. Alternativement, la composition selon l'invention peut être administrée pendant toute la période où le sujet présente un risque accru d'infection.

Dans un troisième mode de réalisation, la composition selon l'invention peut enfin être administrée au sujet pendant au moins deux ans, de préférence pendant au moins 5 ans, de manière encore préférée pendant au moins 8 ans. Une durée d'administration de la composition d'au moins deux ans est particulièrement adaptée à la prévention ou au traitement d'une infection chronique. Alternativement, la composition selon l'invention peut être administrée pendant toute la vie du sujet.

La composition selon l'invention peut être administrée pour la prévention ou le traitement de toute infection, de préférence une infection intestinale. Une infection intestinale est une infection touchant un des organes de l'intestin, à savoir l'œsophage, l'estomac, l'intestin grêle, le caecum, le colon, ou le rectum. Suivant l'organe de l'intestin touché, le nom donné à l'infection peut différer, on parle ainsi d'œsophagite lorsque l'œsophage est touché, de gastrite lorsque l'estomac est touché, d'entérite lorsque l'intestin grêle est touché, de colite pour le côlon, de sigmoïdite pour la partie basse du côlon, ou encore de rectite pour le rectum. L'infection intestinale selon l'invention est de préférence sélectionnée dans le groupe constitué de l'oesophagite, de la gastrite, de l'entérite, de la colite, de la sigmoïdite, de la rectite, de la péritonite, de la tuberculose intestinale, ou d'une combinaison de celles-ci.

Une infection intestinale peut être causée par différents microorganismes pathogènes, il peut s'agir de virus, de bactéries, de parasites, de levures ou de combinaisons de ceux-ci. Dans un mode de réalisation particulier, l'infection intestinale est causée par un virus, un parasite, une levure ou une combinaison de ceux-ci.

Dans un mode de réalisation particulier, l'infection intestinale est causée par un virus, de préférence un virus à l'exclusion du Rotavirus.

Dans un mode de réalisation préféré, l'infection intestinale est causée par un virus sélectionné dans le groupe constitué du Rotavirus, du Virus de Norwalk, de Γ Adénovirus, du Calicivirus, des Coronavirus, de l'Enterovirus, de l'Astrovirus, ou d'une combinaison de ceux-ci. Dans un mode de réalisation encore préféré, l'infection intestinale est causée par un virus sélectionné dans le groupe constitué du Virus de Norwalk, de l'Adénovirus, du Calicivirus, des Coronavirus, de l'Enterovirus, de l'Astrovirus, ou d'une combinaison de ceux-ci.

Dans un autre mode de réalisation particulier, l'infection intestinale est causée par une bactérie, de préférence l'infection intestinale est causée par une bactérie à l'exclusion des bactéries de l'espèce Clostridium difficile, de manière encore préférée à l'exclusion des bactéries du genre Clostridium. Alternativement, l'infection intestinale est causée par une bactérie à l'exclusion des bactéries des bactéries de l'espèce Salmonella enteritidis, de préférence à l'exclusion des bactéries du genre Salmonella. Dans un mode de réalisation préféré, l'infection intestinale est causée par une bactérie à l'exception des bactéries des espèces Salmonella enteritidis et Clostridium difficile. Dans un mode de réalisation tout particulièrement préféré, l'infection intestinale est causée par une bactérie à l'exception des bactéries des genres Salmonella et Clostridium.

Dans un autre mode de réalisation préféré, l'infection intestinale est causée par une bactérie sélectionnée dans le groupe constitué de Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Shigella flexnerii, Shigella dysenteriae, Clostridium difficile, Clostridium perfengens, Clostridium botulinum, Salmonella enteritidis, Salmonella typhi, Salmonella paratyphi, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Campylobacter fetus, Helicobacter pylori, Listeria mono cyto gènes, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Aeromonas, Mycobacterium tuberculosis, ou d'une combinaison de celles-ci.

De manière encore préférée, l'infection intestinale est causée par une bactérie sélectionnée dans le groupe constitué de Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Shigella flexnerii, Shigella dysenteriae, Clostridium perfengens, Clostridium botulinum, Salmonella typhi, Salmonella paratyphi, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Campylobacter fetus, Helicobacter pylori, Listeria mono cyto gènes, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Aeromonas, Mycobacterium tuberculosis, ou d'une combinaison de celles-ci.

De manière tout particulièrement préférée, l'infection intestinale est causée par une bactérie sélectionnée dans le groupe constitué de Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Shigella flexnerii, Shigella dysenteriae, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Campylobacter fetus, Helicobacter pylori, Listeria mono cyto gènes, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Aeromonas, Mycobacterium tuberculosis, ou d'une combinaison de celles-ci.

Alternativement, l'infection intestinale est causée par une bactérie sélectionnée dans le groupe constitué de Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Shigella flexnerii, Shigella dysenteriae, Clostridium difficile, Clostridium perfengens, Clostridium botulinum, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Campylobacter fetus, Helicobacter pylori, Listeria mono cyto gènes, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Aeromonas, Mycobacterium tuberculosis, ou d'une combinaison de celles-ci.

Alternativement, l'infection intestinale peut encore être causée par une bactérie sélectionnée dans le groupe constitué de Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus, Escherichia coli, Shigella sonnei, Shigella flexnerii, Shigella dysenteriae, Salmonella enteritidis, Salmonella typhi, Salmonella paratyphi, Yersinia enterocolitica, Yersinia pseudotuberculosis, Campylobacter jejuni, Campylobacter coli, Campylobacter fetus, Helicobacter pylori, Listeria mono cyto gènes, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Aeromonas, Mycobacterium tuberculosis, ou d'une combinaison de celles-ci. Dans un autre mode de réalisation particulier, l'infection intestinale est causée par un parasite, de préférence un parasite sélectionné dans le groupe constitué d' Entamoeba histolytica, Ascaris lumbricoides, Strongyloides stercoralis, Ancylostoma duodenale, Cyclospora cayetanensis, Cryptosporidium parvum, Microsporidium, Enterobius vermicularis, Giardia lamblia, Ancylostoma duodenale, Necator americanus, Taenia solium , Taenia saginata, Diphyllobothrium latum, Coccidie et Trichinella spiralis, ou d'une combinaison de ceux-ci.

Dans encore un autre mode de réalisation particulier, l'infection intestinale est causée par une levure, de préférence une levure sélectionnée dans le groupe constitué de Candida albicans, Candida parapsilosis, Candida tropicalis, Candida krusei, Candida guillermondii, Torulopsis glabrata, ou d'une combinaison de celles-ci.

La composition selon l'invention peut être destinée à un usage pharmaceutique ou à un usage vétérinaire. Tels qu'utilisé ici, le terme de « sujet » fait référence à un animal, de préférence à un mammifère. Les termes de « sujet » et de « patient » sont équivalents et peuvent indifféremment être employés l'un pour l'autre dans le cadre de la présente invention.

Le sujet de l'invention peut-être sain ou atteint d'une infection. Dans un mode de réalisation particulier, le sujet de l'invention peut être atteint d'une infection, de préférence le sujet de l'invention est atteint d'une infection intestinale. Dans un mode de réalisation alternatif, le sujet de l'invention ne présente pas d'infection, de préférence, il ne présente pas d'infection intestinale. Cependant, le sujet peut présenter un risque accru d'infection.

Le sujet de l'invention peut être immunodéprimé, immunosupprimé, présenter un système immunitaire immature, présenter une microflore intestinale anormale, et/ou présenter une fragilité.

Dans un mode de réalisation préféré, le sujet de l'invention est immunodéprimé, immunosupprimé, présente un système immunitaire immature, et/ou présente une fragilité.

Dans un mode de réalisation tout particulièrement préféré, le sujet de l'invention est immunodéprimé, immunosupprimé, et/ou présente une fragilité. Le sujet de l'invention peut être immunodéprimé. Tel qu'utilisé ici, les termes « immunodéprimé » et « immunodéficient » sont équivalents et peuvent s'employer l'un pour l'autre. Le terme « immunodéprimé », tel qu'utilisé dans l'invention, se réfère à un état dans lequel le sujet présente des défenses immunitaires affaiblies. Les personnes immunodéprimées vont être incapables de gérer normalement des micro-organismes qui, en temps normal, ne présentent aucun danger.

Le sujet de l'invention peut être immuno supprimé. Tel qu'utilisé ici, le terme « immuno supprimé » se réfère à un état dans lequel le sujet n'a plus de défenses immunitaires.

Le sujet de l'invention peut présenter un système immunitaire immature. Tel qu'utilisé ici, le terme « système immunitaire immature » se réfère à un état dans lequel le système immunitaire n'est pas encore arrivé à maturité. Les défenses immunitaires d'un système immunitaire immature sont moins efficaces dans la lutte contre les pathogènes. En particulier, les nouveau-nés présentent un système immunitaire immature, tout particulièrement les nouveau-nés prématurés. Le système immunitaire d'un nouveau-né est d'autant plus immature qu'il est prématuré.

Le sujet de l'invention peut présenter une fragilité. Tel qu'utilisé ici, le terme « fragilité » se réfère à un syndrome clinique reflétant une diminution des capacités physiologiques de réserve qui altère les mécanismes d'adaptation au stress, son expression clinique est modulée par les co-morbidités et des facteurs psychologiques, sociaux, économiques et comportementaux. Le syndrome de fragilité est un marqueur de risque de mortalité et d'événements péjoratifs, notamment d'incapacités, de chutes, d'hospitalisation et d'entrée en institution. L'âge est un déterminant majeur de fragilité mais n'explique pas à lui seul ce syndrome. La prise en charge des déterminants de la fragilité peut réduire ou retarder ses conséquences.

Le sujet de l'invention peut présenter une microflore intestinale anormale. Tel qu'utilisé ici, le terme « microflore intestinale anormale » se réfère à une microflore intestinale impropre à protéger efficacement le sujet contre les infections intestinales. Un sujet peut présenter une microflore intestinale anormale suite à un traitement antibiotique. Cette microflore intestinale anormale peut également être la conséquence d'une anomalie congénitale.

Le sujet de l'invention peut être un mammifère non-humain ou bien un mammifère humain. Dans un mode de réalisation particulier, le sujet de l'invention est un humain. Il peut ainsi s'agir d'un nouveau-né, d'un enfant, d'un adolescent, d'un adulte ou d'une personne âgée. Dans un mode de réalisation préféré, le sujet est un humain nouveau-né ou un enfant, de manière encore préféré un humain nouveau-né. Dans un mode de réalisation alternatif, le sujet est une personne âgée. Tel qu'utilisé ici, le terme de « nouveau-né » se réfère à un être humain âgé de moins de 12 mois, de préférence âgé de moins de 6 mois, de manière encore préféré âgé de moins de 3 mois, et de manière tout particulièrement préféré âgé de moins d'un mois. Dans un autre mode de réalisation préféré, le sujet humain est un enfant. Tel qu'utilisé dans la présente invention, le terme « d'enfant » se réfère à un être humain âgée de 1 à 12 ans, de préférence à un être humain âgée de 1 à 8 ans, et de manière encore préféré à un être humain âgée de 1 à 5 ans. Dans encore un autre mode de réalisation préféré, le sujet humain est une personne âgée. Tel qu'utilisé dans la présente invention, le terme de « personne âgée » se réfère à un être humain âgée de 60 ans ou plus, de préférence à un être humain âgée de 65 ans ou plus, et de manière encore préféré à un être humain âgée de 70 ans ou plus.

Dans un mode de réalisation particulier, le sujet de l'invention est un mammifère prématuré, de préférence humain, de manière encore préféré un humain nouveau-né ou un enfant, de manière tout particulièrement préférée un humain nouveau-né.

Tel qu'utilisé ici, le terme « prématuré » se réfère à un sujet né avant terme, c'est à dire avant 40 semaines d'aménorrhée (SA), de préférence avant 37 SA. Le sujet prématuré peut être faiblement prématuré (de 35 à 37 SA), modérément prématuré (de 32 à 34 SA), un grand prématuré (de 27 à 31 SA), ou un prématuré extrême (de 22 à 26 SA).

Dans le domaine des applications vétérinaires, le sujet de l'invention peut être un mammifère non-humain, de préférence un animal de compagnie ou d'élevage, de manière encore préféré un animal sélectionné dans le groupe constitué des chiens, chats, chevaux, vaches, cochons, moutons, chèvres, lapins, hamsters, cochons d'inde, poules, poulets, et primates non-humains. De manière tout particulièrement préférée, le sujet de l'invention est de surcroit un nouveau-né. Tel qu'utilisé ici, le terme de « nouveau-né » se réfère à un animal âgé de moins de 12 mois, de préférence âgé de moins de 6 mois, de manière encore préféré âgé de moins de 3 mois, et de manière tout particulièrement préféré âgé de moins d'un mois. En particulier, le sujet de l'invention peut ne pas être sevré. Dans un deuxième aspect, la présente invention concerne également un kit de traitement ou de prévention d'une infection chez un sujet, de préférence un sujet immunodéprimé, immunosupprimé, présentant un système immunitaire immature, et/ou présentant une fragilité, ledit kit comprenant (i) une composition comprenant une quantité thérapeutiquement efficace de B. thetaiotaomicron et/ou d'un extrait de celle-ci, ainsi qu'optionnellement (ii) un prébiotique, (iii) un antibiotique, et/ou (iv) un autre microorganisme et/ou un extrait de celle-ci, et également de façon optionnel (v) une notice détaillant les précautions d'usage d'un tel kit. De préférence, les autres microorganismes sont au plus cinq, quatre, trois, deux ou une autre(s) espèce(s) de microorganismes et/ou extraits de celles-ci, en particulier de bactéries. Dans un mode particulier, le ou les microorganismes supplémentaires sont commensaux, de manière encore préféré une ou des levure(s) commensale(s) ou des extraits de celle(s)-ci.

De préférence, les autres microorganismes sont au plus cinq, quatre, trois, deux ou une autre(s) espèce(s) de microorganismes et/ou extraits de celles-ci, en particulier des bactéries. Dans un mode particulier, le ou les microorganismes supplémentaires sont commensaux, de manière encore préféré une ou des levure(s) commensale(s) ou des extraits de celle(s)-ci

Les modes de réalisation décrits pour le premier aspect de cette invention sont également compris dans ce second aspect.

Dans un troisième aspect, la présente invention concerne également l'utilisation d'un kit de traitement ou de prévention d'une infection chez un sujet, de préférence immunodéprimé, immunosupprimé, présentant un système immunitaire immature, et/ou présentant une fragilité, ledit kit comprenant (i) une composition comprenant une quantité thérapeutiquement efficace de B. thetaiotaomicron et/ou d'un extrait de celle-ci, ainsi qu'optionnellement (ii) un prébiotique, (iii) un antibiotique, et/ou (iv) un autre microorganisme et/ou un extrait de celle-ci, et également de façon optionnel (v) une notice détaillant les précautions d'usage d'un tel kit. De préférence, les autres microorganismes sont au plus cinq, quatre, trois, deux ou une autre(s) espèce(s) de microorganismes et/ou extraits de celles-ci, en particulier de bactéries. Dans un mode particulier, le ou les microorganismes supplémentaires sont commensaux, de manière encore préféré une ou des levure(s) commensale(s) ou des extraits de celle(s)-ci. Les modes de réalisation décrits pour le premier aspect de cette invention sont également compris dans ce troisième aspect.

Bien qu'ayant des sens différents, les termes « comprenant », « ayant », « contenant » et « consistant en » peuvent être remplacés l'un par l'autre dans toute la description de l'invention.

Dans le cadre de la présente description, toutes les molécules et cellules peuvent optionnellement être isolées et/ou purifiées.

D'autres caractéristiques et avantages de l'invention apparaîtront mieux à la lecture des exemples suivants donnés à titre illustratif et non limitatif.

EXEMPLES

Les inventeurs ont étudié l'effet de quatre bactéries du microbiote intestinal, Escherichia coli, Ruminococcus gnavus, Bacteroides thetaiotaomicwn, et Roseburia intestinalis, et de deux levures, Saccharomyces boulardii et Candida albicans, sur le système immunitaire colique en utilisant des modèles de souris monoxeniques. Des souris monoxéniques sont des souris dont l'intestin n'a été colonisé que par un seul microorganisme, en l'occurrence, une bactérie ou une levure.

Matériel et Méthodes

Microorganismes

Quatre bactéries et deux levures ont été utilisées dans cette étude : Escherichia coli AIEC LF82, Ruminococcus gnavus ATCC 29149, Bacteroides thetaiotaomicwn VPI- 5482 (ATCC 29148), Roseburia intestinalis Ll-82 (DSM 14610), Saccharomyces boulardii CNCM 1-745 (syn. HANSEN CBS 5926, Biocodex Laboratories) et Candida albicans SC5314.

Mono-associations

Des souris femelles axéniques (dépourvues de tout microorganisme) C3H/HeN (plateforme ANAXEM, INRA, France) ont été élevées dans des incubateurs stériles. Des suspensions bactériennes (10 ⁸ -10 ⁹ ufc dans 400 μί), des suspensions de levures (10 ⁷ -10 ⁸ ufc dans 400 μί), des fèces de souris conventionnelles, ou un milieu control ont été administrés à des souris de 6 semaines par gavage intra-gastrique (8 souris par groupe). Après 6 semaines d'implantation, les souris ont été euthanasiées et plusieurs échantillons ont été prélevés, à savoir les pièces et le contenu du jéjunum, de l'iléon, du caecum et du colon.

Histologie

Les échantillons de colon destinés aux études histologiques ont été fixés dans de l'acide paraformaldéhyde à 4 % (Electron Microscopy Sciences), puis inclues dans de la paraffine, avant d'être découpés en sections micro métriques. Ces sections ont ensuite été incubées en vue d'analyses histologiques et immunohistochimiques.

La quantification des immunoglobulines

Les fèces ont été homogénéisés dans du PBS (1 ml pour 100 mg) et centrifugées. Tous les surnageants ont été collectés puis congelés à -80°C jusqu'à leur utilisation. La quantification des immunoglobulines A a été réalisée par ELISA, en suivant les recommandations du fabriquant (MabTech).

Expression des gènes

L'ARN total a été isolé à partir des échantillons de colons grâce au kit RNeasy Mini (Qiagen), en suivant les recommandations du fabriquant. L'intégrité de l'ARN a été vérifiée sur un Bioanalyzer 2100 en utilisant des nanopuces RNA 6000 (Agilent Technologies), et tous les échantillons présentaient un résultat au test de calcul de l'intégrité de leur ARN supérieur à 8.

L'analyse des profils de transcription a été réalisée sur des échantillons de colons de souris en utilisant des puces à ADN G3 Mouse GE 8x60K de SurePrint (Design ID: 028005, Agilent Technologies). Les résultats de puces à ADN obtenus ont été soumis sur GEO (numéro d'accession : GSE63299). Par ailleurs, l'expression d'une sélection de gènes de souris a été étudiée dans des cellules de colon de souris par RT-qPCR.

Analyse des résultats et statistiques

Tous les résultats présentés sous la forme de graphiques sont exprimés sous la forme de moyennes ou de moyennes ± SEM (n=3 à 8 par groupe) et une comparaison statistique avec une condition contrôle a systématiquement été réalisée avec un test de Mann-Whitney.

Résultats

Analyse transcriptomique globale

Une analyse par une technique de puce à ADN (microarray) a été réalisée sur le colon de souris monocolonisées (6 groupes correspondant aux six microorganismes d'intérêts) ainsi que sur celui de souris axéniques (aucun microorganisme) et conventionalisées (colonisées par un microbiote entier normal). Le profil transcriptomique des souris monocolonisées avec B. thetaiotaomicron, contrairement à ceux obtenus avec d'autres microorganismes, est très proche de celui des souris conventionnalisées (cf. Figure 1).

Les annotations fonctionnelles des données de puces à ADN, réalisées grâce au logiciel Cytoscape, ont permis de montrer que B. thetaiotaomicron stimule tout particulièrement les gènes impliqués dans les fonctions immunitaires.

Stimulation de l'expression de gènes impliqués dans des fonctions immunitaires majeures par B. thetaiotaomicron

Les inventeurs ont confirmé par qPCR la stimulation de l'expression d'une sélection de gènes impliqués dans des fonctions immunitaires majeures par B. thetaiotaomicron (cf. Figure 2).

Analyse des populations immunitaires coliques et des immunoglobulines A luminales

Par une analyse immunohistochimique, les inventeurs ont montré que B. thetaiotaomicron induit une infiltration de la muqueuse colique par différentes populations de cellules immunitaires : des lymphocytes T, des lymphocytes B et des macrophages. Cela traduit une maturation du système immunitaire. De plus, B. thetaiotaomicron induit également la maturation du système des IgA au niveau de la muqueuse intestinale (cf. Figure 3). Bien que certains des aspects de maturation du système immunitaire soient également observés avec certains des autres microorganismes étudiés, B. thetaiotaomicron est le seul à avoir un impact global, sur tous les paramètres étudiés.

Les inventeurs ont ainsi découvert que la bactérie B. thetaiotaomicron, à elle seule, était parfaitement capable de maturer le système immunitaire intestinal de leur hôte.