формула изобретения

1. способ дифференциального анализа протеомов в различных типах клеток организма или в одном типе клеток при различных условиях, включающий: а) получение набора дифференциальных транскриптов, представленность которых в одном типе клеток отличается от представленности в другом типе клеток или представленность которых в клетках одного типа при различных условиях отличается; б) определение последовательности дифференциальных транскриптов; в) синтез дифференциальных белков, соответствующих дифференциальным транскриптам, или их фрагментов; г) получение агентов, взаимодействующих с указанными дифференциальными белками или их фрагментами с высокой аффинностью и специфичностью; д) определение и сравнение белковых профилей для различных типов клеток или одного типа клеток при различных условиях с использованием указанных агентов.

2. способ по п. 1, который в случае известности последовательности генома организма дополнительно включает определение полной последовательности дифференциально экспрессирующихся генов и их аналогов, соответствующих полученным дифференциальным транскриптам, путем сопоставления последовательности кднк/фрагмента кднк с известной последовательностью генома организма с использованием методов биоинформатики.

3. способ по п. 1, в котором клетки являются клетками организма млекопитающего .

4. способ по п. 3, где организмом является человек.

5. способ по п. 1, дополнительно предусматривающий оценку диагностической и терапевтической перспективности дифференциальных белков.

6. способ по п. 1, в котором получение набора дифференциальных транскриптов осуществляют с использованием методов вычитающей гибридизации.

7. способ по п. 1, в котором получение набора дифференциальных транскриптов осуществляют с использованием днк-микрочипа.

8. способ по п. 1, в котором синтез дифференциальных белков или их фрагментов осуществляют методами генетической инженерии.

36

9. способ по п. 1, в котором синтез дифференциальных белков или их фрагментов осуществляют химическими методами.

10. способ по п. 1, в котором синтез дифференциальных белков или их фрагментов осуществляют методами бесклеточного синтеза белка.

11. способ по- п. 1, в котором клетки одного из типов являются нормальными, а клетки другого типа являются измененными вследствие наследственных или приобретенных патологий, включая опухолевую трансформацию.

12. способ по п. 11, в котором клетки, измененные вследствие опухолевой трансформации, являются клетками плоскоклеточного рака легких или клетками рака пищевода человека.

13. способ по п. 1, в котором указанные агенты представляют собой поли- или моноклональные антитела, или днк- или рнк-аптамеры.

14. способ по п. 1, в котором для определения белкового профиля указанные агенты используют в виде микрочипа, представляющего собой подложку с иммобилизованными на ней указанными агентами.

15. деж-микрочип для анализа дифференциальных транскриптов, представляющий собой подложку с иммобилизованными на ней изолированными олигонуклеотидами, последовательности которых соответствуют или комплементарны специфичным фрагментам последовательностей дифференциальных транскриптов, полученных на стадии а) способа по п. 1.

16. днк-микрочип по п. 15, предназначенный для характеристики и классификации опухолей на уровне транскрипции.

17. изолированный белок, дифференциально представленный в различных типах клеток или в одном типе клеток при различных условиях, полученный путем осуществления стадий а), б) и в) способа по п. 1, или его фрагмент.

18. агент, способный специфически взаимодействовать с белком, дифференциально представленным в различных типах клеток или в одном типе клеток при различных условиях, или его фрагментом, полученный путем осуществления стадий а) — г) способа по п. 1.

19. агент по п. 18, представляющий собой поли- или моноклональное антитело, или днк- или рнк-аптамер.

20. агент по любому из пп. 18 и 19, используемый в качестве терапевтического/профилактического лекарственного средства.

37

21. агент по любому из пп. 18 и 19, используемый в качестве диагностического средства.

22. микрочип для дифференциального анализа протеомов в различных типах клеток или в одном типе клеток при различных условиях, представляющий собой подложку с иммобилизованными на ней агентами по любому из пп. 18, 19 и 21.

23. набор для диагностики заболевания, прогноза его лечения и выработки терапевтических рекомендаций, содержащий, по меньшей мере, один агент по любому из пп. 18, 19 и 21 и/или, по меньшей мере, один изолированный олигонуклеотид, специфически гибридизующийся с дифференциальным транскриптом, где последовательность олигонуклеотида соответствует или комплементарна специфичному фрагменту последовательности дифференциального транскрипта, определенной на стадии б) способа по п. 1.